ISOLASI DNA TANAMAN, DETEKSI DNA HASIL ISOLASI PCR (Polimerase Chain

Reaction) Dan ELEKTROFORESIS HASIL PCR (Polimerase Chain Reaction)

Ervin Ade Prasetyo

201710200311099
ervinade0@gmail.com

Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertania-Peternakan, Universitas Muhammadiyah Malang (University

of Muhammadiyah Malang), Jl. Raya Tlogomas No. 246, Malang, Jawa Timur, Indonesia

ABSTRAK
Optimasi isolasi DNA masih perlu dilakukan pada setiap tahapan proses isolasi DNA, yaitu tahap
pelisisan sel, ekstraksi DNA, dan pemurnian DNA. Proses isolasi DNA yang optimal akan mendapatkan DNA
dalam jumlah dan kualitas yang cukup baik. Analisis DNA dimulai dengan melakukan ekstraksi DNA total dari
tanaman Kacang panjang. Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB (cetyl trimethylammonium bromide),
tahap ekstraksi meliputi lisis sel, presipitasi dan purifikasi. Bagian tanaman yang diambil adalah bagian daun
yang masih muda. Alasan digunakan organ daun dari tanaman karena bagian ini lebih mudah di ekstrak secara
teknik dari pada bagian tanaman yang lainnya. Analisis DNA dimulai dengan melakukan ekstraksi DNA total
dari tanaman Kacang panjang. Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB (cetyl trimethylammonium
bromide), tahap ekstraksi meliputi lisis sel, presipitasi dan purifikasi. Bagian tanaman yang diambil adalah
bagian daun yang masih muda. Alasan digunakan organ daun dari tanaman karena bagian ini lebih mudah di
ekstrak secara teknik dari pada bagian tanaman yang lainnya. Selain itu isolasi DNA dengan menggunakan
metode CTAB, bagian daun menghasilkan pita DNA yang lebih jelas dan bersih dibandingkan dengan bagian
biji. PCR merupakan teknik amplifikasi DNA yang dapat digunakan sebagai metode identifikasi dalam
diagnosis molekuler. Dari hasil Praktikum dapat dilihat bahwa besaran konsentrasi DNA dari spektrophotometer
dan elektroforesis memiliki besaran yang berbeda disebabkan karena semua molekul- molekul terbaca melalui
spektrophotometer seperti RNA, protein dan DNA yang rusak atau sering disebut dengan kotoran sedangkan
pada elektroforesis dapat dibedakan antara DNA, kotoran, dan RNAnya.

Kata Kunci: CTAB (cetyl trimethylammonium bromide), Isolasi DNA, dan PCR

PENDAHULUAN

Saat ini perkembangan bioteknologi molekμler cukup pesat. Besarnya database

sequence biologi seperti DNA, RNA dan rangkaian protein tentu memerlukan sistem
penggalian data yang tepat dan terotomatisasi sehingga dapat mengurangi biaya penelitian.
tahapan atau perlakuan yang terlalu panjang dan terlalu kompleks sering meningkatkan resiko
kegagalan, terutama bagi pemμla. Tahapan atau perlakuan dalam ekstraksi DNA juga
dipengaruhi asal sel/jaringan target. (Hairuddin, 2013). DNA terdiri atas bagian yang
mengkode genetik (ekson), bagian yang tidak mengkode genetik (intron) dan bagian yang
mengatur regulasi genetik. Karena fungsinya yang membawa informasi genetik, DNA sangat
berguna dalam identifikasi penyakit infeksius, kanker, kelainan genetik (Yuwono, 2008).
Isolasi DNA genom merupakan langkah awal dan sangat menentukan dalam studi
genetika dan molekuler suatu spesies. Proses tersebut membutuhkan preparasi sampel untuk
mendapatkan DNA dengan kualitas yang baik karena akan digunakan untuk berbagai analisis

