BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Keragaman genetik yang tinggi merupakan salah satu faktor penting untuk merakit varietas
unggul baru. Peningkatan keragaman genetic dapat dilakukan dengan memanfaatkan plasma
nutfah yang tersedia dialam dan dapat pula dengan melakukan persilangan. Sifat-sifat tertentu
sering tidak ditemukan pada sumber gen yang ada sehingga teknologi lainnya perlu diterapkan.

Salah satu teknologi pilihan yang dapat dimanfaatkan untuk meningkatkan keragaman genetik
tanaman adalah melalui teknologi kultur in vitro. Kultur in vitro merupakan sumber terkaya dalam
memproduksi variasi genetik. Dalam beberapa publikasi penggunaan regeneran dinamanakan
sesuai dengan asal regenerasi tanaman baru tersebut. Misalnya tanaman yang berasal dari kalus
disebut calliclonaes (Skirvin dan Janik 1976), sedang tanaman yang berasal dari protoplas desebut
protoclones. Larkin dan Scowcroft (1981) menghasilkan berbagai variasi somaklonal yang
tersebar secara luas dan disebutkan bahwa tanaman yang berasal dari berbagai bentuk kultur sel
disebut somaclones dan variasi genetik yang terjadi termasuk variasi/keragaman somaklonal.

Metode keragaman somaklonal merupakan salah satu metode pemuliaan tanaman non
introgresi karena keragaman genetic diinduksi pada tanaman itu sendiri melalui teknik kultur
jaringan.

B. Tujuan
Bagaimana manfaat dan penerapan variasi somaklonal?
C. Manfaat
Untuk mengetahui manfaat dan penerapan variasi somaklonal pada beberapa tumbuhan

1
 BAB II
KAJIAN PUSTAKA
A. Mutasi Variasi Somaklonal

Mutasi secara umum dibedakan dalam dua kelompok, yaitu mutasi alami dan mutasi buatan.
Mutasi alami terjadi secara spontan dan berkaitan dengan faktor-faktor lingkungan. Mutasi alami
terjadi secara lambat, tetapi terjadi secara terus-menerus sehingga memerlukan waktu lama untuk
mengakumulasi mutan dalam populasi alami (Damayanti). Mutasi buatan adalah mutasi yang
diinduksi yang digunakan sebagai salah satu cara untuk menimbulkan keragaman genetic. Mutasi
dapat diinduksi dengan cara fisik menggunakan radiasi atau dengan cara kimia menggunakan
senyawa yang bersifat mutagen, dan akhir-akhir ini penggunaan elemen trsaposom yang dikenal
dengan mutagenesis insersi dan kultur jaringan yang mneimbulkan keragaman somaklonal
dinyatakan sebagai teknik biologi untuk mneghasilkan mutasi. Mutasi buatan telah memberikan
kontribusi nyata terhadap perbaikan tanaman di dunia.

Mutasi induksi dapat dilakukan pada tanaman dengan perlakuan bahan mutagen tertentu
terhadap organ reproduksi tanaman seperti biji, stek batang, serbuk sari, akar dan sebagainya.
Mutasi atau perubahan karakter yang diwariskan karena mutasi dapat terbentuk pada fase sel
maupun kalus pada tahap kultur in vitro atau pada eksplan karena adanya sel-sel bermutan pada
jaringan tertentu. Perubahan genetic dalam kultur in vitro dapat disebabkan adanya perubahan
jumlah dan struktur kromosom, endomitosis atau endoreduplikasi.

Keragaman somaklonal merupakan keragaman genetik dari tanaman yang dihasilkan melalui
berbagai macam kultur jaringan. Keragaman somaklonal dapat berasal dari keragaman genetik
yang sebelumnya sudah ada (Pre-existing) pada eksplan dan keragaman yang diinduksi selama
fase kultur jaringan. Keragaman yang timbul akibat induksi pada kultur in vitro lebih sering terjadi
dan mudah diamati, karena varian diperoleh dari tempat yang terbatas dan dalam waktu singkat.

