PONDASI KIMIAWI DAN

MOLEKULER DARI SEL

 INTERAKSI MOLEKUL PENYUSUN SEL

Molekul sel saling berinteraksi melalui ikatan kimia untuk menjalankan

metabolisme .
 ikatan kimia : gaya tarik menarik antar atom yang memungkinkan terbe
ntuknya suatu senyawa.
Gaya tarik menarik kuat menghasilkan ikatan kuat (i. kovalen ) yang
menyusun struktur suatu biomolekuler.
 Gaya tarik menarik lemah mengahsilkan ikatan lemah (I. non kovale
n) yg sngat menentukan sifat dan fungsi biomolekuler.
 Ikatan kovalen

Atom utama penyusun biomolekuler adalah Hidrogen, oksigen, karbon, nitrogen f

osfor dan sulfur membentuk iakatan kovalen dengan atom lain menggunakan ektron
pada orbital luarnya.
Semua struktur biologi tersusun dari atom karbon yang membentuk 4 ikatan kova
len dengan 2 sampai 4 atom berbeda.
Contohnya: methana (CH4 )

 sejumlah molekul penting dg ikatan kovalen antara lain: H2S (hidrogen sulfid
a), H2SO4 (asam sulfat), NH3 (Amonia) NH4+ (ion amonium), h3p4 (asam fosfa
t) gugus fosfat ini merupakan komponen penting dalam pada backbne as. Nukle
at, regulasi protein dan ATP sbg mol. Penyimpanan energi
 Ikatan kovalen
Ikatan kovalen : ikatan yg ada diantara atom-atom yang menyusun suatu
molekul misalnya ikatan antara atom H dan atom C pada molekul CH4

Ikatan kovalen: ikatan yang paling kuat dan paling stabil antara atom-atom
 Ikatan nonkovalen
Pada umumnya interkasi molekuler yaitu berupa interaksi non kovalen.
Ikatan kovalen yaitu ikatan yang tidak sekuat dengan ikatan kovalen.
Ikatan non kovalen tidak sekuat dengan ikatan kovalen namun
mempunyai peranan penting dalam sel antara lain membantu
menstabilkan struktur makromolekul dalam sel misalnya protein dan
asam nukleat.
Beberapa ikatan nonkovalen yang penting dalam sel antara lain ikatan hidrogen, i
katan ionik, interaksi van der waals dan interaksi hidrofobik.
 Ikatan hidrogen
Suatu bentuk interaksi ikatan lemah antara suatu atom elektron negatif
(atom akseptor) dg atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada atom yang l
ain (atom donor).
 Banyak terdapat dalam sistem biologis misalnya pada as. Nukleat dan
protein
Pd as. Nukleat ikatan hidrogen menybabkan terjadinya pasngan antar untaia
n antar basa nukleotida, misalnya antara adenine dg thymine (A-T) dan antara
guanosine dg cytosin (G-C).
Pada protein ikatan hidrogen terjadi antara gugus NH dan CO pada rantai uta
ma α-heliks. Gugus CO pd residu as. Amino n berikatan hidrogen dengan gug
us NH pada residu n+4 .
 Ikatan ionik
Ikatan antar atom yg terjadi krn adanya perbedaan muatan pd atom-atom yg
beriteraksi. Contohnya asam amino asparat

Ikatan ionik merupakan interaksi non kovalen yang paling kuat. Meskipun de
mikian ikatan ini dapat di hilngkan oleh pH yang ekstrem atau dengan kadar g
aram yang tinggi
 Interaksi van der waals

•Semua jenis molekul memperlihatkan kekuatan van der waals, yang timbul dari daya
tarik elektron yang terikat dari satu atom terhadap inti lain
•Jika dua atom terisah jauh, maka terdapat gaya tarik lemah dan sebaliknya.
•Pada jarak tertentu di definisikan sebgai radius van der waals, terdapat keseimbangan
antara kekuatan daya tarik dan penolakan
•Setiap jenis atom memiliki radius van der waals spesifik
•Energi pengikatan van der waals antar dua atom rata-rata sangat kecil 1 kkal¯¹ yang hy
sedikit lebih besar ketimbang energi termal rata-rata 0,006 kkal mol¯¹ dari molekul
padasuhu kamar.
Skema tarikan, tolakan dan keseimbangan v Jenis atom spesifik
an der Waals antar 2 atom
 Interaksi hidrofobik

