KELOMPOK III
DISUSUN OLEH :
Puji dan syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena atas berkat dan rahmat-Nyalah kami
dapat menyelesaikan laporan hasil pengamatan mengenai “Tahapan ekstraksi, amplifikasi dan
elektroforesis pada DNA ikan kakap (Lutjanidae)”. Yang telah ditugaskan kepada Kelompok kami
untuk memenuhi salah satu tugas praktikum mata kuliah Genetika Perikanan.
Semoga laporan hasil pengamatan ini dapat memberikan sebuah manfaat bagi pembaca, dan
dapat membuat pembaca mengetahui serta menambah lebih banyak pengetahuan dan wawasan.
Kami sadar laporan hasil pengamatan yang kelompok kami buat belum sempurna adanya. Oleh
karena itu, saran dan pendapat untuk memperbaiki kesalahan dan kekurangan sangatlah dihargai.
Terima Kasih.
Kelompok III
BAB I
PENDAHULUAN
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting pada makhluk
hidup yang membawa keterangan genetik dari sel khusunya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus,
mitokondria, plastida dan sentriol. Komponen utama kromosom pada eukariota adalah DNA dan
protein histon. Protein histon bersifat basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA. Pada
dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA yang terdapat pada
nukleus yaitu DNA kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar nukleus tetapi masih di dalam
sel dinamakan DNA ektrakromosomal (DNA mitokondria, DNA kloroplas, dan DNA plasmid).
Dikutip dari Yuwono (2008), pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali
dilakukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada
bakteri Streptococcus pneumoniae. Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan
terjadinya proses transformasi pada S. pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan
oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun 1944. Mereka melakukan
ekstraksi terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak sel tersebut
diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan
menyebabkan proses transformasi menjadi hilang.
Mengetahui proses serta tahapan ekstraksi, amplifikasi dan elektrofolisis DNA dar ikan kerapu.
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Ekstraksi
Ekstraksi DNA adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya.
Ekstraksi DNA pada organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel
(lysis of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion), dan pengendapan DNA
( precipitation). DNA larut dalam air, tapi tidak larut dalam air asin. Perbedaan dalam tingkat
kelarutan DNA inilah yang akhirnya menjadi dasar dalam proses ekstraksi DNA. Ekstraksi
DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai organisme tingkat
tinggi, misalnya manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapat dalam sel dan inti sel. DNA
dapat diekstraksi dari segala macam organ yang terdapat pada bagian tubuh makhluk hidup
bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari daun, buah ataupun batangnya.
2.2 Amplifikasi
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR),
merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro.
Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah
semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua
kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci
utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan
DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target. Penggunaan PCR telah
berkembang secara cepat seirama dengan perkembangan biologi molekuler. PCR digunakan
untuk identifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS,
Genetic profiling in forensic, legal and bio-diversity applications, biologi evolusi, Site-directed
mutagenesis of genes dan mRNA Quantitation di sel ataupun jaringan.
2.3 Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu makromolekul
khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode
yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler (Bowen 2000: 1).
Elektroforesis gel adalah teknik memisahkan suatu makromolekul dengan cara memberi gaya pada
makromolekul tersebut untuk melewati medium berisi gel dibantu dengan tenaga listrik (Anonim ?: 1).
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan pada
medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub
negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Bowen 2000: 1). Molekul-molekul yang
bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul
yangbermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug & Cummings 1994:
215).Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan
dariprotein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai
metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat
setiap individu (Fairbanks & Andersen 1999: 280). Aplikasi elektroforesis dapat digunakan dalam uji
paternitas dan identifikasi pelaku kejahatan (DNA fingerprinting). Elektroforesis juga berperan dalam
human genome project
Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati suatu gel di
bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi
pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama (Campbell dkk.
2002:396--397). Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:
Alat Bahan
Mikropipet ukuran 20- Cawan Petri DNA Extraction Kit ; W1 Buffer, GSB
200,10-100, dan100- Buffer, Wash Buffer, GST Buffer,
1000µL Elution Buffer.
