Isolasi DNA dari Bakteri, Darah, Tanaman, dan Kapang serta Amplifikasi

Gen 16S rRNA dan ITS

Isolation of DNA from Bacteria, Blood, Plants, and Molds with

Amplification of 16S rRNA gene and ITS

Piolinov Iskandar1*, Dinda Devia Pembriani1, Nanda Alifia Fatihah Hasyim1, Arina Findo
Sari2, Reno Fitri2
1
Mahasiswa Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Syarif Hidayatullah
Jakarta
2
Dosen Praktikum Kimia Lingkungan Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta
*Corresponding author: piolinov.iskandar19@mhs.uinjkt.ac.id

ABSTRAK

Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis yang
merupakan materi pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada keturunan. Isolasi DNA
merupakan langkah awal dalam rekayasa genetika degena maksud untuk memisahkan DNA dari
jaringan dan partikel-partikel lain seperti lipid, protein, polisakarida dan zat lainnya. Prinsip isolasi
DNA terdiri dari 3 tahapan, yaitu perusakan dinding sel (lisis), pemisahan atau purifikasi DNA
dan presipitasi DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan mampu melakukan isolasi
DNA kromosomal bakteri, isolasi DNA leukosit, isolasi DNA tanaman sawi, isolasi DNA fungi,
uji kuantitatif DNA, dan uji kualitatif DNA, serta PCR. Metode yang digunakan untuk penelitian
yaitu menggunakan IstaGene Matrix pada isolasi DNA dan PCR untuk uji kualitatif dan kuantitatif
DNA. Isolasi DNA kromosomal bakteri terdapat 5 tahapan, diabntu dengan kit InstaGene Matrix.
Isolasi DNA darah menggunakan komponen leukosit sebagai sumber DNA karena memiliki inti,
serta meggunakan bahan garam untuk metode saltingout. Isolasi DNA sawi harus menggunakan
sawi berusia muda, untuk memperumudah pengamatan. Isolasi DNA kapang pengekstraksiaanya
menggunakan metode pemanasan, dibantu dengan kit GeneAid Genomic DNA. Uji kuantitatif
DNA digunakan untuk menentukan konsentrasi dan kemurnian DNA genom dengan alat
spektrofotometer dengan panjang gelombang 230, 260 dan 280. Uji kualiitatif DNA digunakan
untuk identifikasi, pemisahan, dan purifikasi fragmen DNA adalah menggunakan elektroforesis
gel agarose. Amplifikasi DNA dengan PCR digunakan untuk memperbanyak DNA yang terdiri
dari tiga langkah yang diulang untuk suatu siklus tertentu, yaitu proses denaturasi, annealing dan
extension. Dalam isolasi DNA menggunakan bahan dan alat tertentu yang disesuaikan berdasarkan
sumber DNA yang digunakan, dimana nantinya sebagai sediaan untuk dilakukan anilisis. Analsis
DNA dapat dilakukan dengan uji kuantitaif dan uji kualitatif, yang sebelumnya bisa dilakukan
PCR untuk memperbanyak DNA sampel.
Kata kunci: Amplifikasi; DNA; Isolasi; ITS; PCR

ABSTRACT

Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) is a systematically arranged polymer of nucleic acids which is the
material that carries genetic information that is passed on to offspring. DNA isolation is the first
step in genetic engineering with the aim of separating DNA from tissues and other particles such
as lipids, proteins, polysaccharides and other substances. The principle of DNA isolation consists
of 3 stages, namely cell wall destruction (lysis), separation or DNA purification and DNA
precipitation. This study aims to identify and be able to isolate bacterial chromosomal DNA,
isolate leukocyte DNA, isolate mustard plant DNA, isolate fungal DNA, DNA quantitative test, and
DNA qualitative test, as well as PCR. The method used for this research is using IstaGene Matrix
for DNA isolation and PCR for qualitative and quantitative DNA testing. There are 5 stages of
bacterial chromosomal DNA isolation, assisted by the InstaGene Matrix kit. Blood DNA isolation
used leukocyte components as a source of DNA because it has a nucleus, and used salt for the
saltingout method. DNA isolation of mustard greens must use young mustard greens, to facilitate
observation. Isolation of fungal DNA was extracted using the heating method, assisted with the
GeneAid Genomic DNA kit. Quantitative DNA test was used to determine the concentration and
purity of genomic DNA using a spectrophotometer with wavelengths of 230, 260 and 280. DNA
qualitative test was used for identification, separation, and purification of DNA fragments using
agarose gel electrophoresis. DNA amplification with PCR is used to amplify DNA which consists
of three steps that are repeated for a certain cycle, namely the process of denaturation, annealing
and extension. In the isolation of DNA using certain materials and tools that are adapted based
on the source of the DNA used, which will be used as preparations for analysis. DNA analysis can
be done by quantitative and qualitative tests, which previously could be done by PCR to multiply
the sample DNA.
Keywords: Amplification; DNA; Isolation; ITS; PCR

PENDAHULUAN genom editing, transformasi dan PCR

Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah
polimer asam nukleat yang tersusun secara
sistematis yang merupakan materi pembawa
informasi genetik yang diturunkan kepada
keturunan. Informasi genetik tersebut
disusun dalam bentuk kodon yang berupa
tiga pasang nukleotida. DNA terdiri atas 2
untai berpilin dan membentuk struktur heliks
ganda. Kedua untai tersebut disatukan oleh
ikatan hindrigen antara basa-basa nukleotida.
Empat basa yang terdapat pada DNA adalah
adenine (A). cytosine (C), guanine (G) dan
thymin (T). adenine berikatan hidrogen
dengan timin, sedangkan guanine berikatan
dengan sitosin (Ernawati et al, 2014).
Isolasi DNA merupakan langkah awal
dalam rekayasa genetika sebelum memasuki
proses lebih lanjut. Tujuan isolasi DNA
adalah untuk memisahkan DNA dari jaringan
dan partikel-partikel lain seperti lipid,
protein, polisakarida dan zat lainnya. Isolasi
DNA digunakan untuk beberapa analisis
molekuler dan rekayasa genetika seperti
(Hariyadi et al, 2018). Prinsip isolasi DNA
terdiri dari 3 tahapan, yaitu perusakan
dinding sel (lisis), pemisahan atau purifikasi
DNA dan presipitasi DNA (Rizko et al,
2020). Isolasi DNA dapat dilakukan pada
semua makhluk hidup dan virus. Beberapa
hal yang harus diperhatikan dalam isolasi
DNA adalah menghasilkan DNA tanpa
kontaminan seperti protein dan RNA; metode
harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua
spesies; metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA;
dan metode harus sederhana serta cepat
(Puspitaningrum et al, 2018).
Pelisisan merupakan proses awal dari
isolasi DNA yang sangat menentukan
keberhasilannya. Tahap lisis DNA dapat
dilakukan secara kimia maupun mekanik,
cara kimia dengan menggunakan enzim
seperti proteinase-K dan SDS dan dengan
cara mekanik seperti penggerusan dengan
menggunakan nitrogen cair (Ahari, 2012),
dan inkubasi dengan menggunakan
perlakuan suhu (Hariyadi et al, 2018). Secara
kimia, pelisisan sel dapat dilakukan dengan
buffer lisis yang berisi senyawa kimia yang
dapat merusak integritas barrier dinding sel,
seperti SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan
CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide)
(Murtiyaningsih, 2017).
Polymerase Chain Reaction (PCR)
merupakan salah satu metode untuk
memperbanyak atau menggandakan DNA
suatu organisme atau biasa disebut
amplifikasi DNA. Metode berbasis PCR
seringkali digunakan di dalam identifikasi
organisme, baik melalui DNA fingerprinting
maupun melalui DNA barcoding (Pertiwi,
2015). Teknik PCR dapat digunakan untuk
mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah
jutaan kali hanya dalam waktu singkat.
Proses PCR memiliki beberapa tahap, yaitu
pra-denaturasi cetakan DNA, denaturasi
cetakan DNA, penempelan primer pada
cetakan (annealing), pemanjangan primer
(extension), dan pemantapan (post-
extension) (Putri, 2020). Enzim DNA
polimerase yang digunakan dalam tahap
ekstensi adalah Taq DNA polymerase yang
diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus BM
(Taq). Faktor-faktor yang mempengaruhi
amplifikasi DNA dengan metode PCR adalah
deoksiribonukleotida triphosphat (dNTP);
oligonukleotida primer; DNA cetakan
(template); komposisis larutan buffer; jumlah
siklus reaksi; enzim yang digunakan; dan
faktor teknis dan non-teknis lainnya, seperti
kontaminasi (Feranisa, 2016).
Prinsip dasar metode PCR adalah
perbanyakan fragmen DNA menggunakan
enzim polymerase pada temperatur yang
tinggi yang dilakukan secara berulang. Pada
proses PCR dibutuhkan oligonukleotida
pendek (primer DNA) yang berperan dalam
mengawali proses ini. Primer akan menempel
atau hybrid pada untai tunggal DNA saat
temperatur diturunkan setelah terjadi
pemisahan untai ganda DNA. Produk hasil
PCR dapat diamati menggunakan teknik
eletroforesis agarose (Puspitaningrum,
2018).
Uji kuantitatif DNA merupakan
analisis yang digunakan untuk menentukan
kandungan/ jumlah DNA yang terdapat
dalam suatu zat yang sebelumnya sudah
diketahui keberadaan DNA plasmidnya
dalam larutan contoh dengan cara uji
kualitatif (Larasati 2011). Uji kuantitatif
dilakukan dengan menggunakan
spektrofotometer Uv-Vis. Prinsip dari uji
kuantitatif DNA dengan spektrofotometer
adalah iradiasi sinar ultraviolet dapat diserap
oleh nukleotida dan protein dalam larutan
karena adanya basa purin dan pirimidin.
