LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

“Isolasi DNA, PCR (Polimerase Chain Reaction)

dan Electroforesis”

Disusun oleh :

Arina Lis Sa’adah (G1C016079)

Dosen Pengampu :
1. Aprilia Indra K., S.Pd., M.Biotech.
2. Ragil Tyas ., S. Si. M. Sc.

LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER

JURASAN D-IV ANALIS KESEHATAN
FAKULTAS ILMU KEPERAWATAN DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
2018
 2

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrohim

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat, ma’unah dan
hidayat-Nya kepada kita sehingga Laporan Praktikum kimia analitik ini dapat kami susun
dan dapat terselesaikan. Shalawat dan salam senantiasa tercurahkan kepada Nabi kita
Muhammad SAW sebagai penuntun umat Islam dan sekaligus sebagai penyelamat di
dunia dan di akhirat bagi seluruh umat islam.

Laporan ini adalah hasil laporan dari kami yang selama kami melaksanakan
Praktikum mata kuliah kimia analitik sesuai peraturan-peraturan yang telah di tentukan.

Ucapan Terima kasih kami sampaikan kepada seluruh teman-teman, dosen

pembimbing praktikum, yang telah membantu dalam pembuatan laporan ini, sehingga
tugas ini dapat kami selesaikan dengan baik dan tanpa mengalami kesulitan.

Penulis menyadari bahwa karya ini masih jauh dari kata sempurna, dan tak lepas
dari bantuan semua pihak

Semarang, 20 November 2018

Praktikan
 3

DAFTAR ISI
 4

DAFTAR ISI
BAB 1. PENDAHULUAN........................................................................................................... 5
1.1 Latar Belakang ............................................................................................................ 5
1.2 Tujuan Praktikum............................................................................................................. 5
BAB II .......................................................................................................................................... 6
TINJAUAN PUSTAKA .............................................................................................................. 6
2.1 Isolasi DNA .................................................................................................................. 6
2.2 Reaksi Berantai Polimerase PCR .......................................................................... 7
2.2.1 Prinsip Dasar PCR ..................................................................................................... 7
2.3 Electroforesis ............................................................................................................... 8
BAB III ....................................................................................................................................... 10
METODE PRAKTIKUM ......................................................................................................... 10
3.1 Waktu dan Tempat ......................................................................................................... 10
3.2 Alat dan Bahan ................................................................................................................ 10
3.2.1 Alat............................................................................................................................. 10
3.2.2 Bahan ......................................................................................................................... 10
3.3 Prosedur Praktikum ....................................................................................................... 10
3.3.1 Isolasi DNA Bakteri ................................................................................................. 10
3.3.2 Isolasi DNA Whole Blood ........................................................................................ 11
3.3.3 Isolasi DNA Buffy Coat............................................................................................ 11
3.3.4 Isolasi DNA Jaringan ............................................................................................... 12
3.3.5 Eletroforesis .............................................................................................................. 12
3.3.6 Proses PCR......................................................................................................... 13
3.3.7 Elektroforesis Agarose ...................................................................................... 13
BAB IV ....................................................................................................................................... 15
HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................................................. 15
4.1 Hasil ............................................................................................................................ 15
4.2 Pembahasan ............................................................................................................... 17
4.3 Kesimpulan ................................................................................................................ 18
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................................ 18
 5

BAB 1. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Komponen utama kromosom pada eukariota adalah molekul DNA dan protein
histon. Protein histon ini bersifat basa, sehingga dapat menetralkan sifat asam dari
DNA. Pada dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu RNA dan DNA.
DNA yang dijumpai di nukleus disebut DNA kromosomal, DNA lain yang
terdapat dalam sel di luar nukleus yaitu DNA mitokondria, DNA kloroplas, DNA
plasmid, ketiganya disebut DNA ekstrakromosomal.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan. DNA terdapat
di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Ada perbedaan di antara ketiga lokasi
DNA ini, yaitu: DNA nukleus berbentuk linear dan berhubungan sangat erat
dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk
sirkular dan tidak berhubungan dengan protein histon.
DNA memiliki struktur helix utas ganda, yang mengandung komponenkomponen
gula pentosa, gugus fosfat, dan pasangan basa nitrogen. Satu sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan akan diturunkan pada
keturunannya.
Langkah pertama untuk mendapatkan DNA baik untuk kepentingan rekayasa
genetika, forensik maupun molekular lainnya tahap awal yang akan dilakukan
yaitu isolasi DNA, Reaksi Berantai Polimerase dan Electroforesis yang akan di
praktekkan pada praktikum kali ini.

