PRAKTIKUM V

A. Judul
Ekstraksi DNA
B. Tujuan
1. Untuk mengetahui bagaimana cara menngekstraksi DNA
2. Untuk mengetahui bagaimana hasil DNA yang di ekstraksi
C. Dasar Teori
Ekstraksi DNA adalah proses dan tahapan pertama yang dilakukan
untuk mendapatkan total DNA dari suatu biota. Secara umum, ekstraksi DNA
meliputi beberapa tahapan proses penting, yaitu dari mulai tahap persiapan
hingga akhirnya diperoleh ekstrak DNA yang terlarut dalam suatu larutan
penyangga (buffer) khusus. Larutan tersebut digunakan untuk menyimpan dan
mempertahankan kondisi DNA secara kualitatif dan kuantitatif dalam jangka
waktu yang relatif lama. Seeara kualitatif, berarti larutan penyangga tersebut
harus dapat mempertahankan kualitas DNA yang terlarut tetap dalam kondisi
baik. Sedangkan secara kuantitatif berarti larutan penyangga tersebut harus
mampu mempertahankan jumlah DNA yang terlarut, sehingga jumJahnya
tetap (tidak terdegradasi/rusak) dan cukup untuk digunakan dalam tahapan
selanjutnya tanpa mengalami penurunan kualitas maupun kuantitas DNA
terlarut. Adapun tahapan proses ekstraksi DNA, dimulai dari persiapan
sampel, pemilihan metode ekstraksi yang tepat, hingga didapatkan ekstrak
DNA. Keberhasilan proses ekstraksi DNA dapat diukur melalui beberapa
proses, diantaranya adalah melalui peogecekan keberadaan band DNA dengan
metode elektroforesis atau melalui pengukuran konsentrasi DNA terlarut
dengan metode spektrofotometri (phillips et al., 2012).
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada
makhluk hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau
darimakhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi
berikutnya.Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan
sentriol.Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus
dantidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plas
tida berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 59).
Dalam kegiatan pemuliaan berbasis molekuler, ekstraksi DNA
merupakan tahap yang sangat penting dan menentukan tahapan selanjutnya
(Fulton et al., 1995). Diperlukan DNA dengan kualitas dan kuantitas yang
memadai untuk kegiatan berbasis molekuler seperti Polymerase Chain
Reaction (PCR), Southern blotting, konstruksi pustaka genomik, hingga
sekuensing (Ibrahim, 2010). Kehadiran senyawa kontaminan seperti
polisakarida dan polifenolyang ikut terekstraksi seringkali menghambat kerja
enzim tertentu sehingga harus dihindari (Hoarau et al., 2007). Oleh karena itu
dibutuhkan metode ekstraksi yang mampu menghasilkan DNA dengan
kuantitas dan kualitas yang baik.
Proses pengeluaran DNA dari nucleus, mitokondria maupun organel
lain dengan cara diekstraksi atau dilisiskan biasanya dilakukan dengan
homogenasi dengan penambahan dufer ekstraksi atau buffer lisis untuk
mencegan DNA rusak. Pada kondisi sampel tertentu, untuk membantu lisis
dari membran sel/nucleus/organel atau juga dinding sel, maka sampel daun
dimasukkan dudu ke nitrogen cair dan langsung digerus sebelum ditambahkan
buffer ekstraksi. Senyawa yang biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil
isolate DNA yang murni ditambahkan yaitu fenol, kloroform, dan isoamil
alkohol (Fatchiyah dkk, 2011). Banyak strategi yang digunakan untuk
ekstraksi DNA dari sel bakteri, seperti enzimatik, kimiawi atau termal lisis,
dan gangguan mekanik pada dinding sel. Variasi dalam efisiensi lisis dan
fundamental DNA dapat mempengaruhi keberhasilan analisis DNA dengan
metode seperti PCR. Setiap pendekatan kerusakan sel memiliki kelebihan dan
kekurangan tertentu. Metode kimia menggunakan deterjen untuk melarutkan
membran sel seperti SDS, Triton X-100, dan CTAB (Ahmed dkk, 2014).
Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik konvensional
maupun menggunakan kit . Ekstraksi DNA secara konvensional bisa
dilakukan antara lain dengan metode CTAB/NaCl, metode SDS, dan metode
fenol kloroform. Seiring perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi,
ektraksi DNA dapat dilakukan menggunakan kit dari berbagai merk (Fitriya
dkk, 2015).
Ketersediaan DNA genomik (gDNA) dari mikroorganisme diperlukan
untuk kloning gen dan memilih konstruksi rekombinan, dan untuk taksonomi
dan diagnostik. Metode sebelumnya untuk gDNA ekstraksi dari bakteri atau
