Penemuan Terbaru Mekanisme Perbaikan DNA

Livejurnal69 - Terselip dalam struktur double-helix nya, DNA berisi cetak biru kimia yang
membimbing semua proses yang terjadi di dalam sel dan sangat penting bagi kehidupan. Oleh
karena itu, memperbaiki kerusakan dan menjaga integritas DNA adalah salah satu prioritas tertinggi
sel.

Para peneliti di Vanderbilt University, Pennsylvania State University dan University of Pittsburgh
telah menemukan cara fundamental baru yang DNA-enzim perbaikan mendeteksi dan memperbaiki
kerusakan dasar kimia yang membentuk huruf dalam kode genetik. Penemuan ini dilaporkan dalam
publikasi online lanjutan dari jurnal Nature Oktober 3.

"Ada kepercayaan umum bahwa DNA adalah 'rock solid' - sangat stabil," kata Brandt Eichman,
profesor ilmu biologi di Vanderbilt, yang memimpin proyek tersebut. "Sebenarnya DNA sangat
reaktif."

Pada hari baik sekitar satu juta pangkalan di DNA dalam sel manusia yang rusak. Lesi ini disebabkan
oleh kombinasi aktivitas kimia normal dalam sel dan paparan radiasi dan racun yang berasal dari
sumber-sumber lingkungan, termasuk asap rokok, makanan panggang dan limbah industri.

"Memahami interaksi protein-DNA pada tingkat atom adalah penting karena menyediakan titik awal
yang jelas untuk merancang obat-obatan yang meningkatkan atau mengganggu interaksi ini dengan
cara yang sangat spesifik," kata Eichman. "Jadi itu bisa mengarah pada pengobatan ditingkatkan
untuk berbagai penyakit, termasuk kanker."
Mendeteksi mekanisme yang baru ditemukan dan perbaikan bentuk umum dari kerusakan DNA yang
disebut alkilasi. Sejumlah racun lingkungan dan obat kemoterapi adalah alkilasi agen yang dapat
menyerang DNA.

Ketika basis DNA menjadi dialkilasi, membentuk lesi yang mendistorsi bentuk molekul yang cukup
untuk mencegah replikasi sukses. Jika lesi terjadi dalam gen, gen bisa berhenti berfungsi. Untuk
membuat keadaan menjadi lebih buruk, ada puluhan jenis basa DNA dialkilasi, masing-masing
memiliki efek yang berbeda pada replikasi.

Salah satu metode untuk memperbaiki kerusakan tersebut bahwa semua organisme telah berevolusi
disebut basis perbaikan eksisi. Dalam BER, enzim khusus yang dikenal sebagai DNA glycosylases
perjalanan menuruni molekul DNA memindai lesi ini. Ketika mereka menemukan satu, mereka
melanggar ikatan pasangan basa dan sandal keluar dasar cacat dari helix ganda DNA. Enzim berisi
saku berbentuk khusus yang memegang dasar cacat di tempat sementara memisahkan tanpa
merusak tulang punggung. Hal ini meninggalkan celah (disebut "situs abasic") dalam DNA yang
diperbaiki oleh satu set enzim.

Sel manusia mengandung glycosylase tunggal, bernama AAG, bahwa perbaikan dialkilasi basa. Ini
adalah khusus untuk mendeteksi dan menghapus "ethenoadenine" dasar, yang telah berubah
bentuk dengan mengkombinasikan dengan sangat reaktif, lipid teroksidasi di dalam tubuh. Namun,
AAG juga menangani bentuk lain dari kerusakan akylation. Banyak bakteri, bagaimanapun, telah
beberapa jenis glycosylases yang menangani berbagai jenis kerusakan.

"Sulit untuk mengetahui bagaimana glycosylases mengenali berbagai jenis kerusakan alkilasi dari
belajar AAG karena mengakui begitu banyak," kata Eichman. "Jadi kita telah mempelajari
glycosylases bakteri untuk mendapatkan wawasan tambahan ke dalam proses deteksi dan
perbaikan."