Vortex Bunsen Ethanol
Minispin Pinset Sampel ikan kerapu
Inkubator Gunting
Mikrotip Sentrifus
Praktikum 2 (Tahapan Amplifikasi)
Alat Alat
Mikropipet Minispin Template DNA pada tahap ektrasi
Mikrotip KIT PCR
Tube PCR Primer
Mesin PCR ddH2O
Vortex
Setelah alat dan bahan pada tabel di atas disiapkan maka langkah kerja untuk memulai
pengamatan sebagai berikut :
2. Bahan yang telah tercampur kemudian dimasukan ke dalam mesin PCR. Setting cycling
condition PCR seperti berikut:
➢ Initial denaturation: suhu 95oC selama 1 menit
➢ Densturation : suhu 95oC selama 15 detik
➢ Annealing: suhu 56oC selama 15 detik
➢ Extension: suhu 72oC selama 10 detik
➢ Final extension: suhu 72oC selama 5 menit
➢ Dan disimpan pada suhu 25oC selama 2 menit.
Hasil Praktikum
Tahap Ekstraksi
Hasil Praktikum
Tahap Amplifikasi
Hasil Praktikum
Tahap Elektrofolisis
4.2 Pembahasan
Ekstraksi adalah langkah pertama untuk memisahkan produk alami yang diinginkan dari bahan
baku. Dari sampel jaringan ikan kerapu yang telah diambil dengan menggunakan pisau dan
pinset akan diisolasi DNA-nya dengan cara mengambil beberapa bagian dari sampel ikan
kerapu tersebut, dengan memotong bagian jaringannya, kurang lebih 25 µgrm yang kemudian
ditambahkan DNA extraction. Hasil ekstraksi yang didapat adalah berupa Extraction product
Reaksi pelipat gandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan denaturasi DNA
template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda (double stranded) akan terpisah
menjadi rantai tunggal (single stranded). Denaturasi DNA dilakukan dengan menggunakan
panas (95 derajat celcius)selama 1-2 menit. Kemudian suhu diturunkan menjadi 56 derajat
celcius sehingga primer akan "menempel" (annealing) pada cetakan yang telah terpisah
menjadi rantai tunggal. Primer akan membentuk jembatan hidrogen dengan cetakan pada
daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen primer. Kemudian setelah dilakukan
penempelan oligunukleotida primer dengan DNA cetakan, suhu inkubasi dinaikan menjadi 72
derajat celcius selama 1,5 menit, pada suhu ini DNA polimerase akan melakukan proses
polimerase rantai DNA yang baru berdasarkan informasi yang ada pada DNA cetakan
(Yuwono, 2006)
Praktikum elektroforesis gel menggunakan gel agarosa. Gel agarosa diperoleh dari rumput laut
dan biasanya digunakan dalam konsentrasi 0,5--2%. Alasan memakai agarosa dibandingkan
poliakrilamida adalah agarosa mudah untuk disiapkan karena proses pembuatannya mudah.
Gel agarosa dibuat dengan cara mencampurkan bubuk agarosa dengan larutan buffer,
kemudian dipanaskan dan tunggu sampai mengeras. Gel agarosa juga bersifat non-toxic
(Bowen 2000: 1). Selain itu praktikum elektroforesis gel juga menggunakan alat-alat yang
mempunyai fungsi dan peranan masing-masing. Alat-alat tersebut adalah mikropipet, apparatus
elektroforesis, power supply, sumber sinar UV, dan sarung tangan lateks. Mikropipet
berfungsi untuk memindahkan sampel dan larutan lainnya dari tube ke dalam well-well pada
aparatus elektroforesis. Apparatus elektroforesis terdiri atas comb (sisir) yang membentuk well
(sumur) pada gel agarosa, tray yang merupakan wadah cetakan gel, dan chamber yang
merupakan medium tempat berlangsungnya proses elektroforesis. Power Supply (DC) sebagai
sumber energi untuk aparatus elektroforesis. Sumber Sinar UV berfungsi untuk membantu
mengamati hasil band yang tampak sehingga terlihat lebih jelas.