1.2 Tujuan Praktikum

Adapun tujuan praktikum biomolekular kali ini yaitu :
1. Mengetahui tahapan Isolasi DNA
2. Mampu melakukan isolasi DNA
3. Mempelajari bagaimana mengamplifikasi fragmen DNA.
4. Mengetahui bagaimana kerja PCR.
5. Mengetahui proses dan factor-fator yang mempengaruhi elektroforesis
 6

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah prosedur umum memisahkan dan mengumpulkan DNA
untuk analisis rekayasa genetika, forensik, bioinformatika, komputasi, analisis asal-
usul dan antropologi. Ada beberapa teknik ekstraksi yang umum digunakan dalam
DNA teknologi termasuk teknik Chelex. Teknik ini dikembangkan tahun 1991 dan
hanya dapat digunakan untuk persiapan PCR. Meskipun memiliki keterbatasan,
teknik ini unggul dalam hal cepat, murah dan efektif untuk ekstraksi DNA. Metode
chelex disarankan untuk preparasi DNA karena tidak membutuhkan tabung-tabung
untuk transfer. Metode ini cepat dan menghasilkan kualitas DNA baku yang dapat
digunakan dalam uji kompleks PCR. Metode ini menjamin untuk menghasilkan
sampel kecil sehingga disarankan untuk semua sampel yang diuji dengan berbagai
ukuran dan volume sampel. Prinsip dasar Ekstraksi DNA adalah mengeluarkan
DNA dari set. Teknik yang biasa digunakan adalah teknik Chelex umumnya teknik
ini mengeluarkan DNA untai tunggal menggunakan prosedur penambahan suspensi
"resin-chela" secara langsung untuk spesimen (darah, noda darah, semen sebagai
contoh) kemudian melalui resin penukar ion yang mengikat ion metal polivalen,
magnesium. Dalam tahap terakhir, logam membawa materi lain dengannya.
2.1.1 Tahap Ekstraksi DNA

Ada beberapa tahap dasar dalam ekstraksi DNA, yang rinciannya dapat
berbeda tergantung jenis sampel dan senyawa yang mempengaruhi ekstraksi dan
analisis lanjut. Berikut ini tahap-tahapnya yaitu:

 melysiskan (memecahkan sel/lisis) dengan menggunakan buffer lysis yang

mengandung SDS untuk menghancurkan lipid membran. Melakukan
vorteks dengan fenol (kadang-kadang dipanaskan) sering efektif untuk
memecahkan protein dinding sel.
 Purifikasi menggunakan phenol, untuk membersihkan DNA dari
kontaminasi-kontaminasi komponen penyusun, sehingga DNA memiliki
kemurnian yang tinggi.
 Presipitasi DNA (penggumpalan DNA) menggunakan larutan etanol
absolute atau isopropanol dingin, DNA dapat larut di dalam alkohol dan
berikatan bersama,sehingga benang-benang DNA menjadi menggumpal
dan menjadi pellet.
 Pencucian pellet DNA dengan alkohol 70% dan sentrifugasi untuk
mendapatkan kembali pelletnya. Dan DNA siap diguanakan untuk
digunakan atau di simpan dulu
 Penyimpanan DNA dengan ditambahkan TE Buffer
 7

2.2 Reaksi Berantai Polimerase PCR

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro yang dapat
mengampiifikasi bagian DNA spesifik yang terletak di antara dua bagian DNA yang
telah diketahui. PCR merupakan teknik biokimia dan biologi molekuler untuk
isolasi dan amplifikasi secara eksponensial fragmen atau urutan sasaran DNA
melalui replikasi enzimatik, atau tanpa menggunakan mahluk hidup (seperti E.coli
atau ragi). Karena PCR merupakan teknik in vitro, teknik ini dapat digunakan tanpa
memotong DNA dan dapat dimodifikasi secara ekstensif untuk mengikuti aturan
luas manipulasi genetik.

