MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Mata Kuliah : Biologi Molekuler

Dosen Pengampu : Elsie, S.Si., M.Si.

Disusun oleh :

Dwi Kartika Sari (180202002)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA ILMU PENGETAHUAN ALAM DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH RIAU
2021
 DAFTAR ISI

Daftar Isi........................................................................................................... 1

Bab I Pendahuluan........................................................................................... 2

I.1 PCR sebagai salah satu teknik dalam Biologi Molekuler...................... 2

Bab II Isi............................................................................................................ 4

2.1 Prinsip Kerja PCR ................................................................................. 4

Bab III Penutup ................................................................................................ 6

3.1 Kesimpulan.......................................................................................... 6

Daftar Pustaka ................................................................................................. 7

1
 BAB I

PENDAHULUAN

I.1 PCR sebagai salah satu teknik dalam Biologi Molekuler

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik dasar untuk biologi

molekuler dan merupakan teknik genetik secara in vitro yang digunakan untuk
amplifikasi spesifik fragmen DNA target dari sumber DNA yang rendah atau RNA
(setelah ditranskripsi balik menjadi cDNA) secara eksponensial. DNA disintesis
dengan cara yang sama seperti in vivo menggunakan DNA polimerase, yaitu
enzim yang digunakan sel untuk mereplikasi DNA. Salah satu keunggulan PCR
adalah urutan target bisa diamplifikasi dari satu salinan materi awal, bahkan
ketika templat terdegradasi dan terkontaminasi dengan inhibitor (Stephenson &
Abilock, 2012)

PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang
(siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda.
Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi
termal dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk
memberi waktu pada primer menempel (anneal primers) pada daerah tertentu
dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk memperpanjang primer
(extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer
yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus. Target DNA
yang diinginkan (short ”target” product) akan meningkat secara eksponensial
setelah siklus keempat dan DNA non-target (long prod uct) akan meningkat
secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newton and Graham, 1994)

Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat

DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai
urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat;
dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2 )
dan enzim polimerase DNA.

2
 PCR dapat digunakan bilamana isolasi dan analisis DNA yang dibutuhkan,
ketika target genom sekuens diketahui. PCR dapat digunakan untuk mengisolasi
dan melabel fragmen DNA, menganalisis interaksi protein-DNA, sekuens DNA-
RNA dan terapi gen Aplikasinya dalam bidang Kedokteran Gigi sangat luas karena
teknik ini dapat diterapkan pada spesimen yang telah difiksasi dengan formalin
atau tertanam dalam parafin. Agen - agen infeksi kulit, janngan dan lesi mukosa
mulut dapat dideteksi, seperti bakten, virus HIV, hepatitis, virus cytomegalo dan
virus Epstein Barr. PCR juga dapat digunakan dalam mendeteksi DNA Virus
Covid-19.

3
 BAB II

ISI

2.1 Prinsip Kerja PCR

PCR terdiri dari siklus reaksi pemanasan dan pendinginan. Suhu

digunakan untuk mengontrol setiap tahap reaksi yang dilakukan dan waktu
inkubasinya tergantung pada alat (Thermal cycler) dan reagen. Hal tersebut
harus dioptimalkan untuk setiap percobaan, terutama untuk peningkatan
sensitivitas deteksi (Bergkvist et al., 2012).

Tahapan penting dalam proses PCR adalah sebagai berikut.

Tahap pertama pada proses PCR adalah denaturasi DNA sampel dengan
menaikkan suhu dalam thermal cycler 94-98°C tergantung pada aktivitas DNA
polimerase dan jumlah basa G+C dari DNA templat. Reaksi diinkubasi selama 2-5
menit untuk memastikan bahwa DNA untai ganda terpisah menjadi dua untai
tunggal. Suhu tinggi menyebabkan ikatan hidrogen antar basa lemah dan
akhirnya terpisah, sedangkan ikatan antara deoksiribosa dan fosfat, yang
merupakan ikatan kovalen lebih kuat dan tetap utuh. Waktu inkubasi yang terlalu
lama dapat menonaktifkan DNA polimerase dan menghancurkan aktivitas
enzimatiknya (Lorenz, 2012).