Sarung tangan lateks berfungsi untuk melindungi tangan agar tidak bersentuhan langsung
dengan etidium bromida yang bersifat karsinogenik atau penyebab kanker (Birren & Lai 1993:
79--81). Praktikum elektroforesis gel dimulai dengan pembuatan gelagarosa. Secara umum,
proses pembuatan gel agarosa dilakukan dengan cara mencampurkan bubuk agarosa dengan
larutan buffer, dipanaskan di dalam microwave, dituangkan ke dalam cetakan yang telah
disiapkan dengan comb- nya dan tunggu sampai mengeras. Bubuk agarosa yang digunakan
sebanyak 0,4 gr dan larutan running buffer TAE sebanyak 40 mL yang berperan untuk
memudahkan migrasi dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan kekuatan ionik (Bowen 2000:
3). Penanganannya harus dilakukan dengan sarung tangan karet (Bowen 2000: 4). Setelah gel
mengeras, gel dimasukkan ke dalam ruang elektroforesis dan dilakukanpenambahan running
buffer. Penambahan running buffer dilakukan dengan tujuan mempermudah pengerasan gel
saat dilakukan pemanasan (Gardner et al. 1991: ?). Running elektroforesis dilakukan pada
tegangan 80 Volt selama 30 menit.Kecepatan migrasi DNA sangat dipengaruhi oleh tegangan
elektroforesis. Fragmen DNA yang besar akan bergerak lebih cepat dibandingkan dengan
fragmen DNA yang kecil (Bowen 2000: 4).Berdasarkan pengamatan pada hasil praktikum
elektroforesis, terletak pada ukuran ± 450 bp dan ketebalan pita DNA yang terbentuk akan
menunjukan kualitas karakter genetik dari sampel yang dianalisis.
Tingkat ketebalan pita DNA ditentukan dari kemurnian atau proses ekstraksi yang kurang tepat
pada sampel yang diamati, sehingga menyebabkan sampel tersebut tidak memiliki kualitas
yang bagus.Kualitas DNA akan sangat berpengaruh terhadap analisis karakter genetic
selanjutnya.Menurut Irmawati (2003) mengatakan bahwa pita DNA yang tebal dan mengumpul
(tidak menyebar) menunjukan konsentrasi yang tinggi dan DNA yang diekstrak dalam kondisi
utuh, sedangkan pita DNA yang terlihat menyebar menunjukan adanya ikatan antar molekul
DNA yang terputus pada saat proses ekstraksi berlangsung, sehingga genom DNA terpotong
menjadi bagian-bagian yang lebih kecil. Terputusnya ikatan antar molekul tersebut dapat
disebabkan oleh adanya gerakan fisik yang berlebihan yang dapat terjadi dalam proses
pemipetan, pada saat dibolak balik dalam ependorf, disentrifus,atau bahkan karena temperature
yang terlalu tinggi dank arena aktivitas bahan-bahan kimia tertentu.
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Dari sampel jaringan ikan kerapu yang telah diambil dengan menggunakan pisau dan pinset
akan diisolasi DNA-nya dengan cara mengambil beberapa bagian dari sampel ikan kerapu
tersebut, dengan memotong bagian jaringannya, kurang lebih 25 µgrm yang kemudian
ditambahkan DNA extraction. Hasil ekstraksi yang didapat adalah berupa Extraction product
Reaksi pelipat gandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan denaturasi DNA
template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda (double stranded) akan terpisah
menjadi rantai tunggal (single stranded). Denaturasi DNA dilakukan dengan menggunakan
panas (95 derajat celcius)selama 1-2 menit. Kemudian suhu diturunkan menjadi 56 derajat
celcius sehingga primer akan "menempel" (annealing) pada cetakan yang telah terpisah
menjadi rantai tunggal.
Praktikum elektroforesis gel menggunakan gel agarosa. Gel agarosa diperoleh dari rumput
laut dan biasanya digunakan dalam konsentrasi 0,5--2%. Alasan memakai agarosa
dibandingkan poliakrilamida adalah agarosa mudah untuk disiapkan karena proses
pembuatannya mudah. Gel agarosa dibuat dengan cara mencampurkan bubuk agarosa dengan
larutan buffer, kemudian dipanaskan dan tunggu sampai mengeras. Gel agarosa juga bersifat
non-toxic (Bowen 2000: 1). Selain itu praktikum elektroforesis gel juga menggunakan alat-
alat yang mempunyai fungsi dan peranan masing-masing. Alat-alat tersebut adalah
mikropipet, apparatus elektroforesis, power supply, sumber sinar UV, dan sarung tangan
lateks. Mikropipet berfungsi untuk memindahkan sampel dan larutan lainnya dari tube ke
dalam well-well pada aparatus elektroforesis.
DAFTAR PUSTAKA