Itu adalah bagaimana mereka menemukan AlkD glycosylase bakteri dengan deteksi unik dan skema
penghapusan. Semua glycosylases dikenal bekerja di dasarnya dengan cara yang sama: Mereka flip
dasar cacat dan tahan dalam saku khusus sementara mereka cukai itu. AlkD, sebaliknya, pasukan
baik dasar cacat dan dasar itu dipasangkan dengan untuk flip untuk bagian luar heliks ganda. Hal ini
tampaknya bekerja karena enzim hanya beroperasi pada basis cacat yang telah memungut biaya
kelebihan positif, membuat dasar tersebut sangat tidak stabil. Jika dibiarkan sendiri, dasar cacat
akan terlepas spontan. Tapi AlkD mempercepat proses sekitar 100 kali. Eichman berspekulasi bahwa
enzim juga mungkin masih berada di lokasi dan menarik enzim perbaikan tambahan ke situs.
AlkD memiliki struktur molekul yang jauh berbeda dari yang lain mengikat protein DNA yang dikenal
atau enzim. Namun, struktur mungkin mirip dengan yang lain kelas enzim yang disebut DNA-
dependent kinase. Ini adalah molekul yang sangat besar yang memiliki situs aktif kecil yang berperan
dalam mengatur respon sel untuk kerusakan DNA. AlkD beberapa menggunakan struktur heliks
batang seperti disebut mengulangi PANAS untuk mencengkeram DNA. struktur serupa telah
ditemukan di bagian DNA-dependent kinase tanpa fungsi yang diketahui, meningkatkan
kemungkinan bahwa mereka memainkan peranan, tambahan yang belum diakui dalam perbaikan
DNA.

Mekanisme perbaikan baru juga mungkin terbukti menjadi kunci untuk memahami perbedaan dalam
cara bahwa enzim perbaikan mengidentifikasi dan memperbaiki lesi beracun dan mutagenik. Itu
penting karena lesi mutagenik bahwa mekanisme perbaikan miss akan disalin ke sel anak dan
sebagainya dapat menyebar sedangkan efek buruk dari lesi beracun yang terbatas pada sel asli.

Memahami perbedaan-perbedaan ini bisa mengakibatkan agen kemoterapi lebih efektif, Eichman
poin keluar. Obat ini adalah agen-agen alkylating kuat yang dirancang untuk menimbulkan lesi dalam
DNA pasien kanker itu. Karena sel-sel kanker reproduksi lebih cepat dari sel normal tubuh, agen
membunuh mereka secara istimewa. Namun, di samping untuk lesi beracun yang membunuh sel,
agen juga menghasilkan lesi yang menyebabkan mutasi, yang dapat mengakibatkan komplikasi
tambahan. Selain itu, khasiat obat ini adalah rendah karena mereka bekerja melawan mekanisme
perbaikan tubuh. Kalau dimungkinkan merancang suatu obat kemoterapi yang dominan
menciptakan lesi beracun, bagaimanapun, harus lebih efektif dan memiliki lebih sedikit efek samping
yang berbahaya. Atau, jika kita memahami bagaimana glycosylases mengenali kerusakan alkilasi,
maka dimungkinkan untuk merancang sebuah obat yang khusus menghambat perbaikan beracun,
tetapi tidak lesi mutagenik.

Vanderbilt mahasiswa pascasarjana Emily H. Rubinson, AS Prakasha Gowda dan Thomas E. Spratt
dari Pennsylvania State University College of Medicine dan Barry Emas dari University of Pittsburgh
berkontribusi untuk studi, yang didukung oleh dana dari American Cancer Society, Institut Kesehatan
Nasional dan Departemen Energi AS.

Read more: jurnalscience.2010.Penemuan Terbaru Mekanisme Perbaikan DNA .diperoleh pada 14

