MAKALAH INSTRUMENTASI LAB MEDIK

“PENGGUNAAN DAN PERAWATAN ALAT PCR”

DISUSUN OLEH :

JODI SETIAWAN (51122022)

DOSEN PEMBIMBING :

BASTIAN S.Si,T, M. Biomed

PRODI DIV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK

INSTITUT ILMU KESEHATAN & TEKNOLOGI

MUHAMMADYAH

PALEMBANG

FAKULTAS SAINS & TEKNOLOGI

2022/2023
 KATA PENGANTAR

Assalamualikum wr. Wb.

Puji syukur penulis ucapkan atas rahmat Allah SWT. Dan berkat karunia-nya

sehingga Makalah yang berjudul “Penggunaan dan Perawatan Pcr” ini dapat

terselesaikan dengan baik.

Makalah ini dibuat dengan tujuan untuk memenuhi tugas pada bidang

instrumentasi lab. Medis Kepada bapak dosen : BASTIAN S.Si,T M. Bimoed

makalah ini juga bertujuan untuk memberikan wawasan kepada pembaca tentang

“Penggunaan dan perawatan Pcr” penulis menyampaikan ucapan terima kasih kepada

bapak : BASTIAN S.Si,T,M. Biomed selaku dosen mata pelajaran instrumentasi lab.

Medis

Berkat tugas yang diberikan ini membuat wawasan penulis menjadi bertambah

dan penulis juga mengucapkan terima kasih kepada pihak-pihak yang ikut

berkonstribusi dalam pembuatan makalah ini.

Penulis menyadari bahwah makalah ini banyak kekurangan, seperti manusia

yang pada hakekatnya tidak luput dari kesalahan. Penulis memohon maaf atas

kesalahan dan ketidak sempurnaan yang pembaca temukan. Oleh karena itu,

diharapakan saran dan kritik untuk penulis dalam memeperbaiki makalah ini menjadi

lebih baik.
 DAFTAR PUSTAKA

KATA PENGANTAR ......................................................................................... i

DAFTAR ISI ....................................................................................................... .ii

BAB I PENDAHULUAN ...................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ........................................................................................... 2

1.2 Rumusan Masalah ...................................................................................... 3

1.3 Tujuan ......................................................................................................... 4

BAB II PEMBAHASAN ....................................................................................... 5

2.1 Pengertian dan sejarah pcr ........................................................................... 6

2.2 Komponen- Komponen Pada proses Pcr ...................................................... 7

2.3Cara Penggunaan Pcr .................................................................................... 7

2.4 Cara perawatan Pcr ...................................................................................... 7

2.5 Kelebihan Dan Kelemahan Pcr .................................................................... 8

BAB III PENUTUP ............................................................................................... 8

3.1 Kesimpulan ................................................................................................. 8

3.2 Saran ........................................................................................................... 8

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................ 9

LAMPIRAN .......................................................................................................... 9
 BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi

DNA secara in vitro. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen

DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Setiap gen mempunyai

primer dengan konsentrasi dan suhu annealing yang berbeda, sehingga perlu

dilakukan optimasi konsentrasi primer dan suhu annealing agar didapatkan komposisi

dan kondisi PCR yang sesuai sehingga mendapatkan hasil PCR yang optimal.

(universitas gadjah mada)

Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama, yaitu DNA cetakan,

Oligonukleotida primer, Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA

Polimerase, dan Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Pada proses PCR

menggunakan menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki

kemampuan untuk memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur

temperatur untuk tiap tahapan reaksi.(universitas negeri gororntola)

Polymerase chain reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang dapat

digunakan untuk memeperbanyak DNA suatu organisme. Metode berbasis PCR

seringkali digunakan didalam identifikasi organisme baik melaluidna fingerprinting

maupun melalui DNA barcoding. (universitas udayana)

1,2 RUMUSAN MASALAH

1. Apa pengertian dan sejarah pcr

2. Apa saja Komponen-komponen pada proses Pcr

3. Bagaimana cara penggunan pcr

4. Bagaimana Cara perawatan Pcr?

5. Apa kelebihan dan kelmahan pcr?

1.3 TUJUAN

1. Menetahui pengertia pcr dan sejarah pcr

2. .Menegetahui komponen-komponen dalam proses pcr

3. Mengetahui Cara penggunaan Pcr

4. Mengetahui Cara perawatan Pcr

5. Menegetahui kelemahan dan kelebihan pcr

 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 PENGERTIAN PCR DAN SEJARAH PCR