1
molekuler maupun manipulasi genetik. Analisis genom dilakukan untuk berbagai sampel dan
untuk tiap sampel dibutuhkan optimasi agar diperoleh DNA yang baik dalam jumlah besar.
Isolasi atau pengambilan DNA dari makhluk hidup terbagi atas beberapa tahapan yaitu
penghancuran sel, penghilangan RNA dan protein serta pemurnian dan pengendapan DNA
(Sambrook et al, 1989).
Sel tanaman dilindungi oleh membran sel dan dinding sel yang kuat. Membran sel
terdiri dari ikatan antara protein dan lemak, sedangkan dinding sel tersusun atas polisakarida.
Dinding sel dan membran sel harus dipecah untuk mengeluarkan DNA dari dalam sel.
Penghancuran sel dapat dilakukan dengan cara mekanik, kimiawi dan enzimatik. Proses
penghancuran sel dipengaruhi oleh jumlah bahan (kuantitas), kondisi bahan (kualitas), dan
proses penghancuran itu sendiri. (Ferniah dan Pujiyanto, 2013). Variasi teknik penggerusan
dilakukan terhadap daun yang telah disimpan. Perlakuan penggerusan dapat dilakukan di
dalam tabung mikrotube dan dapat dilakukan penggerusan di dalam mortar. (Shahzadi dkk.
2010).
Salah satu teknik identifikasi molekuler yang dapat digunakan sebagai sarana diagnosis
penyakit adalah teknik amplifikasi DNA. Teknik ini mampu melipatnggandakan untai DNA
sampel sehingga dapat dianalisis dengan lebih jelas. Sejak awal ditemukannya, teknik
amplifikasi DNA yang digunakan adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Teknik PCR
dinilai memiliki cukup banyak keunggulan dalam mendiagnosis penyakit, namun teknik ini
juga memiliki beberapa kekurangan. Oleh karena itu, beberapa peneliti mengeksplorasi teknik
amplifikasi DNA lebih lanjut (Hoff, 2006). PCR atau reaksi berantai polimerase adalah suatu
metode enzimatis dalam bidang biologi molekuler yang bertujuan untuk melipatgandakan
secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan jumlah kelipatan ribuan hingga
jutaan salinan secara in vitro. Ketika awal perkembangannya, metode ini hanya digunakan
sebagai metode untuk melipatgandakan DNA. Kemudian, metode ini dikembangkan untuk
melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA (Yuwono, 2008).
Tujuan dari praktikum isolasi DNA tanaman memberikan pengetahuan kepada
mahasiswa tentang teknik untuk memilih dan menyimpan materi yang akan dipergunakan
dalam proses isolasi DNA. Tujuan dari praktikum deteksi DNA hasil isolasi PCR agra
mahasiswa mampu melakukan perkiraan konsentrasi DNA hasil Isolasi jaringan tanaman.
Tujuan dari elektroforesis hasil PCR memberikan pengetahuan kepada mahasiswa tentang
dasar-dasar proses atau reaksi PCR dan mampu melaksanakan prosedur analisis PCR dengan
benar.
BAHAN DAN METODE

ISOLASI DNA
Tempat dan Waktu
Waktu dan Tempat Pelaksanaa praktikum dilakukan pada tanggal Kamis, 10 April
2019 berlokasi di Laboraturium Mikrobiologi Universitas Muhammadiyah Malang.
Alat dan Bahan

