BIOLOGI SEL

“RESUME REPLIKASI”

Oleh :
1. Siti Asiyah (160210103002)
2. Indriana Putri Damaiyanti (160210103004)
3. Anggun Oktaviana Isnaini (160210103006)
4. Haniifah Fadhoo’il Thifaal (160210103008)
5. Zakiyatul Arofah (160210103010)
6. Husnul Hotimah Nul Hakim (160210103012)
7. Annisatuz Zahro Haryulinda (160210103014)
8. Novitalia (160210103017)
9. Lidya Yustika Putri (160210103019)
10. Faizah Nur Faridah (160210103021)
11. Meryza Ika Permana Dewi (160210103023)
12. Amalia Wahyu Ning Istiqomah (160210103026)
13. Dian Nur Aisyah (160210103028)
14. Israul Fresia Nur Imaniyah (160210103030)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS KEGURUAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS JEMBER
2018
Replikasi DNA,
Perbaikan dan Rekombinasi
5
Kemampuan sel untuk memelihara suhu tinggi dari susunan dalam suasana
semrawut tergantung pada akurasi penduplikatan dari jumlah informasi genetika
yang diangkut melalui proses kimiawi yang disebut DNA. Proses ini disebut
Replikasi DNA, yang terjadi sebelum sel dapat memproduksi 2 sel anak yang
identik secara genetik. Pemeliharaan susunan juga memerlukan pengawasan
secara terus menerus dan memperbaiki informasi genetik ini karena DNA didalam
sel akan dihancurkan secara berulang-ulang oleh proses kimia dan radiasi dari
lingkungan,dan juga oleh kesalahan thermal dan molekul reaktif yang dihasilkan
dalam sel. Dalam chapter ini kita kan mendeskripsikan mesin protein yang
mereplikasikan dan memperbaiki sel DNA. Mesin ini mengkatalisasi beberapa
proses yang cepat dan akurat yang mana terletak dalam sel, and mekanismenya
mendemonstrasikan dengan jelas kelebihan dan keefisiensian sel kimia.
Ketika masa pendek proses bertahannya sebuah sel dapat tergantung pada
pencegahan perubahan dalam DNA tersebut, masa panjang proses bertahannya
suatu species membutuhkan urutan DNA dapat dirubah selama beberapa generasi.
Walau sudah berusaha maksimal untuk menjaga DNA mereka, saat perubahan
dalam ururtan DNA akan terjadi. Perubahan ini menyediakan variasi genetik yang
terpilih selama tekanan evolusi organisme.
Kami memulai chapter ini dengan diskusi mngenai perubahan yang terjadi dalam
DNA yang diwariskan dari generasi ke generasi. Selanjutnya kami membahas
mekanisme sel, replikasi DNA, perbaikan DNA yang bertanggung jawab untuk
meminimalisir perubahan ini. Akhirnya kami mempertimbangkan beberapa dari
jalur tertentu yang merubah susuan DNA- kombinasi ualng DNA, termasuk
perpindahan susuna DNA tertentu dalam kromosom yg disebut elemen dang dapat
ditransfer.
PENJAGAAN SUATU URUTAN DNA
Walaupun seperti yang ditunjukkan, sesekali perubahan genetik
meningkatkan kelangsungan hidup jangka panjang spesies, kelangsungan hidup
individu menuntut tingkat stabilitas genetik yang tinggi. Sangat jarang penjagaan
sel DNA mengalami kegagalan, menghasilkan perubahan permanen dalam DNA.
Perubahan seperti itu disebut mutasi dan itu bisa menghancurkan organisme jika
itu terjadi di posisi vital dalam urutan DNA.

TINGKAT MUTASI RENDAH

Tingkat mutasi, tingkat yang tampak terjadi di urutan DNA. Dapat
ditetntukan secara langsung dari eksperiment yg menggunakan bakteri seperti
escherichia choli yang menghuni saluran usus kita dan organisme yang biasanya
digunakan dalam laboratorium (dibahas dalam bab 1). Dalam kondisi
laboratorium, E. coli membagi sekitar sekali setiap 40 menit, dan satu sel dapat
menghasilkan populasi yang sangat besar - beberapa miliar - dalam waktu kurang
dari satu hari. dalam populasi seperti itu, adalah mungkin untuk mendeteksi fraksi
kecil dari bakteri yang telah mengalami kerusakan mutasi pada gen tertentu, jika
gen itu tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup bakteri. Sebagai contoh,
tingkat mutasi gen yang secara khusus diperlukan sel untuk menggunakan gula
laktosa sebagai sumber energi dapat ditentukan ketika sel-sel tumbuh dengan
adanya gula yang berbeda, seperti glukosa. Fraksi gen yang rusak meremehkan
tingkat mutasi sebenarnya karena banyak mutasi yang diam (misalnya, yang
mengubah kodon tetapi bukan asam amino yang ditentukannya, atau yang
mengubah asam amino tanpa mempengaruhi aktivitas protein yang dikodekan
oleh gen). Setelah mengoreksi mutasi diam ini, seseorang menemukan bahwa gen
tunggal yang mengkodekan protein berukuran rata-rata (-103 pengkodean
pasangan nukleotida) mengakumulasi mutasi (tidak harus satu yang akan
menonaktifkan protein) sekitar sekali dalam sekitar 106 generasi sel bakteri.
dinyatakan berbeda, bakteri menunjukkan tingkat mutasi sekitar 1 perubahan
nukleotida per 10 nukleotida per generasi sel.
 Perhitungan ini akan hampir selalu secara substansial meremehkan tingkat
mutasi sebenarnya, karena banyak mutasi akan merusak fungsi protein dan
menghilang dari populasi karena seleksi alam - yaitu, oleh kematian preferensial
dari organisme yang mengandung mereka. tetapi urutan satu keluarga fragmen
protein tampaknya tidak menjadi masalah, memungkinkan gen-gen yang
mengendalikannya untuk mengakumulasi mutasi asam amino panjang yang
dibuang ketika Protein Fibrinogen diaktifkan untuk membentuk fibrin selama
pembekuan darah. Karena fungsi fibrinopeptida tampaknya tidak bergantung pada
urutan asam amino mereka, fibrinopeptida dapat mentoleransi hampir semua
perubahan asam amino. Perbandingan urutan fibrinopeptida oleh karena itu dapat
digunakan untuk memperkirakan tingkat mutasi pada garis kuman. Sebagaimana
ditentukan dari penelitian ini, protein khas dari 400 asam amino akan mengalami
perubahan asam amino kira-kira sekali setiap 200.000 tahun.
Cara lain untuk memperkirakan tingkat mutasi pada manusia adalah dengan
menggunakan sekuensing DNA untuk membandingkan pengarahan urutan
nukleotida yang sesuai dari spesies yang terkait erat di daerah genom yang
tampaknya tidak membawa informasi penting. Seperti yang diharapkan,
perbandingan tersebut menghasilkan perkiraan tingkat mutasi yang sesuai dengan
yang diperoleh dari studi fibrinopeptida.
E. coli, cacing dan manusia sangat berbeda dalam mode reproduksi mereka dan di
masa generasi mereka. Namun, ketika tingkat mutasi masing-masing
dinormalisasi ke satu putaran replikasi DNA, mereka ditemukan serupa: sekitar
nukleotida berubah per lOe nukleotida setiap kali DNA direplikasi.

Gambar 5-1 Sel-sel galur dan somatik:

Sel-sel pada dasarnya berbeda fungsi.
Dalam reproduksi seksual organisme,
sel germ-line (merah) menyebarkan
informasi genetik ke dalam generasi
selanjutnya. Sel somatik (biru), yang
membentuk tubuh organisme, adalah
diperlukan untuk kelangsungan hidup
kuman-line sel tetapi tidak
meninggalkan mereka sendiri
keturunan
Tingkat Mutasi Rendah Diperlukan untuk mengetahu Kehidupan kita.
Karena banyak mutasi yang merusak, tidak ada spesies yang mampu
membiarkannya menumpuk pada tingkat yang tinggi dalam sel germinalnya.
Meskipun frekuensi mutasi yang diamati rendah, namun dianggap membatasi
jumlah protein esensial yang dapat dikodekan oleh organisme apa pun hingga
50.000. Dengan ekstensi yang sama, frekuensi mutasi sepuluh kali lipat lebih
tinggi akan membatasi organisme untuk sekitar 5000 gen esensial. Dalam hal ini,
evolusi akan terbatas oleh organisme yang jauh lebih kompleks daripada lalat
buah.
Sel-sel reproduksi seksual organisme terrdapat 2 tipe, yaitu sel germinal
dan sel somatik. Sel-sel benih mengirimkan informasi genetik dari orang tua ke
keturunan; sel somatik membentuk tubuh organisme (Gambar 5-l). Kita dapat
melihat bahwa sel germinal harus dilindungi terhadap tingkat mutasi yang tinggi
untuk mempertahankan spesies. Namun, sel-sel somatik organisme multisel juga
harus dilindungi dari perubahan genetik untuk melindungi setiap individu.
Perubahan Nukleotida sel somatik dapat menimbulkan sel-sel varian, beberapa di
antaranya, melalui seleksi alam, berproliferasi cepat dengan mengorbankan sisa
organisme. Dalam kasus ekstrim, hasilnya adalah proliferasi sel yang tidak
terkendali yang dikenal sebagai kanker, penyakit yang menyebabkan lebih dari
20% kematian setiap tahun di Eropa dan Amerika Utara. Kematian ini sebagian
besar disebabkan oleh akumulasi perubahan urutan DNA sel somatik (dibahas
dalam Bab 23).
Ringkasan
Di semua sel, sekuens DNA dikencangkan dan direplikasi dengan tinggi
yang sama. Tingkat mutasi, sekitar I nukleotida berubah per ld nukleotida setiap
kali DNA direplikasi, adalah kekasaran yang sama untuk organisme yang berbeda
seperti bakteri dan manusia. Karena ketepatan luar biasa ini, urutan genom
manusia (kira-kira 3x 1d pasangan nukleotida) diubah hanya sekitar 3 nukleotida
setiap kali sel diuides. Hal ini memungkinkan sebagian besar manusia untuk
melakukan instruksi genetik yang akurat dari satu generasi ke generasi berikutnya,
dan juga untuk mencegah perubahan sel somatik itu menyebabkan kanker.

MEKANISME REPLIKASI DNA

Semua organisme harus menduplikasi DNA mereka dengan akurasi yang
luar biasa sebelumnya setiap pembelahan sel. Di bagian ini, kita mengeksplorasi
bagaimana "replikasi yang rumit mesin "mencapai keakuratan ini, sementara
menduplikasi DNA pada tingkat setinggi 1000 nukleotida per detik.

Base-Pairing mendasari Replikasi DNA dan Perbaikan DNA

Seperti yang diperkenalkan pada bab 1, templat DNA adalah mekanisme yang
digunakan sel untuk menyalin urutan nukleotida dari satu untai DNA ke dalam
rangkaian DNA komplementer (Gambar 5-2). Proses ini memerlukan pengakuan
masing-masing nukleotida di Templat DNA beruntai nukleotida komplementer
bebas (unpolimerized), dan membutuhkan pemisahan dua helai heliks DNA.
Pemisahan ini mengekspos donor hidrogen dan kelompok akseptor pada setiap
basis DNA untuk pasangan basa dengan nukleotida bebas masuk yang tepat,
menyelaraskannya untuk polyrnerization yang dikatalisis enzim ke dalam rantai
DNA baru.
Enzim nukleotida-polimerisasi pertama, DNA polimerase, ditemukan pada
tahun 1957. Nukleotida bebas yang berfungsi sebagai substrat untuk enzim ini
ditemukan sebagai trifosfat deoksiribonukleosida, dan pencemaran mereka ke
dalam DNA membutuhkan templat DNA beruntai tunggal. Gambar 5-3 dan
Gambar 5-4 mengilustrasikan mekanisme stepwise dari reaksi ini.

Replika DNA adalah garpu yang Asimetris

Selama replikasi DNA di dalam sel, masing-masing dari dua untai DNA asli
berfungsi sebagai template untuk pembentukan untaian baru. Karena masing-
masing dua anak perempuan dari sel yang membagi mewarisi DNA helix ganda
baru yang mengandung satu asli dan satu untai baru (Gambar S-5), helix ganda
DNA dikatakan direplikasi "semikonservatif" oleh DNA polimerase. Bagaimana
prestasi ini tercapai?
Heliks ganda DNA berfungsi sebagai template untuk dirinya sendiri
duplikasi. Karena nukleotida A akan berhasil hanya dengan I dan G hanya dengan
C, setiap untai DNA dapat berfungsi sebagai templat untuk menentukan urutan
nukleotida dalam untaian komplementernya oleh DNA basepairing. Dengan cara
ini, molekul DNA double-heliks dapat disalin dengan tepat.
Analisis dilakukan pada awal 1960-an pada seluruh kromosom replikasi
mengungkapkan replikasi lokalisasi yang bergerak secara progresif sepanjang
DNA ganda heliks orangtua. karena struktur berbentuk Y, daerah aktif ini disebut
garpu replikasi (gambar 5-6). di replikasi garpu, sebuah kompleks multienzim
yang mengandung DNA dari kedua helai anak perempuan baru.

Gambar 5-2
Heliks ganda
DNA berfungsi
sebagai template
untuk dirinya
sendiri duplikasi.
Karena nukleotida A
akan berhasil
hanya dengan I dan
G hanya dengan C,
setiap untai DNA
dapat berfungsi sebagai templat untuk menentukan urutan nukleotida dalam untaian
komplementernya oleh DNA basepairing. Dengan cara ini, molekul DNA double-heliks dapat
disalin dengan tepat.
Gambar 5-3 Kimia sintesis DNA. Penambahan sebuah deoxyribonucleotide ke ujung 3 'dari
rantai polinukleotida (untaian primer) adalah reaksi mendasar dimana DNA disintesis. Sebagai
ditampilkan, pasangan basa antara deoxyribonucleoside yang masuk trifosfat dan untaian DNA
yang ada (panduan untaian) pembentukan untaian baru DNA dan menyebabkannya memiliki
urutan nukleotida komplementer.
Awalnya, mekanisme replikasi DNA yang paling sederhana tampaknya adalah
pertumbuhan berkelanjutan dari kedua helai baru, nukleotida oleh nukleotida,
pada garpu replikasi ketika bergerak dari satu ujung molekul DNA ke yang lain.
Tetapi karena orientasi antiparalel dari dua untai DNA dalam heliks ganda DNA
(lihat Gambar 5-2), mekanisme ini akan membutuhkan satu helai anak perempuan
untuk dipolimerisasi dalam arah 5'-ke-3 'dan yang lainnya dalam 3' -untuk 5 arah.
Garpu replikasi seperti itu akan membutuhkan dua jenis DNA polimerase en4 /
mes yang berbeda. Namun, semua banyak polimerase DNA yang telah ditemukan
hanya dapat bergerak ke arah 5'-ke-3.
Jadi, bisakah untai DNA tumbuh ke arah 3'-ke-5? Jawabannya pertama kali
disarankan oleh hasil eksperimen yang dilakukan pada tahun 1960-an. Peneliti
menambahkan radioaktif aU-timidin yang sangat tinggi untuk membagi bakteri
selama beberapa detik, sehingga hanya DNA yang baru saja ditiru - persis di
belakang replikasi garpu-menjadi radiolabel. Eksperimen ini mengungkap
keberadaan sementara potongan DNA yang memiliki panjang 1000-2000
nukleotida, sekarang.
Gambar 5-4 sintesis DNA dikatalisis oleh DNA polimerase. (A) Sebagaimana ditunjukkan,
polimerase DNA mengkatalisasi penambahan bertahap dari deoksiribonukleotida ke ujung 3rOH
dari rantai polinukleotida, untai er pertama yang dipasangkan ke untai templote kedua. Untai DNA
yang baru disintesis oleh karena itu berpolimerisasi dalam 5’-3'direction seperti yang ditunjukkan
pada gambar sebelumnya. Karena setiap deoxyribonucleoside masuk triphosphate harus
berpasangan dengan untai cetakan untuk dikenali oleh DNA polymerase, untai ini menentukan
mana dari empat kemungkinan deoksiribonukleotida (A, C, G, atau T) yang akan ditambahkan.
Reaksinya adalah didorong oleh perubahan energi bebas yang besar, yang disebabkan oleh
pelepasan pirofosfat dan sifatnya selanjutnya hidrolisis menjadi dua molekul fosfat anorganik. (B)
Bentuk polimerase DNA molekul, sebagaimana ditentukan oleh kristalografi sinar-X. Secara kasar
polimerase DNA menyerupai kanan tangan di mana telapak tangan, jari, dan jempol menangkap
DNA dan membentuk situs aktif. Secara berurutan ditunjukkan, posisi yang tepat dari tripofosfat
deoxynucleoside masuk menyebabkan jari-jari polimerase untuk mengencangkan, sehingga
memulai reaksi adisi nukleotida. Disosiasi pirofosfat menyebabkan pelepasan jari dan translokasi
DNA oleh satu nukleotida sehingga situs aktif polimerase siap menerima tripofosfat
deoksinukleosida berikutnya.

