MENGENAL LEBIH BIOTEKNOLOGI MODERN

MAKALAH PRAKTIKUM

BIOLOGI

Oleh :

Kelas: A

Kelompok: 3

Afifah Rahmah Hadi 200110180010

Alip Aksi Kotun Ismaya 200110180030

Ade Irawan 200110180040

Achmad Yusup Alfaresi 200110180042

Akbar Afrianto 200110180049

Ambar Prihasti 200110180211

LABORATORIUM PRODUKSI TERNAK UNGGAS

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS PADJADJARAN

SUMEDANG

2019

1
 KATA PENGANTAR

Bismillahhirrahmanirrahim

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala

rahmat dan hidayah-Nya hingga penulis dapat menyelesaikan penulisan laporan

akhir praktikum biologi ini.

Dalam pembuatan laporan ini penulis mendapat bantuan, saran,

petunjuk, dan bimbingan dari banyak pihak baik secara langsung maupun tidak

langsung. Oleh karena itu, penulis mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah membantu dalam penulisan laporan ini. Penulis menyadari

dalam penulisan masih banyak kekeliruan maka dari itu penulis mengharapkan

saran dari para pembaca agar dapat diperbaiki pada penulisan berikutnyas

ehingga menjadi lebih baik.

Semoga laporan ini bermanfaat serta membantu para pembaca maupun

pihak-pihak yang membutuhkan, terlebih bagi penulis.

Sumedang, 1 Maret 2019

Penulis

2
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI.............................................................................................................3
I. ...............................................................................................................................4
PENDAHULUAN .....................................................................................................4
1.1 Latar Belakang (AMBAR) .................................................................................. 4
1.2 Maksud dan Tujuan (AFIFAH)........................................................................... 5
1.3 Waktu dan Tempat .................................................................................................... 5
II. ..............................................................................................................................6
TINJAUAN KEPUSTAKAAN(ALIP).......................................................................6
III..............................................................................................................................8
ALAT, BAHAN, DAN PROSEDUR KERJA ............................................................8
3.1 Alat (AKBAR) .......................................................................................................... 8
3.2 Bahan (AKBAR) ....................................................................................................... 9
3.3 Prosedur Kerja (ADE)............................................................................................... 9
IV. ........................................................................................................................... 11
HASIL PENGATAMATAN DAN PEMBAHASAN (UCUP) .................................. 11
V. ............................................................................................................................ 13
KESIMPULAN DAN SARAN ................................................................................ 13
DAFTAR PUSTAKA .............................................................................................. 14

3
 I.

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang (AMBAR)

Bioteknologi berasal dari dua kata yaitu kata Bio dan kata Teknologi.

Kata Bio dapat diartikan kehidupan sedangkan kata Teknologi diartikan

sebagai suatu metode ilmiah yang digunakan untuk mencapai tujuan secara

praktis. Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari tentang

pemanfaatan makhhluk hidup seperti virus ,bakteri,fungi dan lain-lain

ataupun produk-produk dari makhluk hidup diantaranya enzim dan alkohol

Jaman sekarang Bioteknologi tidak hanya berdasarkan biologi saja,

tetapi dari berbagai macam ilmu terapan juga, seperti dari biokimia, biologi

molekuler, genetika, mikrobiologi, komputer dan lain-lain. Dapat di

definisikan juga bioteknologi yaitu ilmu terapan yang menggabungkan

berbagai macam cabang ilmu dalam memproses barang atau jasa yang bisa

bermanfaat bagi manusia.

Bioteknologi molekuler merupakan salah satu cabang biologi yang

merujuk kepada pengkajian mengenai kehidupan pada skala molekul. Ini

termasuk penyelidikan tentang interaksi molekul dalam benda hidup dan

kesannya, terutama tentang interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk

interaksi DNA, RNA, dan sintesis protein, dan bagaimana interaksi tersebut

diatur. Bidang ini bertumpang tindih dengan bidang biologi (dan kimia)

lainnya, terutama genetika dan biokimia.

4
1.2 Maksud dan Tujuan (AFIFAH)

1.2.1 Mengetahui apa itu PCR dan bagaimana mendesain dan cara kerja dari

PCR

1.2.2 Mengetahui cara membuat suatu rangkaian DNA yang nantinya akan

dibuat sampel yang nyata

1.2.3 Untuk mendapatkan suatu DNA baru yang akan diamati

1.2.4 Mempelajari dan mengetahui lebih jelas tentang teknik dalam

bioteknologi molekuler

1.3 Waktu dan Tempat

Hari/tanggal : kamis / 28 Maret2019

Waktu : 12.30 – 14.30 WIB.

Tempat : Laboratorium Produksi Ternak Unggas Fakultas

Peternakan UNPAD

5
 II.

TINJAUAN KEPUSTAKAAN(ALIP)

Bioteknologi merupakan ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk

hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup

(enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.

Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, para ahli

mengembangkan bioteknologi dengan menggunakan pemanfaatan prinsip-prinsip

ilmiah melalui penelitian, sehingga dapat dikembangkan dengan lebih maju dan

modern untuk menghasilkan produk – produk yang lebih berkualitas, berjumlah

banyak, dan bervariasi.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik biologi

molekuler pada bidang bioteknologi yang tingkat sensivitas dan spesifitasnya

tinggi. Dengan digunakannya teknik PCR tersebut, bermanfaat untuk mendeteksi

keberadaan suatu penyakit pada organisme yang dapat diketahui sedari dini,

sehingga dapat diambil kesimpulan bahwa dapat dilakukan langkah pengendalian

penyakit atau tindakan oleh para pengambil kebijakan, terutama dalam bidang

budi daya ikan (Radji 2010).