Penyerapan iradiasi sinar UV oleh DNA
secara maksimal dapat dicapai pada panjang
gelombang 260 nm sedangkan penyerapan
maksimal protein pada panjang gelombang
280 nm (Hidayati dan Aulawi, 2016).
Uji kualitatif DNA dengan metode
elektroforesis horizontal gel agarose
merupakan metode standar untuk
identifikasi, pemisahan dan purifikasi
fragmen DNA. Prinsip teknik elektroforesis
adalah berdasarkan migrasi partikel
bermuatan di bawah pengaruh medan
elektronik pada kondisi yang konstan
(Puspitaningrum et al, 2018). Migrasi
elektroforesis DNA melalui gel agarosa, arus
listrik, dan suhu. Molekul DNA yang
bermuatan negatif saat elektroforesis pada
gel agarosa berbanding terbalik dengan
konsentrasi gelnya. Migrasi struktur molekul
yang besar akan lebih lambat dibandingkan
struktur molekul yang kecil dalam proses
melewati pori-pori gel (Factiyah et al, 2011).
Gel agarosa yaitu suatu bahan semi-padat
berupa polisakarida yang diekstraksi dari
rumput laut. Gel agarosa dibuat dengan
melarutkannya dalam suatu buffer. Agar
dapat larut dengan baik, pelarutannya dibantu
dengan pemanasan (Hapsari, 2012).Pewarna
Ethidium bromide (EtBr) digunakan sebagai
alat identidikasi dan mengukur semi
kualitatif fragmen DNA yang terpisah dalam
gel agarose. EtBr akan terikat diantara dua
untai ganda DNA, sehingga pita DNA dalam
gel agarose akan berpendar karema EtBr
mengandung zat fluoresen. Ikatan DNA-
EtbR akan terekspos pada sinar UV dengan
panjang gelombang 300 nm (Factiyah et al,
2011).
Pada praktikum ini dilakukan isolasi
DNA kromosomal bakteri, leukosit, tanaman
sawi dan kapang, amplifikasi DNA dengan
metode PCR dan dilakukan uji kualitatif
DNA serta uji kuanitatif DNA dengan
metode elektroforesis horizontal gel agarose.
METODE
Isolasi DNA Kromosomal Bakteri E. coli
Alat yang digunakan dalam penelitian
ini antara lain seperangkat peralatan gelas,
mikropipet, blue tip, magnetics stirer,
microfuge tube, microcentrifuge, waterbath,
autoclave, vortex, incubator, dan freezer.
Sedangkan bahan yang digunakan dalam
penelitian ini yaitu kultur bakteri E.coli,
IntaGene matrix, akuades
Kultur bakteri E. coli sebanyak 1mL
diresuspensi dalam autoklaf air di dalam
tabung microfuge, kemudia disentrifus
selama 1 menit dengan kecepatan 10.000-
12.000 rpm. Supernatan dibuang dan
ditambah InstaGene Matrix sebanyak 200
µL, kemudian dihomogenkan dengan
magnetic strirer. Larutan diinkubasi pada
suhu 56˚C selama 15-30 menit, kemudian
divortex selama 10 detik. Larutan diinkubasi
pada air mendidih selama 8 menit pada suhu
100˚C, divortex kembali selama 10 detik.
Larutan disentrifus pada kecepatan 10.000-
12.000 rpm selama 2-3 menit, kemudian
supernatant dipindahkan ke tabung baru dan
disimpan di freezer pada suhu -20oC.
Isolasi DNA Darah (Leukosit) Dengan
Metode Salting Out
Alat yang digunakan dalam penelitian
ini antara lain seperangkat peralatan gelas,
mikropipet, refrigrated microtube,
microcentrifuge, waterbath, incubator, dan
refrigrator. Sedangkan bahan yang
digunakan dalam penelitian ini yaitu sampel
darah, RBC lysis solution, RNAse A,
NH4COOH, ethanol absolute, dan buffer TE.
Sampel darah dimasukkan 2 mL ke
dalam EDTA-vacutainer kemudian
digoyangkan membentuk angka delapan.
Darah dipindahkan ke tabung sentrifuga,
ditambah dengan akuadest 6mL RBC lysis
solution kemudian diinkubasi suhu ruang
selama 10 menit lalu disentrifus selama 10
menit pada kecepatan 1500x g. Supernatan
dibuang, kemudian ditambahkan RBC lagi
sebanyak 750µL dan dihomogenisasi dengan
teknik pipetting. Supernatan tadi
ditambakhan 2µL RNAse A (10mg/mL),
kemudian dikocok sebanyak 25 kali dan
diinkubasi selama 15 menit pada suhu 37oC.
Setelah diinkubasi, ditambahkan larutan
presipitasi NH4COOH sebanyak 500µL
kemudian divotrkes. Lalu kembali disentrifus
pada kecepatan 10.000x g dengan suhu 4oC
selama 15 menit. Supernatan DNA dipindah
ke tube baru yang berisi 1,5mL etanol
absolut, kemudian dikocok dan diambil
benang-benang DNA berwarna putih.
Benang tersebut dipindahkan kedalam
tabung baru dan disentrifus pada kecepatan
10.000x g dengan suhu 4oC selama 10 menit
untuk mengendapkan DNA. Supernatan
dibuang, dan pellet ditambahkan etenol 70%
dan disentrifus kembali pada kecepatan
10.000x g dengan suhu 4oC selama 15 menit.
Supernatan dibuang kembali, kemudia pellet
dikeringkan dalam incubator pada suhu 57oC.
DNA direhidrasi dengan 50-100µL buffer
TE, kemudian diinkubasi pada suhu 37oC
selama 2 jam untuk mendapatkan DNA
terlarut. Kemudian, disimpan pada suhu -
20oC
Isolasi DNA Tanaman Sawi (Brassica
juncea) Dengan Metode CTAB (Cetyl
Trimethylammonium Bromide)
Alat yang digunakan adalah neraca
analitik, refrigerator centrifuge, mikropipet,
vortex, waterbath, tabung mikro 1,5 mL, blue
tips, yellow tips dan white tips. Bahan yang
digunakan adalah daun sawi (Brassica sp.),
buffer ekstraksi (0,25 M Tris HCl, 250 mL
NaCl, 25 mM EDTA,10 % CTAB (Cetyl
Trimethylammonium Bromide), 0,5% SDS),
β merkaptoetanol, kloroform,
isoamilalkohol, isopropanol dan buffer TE.
Daun sawi muda dicuci dan
dikeringkan dengan tisu, ditimbang sebanyak
300 mg, lalu dimasukkan ke dalam tabung
mikro steril, daun dihaluskan dengan
menggunakan tip tanpa penambahan buffer,
setelah daun halus ditambahkan 250
μLbuffer ekstraksi dengan suhu 60⁰C dan 100
μL β merkaptoetanol, kemudian divortex
selama 5 detik. Lalu tabung sampel
diinkubasi dalam waterbath pada suhu 60⁰C
selama 30 menit, divortex setiap 10 menit.
Ditambahkan CIAA (Chloroform Isoamil
Alkohol) (24:1) sebanyak 1× volume sampel
ke dalam tabung sampel, dikocok selama 10
menit, lalu disentrifuga dengan kecepatan
15.000 × g selama 5 menit pada suhu 4⁰C.
Supernatan pada tabung sampel diambil
,kemudian dipindahkan ke dalam tabung
mikro 1,5 mL yang baru. Ditambahkan
isopropanol dingin sebanyak 1× volume
sampel ke dalam tabung sampel, tabung
sampel dikocok, kemudian diinkubasi pada
suhu -20⁰C selama 30 menit. Tabung sampel
disentrifugasi dengan kecepatan 15.000 × g
selama 5 menit pada suhu 4⁰C. Supernatan
dibuang kemudian ditambahkan 100 μL 1×
buffer TE/ etanol. Tabung sampel
dimasukkan dalam es selama 5 mrnit, lalu
disentrifugasi dengan kecepatan 15.000 × g
selama 2 menit. Supernatan yang
mengandung DNA pada tabung sampel
diambil dan dipindahkan ke tabung baru.
Lalu disimpan pada suhu -20⁰C .
Isolasi DNA Fungi Dengan Metode Boiling
dan Menggunakan GeneAid Genomic
DNA Mini Kit
Alat yang digunakan adalah micro
pipet, tip, water bath, sentrifuga, tabung
mikro, parafilm, lid lock/ cap lock, floating
plate, DNA extraction kit, GD column, Glass
beads dan marker permanen. Bahan yang
digunakan adalah isolat kapang, medium
PDA atau PDB dan MiliQ/ double distilled
water (ddH2O).
Isolasi DNA kapang dengan
menggunakan GeneAid genomic DNA mini
kit diawali dengan pengambilan kapang pada
medium PDB sebanyak setengah atau seluruh
miselium, lalu dimasukkan ke dalam tabung
mikro 1,5 mL yang sudah terisi 200-300 μL
miliQ steril, biakan yang berada dalam
tabung mikro ditumbuk dengan tip, lalu
ditambahkan RBC lysis buffer sebanyak 600
μL, kemudian campuran dibolak balik dan
diinkubasi selama 10 menit dan
disentrifugasi pada jecepatan 4.600 rpm
selama 5 menit. Setelah itu supernatant
dibuang dan ditambahkan 100 μL RBC lysis
buffer, kemudian dihomogenkan dengan
mikropipet. Lalu, ditambahkan 200 μL
genomic bund buffer (GB buffer) ke dalam
campuran dan divorteks selama 10 detik, lalu
tutup tabung mikro dilapisi parafilm dan
dikunci dengan lid lock. Kemudian campuran
dan elution buffer dipanaskan pada suhu 70⁰C
selama 10 menit dengan water bath. Lalu
ditambahkan 5 μL RNAase A ke campuran
dan diinkubasi selama 5 menit, kemudian
ditambahkan 300 μL etanol absolute dan
divorteks selama 10 detik. Seluruh campuran
dipindahkan ke genomic DNA spin column
(GD column), lalu disentrifugasi pada
kecepatan 10.700 rpm selama 5 menit dan
dipindahkan ke collecting tube baru.