Keragaman somaklonal terdiri dari dua tipe yaitu: heritable dan epigenetic. Keragaman
heritable adalah keragaman yang stabil dan diwariskan melalui siklus seksual maupun propagasi
akseksual yang berulang, sementara keragaman epigenetic tidak stabil meskipun dipropagasi
secara aseksual. Keragaman somaklonal dapat berupa defisiensi klorofil, mutasi gen tunggal,
poliploidi, perubaha kromosom, modifikasi hasil, kualitas, ketahanan penyakit atau kadang-

2
kadang muncul keragaman yang sebelumnya tidak pernah ada di alam. Adapun faktor-faktor yang
mempengaruhi terbentuknya keragaman somaklonal pada kultur jaringan adalah: fase
pertumbuhan awal, genotype, zat pengatur tubuh, sumber jaringan eksplan dan protocol atau
prosedur regenerasi Plantlet.Keragaman somaklonal memiliki potensi untuk perbaikan varietas
karena: menimbulkan sifat-sifat baru yang tidak diperoleh dari persilangan atau mutasi. Pada
somaklonal tidak terdapat hambatan yang sering dijumpai pada hibridasi seperti: fertilitas rendah,
kurangnya keragaman genetic, atau lamanya waktu yang dibutuhkan. Penggunaan keragaman
somaklonal bersama-samaa dengan pemuliaan konvensional dapat meningkatkan efisiensi
pemuliaan karena dapat memperluas keragaman dan menyingkat waktu proses pemuliaan.

B. Kendala dan Prospek

Variasi somaklonal mempunyai aspek positif dan negatif (Henke et al. 1985). Dalam propagasi
in vitro yang tidak menyenangkan adalah progeni tidak true to-type biasanya bernilai rendah.
Perubahan spontan kemungkinan juga merupakan problem dalam percobaan transformasi sel
tanaman. Frekuensi perubahan yang tinggi dan tidak berhubungan dengan perlakuan dalam
penelitian, dapat menimbulkan interpretasi hasil yang membingungkan dan mengganggu hasil
dibandingkan dengan keuntungan dalam transfer gen spesifik. Walaupun variabilitas di antara
kultur sel mungkin menurunkan atau meniadakan keperluan mutagen awal pada seleksi in vitro,
hal ini dapat mengakibatkan variasi spesifik yang dapat diseleksi. Di lain pihak, kejadian
perubahan yang tidak diharapkan di dalam kultur menimbulkan pertanyaan penting tentang asal
dan plastisitas dari genom tanaman.

Prospek kultur in vitro untuk peningkatan keragaman genetik terhadap perubahan sifat tertentu
dan tipe tanaman yang beradaptasi dengan sangat baik untuk dikembangkan walaupun tanpa
melalui hibridisasi. Variasi yang berasal dari kultur jaringan harus diperhatikan secara serius
sebagai komponen dalam program pemuliaan hanya bila memenuhi syarat-syarat sebagai berikut:

1. Perubahan harus stabil

2. Perubahan harus merupakan sifat-sifat penting seperti vigor, hasil, kemasakan, tipe tanaman,
fertilitas, dan lain-lain
3. Variasi somaklonal yang menarik pada umumnya meliputi sifat-sifat positif yang belum ada
pada nomor-nomor galur yang dihasilkan oleh para pemulian tanaman

3
4. Kemampuan identifikasi dan karakterisasi variasi somaklonal tidak melebihi dari syarat-syarat
yang diperlukan dalam pemuliaan secara konvensional
5. Variasi somaklonal yang nyata sebagai sumber bagi pemulia juga tergantung pada proses
pembentukannya/kejadiannya pada galur-galur penting

