folding protein

Folding protein
• Folding protein adalah proses pelipatan
protein dari struktur primer menjadi
struktur yang lebih kompleks.
• Folding protein bersifat modular
• Prosesnya bersifat dinamik
• Tempat terjadi : Retikulum Endoplasma
• Model Lagrangian Sine-Gordon berhasil
menunjukan pelipatan protein struktur
sekunder protein.
Komponen yang terlibat dalam folding protein
• Molekul chaperon : membantu proses folding, melambatkan kecepatan
folding protein sehingga dapat mencegah terjadinya agregasi, menjaga
homeostasis kalsium di dalam lumen RE, homeostasis tercapaoi apabila
konsentrasi kalsium dalam lumen RE +/- 400 mikro M
• Kalsium : berperan dalam proses folding protein dengan cara memodulasi
ikatan chaperon dapat berfungsi untuk membantu folding protein.
• Enzim glucosidase : melepas residu glukosa yang merupakan penanda bagi
chaperon untuk memfolding protein tersebut. Folding protein akan berakhi
apabila glukosa pada N-Glikoprotein tersebut semuanya telah dihilangkan
oleh glikosidase
• Enzim GT : penambahan glukosa yang baru untuk proses refolding, untuk
mencegah misfolding/unfolding.
• Ketika rantai polipeptida disintesis oleh
ribosom , rantai linier mulai melipat ke
dalam struktur tiga dimensi. Lipat mulai
terjadi bahkan selama penerjemahan rantai
polipeptida. Asam amino berinteraksi satu
sama lain untuk menghasilkan struktur tiga
dimensi yang terdefinisi dengan baik,
protein terlipat (sisi kanan gambar), yang
dikenal sebagai keadaan asli . Struktur tiga
dimensi yang dihasilkan ditentukan oleh
urutan asam amino atau struktur primer.
Faktor yang mempermudah pelipatan folding
dan refolding
• Konformasi asli suatu protein
• Protein penolong : untuk mempercepat proses pelipatan dan
menuntunnya menuju akhir yang produktif
• Protein chaperon : berperan dalam pelipatan lebih dari separuh
semua protein mamalia
• Protein disulfide isomerase : ikatan disulfide diantara dan di dalam
polipeptida menstabilkan struktur tersier dan kuartener
 Tahapan
• Protein hasil sintesis di ribosom masuk ke dalam lumen RE, di
sisi lain ada delichol yang terdapt pada membrane RE
menangkap glukosa yang ada di sitosol membentuk
oligosakarida dan oleh enzim flipase oligosakarida akan
dibalik menghadap lumen RE
• Karbohidrat atau oligosakarida ditambahkan pada protein
yang baru di sintesis membentuk N-glikosida atas peran
enzim oligosachaniltransferase (OST) membentuk N-
glikoprotein
• Gugus karbohidrat pada N-Glikoprotein akan berinteraksi
dengan chaperon sehingga proses folding dapat di mulai
• Calnexin yang merupakan protein transmembrane juga akan
mengenali kompleks tersebut dan ikut membantu proses
folding protein tersebut
Cont’d
• Enzim glucosidase I dan II akan
memotong residu glukosa pertama dan
kedua di gugus oligasakarida
• Glukosidase II memotong residu glukosa
ketiga (terakhir), glukosa ini dijadikan
penanda bagi calexin dimana apabila N-
glikoprotein telah kehilangan semua
residu glukosanya maka calnexin tidak
mengenali komplks tersebut dan folding
protein telah selesai.
• Protein yang telah sempurna
pelipatannya lalu di keluarkan dari RE
Penyakit yang disebabkan oleh misfolding
protein
• Prion : tidak ada gen bakteri atau virus yang mengkode protein prion
patologi yang dapat dikenali
• Penyakit Alzheimer : protein mengalami transformasi konformasional
dari keadaan kaya alfa heliks yang larut menjadi keadaan kaya lembar
beta dan rentan agregasi sendiri
• Thalasemia Beta : defek genetik yang mengganggu sintesis salah satu
sub unit polipeptida pada hemoglobin
• Banyak alergi disebabkan oleh kesalahan pelipatan beberapa protein,
karena sistem kekebalan tidak menghasilkan antibodi untuk struktur
protein tertentu.
Referensi
• Sipayung, David. 2013. (SKRIPSI) DINAMIKA NONLINIER PADA
PROTEIN SEKUNDER DALAM PENGARUH MEDAN MAGNET
ABELIAN. Diakses pada 9 April 2019 dari
www.fisikanet.lipi.go.id/data/1014224400/data/1368854381.pdf
• Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K,
Walter P (2010). "Struktur dan Fungsi Protein". Biologi sel
esensial (ed. Ketiga). New York, NY: Ilmu Garland. hlm. 120–70
• Anfinsen CB (Juli 1972). "Pembentukan dan stabilisasi struktur
protein" . Jurnal Biokimia . 128 (4)
• Robert K. Murray. 2012. Biokimia Harper Edisi 29. Jakarta: Penerbit
Buku Kedokteran EGC. HAL 41-47