Kemudian ditambahkan 400 μL Wash buffer
1 (W1 buffer) ke dalam GD column lalu
disentrifugasi pada kecepatan 10.700 rpm
selama 30 detik. GD column dipindahkan
pada collecting tube baru dan disentrifugasi 3
menit pada kecepatan 10.700 rpm. GD
column dipindahkan ke tabung mikro 1,5 μL,
lalu ditambahkan 100 μL elution buffer,
setelah itu diinkubasi selama 5 menit dan
disentrifugasi selama 30 detik pada
kecepatan 10.700 rpm. Tabung mikro
dikeluarkan dan disimpan dalam freezer.
Uji Kuantitatif DNA
Alat yang digunakan dalam uji
kuantitatif adalah spektrofotometer, kuvet,
mikropipet dan mikropipet. Kemudian untuk
bahannya digunakan sampel DNA dan
blanko (Buffer TE 1x).
Dalam melakukan uji kuantitatif DNA,
disiapkan spektrofotometer dengan panjang
gelombang yang ditentukan. blanko dan
sampel disetting. Setelah itu baca nilai
absorbansi masing-maing sampel dan
kemurnian DNA dihitung.
Uji Kualitatif DNA
Alat yang digunakan dalam uji
kualitatif DNA berupa tangki elektroforesis,
mikropipet dan tip, cetakan gel, cetakan
sumuran (well comb), microwave oven, labu
Erlenmeyer, timbangan analitik, dan
parafilm. Kemudian bahan yang dibutuhkan
berupa bubuk agarose, buffer TBE/TAE,
etidium bromide (EtBr)/ larutan Biosafe,
DNA Ladder, sampel DNA (produk PCR),
dan Loading dye.
Metode yang digunakan dalam uji
kualitatif DNA adalah metode elektroforesis
horizontal gel agarose. Gel agarose dibuat
dengan konsentrasi yang telah ditentukan.
Setelah jadi, gel dituangkan ke dalam wadah
pencetak dan diteteskan EtBr. Sisir untuk
membentuk sumuran pada gel agarose
dipasang dalam wadah pencetak, tunggu
hingga membeku. Siapkan sampel DNA,
kemudian diteteskan dengan 2 µL zat warna
biru brofenol dengan menggunakan tip. Gel
yang sudah membeku dilepaskan sisir
pencetak sumuran. Gel diletakkan pada
tangki elektroforesis dan sumuran diletakan
pada kutub negative alat. Setelah itu
masukkan dapar TAE ke dalam tangki
elektroforesis hingga menutupi permukaan
gel agarose. Ambil petanda ukuran DNA
(DNA ladder) dan tandai sebagai M (marker)
pada sumuran 1. dimasukkan 3 µL marker
dan campurkan dengan zat warna/loading
dye kedalam sumuran S1. Kemudian
dimasukan 10 µL sampel ke dalam sumuran
dengan urutan : sumuran 1 marker, sumuran
2 S1, sumuran 3 S2, sumuran 4 S3, sumuran
5 S4, sumuran 6 S5, sumuran 7 S6, sumuran
8 marker. Tangki elektroforesis dihubungkan
dengan power supply kemudian dijalankan
pada 100V selama 30-40 menit. Setelah
selesai, wadah pencetak diangkat dan gel
didorong keluar dari wadah pencetak. Bila
sampel DNA belum terwarnai, gel agarose
diletakkan ke dalam wadah yang berisi
larutan pewarna. dituangkan 60 µL larutan
DNA Bio-safe ke dalam wadah tersebut lalu
ditutup. pita yang terbentuk diamati setelah
10 menit. Digunakan UV transluminator/gel
documentation dalam mendeteksi pita-pita
DNA.
Amplifikasi DNA Dengan Metode PCR
Alat yang digunakan dalam
pengamplikasian DNA berupa tabung PCR,
microtube 1.5 ml, micropipette, microtip,
penangas air, alat sentrifugasi mikro, vortex,
rak tabung mikro, thermal cycler (mesin
PCR), parafilm. Untuk bahan yang
digunakan yaitu sel epitel mukosa pipi,
instaGene Matrix, pewarna DNA, master mix
PCR, buffer PCR (KCl, Tris Cl) (Ph 8,3 DAN
mGcL2).
Metode yang digunakan untuk
amplikasi DNA adalah metode Polymerase
Chain Reaction (PCR). InstaGene matrix 200
µL dimasukkan kedalam tabung mikro
berulir. Diambil apusan mukosa pipi kiri dan
kanan dengan tip steril ukuran 2-20 µL,
diusap masing-masing 10x usapan. Tip
dipasang pada mikropipet dan dimasukkan ke
dalam microtube sambal dinaik-turunkan 5x
sehingga sel epitel mukosa pipi masuk ke
dalam matriks. Mikrotube ditutup dan
dilapisi dengan parafilm lalu diletakan pad
arak sterofoam. Mikrotube di inkubasi dalam
penangas air pada suhu 56 °C selama 10
menit, mikrotube digoyangkan perlahan
setiap 5 menit. Mikrotube diangkat lalu
inkubasi kembali kedalam air mendidih
(100°C) selama 6 menit. Digoyangkan
perlahan, lalu di sentrifugasi pada 13.000xg
selama 3 menit. Setelah disentrifugasi, ambil
supernatant dan diletakkan di dasar tabung
PCR dan ditambahkan 20 µL master mix lalu
ditutup dan dilapisi parafilm. Tabung PCR
dimasukan kedalam thermal cycler dan atur
reaksi polimerasi berantai untuk amplifikasi
DNA sebanyak 40 siklus. Setelah selesai,
hasil amplifikasi di elektroforesis dan
disimpan dalam wadah penyimpanan.
HASIL
PEMBAHASAN
Isolasi DNA Kromosomal Bakteri E. coli
Dalam pelaksanaan isolasi DNA
bakteri terdiri dari beberapa tahapan yang
harus dilalaui. Menurut Nugroho dan Rahayu
(2018), mengatakan bahwa secara garis besar
isolasi DNA kromosom bakteri terdiri dari 5
tahapan, yaitu: isolasi sel, penghancuran
dinding dan membran sel (lisis sel),
pengekstraksian dalam larutan, pemurnian
DNA (purifikasi), dan pengendapan
(presipitasi). Dalam beberapa referensi,
tahapan penyimpanan termasuk dalam tahap
isolasi DNA kromosomal bakteri.
Berdasarkan praktikum yang dilakukan,
isolasi DNA kromosomal bakteri dilakukan
dengan isolat bakteri E. coli dan S. aureus,
dengan alat bantu isolasi berupa kit
InstaGene Matrix.
Menurut Shen (2019) mengatakan
bahwa InstaGene Matix merupakan kita yang
terbuat dari chelex resin yang dibuat secara
khusus yang berguna untuk membantu
preparasi DNA dengan cepat dan mudah,
serta penggunaan yang hemat biaya. Di
dalam InstaGene Matrix terdapat matriks-
matriks yang berperan dalam penyerapan sel
penganggu dan mencegah kehilangan DNA
karena ikatan DNA yang irreveribel.
Proses awal dalam isolasi DNA
kromosomal bakteri yaitu isolat bakteri
sampel diresuspensi dalam 1,5mL akuades
dengan memindahkan dari media kultur
menggunakan jarum ose ke microcentrifuge
tube, proses dilakukan secara aseptis guna
menghindari kontaminan zat yang tidak
diinginkan. Proses resuspensi ini melarutkan
kembali yang bertujuan melepaskan isolat
bakteri dengan partikel yang tidak
diinginkan. Isolat bakteri kemudia disentrifus
selama 1 menit pada kecepatan 10.000 rpm.
Menurut Kusnadi dan Arumingtyas (2020)
mengatakan bahwa proses sentrifus ini
dilakukan bertujuan untuk memisahkan zat
atau partikel berdasarkan bobotnya dengan
menggunakan gaya gravitsi dan gaya
sentrifugal dengan prinsip kerja pemutaran
dengan kecepatan tinggi. Sehingga DNA
terendap di dasar, sedangkan partikel tidak
dibutuhkan berada di larutan suspensi atau
supernatan.
Setelah sentrifugasi selsai, supernatant
dibuang secara perlahan agar pellet tidak ikut
terbuang. Proses selanjutnya, pellet
ditambahkan dengan larutan InstaGene
Matrix sebanyak 100 µL. Menurut Bio-Rad
(2015) kandungan polystyrene-
divinylbenzene iminodiacetate dalam
InstaGene Matrix berfungsi untuk
mempercepat proses isolasi DNA
kromosomal bakteri. Isolat bakteri yang
sudah diberi larutan kit diinkubasi pada suhu
56oC selama 15-30 menit. Proses
penginkubasian menurut Syaffrudin dkk.
(2011) menjelaskan proses tersebut
dilakukan untuk mencegah pengendapan
matriks. Setelah inkubasi selesai, isolat
dipanaskan dalam waterbath pada suhu
100oC selama 8 menit yang menurut Yanti
(2018) menjelaskan pemanasan tersebut
bertujuan mengoptimalkan proses presipitasi,
serta menginaktivasi enzim DNAse yang bisa
merusak DNA. Langkah terakhir yaitu
penyimpanan isolasi DNA harus disimpan
pada suhu -20oC di dalam freezer.