2
 Alat yang digunakan dalam praktikum adalah vorteks, mini centrifuge, tabung ependorf
1.5 ml, pipet, tip berbagai ukuran, mikropipet, box tempat menyimpan es, freezer, pinset,
vacum, gunting, waterbath, mortar-martir dan tissue.
Bahan yang digunakan adalah daunn turi, buffer lisis (0.2 M TrisCl pH 7.5; 0.05M
EDTA pH 8.0; 2M NaCl; 2% CTAB), buffer ekstraksi (0.35M Sorbitol; 0.1M Tris-Cl pH 7.5
mM EDTA; dH2O), buffer isolasi DNA (campuran buffer lisis:buffer ekstraksi=3:5),
Chloroform:Isoamyl alcohol=24:1, Nitrogen cair, ethaonol 700%, isllropanol, dH2O, dan
kantung plastik, hand scon dan masker.
DETEKSI DNA HASIL PCR
Tempat dan Waktu
Waktu dan Tempat Pelaksanaa praktikum dilakukan pada tanggal Kamis, 25 April
2019 berlokasi di Laboraturium Mikrobiologi Universitas Muhammadiyah Malang.
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan adalah microwave oven, elektroforesis apparatus, power suplay,
flask, comb/sisir elektroforesis, gelas ukur, spatula, hot plate dan magnrtic stirer, pH meter,
box plastik, gelas beaker, tabung eppendorf, mikropipet dengan berbagai ukuran, tip, tube
dan timer.
Bahan yang digunakan adalah 1x buffer Tris Boric acid (TBE Buffer), ethudium
bromide, bromophenol blue, sucrose, agarose, molecular weight marker, sampel DNA produk
PCR dan dH2O.
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Tempat dan Waktu
Waktu dan Tempat Pelaksanaa praktikum dilakukan pada tanggal Kamis, 2 Mei 2019
berlokasi di Laboraturium Mikrobiologi Universitas Muhammadiyah Malang.
Bahan dan alat
Alat yang digunakan adalah mesin PCR, mikropipet, Tip, tabung eppendorf, tabung
PCR, vortex, centrifuge, tube PCR dan kotak PCR.
Bahan yang digunakan adalah PCR mix (dNTP, buffer, taq polimerase dll), promer 10
basa (primer operon), misalkan OPA, OPF, OPE, OPB (dan lain-lain menyesuaikan) dan DNA
template (DNA tanaman yang telah diisolasi).

ELEKTROFORESIS
Tempat dan Waktu
Waktu dan Tempat Pelaksanaa praktikum dilakukan pada tanggal Sabtu 9 Mei 2019
berlokasi di Laboraturium Mikrobiologi Universitas Muhammadiyah Malang.
Bahan dan alat
Alat yang digunakan adalah electrophoresis apparatus, tabung eppendorf, mikropipet,

3
alat pemotret gel, centrifuge, power supply, combs/sisir, microwave, tip dan flask.
Bahan yang digunakan adalah EtBr, DNA, (phage lamda) dengan kosentrasi yang
berbeda, yang dularutkan dalam air atau 1X TE, gel-loading buffer, TBE, agarose dan dH2O.
TAHAPAN PELAKSANAAN
ISOLASI DNA
Metode yang dilakukan dalam praktikum ini adalah menyiapkan alat dan bahan.
Sebelum berlangsungnya proses isolasi, tabung eppendorf 1.5 ml didinginkan didalam es.
Ambil daun sebanyak 0.5 gram. Hancurkan dengan mortar dengan bantuan nitrogen cair
secukupnya. Tampung daun yang telah dihaluskan kedalam tabung 1.5 ml daun telah halus
sebanyak 0.1 ml. Tambahkan buffer isolasi DNA sebanyak 500 ml. Suspensi vorteks sampau
tercampur rata, kemudian inkubasi selama 1 jam 0ada suhu 65°. Tambahkan 750
ulclhoroform: isoamil alkohol. Homogenkan dengan vorteks selama 5 detik. Sentrifuge sampel
pada kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit, 4° C (pada saat melakukan sentrifuge, berat
sampel yang digunakan harus seimbang). Pindahkan fasa atas kedalam tabing 1.5 ml yang
baru., jaangan sampai endapan terbawa. Tambahkan isopropanol dingin sebanyak 500 ml.
Vorteks perlahan sentrifuge sampel pada kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit pada suhu
4°C. Buang supernatan. Keringkan pellet. Larutkan dalam 50 ul TE dan DNA disimpan pada
suhu -20°C.
DETEKSI DNA HASIL PCR
Metode yang dilakukan dalam praktikum ini adalah nyalakan power suplay, kondisi
elektroforesis adalah 60 ma. Proses elektroforesis berlangsung lebih kurang 75 menit. Setelah
proses elektoforesis selesai, angkat gel dari apparatus. Cuci gel dengan air selama 15 menit
untuk menghilangkan kelebihan ethidium bromide pada gel, buang air dan cuci kembali
dengan air bersih kemudian gel agarose telah siap diamati dan diambil fotonya.
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Metode yang dilakukan dalam praktikum ini adalah memasukkan DNA 3 ul kedalam
lubang gel. Setting alat 20 volt (selama 30 menit). Rendam gel dalam EtBr selama 10 menit.
Bilas gel dengan air mengalir selama 2 kali dan dokumentasikan.
ELEKTROFORESIS
Metode yang dilakukan dalam praktikum ini adalah nyalakan power supply. Kondisi
elektroforesis adalah 60 mA. Setelah elektroforesis selesai, angkat gell dari apparatus.
Rendamlah gell agarose dalam larutan ethidium bromide pada box plastik. Letakan box ppada
shaker selama 20 menit. Setelah selesai, keluarkan gell dari box. Cuci gel dengan air selama 15
menit untuk menghilangkan kelebihan ethidium bromide pada gel, buang air, cuci kembali
dengan air bersih. Gel agatose telah sial diamati/diambil photonya. Kosentrasi DNA
diperkirakan dengan membandingkn intensitas pita yang ditampilkan oleh lamda DNA dari
masing-asing kosentrasi yang telah diketahui dengan samp DNA yang telah diuji.