Meioticr Ecombinatio Bersama Dengan Suatu Program Yang Terprogram

Strand Break
Rekombinasi homolog dalam meiosis dimulai dengan stroke yang berani:
yang terspesialisasi protein (disebut Spol i dalam tunas ragi) istirahat kedua helai
DNA ganda heliks di salah satu kromosom yang berekombinasi. Seperti
topoisomerase, reaksi spol l dengan DNA meninggalkan protein yang secara
kovalen terikat pada DNA yang rusak (lihat Gambar 5-22). Nuklease khusus
kemudian dengan cepat memproses ujung yang terikat oleh Spoll, mengeluarkan
protein dan meninggalkan ujung unta 3'single yang menonjol. Di titik ini,
serangkaian invasi untai dan migrasi cabang sering terjadi menghasilkan perantara
yang terdiri dari dua persimpangan Holliday yang berjarak sangat dekat, sering
disebut double Holliday junction (Gambar 5-64). Meskipun beberapa protein yang
sama berfungsi dalam pemecahan untai ganda perbaikan digunakan dalam
meiosis, protein ini diarahkan oleh beberapa meiosis-spesifik protein untuk
melakukan tugas mereka agak berbeda, menghasilkan perbedaan Perantara DNA
terbentuk (bandingkan Gambar 5-59 dengan Peraga 5-64). Lain perbedaan penting
adalah bahwa, dalam meiosis, rekombinasi terjadi secara istimewa antara homolog
kromosom maternal dan paternal daripada di antara mereka duplex DNA identik
yang baru saja direplikasi yang berpasangan dalam perbaikan untai ganda. Ada
dua cara berbeda untuk menyelesaikan intermediate Holliday ganda ditunjukkan
pada Gambar 5-64. Dalam resoiution yang secara konseptual sederhana
("noncrossover").
Relatif sedikit dari istirahat untai bermedia-Spoll menjadi crossover; mayoritas
(90% pada manusia, misalnya) dipecahkan sebagai non-macro. Tidak dipahami
bagaimana pilihan ini dibuat, tetapi tampaknya itu terjadi awal proses
rekombinasi, sebelum persimpangan Holliday terbentuk 'The relatif sedikit
crossover yang membentuk didistribusikan sepanjang kromosom seperti itu bahwa
kehadiran crossover dalam satu posisi entah bagaimana menghambat
penyeberangan

daerah tetangga. Kontrol crossouer diistilahkan, ini menarik tetapi kurang

dipahami mekanisme pengaturan agaknya menjamin distribusi merata titik
crossover sepanjang kromosom. Untuk banyak organisme, kira-kira dua crossover
per kromosom terjadi selama setiap meiosis, satu pada setiap lengan. Sebagai
discussedi Dalam rincian di Bab 21, rosacompreses meletakkan peran mekanis
yang penting dalam segregasi kromosom yang tepat selama meiosis. \ l / hether
acara rekombinasi meiosis diselesaikan sebagai crossover atau noncrossover,
mesin rekombinasi meninggalkan daerah heteroduplex di mana sebuah untai dari
homolog orangtua dipasangkan dengan sebuah untai dari mereka homolog ibu
(Gambar 5-65).
Rekombinasi Homolog Sepuluh Konversi Resultisn Gen
Dalam organisme reproduksi seksual, itu adalah hukum dasar genetika yang
masing-masing orang tua memberikan kontribusi genetik yang sama kepada
keturunan, yang mewarisinya set lengkap gen nuklir dari ayah dan satu set
lengkap dari ibu. Yang mendasari hukum ini adalah perataan kromosom yang
sangat akurat ke sel germinal (telur dan sperma) yang terjadi selama meiosis.
Demikian, ketika sel diploid mengalami meiosis untuk menghasilkan empat sel
kuman haploid (discrr, ssedin bab 2l), tepat separuh dari gen yang didistribusikan
pada keempatnya sel harus menjadi ibu (gen yang diploid diwariskan ibu frorrrits)
dan setengah ayah lainnya (gen yang diploid yang diwarisi dari ayahnya) Dalam
beberapa organisme (jamur, misalnya), adalah mungkin untuk memulihkan dan
menganalisis semuanya empat gamet haploid yang dihasilkan dari satu sel oleh
meiosis. studi di organisme semacam itu telah mengungkapkan kasus langka di
mana parcei keluar dari gen melanggar aturan standar genetika. kadang-kadang,
misalnya, hasil meiosis tiga salinan versi maternal dari gen dan hanya pada ".opy
of the paiernal alel (lihat Gambar 5-63). Versi alternatif dari su-e g "ne ire disebut
alel, dan perbedaan dari distribusi yang diharapkan selama meiosis dikenal
sebagai konversi gen. Studi genetika menunjukkan bahwa hanya bagian kecil
DNA secara tlpikal menjalani konversi gen, dan dalam banyak kasus hanya
sebagian dari gen yang berubah.
Tidak ada perbedaan antara untaian paternal dan maternal dan akan secara
acak pilih untaian mana yang perlu diperbaiki. Sebagai konsekuensi dari
perbaikan ini, satu alel akan menjadi "hilang" dan yang lain diduplikasi (Gambar
5-66), menghasilkan "konversi" bersih dari satu alel ke yang lain. Jadi, konversi
gen, awalnya dianggap sebagai sesuatu yang misterius penyimpangan dari aturan
genetika, dapat dilihat sebagai konsekuensi langsungdari mekanisme rekombinasi
homolog dan perbaikan DNA.

Mismatchp Roofreadinprom Eventps Romiscuoureps Kombinasi Antara Dua

Persamaan Dengan Poorly Matched Nas
Kami telah melihat bahwa rekombinasi homolog bergantung pada pasangan
komplementer (atau hampir komplementer) untaian DNA yang awalnya berasal
dari terpisah DNA duplex. Tapi apa yang mengontrol seberapa tepat pencocokan
itu? Ini adalah sangat penting untuk acara rekombinasi yang mengarah ke
crossover. Sebagai contoh, genom manusia mengandung banyak rangkaian
sekuens DNA terkait erat, dan jika menyeberang diizinkan di antara mereka
semua, itu akan menciptakan malapetaka di dalam sel.
Meskipun kita tidak sepenuhnya memahami bagaimana sel-sel mencegah
tidak pantas crossover, kita tahu bahwa komponen-komponen pengoreksian yang
sama tidak cocok sistem yang menghilangkan kesalahan replikasi (lihat Gambar
5-20) dan bertanggung jawab atas beberapa q, pes konversi gen (lihat Gambar 5-
66) memiliki peran tambahan mengganggu rekombinasi genetik antara sekuens
DNA yang tidak cocok. Diperkirakan bahwa sistem proofreading tidak cocok
biasanya mengakui kesalahan itu basis dalam pertukaran untai awal, dan-jika ada
ketidakcocokan yang signifikan- mencegah langkah selanjutnya (terutama migrasi
cabang) diperlukan untuk membentuk crossover. Jenis proofreading rekombinan
ini berpikir untuk mencegah acara rekombinasi acak yang sebaliknya mengacak
genom manusia (Gambar 5-67). Meskipun kontroversial, itu juga

Meskipun pengamanan ini terhadap kesalahan replikasi DNA, DNA

polymerase kadang-kadang melakukan kesalahan. Namun, seperti yang akan kita
lihat nanti, sel-sel belum kesempatan lain untuk memperbaiki kesalahan ini
dengan proses yang disebut mismatch untai-diarahkan perbaikan.Sebelum
membahas mekanisme ini, namun, kami menggambarkan lainnya jenis protein
yang berfungsi pada garpu replikasi.
Sebuah khusus Nukleotida-polimerisasi enzim mensintesis pendek RNA
Primer Molekul pada Strand Lagging. Untuk terkemuka untai, primer khusus
diperlukan hanya pada awal replikasi: sekali replikasi didirikan, polimerase DNA
terus disajikan dengan rantai akhir dasar-dipasangkan di mana untuk
menambahkan nukleotida baru. Namun, setiap kali DNA polimerase melengkapi
pendek DNA Fragmen Okazaki (yang membutuhkan waktu beberapa detik), harus
mulai mensintesis fragmen benar-benar baru di lokasi lebih lanjut sepanjang untai
cetakan. Sebuah mekanisme khusus menghasilkan untai primer dasar-dipasangkan
yang dibutuhkan oleh molekul DNA polimerase ini. Mekanisme ini melibatkan
enzim bernama primase DNA, Yang menggunakan trifosfat ribonukleosida untuk
mensintesis pendek primer RNA pada untai tertinggal. Dalam eucaryotes, ini
primer adalah sekitar 10 nukleotida panjang dan dibuat pada interval 100-200
nukleotida pada untai tertinggal. Di sini, kami mencatat hanya itu RNA sangat
mirip dengan struktur DNA. Sehelai RNA dapat membentuk pasangan basa
dengan untai DNA, menghasilkan DNA / RNA hybrid ganda helix jika dua urutan
nukleotida saling melengkapi. Dengan demikian prinsip template yang sama yang
digunakan untuk sintesis DNA memandu sintesis primer RNA. Karena primer
RNA mengandung benar mendasarkan-dipasangkan nukleotida dengan 3¢-OH di
salah satu ujung, dapat memanjang dengan polimerase DNA di akhir ini untuk
memulai sebuah fragmen Okazaki. Sintesis masing-masing Okazaki fragmen
berakhir ketika polimerase DNA ini berjalan ke dalam primer RNA melekat 5¢
akhir fragmen sebelumnya. Untuk menghasilkan rantai DNA terus menerus dari
banyak fragmen DNA dilakukan pada untai tertinggal, sistem perbaikan DNA
khusus bertindak cepat untuk menghapus primer RNA lama dan menggantinya
dengan DNA. Sebuah enzim yang disebut ligase DNA kemudian bergabung
dengan 3¢ akhir fragmen DNA baru ke 5¢ akhir yang sebelumnya untuk
menyelesaikan proses.
Argumen bahwa polimerase mengoreksi diri tidak bisa mulai rantai de novo
juga menyiratkan kebalikannya: enzim yang dimulai rantai lagi tidak bisa efisien
koreksi diri. Dengan demikian, enzim setiap bahwa bilangan prima sintesis dari
fragmen Okazaki akan kebutuhan membuat salinan yang relatif akurat
(Setidaknya 1 kesalahan dalam 105). Bahkan jika salinan dipertahankan dalam
produk akhir merupakan sesedikit 5% dari total genom (misalnya, 10 nukleotida
per 200-nukleotida DNA fragmen), hasil peningkatan laju mutasi keseluruhan
akan sangat besar. Karena itu nampaknya bahwa penggunaan RNA daripada DNA
untuk priming membawa keuntungan yang kuat untuk sel.Protein Spesial Bantuan
DNA double helix di depan dari replikasi fork. Untuk sintesis DNA untuk
melanjutkan, heliks ganda DNA harus dibuka di depan replikasi sehingga trifosfat
deoxyribonucleoside masuk dapat membentuk pasangan basa dengan untai
cetakan. Namun, helix ganda DNA adalah sangat stabil di bawah kondisi
fisiologis; pasangan basa terkunci di tempat sehingga kuat bahwa hal itu
membutuhkan suhu mendekati bahwa air mendidih untuk memisahkan dua helai
dalam tabung reaksi. Untuk alasan ini, dua tambahan jenis replikasi helikase
protein-DNA dan untai tunggal DNA-binding protein-yang dibutuhkan untuk
membuka heliks ganda dan dengan demikian memberikan single stranded yang
tepat template DNA untuk DNA polimerase untuk menyalin.
Helikase DNA pertama kali diisolasi sebagai protein yang menghidrolisis
ATP ketika mereka terikat untuk untai tunggal DNA. Seperti dijelaskan dalam
Bab 3, hidrolisis ATP dapat mengubah bentuk molekul protein dengan cara siklus
yang memungkinkan protein untuk melakukan kerja mekanik. Helikase DNA
menggunakan prinsip ini untuk mendorong diri mereka sendiri dengan cepat
sepanjang untai tunggal DNA. Ketika mereka menghadapi wilayah helix ganda,
mereka terus bergerak sepanjang untai mereka, sehingga mencongkel terpisah
helix pada tingkat sampai 1000 pasang nukleotida per detik. Kedua untai DNA
memiliki polaritas berlawanan dan pada prinsipnya helikase sebuah bisa bersantai
helix ganda DNA dengan memindahkan di 5¢ untuk 3¢ arah sepanjang satu untai
atau di 3¢ untuk 5¢ arah sepanjang lainnya. Bahkan, kedua jenis DNA helikase
ada. Dalam terbaik dipahami sistem replikasi pada bakteri, helikase sebuah
bergerak 5¢ untuk 3¢ bersama template lagging-untai tampaknya memiliki
dominan yang berperan.
Untai tunggal (SSB) protein DNA-binding, disebut juga helix
mendestabilisasi protein,mengikat erat dan kooperatif untuk DNA untai tunggal
terkena tanpa meliputi dasar, yang karenanya tetap tersedia untuk template. Ini
protein tidak dapat membuka heliks DNA panjang langsung, tetapi mereka
membantu helikase oleh menstabilkan dibatalkan, konformasi untai tunggal.
Selain itu, koperasi mereka mengikat mantel dan meluruskan daerah DNA untai
tunggal pada template lagging-untai, sehingga mencegah pembentukan heliks
yang mudah terbentuk di DNA untai tunggal. heliks ini dapat menghambat
sintesis DNA dikatalisasi oleh polimerase DNA. Sebuah Cincin Sliding Bergerak
DNA Polymerase ke DNA Pada mereka sendiri, yang molekul DNA polymerase
akan mensintesis hanya string pendek nukleotida sebelum jatuh template DNA.
Kecenderungan untuk memisahkan cepat dari molekul DNA memungkinkan
molekul DNA polimerase yang baru saja selesai mensintesis satu fragmen
Okazaki pada untai tertinggal untuk didaur ulang cepat, sehingga untuk memulai
sintesis dari Okazaki fragmen berikutnya yang sama untai. Disosiasi yang cepat
ini, bagaimanapun, akan menyulitkan polymerase untuk mensintesis untai DNA
yang panjang diproduksi pada garpu replikasi yang tidak untuk protein aksesori
yang berfungsi sebagai diatur sliding clamp. Ini penjepit terus polimerase yang
kuat pada DNA ketika bergerak, tapi rilis secepat polimerase berjalan ke daerah
beruntai ganda DNA. Struktur tiga dimensi dari protein penjepit, ditentukan oleh
difraksi sinar-x, mengungkapkan bahwa membentuk cincin besar di sekitar helix
ganda DNA. Satu sisi cincin mengikat ke belakang polimerase DNA, dan seluruh
cincin slide bebas sepanjang DNA sebagai bergerak polimerase. Perakitan klem
sekitar DNA membutuhkan hidrolisis ATP oleh kompleks protein khusus,
penjepit loader, Yang menghidrolisis ATP seperti beban klem pada primer-
template. Pada terkemuka untai cetakan, DNA bergerak polimerase erat terikat
klem, dan dua tetap terkait untuk waktu yang sangat lama. Itu DNA polimerase
pada template lagging-untai juga membuat penggunaan klem, tapi setiap kali
polimerase mencapai 5¢ akhir Fragmen Okazaki sebelumnya, rilis polimerase diri
dari klem dan memisahkan dari template. molekul polimerase ini kemudian
mengaitkan dengan penjepit baru yang
dirakit pada primer RNA dari Okazaki fragmen berikutnya. Meskipun kita telah
membahas replikasi DNA seolah-olah itu dilakukan oleh campuran protein semua
bertindak secara independen, dalam kenyataannya sebagian besar protein
diadakan bersama-sama di sebuah kompleks multienzim besar dan teratur yang
cepat mensintesis.
Kompleks ini dapat disamakan dengan mesin jahit kecil yang terdiri dari
bagian-bagian protein dan didukung oleh hidrolisis trifosfat nukleosida. Seperti
mesin jahit, kompleks replikasi mungkin tetap stasioner sehubungan dengan
lingkungan terdekatnya: DNA dapat dianggap sebagai lembaran panjang kain
yang dengan cepat diinjak melaluinya. Meskipun kompleks replikasi telah paling
intensif dipelajari dalam E. coli dan beberapa virusnya, sebuah kompleks yang
sangat mirip juga beroperasi di eucaryote, seperti yang kita lihat di bawah.
Pada gambar 5-19A menjelaskan fungsi dari sub unit mesin replikasi. Di
bagian depan replikasi garpu, DNA helicase membuka heliks DNA. Dua molekul
DNA polimerase bekerja di garpu, satu di untai utama dan satu di untai yang
tertinggal. Sedangkan molekul DNA polimerase pada untai terkemuka dapat
beroperasi secara kontinu, molekul DNA polimerase pada untai lagging harus
beristirahat pada interval pendek, menggunakan primer RNA pendek yang dibuat
oleh molekul DNA primase. Hubungan dekat dari semua komponen protein ini
meningkatkan efisiensi replikasi dan dimungkinkan oleh pelipat belakang untai
lagging seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5-19A. Pengaturan ini juga
memfasilitasi pemuatan klem polimerase setiap kali fragmen Okazaki disintesis:
penjepit penjepit dan molekul DNA polimerase tertinggal disimpan sebagai
bagian dari mesin protein bahkan ketika mereka melepaskan diri dari templat
DNA mereka. Protein replikasi dengan demikian dihubungkan bersama menjadi
satu unit besar (total berat molekul> 10 dalton), memungkinkan DNA untuk
disintesis pada kedua sisi garpu replikasi secara terkoordinasi dan bersifat
Pada untai yang tertinggal, replikasi DNA mesin meninggalkan
serangkaian fragmen okazaki yang terbungkus, yang masih mengandung RNA
yang menyempurnakan sintesisnya pada 5 ujungnya. RNA ini nemoved dan celah
yang dihasilkan diisi oleh enzim perbaikan DNA yang beroperasi di belakang
garpu replikasi (lihat Gambar 5-12).

