LAPORAN PRAKTIKUM

TEKNIK DASAR LABORATORIUM

ACARA III
EKSTRAKSI DNA TANAMAN

Oleh :
Tri Angga Prasetyo
A1D022175
Rombongan 3

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERTANIAN
PURWOKERTO
2023
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
karuniaNya, sehingga penulisan laporan praktikum “Ekstraksi DNA Tanaman”.
Penulisan praktikum bertujuan untuk menuntaskan mata kuliah Teknik Dasar
Laboratorium dan melaporkan hasil selama dilaksanakannya praktikum. Dalam
penulisan laporan ini, penulis mengucapkan terimakasih yang setulus-tulusnya
kepada semua pihak yang telah membantu terselesaikan laporan praktikum ini.
Adapun pihak-pihak tersebut antara lain :

1. Kepada seluruh dosen pengampu mata kuliah Teknik Dasar Laboratorium.

2. Kepada asisten praktikum Teknik Dasar Laboratorium rombongan 3, yaitu
Muthia Hanin dan Agleria Rante.
3. Seluruh petugas laboratorium Fakultas Petanian Jenderal Soedirman.
4. Orang tua,sahabat,kerabat, dan pihak-pihak lainnya yang tidak bisa menulis
satu persatu.

Demikianlah Laporan Praktikum Teknik Dasar Laboratorium penulis

membuat laporan ini dengan sepenuh hati. Oleh karena itu, penulis menerima segala
bentuk dari saran dan kritik yang membangun demi kesempurnaan laporan
praktikum ini. Semoga laporan praktikum ini memiliki nilai manfaat bagi para
pembaca.

Purwokerto, 4 Juni 2023

Tri Angga Prasetyo

NIM A1D022175

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................ ii

DAFTAR ISI .......................................................................................................... iii

DAFTAR TABEL .................................................................................................. iv

I. PENDAHULUAN ............................................................................................... 1

A. Latar Belakang ............................................................................................... 1

B. Tujuan ............................................................................................................. 2

II. TINAJAUAN PUSTAKA .................................................................................. 3

III. METODE PRAKTIKUM ................................................................................. 6

A. Alat dan Bahan ............................................................................................... 6

B. Prosedur Kerja ................................................................................................ 6

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................................ 9

A. Hasil ............................................................................................................... 9

B. Pembahasan .................................................................................................. 15

V. KESIMPULAN DAN SARAN ........................................................................ 19

A. Kesimpulan .................................................................................................. 19

B. Saran ............................................................................................................. 19

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 20

LAMPIRAN .......................................................................................................... 22

iii
 DAFTAR TABEL

Tabel 4. 1 Ekstraksi DNA tanaman dengan metode CTAB.......................................9

Tabel 4.2. Ekstraksi DNA sederhana......................................................................12

iv
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Asam nukleat merupakan unsur penting makhluk hidup yang berperan

mengatur seluruh aktivitas hidup. Perkembangan IPTEK juga tidak lepas dari
analisis tingkat molekuler yang melibatkan asam nukleat (DNA). Analisis tingkat
molekuler dengan DNA sebagai objeknya dimulai dari proses ektraksi DNA untuk
mendapatkan DNA yang murni dengan konsentrasi tinggi sehingga dapat
digunakan untuk analisis molekuler selanjutnya, seperti PCR, RLFP, dan RAPD.
DNA adalah rantai polinukleotida yang merupakan lokasi ditemukannya gen itu
sendiri. DNA di dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi. Tujuan isolasi
DNA yaitu untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan
karbohidrat (Setiaputri et al., 2020).

Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen-

komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA pada makhluk hidup eukariot dilakukan
dengan cara proses peleburan dinding sel, eliminasi protein dan RNA (cell
digestion), dan pengendapan DNA (precipitation). DNA terlarut dalam air, akan
tetapi tidak terlarut dalam air asin. Perbedaan dalam tingkat kelarutan DNA inilah
yang menjadi dasar dalam proses ekstraksi DNA. Pada dasarnya ekstraksi memiliki
dua prinsip, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan proses untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
memiliki berat molekul lebih besar akan terletak di bagian bawah tabung dan
molekul yang ringan akan terletak di atas tabung. Hasil sentrifugasi akan
memperlihatkan dua macam fraksi yang berbeda dan terpisah. Presipitasi berfungsi
untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini,
kami akan mengekstrak DNA dengan metode sederhana dan metode CTAB (Sari
et al., 2022).

1
 Begitu pentingnya pengetahuan tentang ekstraksi DNA, sehingga menjadi
suatu kewajiban bagi mahasiswa jurusan Agroteknologi untuk mempelajarinya.
Selain itu dengan melaksanakan praktikum tentang ekstraski DNA ini, praktikan
secara langsung juga dapat mengetahui alat-alat dan bahan-bahan yang digunakan
pada praktikum ini. Berdasarkan pemaparan diatas, maka pada praktikum kali ini
akan dilakukan ekstraksi DNA menggunakan dua metode yaitu ekstraksi DNA
dengan metode CTAB dan ekstraksi DNA dengan metode sederhana. Ekstrasi DNA
metode sederhana ini berfungsi untuk mengetahui prinsip dasar ekstrasi DNA
tanaman.

