Dalam bab ini kita membahas prinsip dan teknik tradisional genetika bakteri.

Banyak teknik baru sekarang secara rutin digunakan untuk menyelidiki genom bakteri dan
lainnya organisme Pendekatan baru ini dibahas pada Bab 11, Rekayasa Genetika, dan Bab 12,
Genomik Mikroba. Sini pertama-tama kami menjelaskan bagaimana perubahan muncul
dalam materi genetik. Lalu kami mempertimbangkan bagaimana gen dapat ditransfer dari
satu mikroorganisme ke yang lain.
I. Mutasi
Semua organisme mengandung urutan spesifik basa nukleotida dalam genom
mereka, cetak biru genetik mereka. Mutasi adalah a perubahan yang diwariskan dalam urutan
dasar genom itu. Mutasi dapat menyebabkan perubahan — sebagian baik, sebagian buruk,
tetapi sebagian besar netral efek — dalam suatu organisme. Perubahan genetik juga bisa
terjadi tentang melalui rekombinasi (Bagian 10.6), pertukaran fisik DNA antar elemen
genetik. Rekombinasi menciptakan yang baru kombinasi gen bahkan tanpa adanya mutasi.
Sedangkan mutasi biasanya menghasilkan jumlah yang sangat kecil perubahan genetik dalam
sel, rekombinasi genetik biasanya menghasilkan perubahan yang jauh lebih besar. Seluruh
gen, set gen, atau genap segmen DNA yang lebih besar dapat ditransfer antar kromosom atau
elemen genetik lainnya. Secara bersama-sama, mutasi dan rekombinasi memicu proses
evolusi. Tidak seperti kebanyakan eukariota, prokariota tidak bereproduksi secara seksual.
Namun, prokariota memiliki mekanisme horizontal pertukaran genetik yang memungkinkan
transfer gen dan rekombinasi. Untuk mendeteksi pertukaran genetik antara dua prokariota, itu
Oleh karena itu perlu menggunakan penanda genetik yang transfernya dapat terdeteksi. Istilah
"penanda" mengacu pada gen apa pun yang kehadirannya dimonitor selama percobaan
genetika. Jika memungkinkan, spidol dipilih yang relatif mudah dideteksi. Diubah secara
genetik strain digunakan dalam percobaan transfer gen, perubahannya karena satu atau lebih
mutasi dalam DNA mereka. Mutasi ini mungkin melibatkan perubahan hanya dalam satu atau
beberapa pasangan basa atau bahkan penyisipan atau penghapusan seluruh gen. Sebelum
membahas genetik pertukaran, oleh karena itu kami akan mempertimbangkan mekanisme
molekuler mutasi dan sifat-sifat mikroorganisme mutan.

10.1 Mutasi dan Mutan

Mutasi adalah perubahan yang diwariskan dalam urutan dasar asam nukleat dalam genom
suatu organisme atau virus atau lainnya entitas genetik. Dalam semua sel, genom terdiri dari merek
ganda DNA. Dalam virus, sebaliknya, genom dapat terdiri dari DNA atau RNA untai tunggal atau
ganda. Strain sel apa pun atau virus yang membawa perubahan dalam urutan nukleotida disebut a
mutan. Mutan menurut definisi berbeda dari strain induknya di genotipnya, urutan nukleotida
genom. Tambahan, sifat-sifat mutan yang dapat diamati — fenotipnya— juga dapat diubah relatif
terhadap induknya. Ini mengubah fenotipe disebut fenotipe mutan. Adalah umum untuk merujuk
pada strain yang diisolasi dari alam sebagai strain tipe liar. Istilah wild type mungkin digunakan untuk
merujuk pada keseluruhan organisme atau hanya untuk status tertentu gen yang sedang diselidiki.
Derivatif mutan bisa diperoleh baik langsung dari strain tipe liar atau dari lainnya strain yang
sebelumnya berasal dari tipe liar, misalnya, mutan lain.
Genotipe versus Fenotip
Tergantung pada mutasi, strain mutan mungkin atau mungkin tidak berbeda dalam
fenotip dari induknya. Dengan konvensi pada bakteri genetika, genotipe suatu organisme ditunjuk
oleh tiga huruf kecil huruf diikuti dengan huruf kapital (semuanya dicetak miring) yang menunjukkan
gen tertentu. Sebagai contoh, gen hisC dari Escherichia coli mengkode protein yang disebut HisC
yang berfungsi dalam biosintesis asam amino histidin. Mutasi pada gen hisC akan terjadi ditunjuk
sebagai hisC1, hisC2, dan sebagainya, angka-angka yang merujuk pada urutan isolasi dari strain
mutan. Setiap mutasi hisc akan berbeda, dan masing-masing mutasi HisC mungkin mempengaruhi
HisC protein dengan berbagai cara.
Fenotip suatu organisme ditandai dengan huruf kapital diikuti oleh dua huruf kecil, dengan
plus atau minus superscript untuk menunjukkan ada atau tidaknya properti itu.Sebagai contoh,
strain +-Nya dari E. coli mampu membuatnya sendiri histidin, sedangkan strain His tidak.
Keturunannya akan melakukannya membutuhkan suplemen histidin untuk pertumbuhan. Mutasi
dalam Gen C-nya akan mengarah pada fenotip-Nya jika itu menghilangkan fungsinya dari protein
HisC.
Isolasi Mutants: Screening versus Selection
Hampir setiap karakteristik suatu organisme dapat diubah oleh mutasi. Namun, beberapa
mutasi dapat dipilih, berunding beberapa jenis keuntungan pada organisme yang memilikinya,
sedangkan yang lain tidak dapat dipilih, meskipun mereka mungkin mengarah ke hal yang sangat
perubahan yang jelas dalam fenotip suatu organisme. Mutasi yang dapat dipilih memberikan
keuntungan yang jelas pada strain mutan di bawah tertentu kondisi lingkungan, sehingga keturunan
dari sel mutan adalah mampu mengatasi dan mengganti induk. Contoh yang bagus dari a mutasi
yang dapat dipilih adalah resistensi obat: Antibiotik-tahan mutan dapat tumbuh di hadapan
konsentrasi antibiotik itu menghambat atau membunuh orang tua (Gambar 10.1a) dan dengan
demikian dipilih untuk dalam kondisi seperti ini. Ini relatif mudah dideteksi dan diisolasi mutan yang
dapat dipilih dengan memilih lingkungan yang sesuai kondisi. Seleksi karenanya merupakan genetik
yang sangat kuat alat, memungkinkan isolasi mutan tunggal dari suatu populasi mengandung jutaan
atau bahkan miliaran organisme induk. Contoh dari mutasi yang tidak dapat diubah adalah
kehilangan warna pada pigmen organisme (Gambar 10.1b). Sel nonpigmented biasanya tidak
memiliki kelebihan atau kekurangan dibandingkan pigmen sel induk ketika ditanam di piring agar-
agar, meskipun berpigmen organisme mungkin memiliki keunggulan selektif di alam. Kita dapat
mendeteksi mutasi semacam itu hanya dengan memeriksa sejumlah besar koloni dan mencari yang
"berbeda", sebuah proses yang disebut penyaringan.