Sistem Perbaikan Mismatch Strand-Disected Menghapus Kesalahan

Replikasi yang Melarikan Diri dari Mesin Replikasi
Sebagaimana dinyatakan sebelumnya, bakteri seperti E. coti mampu
membelah sekali setiap 40 menit, membuatnya relatif mudah untuk menyaring
populasi besar untuk menemukan sel mutan yang langka yang diubah dalam
proses tertentu. Satu kelas mutan yang menarik mengandung perubahan yang
disebut gen mutator, yang sangat meningkatkan laju mutasi spontan. Tidak
mengherankan, salah satu mutan tersebut membuat bentuk yang rusak dari
exonuclease proofreading 3'-ke-5 'yang merupakan bagian dari enzim DNA
polimerase (lihat Gambar 5-B dan 5-9). Polimer DNA mutan tidak memiliki
proofread yang lebih baik secara efektif, dan banyak kesalahan replikasi yang
seharusnya telah dihilangkan dalam DNA
Mekanisme untai-pembeda yang digunakan oleh sistem proofreading tidak
cocok dalam E. coli tergantung pada metilasi residu A yang dipilih dalam DNA.
Kelompok metil ditambahkan ke semua residu A dalam urutan GATC, tetapi tidak
sampai beberapa waktu setelah A dimasukkan ke dalam rantai DNA yang baru
disintesis. Akibatnya, satu-satunya rangkaian GAIC yang belum termetilasi ada di
untaian baru tepat di belakang replikasi garpu. Pengakuan GATCs yang tidak ter-
misilasi ini memungkinkan untaian DNA baru untuk sementara dibedakan dari
yang lama, seperti yang diperlukan jika ketidakcocokan mereka harus dihapus
secara selektif. Proses tiga langkah melibatkan pengenalan ketidakcocokan, eksisi
segmen DNA yang mengandung ketidaksesuaian dari untaian yang baru
disintesis, dan resintesis segmen yang dipotong menggunakan untai lama sebagai
templat. Sistem perbaikan ketidaksesuaian strand-directed ini mengurangi jumlah
kesalahan yang dibuat selama replikasi DNA dengan faktor tambahan 100 (lihat
Tabel 5-1, p.27I)
Sebuah sistem proofreading yang tidak cocok yang sama berfungsi dalam
sel manusia (Gambar 5-20 ). Pentingnya sistem ini pada manusia terlihat pada
individu yang mewarisi satu salinan cacat dari gen perbaikan ketidakcocokan
(bersama dengan gen fungsional pada salinan kromosom lainnya). Orang-orang
ini memiliki kecenderungan yang jelas untuk ripe tertentu kanker. Sebagai contoh,
dalam sebuah tlpe kanker usus besar caIIed kanker kolon nonpolyposis herediter
(HNPCC), mutasi spontan dari gen fungsional yang tersisa menghasilkan klon sel
somatik yang, karena mereka kekurangan dalam proofreading mismatch,
mengakumulasi mutasi yang luar biasa cepat. Sebagian besar kanker muncul di sel
yang telah mengakumulasi beberapa mutasi (lihat Gambar 20-rl), dan sel-sel yang
kurang dalam proofreading yang tidak cocok karena itu memiliki kesempatan
yang sangat meningkat untuk menjadi kanker. Untungnya, sebagian besar dari kita
mewarisi dua salinan baik dari setiap gen yang mengkodekan protein proofreading
tidak cocok; ini melindungi kita, karena sangat tidak mungkin bagi kedua salinan
untuk bermutasi dalam sel yang sama.
Di eucaryote, mekanisme untuk membedakan untaian baru yang disintesis
dari untaian cetakan orangtua di lokasi ketidakcocokan tidak tergantung pada
metilasi DNA. Memang, beberapa eucaryotes-termasuk ragi dan Drosophila-
jangan memetilasi rheir DNA. DNA untaian-untai yang baru disintesis secara
transien mengandung torehan (sebelum disegel oleh DNA ligase) dan percobaan
biokimia mengungkapkan bahwa torehan tersebut (juga disebut istirahat untai
tunggal) menyediakan sinyal yang mengarahkan sistem pengoreksian
ketidaksesuaian ke untai yang tepat (lihat Gambar 5). -20). Ide ini juga
mensyaratkan bahwa DNA yang baru disintesis pada untai terkemuka akan
dijangkiti sementara; bagaimana ini terjadi tidak pasti.

DNA Topoisomerases Mencegah DNA Tangling Selama Replikasi

Salah satu jenis topoisomerase, yang disebut topoisomerase I
menghasilkan transient single-strand break (atau nick); istirahat ini di tulang
punggung fosfodiester memungkinkan dua bagian dari helix DNA pada kedua sisi
nick untuk memutar bebas relatif satu sama lain, menggunakan ikatan fosfodiester
dalam untai berlawanan nick sebagai titik putar (Gambar 5-22). Ketegangan
apapun pada DNA heliks akan mendorong rotasi ini ke arah yang mengurangi
ketegangan. Akibatnya, replikasi DNA dapat terjadi hanya dengan rotasi heliks
pendek-bagian sedikit di depan garpu.Karena hubungan kovalen yang bergabung
dengan protein DNA topoisomerase ke DNA fosfat mempertahankan energi
ikatan fosfodiester yang dibelah. resealing cepat dan tidak memerlukan input
energi tambahan. Dalam hal ini, mekanisme rejoining berbeda dari yang
dikatalisis oleh enzim DNA ligase, yang dibahas sebelumnya (lihat Gambar 5-13)
Tipe kedua topoisomerase DNA, topoisomerase 11, membentuk hubungan
kovalen ke helai heliks DNA di saat yang sama, membuat istirahat untai ganda di
heliks. Enzim-enzim ini diaktifkan oleh situs pada kromosom di mana dua heliks
ganda saling bersilangan satu kali setelah molekul topoisomerase ll berikatan
dengan tempat penyeberangan tersebut, protein menggunakan hidrolisis ATP
untuk melakukan serangkaian reaksi berikut secara efisien: (1) rusak satu helix
ganda reversibel untuk menciptakan DNA "gater" (2) itu menyebabkan kedua,
helix ganda di dekatnya untuk melewati istirahat ini: dan (3) kemudian reseals
istirahat dan berdisosiasi dari DNA (Gambar 5-23). Dengan cara ini, tipe IL DNA
topoisomerase dapat secara efisien memisahkan dua lingkaran DNA yang saling
bertautan (Gambar 5-24).
Reaksi yang sama juga mencegah masalah DNA yang sulit yang akan
muncul selama replikasi DNA. Peran ini digambarkan dengan baik. oleh sel ragi
mutan yang menghasilkan, di tempat topoisomerase II normal, versi yang tidak
aktif di atas 37'C. Ketika sel-sel mutan dipanaskan sampai suhu ini, kromosom
putri mereka tetap terjalin setelah replika DNA

Replikasi DNA Sama Secara Fundamental pada Eukariota dan Bakteri

Ada lebih banyak komponen protein dalam mesin replikasi eukariotik
daripada yang ada dalam analog bakteri, meskipun fungsi dasarnya sama. Jadi,
misalnya, eucaryotic mengikat (SSB) protein untai tunggal terbentuk dari tiga
subunit, sedangkan hanya subunit tunggal ditemukan dalam bakteri. Demikian
pula, primase DNA eukariotik dimasukkan ke dalam enzim multisubunit yang
juga mengandung polimerase DNA yang disebut DNA polimerase a-pri-mase.
Kompleks protein ini memulai setiap fragmen okazaki pada untai yang tertinggal
dengan RNA dan kemudian memanjang primer RNA dengan panjang DNA yang
pendek. Pada titik ini, dua polimerase replikatif eukariotik utama, ikut bermain
dan menyelesaikan setiap fragmen Okazaki sambil secara bersamaan memperluas
untaian utama. Persis bagaimana tugas-tugas dari sintesis untaian dan tertinggal
terdistribusi antara dua polimerase DNA ini belum dipahami
Seperti yang kita lihat di bagian berikutnya, mesin replikasi eukariotik
memiliki komplikasi tambahan karena harus bereplikasi melalui nukleosom,
pengulangan unit struktural kromosom yang dibahas dalam Bab 4. Nukleosom
ditempatkan pada interval sekitar 200 pasang nukleotida sepanjang DNA, yang
dapat menjelaskan mengapa fragmen Okazaki baru disintesis pada untai lagging
pada interval 100-200 nukleotida di eukariota, bukan 1000- 2000 nukleotida
seperti pada bakteri. Nukleosom juga dapat bertindak sebagai penghalang yang
memperlambat pergerakan molekul DNA polimerase, yang mungkin mengapa
garpu replikasi eucaryotic bergerak hanya sekitar sepersepuluh secepat replikasi
replikasi bakteri.
281
INISIASI DAN PENYELESAIAN DNA REPLIKASI DI KROMOSOM
Sintesis DNA Berawal dari Replikasi Asal Seperti telah dibahas
sebelumnya, helix ganda DNA biasanya sangat stabil: keduanya Untai DNA
terkunci bersama dengan kuat oleh banyak ikatan hidrogen yang terbentuk antara
pangkalan di setiap helai. Untuk digunakan sebagai template, double helix harus
dibuka dan dua helai dipisahkan untuk mengekspos basis yang tidak berpasangan.
Sebagai kita akan lihat, proses replikasi DNA dimulai oleh protein inisiator
khusus yang berikatan dengan DNA beruntai ganda dan membongkar dua untai
terpisah, memecahkan ikatan hidrogen antara basa. Posisi di mana DNA helix
pertama kali dibuka disebut replikasi asal-usul (Gambar 5–25).
 Dalam sel-sel sederhana seperti bakteri atau ragi, origin adalah spesialisasi
dari sekuens DNA beberapa ratus pasangan nukleotida panjang. DNA ini
mengandung kedua urutan pendek yang menarik protein inisiator dan peregangan
DNA yang sangat mudah dibuka. Dapat diketahui bahwa basis pasangan A-T
bersama oleh ikatan hidrogen lebih sedikit dari pasangan basa G-C. Karena itu,
DNA yang kaya akan pasangan basa A-T relatif mudah dipisahkan, dan daerah
DNA diperkaya dengan pasangan A-T biasanya ditemukan di asal replikasi.
Meskipun proses dasar replikasi garpu inisiasi digambarkan pada Gambar 5–25
pada dasarnya sama untuk bakteri dan eucaryote, cara mendetail dalam dimana
proses ini dilakukan dan diatur berbeda antara kedua kelompok organisme ini
282
KROMOSOM BAKTERI BIASANYA MEMILIKI ORIGIN TUNGGAL DNA
REPLIKASI
Genom E. coli terkandung dalam satu molekul DNA sirkular sebesar 4.6 ¥
106 pasangan nukleotida. Replikasi DNA dimulai pada satu asal replikasi, dan
dua garpu replikasi yang dipasang di sana diproses (sekitar 500–1000 nukleotida
per detik) dalam arah yang berlawanan sampai mereka bertemu kurang lebih
setengah perjalanan di sekitar kromosom (Gambar 5-26). Satu-satunya titik di
mana E. coli dapat mengontrol replikasi DNA adalah inisiasi: setelah garpu telah
dipasang origin, mereka mensintesis DNA pada kecepatan yang relatif konstan
sampai replikasi jadi. Oleh karena itu, tidak mengherankan bahwa inisiasi
replikasi DNA ini sangat teratur. Proses ini dimulai ketika protein inisiator
mengikat banyak salinan ke situs tertentu di asal replikasi, membungkus DNA di
sekitar protein untuk membentuk kompleks protein-DNA besar. Kompleks ini
kemudian menarik sebuah DNA helicase terikat ke helix loader, dan helicase
ditempatkan di sekitar untai DNA yang berdekatan dengan basa yang telah
dipaparkan oleh rakitan inisiator protein-DNA kompleks. Helicase loader analog
dengan penjepit loader. Penjepit loader ini memiliki tugas tambahan untuk
menjaga helicase bentuk tidak aktif sampai benar dimuat ke garpu replikasi baru
lahir. Sekali helicase dimuat, ia mulai melonggarkan DNA, mengekspos DNA
single standar yang cukup untuk primase untuk mensintesis primer RNA yang
mengawali pembelahan. strand (Gambar 5-27). Dengan cepat mengarah pada
perakitan protein yang tersisa untuk membuat dua garpu replikasi, dengan
kompleks protein yang bergerak, dengan respon yang baik ke origin kedalam arah
yang berlawanan. Mesin-mesin protein ini terus mensintesis DNA hingga semua
DNA template hilir dari masing-masing garpu telah direplikasi.
KROMOSOM EUCARIOTIK MENGANDUNG BANYAK ORIGIN DARI
REPLIKASI
setelah melihat bagaimana dua garpu replikasi dimulai pada asal replikasi
tunggal Bakteri dan melanjutkan ke arah yang berlawanan, bergerak menjauh dari
asal sampai semua DNA dalam kromosom melingkar tunggal direplikasi. Bakteri
genom cukup kecil untuk dua replikasi garpu ini untuk menduplikasi genom
dalam waktu sekitar 40 menit. Karena ukuran yang lebih besar dari sebagian besar
kromosom eukariotik, diperlukan strategi yang berbeda untuk memungkinkan
replikasinya agar tepat waktu.
Metode untuk menentukan pola umum kromosom eukariotik replikasi
dikembangkan pada awal 1960-an. Sel manusia yang tumbuh dalam kultur yang
diberi label untuk waktu yang singkat dengan 3H-timidin sehingga DNA
disintesis selama periode ini menjadi sangat radioaktif. Sel-sel kemudian dengan
lembut lisis, dan DNA melesat di permukaan slide kaca yang dilapisi dengan
emulsi fotografi. Pengembangan emulsi mengungkapkan pola berlabel DNA
melalui suatu teknik yang dikenal sebagai autoradiografi. Waktu yang diberikan
untuk pelabelan radioaktif dipilih untuk memungkinkan setiap garpu replikasi
untuk memindahkan beberapa micrometer DNA, sehingga DNA yang direplikasi
dapat dideteksi dalam mikroskop cahaya sebagai garis-garis butiran perak,
meskipun molekul DNA itu sendiri terlalu tipis untuk dapat dilihat.dari tingkat di
mana jejak DNA yang direplikasi peningkatan panjang dengan meningkatnya
waktu pelabelan, garpu replikasi diperkirakan berjalan pada sekitar 50 nukleotida
per detik. Ini adalah kira-kira seperdelapan dari tingkat di mana garpu replikasi
bakteri bergerak, mungkin mencerminkan peningkatan kesulitan replikasi DNA
yang dikemas erat dalam kromatin. Ukuran rata-rata kromosom manusia
mengandung satu molekul DNA linier dari sekitar 150 juta pasangan nukleotida.
Diperlukan 0,02 detik / nukleotida ¥150 ¥ 106 nukleotida = 3,0 ¥ 106 detik
(sekitar 800 jam) untuk mereplikasi seperti itu Molekul DNA dari ujung ke ujung
dengan garpu replikasi tunggal bergerak pada tingkat 50 nukleotida per detik.
Seperti yang diharapkan, oleh karena itu, eksperimen autoradiografi yang baru
saja dijelaskan mengungkapkan bahwa banyak garpu bergerak secara bersamaan
pada masing-masing kromosom eukariotik.
284
Dalam Eucariota, Replikasi DNA Berlangsung Hanya Selama Satu Bagian
dari Siklus Sel Ketika tumbuh dengan cepat, bakteri mereplikasi DNA mereka
secara terus menerus, dan mereka bisa memulai babak baru sebelum yang
sebelumnya selesai. Sebaliknya, replikasi DNA di sebagian besar sel eukariotik
hanya terjadi selama bagian tertentu dari siklus pembelahan sel, yang disebut fase
sintesis DNA atau fase S (Gambar 5-30).

