Laporan Praktikum Biologi Molekuler

PROYEK SAINS
Muhammad Aqmal Danish - 1906287370
Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Mei 2022

FORMAT
● Margin
Atas: 3 cm
Kiri: 1 cm
Bawah: 3 cm
Kanan: 1 cm
● Isi Laporan:
Times New Roman 12, 2 kolom, spasi 1,5

Abstrak
(meliputi latar belakang, tujuan, metode, hasil, dan kesimpulan).
Terdiri atas 200—250 kata
Kata kunci: (terdiri atas 3—5 kata yang relevan dalam laporan praktikum kali ini, diurutkan sesuai
abjad)
1. Pendahuluan sitoplasmik atau membran nuklear,
Praktikum biologi molekuler pemisahan dan pemurnian DNA dari
merupakan salah satu praktikum yang pengotor berupa lipid, protein, dan asam
menjadi mata kuliah praktikum wajib nukleat lainnya, dan prinsip yang terakhir
bagi mahasiswa S1 Departemen Biologi adalah kuantifikasi DNA (Dairawan &
FMIPA UI. Hal yang melatarbelakangi Shetty 2020: 39). Metode yang
praktikum ini dilakukan adalah untuk digunakan dalam mengekstraksi DNA
memberikan kemampuan kepada dari sel hewan dan tumbuhan cukup
mahasiswa mengenai teknik-teknik yang berbeda karena pada sel tumbuhan
dilakukan dalam penelitian biologi terdapat dinding sel yang membuat
molekuler. Adapun latar belakang lain ekstraksi DNA dari sel tumbuhan lebih
dari praktikum ini adalah untuk belajar sulit (Amit dkk. 2013: 1).
mengenai bagaimana cara untuk Dinding sel yang dimiliki oleh sampel
mengekstraksi, mengkuantifikasi, tumbuhan dapat membuat ekstraksi
mengamplifikasi, dan menganalisis DNA menjadi sebuah tantangan. Oleh karena
baik dari hewan dan tumbuhan. itu, terdapat beberapa cara dalam
Sampel yang digunakan dalam mengekstraksi DNA dari sampel
praktikum ini adalah daging fillet dari tumbuhan, yaitu secara fisik dengan cara
ikan dan juga buah pisang. Daging fillet dihaluskan dengan alu dan mortar atau
ikan yang dipilih oleh kelompok 1 adalah secara kimia dengan menggunakan
ikan patin (Pangasianodon deterjen yang mengandung sodium
hypophthalmus) dan buah pisang yang dodecyl sulfate (SDS), dan beberapa jenis
digunakan adalah pisang barangan (Musa kit lainnya. Berbeda dengan sampel
acuminata). Sampel yang nantinya akan tumbuhan, sampel hewan tidak memiliki
melanjutkan proses setelah ekstraksi dinding sel, sehingga umumnya cara
adalah sampel DNA dari daging ikan yang digunakan dalam mengekstraksi
fillet. DNA adalah dengan menggunakan
Ekstraksi DNA merupakan salah satu homogenizer, sentrifugasi, ataupun enzim
langkah awal untuk menjalankan Proteinase K (Ruggieri dkk. 2016: 43,
penelitian biologi molekuler. Adapun 48–49).
prinsip dari ekstraksi DNA secara umum, DNA yang sudah selesai diekstraksi
antara lain perusakan membran kemudian akan dikuantifikasi dengan
menggunakan spektrofotometer. mempermudah nantinya dalam analisis
Spektrofotometer merupakan alat yang filogenetik (Wirdateti dkk. 2015: 120).