B. Tujuan

Tujuan dilakukannya pratikum tentang ekstraksi DNA tanaman yaitu untuk :

1 Mengetahui prinsip dasar ekstraksi DNA.

2 Mengetahui cara melakukan ekstraksi DNA tanaman dan alat-alat yang
digunakan.

2
 II. TINAJAUAN PUSTAKA

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah unsur kimia yang paling penting pada
makhluk hidup yang membawa matrei genetik dari sel khusunya ataupun dari
makhluk hidup dalam mewariskan materi genetik dari satu keturunan ke keturunan
selanjutnya. DNA dapat ditemukan di nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol.
DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur pertumbuhan dan perkembangan biologis ke seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA mempunyai struktur pilinan utas ganda yang anti
pararel dengan komponen-komponennya, yaitu deoksiribosa, gugus fosfat dan
pasangan basa. Setiap sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom merupakan set materi
yang lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu makhluk hidup dan
berkoordinasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diekstraksi, baik pada manusia
maupun tumbuhan (Purwoko, 2019).
Komponen utama kromosom pada eukariota adalah DNA dan protein
histon. Protein histon bersifat basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA.
Pada dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA yang
terdapat pada nukleus yaitu DNA kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar
nukleus tetapi masih di dalam sel dinamakan DNA ektrakromosomal (DNA
mitokondria, DNA kloroplas, dan DNA plasmid). DNA mempunyai bentuk pilinan
utas ganda yang antiparalel dengan komponen yang dimiliki, yaitu gula pentosa
(deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Pasangan basa pada DNA dibagi
menjadi dua macam, meliputi basa purin dan pirimidin. Basa purin terdiri atas
adenin dan guanin yang mempunyai bentuk cincin ganda, sedangkan basa pirimidin
terdiri atas sitosin dan timin yang mempunyai bentuk cincin tunggal. Jika guanin
berikatan dengan sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan
adenin berikatan dengan timin maka hanya akan membentuk dua ikatan hidrogen.
Satu materi penyusun DNA terdiri dari satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu
pasang basa yang disebut nukleotida (Pertiwi, 2014).

3
 Ekstraksi DNA adalah tahapan dalam analisis molekuler. Permasalahan
dalam ekstraksi DNA masih menjadi halyang perlu diatasi. Kuantitas dan kualitas
DNA hasil ekstraksi bermacam-macam tergantung dari spesies tanaman sehingga
akan mempengaruhi analisis seperti hibridisasi DNA, pemotongan DNA dengan
enzim restriksi ataupun analisis dengan PCR Proses mengeluarkan DNA dari
nucleus, mitokondria ataupun organel lain dengan metode ekstraksi atau lisis
biasanya dilakukan dengan homogenasi dengan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah rusaknya DNA. Pada kondisi sampel tertentu, untuk
membantu lisis dari membran sel/nucleus/organel atau juga dinding sel, maka
sampel daun dimasukkan ke nitrogen cair dan langsung tumbuk sebelum
ditambahkan buffer ekstraksi. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga struktur
DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam
menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi
DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA. Senyawa yang biasa digunakan
untuk memaksimalkan hasil ekstraksi DNA yang murni ditambahkan fenol,
kloroform, dan isoamil alkohol (Wirajana et al., 2013).
Proses selanjutnya adalah pemisahan DNA dari komponen sel yang lain,
kontaminan yang tidak diinginkan, termasuk debris sel dapat dilakukan
sentrifugasi. Setelah dilakukan ekstraksi, proses selanjutnya adalah presipitasi
DNA dengan menggunakan etanol absolut, isopropanol, atau fenol. DNA akan
dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida
dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi. Fenol
seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi dengan
menggunakan fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya dan mengalami
presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi. Selain
DNA, semua bahan yang lain akan larut dalam etanol dingin. Dengan demikian saat
dilakukan sentrifugasi, maka DNA akan mengendap dan terpisah dari senyawa-
senyawa/bahan lain (Fihiruddin et al., 2022).
Banyak strategi yang digunakan untuk ekstraksi DNA dari sel bakteri, seperti
enzimatik, kimiawi atau termal lisis, dan gangguan mekanik pada dinding sel.
Variasi dalam efisiensi lisis dan fundamental DNA dapat mempengaruhi