Dalam sel mamalia, fase S biasanya berlangsung selama sekitar 8 jam;

dalam eukariotik yang lebih sederhana sel-sel seperti ragi, fase S dapat sesingkat
40 menit. Pada akhirnya, masing-masing kromosom telah direplikasi untuk
menghasilkan dua salinan lengkap, yang tetap bergabung bersama di sentromer
mereka sampai fase M (M untuk mitosis), yang segera menyusul. Pada bagian
berikut, kami mengeksplorasi bagaimana replikasi kromosom terkoordinasi dalam
fase S dari siklus sel
285
WILAYAH YANG BERBEDA PADA KROMOSOM YANG SAMA
BEREPLIKASI DI WAKTU YANG BERBEDA DALAM FASE S
Dalam sel mamalia, replikasi DNA di wilayah antara satu replikasi dan
yang berikutnya biasanya hanya membutuhkan sekitar satu jam untuk
menyelesaikan, mengingat tingkat di mana garpu replikasi bergerak dan jarak
terbesar diukur antara asal replikasi. Fase S biasanya berlangsung selama sekitar 8
jam dalam sel mamalia. Ini berarti bahwa asal replikasi tidak semuanya diaktifkan
secara bersamaan dan bahwa DNA di setiap unit replikasi (yang, seperti kita
dicatat di atas, berisi sekelompok sekitar 20–80 replikasi asal-usul) direplikasi
selama hanya sebagian kecil dari interval S-fase total. Apakah unit replikasi yang
berbeda diaktifkan secara acak, atau daerah berbeda genom direplikasi dalam
urutan tertentu? Salah satu cara untuk menjawab pertanyaan ini adalah untuk
menggunakan thymidine analog bromodeoxyuridine (BrdU) untuk melabeli DNA
yang baru disintesis dalam populasi sel yang disinkronisasi, menambahkannya
untuk short yang berbeda periode sepanjang fase S. Kemudian, selama fase M,
daerah-daerah mitosis kromosom yang telah memasukkan BrdU ke dalam DNA
mereka dapat dikenali oleh mereka mengubah sifat pewarnaan atau dengan
menggunakan antibodi anti-BrdU. Itu hasil menunjukkan bahwa daerah yang
berbeda dari setiap kromosom direplikasi dalam urutan direproduksi selama fase S
(Gambar 5-31). Apalagi, seperti yang diharapkan dari kelompok garpu replikasi
yang terlihat pada autoradiograf DNA (lihat Gambar 5–29).
Gambar 5-32 Penggunaan microarray DNA untuk pantau formasi dan kemajuan
garpu replikasi di ragi pemula genom. Untuk percobaan ini, a Populasi sel
disinkronkan sehinggamereka semua memulai replikasi pada saat yang sama
waktu. DNA dikumpulkan dan di hibridisasi microarray; DNA yang sudah ada
direplikasi sekaligus memberikan hibridisasi sinyal (kotak hijau gelap) dua kali
lebih tinggi seperti DNA yang tidak direplikasi (hijau muda) kotak). Bintik-bintik
di microarray ini mewakili urutan berurutan di sepanjang segmen kromosom ragi
disusun dari kiri ke kanan, dari atas ke bawah. Hanya 81 tempat ditampilkan di
sini, tetapi array sebenarnya mengandung puluhan ribu urutan yang menjangkau
seluruh ragi genom. Seperti yang bisa dilihat, replikasi dimulai pada asal dan hasil
dua arah. Untuk kesederhanaan hanya satu asal ditampilkan di sini. Dalam sel
ragi, replikasi dimulai pada ratusan asal-usul terletak di seluruh genom.

Urutan Dna Terdefinisi Dengan Baik Sebagai Replikasi Asal Dalam

Eukariotik, Ragi Budding
Setelah melihat bahwa kromosom eukariotik direplikasi menggunakan
banyak asal replikasi, masing-masing "kebakaran" pada waktu karakteristik dalam
fase S , kita beralih ke sifat asal-usul replikasi ini. Kami melihat sebelumnya
dalam hal ini bab bahwa asal replikasi telah secara pasti didefinisikan dalam
bakteri sebagai spesifik. Sekuens DNA yang menarik protein inisiator, yang
kemudian menyusun Mesin replikasi DNA. Dengan analogi, orang akan
mengharapkan asal replikasi dalam kromosom eukariotik untuk menjadi sekuens
DNA spesifik juga.
Pencarian urutan DNA eukariotik yang membawa semua informasi yang
diperlukanuntuk menentukan asal replikasi paling produktif di awal ragi S.
cerevisiae. Metode seleksi yang kuat untuk menemukannya telah dirancang yang
memanfaatkan sel ragi mutan yang cacat untuk gen esensial. Sel-sel ini dapat
bertahan hidup di media selektif hanya jika mereka dilengkapi dengan DNA yang
membawa salinan fungsional dari gen yang hilang. Jika plasmid bakteri melingkar
mengandung gen ini dimasukkan ke dalam sel ragi mutan secara langsung,
plasmid tidak akan dapat mereplikasi karena tidak memiliki asal fungsional. Jika
potongan acak DNA ragi dimasukkan ke dalam plasmid ini, namun hanya DNA
plasmid langka molekul yang kebetulan mengandung asal replikasi ragi dapat
bereplikasi. Itu sel ragi yang membawa plasmid tersebut dapat berkembang biak
karena mereka diberikan gen esensial dalam bentuk yang dapat direplikasi dan
diteruskan ke sel progeni (Gambar 5-33). Urutan DNA yang diidentifikasi oleh
kehadirannya dalam plasmid yang diisolasi dari sel-sel ragi yang masih hidup ini
disebut sebagai otonom mereplikasi urutan (ARS). Sebagian besar ARS telah
terbukti asal mula kromosom otentik dari replikasi, sehingga memvalidasi strategi
digunakan untuk mendapatkannya.

Kompleks Multisubunit Besar Mengikat Pada Asal Usul Replikasi

Eucaryotic
Urutan DNA minimal yang diperlukan untuk mengarahkan inisiasi replikasi
DNA diragi S. cerevisiae telah ditentukan dengan menguji DNA yang lebih kecil
dan lebih kecil fragmen dalam percobaan yang ditunjukkan pada Gambar 5–33.
Setiap urutan DNA itu dapat berfungsi sebagai asal replikasi ditemukan
mengandung (1) situs yang mengikat untuk a protein inisiator multisubunit besar
yang disebut ORC, untuk kompleks pengenalan asal, (2) hamparan DNA yang
kaya As dan Ts dan karenanya mudah untuk dilepas, dan (3) setidaknya satu situs
pengikatan protein yang membantu menarik ORC ke asalnya DNA (Gambar 5-
35). Pada bakteri, sekali protein inisiator terikat dengan benar asal tunggal
replikasi perakitan garpu replikasi berikut kurang lebih secara otomatis. Di
eucaryote, situasinya sangat berbeda karena eucaryote masalah yang mendalam
telah mereplikasi kromosom dengan begitu banyak asal-usul replikasi (sekitar 400
dalam ragi dan 10.000 manusia, misalnya). Dengan begitu banyak tempat untuk
memulai replikasi, bagaimana prosesnya diatur untuk memastikan bahwa semua
DNA disalin sekali dan hanya sekali?

Gambar 5–34 Asal-usul DNA replikasi pada kromosom III dari ragi S. cerevisiae.
Kromosom ini, salah satu eucaryotic terkecil kromosom dikenal, membawa total
180 gen. Seperti yang ditunjukkan, itu berisi 19 asal replikasi, meskipun mereka
digunakan dengan efisiensi yang berbeda. Mereka yang masuk merah biasanya
digunakan kurang dari 10% dari waktu, sedangkan yang berwarna hijau
digunakan di 90% dari fase S.
Gambar 5–35 Asal usul replikasi di yeast. Terdiri dari sekitar 150 nukleotida
pasang, asal ragi ini (diidentifikasi oleh prosedur yang ditunjukkan pada Gambar
5-33) memiliki a situs pengikatan untuk ORC, dan satu untuk Abf1, sebuah
protein auxillary yang memfasilitasi ORC mengikat. Semua asal berisi situs
pengikatan untuk ORC tetapi protein tambahannya berbeda dari satu asal ke yang
berikutnya. Kebanyakan asal, seperti yang digambarkan, juga mengandung
hamparan DNA yang sangat khusus mudah untuk bersantai.
Protein kinase yang memicu replikasi DNA sekaligus mencegah semua
perakitan kompleks prereplicative baru sampai fase M berikutnya mengatur ulang
seluruh siklus (untuk rincian, lihat hal. 1067–1069). Strategi ini menyediakan satu
jendela kesempatan untuk kompleks prereplicative untuk terbentuk (fase G1,
ketika Cdk Aktivitas rendah) dan jendela kedua untuk diaktifkan dan selanjutnya
dibongkar (fase S, ketika aktivitas Cdk tinggi). Karena dua fase ini siklus sel
saling eksklusif dan terjadi dalam urutan yang ditentukan, masing-masing asal
replikasi dapat menembak sekali dan hanya sekali siklus sel.

Urutan Dna Mamalia Yang Menentukan Inisiasi Replikasi Sulit Untuk

Diidentifikasi
Dibandingkan dengan situasi di kuncup tunas, urutan DNA yang
menentukan asal replikasi pada eucariota lainnya lebih sulit didefinisikan. Baru-
baru ini, bagaimanapun, adalah mungkin untuk mengidentifikasi urutan DNA
manusia tertentu , masing-masing beberapa ribu pasang nukleotida panjangnya,
itu cukup untuk melayani sebagai asal replikasi. Asal-usul ini terus berfungsi saat
dipindahkan ke wilayah kromosom yang berbeda dengan metode DNA
rekombinan, selama mereka ditempatkan di daerah di mana kromatin relatif tak
terkondensasi. Satu asal-usul ini berasal dari cluster gen b-globin. Pada posisi
normal dalam genom, fungsi asal ini sangat tergantung pada DNA jauh urutan
(Gambar 5-37). Sebagaimana dibahas dalam Bab 7, DNA jauh ini diperlukan
untuk ekspresi semua gen dalam gugus b-globin, dan dampaknya pada kedua
transkripsi dan fungsi asal dapat mencerminkan dekondensasi jangka panjangnya
struktur kromatin.
Gambar 5–36 Mekanisme DNA inisiasi replikasi di eucaryote. Ini mekanisme
memastikan bahwa setiap asal replikasi hanya diaktifkan satu kali per sel siklus.
Asal usul replikasi dapat digunakan hanya jika bentuk kompleks prereplicative
ada di fase G1. Di awal Fase S, kinase tergantung siklik (Cdks) memfosforilasi
berbagai replikasi protein, menyebabkan kedua pembongkaran kompleks
prereplicative dan inisiasi Replikasi DNA. Sebuah prereplicative baru kompleks
tidak dapat terbentuk pada asal sampai sel berkembang ke fase G1 berikutnya.

Nucleosomes Baru Dirakit Dibalik Fork Replikasi Ada Beberapa Aspek

Tambahan Dari Replikasi Dna Yang Spesifik Eucaryote.
Sebagaimana dibahas dalam Bab 4, kromosom eukariotik tersusun
campuran DNA dan protein yang hampir sama. Oleh karena itu duplikasi
kromosom tidak hanya membutuhkan replikasi DNA, tetapi juga sintesis dan
perakitan protein kromosom baru ke DNA di balik setiap garpu replikasi.
Meskipun kami jauh dari memahami proses ini secara detail, kami mulai untuk
mempelajari bagaimana unit dasar kemasan kromatin, nukleosom, adalah
diduplikasi. Sel membutuhkan sejumlah besar protein histon baru, kira-kira sama
dalam massa untuk DNA yang baru disintesis, untuk membuat nukleosom baru di
setiap siklus sel. Untuk alasan ini, sebagian besar organisme eucaryotic memiliki
banyak salinan gen untuk setiap histone. Sel vertebrata, misalnya, miliki sekitar
20 set gen berulang, sebagian besar mengandung gen yang mengkodekan semua
lima histone (H1, H2A, H2B, H3, dan H4). Tidak seperti kebanyakan protein,
yang dibuat terus menerus di seluruh interfase, Histon disintesis terutama dalam
fase S, ketika tingkat mRNA histone meningkat sekitar lima puluh kali lipat
sebagai akibat dari peningkatan transkripsi dan penurunan degradasi mRNA.
MRNA histone utama terdegradasi di dalam menit ketika sintesis DNA berhenti
pada akhir fase S. Mekanismenya tergantung pada sifat khusus dari 3 ¢ ujung
mRNA ini, seperti yang dibahas dalam Bab 7. Sebaliknya, protein histon sendiri
sangat stabil dan dapat bertahan hidup seumur hidup sel. Keterkaitan erat antara
sintesis DNA dan sintesis histone muncul untuk mencerminkan mekanisme
umpan balik yang memonitor tingkat histone bebas untuk memastikan jumlah
histone yang dibuat dengan tepat cocok dengan jumlah DNA baru yang disintesis.

