Mutasi pada gen hisC akan menghasilkan fenotip His- apabila meniadakan fungsi
produk gen.
c) penulisan genotip
penulisan genotip organisme terdiri dari 3 huruf kecil yang merupakan singkatan
(ditulis italik), diikuti dengan 1 huruf besar yang menunjukan gen khusus yang
terlibat, misal gen hisC dari E.coli = gen yang mengkode protein HisC
3. teknik dalam genetika mikrobia
a) isolasi mutan
isolasi mutan menggunakan metode seleksi dari populasi yang megandung
organism parental yang jumlahnya jutaan atau miliayaran. Seleksi terhadap
mutan/mikroorganisme rekombinan sering dilakukan dilaboratorium dan industri
penghasil antibiotik yang ketat terhadap sesistensi antibiotik.
b) teknik replica plating
replica planting merupakan salah satu metode/cara dari metode seleksi. Replica
plate digunakan dalam pengembangan/menumbuhkan mikroorganisme untuk
melihat perrubahan dan pertumbuhan mikroorganisme
c) Ames test
Ames
test
adlah
salah
satu
metode
yang
digunakan
untuk
mengidentifikasi/mengetahui apakah senyawa kimia bersifat mutagen atau tidak.
4. Beberapa perubahan yang terjadi :
a) transformasi genetik
transformasi genetik harus melalui 3 tahapan ; sel harus kompeten//pengambilan
DNA//integrasi DNA yang ditrasformasi.
b) kompetensi sel
kopetensi sel melibatkan protein yaitu, protein oengikat DNA yang berasosiasi
dengan membran sel, autolisin dinding sel, dan bermacam-macam nuklease.
Contoh kompetensi sel pada beberapa bakteri, yaitu pada bacteri Streptococcus
dan Bacillus. Pada BS kurang lebih 20% dari sel menjadi kompeten, keadaan ini
dapat bertahan hingga beberapa jam selama daur pertumbuhan sedangkan pada
Streptococcus 100% sel dapat menjadi kompeten, tetapi hanya beberapa menit
selama daur hidup.
c) mekanisme transformasi genetik
- DNA akan diikat pada permukaan sel oleh protein pengikat DNA
- selama pemasukan molekul DNA, fragmen DNA double stranded didegradasi
salah satu pita-nya oleh nuklease dan pita lain dimasukan kedalam sel
- DNA yang telah dimasukan akan diikat oleh protein kompeten-spesifik yang
mencegah supaya tidak terdegradasi oleh nuklease yang terdapat disitoplasma
sel dan dibawah ke kromosom
- oleh RecA protein akan diintegrasikan ke genom sel resipien melalui proses
rekombinasi.
5. plasmid, macam-macam plasmid
Plasmid merupakan unsur genetik yang dapat melakukan replikasi secara
independen/tidak tergantng dari replikasi kromosom karena mempunyai gen yang
berfungsi untuk replikasi yakni berupa asam nukleat. Misal pada E.coli sudah ditemukan
lebih dari 300 macam plasmid. Ada beberapa macam plasmid ;
plasmid konjugatif
plasmid konjugatif yaitu plasmid yang harus melalui replikasi sehingga masingmasing sel yang melakukan konjugasi mempunyai kopi plasmid. Fungsi lain
adalah untuk memobilisasi transfer DNA kromosom dari satu sel ke sel lain.
Plasmid konjugatif dapat digunakan untuk organisme yang memiliki hubungan
kekerabatan yang jauh pula seperti bakteri gram + dan gram-, antara jamur dan
bakteri, antara bakteri dan tanaman.
Plasmid resistensi
Plasmid resistensi adalah suatu kelompok plasmid yang digolongkan plasmid
resisten, yaitu plasmid yang menimbulkan sifat resisten terhadap antibiotik.
Plasmid virulensi
Plasmid virulensi yaitu kemampuan untuk membentuk koloni sel inang dan
menginfeksi. Ada 2 karakteristik utama yaitu kemampuan mikroorganisme untuk
menempel dan membentuk koloni pada sisi spesifik sel host dan pembentukan
suatu senyawa yang menyebabkan kerusakan sel inang.
