A.

UJUAN
1. Untuk Mengetahui Proses Isolasi DNA pada Buah
2. Untuk Mengetahui Keaktifan Deterjen Dalam Proses Isolasi DNA Pada Sampel
Buah
B. RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimana Proses Isolasi DNA pada Buah-Buahan?
2. Bagaimana Tingkat Keaktifan Deterjen Dalam Proses Isolasi DNA pada Sampel
Buah ?
C. DASAR TEORI
DNA menjadi salah satu kajian materi dalam genetika dan biologi molekuler.
DNA mengandung materi genetik yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan
untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. Suatu molekul DNA tersusun atas
basa nitrogen, gula dan fosfat (Yuwono, 2006 dalam Hapsari, 2015)
Salah satu rangkaian teknik rekayasa genetika adalah isolasi DNA, yang
melibatkan suatu proses memindahkan DNA dari suatu organisme ke organisme lain
dengan tujuan tertentu. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk
mempelajari DNA. DNA dapat diisolasi baik dari sel tanaman, hewan, manusia,
maupun bakteri. Melalui isolasi DNA, dapat diperolah DNA murni yaitu DNA yang
tidak memiliki protein maupun RNA dari suatu sel dalam jaringan. DNA pada
tanaman terdapat dalam inti sel, mitokondria dan kloroplas (Hapsari, 2015)
Isolasi DNA merupakan teknik penting dalam pengembangan ilmu biologi
molekuler. Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat mempengaruhi
hasil yang akan diperoleh. Secara umum, prosedur ekstraksi yang baik untuk isolasi
DNA mencakup tiga hal penting yaitu, harus bisa menghasilkan DNA dengan
kemurnian tinggi, DNAnya harus utuh dan jumlahnya mencukupi (konsentrasi tinggi)
(Clark, 1997 dalam Yulianti, 2006)
Isolasi DNA juga merupakan langkah pertama dalam studi sekuen DNA dari
populasi DNA kompleks dalam analisis struktur genom dan ekspresi gen. Kuantitas,
kualitas dan integritas DNA akan mempengaruhi hasil yang diperoleh secara langsung
(Surzycki, 2000 dalam Yulianti, 2006)
D. ALAT DAN BAHAN
Alat:
1. Blender
2. Beaker glass
3. Tabung reaksi
4. Rak tabung reaksi
5. Batang pengaduk
6. Corong gelas
7. Pipet tetes
8. Gelas ukur
9. Pisau
10. Spatula
11. Neraca
12. Timer
Bahan:
1. Semangka
2. Jeruk
3. Melon
4. Sabun bubuk
5. Sabun cair
6. Sabun krim
7. Alkohol
8. Aquades
9. NaCl
10. Kertas Saring
11. Kertas Label
12. Tisu
13. Saringan teh
14. Kain saring

E. PROSEDUR KERJA
F.
Buah (semangka dan melon) dipotong menjadi lebih kecil
G.

H. Ditimbang hingga 200 gram

Dimasukkan kedalam blender dan ditambah aquades sebanyak 200 ml

I.
J. Disaring 3X penyaringan:
Menggunakan saringan teh
K.
Menggunakan kain saring
L. Menggunakan corong yang dilapisi kertas saring

Hasil penyaringan dibagi ke dalam tiga beaker glass dengan volume yang sama
M.

Ditambahkan 1 spatula sabun ke dalam masing-masing beaker glass, beaker glass

pertama sabun bubuk, beaker glass kedua sabun cair, dan beaker glass ke tiga
sabun krim (sabun krim dilarutkan terlebih dahulu ke dalam air)

N.
Diaduk perlahan jangan sampai terbentuk buah dan dilabeli sesuai dengan sabun
O. yang dimasukkan

P. Ditambahkan NaCl seujung sendok teh kemudian diaduk sampai larut

Q.
cairan tersebut dituangkan pada tabung reaksi bersih masing-masing sebanyak 10
ml

Ditambahkan alkohol dingin secara hati-hati pada dinding tabung

Diperhatikan struktur berwarna putih seperti kapas, benang, atau kabut diantara
alkohol dan larutan dan kuantitas bentuk kumpulan