Gambar 5–37 Penghapusan yang menonaktifkan suatu asal replikasi pada

manusia. Ini dua penghapusan ditemukan secara terpisah menjadi dua individu
yang menderita thalassemia, a gangguan yang disebabkan oleh kegagalan untuk
mengekspresikan satu atau lebih dari gen di b-globin klaster gen ditampilkan.
Dalam kedua hal ini delesi mutan, DNA di wilayah ini direplikasi oleh garpu yang
dimulai pada replikasi origin.
 Sebagai garpu replikasi melewati kromatin, sebagian besar histones lama
tetap terikat DNA dan didistribusikan ke heliks DNA putri di belakang a garpu
replikasi. Tetapi karena jumlah DNA berlipat ganda, jumlah yang sama histone
baru juga diperlukan untuk melengkapi pengemasan DNA ke dalam kromatin.
Histone lama dan baru digabungkan dengan cara yang menarik. Ketika nukleosom
ditransmisikan oleh garpu replikasi, oktone histon tampaknya rusak menjadi
tetramer H3-H4 dan dua dimer H2A-H2B (lihat Gambar 4–26).
Mekanisme Eucaryotic Chromosome Duplication Ensure Pola Modifikasi
Histone Itu Bisa Diwarisi
Kami melihat di Bab 4 bahwa histones tunduk pada banyak jenis modifikasi
kovalen dan bahwa pola modifikasi ini dapat membawa informasi penting
mengenai nasib DNA yang mendasari. Ini masuk akal intuitif untuk pola-pola ini
harus dihapus setiap kali sel membelah, tetapi karena informasi ini dikodekan
dalam protein histon daripada DNA, mechansims khusus diperlukan untuk
melestarikan dan menduplikasi. Kami telah melihat tetesan histone H3-H4
didistribusikan secara acak ke dua kromosom putri yang muncul di belakang
garpu replikasi yang bergerak. Ekor serta daerah lain dari H3 dan H4 bisa
dimodifikasi secara luas (lihat Gambar 4–39), dan dengan demikian masing-
masing kromosom anak perempuan adalah diunggulkan dengan memori pola
induk modifikasi H3 dan H4.
Setelah perakitan nukleosom di belakang garpu replikasi telah selesai,
modifikasi H3-H4 dapat diperkuat melalui histone (modifikasi enzim). Duplikasi
yang setia dari pola modifikasi histone mungkin bertanggung jawab untuk banyak
contoh warisan epigenetik, di mana perubahan diwariskan fenotipe sel terjadi
tanpa perubahan pada urutan nukleotida DNA.
Bakteri memecahkan masalah "replikasi-akhir" ini dengan memiliki
DNA melingkar molekul sebagai kromosom (lihat Gambar 5-27). Eucariota
memecahkannya dengan cerdik cara: mereka memiliki urutan nukleotida khusus
di ujung kromosom mereka yang dimasukkan ke dalam struktur yang disebut
telomere (lihat Bab 4). Telomere mengandung banyak pengulangan tandem dari
urutan pendek yang mirip di organisme yang beragam seperti protozoa, jamur,
tanaman, dan mamalia. Pada manusia, itu urutan unit pengulangan adalah
GGGTTA, dan itu diulang kira-kira seribu kali di setiap telomere.
Setelah banyak generasi sel, ia tidak lagi mewarisi defectivec hromosomes
(karena ujung-ujungnya tidak dapat direplikasi dengan sempurna) dan karenanya
akan menarik secara permanen dari siklus sel dan berhenti membagi-proses
disebut replicatiuec ell senescenc (ed iscussedi n Bab l7). Dalam teori seperti itu
mekanisme dapat memberikan keuntungan yang aman dari proliferasi sel yang
tidak terkendali. Gagasan bahwa telomer panjang bertindak sebagai "tongkat
pengukur" untuk menghitung pembelahan sel dan dengan demikian mengatur
masa hidup sel telah diuji dalam beberapa cara. Untuk jenis-jenis sel manusia
tertentu, budaya jaringan, hasil eksperimen Telomere panjang dipertahankan dan
banyak sel sekarang terus berkembang biak tanpa batas. Oleh karena itu tampak
jelas bahwa pemendekan telomere dapat menghitung pembelahan sel.
Individu yang menderita penyakit ini membawa satu fungsional dan satu
yang tidak berfungsi salinan gen RNA telomerase; mereka telah dipersingkat
secara prematur telomere dan biasanya mati karena kegagalan sumsum tulang
progresif. Mereka juga mengembangkan jaringan parut paru-paru dan sirosis hati
dan menunjukkan kelainan pada berbagai epidermal struktur termasuk kulit,
folikel rambut, dan kuku. Pengamatan di atas menunjukkan bahwa mengendalikan
proliferasi sel oleh pemendekan telomere menimbulkan risiko bagi suatu
organisme, karena tidak semua sel itu mulai kehilangan ujung kromosom mereka
akan berhenti membelah. Beberapa rupanya menjadi tidak stabil secara genetik,
tetapi terus membelah sehingga menimbulkan sel-sel yang berbeda.

Ringkasan
Protein yang mengawali replikasi DNA berikatan dengan urutan DNA
dengan asal replikasi untuk mengkatalisis pembentukan gelembung replikasi
dengan dua replikasi luar-mouing garpu. Proses dimulai ketika kompleks protein-
DNA inisiator terbentuk yang kemudian memuat DNA helicase ke template DNA.
Protein lainnya kemudian ditambahkan untuk membentuk "mesin replikasi
multienzim" yang mengkatalisasi sintesis DNA di setiap garpu replikasi.
 Dalam bakteri dan beberapa eukariota sederhana, asal replikasi
ditentukan secara spesifik. Sekuens DNA yang hanya seratus pasang nukleotida
panjang. Di eukariotik asal replikasi DNA tampaknya kurang baik. Bakteri
biasanya berasal tunggal replikasi dalam kromosom melingkar dengan kecepatan
garpu hingga 1000 nukleotida per detik, mereka dapat mereplikasi genom mereka
dalam waktu kurang dari satu jam. Replikasi DNA Eukariotik hanya terjadi di
satu bagian sel siklus dan lebih banyak kromosom eukariotik masing-masing
membutuhkan banyak replikasi untuk menyelesaikan replikasi mereka dalam fase
S, yang berlangsung dalam sel manusia.
Asal-usul replikasi yang berbeda di ini pada kromosom eukariotik secara
berurutan, sebagian digerogoti oleh struktur dari kromatin, dengan bagian
kromatin yang paling padat biasanya dimulai replikasi mereka terakhir. Setelah
garpu replikasi telah berlalu, struktur kromatin adalah dibentuk kembali oleh
penambahan histone baru ke oldhistones yang diwariskan secara langsung oleh
setiap molekul DNA. Eucariota memecahkan masalah replikasi ujung kromosom
linier dengan struktur akhir khusus, telomer, dipelihara oleh nukleotida khusus
mempolimerisasi enzim telomerase. T blomerasee dari untai DNA pada akhir
kromosom dengan menggunakan template RNA yang merupakan bagian integral
dari enzim itu sendiri, menghasilkan urutan DNA yang sangat berulang yang
biasanya meluas ribuan pasangan nukleotida pada setiap ujung kromosom.

Perbaikan Dna
Mempertahankan stabilitas genetik yang dibutuhkan organisme untuk
kelangsungan hidupnya tidak hanya mekanisme yang sangat akurat untuk
mereplikasi DNA, tetapi juga mekanisme untuk memperbaiki banyak lesi yang
tidak disengaja yang terjadi terus menerus dalam DNA. Sebagian besar perubahan
spontan pada DNA bersifat sementara karena mereka segera dikoreksi oleh
serangkaian proses yang secara kolektif disebut perbaikan DNA. Dari ribuan
perubahan acak dibuat setiap hari dalam DNA sel manusia, hanya sedikit yang
terakumulasi sebagai mutasi dalam DNA urutan. Sebagai contoh, kita sekarang
tahu bahwa kurang dari satu dari 1000 kecelakaan perubahan dasar dalam DNA
menghasilkan mutasi permanen, sisanya dihilangkan dengan efisiensi luar biasa
dengan perbaikan DNA.
Pentingnya perbaikan DNA terbukti dari investasi besar sel membuat enzim
perbaikan DNA. Misalnya, analisis genom bakteri dan ragi telah mengungkapkan
bahwa beberapa persen dari kapasitas pengkodean ini organisme dikhususkan
hanya untuk fungsi perbaikan DNA. Pentingnya DNA perbaikan juga
ditunjukkan oleh peningkatan laju mutasi yang mengikuti inaktivasi gen
perbaikan DNA. Banyak DNA memperbaiki protein dan gen itu termasuk
manusia-awalnya diidentifikasi pada bakteri oleh isolasi dan karakterisasi mutan
yang menunjukkan peningkatan laju mutasi atau meningkatkan kepekaan terhadap
agen-agen perusak DNA.
Tanpa Perbaikan DNA, Kerusakan Spontan DNA Dapat Dengan Cepat
Mengubah Urutan DNA
Meskipun DNA adalah material dengan kestabilan yang tinggi, seperti
yang diperlukan untuk penyimpanan informasi genetik, DNA adalah suatu
molekul organik komplek yang rentan, bahkan pada kondisi sel normal, untuk
perubahan spontan yang akan menyebabkan mutasi jika dibiarkan dan tidak
diperbaiki. Sebagai contoh, DNA dari masing-masing sel manusia kehilangan
sekitar 5000 basa purin (adenin dan guanin) setiap harinya karena N-glikosil
mereka berkaitan dengan deksiribosa hidrosol, sebuah reaksi spontan yang disebut
dengan depurinasi. Demikian pula dengan deaminasi spontan dari sitosin ke urasil
yang terjadi di DNA dengan jumlah sekitar 100 basa setiap selnya per hari. Basa
DNA terkadang juga rusak oleh pertemuan dari produk metabolisme reaktif di sel
(termasuk bentuk reaktif dari oksigen) atau oleh paparan bahan kimia dari
lingkungan. Demikian juga radiasi ultraviolet dari matahari yang dapat
menghasilkan sebuah ikatan kovalen antara dua basa pirimidin yang berdekatan
pada susunan DNA, contohnya adalah dimer timin. Jika saat replikasi DNA
terdapat hasil yang belum sesuai, kebanyakan perubahan ini akan diharapkan
untuk memimpin yang lainnya untuk melakukan delesi pada satu atau lebih
pasangan basa menuju pasangan basa substitusi di ikatan DNA anak. Mutasi ini
akan menyebarluaskan generasi sel subsekuen. Seperti tingginya angka dari
pengacakan perubahan urutan DNA yang memiliki konsekuensi bagi organisme.

Ikatan Double Helix DNA Siap Diperbaiki

Struktur double helix DNA idelanya cocok untuk diperbaiki karena terdiri
dari dua copy informasi genetik yang dapat memisah. Ketika salah satu ikatan
rusak, ikatan komplementari menjaga salinan dari informasi yang sama agarr tetap
utuh, dan salinan ini umumnya digunakan untuk mengembalikan ikatan
nukleotida yang benar ke ikatan yang rusak.

Keruskan DNA dapat Disebbakan oleh Lebih dari Satu Jalan

Sel memiliki banyak cara untuk memperbaiki DNA mereka menggunakan
enzim yang berbeda yang akan bereaksi ketika terjadi tipe kerusakan lain.
Rangkaian DNA asli akan dikembalikan oleh DNA polimerase yang digunakan
oleh ikatan yang tidak rusak sebagai template, dan disisa ikatan double helix yang
disegel oleh DNA ligase.
Kedua jalan dibedakan dari bagaimana mereka menghilangkan kerusakan
dari DNA. Jalan pertama disebut base excision repair, termasuk daya dari ensim
yang disebut glikolase, masing-masing dari mereka dapat mengenali tipe spesifik
dari basa yang diubah di DNA dan mengkatalisis penghapusan hidrolitik.
Setidaknya ada enam tipe enzim, termasuk yang menghapus deminated Cs,
deaminated As, tipe berbeda dari alkylated atau basa oksidasi, basa dengan cincin
terbuka, dan basa dimana ikatan ganda karbonnya telah diubah menjadi ikatan
tunggal karbon. Bagaimanakah sebuah basa yang diubah mendeteksi tanpa
mengandung ikatan ganda? Sebuah langkah kunci adalah mediasi enzim
“flipping-out” dari nukleotida yang diubah dari heliks, yang mana memungkinkan
DNA glikosilase untuk memeriksa seluruh bagian dari basa yang rusak. Ini
menunjukkan jika enzim tersebut menelusuri sepanjang DNA menggunakan base-
flipping untuk mengevaluasi status dari masing-masing basa. Sekali saja enzim
menemukan kerusakan basa yang dikenali, dia akan melepaskan basa dari gula itu.
 Bagian yang hilang dibentuk oleh aksi DNA glikosilase dikenali oleh enzim
sebagai AP endonukleus (AP untuk apurin atau apurimidin, endo untuk
menandakan bahwa nukleus membelah tanpa ikatan polinukleotida), yang mana
memotong tulang belakang phodiester, setelah kerusakan disingkirkan dan hasil
gap telah diperbaiki. Depurinasi merupakan tipe yang sangat jarang rusak oleh
DNA, juga meninggalkan sebuah gula deoksiribosa dengan basa yang hilang.
Depurinasi langsung diperbaiki dimulai dengan AP endonuklease, mengikuti
setengah bagian bawah.
Jalan kedua dalam proses perbaikan disebut nucleotide excision repair.
Mekanismenya adalah memperbaiki kerusakan yang disebabkan oleh hampir
seluruh perubahan pada struktur dari DNA double helix. Seperti “bulky lesions”
termasuk yang diciptakan oleh reaksi kovalen dari basa DNA dengan hidrokarbon
yang besar (seperti karsinogen benzopirin). Pada jalan ini multienzim kompleks
memeriksa DNA untuk diseleksi di double heliks, setelah menemukan lesi besar,
ia memotong tulang punggung phosphodiester dari untai yang abnormal pada
kedua sisi distorsi, dan DNA helicase mengupas untaian tunggal oligonukleotida
yang mengandung lesi. Celah besar yang dihasilkan DNA helix kemudian
diperbaiki oleh DNA polimerase dan DNA ligase.
Alternatif untuk proses perbaikan eksisi pangkalan dan nukleotida adalah
pembalikan kimia langsung kerusakan DNA, dan strategi ini digunakan untuk
menghilangkan lesi mutagenik dan sitotoksik tertentu dengan cepat. Sebagai
contoh, lesi alkilisasi O6-methylguanine memiliki gugus metil yang dihilangkan
dengan transfer langsung ke residu sistein dalam protein perbaikan itu sendiri,
yang dihancurkan dalam reakasi. Dalam contoh lain, gugus metil dalam lesi
alkilasi 1-metilade-sembilan dan 3-metilsitosin "dibakar" oleh demethylase yang
bergantung pada besi, dengan pelepasan formaldehid dari DNA termetilasi dan
regenerasi basa asli.
Perbaikan Coupling DNA ke Transkripsi Memastikan Bahwa Hampir
Semua DNA Penting Telah Diperbaiki Secara Efisien
Semua DNA sel berada di bawah pengawasan konstan untuk kerusakan, dan
mekanisme perbaikan yang telah kami uraikan bertindak di semua bagian genom.
Namun, sel memiliki cara mengarahkan perbaikan DNA ke urutan DNA yang
paling dibutuhkan. Mereka melakukan ini dengan menghubungkan RNA
polimerase, enzim yang mentranskripsi DNA menjadi RNA sebagai langkah
pertama dalam ekspresi gen, untuk memperbaiki kerusakan DNA. RNA
polymerase warung di lesi DNA dan, melalui penggunaan protein kopling,
mengarahkan mesin perbaikan ke situs-situs ini. Pada bakteri, di mana gen relatif
pendek, polimerase RNA yang terhenti dapat dipisahkan dari DNA, DNA
diperbaiki, dan gen ditranskripsikan lagi dari awal. Di eucaryote, di mana gen
dapat sangat panjang, reaksi yang lebih kompleks digunakan untuk
"mencadangkan" polimerase RNA, memperbaiki kerusakan, dan kemudian restart
polimerase.
Perbaikan transkripsi-coupled bekerja dengan eksisi dasar, eksisi nukleotida,
dan mesin perbaikan lainnya untuk langsung memperbaiki segera ke urutan DNA
sel yang paling penting, yaitu yang diekspresikan ketika kerusakan terjadi.
Hebatnya, jenis perbaikan ini khusus untuk untaian cetakan tran-mencantumkan
DNA; untaian lainnya diperbaiki dengan kecepatan dan efisiensi yang sama
dengan DNA yang tidak ditranskripsikan sama sekali. Perbaikan yang
dipasangkan dengan transkripsi biasanya sangat menguntungkan pada manusia,
karena hanya sebagian kecil dari genom kita yang ditranskripsi pada waktu
tertentu. Pentingnya terlihat pada individu dengan Cock sindrom ayne, yang
disebabkan oleh cacat dalam perbaikan transkripsi-digabungkan. Orang-orang ini
menderita retardasi pertumbuhan, kelainan skelet, retardasi saraf gestif, dan
kepekaan yang parah terhadap sinar matahari. Sebagian besar masalah ini diduga
berasal dari molekul RNA polimerase yang secara permanen terhenti di lokasi
kerusakan DNA yang terletak pada gen-gen penting.
Bahan Kimia dari Basa DNA Memfasilitasi Deteksi Kerusakan
Heliks ganda DNA tampaknya secara optimal dibangun untuk diperbaiki.
Seperti disebutkan di atas, ini berisi salinan cadangan semua informasi genetik.
Sama pentingnya, secara alami, sifat dari empat basa dalam DNA membuat
perbedaan antara dasar yang tidak rusak dan yang rusak sangat jelas. Sebagai
contoh, setiap kejadian yang memungkinkan peristiwa inasi dalam DNA
menghasilkan basis “yang tidak alami”, yang dapat secara langsung dicatat dan
dihilangkan oleh glikosilase DNA spesifik. Hipoksantin, misalnya, adalah basa
purin paling sederhana yang mampu berpasangan secara khusus dengan C, tetapi
hipoks anthine adalah produk deaminasi langsung A. Penambahan gugus amino
kedua untuk hipoksantin menghasilkan G, yang tidak dapat dibentuk dari A
dengan spontaneous dearnination, dan yang produk deaminasi (xan thine) juga
unik.
RNA dianggap pada skala waktu evolusioner, telah berfungsi sebagai materi
genetik sebelum DNA, dan tampaknya kode genetik awalnya dibawa dalam empat
nukleotida A, C, G, dan U Ini menimbulkan pertanyaan mengapa U dalam RNA
diganti dalam DNA oleh T (yang merupakan 5- metil U). Kita telah melihat
bahwa deaminasi C yang spontan mengubah hal itu menjadi U, tetapi bahwa
peristiwa ini dibuat relatif tidak berbahaya oleh glikosilase DNA urasil. Namun,
jika DNA mengandung U sebagai basis alami, sistem perbaikan akan sulit
membedakan C yang terdegradasi dari U yang terjadi secara alami.
Situasi khusus terjadi pada DNA vertebrata, di mana dipilih C nukleotida
termetilasi pada urutan C-G spesifik yang terkait dengan gen yang tidak aktif.
Deaminasi yang tidak disengaja dari nukleotida C termetilasi ini menghasilkan T
nukleotida alami dalam pasangan basa yang tidak cocok dengan G pada untai
DNA yang berlawanan.

