Struktur Protein

Struktur
Kuaterner
Struktur
Primer

Struktur Struktur
Sekunder Tersier
 Struktur
Primer

Menunjukkan jumlah, jenis, dan urutan asam amino

dalam molekul protein

Analisis untuk mengetahui jumlah, jenis, dan urutan asam amino:

1. Penentuan jumlah rantai polipeptida yang berdiri sendiri
2. Pemecahan ikatan antara rantai polipeptida tersebut
3. Pemecahan masing – masing rantai polipeptida
4. Analisis urutan asam amino rantai polipeptida
 Pada rantai polipeptida terdapat
banyak gugus >C=O dan gugud >N-
H. Kedua gugus ini dapat berikatan
dengan yg lain
 Struktur
Sekunder
 Struktur
Tersier

Menunjukkan kecendrungan polipeptida membentuk lipatan atau

gulungan dan degan demikian membentuk struktur yang lebih
kompleks. Struktur ini dimantapkan oleh adanya beberapa ikatan antara
gugus R pada molekul asam amino yg membentuk protein.
 Struktur
Menunjukkan adanya derajat persekutuan unit –
Kuaterner
unit protein.
Sifat Protein

1. Ionisasi
2. Denaturasi
Beberapa jenis protein peka terhadap
lingkungannya. Apabila konformasi
molekul protein berubah misalnya
karna peubahan suhu, pH atau
terjadinya reaksi dengan senyawa lain,
maka akan mengalami perubahan
konformasi dan sisinya. Perubahan ini
disebut denaturasi.
3. Viskositas
Suatu larutan protein dalam air
mempunyai viskositas atau
kekentalan yang relatif lebih besar
daipada larutan protein yang
berbentuk bulat.
4. Kristalisasi 5. Sistem Koloid

Protein memiliki molekul besar

Banyak protein yang telah dapat dan karenanya larutan protein
diperoleh dalam bentuk kristal. bersifat koloid
Meskipun demikian, proses
kristalisasi untuk berbagai jenis
protein tidak selalu sama. Ada
yg mudah terkristalisasi da pula
yang tidak atau sukar.
Fungsi protein
Protein
pertahanan
Protein
pengatur
Enzim Protein
nutrien dan
penyimpan
Protein
Protein struktural
transport Protein Protein
kontraktil lain
/motil
 Enzim
Protein yang bervarisasi dan
mempunyai kekhususan tinggi
adalah protein yang mempunyai
aktivitas katalisa yakni enzim
Protein
transport
Protein transport dalam plasma
darah mengikat dan membawa
molekul atau ion spesifik dari
satu organ ke organ lain
 Protein
nutrien dan
penyimpan
Biji berbagai tumbuhan
menyimpan protein nutrien yag
dibutuhkan untuk pertumbuhan
embrio tanaman. Contohnya
adalah protein biji dari gandum,
jagung, dan beras
Protein
kontraktil
/motil
Beberapa protein memberikan
kemampuan kepada sel dan
organisme untuk berkontraksi
,mengubah, atau bergerak. Aktin
dan miosin adalah protein filamen
yg berfungsi didalam sistem
kontraktil otot kerangka dan di
dalam banyak sel bukan otot.
 Protein
struktural
Banyak protein yg berperan
sebagai filamen, kabel, atau
lembaran penyanggah
untuk memberikan struktur
biologi kekuatan atau
proteksi.
Protein
pertahanan
Banyak protein mempertahankan
organisme dalam melawan
serangan oleh spesies lain atau
melindungi organismetersebut
dari luka
 Protein
pengatur
Beberapa protein membantu
mengatur aktivitas seluler
atau fisiologi. Diantara jenis
ini terdapat sejumlah hormon
seperti insulin yg mengatur
metabolisme gula.
Protein
lain
Terdapat banyak protein
lain yg fungsinya agak
eksotik dan tidak mudah
diklarifikasi. Contohya
monelin yang merupakan
suatu protein tanaman dari
Afrika mempunyai rasa
yang manis
 Deret Asam Amino Rantai Polipeptida

• Pada tahun 1953, Frederick Sanger yang bekerja pada Universitas

Cambridge di Inggris menghasilkan penemuan deret asam amino
pada rantai polipeptida hormon insulin. Penemuan Sanger yang
terjadi bersama-sama dengan ditemukannya teori Watso dan Crick
tentang replikasi DNA berimplikasi bahwa deret nukleotida DNA dan
deret asam amino berhubungan satu dengan yang lainnya. Deret
asam amino rantai polipeptida ditentukan oleh prinsip-prinsip yang
awalnya dikembangkan oleh Sanger.
 Terdapat enam tahap dasar dalam
memecahkan deret asam amino setiap
polipeptida
Tahap I : Penentuan Komposisi Asam Amino