Isolasi DNA Darah (Leukosit) Dengan
Metode Salting Out
 Menurut Aisyah dkk. (2019)
menjelaskan bahwa leukosit merupakan
komponen darah yang merupakan target
isolasi DNA karena komponen darah yang
lain seperti eritrosit dan trombosit tidak
memiliki inti sel. Leukosit darah merupakan
pilihan sampel yang utama untuk ekstraksi
DNA karena mudah dan relative kurang
invasive dibanding dengan sel jaringan lain
pada tubuh manusia (Soesilawati, 2020).
Berdasarkan praktikum yang
dilakukan, isolasi DNA darah dilakukan
dengan sel darah putih (leukosit), dengan
prinsip pengerjaan sentrifugasi dan
presipitasi. Metode yang digunakan untuk
isolasi DNA leukosit pada praktikum ini
yaitu metode salting out. Menurut Yuwanda
dkk. (2021) menjelaskan bahwa salting out
merupakan metode prepitasi protein dengan
penambahan garam ke dalam protein hingga
dapat protein yang jenuh. Pada konsentrasi
garam yang tinggi, kekuatan ion pada garam
juga akan semakin tinggi sehingga garam
akan mengikat molekul air.
Proses awal dalam isolasi DNA darah
leukosit yaitu sampel darah yang siap uji
isolasi DNA sebanyak 2mL, ditambahkan
6mL RBC lysis solution sebelum disentrifus
pada kecepatan 1500x g selama 10 menit.
Sentrifugasi dilakukan dengan maksud
memisahkan dan mengendapkan leukosit
dari komponen darah lainnya, sedangkan
pemberian RBC lysis solution menurut
Sjafaraenan dkk. (2018) berfungsi sebagai
buffer leukosit serta membantu proses
pelisisan sel darah sehingga leukosit dapat
terpisah dengan komponen darah lainnya.
Selanjutnya supernatant yang diperoleh
dibuang, RBC lysis solution diberikan
kembali sebanyak 750µL kemudian
dipipetting untuk homogenisasi sehingga
leukosit terbilas dan bersih dari komponen
darah lainnya yang tidak dibutuhkan. Sel
darah putih ditunjukkan oleh adanya endapan
pellet berwarna putih
Tahapan selanjutnya pellet diberi 2µL
RNAse A kemudian dikocok dan dinkubasi
pada suhu 37oC selama 15 menit. Menurut
Murtiyaningsih (2017) mengatakan bahwa
pemberian RNAse A bertujuan untuk
menghilangkan menghilangkan RNA pada
larutan DNA, karena sifatnya sebagai
pendegradasi RNA. RNAse memotong
ikatan fosfodiester antara 5'-ribosa dari
nukleotida dan gugus fosfatyang melekat
pada 3'-ribosa, yang kemudian dihidrolisis
membentuk 3'- nukleosida fosfat. Setelah
inkubasi selesai, ditambahkan larutan
NH4COOH sebanyak 500µL kemudian
divorteks untuk tahapan presipitasi protein
yang bertujuan pengendapan. Menurut Fitrya
dkk. (2015) menjelaskan bahwa NH4COOH
merupakan bahan presipitat yang
memisahkan protein dari asam nukleat.
Kemudian disentrifus kembali pada
kecepatan 10.000x g dengan suhu 4oC selama
15 menit.
Setelah proses sentifugasi selesai,
supernatan berisi DNA dipindahkan ke
tabung berisi 1,5mL etanol absolut dingin
kemudian dikocok. Penggunaan etanol
dingin akan menurunkan aktivitas molekul
air sehingga memudahkan presipitasi DNA.
Setelah itu disentrifugasi, maka DNA akan
menggumpal dan mengendap pada dasar tube
(pelet) (Purniari et al., 2015). Selanjutnya,
endapan DNA berupan benang-benang putih
dipindahkan ke dalam tabung baru kemudian
disentrifus pada kecepatan 10.000x g dengan
suhu 4oC selama 10 menit untuk
mengendapkan DNA.
Pellet hasil sentrifus diberi tambahan
etenol 70% dan disentrifus kembali pada
kecepatan 10.000x g dengan suhu 4oC selama
15 menit. Menurut Utami dkk. (2012)
menjelaskan fungsi etanol 70% pada isolasi
DNA yaitu sebagai pencuci DNA dari sisa
residu tahap presipitasi. Kemudian DNA
dikeringkan didalam incubator pada suhu
57oC. Proses akhir isolasi DNA yaitu DNA
direhidrasi menggunakan buffer TE
kemudian dinkubasi kembali untuk
memperoleh DNA terlarut, kemudian
disimpan pada freezer pada suhu -20oC
dimana tujuannya untuk mempetahankan
kondisi DNA agar tidak rusak dan
menghintikan reaksi enzimatik sementara.
Isolasi DNA Tanaman Sawi (Brassica
juncea) Dengan Metode CTAB (Cetyl
Trimethylammonium Bromide)
Isolasi DNA dari tanaman sawi
(Brassica sp) dilakukan dengan metode
CTAB. Untuk mengisolasi DNA dari
tanaman sawi, digunakan daun sawi yang
masih muda. Pemilihan organ daun untuk
isolasi adalah karena lebih mudah untuk
diekstraksi dibandingkan organ lainnya dan
akan menghasilkan pita DNA yang lebih
jelas serta bersih dibandingkan dengan
bagian lainnya (Gea, 2020). Serta daun yang
digunakan adalagh daun muda. Hal ini karena
secara mekanis, daun muda lebih mudah
untuk digerus dibandingkan dengan daun tua
sehingga lebih efisien untuk memperoleh
DNA (Prayitno dan Nuryandani, 2011).
Selain itu, penggunaan daun muda juga
memiliki sedikit komponen senyawa
metabolit sehingga dapat meminimalisasi
kehadiran kontaminan pada DNA, dengan
tujuan agar diperoleh DNA dengan kualitas
dan kuantitas yang lebih baik (Kit dan
Chandran, 2010).
Tahap pertama dalam isolasi DNA
adalah pelisisan atau perusakan dinding sel.
Sel tanaman dilindungi oleh membran sel dan
dinding sel yang kuat. Membran sel terdiri
dari ikatan antara protein dan lemak,
sedangkan dinding sel tersusun atas
polisakarida. Dinding sel dan membran sel
harus dipecah untuk mengeluarkan DNA dari
dalam sel. Penghancuran sel dapat dilakukan
dengan cara mekanik, kimiawi dan
enzimatik. Pada praktikum ini, pelisisan sel
dilakukan secara mekanik serta secara
kimiawi. Secara mekanik pelisisan sel
dilakukan dengan menghaluskan daun
dengan menggunakan tip serta pemanasan
pada suhu 60⁰C. Menurut Ferniah dan
Pujiyanto (2013) pelisisan sel pada proses
isolasi DNA tanaman pada umumnya diawali
dengan penggerusan, merupakan pelisisan sel
secara mekanik untuk menghancurkan
dinding sel dan membran sel yang
melindungi sel-sel tanaman. penggerusan
dalam mikrotube lebih disarankan
dibandingkan dengan menggunakan mortar
dan pestel, hal ini karena pita DNA yang
dihasilkan pada penggerusan dalam
mikrotube lebih tipis dibandingkan dengan
mortar dan pestel (Shahzadi et al, 2010).
pemanasan dilakukan untuk mendenaturasi
protein sehingga menjadi struktur primer
(Ekaswati et al, 2015).
Proses pelisisan sel secara kimiawi
pada praktikum ini dilakukan dengan
penambahan larutan buffer ekstraksi dan β
merkaptoetanol. Buffer ekstraksi yang
digunakan pada metode CTAB terdiri atas
Tris HCl, NaCl, EDTA, CTAB (Cetyl
Trimethylammonium Bromide), dan SDS.
Menurut proses lisis sangat dipengaruhi oleh
komposisi buffer lisis yang digunakan,
Komposisi bufer lisis dalam metode CTAB
yaitu, Tris-HCl, surfaktan CTAB, EDTA,
NaCl, dan polivinilpirolidon (PVP).
Senyawa CTAB termasuk jenis surfaktan
kationik yang digunakan untuk proses lisis
dinding sel tanaman. Metode CTAB
digunakan untuk mengekstraksi DNA
tanaman yang mengandung polisakarida dan
polifenol yang tinggi yang dikenal sebagai
inhibitor atau penghambat dalam proses PCR
(Liana, 2017). β merkaptoetanol berfungsi
untuk memutuskan ikatan disulfide pada
protein multimer sehingga menjadi monomer
(Ekaswati et al, 2015).
Setelah proses pelisisan, maka dilanjut
dengan proses purifikasi. Pada praktikum ini
dilakukan dengan penambahan CIAA
(Chloroform Isoamil Alkohol). CIAA
merupakan pelarut organic yang terdiri dari
kloroform dan isoamil alcohol yang
berfungsi untuk mendenaturasi
makromolekul selain DNA, seperti protein,
lipid, dan karbohidrat (Kamaliah, 2017).
Penambahan larutan organik menyebabkan
campuran membentuk lapisan. Lapisan atas
(supernatan) mengandung DNA dan RNA
karena bersifat polar oleh muatan negatif
atom O pada gugus fosfat yang berinteraksi
dengan muatan dipole positif air. Protein
yang terdenaturasi akan masuk diantara
lapisan organik dan air. CIAA yang memiliki
densitas paling tinggi akan berada di dasar
tabung setelah sentrifus. Kemudian
supernatan dipisahkan dari pellet (Sirait et al,
2018).