6. konjugasi dan mobilisasi kromosom,
Konjugasi adalah mekanisme terikatnya palsmid konjugatif dengan tujuan
mentrasfer kopi plasmidnya ke sel inang lain. Konjugasi meliatkan sel donor dan
sel resipien dimana sel donor memiliki kemampuan untuk mensintesis struktur
permukaan yaitu berupa sex pilus. Plasmid F memiliki kemampuan mensintesis
pilus F, mobilisasi DNA, dan perubahan reseptor permukaan.
Salah satu cara untuk menseleksi DNA rekombina dengan menggunakan metode
Deteksi konjugasi, dimana Hfr donor disilangkan dengan F-recipient yang dilakuan
pada medium menghasilkan hasil yang berbeda sehingga dapat diidentifikasi
7. Genetika organisme ekaryot,
Model :
Khamir, dimana trasfer genetik dan rekombinasi terjadi selama reproduksi
seksual, uniseluler dengan masing masing sel haploid.
S.cereviceae dapat berupa sel haploid (16 kromosom) dan sel diploid (32
kromosom)
Fase transit merupakan fase diploid
Maiosis menghasilkan sel haploid berdifusi menjadi zigot diploid dan mitosis.
Pengaturan Pertumbuhan
1. istilah-istilah:
a) Pasteurisasi
Pasteurisasi adalah proses pemusnahan microorganism dengan cara pemanasan
b) Bakteriolitik
Bakteriolitik adalah proses penguranga pertumbuhan mikroorganisme secara
signifikan
c) Bakterisidal
Bakterisidal adlah proses pemusnahan seluru bakteri
d) Bakteriolisis
Bakteriolisis adlah proses penghilangan integritas akibat dari pelepasan
kandungan sitoplasma
e) Antiseptik
Antiseptik digunakan dalam membunuh mikrobia patogen bagi tubuh yang tidak
bersifat toksit bagi manusisa
f) Desinfektan
Desinfektan
digunakan
untuk
menghambat
pertumbuhan/membunuh
mikroorganisme. Desinfektan berfungsi sebagai antimicrobial.
2. mengapa perlu diatur
Pengaturan mikrobia dilakukan karena mikrobia mampu menghasilkan biomasa yang
besar dalam waktu relatif singkat, mampu meminimalisir kerusakan sumber nutrisi,
meanggulangi mikrobia penyebab penyakit, dan meningkatkan pemahaman mengenai
metabolisme mikrobia. Adapun faktor-faktor yang memengaruhi pengaturan, yaitu ;
a) tingkatan resiko
b) organisme target
c) resiko dari infeksi
d) sisi yang terinfeksi
e) jumlah organism
f) faktor evironmental
g) sifat racun dan dampak
h) biaya
i) mekanisme kerja dari antimicrobial
3. cara/metode pengaturan: fisika, kimia, biologi sebutkan dan jelaskan masingmasing
a) Fisika
- Autoklaf : sterilisasi uap panas bertekanan untuk membunuh sel vegetatif dan
endospora
- Pasteurisasi :adalah proses menurunkan populasi dengan proses pemanasan
b) Kimia
- Antiseptik
- Desinfektan
c) Mekanik
- Penyinaran (UV, LAF)
- Penyaringan (milepore membran)
Ekologi Mikrobia
1. istilah-istilah:
a) hirarki ekosistem
hirarki ekosistem adalah hubungan dari individu sel populasi guild komunitas
ekositem
b) guild
guild adalah kelompok populasi yang secara metabolik berhubungan
c) daur biogeokimia
daur biogeokimia adalah daur perubahan suatu unsur akibat oksidasi saat melalui
ekosistem yang melibatkan mikrobia.
d) Niche
Niche adalah pembagian habitat untuk masing-masing mikroorganisme
berdasarkan tipe dan kualitas sumber nutrisis dan kondisi fisiologis
e) lingkungan mikro
habitat mikrobia lebih beragam dan memiliki pengaruh terhadap mikroorganisme
dimana kondisi lingkungan mkr sangat heterogen, berubah sangat cepat karena
diversitas mikrobia yang tinggi
2. permukaan dan biofilm
Permukaan adalah habitat yang sangat penting karena nutrien dapat diabsorbsi oleh
mikrobia. Kolonisasi mikrobia yang melingkupi permukaan disebut biofilm.
a) pembentukan biofilm
pembentukan biofilm dapat terjadi degnan cara
- penempelan
- pembentukan koloni
- pertumbuhan/perkembangan/perbanyakan
b) fungsi biofilm
untuk menjebak nutrien sehingga dapat digunakan untuk pertumbuhan populasi
dan membantu mencegah pelepasan sel dari permukaan karena adanya sistem
aliran
c) dampak biofilm
dampak praktis di bidang pengobatan, yakni sel bakteri yang terdapt pada bifilem
biasanya tidak dapt ditangkap oleh sistem imun/tidak dikenali oleh sistem imun
karena penggunaan permukaan artifisial pada implantasi
3. kecepatan pertumbuhan di alam
Kecepatan pertumbuhan dialam biasanya sangat lambat dibandingkan dengan lab. Hal
ini dikarenakan kandungan nutrien dan fisikokimia di alam yang kadang tidak optimal.