januari 2020 dari Jurnal Secience http://jurnalsecience.blogspot.com/2010/10/penemuan-terbaru-
mekanisme-perbaikan.html
 C. Mengapa perbaikan DNA sangat penting?
Singkatnya: untuk menanggulangi 'erosi timedependent dari genom'. Yang sedikit
lebih panjang jawabannya adalah bahwa ribuan masalah dengan DNA muncul setiap hari di
setiap sel tubuh, yang masing-masing harus berhasil terdeteksi dan, jika perlu, diubah. Sistem
perbaikan DNA mendeteksi dan mengkoordinasikan respon terhadap serangan tersebut,
mempengaruhi langkah-langkah untuk mencegah kematian sel atau menghapus sel-sel kanker
dari sistem tubuh. Dilakukan oleh serangkaian protein sel inti, untuk mempertahankan
integritas DNA, melindungi kita dari kanker, penuaan, dan berbagai macam terkait penyakit,
menjaga sistem kekebalan tubuh dan lebih penting melestarikan gen kita untuk anak-anak
kita.
Kerusakan DNA akibat bahan kimia, fisik, dan lingkungan diklasifikasikan menjadi
empat tipe, yaitu:
   I.            Perubahan satu basa
A.    Depurinasi
B.     Deaminasi sitosin menjadi uraasil
C.     Deaminasi adenine menjadi hipoxantin
D.    Alkilasi basa
E.     Insersi atau delesi nukleotida
F.      Penyertaan analog basa
II.            Perubahan dua basa
A.    Dimmer antartimin (pirimidin) yang diinduksi oleh sinar UV
B.     Ikatan silang agen pengalkil bifungsional
III.            Pemutusan rantai
A.    Radiasi pengionan
B.     Disintegrasi elemen rangka (tulang punggung) oleh radioaktivitas
C.     Pembentukan radikal bebas oksidatif
IV.            Ikatan silang
A.    Antara basa di untai yang sama atau berlawanan
B.     Antara DNA dan molekul protein (mis. Histon)
 C. Mekanisme Perbaikan Dna
Region abnormal DNA, baik karena kesalahan penyalinan atau kerusakan DNA, diganti
melalui empat mekanisme, yaitu:
1.      Mismatch repair (perbaikan ketidakcocokan)
2.      Base excision repair (perbaikan dengan memotong basa)
3.      Nucleotide excision repair (perbaikan dengan mengeluarkan/memotong nukleotida)
4.      Double strand break repair (perbaikan kerusakan untai ganda)
Tabel. Mekanisme perbaikan DNA
Mekanisme Masalah Solusi
Kesalahan penyalinan Pemotongan untai
Mismatch repair (lengkung tak yang diarahkan oleh
(perbaikan berpasangan dengan dua metal, pencernaan oleh
ketidakcocokan) sampai lima basa atau eksonuklease, dan
satu basa) penggantian
Pengeluaran basa oleh
Base excision repair Kerusakan satu basa yang
N-glikosilase,
(perbaikan dengan timbul spontan akibat
pengeluaran gula tanpa
memotong basa) bahan kimia atau radiasi
basa, penggantian
Nucleotide excision Kerusakan suatu segmen
Pengeluaran oligomer
repair DNA secara spontan
sekitar 30 nukleotida
(perbaikan dengan akibat bahan kimia atau
dan penggantian
memotong nukleotida) radiasi
Double strand break
Radiasi pengionan, Sinapsis, penguraian,
repair
kemoterapi, radikal bebas penyusunan, dan
(perbaikan kerusakan
oksidatif ligasi.
untai ganda)
  

1. Mismatch repair (Perbaikan yang tidak berpasangan/ketidakcocokan)

Mismatch repair memperbaiki kesalahan yang dibuat ketika DNA disalin. Contohnya,
C dapat terselip berhadapan dengan A, atau polymerase dapat “tergelincir” atau “tersendat”
dan menyisipkan dua sampai lima basa tambahan yang tidak berpasangan. Protein-protein
yang spesifik memindai DNA yang baru dibentuk menggunakan metilasi adenine  di dalam
sekuens GATC sebagai titik referensi. Untai cetakan mengalami metilasi, dan untai yang baru
dibentuk tidak demikian. Perbedaan ini tidak memungkinkan enzim perbaikan
mengidentifikasi untai yang mengandung kesalahan nukleotida dan memerlukan pergantian.
Jika ditemukan ketidakcocokan atau lengkung kecil, suatu GATC endonuklease memotong
untai yang mengandung mutasi di tempat yang berkorespondensi dengan GATC. Suatu
eksonuklease kemudianmencerna untai ini dari GATC dan melalui mutasi sehingga DNA
yang cacat tersebut dapat dibuang. Hal ini dapat berlangsung dari kedua ujung jika cacat
tersebut diapit oleh dua tempat GATC. Cacat ini kemudian di isi oleh enzim sel normal sesuai
aturan pembentukan pasangan basa.
Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan  harus diketahui pasangan basa
mana yang salah. Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh methylase yang disebut dengan  "Dam
methylase", dimana dapat memetilasi adenines yang terdapat pada urutan (5')GATC .  Segera
sesudah replikasi DNA,  template strand dimetilasi, tetapi strand yang baru disintesa belum
dimetilasi. Jadi  antara template strand dan new strand akan berbeda. Pada E. coli, diperlukan
tiga protein (Mut S, Mut C, dan Mut H) untuk mengenali mutasi dan memotong untai. Enzim
lain di dalam sel, termasuk ligase, plimerase, dan SSB mengeluarkan dan mengganti untai.
Dimulai dengan berikatannya protein MutS pada  mismatched base pairs.  Kemudian
MutL mengaktifkan MutH untuk bergabung bersama pada urutan GATC. MutH akan
membelah strand yang tidak dimetilasi pada tempat GATC .  Selanjutnya, segment dari
tempat pembelahan akan dibuang oleh enzim exonuclease (dengan bantuan enzim helicase II
dan SSB proteins).
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari kerusakan, akan dipotong oleh enzim
exonuclease I   dan bila pada bagian 5' oleh enzim exonuclease VII atau RecJ  untuk
mendegradasi single tranded  DNA.    Kekosongannya akan diisi dengan bantuan enzim DNA
polymerase III dan DNA ligase.
Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan bisa mencapai sepanjang 1,000 base
pairs .