Isolasi Auxotroph Gizi dan Pemilihan Penisilin
Meskipun skrining lebih membosankan daripada seleksi, metodenya tersedia untuk
menyaring koloni dalam jumlah besar untuk jenis mutasi tertentu. Misalnya, mutan yang cacat
nutrisi bisa dideteksi dengan teknik replika plating (gambar 10.2). Jejak koloni dari master plate
dibuat ke piring agar-agar yang kekurangan nutrisi dengan menggunakan kain beludru steril atau
filter kertas. Koloni orang tua akan tumbuh secara normal, sedangkan koloni orang tua mutan tidak
akan. Dengan demikian, ketidakmampuan suatu koloni untuk terus tumbuh media kurang sinyal
nutrisi bahwa itu adalah mutan. Itu koloni di master plate sesuai dengan tempat kosong di pelat
replika kemudian dapat diambil, dimurnikan, dan dikarakterisasi.
Mutan dengan kebutuhan nutrisi untuk pertumbuhan disebut a auxotroph, dan induk dari
mana ia berasal disebut a prototrof. (Sebuah prototrof mungkin atau mungkin bukan tipe liar. An
auxotroph dapat berasal dari tipe liar atau dari mutan turunan dari jenis liar.) Misalnya, mutan E. coli
dengan a Fenotipnya adalah auksotrof histidin. Meskipun sangat bermanfaat, replika pelapisan
adalah proses penyaringan, dan itu bisa menjadi susah payah untuk mengisolasi mutan dengan
skrining. Metode cerdik yang banyak digunakan untuk mengisolasi auksotrof adalah pemilihan
penisilin. Biasanya, mutan yang membutuhkan nutrisi spesifik berada pada posisi yang tidak
menguntungkan dalam persaingan dengan Sel orang tua dan karenanya tidak ada cara langsung
mengisolasi mereka. Bahkan, mutan auksotrof jarang terjadi pada kultur yang mengalami
mutagenasi memakan waktu untuk mendapatkannya dengan replika plating saja. Namun, pemilihan
penisilin dapat digunakan untuk memperkaya auksotrofik mutan dalam populasi sel yang termutasi,
setelah itu replika plating jauh lebih efektif. Bagaimana cara penisilin pekerjaan seleksi?
Penisilin adalah antibiotik yang hanya membunuh sel yang tumbuh. Jika penisilin
ditambahkan ke populasi sel yang tumbuh dalam medium kekurangan nutrisi yang dibutuhkan oleh
mutan yang diinginkan, sel-sel itu mampu tumbuh akan terbunuh, padahal mutan yang nongrowing
sel-sel akan bertahan hidup. Setelah inkubasi awal tanpa adanya nutrisi dalam medium yang
mengandung penisilin, populasinya adalah dicuci bebas dari penisilin dan dipindahkan ke piring yang
mengandung nutrisi. Koloni yang muncul termasuk beberapa tipe liar sel-sel yang lolos dari
pembunuhan penisilin, tetapi juga termasuk yang relatif peningkatan proporsi mutan yang
diinginkan. Pemilihan penisilin dengan demikian semacam seleksi negatif; pemilihan bukan untuk
mutan, tetapi sebaliknya melawan tipe liar. Pemilihan penisilin sering digunakan sebagai pembuka
untuk replika plating untuk meningkatkan peluang untuk mendapatkan mutan auksotrofik. Contoh
kelas mutan umum dan cara yang digunakan mereka terdeteksi tercantum dalam Tabel 10.1
10.2 Dasar Molekul Mutasi
Mutasi dapat terjadi secara spontan atau diinduksi. Diinduksi mutasi adalah mereka yang
disebabkan oleh agen di lingkungan dan termasuk mutasi yang dilakukan dengan sengaja oleh
manusia. Mereka bisa hasil dari paparan radiasi alami (sinar kosmik, dan sebagainya) yang
mengubah struktur basa dalam DNA. Selain itu, beragam bahan kimia, termasuk radikal oksigen
(Bagian 5.18), secara kimia dapat memodifikasi DNA. Misalnya, radikal oksigen bisa mengubah
guanin menjadi 8-hidroksiguanin, dan ini menyebabkan mutasi.
Mutasi spontan adalah yang terjadi tanpa intervensi eksternal. Sebagian besar mutasi
spontan hasil dari kesalahan sesekali dalam pasangan pangkalan selama Replikasi DNA. Mutasi yang
mengubah hanya satu pasangan basa disebut titik mutasi. Mutasi titik disebabkan oleh penggantian
pasangan basa dalam DNA atau dengan kehilangan atau keuntungan dari pasangan basa tunggal.
Paling mutasi titik sebenarnya tidak menyebabkan perubahan fenotipik, karena didiskusikan di
bawah. Namun, seperti untuk semua mutasi, fenotipik pun perubahan yang dihasilkan dari mutasi
titik tergantung pada persis di mana mutasi terjadi dan apa nukleotida perubahan adalah
Penggantian pasangan basa
Jika suatu titik mutasi berada dalam wilayah pengkodean gen itu mengkodekan
polipeptida, setiap perubahan fenotip sel adalah kemungkinan besar hasil dari perubahan urutan
asam amino polipeptida. Kesalahan dalam DNA ditranskripsi menjadi mRNA, dan mRNA yang salah
pada gilirannya diterjemahkan untuk menghasilkan a polipeptida. Gambar 10.3 menunjukkan
berbagai konsekuensi penggantian pasangan basa. (Kadang-kadang, perubahan basis tidak tidak
mengubah urutan asam amino mungkin mempengaruhi seluler fenotip dengan mengubah efisiensi
terjemahan suatu Molekul mRNA dan karenanya mengubah tingkat protein. Ini biasanya karena
perubahan struktur sekunder mRNA sebagai akibat dari mengubah pemasangan basis internal.)
