Laporan Praktikum Bioteknologi Laut

EKSTRAKSI DNA

Disusun oleh:

Farhadila
2011101010045

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
BANDA ACEH
OKTOBER 2023
 LEMBAR PENGESAHAN

UJI KADAR AIR

Disusun oleh:

Nama : farhadila
NIM : 2011101010045
Prodi : Ilmu Kelautan

Disetujui :

Asisten Koordinator

Agus Marini Nanda Ulfa Khaira

2011102010087 1811101010040

i
 ABSTRAK

Telah dilaksankan praktikum yang berjudul “ekstraksi DNA”. Yang bertujuan untuk agar
mahasiswa mendapatkan mengisolasi DNA mitokondria dari ikan dengan mutu yang paling
baik berdasarkan ekstraksi metode CTAB . Manfaat praktikum ini dapat memahami tentang
proses lisis, pemisahan DNA, dan juga pemurnian Metode yang digunakan dalam praktikum
ini yaitu metode CTAB. Hasil dari praktikum ini yaitu pada sampel 01 yaitu tidak ditemukan
pellet DNA dan pada sampel 02 ditemukan palet DNA.

Kata Kunci : ekstraksi dna, metode CTAB, lisis, pemurnian, pemisahan.

ii
 KATA PENGANTAR

Dengan meyebut nama Allah yang maha pengasih lagi maha penyayang. Sholawat
besertakan salam tidak lupa kita sanjung sajikan kepada baginda Rasulullah Muhammad
SAW yang telah membawa kita dari jaman jahilliyah hingga ke zaman yang penuh dengan
ilmu pengetahuan. Puji dan syukur penulis panjatka atas karunia yang dilimpahkan-Nya
sehingga penulis dapat meyelesaikan laporan Bioteknologi Laut yang berjudul “Uji Kadar
Air”. Laporan ini dibuat untuk memenuhi tugas praktikum dalam menyelesaikan mata kuliah
Bioteknologi Laut.

Penulis menyadari laporan ini tidak luput dari kekurangan atau kesalahan. Penulis
berharap laporan ini dapat menambah pengalaman dan pengetahuan pembaca. Oleh karena
itu, dengan segala kerendahan hati penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun
demi kesempurnaanya.

Laporan ini saya buat dengan maksimal serta mendapat bantuan dari berbagai pihak
sehingga dapat memperlancar penyelesaian laporan. Selanjutnya, penulis ucapkan terima
kasih kepada semua pihak baik rekan kelompok dan juga asisten yang telah memberikan ilmu
yang telah didapat sehingga laporan ini dapat terselesaikan

Darussalam, 21 Oktober 2023

Praktikan

iii
 DAFTAR ISI

LEMBAR PENGESAHAN..............................................................................i

ABSTRAK........................................................................................................ii

KATA PENGANTAR......................................................................................iii

DAFTAR ISI....................................................................................................iv

DAFTAR TABEL............................................................................................v

DAFTAR LAMPIRAN....................................................................................vi

BAB I PENDAHULUAN.................................................................................1

1.1 Latar Belakang.................................................................................1

1.2 Tujuan Praktikum.............................................................................1
1.3 Manfaat Praktikum...........................................................................1

BAB II DAFTAR PUSTAKA..........................................................................2

BAB III METODELOGI..................................................................................3

3.1 Waktu dan Tempat............................................................................3

3.2 Alat dan Bahan..................................................................................3
3.3 Cara Kerja.........................................................................................3
3.4 Analisa Data......................................................................................3

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN..........................................................4

4.1 Hasil Penelitian.................................................................................5

4.2 Pembahasan.......................................................................................6

BAB V PENUTUP...........................................................................................7

5.1 Kesimpulan............................................................................................7
5.2 Saran.......................................................................................................7

DAFTAR PUSTAKA.......................................................................................8

LAMPIRAN.....................................................................................................9

iv
 DAFTAR TABEL

Tabel 3.2.1 Alat................................................................................................3

Tabel 3.2.2 Bahan.............................................................................................3

Tabel 4.1.1 Hasil pengamatan..........................................................................4

v
 DAFTAR LAMPIRAN

1. Lampiran Analisa Data...................................................................9

2. Lampiran Gambar...........................................................................9

vi
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Ekstraksi dna merupakan pproses pemisahan dna dari komponen sel lainnya seperti
protein, karbohidrat, lemak dan lainnya. Ekstraksi dna terdiri dari tiga tahap utama yakni
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan dna dari komponen lainnya serta pemurnian dna.
Pemecahan sela tau lisis pada proses ekstraksi sel bertujuan untuk menghancurkan membrane
dan dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat keluar. Selanjutnya tahap pemisahan dna
dari makromolekul lain sehingga protein, sebgaian kecil RNA, tahap ini bertujuan untuk
menghilangkan residu dari zat yang digunakan pada tahab lisis dan pemisahan dna.
Ekstraksi dna genom dilakukan menggunakan protocol modified cetryltrimenthyl
ammonium vromide (CTAB). CTAB merupakan surfaktan yang berguna untuk isolasi DNA
dari jaringan yang mengandung polisakarida dengan jumlah tinggi yang dapat menghambat
proses PCR.

