LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN

DETEKSI DNA PRODUK PCR MELALUI ELEKTROFORENSIS

Oleh :

YOYOK RUDI HANDAKA

201410350311149

JURUSAN PETERNAKAN

FAKULTAS PERTANIAN PETERNAKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG

2017
 BAB I

PENDAHULUAN
1. Latar belakang

Peternakan merupakan salah satu sektor pangan yang penting dalam

pemenuhan gizi di masyarakat. Oleh karena itu peternakan penting untuk
dikembangkan saat ini. Salah satu masalah yang timbul dibidang peternakan saat
adalah pemenuhan bibit ternak dengan kualitas yang bagus belum terpenuhi.
Salah satu penyebab kurangnya bibit unggul karena sedikitnya perusahaan
perusahaan yang bergerak dalam pembibitan. Untuk mengatasi hal tersebut
maka perlu di kembangkan ilmu genetik terutama di bidang bioteknologi
tentang Polymerase Chain Reaction (PCR) dan deteksi DNA produk PCR
melalui elektroforensis .
Deteksi DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan alat yang
dapat menunjang proses isoasi DNA. PCR merupakan teknik untuk
mengamplifikasi DNA dalam jumlah kecil melalui proses enzimatik secara in
vitro. Penggandaan yang dilakukan PCR bertujuan untuk memperbanyak jumlah
DNA agar dalam isolasi dapat diperoleh DNA dalam jumlah besar. Biasanya
mesin itu digunakan sebagai amplifkasi DNA mikroorganisme. melalui
elektroforesis dapat dilakukan dengan gel agarose dan gel polyacrilamide.
Namun, pada praktikum kali ini menggunakan gel agarose. Karena jumlah DNA
yang hanya mencapai 10 ng mampu terdeteksi oleh gel agarose. Proses
elektroforesis gagal dilakukan, waktu dan arus yang terlalu tinggi ditengarahi
menjadi faktor utama kegagalan tersebut.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan.
DNA terdapat di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Ada perbedaan di antara
ketiga lokasi DNA ini, yaitu: DNA nukleus berbentuk linear dan berhubungan
sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berhubungan dengan protein histon
Didalam inti sel suatu organisme, terdapat materi genetik. Materi genetik
ini harus mempunyai kemampuan untuk mengkode suatu informasi secara
spesifik dan menggandakan suatu informasi secara tepat (NCBI-Griffiths dkk:
2000). Contoh dari materi genetik adalah DNA/RNA, gen dan kromosom. DNA
dan RNA dimiliki oleh organisme prokariotik, sedangkan eukariotik hanya
memiliki RNA. DNA/RNA adalah informasi genetik yang dibentuk oleh asam
deoksiribonukleat untuk DNA atau Ribosanukleat untuk RNA (Solomon dkk
2005: 38).
2. Tujuan
Adapun beberapa tujuan dalam praktikum kali ini, yaitu :
1. Untuk mengetahui PCR.
2. Untuk mengetahui cara deteksi DNA produk PCR melalui
elektroforensis.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

PCR adalah salah satu teknik dalam biologi molekuler untuk mengaplifikasi
sejumlah kecil DNA scara in vitro menggunakan sistim enzimatik. PCR di mulai dengan
DNA template dalam jumlah yang sangat sedikit (ng), kemudian setelah melalui
beberapa siklus amplifikasi, jumlah copy DNA akan menjadi jutaan kali lipat.
Selektifitas dalam reaksi PCR antara lain ditentukan oleh pemilihan primer yang tepat.
Primer merupakan potongan DNA dalam bentuk untai tunggal di mana sekuense yang
dimilikinya komplemen dengan sekuense template yang bersebelahan dengan daerah
target (Winaya dkk, 2017).
Sementara itu, beberapa factor yang mempengaruhi spesifitas PCR adalah
temperature annealing, aktifitas dan jumlah polymerase, konsentrasi primer, DNA
template dan Mg2. Dalam perkembangannya keseluruhan bahan yang diperlukan dalam
proses PCR tersebut seringkali telah dicampur dalam bentuk PCR mix.
(Maftuchah,2014)
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction
(PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida
secara in vitro. Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan
jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang
diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan
diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama pengembangan PCR adalah
menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan
meminimalkan amplifikasi urutan non-target (Fatchiyah dkk, 2012).
 BAB III

HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Hasil
Hasil dari praktikum kali ini yaitu :

Gambar 1. Hasil deteksi DNA produk melalui elektroforensis.