Molekul-molekul nonpolar yang tidak larut dalam air

Ikatan kovalen antara 2 atom karbon dan antara atom karbon dengan atom
hidrogen adalah contoh-contoh ikatan nonpolar.
Gugus-samping alfatik dan aromatik suatu protein dan basa-basa asam
nukleat mempunyai sifat non polar.
Kekuatan yang mendorong terjadinya asosiasi atau agregasi antara molekul-
molekul hidrofobik di dalam air disebut sebagai interaksi hidrofobik
Interaksi hidrofobik merupakan kekuatan uatama yang menyebabkan
terjadinya pelipatan makromolekul, misalnya protein dan pembentukan
membran sel.
Interaksi hidrofobik
 Komposisi kimiawi sel
Terdiri dari 2 komponen utama :
1. Komponen anorganik
2. Komponen organik
Komponen anorganik yaitu : Air, garam-garam mineral(elektrolit), gas
oksigen,karbondioksida,nitrogen dan amonia.
Komponen organik Yaitu : Protein, Lipid, Karbohidrat.dan beberapa komponen spesifik
lainnya seperti :enzim,vitamin dan hormon.

Komposisi Kimia dari sel :

70-85% Air, 10-20% Protein,2-3% Lipid,1% Karbohidrat dan 1%
zat anorganik Lainnya
 Komponen anorganik
1. Air
- Medium utama sel
- Komposisinya 70% -85% dalam sel
- Berfungsi sebagai :Pelarut zat anorganik dan organik( sep: ion-
ion,glukosa,sukrosa,asam amino,dan berbagai vitamin)
- Sebagai medium pendispersi dari sistim koloid protoplasma
- Media transpor berbagai zat yang terlarut atau tersuspensi untuk
berdifusi dari satu bagian sel ke bagian sel yang lain.
- Media dalam proses reaksi-reaksi enzimatis yang berlangsung di
dalam sel
- Mengabsorpsi panas dan mencegah perubahan yang drastis didalam
sel
 Komponen anorganik
2. Garam-garam mineral (Elektrolit)
- Elektrolit yang terpenting didalam sel adalah :
- K+,Mg+2,PO4-3 ,SO4-2 ,HCO3-, dan sedikit Na+, Cl-, Ca+2.
 Ion-ion ini terlarut dalam cairan sel
 Terikat secara khusus pada molekul-molekul protein dan lipid.

Fungsi elektrolit:
-Fungsi osmosis, yaitu konsentrasi total elektrolit berpengaruh terhadap
difusi air melintasi membran
-Dapat menimbulkan reaksi-reaksi didalam sel
-Diperlukan untuk kerja beberpa mekanisme pengaturan sel
-Menentukan dan Mengatur aktifitas beberapa reaksi yang dikatalisis oleh
enzimatik untuk metabolisme sel
 Komponen anorganik

3. Gas oksigen(O2), nitrogen(N2), karbondioksida(CO2)

-O2 berperan untuk mengoksidasi bahan makanan
-CO2 dihasilkan dalam oksidasi bahan makanan sebagai hasil sampingan
-CO2 dapat bereaksi dengan air membentuk asam karbonat (H2CO3) H+ dan HCO3
-Umumnya CO2 di dalam sel berada dalam bentuk H2CO3 (karbonat) atau HCO3-
(bikarbonat)
 Komponen organik
1. protein

 Protein tersusun atas unsur karbon (C), hidrogen (H), oksigen (O), nitrogen (
N), dan terkadang mengandung zat belerang (S) dan fosfor (P)
Protein adalah polimer yang tersusun dari monomer yang biasa disebut asam
amino
Protein merupakan komponen utama dalam sel hidup
Protein mengatur aktivitas metabolisme, mengkatalisis reaksi-reaksi biokimia,
dan menjaga keutuhan struktur sel
10-20% massa sel mengandung protein
Komponen organik (Protein)
 Struktur Protein
1. Struktur primer, yaitu struktur protein yang rantai polipeptidanya ber
bentuk linier.
2. Struktur sekunder, yaitu struktur protein yang rantai polipeptidanya
mempunyai pola teratur, misalnya pola memilin (menggulung).
3. Struktur tersier, yaitu struktur protein yang rantai polipeptidanya
bengkok atau bergulung (berpilin), sehingga membentuk struktur
tidak dimensi bulat.
4. Struktur kuarterner, yaitu struktur protein yang berkaitan dengan ken
yataan bahwa beberapa protein dapat terdiri lebih dari satu rantai
polipeptida.
Struktur Protein
 Komponen organik
KLASIFIKASI PROTEIN
A. Berdasarkan Bentuk
1. Protein sederhana
a. Protein serat
 Rantai polipeptida tidak berlipat
tidak larut dalam air
memberikan peranan struktural
contoh : Keratin, Kolagen,elastin
b. Protein globular(Contoh: Albumin,Globulin)
 Merupakan enzim sel
 Menyatu/melekat pada struktur membran sel
 Mengkatalisis reaksi-reaksi kimia didalam sel
Contoh : semua Enzim, Protein transpor pada darah, antibody, Protein penyimp
an
 Komponen organik (protein)
2. Protein konyugasi (bersenyawa dengan zat lain)
→ Protein yang dihubungkan ke suatu bagian non protein (gugus prostetik)
Contoh :
● Chromoprotein
● hemoglobin
● feritin
● cytochrom
● Glikoprotein
● mucin
● Nukleoprotein
● Fosfoprotein
● kasein,vitolin
● Protein-koenzim
● dehidrogenase
● Lipoprotein
● Metaloprotein
 Komponen organik (PROTEIN)
B. Protein Berdasarkan peran biologisnya