2. Base excision repair (Perbaikan dengan memotong Basa)

Depurinasi DNA, yang terjadi secara spontan karena labilitas termal ikatan N-gglikosida
purin, terjadi dengan kecepatan 5.000-10.000/sel/hari pada suhu 370 C. enzim-enzim spesifik
mengenali bagian yang mengalami depurinasi dan menggantikannya dengan purin yang
secara langsung, tanpa interupsi pada tulang punggung phospodiester.
Basa sitosin, adenine, dan guanine di DNA secara spontan membentuk,  masing-masing,
urasil, hipoxantin, xantin. Karena tidak ada satupun dari ketiga basa tersebut yang terdapat di
DNA pada keadaan normal, tidaklah mengherankan jika N-glikosilase spesifik dapat
mengenali basa-basa abnormal ini yang mengeluarkan sendiri basa dari DNA. Pengeluaran
ini menandai letak kecacatan dan memungkinkan endonuklase apurinik atau apirimidinik
memotong gula tanpa basa. Basa yang sesuai kemudian memotong gula tanpa basa ini. Basa
yang sesuai kemudian dipasang oleh DNA polymerase, dan ligase memperbalikkan DNA ke
keadaannya semula. Rangkaian kejadian ini disebut base excision repair (perbaikan dengan
memotong basa). Dengan rangkaian langka serupa yang mula-mula melibatkan defek, basa
teralkilasi dan analog basa dapat dikeluarkan dari DNA dan DNA dipulihkan kebentuknya
semula. Mekanisme ini cocok untuk menggantikan basa tunggal, tetapi tidak efektif untuk
mengganti region DNA yang rusak.
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation. Tempat kerusakan basa
tersebut disebut dengan  "abasic site" atau "AP site".  Pada E.coli, enzim DNA glycosylase
dapat mengenal AP site dan membuang basanya.  Kemudian AP endonuclease membuang
AP site dan  nucleotida sekitarnya.  Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA polymerase
I dan DNA ligase. 

Gambar. Base Excison-repair DNA, enzim urasil DNA glikosilasil membuang urasil
yang terbentuk dari deaminasi spontan sitosin di DNA. Suatu endonuklease
memotong kerangka utama untai di dekat defek; lalu setelah endonuklease
mengeluarkan beberapa basa, defek tersebut diisi melalui kerja polimerasi dan untai
tersebut kembali dihubungkan oleh suatu ligase.

3. Nucleotide excision repair (perbaikan dengan memotong nukleotida)

Mekanisme ini digunakan untuk menggantikan suatu regio DNA dengan panjang30
bp yang mengalami kerusakan. Penyebab umum kerusakan DNA semacam ini adalah sinar
ultraviolet (UV), yang memicu pembentukan dimmer antarpirimidin siklobutan, dan
merokok, yang menyebabkan pembentukan adduct (addition product) benzo [a]piren-guanin.
Radiasi pengion, obat kemoterapi kanker, dan berbagai bahan kimia yang terdapat
dilingkungan yang dan dapat menyebabkan modifikasi basa, putusnya untai, ikatan silang
antara basa di untai yang berhadapan atau DNA dan protein, dan berbagai defek lain.
Cacat-cacat ini diperbaiki oleh suatu proses yang disebut perbaikan yang disebut
eksisi nukleotida. Proses rumit, yang melibatkan lebih banyak produk gen dibandingkan
dengan dua tipe perbaikan sebelumnya, pada dasar mencakup hidrolisis dua ikatan
phospodiester di untai yang mengandung kecacatan. Suatu nuclease eksisi khusus
(eksinuklease), yang terdiri dari paling sedikit tigan subunit pada E. coli dan 16 polipeptida
pada manusia, melaksanakan tugas ini. Di sek eukariot, enzim-enzim memotong antara ikatan
phospodiester ketiga dan kelima 3’ dari lesi, dan dari sisi 5’ potongan terletak di suatu tempat
antara ikatan keduapuluh satu dan keduapuluh lima. Karena itu, terjadi eksisi suatu fragmen
DNA dengan panjang 27-29 nukleotida. Untai yang dikeluarkan kemudian diganti, juga
pembentukan pasangan basa yang tepat, melalui kerja polymerase lain yang belum diketahui
(/ pada manusia), dan ujung-ujung untai disatukan dengan untai yang sudah ada oleh DNA
ligase. Pada E. coli, protein UvrA, UvrB, dan UvrC berperan dalam membuang nukleotida
( dimer akibat UV light).  Kemudian kekosongan akan diisi dengan bantuan enzim DNA
polymerase I dan DNA ligase.  Pada yeast,  proteins Uvr's dikenal dengan nama RADxx
("RAD" kependekan dari "radiation"), seperti RAD3, RAD10, dan lain-lain.

