METODE PENINGKATAN

KEMAMPUAN MIKROBA
(Strain Improvement)
Click to add Text
BIOPROSES

teknikkimia@polban.ac.id
Peningkatan Kemampuan Mikroba
 Pada industri bioproses, sangat sedikit sekali
mikroba yang digunakan untuk proses yang
benar-benar hasil isolasi dari alam, kebanyakan
strain yang digunakan adalah hasil skrining dan
seleksi, dan mutasi atau rekombinan.
 Hal ini terjadi karena secara umum jumlah
metabolit yang dihasilkan secara alami oleh
mikroba sangat rendah, bila diproduksi dalam
skala industri menjadi tidak ekonomis
 Kenyataan ini menyebabkan “strain
improvement” menjadi hal yang sangat penting
bagi perkembangan industri bioproses

teknikkimia@polban.ac.id
 Peningkatan strain mikroba
 Meningkatkan yield untuk metabolit yang
diinginkan
 Menghilangkan bahan metabolit yang
tidak diinginkan
 Meningkatkan penggunaan sumber karbon
dan nitrogen yang murah

Keberhasilan peningkatan strain akan

menentukan keberhasilan :
 Produk fermentasi di pasaran
 Produk berkompetisi

teknikkimia@polban.ac.id
 Urutan Peningkatanan Strain
 Skrining dan seleksi mikroba
 Rekombinant (muta genesis/mutasi dan
manipulasi genetik)

Skrining dan seleksi berupa aplikasi

berulang terhadap variasi genetik dari
populasi sel yang dipilih
(mutasi kultur induk, plating, seleksi koloni, fermentasi,
seleksi titer, re test, seleksi, ulangi tahap awal dan
seterusnya)

teknikkimia@polban.ac.id
 MUTASI
 Mutasi adalah perubahan di dalam gen
yang berakibat perubahan morfologi dan
biokimia di dalam sel.
 Mutasi pada sel mikroba dapat terjadi
secara spontan atau dengan pemberian
suatu mutagen yaitu komponen yang
bersifat mutagenik.
 Kecepatan mutasi adalah peluang
terjadinya perubahan pada gen selama
unit waktu tertentu, biasanya dalam satu
generasi atau satu waktu pembelahan.
teknikkimia@polban.ac.id
 Kecepatan Mutasi
 Kecepatan mutasi spontan pada gen tertentu biasanya
konstan, misalnya kecepatan mutasi dalam ketahanan
terhadap streptomisin untuk suatu bakteri tertentu
biasanya satu dalam 107

 Hal ini berarti jika sebanyak 108 sel yang sensitif

terhadap streptomisin ditumbuhkan pada suatu medium
yang mengandung streptomisin, diharapkan kira-kira masih
dapat tumbuh sebanyak 10 koloni yang mengalami mutasi
sehingga menjadi tahan terhadap streptomisin

 Mutasi spontan semacam ini tergantung dari lingkungan

tempat tumbuhnya, dalam hal ini adanya streptomisin di
dalam medium

 Jika streptomisin secara terus-menerus ada di dalam

medium, galur mutan akan terbentuk terus sehingga
mungkin dapat menggantikan galur aslinya.
teknikkimia@polban.ac.id
 Kecepatan Mutasi (lanjutan)
 Kecepatan mutasi bervariasi tergantung dari jenis mutasi
dan spesies mikroba. Mutasi dapat terjadi pada gen yang
berbeda-beda.
 Sebagai contoh, jika kecepatan mutasi dalam ketahanan
terhadap streptomisin adalah satu sel dalam 107 sel bakteri
per generasi, sedangkan kecepatan mutasi dalam
ketahanan terhadap penisilin adalah satu sel dalam 105 sel
bakteri per generasi, maka peluang bahwa satu sel bakteri
akan mengalami mutasi sehingga tahan terhadap kedua
antibiotik tersebut adalah hasil dari kedua kecepatan
mutasi tersebut, yaitu satu sel dalam 212 sel bakteri per
generasi.
 Kecepatan mutasi dapat dipertinggi 10 sampai 100 kalinya
dengan pemberian suatu mutagen, misalnya sinar X, sinar
gama, sinar ultraviolet, asam nitrit, pewarna akridin,
mustard nitrogen, serta analog purin dan pirimidin.
 Setiap mutasi merupakan hasil dari perubahan gen, yaitu
perubahan dalam urut-urutan nukleotida di dalam molekul
DNA. teknikkimia@polban.ac.id
DNA DAN RNA

teknikkimia@polban.ac.id
 Teknik Mutasi
Perubahan urut-urutan tersebut dapat
terjadi karena :
• penggantian (substitusi) pasangan
nukleotida dengan nukleotida lainnya,
• penghilangan yang mungkin diikuti
dengan penambahan pasangan
nukleotida di tempat lainnya, atau
• penyisipan pasangan nukleotida baru.