digunakan dalam mengkuantifikasi DNA DNA yang sudah dikuantifikasi
dengan prinsip absorbansi cahaya. kemudian akan masuk ke dalam tahap
Panjang gelombang yang umumnya dapat polymerase chain reaction atau lebih
ditangkap oleh DNA adalah sepanjang dikenal dengan PCR. PCR merupakan
260 nm, apabila melebihi panjang proses perbanyakan DNA secara in vitro
tersebut, hal tersebut menandakan DNA yang mampu menghasilkan DNA dalam
kurang murni. Spektrofotometer juga jumlah yang banyak dalam waktu yang
digunakan untuk menentukan kemurnian sedikit. Adapun beberapa tahap yang
dari DNA yang sudah diekstraksi. terjadi saat proses PCR berlangsung,
Apabila didapatkan angka sebesar ≦ 1,8 antara lain pre-denaturasi DNA templat,
maka DNA dapat dikatakan sebagai DNA denaturasi DNA templat, penempelan
yang murni. Penghitungan absorbansi primer pada templat (annealing),
juga dapat dilakukan dengan pemanjangan primer (extension), dan
menggunakan rumus Beer’s law terakhir post-extension. Proses PCR
(Stephenson 2010: 100–103). sendiri umumnya berjalan dalam siklus,
Gen yang digunakan untuk nantinya khususnya pada tahap denaturasi DNA
dianalisis dalam praktikum ini adalah gen templat dan extension. Banyaknya siklus
cytochrome oxidase subunit I atau yang yang terjadi juga dalam kisaran 20–40
lebih dikenal dengan gen COI. Gen COI siklus. Adapula rumus yang dapat
merupakan gen yang sangat berguna menentukan banyaknya jumlah copy
dalam barcoding. Hal tersebut DNA target pada akhir proses PCR
disebabkan oleh sifat gen COI yang (amplicon), yaitu:
sekuennya jarang mengalami delesi dan Y = (2n – 2n)X
insersi, serta banyak bagian dari Keterangan:
sekuennya yang bersifat conserve Y: jumlah amplicon
sehingga sangat berguna dalam DNA n: jumlah siklus
barcoding. Gen COI juga digunakan X: jumlah molekul DNA templat
dalam analisis filogenetik karena semula
cenderung stabil dan jarang mengalami (Handoyo & Rudiretna. 2000: 17–20).
substitusi, sehingga akan sangat
 DNA yang telah diamplifikasi dengan elektroforesis, dan (3)
kemudian dilihat hasil amplifikasinya mengetahui cara dan hasil analisis
dengan melakukan proses elektroforesis. sekuens DNA sampel ikan.
Prinsip elektroforesis berdasarkan
pergerakan molekul yang berada dalam 2. Metode
medan listrik, dimana pergerakan 2.1. Isolasi, Ekstraksi, dan Kuantifikasi
molekul diperngaruhi oleh arus listrik Pada praktikum kali ini dilakukan
yang dialiri yang nantinya akan terjadi isolasi, ekstraksi, dan kuantifikasi pada
pemisahan molekul ditandai dengan sampel DNA yang berasal dari fillet ikan
terbentuknya pita-pita dalam medium dan buah pisang. Alat yang digunakan
agar. Elektroforesis berfungsi dalam pada isolasi DNA dari fillet ikan dan
melihat pola protein tertentu pada suatu buah diantaranya adalah hot plate
spesies, dimana pola protein sendiri pada magnetic stirrer, mesin sentrifugasi,
setiap spesiesnya berbeda sehingga dapat mesin vortex, mikropipet, drybath,
membedakan populasi spesies secara sendok teh, botol schott duran, labu
tepat (Pratiwi 2001: 27–28). Erlenmeyer, beaker glass 250 mL, rak
Metode analisis yang dilakukan adalah tabung 2mL, icebox, dan saringan teh.
dengan menggunakan metode Sanger. Bahan yang digunakan diantaranya
Penggunaan metode ini memerlukan adalah fillet ikan, buah pisang, deterjen,
DNA templat dan primer yang spesifik pisau silet, tabung 2mL, plastik, alcohol
untuk reaksi sekuensingnya (Tasma 70% 50mL, isopropanol 50mL, kit
2015: 160). Adapun fungsi dari analisis GeneJET, Chelex 100 5% 20mL,
sekuens ini adalah untuk mengetahui proteinase-K, garam dapur, tips ukuran
apakah hasil analisis dari metode ini 0,5—100uL, sarung tangan, dan akuades.