Dicatat waktu dari penambahan alkohol sampai terbentuknya struktur berwarna

putih

Hasil
 F. DATA DAN HASIL

No Buah Detergen Waktu terbentuk DNA Kuantitas DNA Keterangan

.
1 Semangka Serbuk 8 menit 49 detik ++++ Bentuk kapas
Krim 10 menit 42 detik ++ Bentuk kapas
Cair 10 menit 3 detik ++ Bentuk kapas
2 Melon Serbuk 5 menit 28 detik ++++ Bentuk kapas
Krim 4 menit 13 detik +++ Bentuk kapas
Cair 4 menit 51 detik ++ Bentuk kapas
3 Jeruk Serbuk 3 menit 1 detik +++ Bentuk kapas
Krim 3 menit 51 detik ++ Bentuk kabut
Cair 2 menit 9 detik + Bentuk kapas
Keterangan untuk kuantitas:
++++ : sangat banyak
+++ : banyak
++ : agak banyak
+ : sedikit

G. ANALISIS
Berdasarkan data diatas, isolasi DNA buah semangka dengan 3 jenis detergen yang
berbedaa. Saat dilakukan isolasi menggunakan detergen serbuk, DNA terbentuk pada waktu 8
menit 49 detik dengan kuantitas yang sangat banyak dan berbentuk kapas. Isolasi dengan
menggunakan deterjen krim, DNA terbentuk pada waktu 10 menit 42 detik dengan kuantitas
yang agak banyak dan berbentuk kapas. Kemudian isolasi dengan detergen cair,
pembentukan DNA terlihat pada waktu 10 menit 3 detik dengan kuantitas yang agak banyak
dan berbentuk kapas.
Selanjutnya isolasi DNA pada buah melon juga dilakukan dengan 3 jenis detergen yang
berbeda. Isolasi dengan menggunakan detergen serbuk memperlihatkan pembentukan DNA
pada waktu 5 menit 28 detik dengan kuantitas yang sangat banyak dan bentuk seperti kapas.
Kemudian isolasi dengan detergen krim memperlihatkan waktu pembentukan DNA selama 4
menit 13 detik dengan kuantitas yang banyak dan berbentuk kapas. Dan yang terakhir yaitu
isolasi DNA dengan detergen cair menunjukkan pembentukkan DNA pada waktu 4 menit 51
detik dengan kuantitas agak banyak dan berbentuk kapas.
Kemudian isolasi DNA pada buah jeruk juga menggunakan 3 jenis detergen yang
berbeda. Pada isolasi dengan menggunakan detergen serbuk, diperlukan waktu 3 menit 1
detik untuk terbentuknya DNA dengan kuantitas yang banyak dan berbentuk kapas. Isolasi
DNA dengan detergen krim membutuhkan waktu 3 menit 51 detik dengan kuantitas agak
banyak dan berbentuk kabut dan yang terakhir yaitu isolasi DNA dengan detergen cair
membutuhkan waktu 2 menit 9 detik untuk terbentuknya DNA dengan kuantitas sedikit dan
berbentuk kapas.