Polymerase Chain Reacton (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan

amplifikasiDNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry

Mullispada tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi

segmenDNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Dengan

diketemukannyateknik PCR di samping juga teknik-teknik lain seperti sekuensing

DNA, telahDarmo Handoyo, Ari Rudiretnamerevolusi bidang sains dan teknologi

khususnya di bidang diagnosa penyakitgenetik, kedokteran forensik dan evolusi

molekular.(universitas surabaya)

2.2 KOMPONEN- KOMPONEN PADA PROSES PCR

Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat

DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan

nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat;dNTPs

(Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2)dan enzim

polimerase DNA.Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi

DNAtemplat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada

templat(annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan

(postextension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus),di

mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA. Tahapan proses PCRdapat

dilihat pada gambar 1.PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang
berulang(siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA

untaiganda. Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan

dengandenaturasi termal dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu

suhutertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal primers)

padadaerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk

memperpanjangprimer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP

dandTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 –40

siklus. Target DNA yang diinginkan (short ”target” product) akan meningkatsecara

eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan

meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newtonand Graham,

1994).

PELAKSANAAN PCR

Untuk melakukan proses PCR diperlukan komponen-komponen sepertiyang

telah disebutkan di atas. Pada bagian ini akan dijelaskan secara rincikegunaan dari

masing-masing komponen tersebut.

1, Template Dna

Fungsi DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan

untukpembentukan molekul DNA baru yang sama. Templat DNA ini dapat berupa2

0Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR)DNA kromosom,

DNA plasmid ataupun fragmen DNA apapun asal di dalamDNA templat tersebut

mengandung fragmen DNA target yang dituju.Penyiapan DNA templat untuk proses

PCR dapat dilakukan denganmenggunakan metode lisis sel ataupun dengan cara
melakukan isolasi DNAkromosom atau DNA plasmid dengan menggunakan metode

standar yang ada.Pemilihan metode yang digunakan di dalam penyiapan DNA templat

tergantungdari tujuan eksperimen.Pembuatan DNA templat dengan menggunakan

metode lisis dapat digunakansecara umum, dan metode ini merupakan cara yang cepat

dan sederhana untukpendedahan DNA kromosom ataupun DNA plasmid. Prinsip

metode lisisadalah perusakan dinding sel tanpa harus merusak DNA yang

diinginkan.Oleh karena itu perusakan dinding sel umumnya dilakukan dengan

caramemecahkan dinding sel menggunakan buffer lisis. Komposisi buffer lisisyang

digunakan tergantung dari jenis sampel. Beberapa contoh buffer lisisyang biasa

digunakan mempunyai komposisi sebagai berikut: 5 mM Tris-ClpH8,5; 0,1 mM

EDTA pH 8,5; 0,5 % Tween-20 dan 100 ug/mL Proteinase-K(ditambahkan dalam

keadaan segar). Buffer lisis ini umumnya digunakan untukjenis sampel yang berasal

dari biakan, sel-sel epitel dan sel akar rambut.Contoh lain dari buffer lisis adalah

buffer lisis K yang mempunyai komposisisebagai berikut: buffer PCR (50mM KCl,

10-20mM Tris-Cl dan 2,5mM MgCl2);0,5 % Tween-20 dan 100 ug/mL Proteinase-K

(ditambahkan dalam keadaansegar). Buffer lisis K ini biasanya digunakan untuk

melisis sampel yangberasal dari sel darah dan virus.Selain dengan cara lisis,

penyiapan DNA templat dapat dilakukan dengancara mengisolasi DNA kromosom

ataupun DNA plasmid menurut metodestandar yang tergantung dari jenis sampel asal

DNA tersebut diisolasi.Metode isolasi DNA kromosom atau DNA plasmid

memerlukan tahapan yanglebih kompleks dibandingkan dengan penyiapan DNA

dengan menggunakanmetode lisis. Prinsip isolasi DNA kromosom atau DNA plasmid

adalah pemecahandinding sel, yang diikuti dengan pemisahan DNA kromosom /

DNA plasmid
2. primer

Keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yangdigunakan. Di

dalam proses PCR, primer berfungsi sebagai pembatas fragmenDNA target yang akan

diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi(-OH) pada ujung 3’ yang

diperlukan untuk proses eksistensi DNA.Perancangan primer dapat dilakukan

berdasarkan urutan DNA yang telahdiketahui ataupun dari urutan protein yang dituju.

