ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

ISOLASI DNA DENGAN METODE KITCHEN PREPARATION

I.

Tujuan

1. Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation

2. Mengetahui ujud/ profil DNA
II. Landasan Teori
DNA dapat diisolasi dari berbagai sel atau jaringan baik hewan, tumbuhan maupun
manusia. Isolasi DNA merupakan teknik awal dalam pemanfaatan DNA untuk berbagai
tujuan. Sebenarnya telah ada metode standar dalam mengisolasi DNA, misalnya teknik atau
metode yang dikemukakan oleh Sambrook (1989). Isolasi DNA dari sel maupun jaringan
eukariotik, misalnya dari jaringan tumbuhan maupun hewan dilakukan melalui tahap
penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA. isolasi DNA
ini membutuhkan alat-alat canggih dan bahan-bahan yang cukup mahal, misalnya EDTA (
Etilendiamin tetra asetat ) yang berfungsi sebagai merusak sel dengan cara mengikat ion
Magnesium yang berfungsi mempertahankan integritas sel, SDS ( Sodium dodesil sulfat )
yang dapat melarutkan membrane sel, mendenaturasi protein, enzim proteinase K yang
mendegradasi protein, RNAse mendegradasi RNA serta NaCl dan chloroform untuk
memurnikan DNA.
Modifikasi teknik isolasi DNA telah dilakukan pada beberapa laboratorium, misalnya
pada takaran bahan-bahan yang digunakan atau penguraian/ penggantian jenis bahan yang
digunakan sesuai denga sel/ jaringan sumber DNA. Teknik/ metode isolasi DNA yang sangat
sederhana adalah metode Kitchen Preparation. Metode isolasi ini memanfaatkan bahanbahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu sabun cuci (cair, bubuk atau krim)
untuk menggantikan bahan utama yang berfungsi untuk melisis sel, ekstrak buah nanas
sebagai sumber enzim protease serta garam dapur.
Isolasi DNA metode Kitchen Preparation menggunakan detergen sebagai alternative
pengganti EDTA dan SDS, garam dapur sebagai pengganti NaCl analitik dan jus nanas
sebagai pengganti enzim protease. Sedangkan bahan yang akan dilihat DNA nya adalah
strowberi, hal ini dikarenakan strowberi mudah dihancurkan. Selain itu, strowberi matang
menghasilkan enzim pectinase dan selulase yang membantu memecah dinding sel. Strowberi
yang umum dibudidayakan adalah octoploid dengan delapan set genom. Hal ini sangat baik

untuk menunjukkan ekstraksi DNA karena memiliki delapan dari setiap jenis kromosom yang
juga dikatakan bahwa strowberi memiliki DNA yang berlimpah.
III. Alat dan bahan
1. 3 Buah strowberi
2. 1 Kantong plastic
3. 10 ml Sabun cair/ detergen
4. Garam
5. Kertas saring
6. Tabung reaksi
7. 20 ml etanol dingin (96 %) dimasukkan dalam freezer
8. Pipet
9. Gelas ukur
10. corong kaca
11. 1 gelas kimia 250 ml
IV. Cara kerja
1.

Menyiapkan larutan buffer dengan cara mengambil 10 ml sabun cair ditambah dengan
seujung sendok teh garam dapur lalu ditambah air sampai larutan menjadi 100 ml.

2. Memasukkan 2-3 buah strowberi kedalam kantong plastic, kemudian menghancurkan dengan
cara menekan-nekan sampai homogen. Kantong plastic jangan sampai bocor.
3.

Mengekstraksi strowberi yang telah dihancurkan dengan saringan kemudian memasukkan

hasil ekstraksi tersebut kedalam tabung reksi.

4. Menambahkan sedikit air sebagai pelarut sampai tinggi larutan 2 cm.

5.

Menambahkan sabun cair dan garam (buffer) kedalam tabung reaksi berisi larutan ekstrak
strowberi.

6. Menghomogenkan larutan dengan cara mengocok tabung reaksi membentuk angka delapan
dengan menutup mulut labung reaksi selama 5 menit.
7.

Menambahkan etanol dingin yang baru dikeluarkan dari lemari pendingin kedalam tabung
reaksi melalui dinding tabung reaksi secara perlahan-lahan sampai kira-kira sama dengan
banyak larutan strowberi.

8. Mengamati terbentuknya presipitat ( gumpalan putih diatas permukaan atas larutan).

V. Hasil
Tahap kegiatan
Strowberi dihancurkan
Mengektrasi strowberi

Hasil pengamatan
Strowberi lunak dan berair
Air ekstrasi berwarna merah

Menambah air
Menambah sabun cair dan garam dapur(buffer)
Menghomogen larutan
Menambahkan etanol dingin

Ekstrasi lebih encer

Larutan berwarna merah kebiruan
Larutan berwarna kebiruan
Menjadi 2 lapian, lapisan bawah berwarna biru
susu dan lapisan atas putih. Lama kelamaan
terjadi
berwarna

presipitasi
putih

pita-pita
di

DNA

lapisan

yang
atas.

VI. Pembahasan
Percobaan isolasi DNA dengan metode Kitchen Preparation yang bertujuan untuk
Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation dan mengetahui ujud/ profil
DNA termasuk isolasi DNA kromosom yaitu memisahkan DNA genom dari komponenkomponen sel lain.
Proses peremasan merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak
dinding sel secara mekanis. Strowberi matang menghasilkan enzim yang membantu melisis
dinding sel. Sedangkan penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan
membrane inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Sebelum menambahkan etanol dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan
belum terjadi presipitasi DNA. Setelah ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan
terbentuk 2 lapisan . lapisan bawah berwarna merah yaitu larutan strowberi dan larutan
sabun, sedangkan lapisan atas berwarna bening yaitu etanol dingin.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan
bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika
molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul
tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul/
menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih
yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa
jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin,
hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang
dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.
VII. Kesimpulan

Hasil isolasi DNA metode Kitchen Preparation berupa presipitasi DNA yang berbentuk
serabut-serabut berwarna putih yang tidak terlarut dalam etanol tapi terlarut dalam air.
VIII. Daftar pustaka
- Doyle. J. J and Doyle J. L. 1990. Isolation of Plant DNA from Fresh Tissue Focus. Moscow. 12
(1): 13.
- Smbrook J, E. F. Fritcs and Manicitis, T. 1989. Molecular Kloning: A Laboratory Manual. 2 nd
Edition. Old spring Harbor Laboratory Press. USA.
- Maftuchah. 2001. Strategi Pemanfaatan Penanda Molekuler dalam Perkembangan Bidang
Hortikultura. Makalah Pemanfaatan Penanda Molekuler di Bidang Hortikultura. Plant
reportesis 15 : 8- 15.