TUGAS MANDIRI

Instruksi Umum
Tugas dikerjakan perorangan
1. Selama praktikum, ikuti petunjuk pengerjaan yang tertera pada modul dan
yang disampaikan oleh dosen
2. Poin pertanyaan lagsung idjawab pada modul atau template yang telah
diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit jawaban anda via email ke:
bioinformatika3103@gmail.com dengan subjek
“BIOINFORMATIKA_7_NAMA_NIM_2010”. Ganti nama file template
dengan identitas anda seperti subjek email. Deadline pengiriman tugas adalah
hari Sabtu, pukul 23.59 WIB

SOAL
Dibawah ini terdiri dari tiga sekuens asam amino yang membentuk protein terlibat
dalam two component system sensor kinase pada berbagai spesies

>Vibrio caribbeanicus
MKTRWNYSLVTKLTVAFISVFSGLWVLIQINAYENTYNATMKQTLSSYEQ
ISEIRSQMNNSLFTQAMDDTRQFHERLIQFGTISIEPDAELIAYQFNLGNNQ
TGKNVKQLWALQTFGISGQQRYIDSFIIEPGKRVSIYAPSKVERSRLKARV
QEIEKLSKQPSETGFRWSEAKYDQDRDSLYIIVSFTPRPQDKHAKQIGFAID
LKDIMTVSDVYQSDDHNLFLAPSGFVKKQSNIISEQTLLLLHQQLERSARF
KELPELIHTKDFYIISKYINGPGWLQVTMIPKSRIEQYASAPFHNELKWSLF
SFVLMILLMLRILWVSLAKTIRSFVEIIKSDIQPTFSRRLPESRRDELGDIAR
AYNMLLDTIKSSYDELESKVEQRTTELAKAKQIAERATARKSEHLTNISHE
LRTPLNGITGSLELLRNTQLTSKQADLRDAAYTCAKSLLSIINNLLDFSRIE
ADQVDLNLADNLLLKVVDESMLTIQSNIVKKPIELKAIISEGVPESCVFDPI
RVRQILVNLLGNAAKFTEKGHIFLYLECDEQNLIFSVEDSGMGIPSDKIDE
VFEPFKQSSRHQVGTGLGLPISRKLARIMGGSLTVKTQQNIGSTFIFKMPLR
SPGMRLHLKPQIIEAPQNLRTQIILWGGRFVECSSSNLNSPDLDYLPWRLW

1
QKLYEIQTGTSIEREVIPIREMFPWKLKVLLVDDVETNRDILSKMLIELGQE
VVCVASGEDALTAGKTHIFDLVLMDIRMPVLDGYETTLLWRGSEDILD
TECPIMALTANANHSEHDQSIHLMDGYLTKPISLKEMTSALDKAAELQID
RDMQPEINTQADTPIMDFAEDEFSQRLESHFKNMALAAREVFADKDWQE
LKDILHNVKGSASLAGVKEVSSIAAQLEKQIRDNGEVCESELNLLLKALEN
PLNP