Golongan Contoh

Enzim Ribonuklease,Tripsin

Protein transpor Hemoglobin,Albumin,serum, Mioglobin,β-lipoprotein

Protein nutrient Gliadin (Gandum)Ovalbumin (Telur)Kasein

danpenyimpan (Susu)Feritin
Protein Kontraktil Aktin,Miosin,Tubulin,Dynein

Protein struktural Keratin,Fibroin,Kolagen,Elastin

Protein pertahanan Antibodi,fibrinogen,trombin
Protein Pengatur Insulin,hormon tumbuh,kortikotropin,hormon paratiroid
 PROTEIN Berdasarkan peran biologisnya
Enzim, yaitu protein yang mengkatalisis reaksi-reaksi kimia dan biokimia di dalam atau di
luar sel-sel hidup

 Hormon, adalah protein yang dihasilkan oleh kelenjar endoktrin tubuh atau sel-sEl
tertentu lainnya. Hormon berfungsi untuk mengatur dan merangsang beberapa proses
dalam makhluk hidup, misalnya metabolisme. Contoh hormon protein antara lain
adalah insulin, lipoprotein, dan prolaktin.

 Imunoglobulin (zat anti bodi), yaitu protein pelindung yang berperan penting dalam
respon kekebalan makhluk hidup untuk menetralisasi zat-zat asing yang menyebabkan
infeksi. Contohnya adalah interferon, dan trombin.

Protein transpor, yaitu protein yang berfungsi untuk memindahkan atau menyimpan
beberapa senyawa kimia dan ion. Contohnya adalah hemoglobin untuk mengangkut
oksigen dan protein integral yang membawa zat-zat yang dibutuhkan seL
 PROTEIN Berdasarkan peran biologisnya (LANJUTAN )
Protein motor, yaitu protein yang berfungsi untuk mengubah energi kimia menjadi energi me
kanik. Contohnya adalah aktin dan miosin.

Protein struktur, yaitu protein yang berfungsi untuk perbaikan, pertumbuhan, dan pemelihara
an struktur sel, jaringan, atau komponen-komponen biologis lainnya. Contohnya adalah kolage
n, elastin, dan keratin.

Protein reseptor, yaitu protein yang berfungsi untuk mendeteksi sinyal (rangsangan) dan men
erjemahkan sinyal tersebut menjadi sinyal jenis lain. Contohnya adalah rhodopsin.

Protein penunjuk, yaitu protein yang berfungsi untuk memberikan sinyal atau mengkomunik
asikan rangsangan dalam proses translasi. Contohnya adalah GTP (guanosinin trifosfat)