Dialam juga terjadi kompetisi, kooperasi, sintropi dan simbiosis
a) kompetisi
mikrobia dialam secara intensif melakukan persaingan tergantung dari kecepatan
pengambilan nutrisi, perbedaan metabolik, dan pertumbuhan. Ada 2 cara yaitu
dengan ekskresi inhibitor spesifik (antibiotik) dan aktifitas fisiologis mikrobia yang
memproduksi toksin (asam dari fermentasi gula)
b) kooperasi
koperasi adalah kerja sama antarmikrobia yang mempunyai metabolisme saling
komplementer, misal nitrofying dan nitrifying melakukan oksidasi NH3 menjadi
NO3c) sinotropi
mikrobia melakukan kerjasam untuk mentransformasi senyawa tertentu, biasanya
melibatkan 2/lebih mikroorganism
d) simbiosis
saling bekerja sama dilingkunga dalam melakukan proses kehidupan
b) Dekomposisi hidrokarbon
Misalnya pada mikrobia pengoksidasi minyak. Minyak digunakan sebagai donor
proton dengan peningkatan suhu dapat meningkatkan aktifitas oksidasi dan
penambahan nutrien organik (N&P). Hasilnya berupa CO2.
Klasifikasi dan Taksonomi
1. istilah-istilah:
a) Strain
Turunan dari organisme tunggal namun masih memiliki perbedaan sifat/galur
b) tipe strain
c) tipe dari organisme/species tersebut
d) klasifikasi
penggolongan
e) taksonomi
taksonomi adalah ilmu tentang identifikasi, klasifikasi, dan tatanama
f) tatanama
pemberian nama pada suatu organisme yang ditemukan
contoh :
Kingdom
:
Division
:
Class :
Order :
Family :
Genus :
Species
:
g) serologi
serologi adalah ilmu yang mempelajari reaksi antigen, antibodi secara in vitro
h) sistem binomial
i)
fenotipik
fenotipik mempelajari tentak, morfologi, nutrisi dan fisiologi, habitat, dan
mortalitas
j) genotipik
genotipik merupakan nisbah GC -- % guanin + sitosin dalam DNA organisme
2. tujuan klasifikasi, dasar-dasar klasifikasi, kelebihan dan kekurangan, klasifikasi dengan
DNA
a) tujuan
klasifikasi
sendiri
adalah
untutk
memudahkan,
mengenali,
membandingkan, dan mempelajari mikoorganisme
b) dasar-dasar klasifikasi itu sendiri adalah seperti yang kita sudah tau
c) kelebihan dan kekurangannya sendiri dapat diliahta bahwa taksonomi sangat
mebantu dalam proses pembelajaran kekurangannya masih banyak spesies yang
belum diklasifikasikan.
d) Klasifikasi dengan DNA aldah
3. Taksonomi, sejarah taksonomi, taksonomi dan keragaman, sistem fenetik, sistem
filogenetik
- Haeckel placed (Three Kingdom System, 1866) ; protista sebagai new kingdom
- Circa (1950) ; Four Kingdom System ; protista, monera, plantae, animalia
- Tahun 1967 ; Five Kingdom System ; + Fungi
- Carl Woeses (Tree Domain System, 1988) ; eukaryotes, Eubacteria,
Archaeabacteria
4. Taksonomi klasik, dendrogram, pohon filogenetik, taksonomi molekuler,
kimotaksonomi
a) Taksonomi klasik
Dibagi berdasarkan genotipik dan senotipik
b) Kimotaksinomi
Berdasarkan analisis komponen seluler seperti, dinding cel, lemak, polimer.
Berdasarkan : DNA hibridisasi, Ribotyping, multilocus sequence typing, fetty acid
analyses (FAME)
c) Dendogram