sama dengan sampel yang dibawa untuk Tahap yang dilakukan pada isolasi
dilakukan analisis. DNA dari fillet ikan menggunakan
Tujuan dari praktikum ini ada tiga, metode Chelex yaitu sampel fillet ikan
yaitu: (1) mengetahui cara ekstraksi dipotong menggunakan silet menjadi
DNA dari sel hewan dan sel tumbuhan, ukuran  2mm3. Kemudian, sampel
(2) mengetahui cara kuantifikasi DNA dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi
dan amplifikasi DNA, serta mengetahui berisi 200uL larutan Chelex 10%. Lalu,
cara menentukan hasil amplifikasi DNA tabung sentrifus diinkubasi pada suhu
600C selama 20 menit dan 1030C selama Kemudian, 500uL Wash Buffer I
25 menit dan tabung sentrifugasi divortex ditambahkan, disentrifugasi dengan
setiap 5 menit. Selanjutnya, tabung kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit.
sentrifus disentrifugasi dengan kecepatan Supernatan dibuang dan dipasang
13.000 rpm selama 2 menit. Supernatan kembali tabung koleksi 2mL dengan
diambil dan ditambahkan ke tabung yang baru. Selanjutnya, 500uL Wash
dengan TE buffer pada rasio v/v 1:1. Buffer II ditambahkan, disentrifugasi
Setelah itu, tabung kemudian disimpan dengan kecepatan 13.000 rpm selama 3
pada -200C sampai digunakan untuk menit. Supernatan dibuang dan dipasang
analisis selanjutnya. kembali tabung koleksi 2mL dengan
Tahap selanjutnya yaitu isolasi DNA tabung baru. Column yang sudah
dari fillet ikan menggunakan metode dipasangkan tabung koleksi 2mL
GeneJET. Diawali dengan sampel fillet disentrifugasi dengan kecepatan 13.000
ikan dipotong menggunakan silet rpm selama 2 menit. Terakhir, 50uL
menjadi ukuran  2mm3. Kemudian, Elution Buffer ditambahkan dan
sampel dimasukkan ke dalam tabung didiamkan selama 2 menit kemudian
sentrifugasi berisi 180uL Digestion sentrifugasi dengan kecepatan 13.000
Solution dan 20uL proteinase-K lalu rpm selama 1 menit dan DNA disimpan
vortex hingga homogen. Lalu, tabung pada suhu -200C.
sentrifus diinkubasi pada suhu 560C Tahap berikutnya yaitu isolasi DNA
selama 60 menit. Selanjutnya, 200uL dari buah pisang. Diawali dengan 1
Lysisis Solution ditambahkan kemudian sendok the garam dan 2 sendok teh
vortex hingga homogen. 400uL alkohol deterjen ditambahkan ke dalam 100mL
ditambahkan kemudian vortex hingga air dan diaduk menjadi larutan ekstraksi.
homogen. Lisat dipindahkan ke GeneJET Kemudian, 1/3 bagian pisang
Genomic DNA Purification Column yang dihancurkan menggunakan tangan dalam
dipasangkan tabung koleksi 2mL. ziplock. Lalu, 50mL larutan ekstraksi
Column disentrifugasi dengan kecepatan ditambahkan pada pisang dan ditekan
13.000 rpm selama 1 menit. Supernatant secara perlahan. Larutan ekstraksi dan
dibuang dan dipasang kembali tabung pisang disaring menggunakan saringan
koleksi 2mL dengan yang baru. the atau kertas filter. Selanjutnya, alkohol
70% dingin ditambahkan 2x volume
larutan atau 0,6x isopropanol ke larutan Metode praktikum melakukan PCR
ekstraksi pisang dan dibiarkan selama 10 dibutuhkan beberapa alat diantaranya
menit. Presipitasi yang terjadi diamati, adalah mesin Thermal Cycler MiniPCR
waktu presipitasi alkohol dan 16, mesin spindown, laptop, mikropipet,
isopropanol dibandingkan. Gumpalan isofreeze, PCR tube 0,2 mL, rak tabung
yang terbentuk diperhatikan dan diambil 2mL, dan PCR tube rack. Bahan yang
menggunakan tusuk gigi serta digunakan yaitu sampel DNA, master
dipindahkan ke dalam botol air mineral 1 mix PCR (Gotaq Green Mastermix),
mL. Kemudian, disimpan pada freezer Primer forward 10uM (FishF1-
sampai konsentrasi diukur. 5′TCAACCAACCACAAAGACATTGG
Tahap selanjutnya yaitu kuantifikasi CAC3′), Primer reverse 10uM (FishR1-
DNA dari fillet ikan menggunakan alat 5’TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAA
dan bahan berupa spektofotometer TCA’3), nuclease free water, tips, plastik
(nanophotometer), kuver, laptop, limbah, tube 1,5 mL.