1.2 Tujuan penelitian

Tujuan penelitian ini agar mahasiswa dapat mengisolasi DNA mitokondria dari ikan
dengan mutu yang paling baik berdasarkan ekstraksi metode CTAB.

1.3 Manfaat praktikum

Manfaat penelitian ini ialah:
 mahasiswa dapat memahami tentang konsep-konsep ilmiah terkait ektraksi
DNA.
 mahasiswa dapat mengetahui proses ekstraki DNA dengan jelas
 Mahasiswa kegunaan dari alat-alat yang digunakan pada praktikum ini.
 Mahasiswa dapat mengetahui cara penggunaan dan juga fungsi dari
mikropipet
 Mahasiswa dapat mengetahui sampel yang digunakan dan juga alasannya.

1
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

Indonesia merupakan negara maritim dengan luas wilayah perikanan di laut sekitar 5,8 juta
km², memiliki sumber daya ikan dengan tingkat keragaman hayati (biodiversity) paling tinggi
(Adisanjaya, 2018). Ikan dapat dijadikan sumber protein alternatif karena rendah kolesterol,
mengandung omega3 dan asam amino esensial dibandingkan dengan daging (Pal et al., 2012).

Ekstraksi DNA merupakan serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-
komponen sel lainnya. Ekstraksi merupakan tahap awal yang paling penting dalam penelitian
molekuler . Secara umum proses ekstraksi meliputi penghancuran membran sel menggunakan
Sodium Dodesil Sulphate (SDS)/ sejenis detergen, penghilangan protein dan RNA menggunakan
Proteinase K & RNAse, pengendapan DNA, dan pemanenan DNA (Sambrook et al., 2015)

DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan, dan tumbuhan terdapat di
dalam inti sel dan beberapa organel sel seperti mitokondria dan kloroplas, sehingga penamaan DNA
juga didasarkan pada lokasi asal misalnya DNA genom inti (nuclear DNA genome), DNA genom
mitokondria (mitochondrial DNA genome), dan DNA genom kloroplast (choloroplast DNA genome)
(Hajibabaei et al., 2017).

Metode CTAB merupakan metode yang paling umum digunakan, dan merupakan metode
yang paling banyak dimodifikasi (Xin & Chen, 2012), seperti penelitian yang dilaporkan Mace et al.,
(2003); Flagel et al., (2005); Reynolds et al., (2004); Michiels et al., (2003) yang memodifikasi metode
ekstraksi Doyle & Doyle (1987). Metode CTAB banyak dipilih untuk optimasi ekstraksi DNA, karena
umum digunakan untuk mengekstraksi tanaman yang tinggi polisakarida dan metabolit sekunder
lainnya (Turaki et al., 2017).

Ekstraksi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti protein,
karbohidrat, lemak dan lainlain. Ekstraksi DNA terdiri dari tiga tahap utama yakni perusakan dinding
sel (lisis), pemisahan DNA dari komponen lainnya serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley 2008).
Pemecahan sel atau lisis pada proses ekstraksi sel bertujuan untuk menghancurkan membran dan
dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat keluar (Holme dan Peck, 1998). Selanjutnya tahap
pemisahan DNA dari makromolekul lain seperti protein, sebagian kecil RNA, lipid dan polisakarida
(Muladno (2010); Utami (2012)).

2
 BAB III
METODELOGI

3.1 Lokasi dan Tempat Penelitian

Praktikum ini dilakukan pada hari sabtu tanggal 21 oktober 2023, pada pukul 12:00 –
14:00 wib. Bertempat di laboratorium kimia laut, Fakultas Kelautan dan perikanan,
Universitas Syiah Kuala.

3.2 Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah sebagai berikut :

Tabel 3.2.1 Alat praktikum

No. Nama Alat Jumlah Fungsi

1. Inkubator 1 Untuk menginkubasi dan perkembangan suatu
mikroorganisme
2. Gunting 2 Untuk mencacah sampel
3. Pinset 2 Untuk mengambil Sampel
4. Tube 2 Untuk alat bantu melakukan percobaan
5. Tips Secukupnya Sebagai wadah pemindahan larutan
6. Mikropipet 2 Sebagai memindahkan larutan atau cairan ke tempat
yang lain
7. Label name 2 Untuk menandakan Sampel
8. Freezer 1 Untuk Pembekuan Sampel
9. Es balok 1 Untuk menjaga Suhu larutan
10. Centrifuge 1 Untuk memisahkan residu dengan supernatant
11. Spidol 1 Untuk menandakan supernatant
12. Masker 1 Untuk melindungi hidung dan mulut
13. Sarung Tangan Sepasang Untuk melindungi tangan
14. Tisu Secukupnya Untuk mengeringkan alat
16. Botol Spray 1 Sebagai wadah alcohol dalam mensterilkan alat