Dalam menafsirkan hasil mutasi, pertama-tama kita harus mengingat bahwa kode genetik
mengalami degenerasi (Bagian 6.17 dan Tabel 6.5). Akibatnya, tidak semua mutasi dalam
pengkodean urutan dasar polipeptida akan mengubah polipeptida. Ini diilustrasikan pada Gambar
10.3, yang menunjukkan beberapa kemungkinan hasil saat DNA yang mengkodekan kodon tirosin
tunggal dalam polipeptida adalah bermutasi. Pertama, perubahan dalam RNA dari UAC ke UAU tidak
memiliki efek yang jelas karena UAU juga merupakan kodon tirosin. Meskipun mereka tidak
mempengaruhi urutan yang dikodekan polipeptida, perubahan dalam DNA itu memang masih
mutasi. Mereka adalah satu jenis mutasi bisu, yaitu mutasi itu tidak mempengaruhi fenotip sel.
Perhatikan bahwa mutasi diam di daerah pengkodean hampir selalu di pangkalan ketiga kodon
(arginin dan leusin juga dapat memiliki mutasi diam di posisi pertama).
Perubahan basis pertama atau kedua dari kodon lebih sering menyebabkan perubahan
signifikan pada polipeptida. Misalnya, satu perubahan basis dari UAC ke AAC (Gambar 10.3)
menghasilkan sebuah perubahan asam amino dalam polipeptida dari tirosin menjadi asparagine di
situs tertentu. Ini disebut sebagai missense mutasi karena informasi "sense" (urutan tepat dari asam
amino) dalam polipeptida berikutnya telah berubah. Jika perubahan berada di lokasi kritis dalam
rantai polipeptida, protein bisa menjadi tidak aktif atau mengurangi aktivitas. Namun tidak
semuanya mutasi missense tentu menyebabkan protein nonfungsional. Hasilnya tergantung pada di
mana substitusi terletak di rantai polipeptida dan bagaimana pengaruhnya terhadap lipatan dan
aktivitas protein. Sebagai contoh, mutasi pada situs aktif enzim adalah lebih mungkin untuk
menghancurkan aktivitas daripada mutasi di wilayah lain protein.
Kemungkinan hasil lain dari substitusi pasangan-pasangan adalah pembentukan kodon
omong kosong (berhenti). Ini menghasilkan prematur penghentian terjemahan, yang mengarah ke
polipeptida yang tidak lengkap yang hampir pasti tidak akan berfungsi (Gambar 10.3). Mutasi jenis
ini disebut mutasi karena omong kosong perubahannya adalah dari kodon untuk asam amino (kodon
indera) menjadi a kodon omong kosong (Tabel 6.5). Kecuali mutasi omong kosong itu sangat dekat
akhir gen, produk yang tidak lengkap akan menjadi sama sekali tidak aktif.
Istilah "transisi" dan "transversi" digunakan untuk menggambarkan jenis substitusi dasar
dalam mutasi titik. Transisi adalah mutasi di mana satu basis purin (A atau G) diganti purin lain, atau
satu basa pirimidin (C atau T) diganti pirimidin lain. Transversi adalah mutasi titik basa purin
disubstitusi untuk basa pirimidin atau sebaliknya.
Frameshifts dan Sisipan atau Penghapusan Lainnya
Karena kode genetik dibaca dari satu ujung nukleat asam dalam blok berturut-turut dari
tiga basa (yaitu, sebagai kodon), setiap penghapusan atau penyisipan pasangan basa tunggal
menghasilkan pergeseran dalam bingkai bacaan. Mutasi frameshift ini sering terjadi akibat yang
serius. Penyisipan atau penghapusan basis tunggal mengubah urutan utama polipeptida yang
disandikan, biasanya dengan cara utama (Gambar 10.4). Insersi mikro atau microdeletions dapat
dihasilkan dari kesalahan replikasi. Penyisipan atau penghapusan dua pasangan basa juga
menyebabkan frameshift; namun, penyisipan atau penghapusan tiga pasangan basa menambah atau
menghapus a seluruh kodon. Ini menghasilkan penambahan atau penghapusan satu asam amino
dalam urutan polipeptida. Meskipun ini mungkin baik merusak fungsi protein, biasanya tidak
seburuk itu sebagai frameshift, yang mengacak seluruh urutan polipeptida setelah titik mutasi.
 Sisipan atau penghapusan juga bisa menghasilkan keuntungan atau kerugian ratusan atau
bahkan ribuan pasangan basa. Perubahan seperti itu tak terhindarkan mengakibatkan hilangnya
fungsi gen. Beberapa penghapusan begitu besar sehingga mereka dapat mencakup beberapa gen.
Jika ada yang dihapus gen sangat penting, mutasi akan mematikan. Penghapusan seperti itu tidak
dapat dipulihkan melalui mutasi lebih lanjut, tetapi hanya melalui rekombinasi genetik. Memang,
salah satu cara penghapusannya besar dibedakan dari mutasi titik adalah bahwa yang terakhir
adalah reversibel melalui mutasi lebih lanjut, sedangkan yang pertama tidak. Penyisipan dan
penghapusan yang lebih besar dapat muncul sebagai akibat dari kesalahan selama rekombinasi
genetik. Selain itu, banyak penyisipan mutasi disebabkan oleh penyisipan urutan DNA spesifik yang
dapat diidentifikasi Panjang 700-1.400 pasangan basa (bp) disebut urutan penyisipan, a jenis elemen
transposable (Bagian 10.13). Efek transposable unsur-unsur pada evolusi genom bakteri dibahas
lebih lanjut dalam Bagian 12.12.
Jenis mutasi skala besar lainnya adalah penataan ulang disebabkan oleh kesalahan dalam
rekombinasi. Ini termasuk translokasi, di mana sebagian besar DNA kromosom dipindahkan ke lokasi
baru (dan dalam eukariota sering ke kromosom yang berbeda), dan inversi, di mana orientasi
tertentu segmen DNA terbalik relatif terhadap DNA sekitarnya.