DNA Polimerase Khusus Digunakan Dalam Keadaan Darurat Untuk

Memperbaiki DNA
Jika DNA sel rusak berat, mekanisme perbaikan yang telah kita diskusikan
seringkali tidak cukup untuk mengatasinya. Dalam kasus ini, strategi yang
berbeda adalah salah satu yang memerlukan beberapa risiko untuk sel. Sangat
akurat replikasi DNA polimerase ketika menemukan DNA yang rusak, dan di sel-
sel darurat menggunakan polimerase cadangan yang fleksibel tetapi kurang akurat
meniru melalui kerusakan DNA. Sel manusia mengandung lebih dari 10 DNA
polimerase seperti itu, beberapa di antaranya dapat mengenali jenis kerusakan
DNA tertentu dan secara khusus menambahkan nukleotida diperlukan untuk
mengembalikan urutan awal. Khususnya ketika dasar template telah rusak secara
ekstensif. Enzim-enzim ini tidak seakurat polimerase replikatif normal ketika
mereka menyalin normal urutan DNA. Untuk satu hal, polimerase cadangan tidak
memiliki eksonukleolitik kegiatan proofreading; Selain itu, banyak yang jauh
lebih sedikit dibandingkan dengan
polimerase replikatif dalam memilih nukleotida mana yang pada mulanya
digabungkan. Agaknya, untuk alasan ini, setiap molekul polimerase tersebut
diberi kesempatan untuk tambahkan hanya satu atau beberapa nukleotida.
Meskipun detail dari reaksi yang memukau ini masih dikerjakan, mereka
memberikan kesaksian untuk perawatan organisme mana yang mempertahankan
integritas DNA mereka.

Double-Strand Breaks memungkinkan melakukan perbaikian secara efisien

Suatu jenis kerusakan DNA yang sangat berbahaya terjadi ketika kedua
ikatan heliks ganda rusak, tidak meninggalkan untaian untai utuh untuk
memungkinkan perbaikan akurat. Radiasi pengion, kesalahan replikasi, oksidator,
dan lainnya metabolit yang diproduksi di sel menyebabkan kerusakan pada tipe
ini. Jika lesi ini dibiarkan tidak diperbaiki, mereka akan dengan cepat
menyebabkan kerusakan kromosom ke dalam fragmen yang lebih kecil dan
hilangnya gen ketika sel membelah. Namun, dua mekanisme berbeda telah
berevolusi untuk memperbaiki kerusakan jenis ini.
Kerusakan DNA Menunda Perkembangan Siklus Sel
Kami baru saja melihat bahwa sel-sel mengandung beberapa sistem enzim
yang dapat mengenali dan memperbaiki banyak jenis kerusakan DNA. Karena
pentingnya menjaga keutuhan, DNA tidak rusak dari generasi ke generasi, sel
eukariotik memiliki mekanisme tambahan yang memaksimalkan efektivitas DNA
mereka memperbaiki enzim: mereka menunda perkembangan siklus sel sampai
perbaikan DNA selesai. Siklus dipertahankan melalui penggunaan checkpoint
yang memastikan penyelesaian satu langkah sebelum langkah selanjutnya dapat
dimulai. Di beberapa titik pemeriksaan siklus sel ini, siklus berhenti jika DNA
yang rusak terdeteksi. Jadi, dalam sel mamalia, kehadiran kerusakan DNA dapat
memblokir entri dari G1 ke fase S, dapat memperlambat fase S sekali telah
dimulai, dan dapat memblokir transisi dari fase S ke fase M. Penundaan ini
memfasilitasi perbaikan DNA dengan menyediakan waktu yang diperlukan untuk
perbaikan mencapai penyelesaian. Kerusakan DNA juga menghasilkan
peningkatan sintesis dari beberapa perbaikan DNA enzim. Pentingnya mekanisme
pensinyalan khusus yang merespons DNA kerusakan ditunjukkan oleh fenotip
manusia yang terlahir dengan cacat di gen yang mengkodekan protein. Orang-
orang ini memiliki penyakit ataxia telangiectasia (AT), gejalanya termasuk
neurodegeneration, predisposisi untuk kanker, dan ketidakstabilan genom. Protein
ATM besar diperlukan untuk menghasilkan sinyal intraseluler yang menghasilkan
respons banyak jenis kerusakan DNA spontan, dan individu dengan cacat dalam
hal ini Oleh karena itu protein menderita efek lesi DNA yang tidak diperbaiki
Rekombinasi Homologous Memiliki Fitur Umum di Semua Sel
Pandangan saat ini rekombinasi homolog sebagai mekanisme perbaikan
DNA yang penting di semua sel berevolusi perlahan dari penemuan awalnya
sebagai komponen kunci dalam proses khusus meiosis pada tumbuhan dan hewan.
Selanjutnya rekombinasi yang homolog juga terjadi pada uniseluler yang kurang
kompleks organisme membuatnya jauh lebih mudah menerima analisis molekuler.
Jadi, sebagian besar apa yang kita ketahui tentang biokimia rekombinasi genetik
pada awalnya berasal dari studi bakteri, terutama E. coli dan virusnya, serta dari
percobaan dengan eucaryote sederhana seperti ragi. Untuk organisme ini dengan
waktu generasi pendek dan genom yang relatif kecil, itu mungkin untuk
mengisolasi sejumlah besar mutan dengan cacat dalam proses rekombinasi
mereka. Protein yang diubah pada setiap mutan kemudian diidentifikasi dan,
akhirnya, dipelajari secara biokimia. Baru-baru ini, kerabat dekat dari protein ini
telah ditemukan dan secara ekstensif dicirikan dalam Drosophila, tikus, dan
manusia. Studi-studi ini mengungkapkan bahwa proses mendasar yang
mengkatalisis rekombinasi homolog umum untuk semua sel.
Dalam bentuk yang paling sederhana, jenis interaksi dasar ini dapat ditiru dalam
tabung uji dengan memungkinkan heliks ganda DNA untuk dibentuk kembali dari
singelnya yang terpisah dari untaian. Proses ini disebut renaturasi DNA atau
hibridisasi, terjadi ketika suatu tabrakan acak yang langka menyandingkan urutan
nukleotida komplementer pada dua untaian DNA yang cocok, memungkinkan
pembentukan peregangan pendek dari double helix. Langkah nukleasi helix yang
relatif lambat ini diikuti dengan langkah "ritsleting" yang sangat cepat, karena
wilayah helix ganda diperpanjang untuk memaksimalkan jumlah interaksi

pasangan basa (Gambar 5-54).

Hibridisasi DNA menciptakan suatu wilayah DNA helix yang terbentuk dari
helai-helai berasal dari dua molekul DNA yang berbeda. Pembentukan wilayah
semacam itu, dikenal sebagai heteroduplex, merupakan langkah penting dalam
rekombinasi homolog. Karena sebagian besar DNA di dalam sel beruntai ganda,
Model "test tube" hibridisasi DNA tidak dapat sepenuhnya menjelaskan
bagaimana proses ini terjadi di dalam sel. Memang, mekanisme khusus diperlukan
untuk memulai homolog rekombinasi antara dua molekul DNA beruntai ganda
yang serupa urutan nukleotida. Yang penting untuk mekanisme ini adalah protein
yang memungkinkan DNA hibridisasi terjadi di sel melalui invasi untai pasangan
dari wilayah DNA beruntai tunggal dengan untai komplementer dalam DNA yang
berbeda heliks ganda.
Protein RecA dan Homolognya Mengaktifkan Untaian Tunggal
DNA untuk Pasangan dengan Daerah Homologus DNA Helix Ganda
Karena interaksi pasangan basa yang luas tidak dapat terjadi antara dua
DNA utuh heliks ganda, hibridisasi DNA yang sangat penting untuk rekombinasi
homolog dapat dimulai hanya setelah untai DNA dari satu heliks DNA
dibebaskan dari pasangan untaian komplementernya, sehingga membuat
nukleotida tersedia untuk pasangan dengan heliks DNA kedua. untai tunggal
gratis ini terbentuk ketika pertemuan garpu replikasi nick DNA, berantakan
(menciptakan ujung double-stranded baru), dan exonuclease menurunkan 5 ¢ pada
saat istirahat, meninggalkan untai tunggal yang tidak berpasangan 3 ¢ diakhiri.
Dalam aplikasi lain dari rekombinasi homolog, tunggal terdampar daerah
dihasilkan dengan cara yang sama.

Pencarian homologi dan invasi untai tunggal menjadi DNA dupleks adalah
reaksi kritis yang memulai rekombinasi homolog. Memerlukan, selain protein
mirip RecA dan protein pengikat untai tunggal, beberapa protein dengan fungsi
khusus. Misalnya, protein Rad52 menggantikan protein pengikat untai tunggal
memungkinkan pengikatan Rad51 molekul, dan di samping itu, mempromosikan
annealing singlestrands komplementer. Daerah heteroduplex pendek terbentuk, di
mana untaian tunggal yang menyerang dipasangkan dengan untaian
komplementernya dalam dupleks DNA, seringkali sangat besar diperbesar oleh
proses yang disebut migrasi cabang
 Cabang Migrasi Bisa Memperbesar Daerah Heteroduplex atau Rilis
DNA Baru yang Disintesis sebagai Untai Tunggal
Setelah reaksi invasi untai telah terjadi, titik pertukaran untai (the "Titik
cabang") dapat bergerak melalui proses yang disebut migrasi cabang. Dalam
reaksi ini, wilayah yang tidak berpasangan dari salah satu untaian tunggal akan
berpindah wilayah pasangan untai tunggal lainnya, memindahkan titik cabang
tanpa mengubah jumlah total pasangan basa DNA. Meskipun cabangnya spontan
migrasi dapat terjadi, hasilnya sama di kedua arah. Khusus heliks DNA,
bagaimanapun, dapat mengatalisasi searah migrasi cabang, siap menghasilkan
wilayah DNA heteroduplex yang dapat menjadi ribuan pasangan basapanjang.
Dalam reaksi yang terkait, sintesis DNA yang dikatalisis oleh DNA
polimerase dapat mendorong proses migrasi cabang searah melalui mana yang
baru disintesis DNA digeser sebagai untai tunggal, meniru cara yang baru
disintesis Rantai RNA dilepaskan oleh RNA polimerase. Bentuk sintesis DNA ini
muncul untuk digunakan dalam beberapa proses rekombinasi homolog, termasuk
proses perbaikan untai putus untuk dijelaskan selanjutnya.

Homologous Recombination Can Flawlessly Repair Double- Stranded Breaks

dalam DNA
Sel-sel dapat memperbaiki dalam dua cara. Nonhomologous akhir-
bergabung terjadi tanpa template dan menciptakan mutasi di situs di mana dua
dupleks DNA bergabung. Itu juga bisa secara tidak sengaja gabungkan bersama
segmen dari dua kromosom yang berbeda translokasi kromosom, banyak yang
memiliki konsekuensi serius bagi sel. Berbeda dengan end-joining, rekombinasi
yang tidak homolog dapat memperbaiki untai ganda secara akurat, tanpa
kehilangan atau perubahan nukleotida di lokasi perbaikan. Di sebagian besar sel,
direkombinasi kembali perbaikan double-strand break terjadi hanya setelah sel
telah mereplikasi DNA, ketika salah satu dupleks DNA putri di dekatnya dapat
berfungsi sebagai templat untuk perbaikan yang lain.
Rekombinasi homolog juga dapat digunakan untuk memperbaiki banyak
jenis lainnya Kerusakan DNA, membuatnya mungkin mekanisme perbaikan DNA
yang paling serbaguna tersedia untuk sel; sifat "serbaguna" dari perbaikan
rekombinasi mungkin menjelaskan mengapa mekanisme dan protein yang
melaksanakannya telah dilestarikan di hampir semua sel di Bumi.