>Burkholderia ubonensis
MRPFWEKSLTARIVAILCCAMVLFWMLSEAISFYYRYEGTQSELRNVLSW
ELKEIVGGENRRFDDAQRRTRALLWVWKILNQRPTTLEPATGPSPHTMFV
SFPDARGDAALVRRAREVLGIFGDADPQSRRDVFLLLPTEGIVLYRAAEAS
TADMQRKLTMLMSLRGAAQAGGDMRWSDAYRDSHGFVRVAAAAIDRE
SGVMAGQSLRTGDLSQFSKELHLDRQPHFVLRSAQGELLSSDGEMPADL
NRTLDQLPMCAQSYSRRVNNQYVVCMPLEGPHWQLAVIFPAAAVTDKV
MILLRQTVPWTLVMQLWLIVVVFQILQWQLGRPLRLIVETIDAQREGDW
GRRLPARHDDELGRIARAYNTLLSTLNAYHKTLENKVEERTRELNEAKR
MAESANHSKSEHIASISHEIRTPLNGIMGALALLARSQLQPRQQELVGVAQ
QSSGYLLGIVNNVLDYSRIEAGHLELAYEQTQLLPLLDQAMLTIHLRANE
KHLTLSTFVASDVPQQIWLDALRVRQILINLLGNAVKFTDFGSIRLIVERRG
DRLAMIVEDTGKGIPPSYQLDIFKPFVQVRAHDSGNGLGLPIASRLANLMN
GEILMNSQLGQGTQFTVLLPLQHGKVAPIPLVGSVTAPAALHAQLRSWGL
EPVDGDNPLLAMPELCYLPGKLYRSVAQVLRGEAVEDDARPTAMCPWA
LKVLVVDDVAVNRDIVGKMLRELGHQCQAAASGERALALGRTQVFDLV
LMDVRMPDLDGMATTRRWRQADEQILDPDTPIVALTANAMPTEHERAR
QAGMNAYLTKPVSLEQMADMLNRVAATQLARGMELAPNAMASMPLLD
WNDQMMREQLHKTLKELHQQAEVAWHAKDTEGILNILHALKGCAGQG
GLDLVREGVEQQERQIRSGRWVSRRDLSDLAELIAIQFT
>Streptomyces malaysiensis
MTLISRFGPAPEQPGIGVSALLPDPRARSAVSLIGLAISLWITVDSLPAHPG
AAALIALVAAGAGWLALATVATGRTALAAIAVTAAGGAVVGVADAKGL
IFTGVAAGSAGVAFGITTALALAAIGPAVFALTALAQHQFPGQLFAVCTA
ALIGLVGGASRREITQRAAHSAEVAYQTRRAALAGQEAELAAERNRLAR
DLHDVLAHTLGALSIQLTVIDTLARKADVPDPLLTQIGRGTELVGSGLEEA
RQAVRALREDNTPLPAQLERLCTLHRADLKITGEARGLEAQATLALYRVA
QEALTNAAKHAPGAPVTVRLVHGPEEAALTVHNAAPDPGAPGPLHTSGG
GFGLAGMRERVLQADGQCSTGPSEDGGWTVTARIPYRRRLR

>Mycobacterium tuberculosis
MSTLGDLLAEHTVLPGSAVDHLHAVVGEWQLLADLSFADYLMWVRRDD
GVLVCVAQCRPNTGPTVVHTDAVGTVVAANSMPLVAATFSGGVPGREG
AVGQQNSCQHDGHSVEVSPVRFGDQVVAVLTRHQPELAARRRSGHLETA
YRLCATDLLRMLAEGTFPDAGDVAMSRSSPRAGDGFIRLDVDGVVSYAS
PNALSAYHRMGLTTELEGVNLIDATRPLISDPFEAHEVDEHVQDLLAGDG
KGMRMEVDAGGATVLLRTLPLVVAGRNVGAAILIRDVTEVKRRDRALIS
KDATIREIHHRVKNNLQTVAALLRLQARRTSNAEGREALIESVRRVSSIAL
VHDALSMSVDEQVNLDEVIDRILPIMNDVASVDRPIRINRVGDLGVLDSD
RATALIMVITELVQNAIEHAFDPAAAEGSVTIRAERSARWLDVVVHDDGL
GLPQGFSLEKSDSLGLQIVRTLVSAELDGSLGMRDARERGTDVVLRVPVG
RRGRLML
1) Analisis struktur protein
Prediksi struktur sekunder protein
- Buka halaman http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/,
- Kemudian masukkan masing-masing sekuens diatas.
- Pertanyaan:
A. Printscreen masing-masing protein, lalu tentukan urutan sekuens asam
amino mana saja yang membentuk struktur alfa heliks dan beta sheet
(strand)?
1. Alfa Heliks
 Vibrio caribbeanicus

 Mycobacterium tuberculosis
2. Beta sheet(Strand)
 Burkholderia ubonensis

 Streptomyces malaysiensis
 B. Pada blok warna kedua (kuning dan biru, terdapat klasifikasi "buried" dan
"exposed". Jelaskan maksud dari keduanya!
Buried adalah asam amino yang bersifat hidrofobik dan tidak menonjol
Exposed adalah asam amino yang memiliki sifat hidrofilik akan menonjol ke
permukaan dan mudah terakses oleh pelarut
Prediksi struktur tersier protein
- Buka halaman http://swissmodel.expasy.org/interactive
- Kemudian masukkan masing-masing sekuens project title diganti dengan nama
spesies dengan format: Genus_spesies. Klik "Build Model".
- Pertanyaan:
C. Printscreen masing-masing struktur tersiernya untuk model yang memiliki
fungsi sama dengan two-component system histidine kinase dan similiarity
paling tinggi
1. Burkholderia ubonensis