Kemudian dilakukan proses presipitasi
mengginakan isopropanol Isopropanol
berfungsi sebagai fiksatif yaitu menarik
air/mengkondisikan dehidrasi yang
menyebabkan terbentuknya DNA yang tidak
larut/mengendap. Pengendapan ini terjadi
berdasarkan fenomena penurunan kelarutan
asam nukleat di dalam air. Molekul air yang
polar mengelilingi molekul DNA pada
larutan akuosa. Muatan positif dari air
berikatan kuat dengan muatan negatif gugus
fosfat DNA. Ikatan ini menyebabkan DNA
larut dalam air, sementara itu isopropanol
lebih tidak polar bila dibandingkan dengan
air, sehingga molekul isopropanol tidak dapat
berikatan dengan gugus polar asam nukleat
sekuat air, hal ini menyebabkan isopropanol
tidak dapat melarutkan asam nukleat (Aristya
et al, 2013). Sentrifugasi dengan suhu rendah
yaitu 4⁰C bertujuan agar enzim-enzim
proteolitik tidak aktif sehingga DNA tidak
rusak.
Setelah presipitasi, dilakukan
purifikasi meggunakan etanol. Etanol
digunakan untuk mencuci dan
mengendapkan DNA. Pencucian ini
dilakukan untuk menghilangkan kontaminan
dan residu-residu akibat perlakuan
sebelumnya. Setelah DNA mengendap
dilakukan pencucian lagi dengan ethanol 70
% dandiresuspensi dengan TE yang
sebelumnya pelet telah dikeringanginkan
agar tidak terkontaminasi dengan ethanol 70
% karena akan merusak DNA. Setelah itu,
sampel disimpan pada suhu rendah yaitu
20⁰C untuk menjaga kestabilan DNA
sehingga siap untuk tahapan selanjutnya
(Aristya et al, 2013).
Permasalahan utama yang sering
muncul dalam proses isolasi DNA tanaman
adalah kandungan senyawa polisakarida,
polifenol, protein, RNA, dan senyawa
metabolit sekunder yang terdapat pada
tanaman yang dapat menghambat tahapan
isolasi DNA (Rizko et al, 2020)
Isolasi DNA Fungi Dengan Metode Boiling
dan Menggunakan GeneAid Genomic
DNA Mini Kit
Isolasi DNA fungi dengan metode
boiling diawali dengan mengambil biakan
fungi yang berumur cukup pada medium
PDA, lalu dipindahkan ke dalam tabung
mikro yang sudah berisi miliQ steril. Lalu,
dilakukan tahap awal isolasi DNA yaitu
pelisisan sel dengan penambahan glass beads
sebanyak 1-2 spatula. Penambahan glass
beads ini berfungsi untuk memecahkan sel
secara mekanik (Wirajana et al, 2017).
Setelah itu, biakan direbus pada suhu 95⁰C,
lalu disentrifugasi dan diambil
supernatannya. Menurut Afif dan Putri
(2019) metode boiling merupakan salah satu
metode ekstraksi DNA sederhana dengan
memberikan gangguan fisik terhadap sel
bakeri berupa pemanasan dengan suhu tinggi
(95-100⁰C). Pemanasan dengan suhu tinggi
dapat meningkatkan permeabilitas dinding
sel sehingga mengakibatkan masuknya
cairan dan molekul di sekitar sel dan
keluarnya materi-materi dari dalam sel.
Setelah dilakukan pemanasan, biakan
disentrifugasi untuk kemudian diambil
supernatant untuk digunakan pada penelitian
selanjutnya.
Isolasi DNA kapang dengan
menggunakan GeneAid genomic DNA mini
kit diawali dengan proses pelisisan sel yang
dilakukan dengan penumbukan
menggunakan tip dan penambahan RBC lysis
buffer serta GB buffer. Menurut Sjafaraenan
et al (2018) penambahan RBC lysis buffer
dan GB buffer pada tahap preparasi sampel
bertujuan untuk mempermudah proses lisis
sel. Sebelum ditambahkan GB buffer, sampel
terlebih dahulu si dentridugasi. Proses lisis
diikuti dengan sentrifugasi yang bertujuan
untuk memisahkan campuran larutan
berdasarkan berat jenis (Hartawan et al,
2015). Menurut Iqbal et al (2016) Fungsi
larutan buffer adalah untuk menjaga struktur
DNA selama proses lisis dan pemurnian.
Campuran tadi kemudian ditambahkan
elution buffer yang berfungsi untuk menjaga
stabilitas DNA dan mengikat ion NA+
sehingga DNA dapat larut dalam air (Harca
et al, 2014). Pemanasan setelah elution
buffer dilakukan pada suhu 70⁰C karena
Pemanasan dengan suhu terlalu tinggi atau
waktu terlalu lama dikhawatirkan akan
merusak DNA target dan akan memperlama
proses ekstraksi (Sunarno et al, 2014).
Penambahan RNAase juga dilakukan pada
praktikum ini yang merupakan proses
purifikasi. Hal tersebut dilakukan untuk
menghilangkan RNA pada larutan DNA.
RNAse merupakan enzim pendegradasi
RNA. Prinsip kerja RNAse adalah memotong
ikatan fosfodiester antara 5'-ribosa dari
Uji Kuantitatif DNA
Berdasarkan pengujian yang dilakukan, didapatkan hasil uji kuantitatif DNA genom sebagai
berikut :
nukleotida dan gugus fosfat yang melekat
pada 3'-ribosa, yang kemudian dihidrolisis
membentuk 3'- nukleosida fosfat
(Murtiyaningsih, 2017).
Penambahan etanol absolute dalam
praktikum ini sering juga disebut dengan
DNA binding yang bertujuan untuk
mengumpulkan atau mengendapkan DNA.
Etanol memiliki dielektrik lebih rendah
daripada air sehingga memudahkan garam
yang memiliki muatan positif (Na+) untuk
berinteraksi dengan DNA yang bermuatan
negatif. Interaksi tersebut menyebabkan
DNA bersifat hidrofob dan mengendap
(Syafaruddin dan Santoso, 2011). Menurut
Sjaffaraenan et al (2018) konsentrasi etanol
yang tinggi akan menghasilkan kumpulan
DNA yang lebih banyak.
Tahap terakhir adalah pencucian
menggunakan wash buffer (W1 buffer). Wash
buffer ini berfungsi untuk mencuci atau
membersihkan DNA dari pengotor-
pengotornya (Triani, 2020). Setelah
pencucian ditambahkan elution buffer
kembali untuk menjaga dan menstabilkan
strukttur DNA selama penyimpanan. Usaha
untuk mengurangi kerusakan DNA juga
dilakukan dengan penyimpanan pada suhu
rendah.

Tabel 1. Hasil uji kuantitatif DNA genom

Kode Sampel Abs Abs Abs Konsentrasi Rasio Rasio
230 260 280 (ug/mL) 260/230 260/280
dna genom 3B-
E.coli 30/9/2019 1 0,132 0,189 0,090 945,000 1,432 2,100
dna genom E.coli
27/9/2019 2 0,200 0,293 0,150 1465,000 1,465 1,953
M3-A1 (kapang) 3 0,003 0,005 0,000 25,000 1,667 #DIV/0!
4B-K/kapang 4 0,011 0,004 0,000 20,000 0,364 #DIV/0!
3/5B/Kapang 5
1/5B/kapang 6 0,009 0,003 -0,002 15,000 0,333 -1,500
 5B/2K/kapang 7 0,016 0,005 0,000 25,000 0,313 #DIV/0!
5B/sawi 8 0,221 0,304 0,166 1520,000 1,376 1,831
kelp 3-mukosa 9 0,034 0,028 0,020 140,000 0,824 1,400
3/5B/Darah 10 0,007 0,003 0,001 15,000 0,429 3,000
1/5B/Darah 11 0,011 0,006 0,000 30,000 0,545 #DIV/0!
4/5B/mukosa 12 0,221 0,185 0,182 925,000 0,837 1,016
6/5A/Kapang 13 0,101 0,065 0,045 325,000 0,644 1,444

nilai perbandingan absorbansi λ 230 λ, 260

Spektrofotometri ini merupakan
gabungan antara spektrofotometri UV dan
Visible. Sinar UV memiliki panjang
gelombang 190-380 nm karena sinar UV
tidak dapat dideteksi oleh mata, maka
senyawa yang dapat menyerap sinar ini
terkadang merupakan senyawa yang tidak
memiliki warna bening dan transparan. Alat
ini menggunakan dua buah sumber cahaya
berbeda, sumber cahaya UV dan sumber
cahaya visible. Meskipun untuk alat yang
lebih canggih sudah menggunakan hanya
satu sumber sinar sebagai sumber UV dan
Vis, yaitu photodiode yang dilengkapi
dengan monokromator. Prinsip dasar pada
spektrofotometri adalah sampel harus jernih
dan larut sempurna dan tidak ada partikel
koloid apalagi suspense DNA yang
mengandung basa-basa purin dan pirimidin
dapat menyerap cahaya UV. Pita ganda DNA
dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm,
sedangkan kontaminan protein atau phenol
dapat menyerap cahaya pada 280 nm.
Kemurnian DNA dapat diukur dengan
menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi
dengan nilai absorbansi 280 (Å260/Å280).
Kemurnian/rasio yang kurang dari 1,8
menunjukkan bahwa preparasi DNA telah
terkontaminasi baik oleh fenol maupun
protein. Sedangkan rasio yang lebih dari 2
berarti preparasi DNA telah terkontaminasi
oleh RNA (Fatchiyah et al. 2011).
Berdasarkan hasil dari uji kuantitatif
pada Tabel 1. berupa konsentrasi dan
rasio/kemurnian DNA. Rasio merupakan
nm, dan λ 280 nm dari sampel DNA Genom,
Sedangkan konsentrasi DNA merupakan
jumlah DNA terkandung dari sampel proses
isolasi DNA.