4
keberhasilan analisis DNA dengan metode seperti PCR. Setiap pendekatan
kerusakan sel memiliki kelebihan dan kekurangan tertentu. Metode kimia
menggunakan deterjen untuk melarutkan membran sel seperti SDS, Triton X-100,
dan CTAB (Ahmed et al., 2014). Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan berbagai
metode konvensional maupun menggunakan kit. Ekstraksi DNA secara
konvensional bisa dilakukan dengan metode CTAB, metode SDS, dan metode fenol
kloroform. Seiring perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, ektraksi DNA
dapat dilakukan menggunakan kit dari berbagai merk (Fitriya et al., 2015).
Ketersediaan DNA genomik dari mikroorganisme diperlukan untuk kloning
gen dan memilih konstruksi rekombinan, dan untuk taksonomi dan diagnostik.
Metode sebelumnya untuk DNA genom ekstraksi dari bakteri atau jamur
memerlukan waktu lama untuk menyelesaikan. Metode ini termasuk menggunakan
SDS / CTAB / proteinase K, SDS lisis, lisozim / SDS, lisozim / SDS / proteinase
K, bead-vortexing / SDS, dan lisis mekanik menggunakan kecepatan tinggi pada
disrupsi sel. Meskipun metode ini cocok untuk ekstraksi DNA pada bakteri atau
jamur, namun masih memiliki kelemahan termasuk manipulasi yang lama, seperti
perubahan 4-6 microcentrifuge, inkubasi, curah hujan, elusi atau mencuci dan
langkah pengeringan atau bahkan peralatan khusus (Rendowaty et al., 2017).
Langkah pertama untuk mendapatkan DNA plasmid adalah dengan
menumbuhkan sel-sel bakteri yang mengandung plasmid rekombinan. Setelah itu
sel dipanen, dinding serta membran sel dipecah sehingga isi sel (ekstrak sel) keluar.
Ekstrak sel ini kemudian dipurifikasi dengan serangkaian perlakuan sehingga
diperoleh DNA plasmid yang murni. Isolasi DNA yang dilakukan dalam penelitian
ini menurut standar prosedur yang sudah biasa dilaksanakan. Homogenisasi sel
dengan prosedur ini akan menghasilkan DNA utuh karena proses ini menyebabkan
disrupsi sel dan tercucinya komponen-komponen sel lain selain DNA. Penambahan
kloroform setelah sentrifugasi memisahkan larutan menjadi fase cair dan padat
dimana fase cair merupakan DNA dan fase padat adalah campuran protein dan
DNA (Diningsih et al., 2021).

5
 III. METODE PRAKTIKUM

A. Alat dan Bahan

Dalam praktikum ekstraksi DNA tanaman menggunakan dua metode. Metode

ekstraksi DNA sederhana menggunakan alat dan bahan yaitu : gelas beaker, spatula
logam, plastik bening, saringan teh, sabun cuci piring, NaCl, alkohol dan pisang.
Sedangkan metode ekstrasi DNA dengan CTAB menggunakan alat dan bahan yaitu
: mortar pestle, tabung koleksi 2 ml, vortex, spatula logam, inkubator, mikropipet,
hot plate magnetic stirrer, sarung tangan, setrifuge, nitogen cair, sampel daun,
alkohol 70%, alkohol 96%, amonium asetat, Isopropanol, buffer ekstraksi, buffer
TE, dan kloroform.

B. Prosedur Kerja

Prosedur kerja pada praktikum ekstraksi DNA tanaman sebagai berikut :

1. Ekstraksi DNA tanaman dengan metode CTAB :

a. Alat dan bahan disiapkan.

b. Sampel tanaman ditimbang sebanyak 0,5 gram.
c. Sampel dimasukkan dan gerus menggunakan mortar sambil ditambahkan
nitrogen cair.
d. Hasil gerusan kemudian dimasukkan ke dalam tube 2 ml dan ditambahkan
buffer ekstraksi sebanyak 1000 mikroliter menggunakan mikropipet.
e. Selanjutnya, tube dimasukkan ke inkubator dan di inkubasi di waterbath
dengan suhu 65 derajat celsius selama 60 menit. Setiap 10 meit tube
dibolak-balik.
f. Tube dikeluarkan dari waterbath dan di inkubasi di suhu ruang selama 10-
15 menit.

6
 g. Kemudian, CIA (cloroform isoamilalkohol) ditambahkan sebanyak 700
mikroliter dan dihomogenkan menggunakan vortex.
h. Selanjutnya sentrifuse dengan kecepatan 11.600 rpm selama 10-15 menit.
Setelah disentrifuse, terdapat 3 lapisan larutan dalam tube. Lapisan atas
(supernatan) merupakan larutan yang membawa DNA.
i. Supernatan diambil dan dipindahkan ke tube 2 ml yang baru. Kemudian,
ditambahkan isopropanol sebanyak 700 mikroliter.
j. Setelah ditambahkan isopropanol, didinginkan di pendingin dengan suhu -
20 derajat celcius selama 60 menit.
k. Setelah beku, tube di inkubasi selama 15 menit pada suhu ruang.
l. Selanjutnya lakukan setrifuse selama 10-15 menit pada kecepatan 11.600
rpm.
m. Setelah disetrifuse, larutan supernatan dibuang secara perlahan. Setelah
dibuang calon DNA templet sudah terlihat seperti benang-benang tipis.
n. Selanjutnya dilakukan tahapan pencucian DNA menggunakan Etanol 70%.
Pencucian DNA dilakukan dengan menambahkan 700 mikroliter, kemudian
diinkubasi selama 10 menit dan supernatan dibuang kembali.
o. Tahapan pencucian diulangi lagi dengan ditambahkan Etanol 70% sebanyak
700 mikroliter dan supernatan dibuang kembali.
p. DNA hasil ekstraksi dikeringkan dengan menyimpannya di cabinet PCR
selama satu malam.