4
 BAB III

PEMBAHASAN

A. Pemanfaatan dan Penerapan

Collin dan Edward (1998) melaporkan bahwa tahap awal variasi somaklonal dapat
memeberikan suatu kontribusi yang nyata pada pemuliaan tanaman. Regenerasi selanjutnya selalu
menunjukkan variasi yang luas dalam morfologi tetapi sebagian besar akan hilang pada biji
pertama yang dihasilkan. Keragaman somaklonal menyebabkan keragaman yang luas dalam
morfologi. Keragaman somaklonal tidak mempengaruhi sifat dan tidak selalu menguntungkan
tetapi dlaam seleksi kemungkinan dapat diperoleh varietas yang berguna misalnya peningkatan
ketahanan terhadap herbisida, imidazilinone, helminthosporium sativum toleransi garam, juga
terhadap pembekuan, kualitas butir dan kandungan protein pada gandum. Dalam propogasi in
vitro yang tidak menguntungkan adalah progeny tidak true to type biasanya bernilai rendah.

Setelah Agriculture Organization (FAO) dan International Atomic Energy Agency (IAEA)
mengenai teknik nuklir di bidang pertanian, lebih dari 1800 kultivar telah dihasilkan baik sebagai
mutan langsung maupun mutan yang berasal dari persilangan setelah kultivar tersebut satu
peragaan disebarkan di 50 negara. Menurut FAO/ IAEA database, 465 mutan disebarluaskan
melalui tanaman yang diperbanyak secara vegetatif, terutama tanaman florikultura dan beberapa
tanaman buah-buahan, termasuk krisan, Alstroemeria, dahlia, bougenvil, mawar, Achimenes,
begonia, anyelir, Streptocarpus, dan Azalea. Radiasi pada kultur in vitro dilakukan pada palem,
apel, ubi jalar, kentang, dan nenas. Radiasi juga dilakukan pada tanaman yang diperbanyak secara
mikropropagasi, yaitu pada tunas axilar dan tunas adventif, meristem apikal, kultur kalus
regeneratif, antera, dan mikrospora, serta embrio somatik (Ahlowalia dan Maluszynski 2001).

Beberapa contoh hasil pemanfaatan somaklonal sebagai tanaman unggul baru diantaranya:

1. Keragaman somaklonal untuk perbaikan tanaman Artemisia (Artemisia annua L.)

Artemisia merupakan tumbuhan obat termasuk suku Asteracea. Salah satu masalah dalam
pengembangan tanaman Artemisia adalah genotip yang tersedia saat ini mempunyai kandungan
artemisinin yang sangat rendah, yaitu berkisar 0,01-0,5%. Dengan kandungan yang relative kecil,
dianggap tidak efektif dan tidak ekonomis bagi pengusaha yang akan mengembangkan dalam skala

5
insdustri. Dalam bidang pemuliaan tanaman, teknik mutasi dapat meningkatkan keragaman
genetic tanaman sehingga memungkinkan pemulia melakukan seleksi genotip tanaman sesuai
dengan tujuan pemuliaan yang dikehendaki. Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk
mendapatkan genotip tanaman berbunga lebih lambat dan biomasa lebih tinggi dibandingkan
dengan tanaman induknya serta kandungan artemisinin ≥0,5%.

Percobaan terdiri dari beberapa tahap, yaitu (1) menentukan dosis iradiasi yang optimum, (2)
multiplikasi tunas hasil iradiasi dan perbanyakan genotip, (3) aklimatasi, (4) karakterisasi dan
seleksi genotop di lapang.

Eksplan berupa mata tunas kemudian dibiakkan secara in vitro untuk digunakan sebagai bahan
iradiasi, eksplan yang digunakan berukuran ±0,3 cm, dengan dosis sinar gamma yang diberikan
adalah 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, dan 100 Gy kemudian dipindah pada media dasar MS =
BA 0,3 mg/l untuk induksi multiplikasi, peubah yang diamati adalah tinggi dan jumlah tunas.