mikropipet, dan sampel DNA. Langkah Langkah pertama dalam melakukan
awal yang dilakukan adalah PCR adalah sampel DNA, mastermix,
spektofotometer (nanophotometer) nuclease free water, dan primer disimpan
dinyalakan dan diatur untuk panjang dalam coolerbox. Kemudian, sampel
gelombang 260nm. Kemudian, DNA DNA mastermix dan primer
disuspensikan menggunakan H2O atau dihomogenisasi dengan spindown selama
1X TE. Spektofotometri di Nol kan 30 detik. Campuran mastermix (@ 25uL)
dengan sampel pelarut. Apabila disiapkan dengan primer dan nuclease
menggunakan TE kuver dibilas dengan free water sebelum ditambahkan sampel
akuades sebelum diisi dengan sampel DNA. Lalu, sampel DNA ditambahkan
DNA. Lalu, sampel diencerkan untuk ditahapan paling akhir dan dipastikan
memberikan pembacaan antara 0,1 dan tidak ada gelembung di dalam master
1.0. Nilai absorbansi diukur dan dicatat. mix. Terakhir, campuran sampel DNA
Terakhir, konsentrasi dan kemurnian dan master mix dihomogenisasi di
sampel DNA dihitung dengan spindown selama 30 detik. Setelah itu,
mempertimbangkan faktor pengenceran. perangkat lunak MiniPCR 16 diatur
2.2. PCR dengan tahapan reaksi berupa initial
denaturation dengan suhu 95.00C selama
120 detik, denaturation dengan suhu microwave selama 60—90 detik dan 2uL
94.00C selama 30 detik, annealing gel red ditambahkan. Tray dan comb
dengan suhu 53.00C selama 40 detik, disiapkan dan gel dituang ke dalam
extention dengan suhu 72.00C selama 60 cetakan. Kemudian, dilanjutkan dengan
detik, final extention dengan suhu 72.00C loading sampel ke dalam Well pada gel
selama 180 detik, dan number of cycles elektroforesis. Langkah pertama yaitu gel
diatur menjadi 35. PCR direaksikan dimasukkan ke dalam chamber, lalu
selama 1 jam 30 menit dengan total 35 ditambahkan running buffer (TAE).
siklus. Setelah selesai, tube diangkat dari Selanjutnya, loading dye, marka DNA,
mesin dan disimpan di dalam freezer - dan parafilm disiapkan. Sebanyak 2uL
200C. loading dye dicampur dengan 5uL DNA
2.3 Elektroforesis di atas parafilm. Terakhir, campuran dan
Dalam praktikum ini dibutuhkan sampel DNA dimasukkan ke dalam Well
beberapa alat yang digunakan, yang berbeda pada gel elektroforesis.
diantaranya adalah Gel Doc System, Selanjutnya, dilakukan running
aparatus elektroforesis (tray, comb, elektroforesis yang diawali dengan
chamber), tabung sentrifugasi, penutup chamber dipasang, lalu
mikropipet, microwave, timbangan disambungkan aparatus elektroforesis ke
digital, gelas ukur, dan labu erlenmeyer. power supply dengan tegangan 70V
Kemudian, bahan yang digunakan yaitu selama 30 menit. Kemudian, ditunggu
sarung tangan latex, mikrotips ukuran 1 hingga 30—40 menit sampai sampel
—10uL, parafilm, sampel DNA, bubuk DNA dan marka mencapai ujung gel.