4
HASIL DAN PEMBAHASAN
ISOLASI DNA
No Daun Kuantitatif
Sampel Kemurnian DNA Konsentrasi DNA µg / ml
Daun Turi
096/099 (Sesbania 1,5 6.100
grandiflora)
Daun Buncis
098/103 (Phaseoulus 1,1 4.350
vulgaris)
Daun Indigofera
101/104 (Indigofera 1,5 2.525
zollingeriana)
Daun Kacang
107/106 Panjang (Vigna 1,5 4.675
cylindrica L.)

112/110 Daun Lamtoro 0,8 6.200

(Leucaena
leucocephala L.)
Daun Sentro
131/130 (Centrosema 1,3 937,5
pubescens)Kemur

Berdasarkan hasil praktikum isolasi DNA yang dilakukan dengan menggunakan daun
Turi dan bantuan Nitrogen cair.

Gambar 1. Hasil isolasi DNA, proses awal menghasilkan supernatant

Optimasi isolasi DNA masih perlu dilakukan pada setiap tahapan proses isolasi DNA,
yaitu tahap pelisisan sel, ekstraksi DNA, dan pemurnian DNA. Proses isolasi DNA yang
optimal akan mendapatkan DNA dalam jumlah dan kualitas yang cukup baik, sehingga dapat
digunakan untuk berbagai analisis molekuler. Isolasi DNA dari daun tanaman turi dapat
dioptimasi dengan cara sebagai berikut: Perlakuan pendinginan daun pada suhu - 20oC selama
semalam sebelum penggerusan, Massa daun cukup 0,1 g sebagai bahan isolasi DNA dari daun
tanaman turi, dan Penggerusan daun dilakukan dalam mortar. (Ferniah dan Pujiyanto, 2013).
Prosedur isolasi DNA tanaman umumnya menyarankan penggunaan nitrogen cair
selama penggerusan sampel jaringan tanaman. Nitrogen cair berfungsi membekukan jaringan

5
 sehingga lebih mudah dalam pengerusan. Nitrogen cair jarang digunakan di negara
berkembang karena harganya mahal serta membutuhkan ruang berpendingin dan tanki khusus
untuk penyimpanan. Berdasarkan penelitian, penggunaan nitrogen cair tidak berpengaruh
nyata terhadap hasil isolasi DNA, sehingga penggunaan nitrogen cair tidak mutlak dilakukan
(Ferniah dan Pujiyanto, 2013).
Pelisisan sel pada proses isolasi DNA tanaman pada umumnya diawali dengan
penggerusan, merupakan pelisisan sel secara mekanik untuk menghancurkan dinding sel dan
membran sel yang melindungi sel-sel tanaman. Keberhasilan dalam penggerusan menentukan
proses pelisisan secara kimiawi dan enzimatis, dan selanjutnya menentukan hasil perolehan
DNA. Penggerusan umumnya dilakukan dengan mortar dan pestel, namun jurnal terbaru
tentang isolasi DNA dari daun tanaman kenikir hias (Tagetes minuta) menyarankan
penggerusan dilakukan dalam mikrotube (Shahzadi dkk., 2010).
DETEKSI DNA HASIL PCR
Berdasarkan hasil praktikum deteksi hasil DNA hasil PCR didapatkan dokumentasi
yang ditandai dengan ketidak adannya pelet.