2. Perbaikan ketahanan tanaman panili terhadap penyakit layu melalui kultur in vitro

Panili (Vanillla planifolia A.) merupakan salah satu tanaman industry penting sebagai sumber
pendapatan petani dan devisa Negara. Produk dari tanaman panili digunakan sebagai penambah
aroma pada industry makanan dan minuman. Masalah utama dalam pengembangan tanaman panili
adalah belum tersedianya varietas tahan penyakit busuk pangkal batang atau layu fusarium yang
disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum, padahal serangan penyakit ini dapat
menyebabkan kerusakan hingga 85%. Dalam upaya mendapatkan tanaman panili yang tahan
terhadap layu fusarium , telah dilakukan seleksi in vitro, induksi keragaman somaklonal dan
penyelamatan embrio hasil persilangan antara panili dan kerabat lainnya. Regenerasi dari biji dan
kecambah struktur globular serta torpil yang diberi perlakuan radiasi mampu menghasilkan
somaklon yang beragam penampilan morfologinya. Inokulasi menggunakan konidia F. oxysporum
strain F117-109-GV-02011 dan penanaman di lahan endemis Sukamulya, Sukabumi
menghasilkan 23 galur somaklon yang tahan. Seleksi in vitro menggunakan media MS +
komponen seleksi asam fusarat 15−75 mg/l kemudian diulang menggunakan 75 mg/l,
menghasilkan biakan yang tetap hidup. Biakan tersebut selanjutnya diseleksi silang menggunakan
media MS + filtrat 50%. Dari perlakuan tersebut juga diperoleh somaklon yang tahan. Demikian
pula persilangan antara V. planifolia dan V. albida menghasilkan tanaman yang tahan, dan dapat
tumbuh baik setelah ditanam di lahan endemis.

6
3. Induksi Mutasi dan Keragaman Somaklonal untuk Meningktakan Ketahanan Penyakit Blas
Daun pada Padi Fatmawati

Fatmawati merupakan varietas padi tipe baru yang mempunyai potensi hasil tinggi.
Pengembangan varietas tersebut dibeberapa daerah seperti Jawa Barat, Jawa Tengah dan Lampung
masih mengalami masalah berupa bulir hampa tinggi dan serangan penyakit blas yang
menyebabkan kegagalan panen. Penelitian pemuliaan untuk memperbaiki sifat unggul pada
varietas Fatmawati telah dilakukan oleh Balai Besar Penelitian Padi bekerjasama dengan Balai
Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian melallui
keragaman somaklonal menggunakan induksi mutasi. Bahan yang digunakan adalah kalus yang
diberi perlakuan irradiasi dengan sinar gamma dosis 1-50 Gy kemudian diregenerasikan pada
media MS + BA 1 mg/l + IAA 0,8 mg/l. Tunas yang dihasilkan kemudian diaklimatisasi di rumah
kaca sampai menghasilkan benih. Sebanyak 342 galur somaklon diuji ketahanannya terhadap
penyakit blas daun menggunakan ras isolate 001, 033 dan 173. Hasil penelitian menghasilkan 21
galur somaklon yang sama sekali tidak terserang penyakit blas. Galur somaklon tahan tersebut
selanjutnta ditanam di rumah kaca untuk diamati keragaman morfologi dan agronominya.

4. Variasi somaklonal untuk perbaikan genetic rumput Lathyrus satus L.

Variasi somaklonal terungkap antara regeneran dalam empat genotipe (Nirmal, P24, Nayagarh
lokal dan Dhenkanal lokal) dari grasspea ( Lathyrus sativus L.) berikut jangka panjang in vitro
budaya eksplan ruas. Sebagian besar somaklon yang selamat sampai jatuh tempo telah
mengungkapkan kelainan kromosom dan variasi dalam satu atau lebih ciri-ciri morfologi dan /
atau agronomi. Beberapa fenotipe varian terutama yang berkaitan dengan variasi perkembangan
tidak diwariskan kepada R 2 generasi karena penghapusan penyimpangan kromosom yang
menghalangi morfogenesis normal. Somaklon dengan variasi warna bunga, warna biji, panjang
leaflet dan luasnya, dedaunan dan pod pigmentasi dapat digunakan sebagai penanda genetik dalam
pemuliaan Lathyrus sativus. Selain itu, varian dengan daun lebar, tinggi kerdil, pod panjang, biji
besar, durasi pendek dan jatuh tempo sinkron yang agronomis diinginkan. Sebuah somaklon
unggulan yang besar Ngog 5 memiliki hasil biji yang tinggi dan konten neurotoxin rendah (ODAP)
pulih dalam pengejaran ini, bisa menjadi calon yang diinginkan untuk program pemuliaan masa
depan.