PCR ditemukan oleh Kary Muilis tahun 1983. PCR menjadi teknik umum yang
digunakan dalam laboratorium penelitian medis dan biologi untuk berbagai
keperluan, seperti pengurutan gen-gen dan diagnosis penyakit turunan, identifikasi
sidik-jari genetik (digunakan dalam pengujian forensik dan paternitas), deteksi dan
diagnosis penyakit infeksi dan pembentukan organisme transgenik. PCR juga
digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi,
biologi perkembangan, dan genetika.

Keuntungan menggunakan PCR adalah (1) deteksi dan identifikasi

mikroorganisme secara cepat pada frekuensi yang sangat rendah, mikroorganisme
simbiotik, dan individu ikan dan larva avertebrata; (2) analisis cepat genom individu
untuk mempelajari populasi; (3) deteksi dan analisis "kejadian langka" yang terjadi
pada fraksi sel kecil dalam sampel jaringan atau koleksi lapangan; dan (4) menduga
kualitas air melalui deteksi virus, bakteri, dan/atau parasit pathogen. Keuntungan
lain PCR adalah mengurangi keperluan kultur yang sering ditemukan untuk spesies
atau jenis mikroba yang tidak dapat dikultur untuk kepentingan ekologi atau
biogeokimia.

2.2.1 Prinsip Dasar PCR

PCR digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal, bagian gen, atau urutan
non-kode DNA. PCR akan membuat sekitar 40 milyar salinan dan DNA cetakan.
Kebanyakan metode PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA sampai 10 kilo
pasang basa (kb), meskipun beberapa teknik dapat mengamplifikasi fragmen
berukuran sampai 40 kb. PCR biasanya terdiri atas 20 sampai 35 siklus. Kebanyakan
PCR dilakukan dalam tiga tahap, yang didahului satu suhu tetap untuk awal dan
diikuti satu suhu lagi untuk akhir. Tahap-tahap tersebut yaitu:

1. Tahap Pra Denaturasi. Sebelum tahap denaturasi reaksi PCR sering

dipanaskan pada suhu 94-97°C (atau 98°C jika menggunakan polimerase
termostabil), selama 1-9 menit. Ini berguna untuk menjamin banyak cetakan
DNA dan primer terdenaturasi yaitu putusnya ikatan hidrogen basa-basa
komplemen rantai DNA untuk menghasilkan rantai tunggal DNA. Beberapa
 8

polimerase PCR juga membutukan kondisi tahap ini untuk aktivasi (PCR
awal-panas).
2. Tahap Denaturasi dilakukan pada suhu 94-98°C selama 20-30 detik, tahap
ini berfungsi untuk memutus ikatan hidrogen basa-basa komplemen rantai
DNA untuk menghasilkan rantai tunggal DNA.
3. Tahap Annealing (Penempelan). dalam tahap ini suhu diturunkan sehingga
primer dapat menempel pada cetakan DNA rantai tunggal. Gerakan
Brownian menyebabkan primer bergerak di ikatan hidrogen DNA - DNA
yang secara konstan dibentuk dan diputuskan antara dan cetakan. Ikatan
stabil hanya terbentuk bila urutan primer sangat dengan urutan cetakan.
Bagian pendek rantai ganda ini dikatalisis oleh polimerase untuk memulai
sintesis DNA. pada tahap ini bergantung pada suhu primer dan biasanya
antara 40-48 °C selama 20-40 detik.
4. Tahap Elongasi / Pemanjangan yaitu Polimerase memperpanjang rantai
DNA yang komplemen dengan rantai cetakan. Suhu pada tahap ini
bergantung pada DNA polimerase yang digunakan. Taq DNA Polimerase
mempunyai suhu optimum 70-74°C. Umumnya reaksi ini menggunakan
suhu 72°C. DNA polimerase melakukan kondensasi 5'- fosfat dNTP dengan
gugus 5'- hidroksil ujung awal rantai DNA yang komplemen dengan cetakan
dalam arah 5' ke 3'. Pemanjangan bergantung pada DNA polimerase dan
panjang bagian DNA akan diamplifikasi.
5. Tahap Ekstra Ektensi dilakukan selama 5-15 menit (tergantung panjang
cetakan DNA) setelah siklus terakhir digunakan untuk menjamin DNA
rantai tunggal sisa diperpanjang seluruhnya. Akhimya jaga suhu 4-15°C
selama waktu terbatas untuk penyimpanan singkat seiama reaksi misalnya
jika reaksi dikerjakan semalam.