Meiotic Rekombinasi Dimulai dengan Double Strand Break yang diprogram

Rekombinasi homolog dalam meiosis dimulai dengan stroke yang berani:

protein khusus (disebut Spol i dalam tunas ragi) menghancurkan kedua helai
heliks ganda DNA di salah satu kromosom yang berekombinasi. Seperti halnya
topoisomerase, reaksi spol l dengan DNA meninggalkan protein yang secara
kovalen terikat pada DNA yang rusak (lihat Gambar 5-22). Sebuah nuklease
khusus kemudian dengan cepat memproses ujung-ujung yang terikat oleh Spoll,
mengeluarkan protein dan meninggalkan ujung unta 3-lengkung yang menonjol.
Pada titik ini, serangkaian invasi untai dan migrasi cabang terjadi yang sering
menghasilkan perantara yang terdiri dari dua jarak yang berdekatan Persimpangan
Holliday, sering disebut sambungan ganda Holliday (Gambar 5-64). Meskipun
beberapa protein yang sama yang berfungsi dalam perbaikan untai ganda
digunakan dalam meiosis, protein-protein ini diarahkan oleh beberapa protein
spesifik meiosis untuk melakukan tugas-tugas mereka dengan agak berbeda,
menghasilkan berbagai intermediet DNA yang terbentuk (bandingkan Gambar 5-
59 dengan Gambar 5-64). Perbedaan penting lainnya adalah bahwa, pada meiosis,
rekombinasi terjadi secara istimewa antara homolog-homolog kromosom maternal
dan paternal, bukan antara dupleks DNA yang baru saja direplikasi, dupleks DNA
identik yang berpasangan dalam perbaikan untai ganda. Ada dua cara berbeda
untuk menyelesaikan intermediate Holliday ganda yang ditunjukkan pada Gambar
5-64. Dalam penyelesaian konseptual yang paling sederhana ("noncrossover"),
pasangan penyeberangan asli memotong di kedua persimpangan Holliday dengan
cara yang sama, yang menyebabkan dua heliks asli untuk memisahkan satu sama
lain dalam bentuk tidak berubah kecuali untuk wilayah di antara keduanya.
persimpangan (lihat Gambar 5-64, kiri; di wilayah itu, setiap heliks berisi regi
pendek, di atas.
 Gambar 5 -64 Rekombinasi homolog dalam meiosis dapat menghasilkan
crossover. Setelah spo11 protein spesifik-meiosis dan dia Mrel l kompleks
merusak DNA dupleks dan memproses ujungnya, rekombinasi homolog
dilanjutkan melalui sambungan ganda Holliday. Banyak langkah-langkah yang
menghasilkan kromosom crossover dalam meiosis mirip dengan yang digunakan
untuk memperbaiki kerusakan pita ganda (Gambar 5-59). Namun, dalam proses
meiosist, prosesnya sangat erat dengan peristiwa meiosis lainnya dan diarahkan
oleh protein, seperti 5 po1 1, t topi yang dihasilkan dalam sel meiotik.
Heteroduplex berdekatan dengan wilayah homoduplex yang dihasilkan oleh
DNA slnthesis). Jika, di sisi lain, dua persimpangan Holliday diselesaikan secara
berlawanan (satu dibelah pada pasangan asli dari untai penyeberangan dan yang
lainnya pada untaian yang tidak menyilang), hasilnya jauh lebih mendalam.
Dalam jenis resolusi ini ("crossover"), bagian dari setiap kromosom hulu dan hilir
dari dua persimpangan Holliday ditukarkan, menciptakan dua kromosom yang
telah menyeberang (lihat Gambar 5-64, kanan). Relatif sedikit dari istirahat untai
ganda yang dimediasi oleh Spoll menjadi crossover; mayoritas (90% pada
manusia, misalnya) dipecahkan sebagai non-macro. Tidak dipahami bagaimana
pilihan ini dibuat, tetapi tampaknya terjadi pada awal proses rekombinasi,
sebelum pertemuan Holliday terbentuk. 'Cukup banyak crossover yang terbentuk
didistribusikan sepanjang kromosom sedemikian rupa sehingga kehadiran
crossover dalam satu posisi menghambat menyeberang masuk
HAL 314

Gambar 5-65 Heteroduplex terbentuk selama meiosisH. DNA heteroduplex hadir

di situs rekombinasi yang dipecahkan baik as crossovers atau non-crosover.
daerah tetangga. Kontrol crossouer yang diistilahkan, mekanisme pengaturan yang
menarik tetapi kurang dipahami ini agaknya menjamin distribusi titik-titik silang
yang merata secara merata di sepanjang kromosom. Untuk banyak organisme,
kira-kira dua crossover per kromosom terjadi selama setiap meiosis, satu pada
setiap lengan. Sebagaimana dibahas secara rinci dalam Bab 21, crossoversp ini
meletakkan peran mekanis penting dalam segregasi kromosom yang tepat selama
meiosis.
Rekombinasi homolog sering menghasilkan konversi gen
Reproduksi seksual, itu adalah hukum dasar genetika bahwa setiap orang tua
membuat kontribusi genetik yang sama kepada keturunan, yang mewarisi satu set
lengkap gen nuklir dari ayah dan satu set lengkap dari ibu. Yang mendasari
hukum ini adalah pemisahan yang sangat akurat dari kromosom ke sel germinal
(telur dan sperma) yang terjadi selama meiosis. Dengan demikian, ketika sel
diploid mengalami meiosis untuk menghasilkan empat sel germinal haploid
(diskusikan dalam bab 2l), tepat setengah dari gen yang didistribusikan pada
empat sel ini harus keibuan (gen yang diploid yang diwarisi frorrrits ibu) dan
separuh paternal lainnya (gen yang diploid yang diwarisi dari ayahnya) Pada
beberapa organisme (jamur, misalnya), adalah mungkin untuk memulihkan dan
menganalisis semua empat gamet haploid yang dihasilkan dari satu sel oleh
meiosis. studi pada organisme tersebut telah mengungkapkan kasus langka di
mana parceiing dari gen melanggar aturan standar genetika. kadang-kadang,
misalnya, meiosis menghasilkan tiga salinan dari versi maternal dari gen dan
hanya satu salinan alel paternal (lihat Gambar 5-63). Versi alternative disebut alel,
dan perbedaan dari distribusi yang diharapkan selama meiosis dikenal sebagai
konversi gen. Studi genetika menunjukkan bahwa hanya bagian kecil DNA yang
mengalami konversi gen, dan dalam banyak kasus hanya sebagian gen yang
diubah.
 Gambar 5 -66 Konversi gen yang disebabkan oleh koreksi ketidak
cocokan. Dalam proses ini, heteroduplex NA isf ormed di situs-situs homolog
rekomoination antara maternaal nd paternal kromosom. Jika kondisi maternal dan
DNA paternal agak berbeda, gion heteroduplerxe akan mencakup ome pasangan
yang tidak serasi, yang kemudian dapat dikoreksi oleh mesin mismatchr epair
DNA (lihat Gambar 5-20). Perbaikan seperti ini dapat "menghapus" nukleotida
baik dari paternal atau untaian ibu. Setelah terjadinya konversi gen repairi
ketidaksesuaian ini, terdeteksi adanya penyimpangan dari segregasi opasitas
equies dari llata maternal dan oaternaal yang normallvo ccurs dalam meiosis.

Ketidaksesuaian Proofreading Mencegah Rekombinasi Antara Dua

persamaan DNA yang Tidak Cocok
Kami telah melihat bahwa rekombinasi homolog bergantung pada pasangan
untaian DNA komplementer (atau hampir komplementer) yang awalnya berasal
dari dupleks DNA terpisah. Apa yang mengontrol seberapa tepat pencocokan
harus? Ini sangat penting untuk acara rekombinasi yang mengarah ke crossover.
Sebagai contoh, genom manusia mengandung banyak rangkaian sekuens DNA
terkait erat, dan jika penyeberangan diizinkan di antara semuanya, itu akan
menciptakan malapetaka di dalam sel. Meskipun kita tidak sepenuhnya
memahami bagaimana sel-sel mencegah crossover yang tidak sesuai, kita tahu
bahwa komponen-komponen sistem pembacaan kesalahan ketidakcocokan yang
sama yang menghilangkan kesalahan replikasi (lihat Gambar 5-20) dan
bertanggung jawab untuk beberapa q, pes konversi gen (lihat Gambar 5- 66)
memiliki peran tambahan mengganggu rekombinasi genetik antara urutan DNA
yang tidak cocok. Diperkirakan bahwa sistem proofreading tidak cocok biasanya
mengenali basis yang salah dalam pertukaran untai awal, dan-jika ada
ketidakcocokan yang signifikan-itu mencegah langkah berikutnya (terutama
migrasi cabang) yang diperlukan untuk membentuk crossover. Jenis proofreading
rekombinasional ini diduga mencegah peristiwa rekombinasi yang tidak
semestinya yang akan berebut genom manusia (Gambar 5-67). Meskipun
kontroversial, itu juga

Gambar 5-67 Mekanisme yang mencegah ekrinasi umum dari mendestabilisasi

topi genomet berisi urutan berulang. Komponen dari sistem proofreading tidak
cocok, yang digambarkan pada Gambar 5-20, memiliki peran tambahan dari
ketidakcocokan pengakuan dan mencegah rekombinasi yang tidak tepat. Jika
diizinkan untuk dilanjutkan, rekombinasi semacam itu akan menghasilkan
penghapusan (kiri) atau konversi gen (kanan), sedangkan informasi dari salah satu
urutan rePeated asli telah hilang.

Ringkasan

Rekombinasi homolog (juga disebut rekombinasi umum) menghasilkan

transfer informasi genetik antara dua segmen dupleks DNA dengan urutan
nukleotida yang sama. Proses ini sangat penting untuk perbaikan kerusakan
kromosom bebas kesalahan di semua sel, dan juga bertanggung jawab untuk
penyilangan -komponen kromosom yang terjadi selama meiosis. Acara
rekombinasi dipandu oleh serangkaian protein khusus. Meskipun dapat terjadi di
mana saja pada molekul DNA, ia selalu membutuhkan interaksi pasangan-pisah
yang luas antara untaian komplementer dari dua dupleks DNA yang berinteraksi.
Dalam meiosis, rekombinasi homologis dimulai oleh istirahat untai ganda yang
sengaja diproduksi sepanjang kromosom masing-masing. Istirahat ini diproses
menjadi ujung 3 ¢ tunggal yang, dalam reaksi dikatalisis oleh protein keluarga
RecA, menyerang dupleks DNA pasangan homolog. Migrasi cabang disertai
dengan sintesis DNA terbatas kemudian mengarah pada pembentukan struktur
beruntai empat yang dikenal sebagai persimpangan Holliday. Setiap reaksi
rekombinasi berakhir ketika pemotongan DNA menyelesaikan rekombinasi ini.
Hasilnya bisa berupa dua kromosom yang telah menyeberang (yaitu, kromosom di
mana DNA di kedua sisi situs pasangan DNA berasal dari dua homolog yang
berbeda), atau dua kromosom non-crossover. Dalam kasus terakhir, dua
kromosom hasil tersebut identik dengan dua homolog asli, kecuali untuk
perubahan urutan DNA yang relatif kecil di lokasi rekombinasi. Tidak seperti
situasi pada meiosis, reaksi rekombinasi homolog yang memperbaiki perpatahan
untaian ganda jarang menghasilkan produk crossover.
TRANSPOSISI DAN KONSERVATIF SITESPECIFIC RECOMBINATION
Kami telah melihat bahwa, melalui rekombinasi homolog, penataan ulang
terjadi antara segmen DNA yang dapat menghasilkan pertukaran sekuens DNA
antara kromosom. Namun, urutan gen pada kromosom yang berinteraksi biasanya
tetap sama dengan rekombinasi homolog, karena urutan pengulangan harus sangat
mirip untuk proses terjadi. Pada bagian ini, kami mendeskripsikan dua jenis
rekombinasi yang sangat berbeda — transposisi (juga disebut rekombinasi
transposisi) dan rekombinasi situs-spesifik konservatif — yang tidak
membutuhkan wilayah substansial homologi DNA. Kedua jenis peristiwa
rekombinasi ini dapat mengubah urutan gen sepanjang kromosom, dan
menyebabkan jenis mutasi yang tidak biasa yang menambahkan informasi baru ke
genom.
Berdasarkan struktur dan mekanisme transposisi mereka, transposon dapat
dikelompokkan menjadi tiga kelas besar: transposon DNA saja, retrotransposons
retroviral-suka, dan retrotransposons nonretroviral. Setiap kelas akan dibahas
secara rinci di bawah ini. Untuk tujuan referensi, perbedaan antara mereka secara
singkat diuraikan pada Tabel 5–3.
Transposon DNA-Hanya Bergerak oleh Mekanisme Cut-and-Paste dan
Replicative Transposon DNA hanya mendominasi bakteri, dan mereka sebagian
besar bertanggung jawab untuk penyebaran resistensi antibiotik pada strain
bakteri. Ketika antibiotik seperti penicillin dan streptomisin pertama kali tersedia
secara luas pada tahun 1950-an, sebagian besar bakteri yang menyebabkan
penyakit manusia rentan terhadap mereka. Lima puluh tahun kemudian, situasinya
telah berubah secara dramatis — antibiotik seperti penicillin (dan turunan
modernnya) tidak lagi efektif terhadap banyak strain bakteri modern, termasuk
yang menyebabkan gonore dan pneumonia bakteri. Penyebaran resistensi
antibiotik sebagian besar disebabkan oleh gen yang menyandi enzim-enzim yang
menginaktivasi antibiotik yang dibawa pada transposon (Gambar 5-68). Meskipun
elemen-elemen bergerak ini hanya dapat ditransformasikan dalam sel yang sudah
membawa mereka, mereka dapat dipindahkan dari satu sel ke sel lainnya melalui
mekanisme lain yang dikenal secara kolektif sebagai transfer gen horizontal
(Gambar 1–23). Setelah dimasukkan ke dalam sel baru, transposon dapat
memasukkan dirinya ke dalam genom dan dengan setia diteruskan ke semua sel
progeninya melalui proses normal replikasi DNA dan pembelahan sel.
 Kita akan melihat pada bab berikutnya bahwa penataan ulang ikatan
fosfodiester yang sama (disebut transesterifikasi) mendasari proses fundamental
lain dalam biologi molekuler, splicing RNA. Karena istirahat yang dibuat dalam
dua untai DNA target terhuyung-huyung (panah merah pada Gambar 5-69),
molekul DNA produk pada mulanya mengandung dua pendek, celah single-
stranded, satu di setiap ujung transposon yang disisipkan. DNA polymerase dan
DNA ligase host mengisi dan menutup celah ini untuk menyelesaikan proses
rekombinasi. Ini menghasilkan duplikasi pendek dari urutan DNA target di situs
penyisipan; urutan pengulangan langsung mengapit ini, yang panjangnya berbeda
untuk transposon yang berbeda, berfungsi sebagai catatan yang nyaman dari
peristiwa transposisi sebelumnya.
 Gambar 5–68 Tiga dari banyak transposon DNA hanya ditemukan pada bakteri. Masing-
masing elemen DNA mobile ini mengandung gen yang mengkode transposase, enzim
yang melakukan setidaknya beberapa kerusakan DNA dan bergabung dengan reaksi
yang diperlukan untuk elemen bergerak. Setiap transposon juga membawa sekuens
DNA pendek (ditunjukkan dengan warna merah) yang hanya dikenali oleh transposase
yang dienkode oleh elemen tersebut dan diperlukan untuk pergerakan elemen. Selain
itu, dua dari tiga elemen seluler yang ditunjukkan membawa gen yang menyandi enzim
yang menonaktifkan antibiotik ampisilin (AmpR) dan tetrasiklin (TetR) .Transposabel
elemen Tn10, ditunjukkan dalam diagram bawah, diduga telah berevolusi dari
kemungkinan pendaratan dua elemen seluler yang jauh lebih pendek di kedua sisi gen
resistensi tetrasiklin: penggunaan luas tetrasiklin sebagai antibiotik telah dipilih untuk
penyebaran transposon ini melalui populasi bakteri

Hebatnya, mekanisme yang sama digunakan untuk memotong transposon

cut-and-paste dari DNA telah ditemukan untuk beroperasi dalam mengembangkan
sistem kekebalan tubuh vertebrata, mengkatalisis penataan ulang DNA yang
menghasilkan antibodi dan keragaman reseptor sel T. Dikenal sebagai
rekombinasi V (D) J, proses ini akan dibahas dalam Bab 25. Ditemukan hanya
pada vertebrata, rekombinasi V (D) J adalah kebaruan evolusioner yang relatif
baru, tetapi diyakini telah berevolusi dari potongan yang jauh lebih kuno. dan
tempelkan transposon.
Beberapa transposon DNA saja bergerak dengan mekanisme yang disebut
transposisi replikatif. Dalam hal ini, DNA transposon direplikasi selama
transposisi: satu salinan tetap di situs asli sementara yang lain dimasukkan pada
lokasi kromosom baru. Meskipun mekanisme yang digunakan lebih kompleks,
mekanisme ini terkait erat dengan mekanisme cut-and-paste yang baru saja
dijelaskan; memang, beberapa transposon dapat bergerak dengan kedua jalur
tersebut.
Beberapa Virus Menggunakan Mekanisme Transposisi untuk Memindahkan
Diri ke dalam Kromosom Sel Host Virus tertentu dianggap sebagai unsur genetika
mobile karena mereka menggunakan mekanisme transposisi untuk
mengintegrasikan genome mereka ke dalam sel inangnya. Namun, tidak seperti
transposon, virus ini menyandikan protein yang mengemas informasi genetik
mereka ke dalam partikel virus yang dapat menginfeksi sel lain. Banyak dari virus
Sebagian Besar Genom Manusia Terdiri dari Retrotransposons Nonretroviral.
Sebagian besar dari banyak kromosom vertebrata terdiri dari berulang-u;ang
urutan DNA. Meskipun sebagian besar transposon ini tidak bergerak, sedikit yang
mempertahankan kemampuan untuk bergerak.
 Retrotransposons nonretroviral ditemukan di banyak organisme dan
bergerak melalui mekanisme berbeda yang membutuhkan endonuklease kompleks
dan kebalikannya transkriptase. Seperti yang diilustrasikan Gambar 5–74, RNA
dan reverse transcriptase memiliki lebih banyak peran langsung dalam
rekombinasi daripada yang retrotransposons seperti retro.
Pemeriksaan urutan genom manusia telah mengungkapkan bahwa sebagian
besar retrotransposons nonretroviral — misalnya, banyak salinan dari
Aluelemenment, seorang anggota Sine (elemen nuklir pendek yang diselingi) –
lakukan tidak membawa endonuklease atau gen reverse transcriptase mereka
sendiri. meskipun begitu telah berhasil memperkuat diri untuk menjadi konstituen
utama genom, mungkin dengan membajak enzim yang dikodekan oleh
transposon lain.