7
 Dari hasil-hasil penelitian tersebut terlihat adanya perbedaan perlakuan dan komponen seleksi
dalam peningkatan variasi somaklonal pada berbagai jenis tanaman untuk menghasilkan genotipe-
genotipe baru yang diinginkan. Para pemulia dapat memilih perlakuan mana yang sesuai untuk
memperoleh genotipe baru yang diinginkan. Dengan demikian hasil variasi somaklonal yang
dimulai kira-kira pada pertengahan abad 20 merupakan hal yang sangat berharga dalam
peningkatan varietas tanaman pada abad 21 mendatang.

8
 BAB IV

PENUTUP

A. KESIMPULAN

Keragaman somaklonal merupakan keragaman genetik dari tanaman yang dihasilkan melalui
berbagai macam kultur jaringan. Variasi somaklonal mempunyai aspek positif dan negatif (Henke
et al. 1985). Dalam propagasi in vitro yang tidak menyenangkan adalah progeni tidak true to-type
biasanya bernilai rendah. Perubahan spontan kemungkinan juga merupakan problem dalam
percobaan transformasi sel tanaman.

Keragaman somaklonal yang terjadi di dalam kultur in vitro terbukti dapat meningkatkan
keragaman genetik berbagai jenis tanaman. Dengan adanya keragaman yang ditimbulkan melalui
kultur in vitro maka peluang untuk mendapatkan genotipe baru yang unggul menjadi terbuka. •
Berbagai komponen seleksi (radiasi sinar gamma, toksin murni atau filtrat, Al dan pH rendah,
PEG, zat pengatur tumbuh, dan lain-lain) dapat digunakan untuk meningkatkan variasi somaklonal
pada berbagai jenis tanaman dalam menghasilkan genotipegenotipe baru yang diinginkan.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Hutami, Sri, Ika Mariska & Yati Supriati, Peningkatan Keragaman Genetik Tanaman melalui
Keragaman Somaklonal. Jurnal AgroBiogen 2 (2) : 81-88, Bogor

Lestari, Endang G, dkk. 2010. Keragaman Somaklonal untuk Perbaikan Tanaman Artemisia
(Artemisia annua L.) melalui Kultur In Vitro. Jurnal AgroBiogen 6 (1) : 26-32. Bogor

Lestari, Endang G, D. Sukmadjaja & I. Mariska, Perbaikan Ketahanan Tanaman Panili Terhadap
Penyakit Layu Melalui Kultur In Vitro. Jurnal Litbang Pertanian, 25 (4), 2006. Bogor

Lestari, Endang G, Iswari S. Dewi, Rosa Yunita & D. Sukmadjaja. 2010. Induksi Mutasi dan
Keragaman Somaklonal untuk Meningkatkan Ketahanan Penyakit Blas Daun pada Padi
Fatmawati. Buletin Plasma Nutfah Vol. 16 No.2. Bogor

Purwanti, Rully Dyah. 2007. Variasi Somaklonal dam Seleksi In Vitro Abaka (Musa textilis Nee)
untuk Ketahanan terhadap Layu Fusarium. Institut pertanian Bogo

Tripathy, Swapan K, et al. 2016. Somaclonal Variation for Genetic Improvement in Grasspa
(Lathyrus sativus L.). Agricultural research commication centre (Legume Research), 39 (3)
: 329-335. India

10