Tahap pertama adalah semua ikatan peptida dihidrolisis dari polipeptida

murni. Campuran asam amino yang terbentuk dianalisis dengan
khromatografi pertukaran ion untuk menentukan asam amino mana
yang ada dan jumlah relatif masing-masing.
Tahap II : Identifikasi Residu Terminal Amino dan Karboksil

Tahap selanjutnya adalah mengidentifikasi residu asam amino pada

ujung rantai polipeptida yang mengandung gugus 𝛼-amino bebas, yaitu
ujung terminal amino. Untuk tujuan ini, Sanger mengembangkan
pereaksi 1-fluoro-2,4-dinitrobenzena, yang dapat melabel (mencirikan)
residu terminal amino dari rantai polipeptida sebagai turunan 2,4-
dinitrofenil (DNP) berwarna kuning.
Tahap III : Pemotongan Rantai Polipeptida

Beberapa metoda dapat dipergunakan untuk memotong rantai

polipeptida. Prosedur yang umum adalah hidrolisis enzimatik
polipeptida oleh enzim pencerna tripsin. Enzim ini sangat spesifik
dalam aksi katalitiknya. Enzim hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan
peptida dengan gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau arginin,
tanpa memandang panjang atau deret asam amino pada rantai
polipeptida.
Tahan IV : Identifikasi Deret Fragmen Peptida

Deret asam amino tiap-tiap fragmen peptida yang dihasilkan dari tahap
3 diidentifikasi. Prosedur degradasi Edman mencirikan atau
mengeluarkan hanya residu terminal amino dari peptida dan
membiarkan semua ikatan peptida yang lain tertinggal utuh. Setelah
pengeluaran dan identifikasi residu terminal amino dengan metoda ini,
residu terminal amino yang baru terbentuk ini sekarang dapat dilabel
(dicirikan) dan dipisahkan dengan mengulang rangkaian reaksi yang
sama.
Tahap V : Pemotongan Rantai Polipeptida Semula dengan Prosedur
Kedua
Untuk menetapkan susunan fragmen peptida yang dibentuk oleh
tripsin, contoh lain dari polipeptida utuh dipotong menjadi fragmen
kecil-kecil dengan metoda yang berbeda, yang memotong ikatan
peptida pada titik-titik yang berbeda dengan titik potong oleh tripsin.
Pereaksi sianogen bromida terutama berguna, karena senyawa ini
hanya memotong ikatan peptida dengan gugus karbonil pada residu
metionin. Jadi, pada polipeptida yang mengandung delapan residu
metionin, pemotongan dengan sianogen bromida biasanya akan
menghasilkan sembilan fragmen peptida.
Tahap VI : Menyusun Fragmen Peptida dengan Penetapan Bagian
yang Saling Tumpang Tindih
Deret asam amino pada tiap fragmen yang diperoleh dari polipeptida
awal dengan kedua prosedur pemotongan sekarang dianalisa, dengan
tujuan menemukan peptida dari prosedur kedua yang deretnya
menunjukkan sambungan atau bagian yang paling tumpang tindih
dengan fragmen yang diperoleh dengan prosedur pemotongan
pertama.
Contoh deret asam
amino rantai insulin
 Protein Dapat Dipisahkan Dan Dimurnikan

Pertama-tama, protein dapat dipisahkan dari senyawa dengan berat

molekul rendah yang ada di dalam ekstra sel atau jaringan dengan
proses dialisis.
Molekul besar seperti protein ditahan di dalam kantong terbuat dari
senyawa berpori amat halus, seperti selopan. Jadi, jika kantong yang
mengandung ekstrak sel atau jaringan dimasukkan ke dalam air,
molekul kecil didalam ekstrak jaringan, seperti garam, akan melalui
pori-pori, tetapi potein dengan berat molekul tinggi akan tertahan di
dalam kantong.
Setelah molekul protein dibebaskan dari molekul kecil melalui dialisis,
protein dapat dipisahkan berdasarkan ukuran oleh filtrasi gel. Pada
prosedur, yang meupakan suatu bentuk khromatografi, larutan yang
mengandung campuran protein dialirkan ke dalam kolom yang
mengandung butiran berpori yang amat kecil, terbuat dari polimer
berhidrat tinggi.
Protein dapat juga dipisahkan satu dari yang lain oleh elektroforesis
berdasarkan tanda dan jumlah muatan listrik pada gugus R dan gugus
terminal amino dengan terminal karboksil yang bermuatan.
Masih ada lagi metoda ampuh untuk memisahkan protein satu dari yan
lain, yakni khromatografi pertukaran ion, didasarkan sebagian besar
atas perbedaan densitas dan tanda muatan listrik protein pada pH
tertentu. Jadi, khromatografi pertukaran ion dapat dipergunakan untuk
pemisahan asam amino, peptida atau protein.
TERIMA KASIH