2. Pembahasan

Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain

Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metoda PCR dapat meningkatkan
jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-
107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali
jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA
target. Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara
amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi
urutan non-target.
Bahan dalam praktikum Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah DNA
tumbuhan dan bahan dalam praktikum deteksi DNA produk PCR melalui
elektroforensis adalah hasil dari praktikum PCR. Persiapan pertama dalam
proses PCR adalah menyiapkan larutan fast start dengan buffer yang
mengandung Tris HCL, KCL, MgCL2, lalu setelah itu ditambahkan Primer DNA
sebanyak 2 ml, lalu ditambahkan dH2O sebanyak 3 ml lalu tambahkan sampel
(DNA tanaman) dan selanjutnya dilakukan proses PCR. Ada beberapa tahapan
dalam proses PCR, yaitu :
1. Pre denaturasi, proses ini dengan cara di panaskan dengan suhu 95 oC
selama 5 menit.
2. Denaturasi, proses ini bertujuan untuk memisah rantai DNA.
3. Annealing, proses ini bertujuan untuk menempelkan primer pada
rantai DNA dengan cara di panaskan dalam suhu 36-40oC.
4. Elongasi, proses ini bertujuan untuk memanjangkan rantai DNA yang
telah di duplikasi, dengan cara pemanasan suhu 72oC.
5. Post elongasi, proses ini dengan cara di panaskan dengan suhu 72oC.
6. Pause, proses ini dengan cara di panaskan dengan suhu 4oC.

Setelah semua proses selesai sampel akan di simpan untuk digunakan dalam
praktikum selanjutnya.

Deteksi DNA produk PCR melalui elekroforensis dilakukan untuk

mengetahui apakah setelah di lakukan reaksi PCR target DNA dapat
teramplifikasi atau tidak, makan di lakukan dengan elektroforensis. Proses dapat
dilakukan dengan menggunakan sampel PCR dari praktikum sebelumnya.
Proses awal dari praktikum ini adalah dengan menambahkan 3 ml sampel DNA
tumbuhan dan 2 ml loading day ke dalam gel agarose 1% dan di lakukan
elektroforensis selama 40 menit dengan kekuatan sebesar 100 volt. Setelah
proses tersebut selesai gel agarose beserta sampel di rendam dlam larutan ETBr
selamat 10 menit dan kemudian di cuci dengan air bersih mengalir. Selanjutnya
sampel siap di foto dalam gel doc.
 Hasil dari praktikum kali ini dapat di lihat pada gambar 1. Gambar yang
didapatkan Layar PCR terlihat terlihat bahwa adanya DNA pada isolasi DNA
PCR melalui elektroforesis. Hal ini bahwa jika DNA berhasil bias dilihat dengan
adanya warna kuning pada gel agarose yang telah dilihat dengan menggunakan
gel doc.
 BAB IV

PENUTUP

1. Kesimpulan
Adapun beberapa kesimpulan dalam praktikum kali ini, yaitu :
1. Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain
Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
mengamplifikasi nukleotida secara in vitro . Proses PCR merupakan proses
siklus yang berulang meliputi denaturasi, annealing dan ekstensi oleh
enzim DNA polimerase
2. Proses Elektroforensis hasil PCR adalah dengan menambahkan 3 ml
sampel DNA tumbuhan dan 2 ml loading day ke dalam gel agarose 1% dan
di lakukan elektroforensis selama 40 menit dengan kekuatan sebesar 100
volt. Setelah proses tersebut selesai gel agarose beserta sampel di rendam
dlam larutan ETBr selamat 10 menit dan kemudian di cuci dengan air
bersih mengalir. Selanjutnya sampel siap di foto dalam gel doc.
 DAFTAR PUSTAKA

Fatchiyah., Widyarti, sri., arumningtyas, L.E., dan Permana, Sofi., Teknik analisis
biologi molekuler. Lab Molekuler dan Seluler, Fak MIPA Universitas Brawijaya,
Malang

Maftuchah, M.P., A.Winaya, A. Zainudin. 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi

Molekuler.Deepublish. Yogyakarta.

Winaya, Aris dan Indah Prihatini, 2017. Bioteknologi Peternakan. Pusat pengembangan
Bioteknologi, Universitas Muhammadiyah Malang.