Data urutan DNA atauprotein bisa didapatkan dari database GenBank. Apabila urutan

DNA maupunurutan protein yang dituju belum diketahui maka perancangan primer

dapatdidasarkan pada hasil analisis homologi dari urutan DNA atau protein yangtelah

diketahui mempunyai hubungan kekerabatan yang terdekat.Dalam melakukan

perancangan primer harus dipenuhi kriteria-kriteriasebagai berikut:

a. Panjang primer

Di dalam merancang primer perlu diperhatikan panjang primer yang akandipilih.

Umumnya panjang primer berkisar antara 18 – 30 basa. Primer denganpanjang kurang

dari 18 basa akan menjadikan spesifisitas primer rendah.Untuk ukuran primer yang

pendek kemungkinan terjadinya mispriming (penempelanprimer di tempat lain yang

tidak diinginkan) tinggi, ini akan menyebabkanberkurangnya spesifisitas dari primer

tersebut yang nantinya akan berpengaruhpada efektifitas dan efisiensi proses PCR.

Sedangkan untuk panjang primerlebih dari 30 basa tidak akan meningkatkan

spesifisitas primer secara bermaknadan ini akan menyebabkan lebih mahal.

b. Komposisi primer.

Dalam merancang suatu primer perlu diperhatikan komposisinya. Rentetannukleotida

yang sama perlu dihindari, hal ini dapat menurunkan spesifisitasprimer yang dapat
memungkinkan terjadinya mispriming di tempat lain. Kandungan(G+C)) (% jumlah

G dan C) sebaiknya sama atau lebih besar dari kandungan(G+C) DNA target. Sebab

primer dengan % (G+C) rendah diperkirakan tidakakan mampu berkompetisi untuk

menempel secara efektif pada tempat yangdituju dengan demikian akan menurunkan

efisiensi proses PCR. Selain itu,urutan nukleotitda pada ujung 3’ sebaiknya G atau C.

Nukleotida A atau Tlebih toleran terhadap mismatch dari pada G atau C, dengan

demikian akandapat menurunkan spesifisitas primer.

c. Melting temperature

(Tm)Melting temperatur (Tm) adalah temperatur di mana 50 % untai gandaDNA

terpisah. Pemilihan Tm suatu primer sangat penting karena Tm primerakan

berpengaruh sekali di dalam pemilihan suhu annealing proses PCR. Tmberkaitan

dengan komposisi primer dan panjang primer. Secara teoritis Tmprimer dapat

dihitung dengan menggunakan rumus [2(A+T) + 4(C+G)]. SebaiknyaTm primer

berkisar antara 50 – 65 oC.

d. Interaksi primer-prime

Interaksi primer-primer seperti self-homology dan cross-homology harusdihindari.

Demikian juga dengan terjadinya mispriming pada daerah lain yangtidak

dikehendaki, ini semua dapat menyebabkan spesifisitas primer menjadirendah dan di

samping itu konsentrasi primer yang digunakan menjadiberkurang selama proses

karena terjadinya mispriming. Keadaan ini akanberpengaruh pada efisiensi proses

PCR.
 3. dNTPs (deoxynucleotide triphosphates)

dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP (deoksiadenosintrifosfat),

dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP (deoksisitidin trifosfat) dandGTP

(deoksiguanosin trifosfat). Dalam proses PCR dNTPs bertindak sebagaibuilding block

DNA yang diperlukan dalam proses ekstensi DNA. dNTP akanmenempel pada gugus

–OH pada ujung 3’ dari primer membentuk untai baruyang komplementer dengan

untai DNA templat. Konsentrasi optimal dNTPsuntuk proses PCR harus ditentukan.