Mutagenesis dan Transposon yang Diarahkan oleh Situs
Mutasi yang kita anggap sejauh ini acak, yaitu, tidak diarahkan pada gen tertentu. Namun,
teknologi DNA rekombinan dan penggunaan DNA sintetis memungkinkan untuk menginduksi mutasi
spesifik pada gen tertentu. Pendekatan menghasilkan mutasi di situs tertentu disebut mutagenesis
diarahkan-situs dan dibahas lebih lanjut dalam Bab 11. Mutasi juga dapat secara sengaja
diperkenalkan oleh transposon mutagenesis (Bagian 10.13). Jika elemen transposable menyisipkan
dalam gen, hilangnya fungsi gen umumnya terjadi. Karena elemen transposable dapat dimasukkan
ke dalam kromosom di berbagai lokasi, transposon banyak digunakan untuk menghasilkan mutasi.
Kembali Mutasi atau Pembalikan
Mutasi titik biasanya reversibel, proses yang dikenal sebagai pengembalian. Revertant
adalah strain di mana fenotip aslinya yang diubah dalam mutan dikembalikan. Revertant bisa berasal
dua tipe. Dalam revertant situs yang sama, mutasi yang mengembalikan aktivitas berada di situs
yang sama dengan mutasi asli. Jika kembali mutasi tidak hanya di situs yang sama tetapi juga
mengembalikan yang asli urutan, itu disebut revertant yang benar. Dalam revertant situs kedua,
mutasi berada di situs yang berbeda di DNA.
Mutasi situs kedua dapat mengembalikan fenotip tipe liar jika mereka berfungsi sebagai
penekan mutasi — mutasi itu mengimbangi efek dari mutasi asli. Beberapa kelas mutasi penekan
dikenal. Ini termasuk (1) mutasi di tempat lain di gen yang sama yang mengembalikan fungsi enzim,
seperti mutasi frameshift kedua di dekat yang pertama mengembalikan bingkai bacaan asli; (2)
mutasi pada gen lain itu mengembalikan fungsi gen bermutasi asli; dan (3) a mutasi pada gen lain
yang menghasilkan produksi suatu Enzim yang dapat menggantikan yang bermutasi.
Kelas mutasi penekan yang menarik adalah yang disebabkan oleh perubahan tRNA. Mutasi
yang tidak masuk akal bisa ditekan oleh mengubah urutan antikodon dari molekul tRNA sehingga
sekarang mengenali stop kodon. Perubahan tRNA seperti itu dikenal sebagai sebuah penekan tRNA
dan akan memasukkan asam amino yang dibawanya hentikan kodon yang sekarang terbaca. Mutasi
penekan tRNA akan mematikan kecuali sel memiliki lebih dari satu tRNA untuk suatu tertentu kodon.
Satu tRNA kemudian dapat dimutasi menjadi penekan, dan yang lain melakukan fungsi aslinya.
Sebagian besar sel memiliki banyak tRNA dan mutasi penekan cukup umum, setidaknya dalam
mikroorganisme. Terkadang asam amino dimasukkan oleh penekan tRNA identik dengan aslinya
asam amino dan protein dipulihkan sepenuhnya. Dalam kasus lain, berbeda asam amino dimasukkan
dan protein yang aktif sebagian mungkin dihasilkan.
Tidak seperti mutasi titik, penghapusan skala besar tidak dapat dikembalikan. Oleh
Sebaliknya, insersi skala besar dapat kembali sebagai hasil dari penyisipan berikutnya penghapusan
yang menghapus penyisipan. Biasanya, frameshift mutasi berapa pun besarnya sulit untuk
dikembalikan ke alam liar tipe, dan mutan membawa mutasi frameshift karena itu secara genetik
cukup stabil. Karena alasan ini, para ahli genetika sering menggunakannya mereka dalam persilangan
genetik untuk menghindari pengembalian mutan yang tidak disengaja strain selama studi genetik.
10.3 Tingkat Mutasi
Tingkat di mana berbagai jenis mutasi terjadi bervariasi secara luas. Beberapa jenis mutasi
sangat jarang terjadi hampir mustahil untuk dideteksi, sedangkan yang lain sering terjadi bahwa
mereka menghadirkan kesulitan untuk percobaan yang berusaha dipertahankan budaya stok yang
stabil secara genetik. Selanjutnya semua organisme memiliki berbagai sistem untuk perbaikan DNA.
Akibatnya, laju mutasi yang diamati tidak hanya bergantung pada frekuensi Perubahan DNA tetapi
juga pada efisiensi perbaikan DNA.
Frekuensi Mutasi Spontan
Untuk sebagian besar mikroorganisme, kesalahan dalam replikasi DNA terjadi pada a
frekuensi 10-6 hingga 10-7 per pasangan kilobase selama satu putaran tunggal replikasi. Gen khas
memiliki sekitar 1000 pasangan basa. Karena itu, frekuensi mutasi pada gen yang diberikan juga
dalam kisaran 10-6 hingga 10-7 per generasi. Misalnya, pada bakteri kultur memiliki 108 sel / ml,
kemungkinan ada sejumlah yang berbeda mutan untuk gen tertentu dalam setiap mililiter kultur.
Eukariota dengan genom yang sangat besar cenderung mengalami replikasi tingkat kesalahan sekitar
10 kali lipat lebih rendah dari bakteri biasa, sedangkan Virus DNA, terutama yang memiliki genom
sangat kecil, mungkin memiliki tingkat kesalahan 100 kali lipat hingga 1000 kali lipat lebih tinggi
daripada seluler organisme Virus RNA bahkan memiliki tingkat kesalahan yang lebih tinggi.
Kesalahan basa tunggal selama replikasi DNA lebih mungkin terjadi menyebabkan mutasi
missense daripada mutasi omong kosong karena sebagian besar penggantian basis tunggal
menghasilkan kodon yang menyandikan lainnya asam amino (Tabel 6.5). Jenis paling sering
berikutnya perubahan kodon yang disebabkan oleh perubahan basis tunggal menyebabkan diam
mutasi. Ini karena untuk sebagian besar kodon alternatif untuk a asam amino yang diberikan
berbeda satu sama lain oleh perubahan basa tunggal di posisi ketiga "diam". Kodon yang diberikan
dapat diubah menjadi salah satu dari 27 kodon lain dengan substitusi basis tunggal, dan rata-rata,
sekitar dua di antaranya adalah mutasi bisu, sekitar satu omong kosong mutasi, dan sisanya akan
menjadi mutasi missense. Sana juga beberapa urutan DNA, biasanya daerah yang mengandung
pendek berulang, yaitu hot spot untuk mutasi karena frekuensi kesalahan DNA polimerase relatif
tinggi di sana. Kesalahannya Tingkat di hot spot dipengaruhi oleh urutan basa di sekitarnya.