2. Vibrio caribbeanicus
 3. Mycobacterium tuberculosis

4. Streptomyces malaysiensis

2) Prediksi struktur protein transmembran

- Masing-masing sekuens asam amino diprediksi dan divisualisasi menggunakan
website dibawah ini:
1. http://www.enzim.hu/hmmtop/html/submit.html (menentukan jumlah dan
lokasi alfa heliks transmembran berdasarkan)
2. https://tmdas.bioinfo.se/DAS/index.html (menentukan jumlah dan lokasi alfa
heliks transmembran berdasarkan kurva DAS)
3. http://wlab.ethz.ch/protter/# pilih jenis inputan "by sequence", lalu eksport to
png (visualisasi alfa heliks transmembran)

- Pertanyaan:
A. Printscreen (website 1,2,3) hasil prediksi; tandai daerah kurva DAS yang
menunjukkan sekuens alfa heliks transmembran (website 2); dan tandai
daerah sekuens asam amino yang membentuk alfa heliks transmembrannya
serta tentukan daerah domain sensornya! (website 3)

1. Website 1

 Vibrio caribbeanicus

 Burkholderia ubonensis
  Streptomyces malaysiensis

 Mycobacterium tuberculosis

2.Website 2

 Vibrio caribbeanicus
 Burkholderia ubonensis

 Streptomyces malaysiensis

 Mycobacterium tuberculosis
2.Website 3
 Vibrio caribbeanicus

 Burkholderia ubonensis

 Streptomyces malaysiensis
  Mycobacterium tuberculosis

Keterangan :
: Daerah Domain Sensor
: Alfa Heliks Transmembran

B. Berapa jumlah alfa heliks transmembran berdasarkan prediksi HMMTOP?

Sebutkan asam amino urutan berapa saja yang membentuk alfa heliks
transmembran tersebut!
1. Vibrio caribbeanicus
 Jumlah alfa heliks transmembran : 1
 Urutan asam amino : 13-30
2. Burkholderia ubonensis
 Jumlah alfa heliks transmembran : 0
 Urutan asam amino : 0
3. Streptomyces malaysiensis
 Jumlah alfa heliks transmembran : 4
  Urutan asam amino : 30-47, 52-75,82-106,111-135
4. Mycobacterium tuberculosis
 Jumla alfa heliks transmembran : 0
 Urutan asam amino : 0

Apakah asam amino transmembran tadi memiliki struktur alfa heliks bila
melihat kembali hasil analisis no (1)?. Bila tidak, prediksi alasan perbedaan
analisisnya!
 Iya,memiliki struktur alfa heliks

C. Berapa jumlah daerah kurva DAS yang melebihi threshold strict cutoff?
1. Vibrio caribbeanicus
 Jumlah DAS yang melebihi threshold strict cutoff ialah 2
2. Burkholderia ubonensis
 Jumlah DAS yang melebihi threshold strict cutoff ialah 3
3. Streptomyces malaysiensis
 Jumlah DAS yang melebihi threshold strict cutoff ialah 5
4. Mycobacterium tuberculosis
 Jumlah DAS yang melebihi threshold strict cutoff ialah 5
D. Berdasarkan ketiga pendekatan analisis tersebut, simpulkan secara
sederhana struktur transmembran untuk masing-masing protein!
1. Vibrio caribbeanicus memiliki struktur transmembran alfa heliks
2. Bukholderia ubonensis memiliki struktur transmembrane beta strand
3. Streptomyces malaysiensis memiliki struktur transmembran alfa heliks
4. Mycobaterium tuberculosis memiliki struktur trasmembran beta strand

3) Analisis hidrofobisitas dan solubilitas protein

- Masing-masing sekuens asam amino diprediksi menggunakan website ini:
http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=misc1 (analisis
hidrofobisitas dengan Kyte-Dollylte Hydropathy Plot)
- Pertanyaan:
A. Printscreen, tunjukkan daerah hidrofobisitasnya, dan prediksikan (melalui
penjelasan singkat) hidrofobisitasnya!
1. Vibrio caribbeanicus

