POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Oleh :
Nama : Salman Zaul ‘Ammar
NIM ; B1A021070
Kelompok :1
Rombongan :I
Asisten : Berliana Amelia

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2023
A. Tujuan

Tujuan dari praktikum Rekayasa Genetika Acara 4 yaitu untuk

melakukan PCR dari sampel DNA genome.
B. Materi

Bahan-bahan yang digunakan pada acara kali ini yaitu meliputi DNA
genom, nuclease-free water (NSF), primer forward dan reverse, NzyTaq PCR
Mix.
Alat-alat yang digunakan pada acara kali ini yaitu meliputi mikropipet
beserta tip, PCR tube, mesin PCR, masker dan sarung tangan serta alat tulis.
C. Prosedur Kerja

Sebanyak 325µL Nuclease free water dimasukkan kedalam PCR

tube, lalu ditambah dengan 1µL DNA template ditambahkan,
1µL primer forward ditambahkan, 1 µL primer reverse
ditambahkan, dan 625µL NzyTaq PCR mix ditambhakan.

Bahan-bahan yang ditambahkan dilakukan secara berurutan.

Langkah selanjutnya dilakukan amplifikasi DNA menggunakan

mesin PCR.

D. Hasil dan Pembahasan

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan

amplifikasi DNA. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi
segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Sebelum
dilakukan PCR dengan sampel penelitian, perlu dilakukan optimasi agar
didapatkan komposisi dan kondisi PCR yang sesuai sehingga mendapatkan
hasil PCR yang optimal. PCR melibatkan tiga tahap siklus temperatur yang
berurutan yaitu denaturasi template (94 – 95℃), annealing (penempelan)
pasangan primer pada untai ganda DNA target (50 – 60℃) dan pemanjangan
(72℃). Pada tahapan optimasi PCR kita dapat membuat variasi tahapan PCR
baik waktu, suhu dan komposisi PCR (Setyawati & Zubaidah, 2021). Pada
praktimum acara 4 mengenai PCR menggunakan DNA template dari tanaman
kedelai dan kit NzyTaq PCR Mix. Hasil PCR ditunjukkan gambar 1.

Gambar 1. Hasil Elektroforesis Sampel PCR DNA Sampel

Gambar 1 di atas menunjukkan hasil PCR dari DNA sampel dengn

menggunakan kit NzyTaq PCR Mix. Dari hasil tersebut diperoleh pita DNA
pada tiap kelompok dengan ukuran masing-masing pita DNA memiliki nilai
≥50bp. Menurut Sundari dan Priadi (2019), Elektroforesis dapat digunakan
untuk mengetahui ukuran DNA dengan menggunakan DNA marker yang
sudah diketahui ukurannya. DNA marker ini berfungsi sebagai pembanding
sehingga bisa diketahui perkiraan ukuran DNA sampel. Menurut Nugraha et
al. (2014), prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel,
makin kecil ukuran molekulnya maka makin cepat laju migrasinya, karena
matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-pori sehingga
partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks.
Berdasarkan gambar 1, dari keempat kelompok tersebut kualitas pita
DNA smear. Menurut Sundari dan Priadi (2019), Smear ini dapat disebabkan
DNA mengalami degradasi atau DNA terfragmentasi (tidak utuh). Kemudian
untuk ukuran pita DNA pada kelompok 2, kelompok 3 dan kelompok 4
diperkirakan ukuran pita DNA di atas 300bp, sedangkan pada kelompok 1
berukuan 50bp. Ukuran pita DNA yang kecil pada kelompok 1 kemungkinan
terjadi akibat pemberian enzim restriksi yang terlalu lama pada tahap isolasi
DNA pada acara 3. Akibatnya DNA terfragmentasi menjadi ukuran yang
kecil. Menurut Setyawati dan Zubaidah (2021) faktor-faktor yang
menentukan keberhasilan keberhasilan PCR antara lain konsentrasi dan
kualitas DNA, temperatur annealing dari kedua primer, konsentrasi MgCl2,
enzim polymerase, konsentrasi dan kualitas primer, jumlah siklus PCR,
deoksinukleotida triphosphate (dNTP), dan faktor lain seperti larutan buffer.
Referensi :

Nugraha, F., Roslim, D. I., & Ardilla, Y. P., 2014. Analisis Sebagian Sekuen Gen
Ferritin2 pada Padi (Oryza sativa L.) Indragiri Hilir, Riau. Biosaintifika:
Journal of Biology & Biology Education, 6(2), pp. 70-79.
Setyawati, R., & Zubaidah, S., 2021. Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu
Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO)
Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian Journal of
Laboratory, 4(1), pp. 36-40.
Sundari, S., & Priadi, B., 2019. Teknik Isolasi dan Elektroforesis Dna Ikan Tapah.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17 (2), pp. 87-90. Doi:
http://dx.doi.org/10.15578/blta.17.2.2019.87-90.