An nissa Ade Astary Dewi

119180020
Bioinformatika RB

Tugas Mandiri

Instruksi Umum
1. Lengkapi tugas ini dan submit jawaban anda via email ke:
bioinformatika3103@gmail.com dengan subjek
“BIOINFORMATIKA_5_NAMA_NIM_2021”. Ganti nama file template
dengan identitas anda seperti subjek email. Lampirkan juga file Fasta yang telah
anda buat. Deadline pengiriman tugas adalah hari Jumat, 23.59
2. Jika ada perubahan informasi, akan disampaikan di kelas atau melalui
perwakilan praktikan (ketua kelas)

SOAL

1. a. Mengapa proses alignment perlu dilakukan dalam membandingkan sekuens?

Untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common
ancestor)
b.Apakah perbedaan antara pairwise alignment dan multiple sequence
alignment?
Pairwise aligment adalah penyejajaran dua sekuens sedangkan multiple
sequence aligment ialah penyejajaran dua atau lebih sekuens
Salah satu program MSA yang menggunakan metode progressive adalah
Clustal Omega yang dapat dibuka di http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/.
2. Download sekuens-sekuens dibawah dalam format FASTA dari situs NCBI.
Sekuens yang harus didownload adalah:
(pada homepage NCBI pilih Gene pada dropdown box dan masukan Gene ID
dibawah)
• 276
• 11722
• 36932
• 497039
• 948088
• 828603
• 103689940
 • Searching gene lainnya pada organisme berbeda. Kata kunci: HBB,
search pada database gene (Cari minimal 10 organisme, berbeda tiap
praktikan, jika ada yang sama persis, maka akan ada pengurangan poin).

3. Gabungkan sekuens yang anda download pada satu file FASTA yang sama.
Gunakan penamaan sebagai berikut: >HBB_organisme untuk pelabelan setiap
sekuens. Pastikan anda menggunakan tanda > untuk penamaan, penamaan tidak
boleh menggunakan spasi. Spasi pada nama akan dianggap sebagai komponen
sekuens. Misalnya:
>HBB_Organism_Name1
ATGCGCATATGCGCGAGATATACCCCC…………
>HBB_Organism_Name2
TATATGAGAGACACATCTCTCTGTGTGTATATCACAGA…………
a. Gen apakah yang akan anda bandingkan? Dari organisme apa saja gen
tersebut berasal?
1. Homo sapiens (human)
2. Sus scrofa (pig)
3. Pantroglodytes(chimpanzee)
4. Macaca mulatta (rhesus monkey)
5. Ponga abelii (Sumatran orangutan)
6. Ovi saries (sheep)
7. Cricetulus griseus (Chinese hamster)
8. Hylobatesmoloch (silvery gibbon)
9. Chloro cebussabaeus (green monkey)
10. Oryctolagus cuniculus (rabbit)

b. Sistem pencarian pada database NCBI dapat menggunakan accesion

number, version, GI number atau GeneID. Apakah perbedaan diantara
keempat parameter tersebut? Jelaskan masing-masing parameter diatas!

2
 1. Accesion Number adalah nomor akses sekuens
2. Version adalah versi dari sekuens tersebut
3. GeneID adalah nomor pendaftaran sekuens
4. GI Number adalah Nomor gen

c. Kadangkala, informasi pada suatu gen dapat diperbaharui, parameter

apakah yang tetap (tidak berubah) walaupun terdapat update informasi
dari gen tersebut?
GeneID

4. Buka website http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa kemudian pilih Clustal Omega.

Masukkan semua gen diatas pada query box dengan copy-paste dari sequence
yang sudah anda gabungkan. Sequence yang digunakan adalah sequence DNA,
maka pastikan anda telah mengubah parameter alignment menjadi DNA.
Kemudian ganti output format menjadi Clustal w/ numbers, lalu klik submit.
a. Perhatikan hasil MSA yang anda dapatkan. Apakah arti tanda “*”
(bintang) yang terdapat pada hasil MSA yang anda dapatkan?

Tanda bintang menandakan adanya kesamaan sekuens

b. Terlihat bahwa hasil MSA disajikan dalam beberapa blok, print screen
full browser blok hasil MSA yang paling conserved diantara sekuens
yang dibandingkan.

3
c. Apa yang dimaksud conserved sequens (daerah lestari)?
Asam nukleat (DNA/RNA) yang memiliki urutan sekuens yang sama
atau serupa
d. Menurut anda, daerah yang conserved tersebut merupakan bagian
coding atau non-coding?
Coding,karena sekuens DNA non coding yang sangat terkonservasi masih
kurang dipahami
e. Klik pada tab Phylogenetic tree, print screen full browser pohon yang
anda dapatkan. Apakah arti dari pohon yang anda dapatkan? Apa
perbedaan pohon cladogram dan real?

4
Dari pohon filogeni yang saya dapatkan,menunjukkan bahwa homo
sapiens human dengan Pantroglodytes chimpanzee memiliki kekerabatan
yang dekat

Perbedaan clodogram dengan real adalah tentang Panjang cabang.