Elemen Transposabel Berbeda Mendominasi Dalam Organisme Berbeda

Kami telah menguraikan beberapa jenis elemen yang dapat dipindahkan: (1)
transduser DNA saj poson, gerakan yang didasarkan pada DNA melanggar dan
bergabung reac-tions; (2) retrotransposons mirip retroviral, yang juga bergerak
melalui kerusakan DNAdan bergabung, tetapi di mana RNA memiliki peran kunci
sebagai template untuk menghasilkan DNA substrat rekombinasi; dan (3)
retrotransposons nonretroviral, di mana suatu Salinan RNA elemen adalah pusat
penggabungan elemen ke dalam DNA target, bertindak sebagai template langsung
untuk reverse tran- target reverse-DNA. .Menariknya, berbagai jenis transposon
mendominasi dalam organ yang berbeda. Sebagai contoh, sebagian besar
transposon bakteri hanya DNA jenis, dengan beberapa terkait dengan
 Genome

Sequences Ungkap The Approximate Times itu

Elemen Transposabel Telah Dipindahkan
Urutan nukleotida genom manusia memberikan "catatan fosil" yang kaya
aktivitas transposon selama rentang waktu evolusi. Dengan hati-hati
membandingkan urutan nukleotida dari sekitar 3 juta unsur transposabel
sisa-sisa genom manusia, dimungkinkan untuk merekonstruksi gerakan secara
luas transposon di genom nenek moyang kita selama beberapa jutaan tahun.
Sebagai contoh, transposon DNA tampaknya telah terjadi
sangat aktif sebelum perbedaan manusia dan monyet Dunia Lama (25–35
juta tahun yang lalu); tetapi, karena mereka berangsur-angsur mengakumulasi
mutasi, mereka telah aktif dalam garis keturunan manusia sejak saat itu. Juga,
meskipun genom kita dikotori dengan peninggalan dari transposon mirip
retroviral, tidak ada tampak aktif hari ini. Hanya satu keluarga retrotransposons
yang mirip retroviral diyakini telah beralih dalam genom manusia sejak
divergensi manusia dan simpanse kira-kira 6 juta tahun yang lalu. Pergerakan
retrotransposons nonretroviral bertanggung jawab untuk bagian kecil tetapi
signifikan dari mutasi manusia baru menjadi dua mutasi dari setiap seribu.
Konservatif Khusus Situs Konservatif Bisa Terbalik
Atur ulang DNA
Mekanisme rekombinasi jenis yang berbeda, yang dikenal sebagai
khusus konservatif rekombinasi,memediasi penyusunan ulang tipe-tipe lain dari
elemen DNA mobilements. Di jalur ini, kerusakan dan penggabungan terjadi di
dua situs khusus, satu disetiap molekul DNA yang berpartisipasi. Tergantung pada
posisi dan ori relatifentations dari dua situs rekombinasi, integrasi DNA, eksisi
DNA, atau DNA inversi dapat terjadi (Gambar 5–76). Situs konservatif
rekombinasi khusus adalah dilakukan oleh enzim khusus yang pecah dan
bergabung kembali dengan dua DNA ganda heliks pada urutan spesifik pada
setiap molekul DNA. Sistem enzim yang sama yang bergabung dengan dua
molekul DNA sering dapat memisahkan mereka kembali, tepatnya restorasi-ing
urutan dari dua molekul DNA asli (lihat Gambar 5-76A).
Rekombinasi yang mengkatalisis situs konservatif-spe-rekombinasi spesifik
menyerupai topoisomerase dalam arti bahwa mereka membentuk tran-mengikat
ikatan kovalen berenergi tinggi dengan DNA dan menggunakan energi ini untuk
menyelesaikannya penyusunan ulang DNA. Dengan demikian semua ikatan fosfat
yang rusak selama Acara rekombinasi dipulihkan setelah selesai (karenanya istilah
conser-vative). Transposisi, sebaliknya, menggunakan reaksi transesterifikasi
yang dilakukannya tidak diproses melalui protein-DNA yang bergabung secara
kovalen. Proses ini meninggalkan celah pada DNA yang harus disegel kembali
oleh DNA polimerase dan ligase, keduanyayang membutuhkan input energi dalam
bentuk hidrolisis nukleotida.

Rekombinasi Situs Khusus konservatif Ditemukan di Indonesia

Bakteriofag α
 Virus bakteri, bacteriophage lambda, adalah elemen pertama DNA jenis apa
pun yang harus dipahami dalam detailbiokimia. Ketika virus ini memasuki sel, itu
mengarahkan sintesis enzim rekombinase yang dikodekan virus disebut lambda
integrase
Enzim ini memediasi ikatan kovalen dari DNA virus ke bac kromosom
terial, menyebabkan virus menjadi bagian dari kromosom ini
bahwa itu direplikasi secara otomatis — sebagai bagian dari DNA host.
Rekombinasi proses dimulai ketika beberapa molekul protein integrase mengikat
erat ke suatu urutan DNA spesifik pada kromosom bakteriofase melingkar,
bersama dengan beberapa protein inang. DNA kompleks protein dapat mengikat
urutan DNA pada kromosom bakteri, membawa bakteri dan kromosom
bakteriofag bersama. Integrase kemudian mengkatalisis
diperlukan pemotongan dan reaksi resealing yang menghasilkan rekombinasi.
Karena wilayah singkat dari homologi berurutan dalam dua urutan yang
tergabung, sebuah het- kecilsendi eroduplex terbentuk pada titik pertukaran ini
(Gambar 5–77).
Tipe yang sama dari mekanisme rekombinasi spesifik-situs memungkinkan
bakteri-phage lambda DNA untuk keluar dari situs integrasinya di
E. colikromosom dalamMenanggapi sinyal spesifik dan berkembang biak dengan
cepat di dalam sel bakteri (Angka5–78). Eksisi dikatalisis oleh kompleks enzim
integrase dan faktor pejamu dengan protein bakteriofag kedua, eksisiase, yang
diproduksi oleh virus hanya ketika sel inangnya ditekan - dalam hal ini, ia berada
dalam bakteri- bunga phage untuk meninggalkan sel inang dan berkembang biak
lagi sebagai partikel virus.
 Konservatif Khusus Situs Konservatif Dapat Digunakan untuk Berpaling
Gen On atau Of Ketika situs khusus dikenali oleh rekombinasi situs khusus yang
konservatif terbalik dalam orientasi mereka, urutan DNA di antara mereka
terbalik daripada dipotong (lihat Gambar 5-76). Banyak bakteri menggunakan
nver semacam itu.sion dari urutan DNA untuk mengontrol ekspresi gen dari gen
rtentu — untuk Misalnya, dengan merakit gen aktif dari segmen pengkodean yang
terpisah. Replikasi, Perbaikan, dan Rekombinasi DNA jenis kontrol gen memiliki
keuntungan sebagai warisan langsung, karena susunan DNA baru ditransfer ke
kromosom putri secara otomatis ketika sebuah sel membelah. Kita akan
menemukan contoh spesifik dari penggunaan rekombinasi khusus situs khusus di
Bab 7 (lihat Gambar 7-64).
Rekombinasi Bakteri konservatif-situs-spesifik juga telah menjadi kekuatan-
alat bantu untuk ahli biologi sel dan perkembangan. Untuk menguraikan peran
spesifik gen dan protein dalam organisme multisel yang kompleks, rekayasa
genetika teknik digunakan untuk menghasilkan tikus yang membawa gen yang
mengkodekan situs tertentu enzim rekombinasi ditambah DNA target yang
dirancang dengan hati-hati dengan situs DNA bahwa enzim ini mengenali. Pada
waktu yang tepat, gen yang mengkodekan enzim dapat diaktifkan untuk mengatur
ulang urutan DNA target. Seperti belakang-rangement banyak digunakan untuk
menghapus gen tertentu dalam jaringan tertentumouse (Gambar 5–79). Ini sangat
berguna ketika gen yang diinginkan memainkan peran kunci dalam
pengembangan awal banyak jaringan, dan penghapusan lengkapgen dari germ line
akan menyebabkan kematian pada awal embriogenesis. Itu strategi yang sama
juga dapat digunakan untuk mengekspresikan gen tertentu secara tidak tepat di
ajaringan bunga; di sini, penghapusan yang dipicu bergabung dengan program
transkripsional yang kuat moter ke gen yang diinginkan. Dengan alat ini
seseorang dapat secara prinsip menentukan pengaruh protein apa pun dalam
jaringan hewan utuh yang diinginkan.

Ringkasan
Genom dari hampir semua organisme mengandung unsur genetika bergerak
yang dapat bergerak dari satu posisi di genom ke yang lain dengan baik
transposisional atau konservatif proses rekombinasi khusus situs. Dalam banyak
kasus, gerakan ini bersifat acak dan terjadi pada frekuensi yang sangat rendah.
Elemen genetik seluler termasuk transposon, yang bergerak dalam satu sel (dan
turunannya), ditambah virus-virus yang genomnya dapat mengintegrasikan ke
dalam genom sel induk. Ada tiga kelas transposon: transposon DNA saja,
retroviral- seperti retrotransposons, dan retrotransposons nonretroviral. Semua
kecuali yang terakhir miliki kerabat dekat di antara virus. Meskipun virus dan
elemen transposabel bisa dipandang sebagai parasit, banyak pengaturan baru
rangkaian DNA yang situs mereka-peristiwa rekombinasi spesifik menghasilkan
telah menciptakan variasi genetik yang penting untuk evolusi sel dan organisme.

Gambar 5–70 Struktur intermediet pusat yang dibentuk oleh transposase potong dan
tempel. (A) Skema pandangan dari struktur keseluruhan. (B) Struktur terperinci dari
transposase yang memegang kedua ujung DNA, yang 3 ¢ -OH kelompoknya siap
untuk menyerang target kromosom. Satu domain dari transposase mengenali urutan
DNA pada akhir transposon sementara domain yang berbeda melakukan kerusakan
DNA-bergabung dengan kimia (B, dari D.R. Davies et al., Science289: 77-85, 2000.
Dengan izin dari AAAS.)
Virus yang menginfeksi bakteri dikenal sebagai bakteriofag. Bakteriofag Munot
hanya menggunakan transposisi berbasis DNA untuk mengintegrasikan genome
ke dalam kromosom sel inangnya, ia juga menggunakan transposisi replikatif
untuk mereplikasi genomnya. Transposisi juga memiliki peran kunci dalam siklus
kehidupan banyak virus lainnya. Paling terkenal adalah retrovirus, yang termasuk
virus AIDS manusia, HIV. Di luar sel, retrovirus ada sebagai genom RNA
beruntai tunggal yang dikemas ke dalam kapsul protein bersama dengan enzim
reverse transcriptase yang dikode virus. Selama proses infeksi, RNA virus
memasuki sel dan diubah menjadi molekul DNA dua kali lipat oleh aksi enzim
krusial ini, yang mampu memolimerisasi DNA pada RNA atau templat DNA
(Gambar 5–71 dan Gambar 5– 72). Istilah retrovirus mengacu pada kemampuan
virus untuk membalikkan aliran informasi genetik yang biasa, yang biasanya dari
DNA ke RNA (lihat Gambar 1–5).

Setelah reverse transcriptase menghasilkan molekul DNA beruntai ganda, sekuens

spesifik di dekat kedua ujungnya dipegang bersama oleh transposase bersirkulasi
virus yang disebut integrase. Integrase menciptakan diaktifkan 3 ¢ -OH ujung
DNA virus yang secara langsung dapat menyerang molekul DNA target melalui
mekanisme yang mirip dengan yang digunakan oleh transposon DNA hanya-cut-
dan-tempel (Gambar 5-73). Bahkan, analisis rinci dari struktur tiga dimensi dari
transposase bakteri dan integrase HIV telah mengungkapkan kesamaan yang luar
biasa dalam enzim ini, meskipun urutan asam amino mereka telah menyimpang
jauh.

Retrotransposons Retroviral-mirip Resemble Retroviruses, tetapi Kurangnya

Lambang Protein

Sebuah keluarga besar transposon yang disebut retrotransposons retroviral (lihat

Tabel 5-3) bergerak masuk dan keluar dari kromosom oleh mekanisme yang
identik dengan yang digunakan oleh retrovirus. Unsur-unsur ini hadir dalam
organisme yang beragam seperti ragi, lalat, dan mamalia; tidak seperti virus,
mereka tidak memiliki kemampuan intrinsik untuk meninggalkan sel residen
 mereka tetapi diteruskan ke semua keturunan sel itu melalui proses normal
replikasi DNA dan pembelahan sel. Langkah pertama dalam transposisi mereka
adalah transkripsi seluruh transposon, menghasilkan salinan RNA dari unsur yang
biasanya beberapa ribu nukleotida panjang. Transkrip ini, yang diterjemahkan
sebagai RNA pembawa pesan oleh sel inang, mengkode enzim reverse
transcriptase. Enzim ini membuat duplikat DNA untai ganda dari molekul RNA
melalui percabangan RNA / DNA intermediet, tepatnya mencerminkan tahap awal
infeksi oleh retrovirus (lihat Gambar 5-71). Seperti retrovirus, molekul DNA
beruntai ganda kemudian berintegrasi menjadi sebuah situs pada kromosom
dengan menggunakan enzim integrase yang juga disandikan oleh elemen (lihat
Gambar 5-73).

Gambar 5–71 Siklus hidup dari retrovirus. Genom retrovirus terdiri dari molekul RNA sekitar
8500 nukleotida; dua molekul tersebut biasanya dikemas ke dalam setiap partikel virus. Enzim
reverse transcriptase pertama membuat salinan DNA dari molekul RNA virus dan kemudian
untai DNA kedua, menghasilkan salinan DNA genom RNA beruntai ganda. Integrasi heliks ganda
DNA ini ke dalam kromosom tuan rumah kemudian dikatalisasi oleh enzim integrase yang
dienkode virus (lihat Gambar 5-73). Integrasi ini diperlukan untuk sintesis molekul RNA virus
baru oleh RNA polimerase sel induk, enzim yang mentranskripsi DNA menjadi RNA (dibahas
dalam Bab 6).