4. Buffer PCR dan MgCl2

Reaksi PCR hanya akan berlangsung pada kondisi pH tertentu. Olehkarena itu untuk

melakukan proses PCR diperlukan buffer PCR. Fungsi bufferdi sini adalah untuk

menjamin pH medium. Selain buffer PCR diperlukan jugaadanya ion Mg2+, ion

tersebut berasal dari berasal MgCl2. MgCl2 bertindaksebagai kofaktor yang berfungsi

menstimulasi aktivitas DNA polimerase.Dengan adanya MgCl2 ini akan

meningkatkan interaksi primer dengan templatyang membentuk komplek larut dengan

dNTP (senyawa antara). Dalam prosesPCR konsentrasi MgCl2 berpengaruh pada

spesifisitas dan perolehan proses.Umumnya buffer PCR sudah mengandung senyawa

MgCl2 yang diperlukan.Tetapi disarankan sebaiknya antara MgCl2 dan buffer PCR

dipisahkan supayadapat dengan mudah dilakukan variasi konsentrasi MgCl2 sesuai

yang diperlukan.

5. Enzim Polimerase DNA

Enzim polimerase DNA berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi polimerisasiDNA.

Pada proses PCR enzim ini diperlukan untuk tahap ekstensi DNA. Enzimpolimerase

DNA yang digunakan untuk proses PCR diisolasi dari bakteritermofilik atau
 hipertermofilik oleh karena itu enzim ini bersifat termostabil2 4Prinsip Umum dan

Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR)sampai temperatur 95 oC. Aktivitas

polimerase DNA bergantung dari jenisnyadan dari mana bakteri tersebut diisolasi .

Sebagai contoh adalah enzim Pfupolimerase (diisolasi dari bakteri Pyrococcus

furiosus) mempunyai aktivitasspesifik 10x lebih kuat dibandingkan aktivitas spesifik

enzim Taq polimerase(diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus). Penggunaan jenis

polimerase DNAberkaitan erat dengan buffer PCR yang dipakai.Dengan

menggunakan teknik PCR, panjang fragmen DNA yang dapatdiamplifikasi mencapai

35 kilo basa. Amplifikasi fragmen DNA pendek (kurangdari tiga kilo basa) relatif

lebih mudah dilakukan. Untuk mengamplifikasifragmen DNA panjang (lebih besar

dari tiga kilo basa) memerlukan beberapakondisi khusus, di antaranya adalah

diperlukan polimerase DNA denganaktivitas yang kuat dan juga buffer PCR dengan

pH dan kapasitas tinggi(High-salt buffer).

2.3 CARA PENGGUNAAN PCR :

1. Hubungkan colokkan PCR Machine pada stop kontak

2. Tekan tombol ON / OFF disisi belakang alat

3. Mesin PCR ini memiliki layar sentuh, untuk mengoperasikannya dapat

menggunakan jari atautouch-pen yang telah tersedia

4. Untuk membuat program baru, sentuh file new program

5. ketik nama file enter

6. pada STEP atur tahapan proses amplifikasi DNA sesuai dengan yang diinginkan

save

7. Kemudian pilih tempat penyimpanan

8. Close

9. Buka penutup Mesin PCR

10. Masukkan Tube PCR

11. Tutup

12. Kemudian jalankan program yang sudah disetting tadi dengan cara : file edit

pilih file yang akan dijalankan run start

13. Setelah selesai, untuk mengakhiri program dilakukan dengan cara sentuh Stop

now close

14. Buka penutup Mesin PCR, ambil tube PCR

15. Cabut steker dari stop kontak

OPTIMASI PCR

Untuk mendapatkan hasil PCR yang optimal perlu dilakukan optimasi proses

PCR. Secara umum optimasi proses PCR dapat dilakukan dengan cara memvariasikan

kondisi yang digunakan pada proses PCR tersebut. Optimasikondisi berkaitan erat
dengan faktor-faktor seperti jenis polimerase DNA;suhu; konsentrasi, dalam hal ini

berkaitan dengan dNTPs, MgCl2 dan DNApolimerase; buffer PCR dan waktu.

1. JENIS POLIMERASE DNA

Kemampuan mengkatalisis reaksi polimerasi DNA pada proses PCR yangterjadi pada

tahap ekstensi untuk DNA rantai panjang akan berbeda denganuntuk DNA rantai

pendek. Penggunaan jenis DNA polimerase tergantungpada panjang DNA target yang

akan diamplifikasi. Untuk panjang fragmenDNA lebih besar dari tiga kilobasa akan

memerlukan jenis polimerase denganaktivitas tinggi.

2. Konsentrasi dNTPs, MgCl2; polimerase DNA

Konsentrasi optimal dNTPs ditentukan oleh panjang target DNA yangdiamplifikasi.