Konsentrasi yang dihasilkan berkisar
antara 15-1520 ug/mL. Konsentrasi paling
kecil terdapat pada nomor 6 (1/5B/kapang)
dan nomor 10 (3/5B/Darah) dengan
konsentrasi 15 ug/mL. konsentrasi paling
besar terdapat pada nomor 2 (dna genom
E.coli 27/9/2019) dan 8 (5B/sawi) dengan
konsentrasi 1465 ug/mL dan 1520 ug/mL.
konsentrasi DNA akan berdampak pada
kualitas fragmen hasil amplifikasi.
Konsentrasi DNA yang terlalu rendah akan
menghasilkan fragmen yang sangat tipis pada
gel atau bahkan tidak terlihat secara visual,
sebaliknya konsentrasi DNA yang terlalu
tinggi akan menyebabkan fragmen terlihat
tebal sehingga sulit dibedakan antara satu
fragmen dengan fragmen lainnya.
Konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi
oleh 2 faktor yaitu kecepatan ekstraksi pada
waktu ekstraksi dan komposisi penambahan
lisis buffer. Faktor kecepatan ekstraksi
merupakan faktor paling berpengaruh karena
pada tahap lisis sel dan presipitasi
pengambilan supernatant harus dilakukan per
sampel, sehingga beberapa sampel terjadi
pengendapan DNA (Harahap, 2017).
Terdapat dua perbandingan rasio, yaitu
rasio perbandingan dengan gelombang
260/230 dan gelombang 260/280. Rasio
dengan gelombang perbandingan 260/230
yang dihasilkan berkisar 0.3-1.6. genom yang
mempunya rasio terbesar pada perbandingan
gelombang 260/230 diraih oleh nomor 3
(M3-A1 (kapang) dengan nilai 1.667,
sedangkan rasio terkecil dimiliki oleh genom
nomor 7 (5B/2K/kapang) dengan nilai 0.313.
Kemudian untuk rasio dengan gelombang
perbandingan 260/280 dihasilkan dengan
nilai berkisar -1.5 – 3. Nilai rasio paling kecil
diraih oleh genom nomor 6 (1/5B/kapang)
dengan nilai -1.5, sedangkan nilai paling
besar diraih oleh genom nomor 10
(3/5B/Darah). DNA yang diperoleh pada
kisaran angka yang dikatakan murni berada
diantara 1,8-1,9. Kemurnian/rasio yang Gambar 1. Hasil Uji Kualitatif DNA
kurang dari 1,8 menunjukkan bahwa
preparasi DNA telah terkontaminasi baik Dalam melakukan uji kualitatif DNA,
oleh fenol maupun protein. Sedangkan rasio metode yang digunakan untuk identifikasi,
yang lebih dari 2 berarti preparasi DNA telah
pemisahan, dan purifikasi fragmen DNA
terkontaminasi oleh RNA (Fatchiyah et al.
2011). Berdasarkan hasil, maka yang tidak adalah menggunakan elektroforesis gel
terkontaminasi fenol, protein ataupun RNA agarosa. Migrasi elektroforesis DNA melalui
ada pada genom nomor 2 dan 8. DNA yang gel agarosa, arus listrik, dan suhu. Molekul
sudah diukur konsentrasinya diencerkan DNA yang bermuatan negatif saat
sehingga mendapatkan konsentrasi yang elektroforesis pada gel agarosa berbanding
seragam untuk digunakan dalam analisis terbalik dengan konsentrasi gelnya. Migrasi
PCR. Selanjutnya dilakukan pengecekan
struktur molekul yang besar akan lebih
kualitas DNA dengan elektroforesis gel
untuk mengetahui tingkat kemurnian DNA lambat dibandingkan struktur molekul yang
dari kontaminan RNA dan keutuhan DNA kecil dalam proses melewati pori-pori gel
hasil isolasi (Syafaruddin et al, 2011). (Fathiyah et al. 2011).
Metode elektroforesis merupakan
Uji Kualitatif DNA teknik yang dapat digunakan untuk
Berdasarkan hasil uji kualintatif
menggambarkan pergerakan molekul-
dengan metode metode elektroforesis
molekul bermuatan dalam medan listrik ke
horizontal gel agarose dihasilkan seperi
arah elektroda dengan muatan berlawanan
gambar dibawah ini.
atau teknik yang didasarkan pada pergerakan
molekul bermuatan dalam media penyangga
di bawah pengaruh medan listrik. Media yang
umum digunakan dalam elektroforesis adalah
gel agarosa, suatu polisakarida yang
diekstraksi dari berbagai jenis ganggang
merah. Elektroforesis gel agaros digunakan
untuk memisahkan fragmen DNA yang
berukuran lebih besar dan dijalankan secara
horizontal.
Proses elektroforesis pada sampel
molekul DNA ditempatkan ke dalam sumur
(well) pada gel yang ditempatkan di dalam
larutan penyangga, kemudian dialirkan listrik
dengan kutub yang terpisah satu sisi dengan
sisi lainnya. Molekul- molekul sampel
tersebut akan bergerak di dalam matriks gel
menuju elektroda positif, disebabkan oleh
muatan negatif alami pada rangka gula-
fosfat yang dimiliki DNA. Gel elektroforesis
yang digunakan sebanyak 1% dan separasi
antar-fragmen DNA saat elektroforesis
dilakukan menggunakan tegangan listrik
sebesar 100 volt selama 30 menit. Dalam uji
kualitatif genom digunakan pewarna
pegGreen yang akan berinteraksi dengan
basa dari molekul DNA dan memberikan
warna yang dapat dilihat di bawah sinar
ultraviolet. Ketika dilihat di bawah sinar
ultraviolet akan terlihat pita-pita (band) pada
lajur-lajur yang berbeda pada gel.
Penggunaan pewarna peqGreen dalam
elektroforesis gel direkomendasikan pada
larutan dengan konsentrasi sebesar 20.000x.
Namun di konsentrasi larutan sebesar
60.000x, dapat menghasilkan visualisasi
fragmen DNA dengan baik tanpa mengurangi
kualitas hasil pengujian (Rifa et al, 2020).
Berdasarkan hasil pengujian
kualitatif DNA pada gambar, didapatkan
visualisasi warna paling jelas pada genom
nomor 2 (dna genom E.coli) dan nomor 8
(5B/sawi). Menurut Hapsari (2012)
konsentrasi yang tinggi akan terlihat pada
visualisasi pita DNA yang lebih jelas. Berarti
jumlah DNA yang terkandung dalam sampel
DNA pada genom nomor 2 dan 8 lebih
banyak daripada sampel DNA lainnya saat
dilakukan uji kualitatif dengan elektroforesis
gel tipe horizontal.
Amplifikasi DNA Dengan Metode PCR
Polymerase Chain Reaction (PCR)
merupakan salah satu metode yang dapat
digunakan untuk memperbanyak DNA suatu
organisme. Metode berbasis PCR seringkali
digunakan di dalam identifikasi organisme,
baik melalui DNA fingerprinting maupun
melalui DNA barcoding (Mahardika, 2015).
Secara teknis perbanyakan DNA dengan
PCR memerlukan tujuh komponen yaitu
template/cetakan DNA yang akan
diperbanyak, enzim DNA polimerase tahan
panas, satu pasang primer, dNTP, kofaktor
MgCl2, larutan penyangga dan air. Metode
konvensional perbanyakan DNA dengan
PCR terdiri dari tiga langkah yang diulang
untuk suatu siklus tertentu. Pertama ada
denaturasi cetakan/template DNA yang
merupakan proses dimana untai ganda
cetakan DNA akan dipisahkan/dipecah
menjadi beberapa untai tunggal DNA
menggunakan suhu tinggi yaitu pada suhu
sekitar 94-95oC. Kemudian proses
annealing/penempelan primer-primer pada
segmen DNA menggunakan suhu spesifik
dimana fragmen DNA akan diperbanyak, dan
terakhir polimerasi pada suhu 72oC yaitu
suhu optimal enzim untuk memanjangkan
primer-primer yang sudah menempel. Secara
umum durasi denaturasi biasanya paling lama
30 detik, durasi annealing sangat bergantung
pada spesifikasi dan panjang primer tetapi
biasanya kurang dari 15 detik dan tidak lebih
lama dari 1 menit, sedangkan durasi
polimerasi sangat ditentukan oleh panjang
fragmen DNA yang dihasilkan dan secara
kasar ditetapkan untuk memperbanyak
fragmen DNA dengan ukuran 1 kb
dibutuhkan durasi 1 menit tergantung pada
jenis enzim polimerase yang digunakan
(Budiarto, 2015). Dari tujuh komponen PCR,
perancangan primer yang baik merupakan
kunci keberhasilan dalam proses amplifikasi
DNA dengan metode PCR.
Dalam amplifikasi DNA, digunakan
Gen 16S rRNA dan Gen ITS. Gen 16S rRNA
merupakan bagian dari prokariot yang
memiliki bagian yang bersifat “terkonsevasi”
(conserved). Gen 16S rRNA memiliki
berbagai keunggulan yaitu berdasarkan
penelitian Dewa et al. (2015), yaitu dapat
melihat kemiripan antar spesies bakteri serta
sangat efektif digunakan karena memiliki
keakuratan yang tinggi dan juga tidak
memakan waktu dalam
pengidentifikasiannya. Gen ITS rDNA
berevolusi lebih cepat dibandingkan daerah
gen lainnya sehingga akan bervariasi pada
setiap spesies. Hal ini akan mempermudah
dalam identifikasi spesies dengan
membandingkan tingkat kemiripan
(homologi) sekuens DNA Gen ITS yang
dimiliki suatu fungi dengan fungi lainnya
(Rahayu et al, 2015). Gen 16S rRNA
digunakan Primer 27F (forward) dan Primer
1492R (reverse). Gen ITS digunakan Primer
ITS5 (forward) dan Primer ITS4 (reverse).