2.3 Electroforesis
Electroforesis adalah teknik laboratorium untuk memisahkan molekul
bermuatan. "Gel" merujuk pada matriks yang digunakan untuk memisahkan
molekulnya. Gel Electroforesis digunakan dalam forensik, biologi molekuler,
genetika, mikrobiologi dan biokimia. Electroforesis gel memisahkan asam
deoksiribonukleat, asam ribonukleat, dan protein melalui muatan listrik. Metode ini
biasanya digunakan untuk tujuan analitik, tetapi dapat digunakan sebagai teknik
preparasi untuk memurnikan molekul sebelum menggunakan metode lain untuk
karakterisasi lanjut seperti spektrometri massa, PCR, kloning, pengurutan DNA,
atau imunobloting.

Prinsip Dasar Electroforesis berhubungan dengan gaya gerak Iistrik yang

digunakan untuk mendorong atau menarik molekul melalui matriks gel. Molekul
bermuatan yang ditempatkan di dalam "sumur" gel dan dialiri arus listrik akan
bergerak melalui matriks dengan kecepatan berbeda, menuju anoda jika bermuatan
 9

negatif atau menuju katoda jika bermuatan positif (catatan bahwa Electroforesis gel
bekerja sebagai sel listrik; anoda bermuatan positif dan katoda bermuatan negative).
 10

BAB III

METODE PRAKTIKUM
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum Biologi Molekuler dengan acara “Polymerase Chain Reaction (PCR)
dan Elektroforesis DNA pada Agarose Gel” dilaksanakan pada hari selasa tanggal
11 November 2018 pukul 07.00 sampai 08.40 di Laboratorium Biologi Molekuler
Fakultas Ilmu Kesehatan dan Keperawatan Universitas Muhammadiyah Semarang.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat
 Thermal Cycler
 Tabung PCR
 Mikropipet dan Tip
 Chamber Elektroforesis
 UV transiluminator
 Vortex shaker
 Spin down
 Rotator
 Power Supply

3.2.2 Bahan
 DNA template
 Master mix
 Gel Agarose
 Loading buffer
 TBE 1X (Tris-Borate-EDTA)
 Ethidium bromide
 Primer Reverse
 Primer Forward
 Nuclease Free Water
 Elektroda Buffer

3.3 Prosedur Praktikum

3.3.1 Isolasi DNA Bakteri
1. Tumbhkan satu koloni bakteri dalam 15 ml LB medium/ BHI, digojok pada suhu
37°C semalam.
2. 15 ml kultur dicentrifue 3000 rpm, 15 menit pada suhu 4°C.
3. Supernatan dibuang,pallet ditambahkan 750µl buffer lysis divortex.
4. Tambahkan 10µl (10mg/ml) proteinase K.
5. Gojok kuat selama 15 mnit.
6. Inkubasi ada suhu 55° C selama 30 menit.
7. Centrifuge pada kecepatan 3000 rpm selama 15 menit pada suhu 4°C.
 11