4. Double strand break repair (perbaikan kerusakan untai ganda)

Perbaikan kerusakan untai ganda merupakan bagian dari proses fisiologis tata ulang
gen imunoglobulin. Perbaikan ini merupakan mekanisme penting untuk memperbaiki DNA
yang rusak, seperti yang terjadi akibat radiasi pengion atau pembentukan radikal bebas
oksidatif. Sebagian obat kemoterapi merusak sel dengan merusak untai ganda atau
perbaikannya.
Mula-mula terdapat dua protein yang berperan dalam penyatuan kembali non
homolog suatu kerusakan untai ganda. Ku, suatu heterodimer subunit 70 kDa dan 86 kDa,
berikatan dengan ujung-ujung bebas DNA aktivitas helikase dependen-ATP laten.
Heterodimer Ku yang berikatan dengan DNA merekrut suatu protein kinase unit, protein
kinase dependen DNA (DNA PK). DNA-PK memiliki satu ikatan bagi ujung-ujung bebas
DNA dan satu tempat ikatan untuk dsDNA tepat di bagian dalam ujung-ujung unit. Karena
itu, enzim-enzim ini memungkinkan aproksimasi kedua ujung yang terpisah. Ujung bebas
kompleks DNA-Ku-DNA-PK membangkitkan aktivitas kinnase pada ujung-ujung yang
terpisah. DNA-PK secara timbale balik memphosporilasi KU dan molekul DNA-PK lain di
untai yang berlawanan, ditrans. DNA-PK kemudian kemudian terlepas dari DNA dan KU,
menyebabkan aktivasi Ku helikase. Hal ini menyebabkan penguraian kedua ujung DNA.
DNA yang telah di urai dan sudah diaproksimasi kemudian membentuk pasangan basa;
kelebihan ekor nukleotida dibuang oleh eksonuklease; dan celah yang ada di isi dan ditutup
oleh DNA ligase.

