2. Jaringan yang banyak mengandung DNA Cth : Darah, daging, kelenjar 3. Jaringan yang tidak mengakibatkan kerusakan/kematian induk Cth : Sirip, sisik, akar rambut, Di lokasi pengambilan sampel, jaringan yang diambil, dibersihkan dari kotoran dengan menggunakan alkohol 70%. Jaringan disimpan dalam alkohol atau dimasukkan ke dalam plastik dan diberi es. Di laboratorium, setiap kantung disimpan di dalam lemari pendingin bersuhu -86C. Untuk ikan, sebaiknya dibawa ke laboratorium dlm keadaan hidup.
1. Isolasi DNA genom Isolasi DNA secara umum mempunyai empat tahap yaitu : pemecahan sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA, dan pencucian DNA Pemecahan sel dan Ekstraksi DNA Proses pemecahan sel dilakukan dengan penggerusan sampel yang dicampur ke dalam buffer ekstraksi. Proses ekstraksi DNA dilakukan untuk mengeluarkan DNA dari inti sel serta menghilangkan senyawasenyawa yang dapat mengkontaminasi DNA, senyawa tersebut antara lain : karbohidrat, lemak dan protein.
DNA dikeluarkan dari inti sel dengan bantuan Buffer Ekstraksi (TNE atau CTAB). EDTA berfungsi sebagai inhibitor nuklease karena kemampuannya dalam mengikat Ca2+ dan Mg2+. SDS berfungsi untuk memecah membran sel dengan cara melisis lapisan lemak dan mengikat protein. Proteinase K berfungsi untuk melisis protein dan memisahkan asam nukleat. Senyawa-senyawa yang dapat mengkontaminasi DNA dihilangkan dengan penambahan bahan kimia, seperti fenol : kloroform : isoamil alkohol (25 : 24 : 1). Campuran fenol dan kloroform berfungsi sebagai agen deproteinisasi yaitu memisahkan protein dari asam nukleat sedangkan isoamil alkohol bertindak sebagai agen anti busa. Dengan penambahan larutan tersebut maka akan terbentuk tiga fasa yaitu fasa organik yang mengandung pelarut organik, lapisan protein, dan fasa air yang mengandung asam nukleat.
Presipitasi DNA Polisakarida yang masih tersisa dapat dihilangkan dengan proses presipitasi atau pengendapan DNA. Presipitasi DNA dilakukan dengan menggunakan garam, antara lain dengan menggunakan ammonium asetat. Dalam proses presipitasi DNA biasanya disertakan dengan penambahan etanol, hal ini disebabkan karena asam nukleat akan mengendap karena sukar larut dalam etanol sedangkan pengotor seperti polisakarida dan sisa CTAB akan terikat dan larut dalam etanol.
Pencucian DNA Tahap akhir dari isolasi DNA ialah tahap pencucian DNA. Pencucian DNA dilakukan untuk memisahkan senyawa lain seperti larutan CTAB dan garam-garam yang ikut mengendap bersama DNA. Proses pencucian DNA dilakukan dengan penambahan etanol 70 %.
DNA yang telah melalui proses pencucian dilarutkan kedalam TE, yang berfungsi menjaga agar DNA tidak rusak. Kemudian Isolat DNA tersebut harus disimpan dalam keadaan dingin (-20oC)
Spektrofotometri Elektroforesis
Mengukur kemurnian dan konsentrasi DNA dengan spektrofotometer. Kemurnian DNA dilihat dari nilai rasio A260/280 (R) sedangkan konsentrasi DNA ditunjukkan dengan nilai konsentrasi (C). Menurut Sambrook et al., (1998) hasil isolasi DNA dikatakan murni jika nilai rasio A260/280 antara 1,8 hingga 2,0. Melihat kemurnian dan konsentrasi DNA dengan Elektroforesis kualitas pita dan dibandingkan dg Marker
Metode Ekstraksi DNA total yang dikembangkan oleh Asahida, et.al. (1996) yang telah dimodifikasi
100 uL darah ikan,masukkan ke tabung polipropilene 1.5 mL 3 mL TNE buffer 1X 300 uL Tris-HCl 1 M 5 U Proteinase K 80 uL SDS 10%
nkubasi pada waterbath 37oC; 12 jam/ 50oC; 1.5 jam
sentrifuga 3500 rpm; 25; RT pelet dibilas EtOH 70% bbrp kali,keringkan pelet dilarutkan dlm TE 500 uL
ukur dg spektofotometri
Amplifikasi dengan PCR - Hasil Elektroforesis terdapat lebih dari dua pita
Vektor kloning
Buat kelompok yang terdiri dari 3-4 orang Cari Jurnal Internasional (> thn 2007); yang berhubungan dengan teknik yang dibahas dalam mk. bioteknologi perikanan a.l. Isolasi DNA/RNA, PCR, elektroforesis, marker DNA (RAPD,mikrosatelit, RFLP, 16S rRNA,dll), kloning gen, atau transfer gen. Objek : Organisme perairan, a.l. Mikroba (bakteri/virus), Ikan, Udang, dll. Dalam satu kelas tidak ada kelompok yang membahas jurnal yang sama (judul jurnal dikoordinir ketua kelas, dikumpulkan minggu depan) dan sudah di acc via e-mail ke : y_mulyaniag@yahoo.com Jurnal yang sudah di acc, diterjemahkan dan dibahas perkelompok, kemudian dikumpulkan pada saat UTS dalam bentuk makalah yang terdiri dari: Jurnal asli, Terjemahan jurnal, dan Pembahasan (dijilid plastik mika bening), dan softcopynya dikumpulkan dalam bentuk CD untuk 1 kelas.