8. Pindahkan supernatan pada tabung ependrof 1,5 ml.

9. Tambahkan phenol 700µl.
10. Gojok pelan-pelan selama 30 enit.
11. Centrifuge 12000 rpm selam 10 menit pada suhu 4°C
12. Pindahkan lapisan atas kedalam tabung ependrof1,5 ml.
13. Tambahkan ethanol 96% dingin 1:1 atau 1:2.
14. Campur pelan-pelan hingga timbul benang-benang halus.
15. Ambil benang-benang DNA, cuci dengan ethanol 70% 2x.
16. Supernatan dibuang, pallet dikeringkan.
17. Tambah TE, 200µl untuk melarutkan DNA.
18. DNA sapat digunakan untuk PCR dsb. Atau disimpan pada frezer
3.3.2 Isolasi DNA Whole Blood
1. Dimasukan 3 ml darah ke dalam tabung.
2. Ditambahkan buffer lysis 1:1 dan proteinase K 20µl atau 10 mg/ml.
3. Digojok kuat selama 1 jam.
4. Ditambah dengan phenol 1:1 dan digojok kuat selama 15 menit.
5. Dicentrifuge dengan kecepatan 2800 rpm selama 20 menit.
6. Diambil supernatan dan pindahkan ke conicak 15 ml.
7. Ditambah dengan ethanol 96% 1:1 dingin.
8. Benang DNA dipindah ke mikrotube.
9. Dicentrifuge dengan kecepatan 12000 rpm selama 10 menit, dan ditambahkan
ethanl 70% sebanyak 350µl sebanyak 2x pencucian.
10. Pallet dikering anginkan.
11. Ditambah TE buffer sebanyak 100µl.
12. DNA dapat digunakan untu PCR dan sebagainya, atau di simpan dalam frizer.

3.3.3 Isolasi DNA Buffy Coat

1. Dimasukan 6 ml darah EDTA kedalam tabung.
2. Dicentrifuge dengan keepatan 3000 rpm selama 15 menit.
3. Diambil buffy coat pindah ke tabung conical.
4. Dimasukan buffer lysis dengn voume 15 ml, gojok kuat selama 15 menit.
5. Ditambah ssphenol / CIAA 1:1 gojok kuat selama 10 menit.
6. Dipindahkan yang bagian lapisan aquos.
7. Ditambahkan ethanol absolut dingin dengan perbandingan 1:1
8. Digojok pelan sampai terbentuk benang DNA.
9. Pindah benang DNA ke mikrotubbe dan ditambahkan ethanol 70% sebanyak
350µl
10. Dicentrifuge 12000rpm selama 10 menit sebanyak 2x pencucian.
11. Pallet di kering anginkan.
12. Ditambahkan TE buffer sebanyak 100µl.
13. DNA dapat digunakan untuk PCR dan sebagainya, atau di simpan dalam frizer.
 12

3.3.4 Isolasi DNA Jaringan

1. Ihaluskan 2-3 gr jaringan dengan mortil.
2. Dipindahkan jaringan edalam tabung conical.
3. Ditambah bbuffer lysis 2 ml.
4. Ditambah protenae K 200µl (10mg/ml).
5. Kemudian di vortex, inkubasi selama 1 jam (per 10 mmenit di gojok) suhu
55°C.
6. Ditambah penol CIAA 2 ml(1:1).
7. Digojok 15-30 menit.
8. Dicentrifuge 3000 rpm selama 20 menit pada suhu ruang.
9. Pada lapisan atas dipindah ketabung conical 15 ml.
10. Ditambahkan etanol absolut dingin 1:1 atau 1:2.
11. Di pindahkan benang-benang DNA kedalam 500µl ethanol 70%.
12. Dicentrifuge 12000 rpm selama 10 menit (2x pencucian).
13. Pallet dikering anginkan.
14. Ditambah TE buffer 2µl (simpan pada suhu 4°C ) selama semalaman.
15. Cek kemurnian DNA.
16. Ukuran konsentrasi DNA.
17. DNA siap digunakan

3.3.5 Eletroforesis
A. Pembuatan Gel Agarose

1. 0,4 gr bubuk agarose dilarutkan pada 50 ml buffer tris, dicampur dan di

larutkan dengan cara di panaskan dengan mikrowave sampai mendidih
sehingga larutan jernih
2. Setelah larut, didiamkan pada suhu 50°C.
3. Ditambah pewarna 4µl ETBR.
4. Dituang dalam cetakan
5. Sisiran di pasang pada tangki elektroforesis.
6. Dilarutkan agarose dan didiamkan di tangki elektroforesis dan
didinginkan hingga keras.
7. Setelah mengeras sisiran dapat diambil dan gel agarose siap digunakan.
B. Elektroforesis
1. Gel agarose direndam dengan buffer TAE.
2. 1µl loading day dicampur dengan 3µl produk DNA pada parafilm.
3. Campuran ini dimasukan kedalam sumuran gel agarose yang berbeda.
4. Tangki elektroforesis ditutup dan di hubungkan dengan power suplay
100 volt dinyalakan 30 menit sampai 1 jam.
C. Pembacaan
1. Siapkan alat uv transluminator.
2. Letakan gel pada uv transluminator ( hasil elektroforesis ).
3. Kemudian hidupkan uv transluminator tekan tombol on.
 13