2. Ekstraksi DNA Sederhana

a. Alat dan bahan disiapkan.

b. Pisang yang tersedia dikupas, kemudian dimasukkan ke dalam plastik
bening lalu ditekan-tekan hingga halus.
c. Air dimasukkan ke gelas beaker kemudian ditambahkan sabun cuci
piring.
d. Garam dapur dimasukkan secukupnya ke dalam wadah yang sudah
tersisi air dan sabun cuci piring.

7
e. Gelas beaker yanag telah terisi air, sabun cuci piring,dan garam dapur
diaduk hingga merata.
f. Pisang yang sudah dimasukkan ke dalam gelas beaker yang terisi larutan
sabun cuci piring,garam, dan air kemudian diaduk hingga homogen.
g. Campuran pisang dengan larutan homogen kemudian disaring
menggunakan saringan pada gelas beaker.
h. Campuran pisang dengan larutan homogen yang sudah disaring
ditambahkan dengan alkohol 70% kemudian didiamkan selama 5 menit.
i. Sendok dan diamati perubahan yang muncul.

8
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 4. 1 Ekstraksi DNA tanaman dengan metode CTAB

No Langkah Kerja Dokumentasi Keterangan

1 Alat dan bahan disiapkan. Alat dan bahan yang
Alat dan bahan yang digunakan meliputi :
digunakan meliputi : mortar mortar pestle, tabung
pestle, tabung koleksi 2 ml, koleksi 2 ml, vortex,
vortex, spatula logam, spatula logam,
inkubator, mikropipet, hot inkubator,
plate magnetic stirrer, mikropipet, hot plate
sarung tangan, setrifuge, magnetic stirrer,
nitogen cair, sampel daun, sarung tangan,
alkohol 70%, alkohol 96%, setrifuge, nitogen
amonium asetat, cair, sampel daun,
Isopropanol, buffer alkohol 70%, alkohol
ekstraksi, buffer TE, dan 96%, amonium
kloroform. asetat, Isopropanol,
buffer ekstraksi,
buffer TE, dan
kloroform.
2 Sampel tanaman ditimbang Diperoleh sampel
sebanyak 0,5 gram. tanaman yang
memikiki berat o,5
gram.

9
3 Sampel dimasukkan dan Diperoleh hasil
gerus menggunakan mortar serbuk daun yang
sambil ditambahkan halus. Semakin halus
nitrogen cair. maka semakin
mudah sampel
diekstraksi.
4 Hasil gerusan kemudian Diperoleh hasil
dimasukkan ke dalam tube 2 campuran sampel
ml dan ditambahkan buffer dengan buffer
ekstraksi sebanyak 1000 ekstraksi.
mikroliter menggunakan
mikropipet.
5 Selanjutnya, tube Diperoleh hasil
dimasukkan ke inkubator latutan sampel yang
dan di inkubasi di waterbath bebas dengan
dengan suhu 65 derajat kontaminan.
celsius selama 60 menit.
Setiap 10 menit tube
dibolak-balik.
6 Tube dikeluarkan dari Diperoleh larutan
waterbath dan di inkubasi di sampel yang sudah
suhu ruang selama 10-15 dingin dan suhunya
menit. sudah sama dengan
suhu ruang.

7 Kemudian, CIA (cloroform Diperoleh larutan

isoamilalkohol) sampel yang
ditambahkan sebanyak 700 homogen.
mikroliter dan
dihomogenkan
menggunakan vortex.

10
8 Selanjutnya sentrifuse Setelah disentrifuse,
dengan kecepatan 11.600 diperoleh 3 lapisan
rpm selama 10-15 menit. larutan dalam tube.
Lapisan atas
(supernatan)
merupakan larutan
yang membawa
DNA.
9 Supernatan diambil dan Diperoleh larutan
dipindahkan ke tube 2 ml yang sudah
yang baru. Kemudian, tercampur dengan
ditambahkan isopropanol Isopropanol 700
sebanyak 700 mikroliter. mikroliter.

10 Setelah ditambahkan Diperoleh tarutan

isopropanol, didinginkan di yang beku.
pendingin dengan suhu -20
derajat celcius selama 60
menit.

11 Setelah beku, tube di Diperoleh larutan

inkubasi selama 15 menit sampel yang murni
pada suhu ruang. tanpa adanya
kontaminasi mikroba
lain.