Sepasang primer (forward dan reverse)
merupakan sebuah oligonukleotida yang
pendek dan mempunyai urutan nukleotida
yang sesuai dengan urutan nukleotida DNA
cetakan. Primer berfungsi seabagai pembatas
dari fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi yang memiliki gugus hidroksi
(-OH) pada ujung kelima yang diperlukan
untuk proses extantion.
Hasil amplifikasi DNA kemudian
divisualisasi dengan melakukan
elektroforesis. Digunakan gel agarosa 1%
yang merupakan 0,25 gram dalam 25 mL
Bufer TAE 1x, running buffer TAE 1x
volume 250 ml dan pewarna PeqGreen
DNA/RNA Stain. Hasil amplifikasi DNA di
elektroforesis pada 100 Volt selama 30 menit
kemudian diamati dengan UV
transiluminator. Ukuran DNA hasil PCR
dibandingkan dengan penanda (ladder) untuk
mengetahui panjang DNA sampel. DNA
Ladder yang digunakan adalah Gene Ruller,
dengan panjang berkisar antara 250 – 10000
bp.
Berdasarkan hasil amplifikasi DNA
dengan metode PCR, dihasilkan gambar
visualisasi produk PCR berupa pita DNA
sebagai berikut:
Gambar 2. Hasil Visualisasi Produk PCR
Tabel 3. Kode Sampel PCR
Kode Keterangan
sampel
1 dna genom E.coli 27/9/2019
2 dna genom 3B-E.coli 30/9/2019
3 dna genom E.coli kel.4 30/9/3019
4 dna genom S.thypi
5 dna genom S.thypimurium
6 dna genom B.spizizeni
7 dna genom B.subtilis
8 dna genom E.coli
9 dna genom P.aeruginosa
M DNA Ladder 1 kb
10 dna genom kapang M-13 A1
 11 dna genom tanaman sawi
12 dna genom tanaman sawi (6A)
13 dna genom kapang KSC
14 dna genom kapang 4A/R
Hasil visualisasi DNA genom dari
Transluminator UV membandingkan pita
DNA dengan marker yang digunakan.
Marker pada uji visualisasi DNA berfungsi
untuk mengetahui ukuran DNA dari hasil
amplifikasi. Berat molekul suatu fragmen
DNA dapat diperkirakan dengan
membandingkan laju migrasinya dengan laju
migrasi fragmen DNA marker. Terlihat
bahwa hanya sebagian pita DNA yang
terlihat jelas. Pada kode 1,2 yang merupakan
DNA Genom bakteri Escherichia coli dan 10
yang merupakan DNA Genom Kapang
berhasil mencapai gen target yang
diinginkan. Hasil visualisasi dari amplifikasi
fragmen DNA genom Escherichia coli yang
ditunjukkan memiliki ukuran sekitar 584
pasang basa dan DNA Genom Kapang
memiliki ukuran sekitar 250 pasang basa
(Ismaun et al, 2021).
Keberhasilan amplifikasi ini
dipengaruhi oleh banyak faktor, antara lain
keberhasilan ekstraksi DNA, kemurnian
DNA, komposisi larutan PCR, kondisi reaksi
dan suhu yang digunakan saat proses
annealing atau penempelan primer. Kualitas
pita DNA untuk menentukan konsentrasi
primer optimum dapat dipengaruhi oleh
konsentrasi DNA template dan konsentrasi
primer itu sendiri. Faktor pendukung lain
dalam keberhasilan suatu teknik PCR adalah
pemilihan waktu denaturasi DNA cetakan,
annealing dan ekstensi primer dalam satu
siklus. Pada penelitian ini denaturasi DNA
cetakan dilakukan selama 90 detik, waktu
annealing yang digunakan pada penelitian ini
yaitu 30 detik dan waktu ekstensi primer
yaitu 90 detik, waktu tersebut sesuai untuk
sintesis DNA target, pemilihan waktu
ekstensi primer tergantung pada panjang
fragmen DNA yang diamplifikasi (Sabdono
et al, 2021).
KESIMPULAN
Dalam isolasi DNA dilakukan berbagai
macam pengujian yaitu Isolasi DNA
Kromosomal Bakteri E. coli, Isolasi DNA
Darah (Leukosit) Dengan Metode Salting
Out, Isolasi DNA Tanaman Sawi (Brassica
juncea) Dengan Metode CTAB (Cetyl
Trimethylammonium Bromide), Isolasi DNA
Fungi Dengan Metode Boiling dan
Menggunakan GeneAid Genomic DNA Mini
Kit, Uji Kuantitatif dan Kualitatif DNA, serta
Amplifikasi DNA dengan metode PCR.
isolasi DNA kromosom bakteri terdiri dari 5
tahapan, yaitu: isolasi sel, penghancuran
dinding dan membran sel (lisis sel),
pengekstraksian dalam larutan, pemurnian
DNA (purifikasi), dan pengendapan
(presipitasi). isolasi DNA darah dilakukan
dengan sel darah putih (leukosit) dengan
metode yang digunakan untuk isolasi DNA
leukosit pada praktikum ini yaitu metode
salting out yang merupakan metode prepitasi
protein dengan penambahan garam ke dalam
protein hingga dapat protein yang jenuh.
Pada konsentrasi garam yang tinggi,
kekuatan ion pada garam juga akan semakin
tinggi sehingga garam akan mengikat
molekul air. Isolasi DNA dari tanaman sawi
(Brassica sp) dilakukan dengan metode
CTAB. Untuk mengisolasi DNA dari
tanaman sawi, digunakan daun sawi yang
masih muda. Pemilihan organ daun untuk
isolasi adalah karena lebih mudah untuk
diekstraksi dibandingkan organ lainnya dan
akan menghasilkan pita DNA yang lebih
jelas serta bersih dibandingkan dengan
bagian lainnya. Isolasi DNA fungi dengan
metode boiling. metode boiling merupakan
salah satu metode ekstraksi DNA sederhana
dengan memberikan gangguan fisik terhadap
sel bakeri berupa pemanasan dengan suhu Journal of Animal Science and
tinggi (95-100⁰C). Uji kuantitatif DNA Agronomy Panca Budi. Program Studi
digunakan untuk menentukan konsentrasi
dan kemurnian DNA genom dengan alat Agroekoteknologi Fakultas
spektrofotometer dengan panjang gelombang Pertanian, Universitas Pembangunan
230, 260 dan 280. Dalam melakukan uji
kualitatif DNA, metode yang digunakan Panca Budi, Medan.
untuk identifikasi, pemisahan, dan purifikasi Aristya, G. R., Agriansyah, A., dan Daryono,
fragmen DNA adalah menggunakan
B. S. (2013). Deteksi dan Skrining
elektroforesis gel agarosa. Amplifikasi DNA
dengan metode Polymerase Chain Reaction Pewarisan Sifat Ketahanan Penyakit
(PCR) merupakan salah satu metode yang Powdery Mildew pada Generasi
dapat digunakan untuk memperbanyak DNA
yang terdiri dari tiga langkah yang diulang Backcross Tanaman Melon (Cucumis
untuk suatu siklus tertentu, yaitu proses melo L.) Var. Tacapa. Tesis.
denaturasi, annealing dan extension.
Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada.
DAFTAR PUSTAKA BIO-RAD. (2015). Safety Data Sheet. OSHA
Afif, Rahmat., dan Putrim Hilda. (2019). 16S
HCS.
Rrna Gene Amplification Of
Budiarto, Bugi Ratno. (2015). Polymerase
Endophytic Bacteria Which Produces
Chain Reaction (PCR) :
Antimicrobial Compounds. Bio Sains,
Perkembangan dan Perannya dalam
4(1): 48-53.
Diagnostik Kesehatan. Bogor: Pusat
Ahari, H., Razavilar V., Motalebi A. A..,
Penelitian Bioteknologi LIPI.
Akbari-aderganiB., Kakoolaki S.,
Dewa Gede Agung Widyadnyana, I Dewa
Shahbazadeh D., Anvar A. A., Mooraki
Made Sukrama, dan I Wayan Suardana.
N. (2012). DNA Extraction Using
(2015). Identifikasi Bakteri Asam
Liquid Nitrogen in Staphylococcus
Laktat Isolat 9A dari Kolon Sapi Bali
aureus. Iranian Journal of Fisheries
sebagai Probiotik melalui
Sciences. 11(4): 926- 929.
Analisis Gen 16S rRNA. JS. 33 (2):
Aisyah, Riandini, Nur Mahmudah, dan Erika
228-233.
Diana Risanti. (2019). Biologi
Ekawasti, Fitrine., Yuniarto., dan Subekti.
Molekuler. Surakarta: Muhammadiyah
(2015). Profil Protein Trypanosoma
University Press.
evansi Isolat S371 pada Elektroforesis
Ariani Syahfitri Harahap. (2017). Uji
dengan Reduksi dan Non-reduksi
Kualitas dan Kuantitas DNA Beberapa
Ikatan Disulfida. Prosiding Seminar
Populasi Pohon Kapur Sumatera,
 Nasional Teknologi Peternakan dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada
Veteriner,1(1): 688-694. Staphylococcus aureus dan Shigella
Ernawati., Puspitaningrum, D., dan dysentriae. LenteraBio Vol. 4(1): 87-
Pravitasari, A. (2014). Implementasi 92.