agarose 0,8gr, loading buffer 1x TAE, Setelah itu, alat dimatikan dan gel
running buffer 1X TAE, loading dye, gel dikeluarkan dari chamber.
red, dan marka DNA 1 kb. Tahap terakhir dari metode
Langkah pertama dalam metode elektroforesis adalah dokumentasi gel.
elektroforesis adalah pembuatan gel Tahapan awal dokumentasi gel dilakukan
agarose 2% dengan cara 0,8gr bubuk gel dengan gel dipindahkan dengan perlahan
agarose dimasukkan ke labu erlenmeyer. ke dalam Gel Doc. Lalu, mesin Gel Doc
Kemudian loading buffer (TAE buffer) dipastikan tertutup rapat lalu lampu sinar
40mL ditambahkan ke dalam labu UV dinyalakan pada mesin Gel Doc.
erlenmeyer. Setelah itu, dipanaskan pada Kemudian, diamati dan foto hasil
elektroforesis dan disimpan ke dalam Editing menggunakan DNA Baser yaitu
komputer. dilakukan kembali langkah kerja pada
2.4 Analisis Sekuens tahapan sebelumnya dengan perangkat
lunak DNA Baser. Lalu, aplikasi DNA
Selanjutnya adalah dilakukan
Baser dibuka dan dipilih bagian “project”
praktikum analisis Sanger Sequencing.
 “show new project panel”  “Project-
Dalam praktikum ini dibutuhkan
New Project”  “single sequence editing
beberapa alat dan bahan yang digunakan,
& cleaning”. Kemudian, dipilih bagian
yaitu komputer, koneksi internet,
“browse”  file “unknown sequence 1”
perangkat lunak FinchTV, DNA Base
dengan format .scf dan “unknown
Assembler v5.0.3, Bioedit v7.2.5, MEGA
sequence 2” dengan format .ab1.
11, dan urutan nukleotida. Langkah
Terakhir, bagian elektroferogram diklik
pertama dalam metode analisis Sanger
2x untuk melakukan analisis dan dipilih
Sequencing adalah membedakan format
bagian “log” agar melihat data tiap
dan kualitas elektroferogram DNA
elektroferogram.
Sequencing pada format ABI, SCF, dan
Berikutnya, dilanjutkan dengan
DNA Sequence Cleaning dan Editing
tahapan trimming file elektroferogram
menggunakan DNA Baser.
hasil DNA Sequencing yaitu kualitas
Cara kerja yang dilakukan pada format elektroferogram dinilai berdasarkan file
ABI dan SCF yaitu diawali dengan kelompok masing-masing yang
perangkat lunak FinchTV dibuka kemudian dilakukan analisis seperti pada
kemudian diklik bagian file unknown tahapan sebelumnya menggunakan
sequence 1 pada format ABI dan FinchTV dan DNA Baser. Selanjutnya,
unknown sequence 2 pada format SCF. dilakukan pengecekan urutan nukleotida
Kemudian, open dan dilakukan analisis. hasil trimming dengan batase pada laman
Bagian chromatogram info dipilih untuk BLAST dan BOLD yaitu hasil trimming
mengetahui urutan nukleotida pada urutan nukleotida dicek pada database
format FAST. Setelah itu, bagian untuk mengetahui kemiripan dengan
wrapped view dipilih untuk menampilkan sekuens COI mtDNA dari organisme
baris elektroferogram. apa. Kemudian, dilakukan menggunakan
Berikutnya, tahapan yang dilakukan laman BLAST dan BOLD dengan
pada DNA Sequence Cleaning dan diinput urutan nukleotida.