Kecuali jika mutasi dapat dipilih, deteksi eksperimentalnya sulit, dan banyak keterampilan
ahli genetika mikroba melibatkan peningkatan efisiensi deteksi mutasi. Seperti yang kita lihat di
bagian selanjutnya, sangat mungkin untuk meningkatkan mutasi tingkat dengan perawatan
mutagenik. Selain itu, tingkat mutasi mungkin berubah dalam situasi tertentu, seperti dalam kondisi
stres tinggi.
Mutasi pada Genom RNA
Sementara semua sel memiliki DNA sebagai bahan genetiknya, beberapa virus memiliki
genom RNA (Bagian 9.1). Genom ini bisa juga mengalami mutasi. Menariknya, tingkat mutasi pada
RNA genom sekitar 1000 kali lipat lebih tinggi daripada genom DNA. Mengapa haruskah demikian?
Beberapa RNA polimerase memiliki aktivitas proofreading seperti itu DNA polimerase (Bagian 6.10),
sehingga membatasi total jumlah kesalahan polimerase. Namun, meski ada beberapa memperbaiki
sistem untuk DNA yang dapat memperbaiki perubahan sebelum mereka menjadi tetap dalam genom
sebagai mutasi (Bagian 10.4), sebanding Mekanisme perbaikan RNA tidak ada. Ini mengarah ke tinggi
tingkat mutasi untuk genom RNA. Tingkat mutasi yang tinggi ini pada virus RNA memiliki
konsekuensi dramatis. Misalnya, Genom RNA virus yang menyebabkan penyakit dapat bermutasi
dengan sangat cepat, menyajikan populasi yang terus berubah dan berkembang virus. Perubahan
seperti itu adalah salah satu dari banyak tantangan untuk kedokteran manusia yang ditimbulkan
oleh virus AIDS, HIV, yang merupakan virus RNA dengan a kemampuan terkenal untuk mengalami
perubahan genetik yang memengaruhi virulensinya (Bagian 21.11).
10.4 Mutagenesis
 Tingkat mutasi spontan sangat rendah, tetapi ada berbagai bahan kimia, fisik, dan biologis
yang bisa meningkatkan tingkat mutasi dan karena itu dikatakan menginduksi mutasi. Agen-agen ini
disebut mutagen. Kami membahas beberapa kategori utama mutagen dan aktivitasnya di sini.
Mutagen kimia
Tinjauan dari beberapa mutagen kimia utama dan mereka mode aksi diberikan dalam
Tabel 10.2. Beberapa kelas kimia ada mutagen. Analog dasar nukleotida adalah molekul itu
menyerupai basis purin dan pirimidin DNA dalam struktur namun menampilkan properti pairing yang
salah (Gambar 10.5). Jika basis analog dimasukkan ke dalam DNA di tempat basis alami, yang DNA
dapat bereplikasi secara normal hampir sepanjang waktu. Namun, DNA kesalahan replikasi terjadi
pada frekuensi yang lebih tinggi di situs ini karena pemasangan pasangan yang salah. Hasilnya
adalah penggabungan yang salah mendasarkan ke untai DNA baru dan dengan demikian pengenalan
a mutasi. Selama pemisahan selanjutnya dari untai ini dalam sel divisi, mutasi terungkap. Mutagen
kimia lainnya menginduksi modifikasi kimia dalam satu basis atau lainnya, menghasilkan pasangan
basis yang salah atau terkait perubahan (Tabel 10.2). Misalnya, zat alkilasi (bahan kimia yang
bereaksi dengan gugus amino, karboksil, dan hidroksil dengan mensubstitusi mereka dengan gugus
alkil) seperti nitrosoguanidine mutagen kuat dan umumnya menginduksi mutasi pada frekuensi yang
lebih tinggi dari analog dasar. Tidak seperti analog dasar, yang memiliki efek hanya ketika
dimasukkan selama replikasi DNA, alkilasi agen dapat menyebabkan perubahan bahkan dalam DNA
yang tidak mereplikasi. Kedua analog basa dan agen alkilasi cenderung menginduksi pasangan basa
penggantian (Bagian 10.2). Kelompok mutagen kimia lain, yaitu acridine, adalah planar molekul yang
berfungsi sebagai agen interkalasi. Mutagens ini dimasukkan di antara dua pasangan basa DNA dan
dorong mereka selain. Selama replikasi, konformasi abnormal ini dapat menyebabkan untuk
memasukkan atau menghapus basa tunggal dalam yang mengandung acridine DNA. Jadi, acridine
biasanya menginduksi mutasi frameshift (Bagian 10.2). Ethidium bromide, yang sering digunakan
untuk mendeteksi DNA dalam elektroforesis, juga merupakan agen interkalasi dan karenanya sebuah
mutagen.
Radiasi
Beberapa bentuk radiasi sangat mutagenik. Kita bisa membelah radiasi elektromagnetik
mutagenik menjadi dua kategori utama, nonionisasi dan ionisasi (Gambar 10.6). Meskipun keduanya
radiasi digunakan untuk menghasilkan mutasi, radiasi nonionisasi seperti radiasi ultraviolet (UV)
memiliki penggunaan terluas. Basa purin dan pirimidin dari asam nukleat menyerap UV radiasi kuat,
dan penyerapan maksimum untuk DNA dan RNA berada pada 260 nm (Gambar 6.7). Membunuh sel
dengan radiasi UV terutama karena efeknya pada DNA. Meskipun ada beberapa efek diketahui, salah
satu efek mapan adalah produksi pirimidin dimer, di mana dua basa pirimidin yang berdekatan
(sitosin atau thymine) pada untai DNA yang sama menjadi ikatan kovalen satu sama lain. Ini
menghasilkan baik dalam menghambat DNA polimerase atau dalam kemungkinan peningkatan
kesalahan baca DNA polimerase yang sangat besar urutan pada titik ini.
Sumber radiasi UV paling umum digunakan untuk mutagenesis adalah lampu kuman, yang
memancarkan radiasi UV di Wilayah 260-nm. Dosis radiasi UV digunakan untuk membunuh 50–90%
dari populasi sel, dan mutan kemudian dipilih atau disaring untuk di antara para penyintas. Jika dosis
radiasi jauh lebih tinggi digunakan, jumlah sel yang bertahan terlalu rendah. Jika lebih rendah dosis
digunakan, kerusakan pada DNA tidak cukup untuk menghasilkan mutasi yang cukup. Ketika
digunakan pada dosis yang benar, radiasi UV adalah alat yang sangat mudah untuk mengisolasi
mutan dan menghindari perlu menangani bahan kimia beracun.