Gambar 2. Hasil Pemisahan supernatant

Berdasarkan praktikum yang dilakukan, bisa dilihat bahwa analisis DNA dimulai
dengan melakukan ekstraksi DNA total dari tanaman Kacang panjang. Ekstraksi DNA
menggunakan metode CTAB (cetyl trimethylammonium bromide), tahap ekstraksi meliputi
lisis sel, presipitasi dan purifikasi. Bagian tanaman yang diambil adalah bagian daun yang
masih muda. Alasan digunakan organ daun dari tanaman karena bagian ini lebih mudah di
ekstrak secara teknik dari pada bagian tanaman yang lainnya seperti akar, batang dan biji.
Selain itu isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB, bagian daun menghasilkan pita
DNA yang lebih jelas dan bersih dibandingkan dengan bagian biji. Hasil konsentrasi dan
kemurnian DNA dengan pengukuran spektrofotometer (Utami, A, R. Meryalita, NA. dkk.
2012).
Proses ekstraksi DNA mengikuti protokol. Pengujian kualitas dan kuantitas DNA
dapat di lakukan dengan tehnik elektroforesis menggunakan gel agarose, Pengenceran total
DNA menjadi larutan stock kerja PCR, proses Amplifikasi DNA melalui Teknik PCR, proses
Casting Gel dan analisis data dilakukan berdasarkan hasil skoring pola pita DNA yang muncul
pada plate (George dan Regalado , 2004). Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang
meliputi tahap denaturasi, pemisahan kedua untai DNA pada temperatur tinggi. DNA akan
terdenaturasi pada temperatur 90 hingga 97 ºC. Pada teknik PCR, denaturasi optimum terjadi
pada temperatur 95ºC selama 30 detik; annealing, tahap penempelan primer pada pita DNA
yang sesuai, pada suhu 55 hingga 60ºC selama 30 detik; dan ekstensi oleh enzim DNA
polimerase pada suhu 72ºC dalam waktu yang disesuaikan dengan panjang atau pendeknya
ukuran DNA yang diharapkan sebagai produk amplifikasi11. Umumnya, waktu yang

6
digunakan untuk ekstensi DNA pada PCR yaitu 2 – 3 menit (Joshi and Deshpande, 2010) .
ELEKTROFORESIS
Berdasarkan hasil praktikum dengan elektroforesis untuk menguji kemurnian DNA
dapat dilihat pada hasil absorbansi kelompok Iberikut:
1. 260= 0,488
2. 280= 0,323
Ket: Blangko
1. 260= 0,825
2. 280= 0,515

Gambar 3. Hasil elektroforesis yang diambil menggunakan gel doc.

Komalasari (2009) menyatakan bahwa konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi

oleh 2 faktor yaitu kecepatan ekstraksi pada waktu ekstraksi dan komposisi penambahan lisis
buffer. Faktor kecepatan ekstraksi merupakan faktor paling berpengaruh karena pada tahap
lisis sel dan presipitasi pengambilan supernatan harus dilakukan persampel, sehingga beberapa
sampel terjadi pengendapan DNA. Pengukuran dengan menggunakan spektofometer juga
dapat digunakan untuk mengetahui kemurnian DNA hasil ekstraksi. Tingkat kemurnian dapat
ditentukan dengan cara menghitung rasio antara nilai 260 nm dan 280 nm pada sampel DNA.
Nilai 260 nm merupakan nilai maksimal DNA dapat menyerap cahaya, nilai tersebut dapat
digunakan untuk memperkirakan konsentrasi DNA, sedangkan nilai 280 merupakan nilai
maksimal residu protein dapat menyerap cahaya. menunjukkan adanya kontaminan senyawa
berat molekul kecil misalnya RNA, sehingga diperlukan adanya purifikasi dengan RNAse.
DNA yang tidak murni disebabkan juga oleh adanya sisa-sisa etanol pada saat pengeringan
yang tidak sempurna. Faktor lain yang menyebabkan DNA tidak murni adalah adanya sisa
kandungan metabolit sekunder pada organ tanaman yang diekstrak (Gil L.A. 2007).
Dari hasil Praktikum dapat dilihat bahwa besaran konsentrasi DNA dari
spektrophotometer dan elektroforesis memiliki besaran yang berbeda disebabkan karena
semua molekul- molekul terbaca melalui spektrophotometer seperti RNA, protein dan DNA
yang rusak atau sering disebut dengan kotoran sedangkan pada elektroforesis dapat dibedakan
antara DNA, kotoran, dan RNAnya. Sedangkan estimasi total DNA melalui elektroforesis
hanya DNA murni yang dibandingkan dengan lambda DNA. (Hairuddin, 2013).
Keberhasilan amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR tidak hanya dipengaruhi oleh
desain primer. Namun, keberhasilan amplifikasi juga ditentukan oleh metode ekstraksi DNA
yang digunakan. (Murphy et al., 2002). Lemak dan protein merupakan faktor penghambat PCR
(Nooratiny et al., 2013). Lemak dan protein dapat menghambat kerja enzim polimerase.
Visualisasi pita DNA tunggal dan tidak diduga dipengaruhi oleh metode ekstraksi DNA yang

7
digunakan. Selain itu, fragmen DNA yang dihasilkan pada gen menunjukkan warna pita DNA
yang kurang terang. Hal ini kemungkinan karena masih terdapat protein di dalam sampel.
Ekstraksi DNA menggunakan metode gel loading doc. menghasilkan pita DNA yang kurang
terang dan tidak utuh (Usman et al., 2014)
KESIMPULAN

Optimasi isolasi DNA masih perlu dilakukan pada setiap tahapan proses isolasi DNA,
yaitu tahap pelisisan sel, ekstraksi DNA, dan pemurnian DNA. Proses isolasi DNA yang
optimal akan mendapatkan DNA dalam jumlah dan kualitas yang cukup baik, sehingga dapat
digunakan untuk berbagai analisis molekuler.
Analisis DNA dimulai dengan melakukan ekstraksi DNA total dari tanaman Kacang
panjang. Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB (cetyl trimethylammonium bromide),
tahap ekstraksi meliputi lisis sel, presipitasi dan purifikasi. Bagian tanaman yang diambil
adalah bagian daun yang masih muda. Alasan digunakan organ daun dari tanaman karena
bagian ini lebih mudah di ekstrak secara teknik dari pada bagian tanaman yang lainnya
seperti akar, batang dan biji. Selain itu isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB,
bagian daun menghasilkan pita DNA yang lebih jelas dan bersih dibandingkan dengan bagian
biji.
PCR merupakan teknik amplifikasi DNA yang dapat digunakan sebagai metode
identifikasi dalam diagnosis molekuler. PCR memiliki kelebihan dan kekurangan. PCR dapat
digunakan sebagai alternatif diagnosis molekuler yang lebih sensitif, efisien, dan murah untuk
mengidentifikasi penyakit infeksius dan patogennya. Dari hasil Praktikum dapat dilihat bahwa
besaran konsentrasi DNA dari spektrophotometer dan elektroforesis memiliki besaran yang
berbeda disebabkan karena semua molekul- molekul terbaca melalui spektrophotometer seperti
RNA, protein dan DNA yang rusak atau sering disebut dengan kotoran sedangkan pada
elektroforesis dapat dibedakan antara DNA, kotoran, dan RNAnya. Sedangkan estimasi total
DNA melalui elektroforesis hanya DNA murni yang dibandingkan dengan lambda DNA.