12 Selanjutnya lakukan Diperoleh 2 lapisan

setrifuse selama 10-15 yaitu lapisan
menit pada kecepatan supernatan dan
11.600 rpm. lapisan DNA.

11
 13 Setelah disetrifuse, larutan Diperoleh templet
supernatan dibuang secara DNA total yang
perlahan. sudah terlihat seperti
benang-benang tipis
yang mengendap di
tube yang digunakan.
14 Selanjutnya dilakukan Diperoleh sampel
tahapan pencucian DNA DNA yang terbebas
menggunakan Etanol 70%. dari DNA acer yang
Pencucian DNA dilakukan berpotensi merusak
dengan menambahkan 700 DNA.
mikroliter, kemudian
diinkubasi selama 10 menit
dan supernatan dibuang
kembali.
15 Tahapan pencucian diulangi Diperoleh sampel
lagi dengan ditambahkan DNA yang terpisah
Etanol 70% sebanyak 700 dengan supernatan.
mikroliter dan supernatan
dibuang kembali.

16 DNA hasil ekstraksi Diperoleh hasil

dikeringkan dengan ekstraksi DNA yang
menyimpannya di cabinet kering.
PCR selama satu malam.

Tabel 4.2. Ekstraksi DNA sederhana

No Langkah-Langkah Dokumentasi Keterangan

12
1 Alat dan bahan disiapkan. Alat yang digunakan
meliputi : gelas
beaker, spatula
logam, plastik
bening, saringan teh,
sabun cuci piring,
NaCl, alkohol dan
pisang.
2 Pisang yang tersedia Diperoleh hasil
dikupas, kemudian pisang yang telah
dimasukkan ke dalam ditekan-tekan hingga
plastik bening lalu ditekan- halus.
tekan hingga halus.

3 Air dimasukkan ke gelas Diperoleh air yang

beaker kemudian sudah tercampur
ditambahkan sabun cuci dengan larutan sabun
piring. cuci piring.

4 Garam dapur dimasukkan Garam dapur telah

secukupnya ke dalam wadah dimasukkan ke gelas
yang sudah tersisi air dan beaker berisi air dan
sabun cuci piring. sabun cuci piring.

5 Gelas beaker yanag telah Diperoleh larutan

terisi air, sabun cuci yang homogen.
piring,dan garam dapur
diaduk hingga merata.

13
6 Pisang yang sudah Diperoleh larutan
dimasukkan ke dalam gelas yang homogen.
beaker yang terisi larutan
sabun cuci piring,garam,
dan air kemudian diaduk
hingga homogen.
7 Campuran pisang dengan Campuran pisang
larutan homogen kemudian dengan larutan
disaring menggunakan homogen sudah
saringan pada gelas beaker. disaring.

8 Campuran pisang dengan DNA mulai

larutan homogen yang menggumpal
sudah disaring ditambahkan
dengan alkohol 70%
kemudian didiamkan selama
5 menit.

9 Sendok dan diamati Terlihat DNA seperti

perubahan yang muncul. benang atau kapas
yang terangkat ke
permukaan. Tekstur
DNA seperti lendir
dan terlihat ada tiga
bagian sisi yang
berbeda warnanya
yaitu sisi atas,
tengah, dan bawah.

14
 B. Pembahasan

Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah menghancurkan dinding dan membran

sel tanaman lalu mengeluarkan DNA yang terdapat dalam nukleus tanpa
menyebabkan kerusakan pada DNA tersebut. Secara umum proses ekstraksi DNA
dibagi menjadi beberapa tahap yaitu persiapan materi yang akan digunakan, proses
penghancuran sel, penghilangan senyawa kontaminan, dan pengumpulan DNA.
DNA yang diekstrak harus terbebas dari senyawa kontaminan seperti polisakarida,
polifenol, dan tanin yang seringkali ikut terbawa dan dapat menghambat kerja
beberapa enzim dalam kegiatan molekuler (Nugroho et al., 2027).
Sebelum ekstraksi DNA dilakukan, sampel daun sterilisasi terlebih dahulu
dengan diusap menggunakan alkohol 70%. Tujuannya untuk menghilangkan
kontaminan debu dan mikroorganisme yang menempel pada sampel daun. Sebelum
dilakukan penggerusan sampel daun dengan nitrogen cair hingga menjadi serbuk,
tulang daun dibuang agar sampel daun yang digerus lebih mudah hancur.
Selanjutnya pencampuran dengan buffer ekstraksi. CTAB merupakan sejenis
deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan
karbohidrat , merusak membran sel dan melarutkan DNA. Apabila dinding sel
tergdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke
dalam buffer ekstraksi (Triani, 2020).
Dalam proses ekstraksi DNA tanaman, penambahan senyawa pereduksi
seperti merchaptoetanol dapat mencegah proses oksidasi senyawa fenolik sehingga
menghambat aktivitas radikal bebas yang dihasilkan oleh oksidasi fenol terhadap
asam nukleat. Merchaptoetanol juga berfungsi untuk melindungi RNA dari
senyawa quinon, disulphide, peroksida, poliphenoksidase, dan protein.
Homogenisasi dengan menggunakan vortex, kemudian diinkubasi dengan waterbath
yang bertujuan untuk pemanasan. Proses pemanasan pertama bertujuan untuk
melarutkan CTAB dan merchaptoetanol. Sedangkan pemanasan yang kedua
bertujuan untuk mendegradasi protein dan dinding sel. Pemisahan dilakukan
menggunakan mesin centrifuge. Fungsi sentrifugasi dengan mesin centrifuge
bertujuan untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.