 Tahap terakhir dari metode analisis Isolasi dan ekstraksi sampel hewan
Sanger Sequencing adalah analisis menggunakan metode Chelex dan
filogenetik menggunakan MEGA 11. GeneJet, sedangkan sampel tumbuhan
Langah awal yang dilakukan adalah menggunakan metode deterjen. Isolasi
perangkat lunak MEGA 11 diunduh lalu dan ekstraksi dengan metode Chelex
urutan nulkeotida dari spesies Prinace mengandalkan resin pengkelat, dimana
glauca, Lepidocybium flavobrunneum, nantinya pada metode ini DNA dicegah
Oreochromis niloticus, dan untuk mengalami degradasi dengan cara
Pangasianodon hypophthalamus diunduh mengikat DNA dengan ion logam Mg2+
dari laman NCBI. Kemudian, keempat yang mampu mengkatalis pemecahan
urutan nukleotida tersebut disimpan DNA pada suhu tinggi dalam larutan
dalam format FASTA dan dilakukan ionik yang kekuatannya rendah. Metode
multiple aligntment di perangkat lunak GeneJet sendiri bergantung pada
Bioedit Bersama urutan nukleotida membran silika, dimana nantinya pada
sampel kelompok dan lima urutan metode ini akan ditambahkan etanol
nukleotida teratas hasil BLAST. dalam proses pemurnian yang nantinya
Selanjutnya, dilakukan Clustal W DNA akan berikatan dengan membran
alignment dan file disimpan dalam silika (Thermo Scientific 2016: 2;
format FASTA. Perangkat lunak MEGA Lienhard & Schäffer 2019: 10).
11 dibuka lalu dipilih bagian DATA  Isolasi dan ekstraksi sampel tumbuhan
Open a File/Session  file hasil Clustal dilakukan dengan metode deterjen yang

W  Analyze  genetic Vertebrate mana pada praktikum ini digunakan

Mitochondria  simpan ke dalam format deterjen dengan jenis sodium dodecyl

a MEGA session file. Lalu, dipilih sulphate (SDS). SDS mampu melisiskan
sel dengan cara mendenaturasi protein
bagian PHYLOGENY  construct/test
yang ada pada sel, sehingga nantinya
Neighbour-Joining. Setelah itu,
proses pelisisan dapat terjadi secara cepat
dihasilkan kladogram berdasarkan data
(Brown & Audet 2008: S135). Setelah
urutan nukleotida.
diisolasi dan diekstraksi, DNA
dipresipitasi dengan dua larutan, yaitu
3. Hasil dan Pembahasan etanol (diberi kode PBA) dan isopropanol
3.1. Isolasi, Ekstraksi, dan Kuantifikasi (diberi kode PBI) dan dibadingkan
kecepatan kedua larutan tersebut dan menyebabkan cukup banyak pengotornya
didapatkan hasil sebagai berikut: (Puspitaningrum dkk 2018: 29).
Tabel 1. Hasil Presipitasi DNA dari Adapun penilaian hasil presipitasi
Buah Pisang DNA yang dilakukan berdasarkan sistem

N Kelompo
Kode Waktu Presipitasi penilaian Hearn & Arblaster (2010).
Sampe Etanol Isopropa
o k Hasil dari presipitasi DNA kelompok 1
l nol
1 menit
1PBA 38 pagi bernilai 2/7 atau masuk ke dalam
1 1 Pagi detik kategori rendah baik dalam segi kuantitas
1PBI 10 menit
2PBA
10 dan kualitas. Namun, kuantitas DNA
2 2 Pagi menit
2PBI 10 menit yang didapatkan lebih banyak pada etanol
10 dibandingkan isopropanol, walaupun
3PBA
3 3 Pagi menit
3PBI 10 menit keduanya masuk ke dalam kategori
10
4PBA sedikit. Warna yang dihasilkan juga tidak
4 4 Pagi menit
4PBI 10 menit
kuning sebagaimana hasil yang
10
5PBA
5 5 Pagi menit didapatkan oleh Hearn & Arblaster
5PBI 10 menit
10 (2010), warna yang didapatkan adalah
6PBA
6 6 Pagi menit
6PBI 10 menit
putih menuju transparan.