4. Lihat dan baca hasil dengan terbentuknya warna hijau menyala

4.3.6 Proses PCR

a. Dipipet nuclease free water 7,5 µl, kedalam mikrotube.
b. Dipipet master mix 12,5 µl, kedalam mikrotube.
c. Dipipet primer keverse 2 µl, kedalam mikrotube.
d. Dipipet primer forward 2 µl, kedalam mikrotube.
e. Dipipet sampel bakteri 1 µl, kedalam mikrotube.
f. Dihomogenkan dengan menggunakan vortex.
g. Dimasukan ke dalam spin down sampai cairan yang ada di dinding mikrotube
turun kebawah.
h. Dimasukan mikrotubbe ke alat PCR yaitu thermalcycler dengan menyeting
alat :
suhu Proses waktu
2. 95°C Hot start 4 menit
3. 95°C Denaturasi 30 detik
4. 48°C Anealing 30 detik
5. 72°C Elongasi 2 menit
6. 72°C Exstra elongasi 10 menit
7. 4°C Cooling down 10 menit
8. Tunggu selama kurang lebih 3 jam sebanyak 35x siklus.
9. Setelah itu dibaca dengan elektroforesis.

4.3.7 Elektroforesis Agarose

A. Pembuatan Gel Agarose

1. 0,4 gr bubuk agarose dilarutkan pada 50 ml buffer tris, dicampur dan di larutkan
dengan cara di panaskan dengan mikrowave sampai mendidih sehingga larutan
jernih

2. Setelah larut, didiamkan pada suhu 50°C.

3. Ditambah pewarna 4µl ETBR.

4. Dituang dalam cetakan

5. Sisiran di pasang pada tangki elektroforesis.

6. Dilarutkan agarose dan didiamkan di tangki elektroforesis dan didinginkan

hingga keras.

7. Setelah mengeras sisiran dapat diambil dan gel agarose siap digunakan.

B.Elektroforesis
 14

8. Gel agarose direndam dengan buffer TAE.

9. 1µl loading day dicampur dengan 3µl produk DNA pada parafilm.

10. Campuran ini dimasukan kedalam sumuran gel agarose yang berbeda.

11. Tangki elektroforesis ditutup dan di hubungkan dengan power suplay 100 volt
dinyalakan 30 menit sampai 1 jam.

C.Pembacaan

12. Siapkan alat uv transluminator.

13. Letakan gel pada uv transluminator ( hasil elektroforesis ).

14. Kemudian hidupkan uv transluminator tekan tombol on.

 15

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Gambar 4.1 Elektroforesis agarose PCR

a. Marker
b. Bi
c. 3A
d. P
e. Nn
f. B2
g. B1
h. B1
i. B4
j. Wb
k. Bfc
l. Sapi
m. Wb
n. Sapi
o. Bfc
p. Marker
 16

Gambar 4.2 hasil eletroforesis isolasi DNA

a. Bakteri
b. Buffy coat
c. Wb + EDTA
d. Buffy coat 2
e. Jaringan
f. Salmonelathypi
g. Sapi
h. Darah
i. Bakteri 2
j. Jaringan 2
k. Buffy coat
l. Ikan
m. Ayam
n. Wb 2
o. Buffy coat A21
p. Phenol bakteri
q. Bc EDTA
 17