Tabel 3.2.2 Bahan Praktikum

No. Nama Bahan Jumlah Fungsi

1. Daging Ikan Pari 2 – 3 mm Sebagai Sampel yang akan
di ekstraksi
2. C-TAB Modifikasi 700 µL Sebagai larutan
3. Proteinase K 3 - 5 µL Sebagai larutan
4. EtOH Absolute 600 µL Sebagai larutan
5. NaCl 25 µL Sebagai larutan
6. EtOH 500 µL Sebagai larutan
7. Alkohol 70 % Secukupnya Untuk mensterilisasi alat
8. Alkohol 96 % Secukupnya Untuk mengawetkan

3
 sampel
9. Chloroform Isoamyl 700 µL Sebagai larutan
Alcohol

3.3 Cara Kerja

Disiapkan sampel daging Ikan Pari lalu di sterilkan meja, sarung tangan, gunting dan
pinset menggunakan alkohol 70 %. Setelah itu dibakar gunting dan pinset lalu diambil sampel
daging Ikan Pari menggunakan pinset sebanyak 2 – 3 mm. Selanjutnya dimasukkan sampel
daging ikan pari kedalam Tube lalu di cacah menggunakan gunting, kemudian ditambahkan
700 µL C-TAB dan 3 – 5 µL Proteinase K menggunakan Tips dan mikropipet kemudian di
shake selama 15 detik dan di inkubasi selama 30 menit dengan suhu 96 °C. Setelah di
inkubasi tanda lisis berwarna kuning, lalu ditambahkan Chloroform Isoamyl Alcohol (CIA)
lalu di Shake kuat selama 15 detik. Di Sentrifugasi pada 1100 rpm selama 10 menit untuk
memisahkan supernatant dan residu. Dipindahkan 570 µL supernatant dengan perlahan-lahan,
lalu ditambahkan EtOH Absolute. Selanjutnya di masukkan sampel ke dalam Freezer selama
10 menit kemudian sampel diambil. Di sentrifugasi dengan kecepatan 1300 rpm selama 5
menit dan buang supernatant nya, lalu di biarkan peletnya. Ditambahkan 600 µL 70 % EtOH
dan 25 µL 3M NaCl. Di sentrifugasi pada 1300 rpm selama 5 menit, lalu dibuang EtOH dan
keringkan pellet dan diamati pelet (DNA).

4
 BAB IV
HASIL DAN PEMBHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Tabel 4.1 Hasil Pengamatan

No. Sampel ID Sampel Details Pelet DNA

1. 01 Daging Ikan Pari Tidak Ditemukan
2. 02 Daging Ikan Pari Ada

4.2 Pembahasan
Ekstraksi DNA merupakan tahap pertama penelitian molekular yang sangat
berpengaruh terhadap kualitas isolasi DNA. Ekstraksi DNA merupakan teknik untuk
mengeluarkan DNA dari sumber asal, inti sel atau organel sel (DNA kloroplas,
DNA mitokondria). Ekstraksi DNA bisa didapatkan dari sampel jaringan yang masih
segar, beku, dikeringkan atau disimpan dalam alkohol atau buffer. Molekul DNA
dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan
seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan
dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan
karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Isolasi DNA tanaman, isolasi DNA buah, isolasi DNA bakteri, dan
isolasi DNA hewan pada dasarnya memiliki prinsip yang sama. Prisnsip isolasi DNA
pada berbagai jenis sel atau jaringan pada berbagai organisme pada dasarnya sama
namun memiliki modifikasi dalam hal teknik dan bahan yang digunakan. Salah satu
prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung.
Sejarah DNA atau asam deoksiribonukleat ini ditemukan oleh ilmuwan dari
Universitas Cambridge, James Watson dan Francis Crick pada 28 Februari 1958.
Mereka menemukan rantai molekul DNA yang terpilin (struktur heliks) yang
mengandung gen manusia. Sejak saat itulah ilmu pengetahuan makin berkembang
dan menyadari kalau DNA adalah zat penyusun yang penting, karena membawa
informasi biologis bagi makhluk hidup.
Prosedur ekstraksi mulai dengan penumbukan mekanik untuk memisahkan sel dan
menghancurkan membran sel dan atau dinding sel, sedangkan untuk inti penuh (budidaya
dan jaringan sel seperti darah tidak membutuhkan tumbukan mekanik). Jaringan lalu
dimasukan di dalam larutan yang mengandung detergen yang melilis membrane inti,
juga proteinase yang mendenaturasi protein lain, terutama nukelase, tetapi
meninggalkan asam nukleat utuh. Protein dipisahkan dari asam nukleat melalui
ekstraksi dengan senyawa organic (biasanya fenol dan kloroform), dan DNA