D. Perbaikan Dna dan Penuaan: Life-Span, Diet dan Dna

Mengapa kura-kura dapat memiliki umur yang lebih panjang? Para ilmuwan
menemukan sesuatu yang menarik, mengapa spesies yang berbeda memiliki rentang hidup
yang berbeda. Salah satunya berhubungan dengan metabolisme. Manusia dan mamalia lain
memiliki tingkat metabolisme lebih tinggi daripada reptil. Seperti kita menghirup udara,
oksigen berdifusi ke dalam sel kita, memicu proses combustive dari respirasi, mendorong
metabolisme, untuk pertumbuhan dan perkembangan. Proses tersebut memiliki efek samping
berbahaya yang dapat merusak DNA, disebut reaktif oksigen (ROS). Semakin tinggi
metabolisme, semakin besar potensi kerusakan dan semakin besar kemungkinan sel kita
untuk bermutasi dan kerusakan. Reptil, seperti kura-kura mungkin kurang rentan terhadap
kerusakan DNA yang disebabkan oleh ROS, karena mereka menghasilkan bahan kimia
reaktif dalam tingkat yang lebih rendah.
Kita tidak tahu berapa banyak kerusakan DNA menyebabkan penuaan, penelitian
baru-baru ini menunjukkan bahwa mengetahui lebih banyak tentang pemeliharaan genetik
dapat meningkatkan kualitas hidup. Tidak ada gunanya hidup selama kura-kura jika tidak
cukup fit untuk menikmatinya.
Penelitian diet pada tikus, monyet, tikus, laba-laba, lalat buah dan cacing lebih
menekankan hubungan antara metabolisme dan rentang hidup. Membatasi asupan kalori (60-
70% asupan harian), diberikan vitamin yang cukup, mineral dan nutrisi lainnya. Berpikir
bahwa kalori lebih sedikit akan menghasilkan tingkat metabolisme yang lebih rendah,
sehingga ROS bekurangr dan kerusakan DNA juga berkurang. "Itu adalah rahasia di balik
pembatasan kalori memperpanjang rentang hidup dengan cara alami," kata Jan Hoeijmakers.
Penyimpangan kromosom, yang berhubungan dengan karsinogenesis, disebabkan oleh
interstrand crosslink (ICL). Dalam ketiadaan protein perbaikan Ercc1/Xpf DNA ICLS
menyebabkan penyimpangan banyak kromosom, terutama fusi kromatid. Pembatasan kalori
mengurangi metabolisme, menurunkan ROS dan stres yang dihasilkan pada sistem perbaikan
DNA sehingga menjaga sel-sel sehat lebih lama.
Oksigen reaktif adalah molekul yang dapat mengganggu atau mengubah ikatan energi
antara molekul lain. Bahan kimia seperti superoksida dan hidrogen peroksida hasil dari
respirasi di mitokondria di setiap sel-sel kita. Jika bertemu dengan ion besi atau tembaga
membentuk radikal hidroksil yang dapat merusak basa organik (A, T, C atau G) dalam DNA.
Penghapusan basis rusak diperkirakan terjadi 20 000 kali hari dalam setiap sel tubuh.
Untungnya kita memiliki sistem canggih perbaikan DNA. Para ilmuwan telah
mengidentifikasi lebih dari seratus gen terlibat dalam berbagai perbaikan DNA, jalur
kerusakan, sinyal dan efek respon perbaikan. Sementara kerusakan DNA belum terbukti
dapat menyebabkan penuaan secara langsung, suatu gangguan, disebabkan oleh mutasi pada
perbaikan DNA, termasuk gejala penuaan dini. Hanya beberapa tahun lalu, tim Jan
Hoeijmaker diErasmus MC menggambarkan sindrom penuaan baru dalam remaja laki-laki
yangPenuaan bahkan sebelum dia mencapai pubertas (Niedernhofer et al, Nature 2006).
Pasien memiliki mutasi pada gen (Disebut XPF) terlibat bersama-sama dengan ERCC1
mitranya dalam perbaikan DNA. Kompleks dua protein (disebutXPF/ERCC1) melindungi
kerusakan DNA yang disebabkan oleh UV sinar matahari, yang dapat mengacaukan urutan
DNA. Mutasi pada gen XPF diketahui menyebabkan kondisi langka. Xeroderma
pigmentosum dikenal sebagai (XP). Pasien dengan XP sangat sensitif terhadap sinar
matahari, mereka harus benar-benar menutupi diri mereka ketika mereka pergi luar dan
ketika di dalam ruangan. Pasien 'XFE' bukan hanya sensitif terhadap sinar matahari, namun
juga keriput.