15
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung
dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas
dan pelet pada bagian bawah. Isolasi DNA menggunakan teknik sentrifugasi
(Siswanto et al., 2016).
Penambahan CHISAM (chloroform isoamylalcohol) berfungsi untuk
mengekstrak dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ekstraksi
yang mengkontaminasi larutan DNA . Penambahan buffer pencuci (washing buffer)
bertujuan untuk mencuci DNA dari pengotor (Utami et al., 2013). Pemberian
isopropanol dan etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi
presipitasi. Supernatan (bagian atas) dibuang dan bagian pellet (DNA)
dikeringanginkan di dalam LAF. Hal ini bertujuan untuk mengeringkan pellet dari
sisa-sisa buffer maupun etanol. Terakhir, bagian pellet yaitu DNA yang berhasil
diisolasi. Tahapan terakhir penambahan buffer TE berfungsi untuk melarutkan
DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Dalam buffer TE
mengandung EDTA yang berfungsi sebagai senyawa pengkelat yang mengikat ion
Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk aktivitas berbagai enzim
nuklease (Emilia et al., 2021).
Setelah DNA berhasil diisolasi, langkah selanjutnya yaitu pengukuran
kualitas dan kuantitas DNA. Pengukuran kualitas DNA dilakukan dengan
elektroforesis. Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan
DNA berdasarkan ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya (Utami et
al., 2013) Hasil elektroforesis dilihat secara visual dengan menggunakan alat
elekrtroforensis gel. DNA berkualitas baik apabila hasil elektroforesis
menunjukkan pita DNA yang jelas. Fungsi Ethidium Bromide (EtBr) adalah sebagai
pewarna DNA pada gel elektroforesis (Artati, 2013).
Metode ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita DNA yang
berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya
perbedaan karakteristik kelarutan. Metode ini tidak membutuhkan biaya yang lebih
mahal dibandingkan dengan menggunakan kit. Selain itu, kelebihan dari ekstraksi
ini adalah pita DNA yang diperoleh lebih tebal bila dibandingkan dengan ekstraksi

16
metode fenol dan tanpa fenol. Sepektrofotometer digunakan untuk mengukur nilai
konsentrasi DNA. Sampel DNA diukur pada absorbansi 260 nm dan 280 nm.
Kemurnian DNA ditentukan oleh tingkat kontaminasi protein dalam larutan,
molekul DNA yang telah terukur dapat diketahui mencapai nilai standar yang
berkisar antara 1,8-2,0 nm. Jika nilai tersebut lebih kecil dari 1,8 nm maka dapat
terindikasi mengalami kontaminasi protein, alkohol, atau fenol didalam larutan.
Apabila terjadi kesulitan dalam menemukan dan mengukur kemurnian serta
konsentrasi DNA, hal ini disebabkan DNA yang berada dalam tube menyebar atau
berada hanya pada satu titik saja (Triani, 2020).
Kemurnian DNA dapat dilihat dari rasio absorbansi DNA (A260/A280). Nilai
rata-rata kemurnian DNA yang diperoleh berkisar antara 1,4-2,0. Hasil isolasi DNA
dikatakan murni jika nilai rasio A260/280 antara 1,8 hingga 2,0. Sampel yang telah
dicampur dengan larutan lysis buffer diinkubasi pada suhu tertentu. Larutan lysis
buffer berfungsi untuk menghancurkan jaringan dan membran sel, mengeliminasi
kontaminan, sehingga yang didapatkan pada tahap ini ialah DNA genom. Jika suhu
inkubasi yang digunakan terlalu tinggi maka dapat merusak DNA, sedangkan jika
suhu terlalu rendah maka membran serta jaringan sel tidak dapat hancur. Larutan
lysis buffer bekerja dengan optimal pada suhu yang tidak terlalu rendah (Triani,
2020).
Lama waktu inkubasi juga berpengaruh terhadap tinggi atau rendahnya
konsentrasi DNA. Jika terlalu lama diinkubasi maka dapat merusak DNA dan jika
terlalu sebentar tidak dapat menghancurkan membran dan jaringan sel. Oleh karena
itu, suhu dan waktu harus diatur dengan baik agar didapatkan DNA dengan
konsentrasi sesuai. Konsentrasi maupun kemurnian DNA yang dihasilkan sangat
dipengaruhi oleh faktor teknis selama pengerjaan isolasi DNA, diantaranya yaitu
faktor pemindahan supernatan yang mengandung DNA setelah diinkubasi ke dalam
tube baru dan pengeringan isolat. Pemindahan harus dilakukan dengan teliti supaya
jaringan-jaringan yang telah hancur dan berada di bagian bawah tube tidak ikut
terambil, sedangkan pengeringan pelet DNA pada akhir isolasi harus kering dari
larutan purifikasi yang sebelumnya digunakan. Jika pengeringan tersebut kurang
sempurna, maka larutan purifikasi seperti alkohol atau etanol dapat menurunkan