Berdasarkan data di atas, dapat
diketahui bahwa hanya kelompok 1 pagi
yang mendapatkan data presipitasi etanol
yang lebih cepat dibandingkan
isopropanol. Hal tersebut menunjukkan
bahwa presipitasi dengan etanol akan
berlangsung lebih cepat dibandingkan
isopropanol. Namun, hal tersebut berbeda
dengan literatur yang menyatakan bahwa
isopropanol lebih efektif untuk presipitasi
DNA dibandingkan etanol, tetapi saat Gambar 1. Hasil Presipitasi DNA Buah
menggunakan isopropanol tidak hanya [Sumber: Dokumentasi Kelompok]
DNA saja yang terpresipitasi, residu
berupa garam juga dapat ikut Proses kuantifikasi merupakan proses
terpresipitasi yang akhirnya yang selanjutnya dilakukan setelah isolasi
dan ekstraksi dilakukan. Proses Kemurnian Konsentrasi
DNA (Rasio (ng/µL)
kuantifikasi bertujuan untuk melihat Kelom
(A260:A280))
pok
Etha Isoprop Etha Isoprop
bagaimana kemurnian DNA dari hasil nol anol nol anol
isolasi baik pada sampel hewan dan 1 1,5 1,81 22,5 19,0
2 2,25 1,485 18,0 50,5
tumbuhan. Berikut hasil kuantifikasi pada 3 1,823 1,429 56,5 65,0
4 1,714 1,821 18,0 61,0
sampel hewan. 5 2,5 2,429 20,0 17,0
6 2,040 1,388 25,5 59,0
Tabel 2. Hasil Kuantifikasi DNA Berdasarkan data di atas, rata-rata
Hewan kemurnian dari hasil presipitasi etanol
Kemurnian DNA Konsentrasi
(Rasio (ng/µL) lebih tinggi dibandingkan dengan
(A260:A280))
Kelomp GeneJET GeneJET isopropanol. Rata-rata kemurnian dari
ok Chel Genomic Chel Genomic
ex DNA ex DNA etanol mencapai nilai 1,971 sedangkan
100 Purificati 100 Purificati
on Kit on Kit isopropanol hanya 1,727. Kemudian
1 2,000 1,560 1645 58,5
2 1,632 1,083 133 6,5 untuk rata-rata konsentrasi hasil
3 1,426 1,584 33,5 61
4 1,438 1,700 274 8,5 presipitasi, isopropanol lebih tinggi
5 1,374 1,900 257 19
6 1,309 1,688 97,5 49,5 dibandingkan dengan etanol. Rata-rata
konsentrasi pada isopropanol adalah
Berdasarkan data tersebut rata-rata 45,25 ng/μL, sedangkan rata-rata
kemurnian Chelex lebih rendah konsentrasi etanol adalah 26 ng/μL.
dibandingkan dengan GeneJet, dimana Dapat dilihat bahwa hasil kuantifikasi
rata-rata kemurnian Chelex adalah 1,530 menunjukkan angka yang berbeda-beda.