E. Gen P53, Penekan Kanker

Salah satu gen penekan kanker adalah gen  p53 yang merupakan pelindung siklus sel.
Bila sel terluka,  p53 dalam inti memicu sel untuk  melakukan “arrest” pada perbatasan G1/S
dengan menginduksi penghambat CDK (cyclin D kinase) dan sistem perbaikan DNA terlebih
dahulu menghilangkan luka tersebut sebelum sel
memasuki fase S tanpa adanya DNA yang terluka. Program “arrest” dan apoptosis ini
tergantung pada lingkungan fisiologik ataupun jenis sel. Oleh karena  itu kehilangan fungsi
gen p53 ini merupakan penyebab munculnya malignansi. Inaktivasi gen  p53 ini biasanya
terjadi dalam dua tahap yakni inaktivasi pada satu alel oleh mutasi titik  atau delesi kecil dan
berikutnya adalah kehilangan alel normal oleh delesi segmen kromosom. Inaktivasi alel
pertama dapat terjadi pada sel  somatik maupun sel germ.  Gen ini juga disebut “guardian of
the cell”.
Beberapa jenis virus terlibat dalam proses perubahan fungsi  p53 dengan mengkode
onkoprotein yang berikatan  dengan protein ini. Sel yang tidak memiliki  p53 menunjukkan
ketidak stabilan genom dan memperbesar karsinogenesis.
Gen penekan tumor  p53 adalah protein yang mempunyai berat molekul 53 kilodalton
(kD) dan pertama kali ditemukan pada 1979 [17]. Gen  p53 yang merupakan faktor
transkripsi dan mempunyai panjang 20 kilobasa. Representasi skematik  p53 selengkapnya
diperlihatkan dalam Gambar 1. Gen ini diberi gelar “molecule of the year” pada tahun 1993
oleh majalah  Science [18]. Gen ini juga terbukti mempertinggi radioresistensi suatu sel [19].
Penelitian lain membuktikan bahwa pemberian p53 ke dalam sel kanker atau cell line yang
telah kehilangan fungsi gen  p53 endogen akan memperkecil tumorigenesis, sebaliknya
mutan p53 memperbesar proses pembentukan tumor [20-22]. Protein  p53 dalam bentuk aktif
atau stabil mengkode pengaktif transkripsi yang targetnya dapat meliputi gen-gen yang
mengatur kestabilan genomik, respon selular pada luka DNA dan progresi siklus sel. Contoh
gen-gen tersebut adalah  WAF1,  GADD45 dan  MDM2. Di samping stabilisasi, aktivitas
trans-aktivasi  p53 juga diatur oleh fosforilasi residuamino-ujung [23]. Untuk menjalankan
fungsinya,  p53 mengikat DNA dalam bentuk yang spesifik sehingga memungkinkan  p53
mengaktifkan transkripsi gen sasaran. Bagian tengah protein tersebut (residu asam amino
102-292) adalah deret spesifik daerah  DNA-binding, dimana mutasi  p53 spontanberada
pada daerah ini dan secara langsung atau tidak langsung mempengaruhi interaksi  p53 dengan
DNA.