Radiasi pengion
Radiasi pengion adalah bentuk radiasi yang lebih kuat daripada Radiasi UV dan termasuk
sinar dengan panjang gelombang pendek seperti Xrays, sinar kosmik, dan sinar gamma (Gambar
10.6). Sinar ini menyebabkan air dan zat lainnya terionisasi, dan bersifat mutagenik efek dihasilkan
secara tidak langsung dari ionisasi ini. Di antara yang manjur spesies kimia yang dibentuk oleh radiasi
pengion adalah bebas bahan kimia radikal, yang paling penting adalah radikal hidroksil, OH (Bagian
5.18).
Radikal bebas bereaksi dengan dan merusak makromolekul di dalam sel, termasuk DNA.
Ini menyebabkan double-stranded dan singlestranded istirahat yang dapat menyebabkan penataan
ulang atau penghapusan besar. Pada radiasi pengion dosis rendah hanya beberapa "hit" pada DNA
terjadi, tetapi pada dosis yang lebih tinggi, beberapa hit menyebabkan fragmentasi DNA yang
terkadang tidak dapat diperbaiki dan dengan demikian mengarah ke kematian sel. Berbeda dengan
radiasi UV, radiasi pengion menembus dengan mudah melalui kaca dan bahan lainnya. Karena itu,
radiasi pengion sering digunakan untuk menginduksi mutasi pada hewan dan tanaman karena daya
tembusnya memungkinkan untuk mencapai sel-sel yang memproduksi gamet dari organisme ini.
Namun, karena radiasi pengion lebih berbahaya dan kurang tersedia daripada radiasi UV, ia
menemukan lebih sedikit digunakan dalam mikroba genetika.
Sistem Perbaikan DNA
Menurut definisi, mutasi adalah perubahan genetik yang diwariskan bahan. Karena itu,
jika DNA yang rusak dapat diperbaiki sebelum sel membelah, tidak ada mutasi akan terjadi. Sebagian
besar sel memiliki variasi proses perbaikan DNA berbeda untuk memperbaiki kesalahan atau
perbaikan kerusakan. Sebagian besar sistem perbaikan DNA ini sebenarnya bebas dari kesalahan.
Namun, ada pula yang rawan kesalahan dan proses perbaikannya sendiri memperkenalkan mutasi.
Proses perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi tiga kategori: pembalikan langsung, perbaikan
kerusakan untai tunggal, dan perbaikan kerusakan untai ganda. Pembalikan langsung berlaku untuk
basa yang telah secara kimia diubah tetapi yang identitasnya masih dapat dikenali. Tidak ada
pasangan pasangan (artinya, tidak ada untai templat) diperlukan. Sebagai contoh, beberapa basa
teralkilasi diperbaiki dengan pemindahan langsung bahan kimia dari gugus alkil. Sistem perbaikan
langsung lainnya adalah fotoreaktivasi, yang memotong dimer pirimidin yang dihasilkan oleh radiasi
UV. Itu Enzim photolyase menyerap cahaya biru dan menggunakan energi untuk mendorong reaksi
pembelahan.
Ada beberapa sistem yang memperbaiki kerusakan DNA untai tunggal. Dalam kasus ini,
DNA yang rusak dihilangkan dari hanya satu untai. Kemudian untai yang berlawanan (tidak rusak)
digunakan sebagai templat untuk mengganti nukleotida yang hilang. Dalam eksisi dasar perbaikan,
satu pangkalan yang rusak dihapus dan diganti. Di perbaikan eksisi nukleotida dan perbaikan
ketidakcocokan, bentangan pendek DNA beruntai tunggal yang mengandung kerusakan dihilangkan
dan diganti. Kerusakan untai ganda, termasuk kedua untaian silang tautan dan istirahat beruntai
ganda, sangat berbahaya. Ini lesi diperbaiki dengan mekanisme rekombinasional dan mungkin
membutuhkan perbaikan rawan kesalahan.
10.5 Mutagenesis dan Karsinogenesis:
Tes Ames
Tes Ames memanfaatkan mutasi bakteri secara praktis mendeteksi bahan kimia yang
berpotensi berbahaya di lingkungan. Karena mutan yang dipilih dapat dideteksi dalam populasi besar
bakteri dengan sensitivitas sangat tinggi, bakteri dapat digunakan untuk itu menyaring bahan kimia
untuk potensi mutagenisitas. Ini relevan karena banyak bahan kimia mutagenik juga bersifat
karsinogenik, mampu menyebabkan kanker pada manusia atau hewan lain. Berbagai bahan kimia,
baik yang alami maupun buatan, itu manusia temui melalui paparan pertanian dan industri sangat
besar. Ada bukti bagus bahwa beberapa kanker pada manusia memiliki penyebab lingkungan,
kemungkinan besar dari berbagai bahan kimia, membuat deteksi karsinogen kimia menjadi masalah
penting. Tidak setiap mutagen juga bersifat karsinogen. Korelasinya, Namun, tinggi, dan mengetahui
bahwa suatu senyawa bersifat mutagenik terhadap Bakteri adalah peringatan kemungkinan bahaya.
Tes bakteri untuk karsinogen penyaringan dikembangkan terutama oleh Bruce Ames dan rekan-
rekannya di University of California di Berkeley dan akibatnya, tes mutagenisitas untuk karsinogen
dikenal sebagai Tes Ames (Gambar 10.8). Cara standar untuk menguji bahan kimia untuk
mutagenesis adalah dengan melihatnya untuk peningkatan laju mutasi kembali (reversion) dalam
auxotrophic strain bakteri di hadapan yang dicurigai mutagen. Adalah penting bahwa strain
auksotrofik membawa suatu titik mutasi sehingga tingkat pengembalian dapat diukur. Sel semacam
itu sebuah auxotroph tidak tumbuh pada media yang kurang dari yang dibutuhkan nutrisi (misalnya,
asam amino), dan bahkan populasi yang sangat besar sel dapat menyebar di piring tanpa
pembentukan koloni yang terlihat. Namun, jika mutan kembali (revertan) ada, sel-sel itu membentuk
koloni. Jadi, jika 108 sel tersebar di Internet permukaan piring tunggal, bahkan sesedikit mungkin 10-
20 revertant terdeteksi oleh 10-20 koloni yang mereka bentuk (Gambar 10.8, kiri foto). Namun, jika
tingkat pengembalian ditingkatkan oleh kehadiran dari mutagen kimia, jumlah koloni revertant
adalah bahkan lebih besar. Auxotroph Histidine dari Salmonella enterica (Gambar 10.8) dan
tryptophan auxotrophs dari Escherichia coli telah alat utama tes Ames.