r. Jaringan
s. Wb
t. Bakteri
u. Bakteri
v. Bc EDTA
w. Wb
x. Buffy coat
y. Clorofrm
z. Bc
aa. Bakteri
bb. Buffy coat
cc. Wb
dd. Ayam ca
ee. Sapi
Bc3
4.2 Pembahasan
A. Isolasi DNA
Isolasi DNA dengan tujuan untuk memisahkan dari bahan lain seperti protein,
lemak dan karbohidrat.prinsip pertama pada isolasi DNA ada 3 tahap yaitu
penghancuran (lisi), ekstraksi, pemisahan DNA. Proses pertama ekstraksi DNA
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lainyang tidak di inginkan,
untuk mengeluarkan DNA dari sel , dapat dilakukan dengan cara memecah
dinding sel , membran plasma, dan membran inti. Dinding sel yang telah pecah
atau lisis pada tahap sebelumnya menyebabkanorgael –organel sel sempat
keluar, sehingga didalam larutan hanya ada DNA namun juga ada RNA,
protein.DNA perlu dibersihkan dari pengoto, lalu di centrifuge dengan
kecepatan tinggi menyebabkan komponen – komponen yang ukuran dan berat
molekulnya besar mengendap pada dasar tabung yang disebut dengan pallet.
Sehingga pada akhirnya terbentuk 2 fase, bagianatas diambil sedangkan lapisan
bawah dibuang. Proein yang mungkin ikut terbawa fase atas dipresipitasi dengan
pelarut organik salah stunya adalah klorofom dan kembali di centrifuge hasil
akhirnya terbentu 3 fase. Fase atas/ aquose terdapat DNA, fase tengah/interfes
terdapat klorofom, fase bawah/ organik terdapat protein, lipid. Kemudian di
murnikan dengan ethanol absolut, dan benang-benang DNA akan terlihat.
B. PCR
PCR merupaka proses siklus berulang ulang dalam melakukan
pengandaan DNA yang melputitahap denaturasi, anealing dan elongasi. Prosees
denaturasi terjadi memisahan untai ganda DNA dengan suhu 95°C selama 30
detik. Anealing yaitu penempelan primer DNA dengan suhu 48°C selama 30
detik. Elogasi yaitu pemanjangan DNA templet dengan suhu 72°C selama 2
menit.
 18

Elektroforesis merupakan proses migrasi molekul bermuatan medium

yang di aliri arus listrik, prinsip dasar elektroforesis molekul dari partikel yang
akan bergerak dibawah pengaruh medan magnet.
Berdasarkan hasil praktikum, setelah di elektroforesis smpel DNA hasil
PCR, diperoleh target berada paa squense 1500 bp. Pada sumuran 4,6,7,8 dan9
menghasilkan DNA SEJAJAR DENGAN MARKER YAITU SQUENSE 1500
bp, membuktikan pada sumuran tersebut megandung DNA bakteri salmonella
thypi. Sedangkan pada sumuran 1,2,3,5,10,11,12,13,14,15 tidak terdapat
adanyya DNA , akibat sampel terkontaminasi olehh DNAse atau kurangnya
steril pada alat dan bahan.

4.3 Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa isolasi
DNA memiliki prinsip yaitu centifuge dan preparasi. Isolasi DNA 3 tahap yaitu
penghancuran atau lisis sel, tahap ekstraksi dan tahap pencucian hasil di peroleh
larutan bening DNA.

Dan pada proses PCR Diperoleh sampel pada sumuran 4,6,7,8 dan 9 menggandung
DNA bakteri almonella thypi pada squense 1500bp.

DAFTAR PUSTAKA
 Alimuddin, Goro Y, Viswanath K, Shuichi S, Toshio T. 2004. Enhancement of
EPA and DHA biosynthesis by over-expression of masu salmon D6-desaturase-
like gene in zebrafish.Journal Transgenic Research Vol 14:159-165. Alimuddin,
Goro Y, Viswanath K, Shuichi S, Toshio T. 2006. Expression of Masu Salmon
D5-Desaturase-Like Gene Elevated EPA and DHA Biosynthesis in Zebrafish. J
Marine Biotechnology Vol:9, 92-107 Alimuddin, Goro Y, Viswanath K, Shuichi
 S, Toshio T. 2008. Cloning and over-expression of a masu salmon
(Oncorhynchus masou) fatty acid elongase-like gene in zebrafish.Journal
Aquaculture.Vol 282: 13-18
 https://www.academia.edu/9271245/laporan_PCR