17
nilai kemurnian DNA pada saat pengukuran pada spektrofotometer (Abbas et al.,
2022).
Definisi DNA genom ialah DNA yang dimiliki oleh sel dari suatu makhluk
hidup, yaitu DNA inti, DNA mitokondria, DNA kloroplas dan DNA plasmid (pada
sel bakteri). Masing-masing organisme memiliki ukuran DNA genom yang
berbeda- beda. Isolasi DNA genom pada penelitian ini selanjutnya dilakukan uji
kualitas yaitu dengan cara divisualisasikan pada gel agarose 1%. Kualitas pita DNA
yang dihasilkan melalui uji kualitas (visualisasi) DNA pada. Pita DNA ada yang
terlihat lebih terang dan tebal dibandingkan sampel pita DNA lain. Hal ini berkaitan
dengan konsentrasi DNA yang diperoleh, semakin tinggi konsentrasi yang
didapatkan, maka pita yang terbentuk semakin tebal dan terang Dari hasil
kemurnian dan konsentrasi DNA yang diperoleh pada penelitian ini, metode CTAB
efektif untuk digunakan pada isolasi DNA tanaman jeruk. Apabila dibandingkan
dengan metode isolasi menggunakan kit isolasi DNA, maka metode CTAB dapat
menekan pengeluaran biaya karena harga lebih rendah. Selanjutnya DNA yang
diperoleh dari hasil isolasi dapat digunakan untuk penelitian berikutnya, seperti
penelitian identifikasi tanaman dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)
menggunakan penanda marka molekuler (Murtiyaningsih, 2017).
Ketersediaan DNA genomik dari mikroorganisme diperlukan untuk kloning
gen dan memilih konstruksi rekombinan, dan untuk taksonomi dan diagnostik.
Metode sebelumnya untuk DNA genom ekstraksi dari bakteri atau jamur
memerlukan waktu lama untuk menyelesaikan. Metode ini termasuk menggunakan
SDS / CTAB / proteinase K, SDS lisis, lisozim / SDS, lisozim / SDS / proteinase
K, bead-vortexing / SDS, dan lisis mekanik menggunakan kecepatan tinggi pada
disrupsi sel. Meskipun metode ini cocok untuk ekstraksi DNA pada bakteri atau
jamur, namun masih memiliki kelemahan termasuk manipulasi yang lama, seperti
perubahan 4-6 microcentrifuge, inkubasi, curah hujan, elusi atau mencuci dan
langkah pengeringan atau bahkan peralatan khusus (Rendowaty et al., 2017).

18
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Dalam praktikum tentang ekstraksi DNA tanaman terdapat dua metode yaitu
metode ekstrasi DNA tanaman dengan metode CTAB dan metode ekstraksi DNA
sederhana dengan bahan utama buah pisang. Ekstraksi DNA merupakan suatu
proses untuk mengeluarkan DNA dari inti sel atau organel lain seperti DNA
kloroplas dan DNA mitokondria, fungsinya untuk memisahkan DNA dari protein,
karbohidrat, dan lemak. . Secara umum proses ekstraksi DNA dibagi menjadi
beberapa tahap yaitu persiapan materi yang akan digunakan, proses penghancuran
sel, penghilangan senyawa kontaminan, dan pengumpulan DNA. Dengan
menggunakan CTAB ini berfungsi untuk menghancurkan dinding selulosa pada
tumbuhan sehingga mudah dalam melakukan ekstraksi DNA.
Pada ekstraksi DNA metode sederhana dengan menggunakan sampel buah
pisang berfungsi untuk mengetahui gambaran dari ekstrasi DNA. Dalam ekstraksi
DNA sederhana menghasilkan tiga lapisan yaitu lapisan atas, lapisan tengah, dan
lapisan bawah. Lapisan atas merupakan lapisan dimana DNA dapat ditemukan,
akan tetapi masih bercampur dengan bahan kimia lain, seperti protein, lemak, dan
karbohidrat.

B. Saran

Pengetahuan tentang ekstraksi DNA merupakan hal yang perlu diketahui.

Dalam praktikum tentang ekstraksi DNA perlu konsetrasi yang tinggi untuk
memahami penjelasan materi yang dijelaskan oleh dosen dan asiten praktikum.
Untuk itu praktikan harus memperhatikan penjelasan yang disampaikan dengan
seksama dan mencatat dan memfoto setiap tahapan dalam ekstrasi DNA.