Dua elemen tambahan telah diperkenalkan di Ames Tes untuk membuatnya jauh lebih
kuat. Yang pertama adalah menggunakan galur uji yang hampir secara eksklusif menggunakan jalur
rawan kesalahan memperbaiki kerusakan DNA; mekanisme perbaikan normal dengan demikian
digagalkan (Bagian 10.4). Elemen penting kedua dalam Tes Ames adalah penambahan persiapan
enzim hati untuk dikonversi bahan kimia yang akan diuji dalam mutagenik aktif mereka (dan
berpotensi karsinogenik). Sudah mapan itu banyak karsinogen tidak secara langsung bersifat
karsinogenik atau mutagenik sendiri, tetapi mengalami modifikasi dalam tubuh manusia itu
mengubahnya menjadi zat aktif. Perubahan ini terjadi terutama di hati, di mana enzim yang disebut
oksigenase fungsi campuran, yang fungsi normalnya adalah detoksifikasi, menghasilkan diaktifkan
bentuk senyawa yang sangat reaktif (dan karenanya mutagenik) terhadap DNA. Dalam tes Ames,
persiapan enzim dari hati tikus adalah pertama kali digunakan untuk mengaktifkan senyawa uji.
Kompleks yang diaktifkan adalah kemudian direndam ke dalam cakram kertas saring, yang
ditempatkan di tengah dari piring di mana strain bakteri yang tepat telah disalut. Setelah inkubasi
semalaman, sifat mutagenik senyawa dapat dideteksi dengan mencari lingkaran mutasi kembali di
area di sekitar cakram kertas (Gambar 10.8). Perlu untuk dibawa keluar tes ini dengan beberapa
konsentrasi senyawa yang berbeda dan dengan positif yang tepat (diketahui mutagen) dan negatif
(tidak ada mutagen) mengontrol, karena senyawa bervariasi dalam aktivitas mutagenik dan bisa
mematikan pada tingkat yang lebih tinggi. Lebar berbagai bahan kimia telah mengalami uji Ames,
dan itu telah menjadi salah satu layar paling berguna untuk menentukan potensi karsinogenisitas
suatu senyawa.
II. Transfer Gen
Untuk analisis genetik, ahli genetika mikroba harus melewati strain dari suatu organisme
yang memiliki genotipe berbeda (dan fenotipe) dan mencari rekombinan. Tiga mekanisme genetik
Pertukaran dikenal dalam prokariota: (1) transformasi, di mana DNA bebas dilepaskan dari satu sel
diambil oleh yang lain (Bagian 10.7); (2) transduksi, di mana transfer DNA dimediasi oleh a virus
(Bagian 10.8); dan (3) konjugasi, di mana transfer DNA melibatkan kontak sel ke sel dan plasmid
konjugatif dalam sel donor (Bagian 10.9 dan 10.10). Proses-proses ini kontras pada Gambar 10.9.
Sebelum membahas mekanisme transfer, kita harus mempertimbangkan nasib DNA yang ditransfer.
Apakah itu ditransfer oleh transformasi, transduksi, atau konjugasi, DNA yang masuk menghadapi
tiga kemungkinan nasib: (1) Ini mungkin terdegradasi oleh pembatasan enzim; (2) itu dapat
mereplikasi dengan sendirinya (tetapi hanya jika memiliki asal replikasi sendiri seperti genom
plasmid atau fag); atau (3) dapat bergabung kembali dengan kromosom inang.
10.6 Rekombinasi Genetik
Rekombinasi adalah pertukaran fisik antara DNA elemen genetik. Pada bagian ini kami
fokus pada rekombinasi homolog, sebuah proses yang menghasilkan pertukaran genetik antara
urutan DNA homolog dari dua sumber yang berbeda. Homolog Urutan DNA adalah mereka yang
memiliki hampir sama urutan; Oleh karena itu, pangkalan dapat berpasangan lebih dari panjang dua
molekul DNA. Jenis rekombinasi ini terlibat dalam proses disebut sebagai "menyeberang" dalam
genetika klasik.
Peristiwa Molekuler dalam Rekombinasi Homolog
Protein RecA, yang sebelumnya disebutkan sehubungan dengan SOS sistem perbaikan
(Bagian 10.4), adalah kunci untuk rekombinasi homolog. RecA sangat penting dalam hampir setiap
rekombinasi homolog jalan. Protein mirip RecA telah diidentifikasi di semua bakteri diperiksa, serta
di Archaea dan kebanyakan Eukarya. Mekanisme molekuler untuk rekombinasi homolog antara dua
molekul DNA ditunjukkan pada Gambar 10.10. Sebuah Enzim yang memotong DNA di tengah untai,
yang dikenal sebagai endonuclease, mulailah proses dengan menandai satu untai molekul DNA
pertama. Untai berhidung ini dipisahkan dari untai lain oleh protein dengan aktivitas helikase
(Bagian 6.9). Dalam beberapa jalur rekombinasi enzim khusus, seperti enzim RecBCD dari Escherichia
coli, gabungkan endonuklease dan kegiatan helicase. Protein pengikat untai tunggal ( Bagian 6.9)
kemudian mengikat ke segmen untai tunggal yang dihasilkan. Selanjutnya, protein RecA berikatan
dengan daerah beruntai tunggal. Ini menghasilkan kompleks yang mempromosikan pemasangan
pasangan dengan pelengkap urutan dalam molekul DNA kedua. Ini pada gilirannya akan bergeser
untai lain dari molekul DNA kedua (Gambar 10.10) dan karena itu disebut invasi untai. Pasangan
dasar darisatu untai dari masing-masing dari dua molekul DNA yang lebih panjang peregangan
menghasilkan intermediet rekombinasi yang mengandung panjang daerah heteroduplex, di mana
setiap untai berasal dari a kromosom yang berbeda. Struktur ini disebut persimpangan Holliday
(setelah Robin Holliday, yang mengusulkan model ini pada tahun 1964) dan dapat bermigrasi
sepanjang DNA; migrasi ini diberi energi oleh a kompleks dari beberapa protein lain. Akhirnya,
molekul terkait dipisahkan atau "diselesaikan" oleh resolvases yang memotong dan bergabung
kembali untai kedua (sebelumnya tidak terputus) dari kedua molekul DNA asli. Pada E. coli, protein
RecG dan RuvC berfungsi sebagai mengatasinya, dan aktivitasnya menghasilkan dua DNA
rekombinasi molekul. Tergantung pada orientasi persimpangan Holliday selama resolusi, dua jenis
produk, disebut sebagai "tambalan" atau "splices," terbentuk yang berbeda dalam konformasi
heteroduplex daerah yang tersisa setelah resolusi (Gambar 10.10).