teknikkimia@polban.ac.id
 Perubahan Sifat Mutagen
 Mutasi dapat menyebabkan perubahan
sifat-sifat dan morfologi mikroba,
misalnya pembentukan kapsul, flagela,
ukuran sel, kemampuan untuk
membentuk spora, pembentukan pigmen,
pergerakan (motilitas), sifat-sifat
biokimia, sifat antigenik, kemampuan
memproduksi toksin, dan ketahanan
terhadap obat dan virus.

teknikkimia@polban.ac.id
 Penerapan mutasi gen
dan manfaatnya untuk
industri bioproses
 Mutasi sebagai salah satu teknik yang
banyak dipakai dalam rekayasa genetika
telah memberikan hasil yang
menguntungkan bagi industri bioproses.
 Pada Tabel berikut diberikan gambaran
tentang peningkatan produksi antibiotik di
dunia dengan bantuan strain yang
diperoleh melalui teknik mutasi gen.

teknikkimia@polban.ac.id
 Peningkatan produksi antibiotik melalui
proses mutasi dan pemilihan strain
antara tahun 1943 – 1961
Antibiotik Produktivitas Produktivitas
pada tahun oleh mutan
penemuan (unit (unit / ml)
/ ml)

Penisilin 20 (1943) 8000 (1955)

Streptomisin 50 (1945) 5000 (1955)
Eritromisin 100 (1955) 2000 (1961)
Khlortetrasiklin 200 (1948) 4000 (1959)
Oksitetrasiklin 400 (1950) 6000 (1959)

teknikkimia@polban.ac.id
Manipulasi Genetik Pada Bakteri
(DNA rekombinan)
 Bakteri mempunyai beberapa cara untuk
memindahkan DNA yang berakibat
terjadinya rekombinasi genetik antara
satu sel dengan sel lainnya.
 Karena mekanisme pemindahan DNA yang
unik ini, sel bakteri banyak digunakan
dalam penelitian genetik molekuler.
 Proses pemindahan DNA pada bakteri
dapat dilakukan melalui satu atau dua
cara dari tiga cara sebagai berikut :
transformasi, transduksi, dan
konyugasi. teknikkimia@polban.ac.id
 A. Transformasi

 Transformasi adalah pemindahan sifat-sifat dari

satu mikroba ke mikroba lainnya melalui bagian-
bagian DNA tertentu dari mikroba yang pertama.
 Cara ini pertama kali dilakukan oleh Avery dan
kawan-kawan (1944) yang memindahkan sifat
kemampuan membentuk kapsul (disebut kultur
“halus”) dari pneumokoki ke kultur yang tidak
mampu membentuk kapsul (disebut kultur
“kasar”) melalui ekstraksi DNA seperti terlihat
pada gambar berikut.
 Bakteri yang mempunyai kapsul pada umumnya
bersifat lebih patogenik dibandingkan bakteri
yang tidak mempunyai kapsul.
 Sifat-sifat lain yang dapat dipindahkan melalui
ekstrak DNA adalah sifat antigenik dan
ketahanan terhadap antibiotik.
teknikkimia@polban.ac.id
Transformasi pada DNA Rekombinan

teknikkimia@polban.ac.id
 B. Transduksi
 Transduksi adalah pemindahan DNA dari satu bakteri ke bakteri
lainnya dengan pertolongan virus yang disebut temperate phage.
 Beberapa sifat biokimia dan antigenik dapat dipindahkan melalui
transduksi di antara galur-galur bakteri yang terdekat. Sebagai
contoh, ketahanan terhadap berbagai obat atau antibiotik pada
stapilokoki dapat dipindahkan melalui transduksi.
 Berbeda dengan virus yang bersifat ganas yang selalu melakukan
replikasi dan menyebabkan lisis sel, virus temperate adalah virus
yang selain dapat melakukan replikasi dan menyebabkan sel
mengalami lisis, pada sel-sel bakteri lainnya mungkin hanya
menggabungkan DNA-nya dengan DNA sel inangnya.
 DNA virus yang bergabung dengan DNA sel inangnya disebut
profas, sedangkan sel bakteri yang membawa profas disebut sel
lisogenik.
 Jika bakteri inangnya kemudian mempunyai sifat baru sebagai
akibat penggabungan profas pada DNA kromosomnya disebut
konversi lisogenik.
 Sinar ultraviolet dan mutagen lainnya dapat menyebabkan
pelepasan profas dari kromosom inangnya, sehingga terjadi
produksi virus-virus baru dan mengakibatkan sel mengalami lisis.

teknikkimia@polban.ac.id
 C. Konyugasi
 Beberapa bakteri termasuk Escherichia coli dan bakteri
enterik gram negatif mempunyai struktur genetika yang
dapat melakukan replikasi dan berfungsi tanpa tergantung
pada kromosom.
Struktur ini disebut plasmid dan dapat dipindahkan dari
satu sel ke sel lainnya melalui konyugasi atau transduksi