H. PEMBAHASAN

Pada dasarnya sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. Pada
praktikum isolasi DNA secara sederhana, setelah ditambahkan alkohol dingin akan
ditemukan adanya kabut awan putih (beberapa detik setelah penambahan alkohol dingin).
Alkohol dingin berfungsi untuk memisahkan DNA dari bubur sel. DNA akan naik ke lapisan
yang berisi alkohol sebagai benang-benang putih yang halus. DNA yang tampak ini masih
tercampur dengan berbagai protein dan molekul-molekul lain yang terjerat padanya
(Listyorini, dkk, 2014). Dengan demikian, kabut awan putih sebagai hasil isolasi DNA yang
teramati merupakan DNA.
Perlakuan deterjen yang berbeda pada setiap ekstrak buah berfungsi untuk melarutkan
dan memecahkan lipid terutama penyusun membran sel (Listyorini, dkk, 2014). Menurut
Machmud (2006), deterjen dapat merusak membran sel melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa “lipid
protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat dibentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofibik, demikian juga dengan deterjan, sehingga dapat
membentuk suatu ikatan kimia. Demikian pula menurut Effendy (2010), deterjen memiliki
struktur kimia yang terdiri dari kepala dan ekor. Struktur kepala bersifat hidrofilik, sedangkan
struktur ekor bersifat hidrofobik. Struktur ekor yang hidrofobik disebut juga dengan ekor
lyofilik (lipid loving).
Penambahan garam juga mengakibatkan berkumpulnya DNA, hal ini karena dalam
garam terkandung ion Na+ yang mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan
fosfat DNA. Setelah itu dilakukan penambahan alkohol 96% melalui dinding-dinding tabung
reaksi. Penambahan alcohol pada permukaan larutan betujuan untuk melakukan presipitasi
sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu memisah dari larutan dan terbentuklah
lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur penyusunnya. Hasil akhir dari proses ini
adalah strand-strand DNA dapat terpisah dari dalam sel dalam bentuk cincin seperti kabut
putih yang terbentuk antara campuran ekstrak buah, detergen dan garam dengan alkohol.
 Proses pengadukan yang dilakukan selama praktikum haruslah dilakukan secara
pelan-pelan agar tidak timbul busa. Busa yang ditimbulkan oleh deterjen akan mengganggu
pengamatan, karena DNA yang berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat dipastikan lapisan
DNA tersebut akan tertutupi jika terdapat banyak busa. Proses penyaringan yang dilakukan
selama praktikum bertujuan agar komponen sel selain DNA tidak mengkontaminasi DNA
yang hendak diisolasi.
Perbedaan jumlah hasil isolasi DNA pada pemberian perbedaan deterjen, dapat
dikarenakan karena struktur molekul masing-masing deterjen berbeda. Semakin banyak ekor
hidrofobik deterejen maka semakin banyak lipid pada membran yang berikatan dengan
deterejen, sehingga jumlah isolasi DNA yang dihasilkan semakin banyak. Dengan demikian,
pada isolasi DNA buah nanas, sabun colek memiliki ekor hidrofobik yang lebih banyak
dibandingkan deterejen lain (yang digunakan pada praktikum ini).
Selain itu, faktor yang menentukan banyaknya hasil isolasi DNA pada buah
semangka, jeruk, dan melon, yaitu kandungan air setiap buah. Berdasarkan hasil analisis data
yang diperoleh diketahui jika isolasi DNA yang berasal dari buah melon memiliki kuantitas
serabut DNA yang lebih banyak karena kadar air yang terdapat didalamnya lebih sedikit
disbanding pada buah jeruk dan semangka. Hal ini sesuai dengan teori yang menyebutkan
semakin sedikit kadar air pada buah, semakin banyak isolasi DNA yang dihasilkan (Jamilah,
2005: 21). Semakin banyak kadar air pada buah, maka semakin banyak kepala hidrofilik
deterjen yang berikatan dengan air pada buah, sehingga ekor hidrofobik semakin sedikit yang
berikatan dengan lipid pada membran sel buah, jadi DNA yang terisolasi semakin sedikit.
Namun, berdasarkan hasil praktikum kami, terdapat beberapa data hasil pengamatan yang
tidak sesuai dengan teori. Berdasarkan hasil pengamatan, isolasi DNA buah melon
menggunakan deterjen bubuk tidak dihasilkan DNA detik, hal ini tidak sesuai dengan teori
yang ada, seharusnya isolasi DNA buah melon dapat menghasilkan DNA yang lebih banyak
dibandingkan buah yang memiliki kadar air lebih banyak. Hal ini dapat disebabkan karena
adanya kurang ketelitian praktikan dalam mengamatai kabut awn putih (yang merupakan
DNA terisolasi).
Selain pada jenis buah yang dibuat berbeda, jenis detergen yang digunakan juga
berbeda yaitu detergen jenis cair, serbuk dan krim. Hal yang dibuat berbeda adalah kerapatan
partikel dan luas permukaan pada detergen. Benda serbuk memiliki luas penampang yang
lebih besar dibandingkan benda krim dan benda krim memiliki luas penampang yang lebih
besar dibandingkan benda cair. Luas penampang pada detergen berpengaruh terhadap
kecepatan pretisipasi pada DNA. Sehingga sari buah yang ditambahkan dengan detergen cair
akan lebih cepat terpretisipasi didanding sari buah yang ditambahkan detergen krim, dan sari
buah yang ditambahkan dengan detergen krim akan lebih cepat mengalami pretisipasi
disbanding sari buah yang ditambahkan detergen jenis serbuk.