Pengaruh Rekombinasi Homolog pada Genotipe
Untuk rekombinasi homolog untuk menghasilkan genotipe baru, the dua urutan homolog
harus terkait tetapi berbeda secara genetis. Ini jelas merupakan kasus dalam sel eukariotik diploid,
yang memiliki dua set kromosom, satu dari masing-masing orangtua. Dalam prokariota, Molekul
DNA yang berbeda secara genetik tetapi homolog disatukan dengan cara yang berbeda, tetapi
proses genetik rekombinasi setara. Rekombinasi genetik pada prokariota terjadi setelah fragmen
DNA homolog dari donor kromosom ditransfer ke sel penerima melalui transformasi, transduksi,
atau konjugasi. Hanya setelah transfer peristiwa, ketika fragmen DNA dari donor berada di penerima
sel, rekombinasi homolog terjadi. Dalam prokariota, hanya sebagian kromosom yang ditransfer; Oleh
karena itu, jika rekombinasi tidak terjadi, fragmen DNA akan hilang karena itu tidak dapat
mereplikasi secara independen. Jadi, dalam prokariota, transfer adalah hanya langkah pertama
dalam menghasilkan organisme rekombinan.
Deteksi Rekombinasi
Untuk mendeteksi pertukaran fisik segmen DNA, sel dihasilkan dari rekombinasi harus
secara fenotip berbeda dari keduanya orangtua. Persilangan genetik pada bakteri biasanya
tergantung pada penggunaan strain penerima yang tidak memiliki beberapa karakter yang dapat
dipilih rekombinan akan bertambah. Misalnya, penerima mungkin tidak dapat tumbuh pada media
tertentu, dan rekombinan genetik adalah dipilih yang bisa. Berbagai macam penanda yang dapat
dipilih, seperti resistensi obat dan persyaratan gizi, telah dibahas dalam Bagian 10.1. Sensitivitas
proses seleksi sangat luar biasa memungkinkan bahkan beberapa sel rekombinan terdeteksi dalam
populasi yang besar sel-sel non rekombinan (Gambar 10.11). Hanya membutuhkan tingkat mutasi
untuk karakteristik yang dipilih harus rendah, karena revertant juga akan membentuk koloni.
Masalah ini bisa sering diatasi dengan menggunakan mutan ganda — galur yang membawa dua
mutasi berbeda — dalam persilangan genetik karena itu sangat tidak mungkin dua mutasi kembali
akan terjadi di sel yang sama. Atau, mutan frameshift dapat digunakan, karena mereka tingkat
pengembalian biasanya sangat rendah. Banyak keterampilan ahli genetika bakteri terletak pada
pilihan mutan yang tepat dan media selektif untuk deteksi efisien rekombinasi genetik. Karena
seleksi sangat kuat dan karena persilangan dapat dibuat menggunakan miliaran sel individual,
analisis rekombinasi setelah transfer gen adalah penting alat untuk ahli genetika mikroba.
10.7 Prokariota tertentu menunjukkan kompetensi, suatu keadaan di mana sel dapat mengambil
DNA gratis yang dilepaskan oleh bakteri lain. Penggabungan DNA donor ke dalam sel penerima
membutuhkan aktivitas protein pengikat untai tunggal, protein RecA, dan beberapa lainnya enzim
Hanya sel yang kompeten yang dapat ditransformasikan.
10.8 Transduksi adalah transfer gen inang dari satu bakteri ke lain oleh virus bakteri. Dalam
transduksi umum, rusak partikel virus secara acak memasukkan fragmen sel DNA kromosom, tetapi
efisiensi transduksi rendah. Secara khusus transduksi, DNA dari virus sedang dieksisi salah dan
mengambil gen inang yang berdekatan dengannya; transduksi efisiensi di sini mungkin sangat tinggi.
10.9 Konjugasi adalah mekanisme transfer DNA pada prokariota yang membutuhkan kontak sel ke
sel. Konjugasi dikendalikan oleh gen yang dibawa oleh plasmid tertentu (seperti F plasmid) dan
melibatkan transfer plasmid dari sel donor ke penerima sel. Pemindahan DNA plasmid melibatkan
replikasi melalui penggulungan mekanisme lingkaran.
10.10 Kromosom sel donor dapat dimobilisasi untuk transfer ke a sel penerima. Ini membutuhkan F
plasmid untuk berintegrasi ke dalam kromosom untuk membentuk fenotip Hfr. Pemindahan
kromosom inang jarang lengkap tetapi dapat digunakan untuk memetakan urutan gen pada
kromosom. F¿ plasmid sebelumnya terintegrasi F Plasmid yang telah memotong dan menangkap
beberapa gen kromosom.
10.11 Salinan gen yang cacat dapat dilengkapi dengan keberadaannya salinan kedua dari gen itu
yang tidak dipetakan. Pembangunan merodiploid membawa dua salinan gen atau gen tertentu
memungkinkan untuk tes komplementasi untuk menentukan apakah ada dua mutasi berada di gen
yang sama atau berbeda. Ini diperlukan saat mutasi dalam gen yang berbeda di jalur yang sama
menghasilkan fenotipe yang sama. Rekombinasi tidak terjadi dalam tes komplementasi.
10.12 Archaea tertinggal dari Bakteri dalam pengembangan sistem untuk transfer gen. Banyak
antibiotik tidak efektif melawan Archaea, sehingga sulit untuk memilih rekombinan secara efektif.
Yang tidak biasa kondisi pertumbuhan yang dibutuhkan oleh banyak Archaea juga membuat genetik
Eksperimen sulit. Namun demikian, sistem transfer genetik Bakteri — transformasi, transduksi, dan
konjugasi— semua dikenal di Archaea.
10.13 Transposon dan urutan penyisipan adalah elemen genetik itu dapat berpindah dari satu lokasi
pada molekul DNA inang ke lokasi lain melalui transposisi, sejenis rekombinasi khusus situs.
Transposisi dapat berupa replikatif atau konservatif. Transposon sering membawa gen penyandi
resistensi antibiotik dan dapat digunakan sebagai mutagen biologis.