BAB I

PENDAHULUAN

1.1. LATAR BELAKANG

DNA adalah molekul yang terus-menerus dapat mengalami kerusakan atau
perubahan kimia. Perubahan kimia ini dapat disebabkan oleh radiasi yang
berenergi tinggi, ketidakstabilan kimiawi basa sitosin di dalam sistem cairan dan
kerusakan oleh senyawa kimia reaktif di lingkungan. Seperti radiasi ultraviolet,
radiasi pengion, sinar kosmik, sinar X, dan pancaran radio aktif dari pengujian
bom atom serta hasil buangan radio aktif dari tenaga nuklir. Radiasi ultraviolet
dan pengion menimbulkan kerusakan DNA sampai kira-kira 10 % dari kerusakan
yang disebabkan oleh agen-agen non biologis. Selain itu, kerusakan DNA juga
dapat disebabkan oleh stress. Kerusakan tersebut dapat segera diperbaiki oleh sel,
melalui mekanisme enzimatik spesifik.

1.2. RUMUSAN MASALAH

1. Bagaimana kerusakan DNA terjadi ?
2. Bagaimana mekanisme reparasi DNA ?

1.3. TUJUAN
1. Mengetahui bagaimana terjadinya kerusakan DNA.
2. Mengetahui bagaimana mekanisme reparasi DNA terjadi.

1
 BAB II
PEMBAHASAN

DNA sebagai materi genetik yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia
dan selalu melakukan replikasi DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi
DNA yang dapat terjadi pada saat proses replikasi DNA. Untuk menstabilkan hal
tersebut maka DNA memiliki kemampuan untuk memperbaiki (repair) keselahan
yang terjadi pada dirinya sendiri. Jika mutasi DNA yang terjadi cukup banyak dan
DNA tidak sempat untuk memperbaiki (repair) dirinya sendiri maka akan terjadi
kelainan ekspresi genetik bahkan menyebabkan terjadinya penyakit genetik.
Konsumsi makanan yang bergizi serta istirahat yang cukup memungkinkan tubuh
untuk dapat melakukan repair DNA.
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang
mengalami kerusakan/kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang
tidak normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia,
atau karena adanya kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang
terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan
yang tentu saja terkait erat dengan jenis faktor penyebabnya. Sel-sel
menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki
kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi
saat aktivitas selular normal, ataupun di induksi. DNA merupakan sasaran untuk
berbagai kerusakan baik eksternal agent maupun secara spontan.

2.1. KERUSAKAN DNA

Kerusakan DNA dapat terjadi karena: metabolismes seluler, eksposur
dengan sinar UV, radiasi ion, eksposur dengan bahan kimia, kesalahan replikasi.
Perbaikan dengan: aktivasi cekpoin pada siklus sel, aktivasi program transkripsi,
DNA repair (direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair,
mismatch repair, double strand break repair, homolog recombination), apoptosis.
Kerusakan DNA bisa saja terjadi secara tiba-tiba. Penyebabnya juga
bermacam-macam, bisa berupa radiasi UV, bahan kimia mutagen, ataupun
oksidasi; dan salah satu bentuk kerusakan DNA adalah terpotongnya kedua utas

2
DNA. Hal ini bisa menjadi masalah yang serius karena sel tidak bisa
menggunakan DNA yang terpotong-potong seperti itu untuk beraktivitas secara
normal. Jika dibiarkan saja, maka hal ini juga bisa menjadi penyebab timbulnya
kanker. Namun demikian, kita tidak perlu kuatir karena sebenarnya sel-sel kita
sendiri mempunyai suatu sistem reparasi yang luar biasa canggih, efisien, dan
nyaris tidak pernah salah. Perbaikan kerusakan DNA oleh sel dapat dilakukan
melalui mekanisme:
a. perbaikan bebas kesalahan, yaitu DNA yang diperbaiki persis seperti keadaan
semula,
b. perbaikan dengan fotoreaktivasi, yaitu dengan menggunakan enzim
fotoreaktivasi yang dapat memutuskan ikatan kovalen basa timin-timin
(dimer timin),
c. perbaikan eksisi, yaitu DNA yang rusak dipotong pada bagian yang rusak lalu
disambung kembali oleh enzim polymerase dan ligase,
d. perbaikan rekombinasi postreplikatif, yaitu utas DNA induk yang rusak akan
menghasilkan DNA tiruan yang mempunyai celah setelah duplikasi, dan
e. perbaikan tidak bebas kesalahan, yaitu bagian DNA yang rusak diperbaiki
dengan komponen yang mungkin tidak sama dengan komponen yang hilang.
Perbaikan kerusakan DNA juga dapat terjadi dengan cara rekombinasi
homolog. Untuk menghindari kerusakan kromosom dan memungkinkan
perbaikan, daerah yang mengalami kerusakan harus mendapatkan strand
komplemeter. Jalur rekombinasi membuat penggunaan DNA homolog pada
cabang lain dari cabang replikasi. Protein rec-A memediasi reaksi pertukaran
strand yang menjalankan perbaikan DNA dengan bantuan energy ATP
hidrolisis. Ketika kerusakan dibuat menjadi bagian dupleks, kerusakan dapat
berangsur-angsur diperbaiki.
Apabila ada kesalahan/kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :
1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun
apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk beralih ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan
yang fatal maka akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang

3
 buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang
normal akan meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa
yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).