5
dimurnikan dari reagen dalam buffer ekstraksi melalui presipitasi alcohol atau
dialysis. Pemisahan mtDNA dan cpDNA dari DNA genom sangat ekstensif prosedurnya,
melibatkan lapisan larutan jaringan pengurai pada gradient sesium klorida adalah
subjek pada sentrifugasi kecepatan tinggi. Pemisahan DNA organel dan inti tidak
membutuhkan untuk banyak prosedur yang mendeteksi marker apakah inti atau
organel melalui aplikasi pelacak tepat atau primer untuk genom total DNA. Protokol
ekstraksi rinci telah dikembangkan.
Pada praktikum ini sampel yang kami gunakan adalah daging Ikan pari untuk
mengekstrasi DNA dari daging Ikan pari kita perlu melakukan proses lisis terlebuh
dahulu yaitu dengan mencincang 1-2 mm kubik jaringan ke dalam tabung micro-
contrifuge 1.5 dan di tambahkan dengan 700 µL buffer C-TAB kemudian di tambahkan
3 µL (suhu dingin) proteinase K dan di inkubasi dalam incubator pada suhu 96o C
selama 30 menit atau sampai jaringan larut. Kemudian di lanjutkan dengan serangkaian
proses pemisahan sampai di dapatkan hasil pellet basah yang akan di keringkan.
Kemudian lanjut pada tahap terakhir yaitu tahap pemurnian, dimana pada tahap ini
pellet yang sudah kering di larutkan kembali dengan 20-100 uL larutan DDH20
sehingga di dapatkan hasil akhir pellet DNA. Hasil dari percobaan kali ini didapatkan
pada sampel ID 01 tidak didapatkan pellet DNA sedangkan pada sampel ID 02
didapatkan pellet DNA.

6
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Kesimpulan pada praktikum ini adalah :

1. Ekstrasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memisahkan DNA dari
molekul atau organel lain yang tidak diperlukan.
2. Ekstraksi DNA terdiri dari 3 tahap utama yaitu perusakan dinding sel (lisis), pemisahan
DNA dari komponen lainnya, daan pemurnian DNA.
3. Larutan buffer berguna untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan
purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan RNA serta mencegah
aktivitas enzim pendegradasi DNA
4. DNA murni diperoleh melalui proses yang pertama kali yaitu ekstraksi DNA.
5. Hasil dari praktikum ini yaitu pada sampel 01 yaitu tidak ditemukan pellet DNA dan pada
sampel 02 ditemukan palet DNA.

5.2 Saran

Tidak ada saran pada praktikum kali ini alhamdulillan semua lancar

7
 DAFTAR PUSTAKA

Hajibabaei M, deWaard JR, Ivanova NV, Ratnasingsham S, Dooh RT, Kirk SL, Mackie PM,
Hebert

PDN. Critical factors for assembling a high volume of DNA barcodes. Phil Trans R Soc B.

360:1959-1967. 2017.
Pal M, Ketema A, Anberber M, Mulu S, Dutta Y. 2016. Microbial quality of Fish and Fish

Products. Beverage & Food World 43(2): 46-49

Sambrook J, Russell DW. Molecular Cloning: A Laboratory, Third Edition. New York (US): Cold

Spring Harbour Laboratory Press. 2015.

Turaki A. A., Ahmad B., Magaji U.F., Abdulrazak U.K., Yusuf B.A., & Hamza A.B. (2017).

Optimised cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) DNA extraction method of plant

leaf

with high polysaccharide and polyphenolic compounds for downstream reliable

molecular

analysis. African Journal of Biotechnology 16(24), 1354-1365,

https://doi.org/10.5897/AJB2017.15942

Utami A, Meryalita R, Prihatin NA, Ambarsari L, Kurniatin PA, Nurcholis W. 2012. Variasi

metode isolasi DNA daun temulawak (Curcuma xanthorrhiza, Roxb). Di dalam: Prosiding

Seminar Nasional Kimia Unesa Surabaya; 2012; Surabaya, Indonesia. Surabaya (ID).

8
 LAMPIRAN

1. LAMPIRAN ANALISA DATA

Tidak ada lampiran Analisa data pada praktikum kali ini.

2. LAMPIRAN GAMBAR

Proses sterilisasi Sampel yang digunakan daging ikan pari

Proses pencincangan sampel Proses memasukkan sampel kedalam

sentrifugasi

Gambar alat sentrifugasi sampel setelah diletakkan pada tub

9
Hasil setelah sentrifugasi Memasukkan sampel kedalam inkubasi

10