Algoritma Smith-Waterman P Ada Gea, Putri. (2020). Ekstraksi Dan Amplifikasi
Local Alignment Dalam Pencarian DNA Raru Cotylelobium melanoxylon
Kesamaan Pensejajaran Barisan DNA. Pierre Dan Cotylelobium lanceolatum
Jurnal Pseudocodei, 1(2): 170-177. Craib. Skripsi. Medan: Fakultas
Fatchiyah, 2011. Pelatihan analisis Kehutanan, Universitas Sumatera
fingerprinting DNA tanaman dengan Utara
metode RAPD. Modul. Laboratorium Hapsari, Rizqi. (2012). Uji Kuantitatif Dan
sentral ilmu hayati Universitas Kualitatif DNA Pule Pandak
Brawijaya, Malang. (Rauvolfia serpentine L.). Skripsi.
Factiyah, E. L. A., Rumingtyas, S., Widyarti, Surakarta: Fakultas Pertanian
S., dan Rahayu. (2011). Biologi Universitas Sebelas Maret.
Molekuler. Jakarta: Erlangga. Harca, N. N, Mubarik N. R, Wahyudi, A. T.
Feranisa, Anggun. (2016). Komparasi Antara (2014). Isolation and identification of
Polymerase Chain Reaction (PCR) nitrogen fixing and indole acetic acid
Dan Loop-Mediated Isothermal producing bacteria from oil plantation
Amplification (LAMP) Dalam in Jambi, Indonesia. J Int Environ Appl
Diagnosis Molekuler. ODONTO Sci. 9(4):147–154.
Dental Journal, 3(2): 145-151. Hariyadi, S., Narulita, E., dan Rais, M, A.
Ferniah, Rejeki Siti dan Pujiyanto, Sri. (2018). Perbandingan Metode Lisis
(2013). Optimasi Isolasi DNA Cabai Jaringan Hewan Dalam Proses Isolasi
(Capsicum annuum L.) Berdasar DNA Genom Pada Organ Liver Tikus
Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Putih (Rattus norvegicus). Proceeding
Daun serta Teknik Penggerusan. Biology Education Conference, 15(1):
BIOMA, 156(1): 14-19. 689-692.
Fitria, Riya Tyas, Muslimin Ibrahim, dan Hartawan, I. G. N. B. A., Arsa, M., Ariati, N.
Lisa Lisdiana. (2015). Keefektifan K., dan Wirajana, I. N. (2015). Isolasi
Metode Isolasi DNA Kit dan DNA Metagenomik Dari Madu
 Dengan Dan Tanpa Pengayaan Media Kit, Y. S, dan Chandran, S. (2010). A simple,
LB (Luria-Bertani). Jurnal Kimia, rapid and efficient method of isolating
9(2): 189-195. DNA from Chokanan Mango
Hidayati dan Aulawi, Tahrir. (2016). Uji (Mangifera indica L.). African Journal
Kualitatif Dan Kuantitatif Hasil Isolasi of Biotech, 9(36): 5805-5 808.
DNA Berasal Dari Darah, Feces Dan Kusnadi, Joni dan Estri Laras Arumingtyas.
Urine Pada Ternak Sapi, Kerbau Dan (2020). Polymerase Chain Reaction
Kambing. Pekanbaru: Lembaga (PCR): Teknik dan Fungsi. Malang:
Penelitian dan Pengembangan UB Press.
Masyarakay UIN Sultan Syarif Kasim. Liana, Habibah Askur. (2017). Isolasi DNA
Iqbal, M., Buwono, I. B., dan Kurniawati, N. Chlorella sp. Dengan Metode CTAB
(2016). Analisis Perbandingan Metode Dan Identifikasi Sikuen 18s rDNA.
Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Skripsi. Malang: Fakultas Sains Dan
Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Teknologi, Universitas Islam Negeri
Vaname (Litopenaeus vannamei). Maulana Malik Ibrahim.
Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1): 54- Mahardika, Ni Putu Dian Pertiwi dan Ni Luh
65. Watiniasih. (2015). Optimasi
Ismaun, Muzuni, dan Nur Hikmah. (2021). Amplifikasi DNA Menggunakan
Deteksi Molekuler Bakteri Metode PCR (Polymerase Chain
Escherichiacoli Sebagai Reaction) Pada Ikan Karang Anggota
Penyebab Penyakit Diare dengan Famili Pseudochromidae (Dottyback)
menggunakan Tehnik PCR, Jurnal Untuk Identifikasi Spesies Secara
Biologi. Jurusan Biologi, Molekular, Jurnal Biologi.
Fakultas MIPA, Universitas Jurusan Biologi, Fakultas Matematika
Hasanuddin. dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Kamaliah. (2017). Perbandingan Metode Universitas Udayana, Kampus
Ekstraksi DNA Phenol-Chloroform Bukit Jimbaran Bali.
Dan Kit Extraction Pada Sapi Aceh Murtiyaningsih, Hidayah. (2017). Isolasi
Dan Sapi Madura. Jurnal Biotik, 5(1): DNA Genom Dan Identifikasi
60-65. Kekerabatan Genetik Nanas
Menggunakan RAPD (Random
 Amplified Apolimorfic DNA). Agritrop, Pengetahuan Alam, Universitas Islam
15(1): 83-93. Indonesia, Yogyakarta.
Nugroho, Endik Deni dan Dwi Anggorowati Rifa, Fadriani Nafisah., Djuminar Ai,
Rahayu. (2018). Pengantar Merdekawati Fusvita dan Ilmi Sufa
Bioteknologi (Teori dan Aplikasi). Hafizah. (2020). Gambaran
Yogyakarta: Deepublish. Berbagai Pewarna DNA dalam
Pertiwi, N. P. D., Mahardika, I. G. N. K., dan Mewarnai DNA Hasil Elektroforesis
Watiniasih, N. L. (2015). Optimasi pada Gel Agarose, Jurnal.
Amplifikasi DNA Menggunakan Politeknik Kesehatan Kemenkes
Metode PCR (Polymerase Chain Bandung.
Reaction) Pada Ikan Karang Anggota Rizko, N., Kusumaningrum, H.P., Ferniah,
Famili Pseudochromidae R.S., Pujiyanto, S., Erfianti, T.,
(DOTTYVACK) Untuk Identifikasi Mawarni, S.N., Rahayu, H.T., dan
Spesies Secara Molekular. Jurnal Khairunnisa, D. (2020). Isolasi DNA
Biologi, 19(2):1-5. Daun Jeruk Bali Merah (Citrus maxima
Prayitno, E., dan Nuryandani, E. (2011). Merr.) Dengan Modifikasi Metode
Optimization of DNA extraction of DoyleI And Doyle. Berrkala
physic nut (Jatropha curcas) by Bioteknologi, 3(2): 6-12.
selecting the appropriate leaf. , 3(1): 1- Sabdono, Agus., Mada Triandala Sibero, dan
6. Stefanie Jessica Henny Larasati.
Puspitaningrum, R., Adhiyanto, C., dan (2021). Identifikasi Molekuler
Solihin. (2018). Genetika Molekuler Kapang Asosiasi Spons menggunakan
dan Aplikasinya. Jakarta: UIN Syarif Metode DNA Barcoding, Jurnal
Hidayatullah Jakarta. Shahzadi, I., Ahmed, R., Hassan, A., & Shah,
Putri, Royan Zahara. (2020). Optimalisasi M. M. (2010). Optimization of DNA
Amplifikasi DNA Menggunakan extraction from seeds and fresh leaf
Metode Polymerase Chain Reaction tissues of wild marigold (Tagetes
(PCR) Untuk Karakterisasi Gen Light minuta) for polymerase chain reaction
Chain (LC) Trastuzumab Dalam analysis. Genetics and molecular
Sel Chinese Hamster Ovary (CHO). research : GMR, 9(1): 386–393.
Skripsi. Fakultas Matematika dan Ilmu
Shen, Chang-Hui. (2019). Diagnostic Soesilawati, Pratiwi. (2020). Imunogenetik
Molecular Biology. United Kingdom: Karies Gigi. Jakarta: Airlangga
Elsevie Academic Press. University Press.
Sirait, R., Mahadi, I., dan Suryawati, E. Utami Annisa, Riani Meryalita, Nur Aeny
(2018). Isolasi DNA Tumbuhan Lokal Prihatin, Laksmi Ambarsari, Popi Asri
Melayu Riau Sebagai Rancangan Kurniatin, dan Waras Nurcholis.
LKPD Berbasis Pendekatan Saintifik (2012). Variasi Metode Isolasi DNA
Pada Materi Genetik SMA Kelas XII. Daun Temulawak (Curcuma
Jurnal Online Mahasiswa FKIP, 5(2): xanthorrhiza Roxb.). Prosiding
1-14. Seminar Nasional Kimia Unesa 2012:
C205-214.
Sjafaraenan, Handayani Lolodatu, Eva
Yanti, A. (2017). Uji Autentifikasi Daging
Johannes, Rosana Agus, dan Arfan
Kambing Terhadap Cemaran Daging
Sabran. (2018). Profil DNA Gen
Babi Menggunakan Real-Time PCR
Follice Stimulating Hormone Reseptor
(Polymerace Chain Reaction). Skripsi.
(FSHR) Pada Wanita Akne Dengan
Jakarta: Fakultas Kedokteran dan Ilmu
Teknik PCR dan Sekuensing DNA.
Kesehatan UIN Jakarta.
Jurnal Biologi Makassar Vol. 3(1): 1-
Yuwanda, Alhara, Dewi Rahmawati, dan
11.
Rizky Farmasita. (2021). Sistem
Syafrruddin, Enny Randriani, dan Tri Joko Penghantaran Obat dan Pentargetan
Santoso. (2011). Efektivitas dan Sediaan Nanopartikel dan
Efisiensi Teknik Isolasi dan Purifikasi Penghantaranya. Bandung: Media
DNA Pada Jambu Mete. Buletin Sains Indonesia.
RISTRI Vol. 2(2): 151-160.