Untuk panjang target DNA kurang dari satu kilobasa biasanyadigunakan konsentrasi

dNTPs sebanyak 100 uM, sedangkan untuk panjangtarget DNA lebih besar dari satu

kilobasa diperlukan konsentrasi dNTPssebanyak 200 uM.Umumnya konsentrasi

optimal MgCl2 berkisar antara 1,0 – 1,5 mM.Konsentrasi MgCl2 yang terlalu rendah

akan menurunkan perolehan PCR.Sedangkan konsentrasi yang terlalu tinggi akan

menyebabkan akumulasiproduk non target yang disebabkan oleh terjadinya

mispriming.Jumlah polimerase DNA yang digunakan tergantung pada panjang

fragmenDNA yang akan diamplifikasi. Untuk panjang fragmen DNA kurang dari

duakilobasa diperlukan 1,25 – 2 unit per 50 uL campuran reaksi, sedangkan

untukpanjang fragmen DNA lebih besar dari dua kilobasa diperlukan 3 – unit per50

uL campuran reaksi.
TAHAPAN PENTING DALAM PCR

Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam 30-40

siklus dan berlangsung dengan cepat :

1. Denaturasi

Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum enzim taq polimerase

ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan

DNA untai ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung sekitar 3

menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA terdenaturasi menjadi DNA untai

tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap mengakibatkan DNA mengalami renaturasi

(membentuk DNA untai ganda lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya

proses PCR. Adapun waktu denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi aktifitas

enzim Taq polymerase. Aktifitas enzim tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2

jam, 40 menit, 5 menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 97,5oC.

2. Annealing

(penempelan primer)Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang

baik adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60 %

G+C dan untuk kedua primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-

masing primer itu sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal ini

akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer tersebut dan

mengurangi efisiensi PCR.Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah

30 – 45 detik. Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya.

Kisaran temperatur penempelan yang digunakan adalah antara 36oC sampai dengan

72oC, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60oC.
 3. Pemanjangan Primer (Extention)

Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya memperpanjang DNA primer

dari ujung 3’. Kecepatan penyusunan nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72oC

diperkirakan 35 – 100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer, pH, konsentrasi

garam dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk PCR dengan panjang

2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih dari cukup untuk tahap perpanjangan

primer ini. Biasanya di akhir siklus PCR waktu yang digunakan untuk tahap ini

diperpanjang sampai 5 menit sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk

DNA untai ganda.

JENIS TEKNIK PCR

Teknik PCR dapat dimodifikasi ke dalam beberapa jenis diantaranya:

1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP); metode ini digunakan

untuk membedakan organisme berdasarkan analisis model derifat dari

perbedaan DNA.

2. Inverse-PCR, metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen internal yang

diketahui. Template didigesti dengan enzim restriksi yang memotong bagian

luar daerah yang akan diamplifikasi, fragmen restriksi yang dihasilkan

ditempelkan dengan ligasi dan diamplifikasi dengan menggunakan sekuen

primer yang memiliki titik ujung yang memiliki jarak yang jauh satu sama lain

dengan segmen eksternal yang telah tergabung. Metode ini khusus digunakan

untuk mengidentifikasi ”sekuen antara” dari beragam gen

 3. Nested-PCR, proses ini memungkinkan untuk mengurangi kontaminasi pada

produk selama amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak diperlukan. Dua

set primer digunakan untuk mendukung metode ini, set kedua

mengamplifikasi target kedua selama proses pertama berlangsung. Sekuens

DNA target dari satu set primer yang disebut primer inner disimpan di antara

sekuens target set kedua dari primer yang disebut sebagai outer primer. Pada

prakteknya, reaksi pertama dari PCR menggunakan outer primer, lalu reaksi

PCR kedua dilakukan dengan inner primer atau nested primer menggunakan

hasil dari produk reaksi yang pertama sebagai target amplifikasi. Nested

primer akan menyatu dengan produk PCR yang pertama dan menghasilkan

produk yang lebih pendek daripada produk yang pertama

4. Reverse Transcriptase (RT-PCR); metode ini digunakan untuk amplifikasi,

isolasi atau identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA. Metode ini dibantu

oleh reverse transcriptase (mengubah RNA menjadi cDNA), mencakup

pemetaan, menggambarkan kapan dan dimana gen diekspresikan.

5. Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) bertujuan untuk mendeteksi

polimorfisme pada tingkat DNA. Metode ini dikembangkan oleh Welsh and

Mc Clelland (1990) dengan cara mengkombinasikan teknik PCR

menggunakan primer – primer dengan sequens acak untuk keperluan

amplifikasi lokus acak dari genom.

6.

2.4 CARA PERAWATAN PCR

1. Selalu melepaskan kabel us dari thermal CYLER / pcr jika tidak digunakan .

2. Hindarkan dari getaran dan benturan.

3. Gunakan sarung tangan pada saat bekerja

4. Jangankan menggunakan spidol yang terlalu tebal pada tube sampel.

5. Jangan menulikan identitas sampel pada tutup tube sampel.

6. Selalu memeperhatikan support ring pada saat memasukkan sampel.

7. Hindari menyentuh tutup alat thermal cycler /pcr stelah beroperasi

8. Jangan membukat tutup alat thermal cycler / pcr pada saat alat sedang

beroperasi.

9. Buka tutup alat thermal ycler / pcr pada saat alat sedang beroperasi.

10. Buka tutup alat thermal ler / pcr setelah digunakan dan didiamkan selama 3

menit

11. Bersihkan alat thermal cycler / pcr jika selesai digunakan dan tutup kembali

alat thermal cycler / pcr untuk menghindarkan dari debu.

2.5 KELEBIHAN DAN KELEMAHAN PCR

KELEBIHAN PCR :

1. Memiliki spesisifitas tinggi

2. Sangat cepat dapat memeberikan hasil yang sama pada hari yang sama

3. Dapat membedakan varian mikroorganisme

4. Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup

5. Mudah di setup

KELEMAHAN PCR;

1. Sangat mudah terkontaminasi

2. Biaya peralatan dan reagen mahal

3. Interpretasi hasil pcr yang positif belum tervalidasi untuk semua penyakit

infeksi misalnya infeksi pasif atau laten

4. Teknik prosedur yang komplek dan bertahap membutuhkan keahlian khusus

utuk melakukannya
3.1 KESIMPULAN

Polymerase chain reaction adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA

secara Vitro. Untuk melakukan proses PCr diperlukan kompenen komponen Template

DNA, primer, melting temperature, interraksi primer- prime, dNTPS

(deoxynucleotide triphosphates), Buffer pcr dan MgC12, enzyme polymerase. Untuk

mendapatkan hasil PCR yang optimal perlu dilakukan optimasi proses PCR. Secara

umum optimasi proses PCR dapat dilakukan dengan cara memvariasikan kondisi yang

digunakan pada proses PCR tersebut. Optimasikondisi berkaitan erat dengan faktor-

faktor seperti jenis polimerase DNA;suhu; konsentrasi, dalam hal ini berkaitan dengan

dNTPs, MgCl2 dan DNApolimerase; buffer PCR dan waktu.

3.2 TUJUAN

kami sadar bahawah masih banyak kekurangan yang kami miliki baik dari tulisan

maupun bahasan yang kami sajikan, oleh karena itu mohon diberikan sarannya agar

kami bias membuat makalah lebih baik lagi, dan semoga makalah ini bias beranafaat

bagi kita semua dan menjadi wawasan kita dalam memahami paragraph.
 DAFTAR PUSTAKA

Retno Setyawati, Siti Zubaidah Dkk (2021) opitimasi konsentrasi primer dan suhu

annealing dalam mendeteksi gen leptin pada sapi peranakana ongole (PO)

menggunakan Polymerase Chain reaction (PCR) universitas gadjah mada

Vol.4 No 1

Ni putu Dian, pertiwi, ig.n.k mahardika, nil uh watniasih Dkk (2022) optimasi

amplipikasi dna menggunakan metode pcr (polymerase chain reaction) pada

ikan karang anggota family pseudochromidae (DOOTTYBACK) untuk

identifikasi spesies secara molecular (universitas udayana) Vol. 19 No. 2

Eustachius hagnu wardoyo, yunita Sabrina dewi suryani Dkk (2020) pengenalan

teknik molekuler polymerase chain reaction (PCR) pada guru biologi sma di

kota mataram universitas mataram Vol.1 No.2

Zuhrina k. yususf (2019) polymerase chain reaction (PCR) universitas negeri

gorontalo Vol 5 No.6

Darmo Handoyo dan ari rudiretna prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain

rection (PCR) universitas surabaya Vol 9 No 1

LAMPIRAN