Protein penyimpan, yaitu protein yang mengandung energi, yang dapat dilepaskan dalam pro
ses-proses metabolisme pada makhluk hidup. Contohnya adalah albumin.
 2.lipid
lipid tersusun atas unsur karbon (CH), hidrogen (H), dan oksigen (O), serta kadang
kala ditambah fosfor (P) serta nitrogen (N).
Terdapat 2% dari massa sel dan tersebar diseluruh sel, tetapi khususnya terdapat
dalam konsentrasi tinggi dalam membran sel, membran inti dan membran yang
membatasi organel intrasitoplasma, seperti RE dan mitokondria
- Lipid non polar merupakan komponen utama membran sel
Pada umumnya sel mengandung fospolipid dan kholesterol
Lipid terasa licin, tidak larut dalam air, tetapi dapat larut dalam alkohol, eter, dan
pelarut-pelarut organik lainnya
- Kira-kira 95% dari massa sel mengandung trigliserida (lemak netral)
 berperan sebagai Cadangan Energi
 Klasifikasi lipid
1. Lipid sederhana
Yaitu : ester asam lemak dengan berbagai alkohol
a. Lemak yaitu : ester asam lemak dengan gliserol
b. Lilin yaitu : ester asam lemak dengan alkoholmonohidrat yang mempunyai
berta molekul lebih berat.
2. Lipid majemuk
Yaitu : ester asam lemak yang mengandung gugus tambahan selain alkohol dan asam
lemak
Fosfolipid
yaitu : lipid yang mengandung residu asam fosfat sebagai tambahan asam
lemak dan alkohol
Glikolipid
Yaitu campuran asam lemak dengan karbohidrat
Fosfolipid
Contoh : Fosfatidilgliserol, fosfatidilkolin(lesitin),
fosfatidiletanolamin(sefalin), fosfatidilinositol,
fosfatidilserin, plasmolagen dan sfingomielin

 Struktur fosfolipid

O
R1 – C – O – CH2
O
R2 – C – O – CH
O
H2C – O – P – O – CH2CH2N+(CH3)3
O–

ekor kepala
 Glikolipid
Contoh : Galaktosilseramida
 Glikosfingolipid utama pada jaringan otak dan saraf
 ditemukan di tempat lain dg jml yg relatif rendah
 Mengandung sejml asam lemak yang khas (C24)

OH H O OH
CH3(CH2)12CH=CHCHCH – N – C – CH(CH2)21CH3

CH2OH
HO O
H OCH2
OR H
H H
H OH
 3. Dervat lipid
hormon steroid → mengaktifasi DNA
contoh : cortisol,estrogen dan testosteron

Peranan Biologi Yang Penting Dari Lipid

•Komponen struktur membran

•Komponen permukaan sel
•Bentuk energi cadangan
•Komponen dlm proses pengangkutan melalui
membran
 Asam Nukleat
•Senyawa penting yang terdapat dalam sel
•Tersusun atas unit-unit nukleotida, setiap nukleotida tersusun atas basa purin
atau pirimidin
•Dua asam nukleat yang dikenal : DNA dan RNA
•Basa purin umum dijumpai adalah adenin dan guanin,
•Basa pirimidin yang umum adalah urasil , timin dan sitosin,
•DNA -> materi genetik yg diwarisi organisme dari org tuanya.
 Asam Nukleat
Struktur pembangun asam nukleat
 3. karbohidrat
•Sangat sedikit dalam fungsi struktural didalam sel → glikoprotein
•Berperan utama dalam nutrisi sel
•Komposisinya kira-kira 1 % dari total massa sel
•3% dalam sel otot
•Kadang-kadang 6% didalam sel hati
•Sejumlah kecil karbohidrat disimpan dalam sel dalam bentuk
glikogen,merupakan polimer dari glukosa yang tak larut dan segera digunakan
oleh sel untuk mensuplai kebutuhan energi
Klasifikasi karbohidrat

Berdasarkan reaksi hidrolisis dan

ukuran molekulnya, karbohidrat
dibedakan menjadi karbohidrat
sederhana (monosakarida dan
disakarida) dan karbohidrat
kompleks (polisakarida).
 Klasifikasi karbohidrat
1. Karbohidrat sederhana
a. Monosakarida: karbohidrat yang paling sederhana dan tidak dapat
diurai atau dihidrolisis lagi menjadi karbohidrat yang lebih sederhana.
b. Disakarida : terdiri dari dua buah monosakarida yang terikat melalui
sintesis dehidrasi yang membentuk suatu rantai. Disakarida dapat
dibelah menjadi dua buah monosakarida sederhana dengan
menggunakan air kembali (hidrolisis). Contoh-contoh disakarida adalah
sukrosa (glukosa + fruktosa), laktosa (glukosa + galaktosa), dan maltosa
(glukosa + glukosa).
disakarida
 2. Karbohidrat kompleks

Karbohidrat sederhana dapat dikombinasikan satu sama lain

untuk membentuk karbohidrat kompleks.
Pada umumnya, sebuah karbohidrat kompleks yang
lebih besar dari disakarida dan trisakarida disebut polisakarida.
 polisakarida

Polisakarida merupakan rantai yang panjang dari molekul-molekul gula yang

terikat bersama-sama.
Di antara polisakarida yang paling terkenal adalah selulosa.
 Selulosa membentuk dinding sel tumbuhan dan para ilmuwan memperkirakan
bahwa lebih dari satu triliun ton selulosa disintesis tumbuhan setiap tahunnya.
Selain selulosa, contoh polisakarida lainnya adalah amilum (zat pati).
polisakarida
 4. vitamin

•Vitamin dibutuhkan dibutuhkan dalam jumlah kecil, tetapi harus ada . Peran
vitamin adalah mempertahankan fungsi metabolisme , pertumbuhan dan
penghancur radikal bebas .
Contoh vitamin : A, B1, B2, B3, B5, B6, B12, C, D, E, K dan H
 5. Mineral

•Mineral merupakan unsur-unsur kimia selain karbon, hidrogen dan oksigen .