Kerusakan DNA diklasifikasikan dalam beberapa cara, yaitu :

a. Modifikasi basa:
 Perubahan kimia
 Ikatan kovalen antara basa yang berdekatan
 Kehilangan basa
b. Intrastrand cross-linking, mencegah replikasi dan transkripsi DNA
c. Kerusakan DNA tipe tiga
 Kerusakan strand DNA, yang paling hebat yaitu kerusakan double-
strand DNA (DSBs) yang menyebabkan DNA-nya putus.

2.2. REPARASI DNA

Perbaikan DNA adalah suatu proses yang konstan dan dapat
meminimalkan perubahan aksidental yang terjadi akibat kesalahan selama proses
maupun mutasi gen. Beragam jenis enzim perbaikan DNA secara terus menerus
akan memindai molekul DNA dan mengeluarkan nukleotida yang rusak.
Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :
1. Damage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan
cara perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA
yang rusak oleh sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada
bakteri E. Coli enzim itu dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada
suatu segmen pirimidin (timin dan sitosin) yang telah berpasangan (dimer)
pada suatu struktur DNA, akan mengaktifkan suatu proses perbaikan dimana
suatu kompleks protein enzim fotoreaktif akan memutuskan ikatan hydrogen
tetapi tanpa memutuskan ikatan fosfodiester antar nukleotida. Perubahan
urutan akan diperbaiki dengan pergantian sesame nukleotida dengan basa
pirimidin, dan akan diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula
tercipta.

4
2. Damage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing
atau penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali
dengan proses pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA
dalam suatu proses pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan
DNA. Kompleks enzim tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA
heliks utas ganda menjadi suatu segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri
dengan pertautan kembali antara dua utas tunggal tersebut untuk kembali
menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim DNA
ligase.
3. Damage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan
tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang
terotong adalah kedua strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan
kesalahan (error-phone) yang memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA
tanpa mengembalikan sekuens basa awal. Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh
kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E. Coli, system tersebut
diatur oleh gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah fidelitas
(ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase
melakukan replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel
untuk bertahan hidup atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas melalui
seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel itu mengandung satu atau
lebih mutasi.

5
Ada 3 tipe damage removal yaitu :

1. Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang
lain. Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat kerusakan
basa tersebut dinamakan dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli
enzim DNA glycosilase dapat mengenal AP site dan membuang basanya.
Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan Nukleotida sekitarnya.
Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan DNA Ligase.
DNA polymerase I berperan didalam mensintesis atau menambahkan
pasangan basa yang sesuai dengan pasangannya.sedangkan DNA Ligase
berperan dalam menyambungkan pasangan basa yang telah disintesis oleh
DNA polymerase I.

6
2. Nucleotide excision repair, adalah memotong pada bagian / salah satu segmen
DNA, dari DNA yang mengalami kerusakan. Kerusakan nukleotida yang
disebabkan oleh sinar UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer
(kesalahan dua basa tetangga). Pada E. Coli terdapat protein yang terlibat
dalam proses pembuangan atau pemotongan DNA yang mengalami
kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC, setelah protein
tersebut mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut
dihilangkan (dipotong) sehingga terjadi kekosongan pada segmen untaian
nukleotida tersebut. Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka
RNA polymerase I mensintesis nukleotida yang baru untuk dipasangkan pada
segmen DNA yang mengalami kekosongan tadi, tentu saja dengan bekerja
sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan segmen DNA
tersebut.

7
3. Mismatch repair. Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-kesalahan yang
terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase
sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. Polimerase ini
mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida
ditambahkan pada untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang
pasangannya tidak benar, polymerase memindahkan nukleotida tersebut
kemudian melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip dengan
mengoreksi kesalahan pada pengolah kata dengan menggunakan tombol
“delete” dan kemudian menuliskan kata yang benar). Protein-protein lain
selain DNA polymerase juga melakukan perbaikan salah pasang. Para peneliti
mempertegas pentingnya protein-protein tersebut ketika mereka menemukan
bahwa suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini terkait

8
dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar. Rupanya cacat ini
mengakibatkan kesalahan penyebab kanker yang berakumulasi di dalam
DNA. Pada intinya mekanisme perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih
dahulu pasangan basa yang tidak “cocok (matched)” atau tidak berpasangan
dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch dapat terjadi saat
replikasi ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang
tidak berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui pasangan basa mana yang
mengalami kesalahan basa pada untai DNA. Caranya segmen DNA yang
membawa basa yang salah dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam
untai DNA. Selanjutnya dengan bantuan enzim polymerase celah ini akan
diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah diperbaiki, yang
kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim ligase.

9
 BAB III
PENUTUP
3.1. KESIMPULAN
Apabila ada kesalahan, sel mempunyai dua pilihan : Pertama, kesalahan
tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun, apabila
kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk
mengambil pilihan kedua yaitu “dimatikan” daripada hidup membawa pengaruh
buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat itulah keputusan untuk berapoptosis
diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan perjalanan untuk melengkapi
siklus yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).

10
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A., et al. 2002. Biologi. Erlangga. Jakarta

Holly diany. 2009. Reparasi DNA, Fakultas kedokteran UII
Wanenoor. 2011. Perbaikan DNA atau DNA repair

11