2. Bukholderia ubonensis

3. Streptomyces malaysiensis
 4. Mycobaterium tuberculosis

Jadi dari semua sekuens protein yang ada menujukkan tingkat hidrofobiksitas yang lebih tinggi

- Selanjutnya buka halaman:

http://service.tartaglialab.com/page/ccsol_group
- Lakukan analisis ccSOL (analisis solubilitas protein yang diekspresikan oleh
spesies asalnya) ccSOL omics (analisis solubilitas yang diekspresikan pada
Escherichia coli sebagai protein heterolog)
- Pertanyaan:
B. Klik PDF pada distributions, lalu printcreen. Berapakah persen solubilitas
masing - masing protein bila diekspresikan pada spesies asli dan pada
Escherichia coli?

 Vibrio caribbeanicus
 Bukholderia ubonensis

 Streptomyces malaysiensis

 Mycobaterium tuberculosis
C. Klik PDF pada profiles, lalu printscreen seluruh grafik profilnya untuk masing
- masing protein, baik diekspresikan pada spesies asli maupun pada
Escherichia coli!
 Vibrio caribbeanicus

 Bukholderia ubonensis
  Streptomyces malaysiensis

 Mycobaterium tuberculosis

D. Secara umum, interpretasikan secara sederhana hubungan sifat hidrofobisitas

kyte-dollylte hydropathy plot dengan solubilitas proteinnya berdasarkan grafik
maximum susceptibility profile ccSOL!
 Hubunganya ialah membantu memprediksi apakah segmen protein
memiliki hidrofobisitas yang cukup untuk berinteraksi atau berada di dalam
membran atau tidak
4. Analisis titik isoelektrik (pI) dan berat molekul (MW)
- Buka halaman
http://web.expasy.org/compute_pi/
- Kemudian analisis rasio pI/MW dari masing-masing sekuens protein
- Pertanyaan:
A. Berapakah titik isoelektrik untuk masing-masing sekuens protein?
 Vibrio caribbeanicus memiliki nilai isoelektrik sebesar 5,65
 Bukholderia ubonensis memiliki nilai isoelektrik sebesar 6,45
 Streptomyces malaysiensis memiliki nilai isoelektrik sebesar 8,56
  Mycobaterium tuberculosis memiliki nilai isoelektrik sebesar 5,47
B. Berapakah berat molekul masing-masing protein? (dalam gram/mol)
 Vibrio caribbeanicus memiliki berat molekul sebesar 105218.76 gr/mol
 Bukholderia ubonensis memiliki berat molekul sebesar 103389.11 gr/mol
 Streptomyces malaysiensis memiliki berat molekul sebesar 39724.59 gr/mol
 Mycobaterium tuberculosis memiliki berat molekul sebesar 54012.47 gr/mol
C. Apa kegunaan data pI/MW dalam analisis SDS-PAGE?

 Untuk menentukan berat molekul dari protein yang tidak diketahui, Anda
harus memisahkan sampel pada gel yang sama dengan satu set standar berat
molekul.
Buka halaman
http://protcalc.sourceforge.net/
- kemudian masukkan masing-masing sekuens, pada kolom “Charge”, centang
Isoelectric point dan “List charges of pH range” isi secara default. Pada bagian
“Charge at pH”, masukkan masing-masing pI yang didapatkan dari nomor A.
diatas.
- Pertanyaan:
D. Printscreen untuk masing-masing protein (terutama untuk pI pada pH yang
ditentukan, dan list muatan pada berbagai pH).

 Vibrio caribbeanicus

 Bukholderia ubonensis
  Streptomyces malaysiensis

 Mycobaterium tuberculosis

E. Secara umum, tulislah pH yang cocok untuk proses SDS-PAGE daftar protein
diatas!

 Vibrio caribbeanicus memiliki pH yang cocok sebesar 5,00-24,00

 Bukholderia ubonensis memiliki pH yang cocok sebesar 6,45-6,5
 Streptomyces malaysiensis memiliki pH yang cocok sebesar 8,56-0,6
 Mycobaterium tuberculosis memiliki pH yang cocok sebesar 5,47-4,0