 Plasmid bukan merupakan struktur yang harus ada di dalam sel,

dan kadang-kadang dapat hilang selama pertumbuhan.
 Plasmid yang bergabung dengan genom suatu sel disebut
episom.
 Selama konyugasi, plasmid dapat dipindahkan dari satu sel ke sel
lainnya melalui suatu pilus yang disebut pilus seks atau pilus F.
 Plasmid yang dipindahkan dengan cara ini mempunyai gen yang
dapat memulai pembentukan pilus dan terdiri dari beberapa
plasmid yang disebut plasmid kesuburan (F), plasmid
kolisinogenik (Kol) dan plasmid pembawa sifat ketahanan
terhadap antibiotik (R).
teknikkimia@polban.ac.id
 Konyugasi
 Plasmid F pertama kali ditemukan pada E. coli.
 Sel bakteri jantan mempunyai faktor F di dalam sitoplasma dan
disebut sel F+, yang dapat dipindahkan ke sel betina F- melalui
konyugasi sehingga sel tersebut menjadi F+.
 Plasmid F dapat bergabung dengan kromosom bakteri sehingga
sel bakteri tersebut disebut sel Hfr (high frequency of
recombination).
 Plasmid yang bergabung tersebut kemudian dapat melepaskan
diri dari kromosom dengan membawa sebagian gen kromosom
yang terdekat letaknya dengan plasmid tersebut.
 Komponen ekstrakromosom yang membawa potongan gen
kromosom ini disebut plasmid F’. Hubungan antara sel-sel F+,
Hfr dan F’ dapat dilihat pada gambar proses konyugasi.
 Kebanyakan galur E. coli dapat memproduksi komponen
antibakteri yang disebut kolisin, yang aktif terhadap galur-galur
E. coli dan spesies-spesies yang terdekat.
 Seperti halnya virus, kolisin membunuh organisme yang
memproduksinya. Komponen yang menyerupai kolisin juga
diproduksi oleh bakteri lainnya dan disebut bakteriosin.
 Kemampuan memproduksi kolisin dapat dipindahkan melalui
plasmid selama konyugasi.
teknikkimia@polban.ac.id
 Konyugasi (lanjutan)
 Plasmid bakteri juga membawa gen yang
menyebabkan sel bakteri dapat tumbuh pada
medium yang mengandung beberapa antibiotik.
 Plasmid ini disebut plasmid R dan dapat
dipindahkan dari satu sel ke sel lainnya melalui
konyugasi atau transduksi.
 Faktor R diduga berbentuk lingkaran dan terdiri
dari dua bagian yaitu RTF (resistance transfer
factor) yang mengatur replikasi dan pemindahan
plasmid, dan determinan r yang membawa
sifat ketahanan terhadap antibiotik.
 Galur yang sensitif terhadap antibiotik
mempunyai RTF tetapi tidak mempunyai
determinan r, sedangkan galur lainnya mungkin
mempunyai determinan r tanpa RTF sehingga
sifat ketahanan tersebut tidak dapat dipindahkan
ke sel lainnya. teknikkimia@polban.ac.id
Contoh Proses Konyugasi pada
DNA Rekombinan

teknikkimia@polban.ac.id
 Penerapan DNA rekombinan
untuk industri bioproses
 Teknik DNA rekombinan telah berhasil dilakukan
pada fungi penghasil antibiotik.
 Pada tabel ditampilkan data spesies fungi yang
telah berhasil dikembangkan dengan teknik DNA
rekombinan, produk yang dihasilkan dan jenis
rekombinasi yang dilakukan.
 Selain pada fungi, pada bakteri yang biasa
dipakai pada industri bioproses telah dilakukan
juga rekombinasi DNA.
 Bakteri gram negatif yang telah dikembangkan
dengan metode konyugasi dan transduksi yaitu
Escherichia coli dan Pseudomonas.
 Pada actinomycetes belum diperoleh hasil yang
memuaskan.
teknikkimia@polban.ac.id
 Tabel Fungi penghasil antibiotik yang
telah mengalami rekombinasi
Spesies Antibiotik Jenis
yang rekombinasi
dihasilkan
Aspergillus nidus Penisilin G Seksual,
Cephalosporium Sefalosporin C, paraseksual
acremonium Penisilin N Paraseksual
Emericellopsis
salmosynnemata Penisilin N
Emericellopsis Sefalosporin C Seksual,
terricola var. glabra paraseksual
Penicillium Seksual
Penisilin G, O, V
chrysogenum
Patulin
Penicillium patulum
Paraseksual
teknikkimia@polban.ac.id
Paraseksual
Terima Kasih
Click to add Text

teknikkimia@polban.ac.id