Tahap kedua pada sistem amplifikasi PCR adalah annealing, merupakan

penempelan suatu primer terhadap urutan komplementer pada DNA target.
Tujuannya bukan untuk mereplikasi seluruh untai DNA tetapi untuk mereplikasi
urutan nukleotida yang khas untuk organisme. Primer menentukan ujung urutan
target tersebut. Tahapan ini bergantung pada panjang untai DNA, banyaknya
kandungan G+C, dan konsentrasi primer itu sendiri. Reaksi diinkubasi selama 30
detik hingga 1 menit, pada suhu 45-60°C. Semakin panjang ukuran primer,
semakin tinggi suhunya

4
 Amplifikasi lebih efisien jika suhu annealing tidak kurang dari 37ºC agar
tidak terjadi penempelan primer pada tempat yang salah (mispriming). Suhu
Annealing yang biasanya digunakan adalah 55ºC. Optimalisasi suhu annealing
penting dilakukan untuk menghasilkan produk PCR yang mempunyai spesifisitas
tinggi. Primer akan menempel pada urutan nukleotida yang sesuai dengan
urutan primer tersebut serta menempel pada posisi ujung-5’dari untai DNA
target yang telah terurai pada tahap denaturasi

Setelah primer menempel pada urutan DNA komplementer, suhu

dinaikkan sekitar 72-78°C dan Taq DNA polymerase mulai mensintesis molekul
DNA untai ganda baru yang identik dengan DNA target asli. Suhu optimal untuk
sintesis DNA dapat sedikit berbeda tergantung pada DNA polimerase yang
digunakan. Proses pemanjangan untai baru DNA dimulai dari posisi primer yang
telah menempel di urutan nukleotida DNA target yang akan bergerak dari ujung
5’ menuju ujung 3’ dari untai tunggal DNA. Proses elongasi DNA sesuai dengan
panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan (Joshi and Deshpande, 2011).

Pada akhir siklus PCR pertama, dihasilkan dua untai DNA baru identik
dengan DNA target asli. Selanjutnya tahap denaturasi sampai tahap ekstensi
dilakukan dengan siklus proses PCR yang tepat, biasanya antara 30 sampai 40
siklus yang menghasilkan amplifikasi eksponensial dari amplikon hingga satu
miliar salinan target hanya dalam beberapa jam. Semua tahapan berlangsung
dalam thermal cycler, sebuah instrumen yang secara otomatis mengontrol siklus
pemanasan dan pendinginan yang diperlukan untuk PCR (Roche, 2006).

5
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

PCR merupakan suatu metode yang sangat sederahana, cepat dan sangat
potensial dalam proses perbanyakan DNA terutama pada keadaan jumlah sampel
yang sedikit mengandung jumlah DNAnya. PCR digunakan untuk mensintesis
DNA secara in vitro dengan proses enzimatik menggunakan 2 primer
oligonukleotida yang akan berhibridisasi dengan rantai tunggal DNA Perbanyakan
dengan siklus yang melibatkan rangkaian reaksi-reaksi enaturasi template.
hibridisasi primer," proses penambahan / perpanjangan DNA (ekstensi) yang
kemudian akan menghasilkan fragmen DNA yang spesifik.

6
 DAFTAR PUSTAKA

Bergkvist, A. et al. 2012. A Technical Guide PCR Technologies. Edited by A.

Adityaputri. Jakarta: EGC.

Joshi, M. and Deshpande, J. D. 2011. Polymerase Chain Reaction: Methods,

Principles and Application. International Journal of Biomedical Research,
2(1). doi: 10.7439/ijbr.v2i1.83.

Lorenz, T. C. (2012). Polymerase chain reaction: Basic protocol plus

troubleshooting and optimization strategies. Journal of Visualized
Experiments, (63), pp. 1–15. doi: 10.3791/3998.

Newton, C.R. and A. Graham. 1994. PCR. UK: Bios Scientific Publisher

Roche. (2006). PCR Applications Manual 3 rd edition, Evolution, p. 340.