sedangkan rata-rata kemurnian GeneJet Nilai kemurnian dan konsentrasi dapat
adalah 1,586. Berbeda dengan dijadikan acuan apakah terdapat pengotor
kemurnian, rata-rata konsentrasi Chelex dalam DNA hasil ekstraksi. Pada hasil
lebih besar dibandingkan dengan rata-rata kuantifikasi sampel hewan, kemurnian
konsentrasi GeneJet, dimana rata-rata yang didapatkan oleh kelompok 1 pagi
konsentrasi Chelex mencapai 406,67 memiliki nilai 2,000 dan 1,560 pada
ng/μL, sedangkan rata-rata konsentrasi metode Chelex dan GeneJet yang
GeneJet adalah 33,83 ng/μL. Kemudian berbeda dengan rata-rata kelas, yaitu
dapat dilihat data hasil kuantifikasi DNA 1,530 dan 1,586 pada metode Chelex dan
dari sampel buah. GeneJet. Hasil yang sama berbedanya
Tabel 3. Hasil Kuantifikasi DNA juga didapatkan pada kemurnian hasil
Tumbuhan isolasi sampel tumbuhan, dimana
kelompok 1 pagi memiliki nilai 1,5 dan pada larutan etanol dan isopropanol yang
1,810 pada larutan etanol dan berbeda dengan rata-rata kelas, yaitu
isopropanol yang berbeda dengan rata- 26,75 ng/μL dan 45,25 ng/μL. Perbedaan
rata kelas, yaitu 1,971 dan 1,727. hasil konsentrasi pada sampel hewan
Perbedaan nilai kemurnian kelompok dapat disebabkan oleh perbedaan
dengan rata-rata kelas pada sampel ketebalan sayatan, pengotor pada larutan
hewan dapat disebabkan oleh beberapa DNA yang menyebabkan degradasi DNA
hal, antara lain perbedaan ketebalan (Singh dkk. 2018: 1), dan residu reagen
sayatan, pengotor pada larutan DNA kimia yang tertinggal sehingga
yang menyebabkan degradasi DNA memengaruhi konsentrasi DNA yang
(Singh dkk. 2018: 1), dan residu reagen dihasilkan (Samoo dkk. 2017: 205).
kimia yang tertinggal sehingga Perbedaan yang terjadi pada sampel
memengaruhi konsentrasi DNA yang tumbuhan juga dapat disebabkan oleh
dihasilkan (Samoo dkk. 2017: 205). penggunaan larutan presipitasi yang
Perbedaan nilai kemurnian yang dialami berbeda. Isopropanol lebih sering
juga oleh sampel tumbuhan dapat digunakan dalam presipitasi DNA karena
dipengaruhi oleh beberapa hal, antara mampu mengendapkan DNA lebih baik
lain terpresipitasinya residu garam dibandingkan ethanol (Chen dkk. 2010:
(Puspitaningrum dkk. 2018: 29), 4).
kontaminasi protein atau fenol Hasil isolasi yang baik menurut
(Perwitasari dkk. 2020: 244), dan juga Ningsih dkk. (2017: 22) adalah memiliki
kontaminasi DNA bakteri apabila sampel nilai kemurnian 1,75–2,0 dengan nilai
tidak segar (Yulianti 2006: B-74). konsentrasi lebih dari 25 ng/μL.
Nilai konsentrasi yang didapatkan Berdasarkan pernyataan tersebut, hasil
pada sampel hewan oleh kelompok 1 isolasi pada sampel hewan tidak
pagi adalah 1645 ng/μL dan 58,5 ng/μL memenuhi syarat tersebut dikarenakan
pada metode Chelex dan GeneJet yang nilai konsentrasi yang terlalu tinggi yang
berbeda dengan rata-rata kelas, yaitu diduga diakibatkan adanya pengotor
406,67 ng/μL dan 33,83 ng/μL. Hal berupa protein, DNA, atau reagen kimia
tersebut juga dialami oleh sampel yang tertinggal. Hasil isolasi pada sampel
tumbuhan yang memiliki nilai buah memiliki satu hasil yang baik, yaitu
konsentrasi 22,5 ng/μL dan 19,0 ng/μL presipitasi dengan menggunakan
 isopropanol karena nilai kemurniannya
setara dengan apa yang dinyatakan
literatur.

3.2. PCR dan Elektroforesis

3.3 Analisis Sekuens

Tabel data (Berikan judul di atas tabel)

dan foto hasil praktikum (Berikan
keterangan gambar dan sumber di bawah
gambar) dimasukkan ke dalam hasil dan
pembahasan.

4. Kesimpulan
Kesimpulan menjawab tujuan
berdasarkan hasil pengamatan dalam
bentuk poin (angka).

5. Daftar Acuan
Sumber acuan yang digunakan minimal 5
tanpa batasan tahun. Sumber dapat
berasal dari buku, jurnal, artikel ilmiah,
dan website. Sumber yang digunakan
adalah sumber yang kredibel dan dapat
dipertanggung jawabkan.