jamur memerlukan waktu lama untuk menyelesaikan. Metode ini termasuk
menggunakan SDS / CTAB / proteinase K, SDS lisis, lisozim / SDS, lisozim /
SDS / proteinase K, bead-vortexing / SDS, dan lisis mekanik menggunakan
kecepatan tinggi pada disrupsi sel. Meskipun metode ini cocok untuk
ekstraksi DNA pada bakteri atau jamur, namun masih memiliki kelemahan
termasuk manipulasi yang lama, seperti perubahan 4-6 microcentrifuge,
inkubasi, curah hujan, elusi atau mencuci dan langkah pengeringan atau
bahkan peralatan khusus (Cheng dan Jiang, 2006). Langkah pertama untuk
mendapatkan DNA plasmid adalah dengan menumbuhkan sel-sel bakteri yang
mengandung plasmid rekombinan. Setelah itu sel dipanen, dinding serta
membran sel dipecah sehingga isi sel (ekstrak sel) keluar. Ekstrak sel ini
kemudian dipurifikasi dengan serangkaian perlakuan sehingga diperoleh DNA
plasmid yang murni. Isolasi DNA yang dilakukan dalam penelitian ini
menurut standar prosedur yang sudah biasa dilaksanakan. Homogenisasi sel
dengan prosedur ini akan menghasilkan DNA utuh karena proses ini
menyebabkan disrupsi sel dan tercucinya komponen-komponen sel lain selain
DNA. Penambahan kloroform setelah sentrifugasi memisahkan larutan
menjadi fase cair dan padat dimana fase cair merupakan DNA dan fase padat
adalah campuran protein dan DNA (Faatih, 2009).
 Dikutip dari Yuwono (2008), pembuktian bahwa DNA merupakan
bahangenetik pertama kali dilakukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928
yaitu denganeksperimen transformasi pada bakteri Streptococcus pneumonia .
Bukti bahwa DNAmerupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses
transformasi pada S. pneumonia ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan
oleh Oswald Avery, ColinMacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun 1944.
Mereka melakukan ekstraksiterhadap sel virulen dan kemudian
menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak seltersebut diperlakukan dengan
enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA,ternyata kemampuan
menyebabkan proses transformasi menjadi hilang.Tahap penghancuran sel
atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengancara fisik seperti
menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalamnitrogen cair
atau dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran dengan
menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan
lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel.
Kesimpulan
Ekstraksi DNA meliputi beberapa tahapan proses penting, yaitu dari
mulai tahap persiapan hingga akhirnya diperoleh ekstrak DNA yang terlarut
dalam suatu larutan penyangga (buffer) khusus. Larutan tersebut digunakan
untuk menyimpan dan mempertahankan kondisi DNA secara kualitatif dan
kuantitatif dalam jangka waktu yang relatif lama. Seeara kualitatif, berarti
larutan penyangga tersebut harus dapat mempertahankan kualitas DNA yang
terlarut tetap dalam kondisi baik. Sedangkan secara kuantitatif berarti larutan
penyangga tersebut harus mampu mempertahankan jumlah DNA yang
terlarut, sehingga jumJahnya tetap (tidak terdegradasi/rusak) dan cukup untuk
digunakan dalam tahapan selanjutnya tanpa mengalami penurunan kualitas
maupun kuantitas DNA terlarut. Adapun tahapan proses ekstraksi DNA,
dimulai dari persiapan sampel, pemilihan metode ekstraksi yang tepat, hingga
didapatkan ekstrak DNA.
 DAFTAR PUSTAKA
Marwayana. 2015. Ekstraksi asam deoksiribonukleat (DNA) dari sampel jaringan
otot. ISSN 0216-18n.Vol. XL. No 2. Kelompok Penelitian Keanekaragaman
Hayati Laut dan Konservasi, Pusat Penelitian Oseanografi – LIPI.
Kristianto nugroho. 2017. Metode ekstraksi DNA cabai (capsicum annuum l.)
Menggunakan modifikasi bufer ctab (cethyl trimethyl ammonium bromide) tanpa
nitrogen cair. ISBN 4.2.423. Vol 4. No 2. Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian - Badan
Litbang Pertanian Jalan Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111.

Suryo, 2012. Genetika Strata 1. Gajah Mada University Press. Yogyakarta.

Yuwono, T. 2008. Bioteknologi Pertanian. Gadjah Mada University Press:

Yogyakarta.
Faatih, M. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurusan Pendidikan Biologi
FKIP, Universitas Muhammadiyah Surakarta. Jurnal Penelitian Sains dan
Teknologi, Vol. 10, No. 1, 2009:61-67.