19
 DAFTAR PUSTAKA

Sari, V. K., & Restanto, D. P. (2022). Review Artikel: Metode Ekstraksi DNA
Genom untuk Tanaman Tinggi Kandungan Polisakarida dan Metabolit
Sekunder. Agroteknika, 5(2), 118-129.
Setiaputri, A. A., Barokah, G. R., Sahaba, M. A. B., Arbajayanti, R. D., Fabella, N.,
Pertiwi, R. M., ... & Abdullah, A. (2020). Perbandingan metode isolasi DNA
pada produk perikanan segar dan olahan. Jurnal Pengolahan Hasil
Perikanan Indonesia, 23(3), 447-458.
Purwoko, M. (2019). Purifikasi DNA Manusia dengan Teknik Kitchen Preparation
Menggunakan Ekstrak Jahe (Zingiber officinale Rosc). Syifa'MEDIKA:
Jurnal Kedokteran dan Kesehatan, 9(1), 39-44.
Pertiwi, K. R. (2014). Penerapan Teknologi DNA dalam Identifikasi
Forensik. Jurnal Ilmiah WUNY, 16(4).
Wirajana, I. N., Yuliana, D. A., & Ratnayani, K. (2013). Isolasi DNA metagenomik
dari tanah hutan mangrove Pantai Suwung Bali. Jurnal Kimia, 7(1), 19-24.
Fihiruddin, F., Ilmi, H. F., & Khusuma, A. (2022). Variasi Temperatur Boiling pada
Amplifikasi Gen inhA M. tuberculosis Metode PCR. Titian Ilmu: Jurnal
Ilmiah Multi Sciences, 14(2), 57-62.
Ahmed, Omar dkk. 2014. Comparison of three DNA extraction methods for
polymerase chain reaction (PCR) analysis of bacterial genomic DNA.
African Journal of Microbiology Research Vol. 8 (6), pp. 598-602.
Fitriya, R Tyas dkk. 2015. Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl
yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae.
LenteraBio Vol. 4 No. 1, Januari 2015: 87–92.
Rendowaty, A., Djamaan, A., & Handayani, D. (2017). Waktu kultivasi optimal
dan aktivitas antibakteri dari ekstrak etil asetat jamur simbion Aspergillus
unguis (WR8) dengan Haliclona fascigera. Jurnal Sains Farmasi &
Klinis, 4(1), 49-54.
Diningsih, E., Suastika, G., Damayanti, T. A., & Susanto, S. (2021). Kloning Gen
Coat Protein (CP) Carnation Mottle Virus (CarMV) pada Vektor Ekspresi
[Cloning of Carnation Mottle Virus (CarMV) Coat Protein Gene into
Expression Vector]. Jurnal Hortikultura, 31(1).
Triani, N. (2020). Isolasi DNA tanaman jeruk dengan menggunakan metode CTAB
(cetyl trimethyl ammonium bromide). G-Tech: Jurnal Teknologi
Terapan, 3(2), 221-226.

20
Siswanto, J. E., Berlian, T., Putricahya, E., Panggalo, L. V., & Yuniani, L. (2016).
Isolasi DNA pada sampel darah tepi dan swab buccal pada bayi penderita
ROP: Perbandingan hasil uji konsentrasi dan indeks kemurnian. Jurnal Sari
Pediatri, 18(4), 270-277.
Utami, S. T., Kusharyati, D. F., & Pramono, H. (2013). Pemeriksaan Bakteri
Leptospira pada sampel darah manusia suspect leptospirosis menggunakan
metode PCR (Polymerase Chain Reaction). BALABA: JURNAL LITBANG
PENGENDALIAN PENYAKIT BERSUMBER BINATANG
BANJARNEGARA, 74-81.
Emilia, E., & Anhar, A. (2021). Optimalisasi Metode Ekstraksi DNA Daun, Kulit
Kayu dan Kayu Pinus merkusii. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Pertanian, 6(4),
766-778.
Artati, D. (2016). Sensitivitas Gel Red sebagai Pewarna DNA pada Gel
Elektroforesis. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 11(1), 11-14.
Abbas, S., Rasyid, S. A., & Lio, T. M. P. (2022). Deteksi Gen Il-6 dan Tnf-α dengan
Metode Pcr pada Penderita Hepatitis B di Laboratorium Klinik Maxima
Kota Kendari. BIOMA: JURNAL BIOLOGI MAKASSAR, 7(1), 21-28.
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan
genetik nanas menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic
DNA). Agritrop: Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian (Journal of Agricultural
Science), 15(1).

21
 LAMPIRAN

Lampiran 1. Dokumentasi praktikum

22
Lampiran 2. Dokumentasi laporan ACC

23
24
25
26
27
Lampiran 3. Screenshoot cover jurnal

28
29
30
31
32