KESIMPULAN
1. Kecepatan untuk mengisolasi DNA dipengaruhi oleh jenis deterjen dan kadar air pada
setiap buah. Semakin banyak kadar air pada buah maka semakin sedikit DNA yang
terisolasi
2. Kadar air yang terkandung dalam buah mempengaruhi hasil isolasi DNA yang
terbetuk, semakin tinggi kadar air yang terkandung dalam buah maka semakin rendah
DNA yang akan terpresipitasi.

DISKUSI
1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut :
a. Alkohol
b. Detergen
c. Garam (NaCl)

Jawaban :

a. Alkohol : berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpulkarena

pemekatan oleh garam. Alkohol memiliki tingkat kerapatan lebih kecil
dibandingkan dengan air sehingga alkohol akan berada di bagian atas larutan
dalam tabung reaksi. DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak seperti cincin
kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol.
b. Detergen : berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara kimia
sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel
antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan
kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk
menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankankeseluruhan struktur
selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler ynagdapat merusak DNA
(ion Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang bisa “memakan” DNA).
c. Garam : berfungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah
putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil.
 Selain itu, garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena
garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan
detergen, keduanya berfungsi seperti halnya “lysing buffer”.
2. Apa fungsi pemblenderan buah pada proses Isolasi DNA?
Jawaban : Pemblenderan bertujuan untuk merusak dinding sel, membran sel, dan
membran inti secara mekanik.
3. Mengapa pada proses pengadukan tidak boleh berbuih?
Jawaban : Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar pergerakan
partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent
merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya
terlalu cepat akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkanterganggunya
proses isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena adanya rongga udara yang
ditimbukan oleh adanya buih sehingga menyebabkan terhalangnya penyatuan
DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah.
4. Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
Jawaban : Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di
bawah 20℃ atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik sehingga semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA
yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga
DNAyang terisolasi dapat terlihat dengan jelas.
5. Mengapa pada macam detegen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawaban : Karena pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan
dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda
dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap deterjen, sehingga perbedaan
waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan
setiap detergent dalam merusak membran sel tidak sama.

DAFTAR RUJUKAN

Effendy. 2010. Kimia Jilid I. Malang : Universitas Negeri Malang

Hapsari, Ari I. 2015. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan Lele (Clarias
sp.) Sebagai Kajian Dalam Biologi Molekuler. FKIP : Universitas Negeri Jember

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak
Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam
Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan.
Malang: Universitas Negeri Malang

Listyorini, Dwi, dkk. 2014. Teknik Analisis Biologi Molekuler. Malang: Jurusan Biologi
FMIPA UM

Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan PengaruhnyaTerhadap

Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengantipe Ploidi Yang
Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: ProgramSarjana Biologi

Yulianti, Evy. 2006. Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan Detergen
Komersial. Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA : Universitas Negeri Yogyakarta

LAMPIRAN
Proses Pembentukan DNA pada buah Jeruk DNA pada buah melon
Pembentukan DNA pada buah semangka