F. Bakteri dengan Mekanisme Perbaikan DNA yang Sangat Baik

Bakteri yang ditemukan di Corvalis, Oregon dan mempunyai kemampuan untuk
bertahan hidup terhadap radiasi yang sangat tinggi ini dinamai Deinococcus radiodurans.
Bentuk dari bakteri ini berupa bulat dengan diameter yang relatif besar. Kebanyakan
diameternya sekitar 1,5 sampai 3,5 mikrometer.
Bakteri ini mempunyai kemampuan untuk dapat bertahan hidup terhadap radiasi yang
sangat tinggi karena bakteri ini mempunyai mekanisme perbaikan DNA yang cepat dan
mempunyai banyak copy dari genomenya sendiri. Jika dibandingkan dengan manusia, bakteri
ini dapat bertahan terhadap radiasi 300 kali lipat daripada yang dapat dilakukan oleh manusia.
Deinococcus radiodurans ini banyak ditemukan di berbagai macam lingkungan hidup,
sehingga sulit untuk menentukan dimana habitat aslinya. Para ilmuwan banyak
mengembangbiakkan bakteri ini di dalam laboratorium dengan media kotoran hewan,
contohnya gajah. Namun, para ilmuwan juga menemukan bakteri ini hidup dengan baik di
berbagai jenis tanah, termasuk di daerah batuan granite yang kering. Karena banyak
ditemukan di berbagai jenis tanah, para ilmuwan mengklasifikasikan bakteri ini ke dalam
bakteri tanah. Belum ada bukti yang menunjukkan bahwa bakteri ini berinteraksi dengan
organisme lain.
Deinococcus radiodurans dapat bertahan dalam 1,5 juta rads- ribuan kali lebih kuat
daripada semua makhluk hidup yang ada di bumi dan 300 kali lebih kuat daripada ketahanan
manusia. Bakteri ini memiliki ketahanan terhadap radiasi  karena memiliki salinan ganda dari
genomnya dan mekanisme perbaikan DNA yang cepat. Tidak seperti organisme lain yang
kehilangan DNA karena radiasi, mikroba ini tidak kehilangan informasi genetik karena
fragmen-fragmen DNA yang terputus disimpan di dalam cincin plasmid yang terkunci rapat.
Fragmen-fragmen ini tersusun rapat, pada akhirnya tersusun bersama menjadi tataan yang
original dan benar. Bakteri ini biasanya memperbaiki kerusakan kromosom dalam 12-24 jam
melalui proses dua tahap.
Pertama, D. radiodurans menyambungkan ulang fragmen-fragmen kromosom melalui
proses yang disebut penempelan untai-tunggal. DNA memperbaiki diri di dalam ring yang
telah disebut. Lalu sang bakteri melakukan aksi yang sangat tidak umum. Bakteri ini terdiri
dari empat kompartmen, masing-masing mengandung satu salinan DNA. Ada dua jalan kecil
diantara kompartmen. Setelah sekitar satu setengah jam perbaikan di dalam cincin, DNA
membuka lipatan dan bermigrasi ke kompartmen yang berdekatan—dimana terjadi saling
baur dengan DNA yang telah ada disana.
Pada tahap kedua, protein memperbaiki kerusakan untai-ganda melalui rekombinasi
homolog. Proses ini tidak melibatkan mutasi apapun dari replikasi normal yang biasa. Mesin
perbaikan reguler, umum di manusia dan juga bakteri, melaksanakan tugasnya—
memperbaiki enzim diantara dua salinan DNA, memakai templete untuk memperbaiki yang
lain.
Dari empat salinan DNA, selalu ada dua atau tiga yang terkemas rapat di dalam cincin
sementara yang lain dapat bergerak bebas. Sehingga kapanpun, selalu ada salinan DNA yang
mengatur produksi produksi protein dan lain-lain yang tidak aktif namun terlindungi terus
menerus.
Pertanyaan mengenai Deinococcus radiodurans adalah bagaimana ketahanan
radioaktif yang demikian tinggi dapat berkembang. Level radiasi lingkungan alam sangat
rendah—di kebanyakan tempat, tingkatnya 0.4 mGy per tahun, dan radiasi lingkungan yang
diketahui paling tinggi, dekat Guarapari, Brazil, hanya 175 mGy per tahun. Dengan level
radiasi lingkungan alam yang terjadi sangat rendah, organisme yang mengembangkan
mekanisme untuk menahan efek radiasi tinggi sangat unik.
Valerie Mattimore dan John R. Battista dari Lousiana State University mengusulkan
bahwa ketahanan radioaktif D. Radiodurans hanyalah efek samping dari mekanisme untuk
bertahan terhadap kekeringan sel berkepanjangan. Untuk mendukung hipotesis ini, mereka
melakukan eksperimen dimana mereka mendemonstrasikan strain mutan D. radiodurans
yang sangat rentan terhadap bahaya radiasi ion juga sangat rentan terhadap bahaya
kekeringan berkepanjangan, sementara tipe galur liar resisten terhadap keduanya. Sebagai
tambahan untuk perbaikan DNA, D. radiodurans menggunakan ekspresi protein LEA (Late
Embryogenesis Abundant) untuk melindungi diri dari kekeringan.
Michael Daly mengusulkan bahwa bakteri ini menggunakan mangan sebagai
antioksidan untuk melindungi dir terhadap bahaya radiasi. Pada tahun 2007 timnya
menunjukkan bahwa level mangan(II) intrasel yang tinggi pada D. radiodurans  melindungi
protein dari oksidasi radiasi, dan mengemukakan ide bahwa protein, bukan DNA, adalah
target pelaku dari aksi biologis ;pada bakteri sensitif, dan ketahanan ekstrim pada bakteri
yang mengandung mangan didasar perlindungan protein. Deinococcus radiodurans
melindungi protein, bukan DNA, sehingga memungkinkan untuk memperbaiki DNA yang
rusak.
Banyak penelitian yang dilakukan untuk maenjelaskan struktur protein khusus pada
D. radiodurans. Salah satu struktur protein bakteri ini yang baru-baru ini ditemukan adalah
thioredoxin reductase. Reductase adalah sebuah enzim yang berperan sangat penting dalam 
respon sel terhadap tekanan oksidatif, termasuk kerusakan DNA rantai ganda.
Namun poin penting lain mengenai spesies ini adalah kemampuannya untuk
memperbaiki kerusakan DNA rantai ganda dengan cepat dan akurat tanpa enzim RecBCD
yang pada normalnya ada di bakteri lain. Penelitian sekarang ini menunjukkan bahwa D.
radiodurans mengandung rangkaian gen yang mengkode sebuah protein yang sangat mirip
dengan enzim RecD pada yang ditemukan pada E.coli. Penemuan yang sangat penting ini
memberi kesan bahwa enzim RecD yang seperti protein dalam D. radiodurans adalah bagian
penting dalam sistem perbaikan yang ia gunakan. Telah ditunjukan bahwa penghilangan dari
gen RecD mengakibatkan kepekaan terhadap radiasi meningkat dengan besar.
 YANUARDI IKHSAN dkk.2016. MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER REPARASI DNA . Diperoleh pada14
januari 2020 dari http://ikhsankes.blogspot.com/2016/06/makalah-biologi-molekuler-reparasi-
dna.html