DAFTAR PUSTAKA
Ferniah S R., dan Pujiyanto S .2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum annuum L.)
Berdasar Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun serta Teknik Penggerusan.
BIOMA. ISSN: 1410-8801 Vol.156, No. 1, Hal. 14-19
George M.L.C. dan E.S. Regalado. 2004. Buku Panduan Laboratorium: Lokakarya Teknik
Dasar Molekuler untuk Pemμliaan Tanaman. Balai Penelitian dan Pengembangan
Penelitian. Bogor.
Gil L.A. 2007. PCR-based methods for fish and fishery products authentication. J Food science
and Technology 18:558-56
Hairuddin R. 2013. Isolasi Dna Dan Amplifikasi, (Pcr) Genom Dna Kopi (Coffea Sp ) Melalui
Proses Elektroforesis Gel Poliakrilamid. Jurnal Dinamika. Halaman 43 - 48 ISSN
2087 - 7889 Vol. 04. No. 1

8
 Hoff M. 2006. DNA amplification and detection made simple (relatively). PLoS Biol. 4
(7):e222.
Joshi M, Deshpande JD. 2010. Polymerase Chain Reaction : Methods , Pr. Int J Biomed Res
[Internet]. 1(5):81–97. Available from: www.ssjournals. com
Murphy, M.A., Shariflou, M.R., and Moran, C. 2002. High Quality Genomic DNA
Extraction from Large Milk Samples. Journal of Dairy Research 69: 645-649.
Nooratiny, I., Sahilah, A.M., Alif Alfie, A. R., and Farouk, M. Y. 2013. DNA Extraction
From Ghee and Beef Species Identification Using Polymerase Chain Reaction (PCR)
Assay. International Food Research Journal 20(5): 2959-2961.
Sambrook J, EF.Fritsch and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning, A Laboratory Manual.
Second Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Shahzadi, I, R. Ahmed, A. Hassan and MM. Shah. 2010. Optimization of DNA extraction
from seeds and fresh leaf tissues of wild marigold (Tagetes minuta) for polymerase
chain reaction analysis. Genet. Mol. Res. 9 (1).
Usman, T., Yu, Y., Liu, C., Fan, Z., and Wang, Y. 2014. Comparison of Methods for High
Quantity and Quality Genomic DNA Extraction from Raw Cow Milk. Genetics and
Molecular Research 13 (2): 3319-3328.
Utami, A, R. Meryalita, NA. Prihatin, L. Ambarsari, PA. Kurniatin, W. Nurcholis. 2012.
Variasi metode isolasi DNA daun temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb.)
Variation methods of DNA isolation from leaf of Temulawak (Curcuma xanthorrhiza
Roxb.). Prosiding Seminar Nasional Kimia Unesa
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta. Hal. 49-74

9
Lampiran
Data 1. Hasil Isolasi DNA 1 Gelombang
 Kelompok 1
λ 260 nm 0.488
Kemurnian DNA = = = 1.5 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.323
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.488 x 50 x 250 = 6.100 µg / ml

 Kelompok 2
λ 260 nm 0.348
Kemurnian DNA = = = 1.1 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.300
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.348 x 50 x 250 = 4.350 µg / ml

 Kelompok 3
λ 260 nm 0.202
Kemurnian DNA = = = 1.5 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.133
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.202 x 50 x 250 = 2.525 µg / ml

 Kelompok 4
λ 260 nm 0.374
Kemurnian DNA = = = 1.5 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.238
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.374 x 50 x 250 = 4.675 µg / ml

 Kelompok 5
λ 260 nm 0.496
Kemurnian DNA = = = 0.8 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.582
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.496 x 50 x 250 = 6.200 µg / ml

 Kelompok 6
λ 260 nm 0.075
Kemurnian DNA = = = 1.3 ( tidak murni)
λ 280 nm 0.056
Konsentrasi DNA =  λ260 x 50 x FP
  Λ0.075 x 50 x 250 = 937,5 µg / ml

10