•Mineral ada yang terdapat dalam jumlah yang besar ( makroelemen ) seperti :
kalsium ( Ca ), fosfor ( P ) , magnesium ( Mg ), natrium ( Na ), klor ( Cl ) dan
belerang ( S ). Mineral lain terdapat dalam jumlah sedikit ( mikroelemen ) seperti:
zat besi ( Fe ), yodium ( I ), Seng ( Zn ) kobalt ( Co ) fluorin ( F ) .
• Mineral berfungsi sebagai komponen struktural sel, pemeliharaan fungsi
metabolisme , pengaturan kerja enzim, menjaga keseimbangan asam dan basa.
 Gugus-gugus fungsional
Gugus fungsional: konfigurasi spesifik atom-atom
yang umumnya berikatan dengan kerangka karbon
molekul organik dan umumya terlibat dalam reaksi kimiawi

Persenyawaan dengan gugus fungsional yang sama akan me

mpunyai sifat kimia yang sama.

Semua gugus fungsional bersifat hidrofilik sehingga

meningkatkan kelarutan senyawa organik dalam air
Tabel Gugus fungsional
 Gugus hidroksil

•Pada suatu gugus hidroksil, satu atom hidrogen terikat dengan satu atom ok
sigen, yang kemudian terikat dengan kerangka
karbon molekul organik.
•Senyawa organik yang mengandung gugus hidroksil disebut alkohol
•Gugus hidroksil bersifat polar sebagai akibat atom oksigen elektron negatif
yang menarik elektron ke arah dirinya sendiri.
• Akibatnya, molekul air tertarik ke gugus fungsional, dan hal ini akan memb
antu melarutkan senyawa organik yang mengandung gugus seperti ini.
• Gula misalnya, kelarutannya dalam air terjadi
karena adanya gugus hidroksil.
 Gugus karbonil

•Gugus karbonil (–CHO), terdiri atas sebuah atom karbon yang dihubungkan
dengan sebuah atom oksigen dengan ikatan ganda.
•Jika gugus karbonil itu berada pada ujung suatu kerangka karbon, senyawa
organik itu disebut aldehida, kalau tidak senyawa itu disebut keton
 Gugus karboksil

•Jika suatu atom oksigen berikatan ganda dengan sebuah atom karbon yang j
uga terikat dengan gugus karboksil, keseluruhan rakitan atom itu disebut gu
gus karboksil (–COOH)
• Senyawa yang mengandung gugus karboksil dikenal sebagai asam
karboksilat, atau asam organik
 Gugus amino

•Gugus amino (–NH2) terdiri atas suatu atom nitrogen yang terikat dengan
dua atom hidrogen dan dengan kerangka karbon.
• Senyawa organik dengan gugus fungsional ini disebut amina
• Gugus amino bertindak sebagai basa.
• Sebagian besar senyawa organik selmempunyai dua atau lebih gugus
fungsional yang berlainan
 Gugus sulfihidril

•Gugus fungsional organik yang dikenal sebagai gugus sulfhidril (–SH), terdi
ri atas sebuah atom hidrogen, yang mirip dengan bentuk gugus hidroksil.
•Senyawa organik yang mengandung sulfhidril disebut thiol atau tiol
 Gugus fosfat

•Fosfat adalah suatu anion yang terbentuk akibat penguraian asam organik yang
disebut asam fosfat (H3PO4)
•Senyawa organik yang mengandung gugus fosfat mempunyai ion fosfat yang
terikat secara kovalen melalui salah satu atom oksigennya ke kerangka karbon.
•Salah satu fungsi gugus fosfat adalah dalam transfer energi di antara molekul
organik
 Chemical building blocks of cell

Blok bangunan kimia sel adalah lipid, karbohidrat, protein, dan

asam nukleat.
Mereka semua terdiri dari karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen,
fosfor dan sulfur ( C O N P dan S)