Pada proses PCR terdapat beberapa siklus yaitu denaturasi, annealing, dan

ekstensi. Denaturasi merupakan proses pemanasan dengan menggunakan suhu

antara 90-95⁰C yang bertujuan untuk memisah untai ganda yang berada pada

DNA sehingga menjadi dua untai tunggal yang nantinya akan menjadi tempat

6
menempelnya primer. Selanjutnya pada tahap annealing merupakan proses

dimana suhu diturunkan menjadi 45-50⁰C, yang bertujuan agar primer

berpasangan dengan sekuen komplementernya atau dengan kata lain terjadinya

penempelan antara antaraoligonukleotida dengan utas tunggal DNA. Lalu pada

tahap ekstensi dilakukan penaikan suhu kembali sampai 72⁰C, dengan suhu yang

sudah dinaikkan tersebut enzim TaqDNA (Thermus Aquaticus) akan bekerja

secara optimum, pada tahap ini juga terjadi pemanjangan primer menjadi suatu

utas DNA baru oleh enzim DNA polimerase. Suatu keberhasilan dari reaksi PCR

ini dipengaruhi oleh desain primer yang digunakan. Desain primer dapat dibuat

dengan menggunakan beberapa aplikasi, dalam pembuatannya pun dapat

dikatakan cukup sulit seingga dibutuhkan keterampilan dalam pembuatannya.

Primer merupakan oligonukleotida yang penting terkait dengan proses

PCR (Polymerase Chain Reaction). Desain primer yang baik merupakan suatu

langkah awal dari keberhasilan sekuensing DNA dari suatu gen. Gen Glut-3

Homo Sapiens adalah sekelompok protein dari kelas trasporter monosakarida

yang terdapat pada suatu sel yang hampir dimiliki oleh setiap jenis mamalia, yang

memiliki fungsi menyerap glukosa dari hasil sirkulasi darah dan mempercepat

penurunan rasio plasmanya, dengan mengalihkan glukosa tersebut kedalam sel

target, yang umumnya berupa sel pada jaringan adiposa atau otot lurik atau otot

jantung. GLUT terkodikasi oleh sekelompok gen yang salah satu gen

tersebutadalah IRGT (bahasa Inggris: insulin-regulatable glucose transporter).

Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendapatkan primer yang berguna

dalam mengidentifikasi gen Glut-3 Homo Sapiens. (Pahlevi, 2016)

7
 III.

ALAT, BAHAN, DAN PROSEDUR KERJA

3.1 Alat (AKBAR)

3.1.1 Laminar Airflow, berfungsi

sebagai ruang asam dan untuk

mencampur sampel dan preparasi

sampel

3.2.2 Refrigerate Centrifugation,

untuk memisahkan zat berdasarkan

massa jenis dengan volume dan waktu

tertentu.

3.2.3 Polymerase Chain Reaction

(PCR), untuk memperbanyak DNA

target dan untuk melihat ekspresi gen.

3.2.4 Elektroforesis, prinsip kerja alat

ini adalah dengan menggunakan

kejutan listrik

8
 3.2.5 UV Visualizer, untuk melihat

hasil yang berupa garis- garis.

3.2.6 Laptop, untuk membuat primer

DNA.

3.2 Bahan (AKBAR)

- DNA

3.3 Prosedur Kerja (ADE)

Langkah yang dilakukan dalam desain primer adalah :

1) Akses data dari https://www.nebi.nlm.nih.gov/

2) Klik kolom yang berisi tulisan All database, pilih nucleotide, dan ketik

nama gen dan nama latin organisme yang akan dicari database

nukleotidanya

3) Klik salah satu database yang diinginkan

4) Klik FASTA untuk melihat urutan nukleotida dari database gen target.

Klik Send to FILE, pilih format dalam bentuk FASTA, lalu klik create file

5) Setelah klik FASTA akan terlihat urutan nukleotidanya, klik send to. Run

BLAST untuk melihat derajat atau persentase kemiripan dengan gen yang

sama pada database yang berbeda.

9
6) Pada Laman Blast, klik BLAST pada kolom bagian bawah. (catatan:

Accession Number harus dimasukkan)

7) Pada laman hasil BLAST, klik checklist pada database yang memiliki

angka similaritas yang tinggi dengan database yang telah di FASTA

sebelumnya

a. Klik Download,pilih FASTA (Aligned Sequences), klik continue

8) Buka http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ untuk melihat persamaan

sekuens nukleotida pada kedua database

a. Buka kedua File Fasta Sequence yang telah di-download, block

Accession Number dan sekuens nukleotidanya, selanjutnya copy

and paste pada kolom di atas

b. Warna merah menunjukkan kesamaan di antara dua database yang

disandingkan. Pilih beberapa urutan dengan panjang tertentu yang

akan dijadikan sebuah primer lalu copy dari file notepad nya.

9) Buka laman http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/, lalu paste pada kolom yang

tersedia

10) Verifikasi dengan menggunakan primer blast dengan cara buka mesin

pencarian Google, ketik primer blast. Paste database yang sama dengan

input pada Primer3.

10
 IV.

HASIL PENGATAMATAN DAN PEMBAHASAN (UCUP)

4.1 Hasil Pengamatan

4.2 Pengamatan

Setelah didapatkan hasil sekuens maka dilakukan pengujian

secara online pada web https://www.nebi.nlm.nih.gov/ yang dilakukan untuk

mengetahui titik leleh (Tm) masing-masing primernya dan kandungan GC-

nya. Sepasang primer yang baik harus mempunyai Tm yang relatif

sama dengan kandungan GC yang cukup tinggi. Desain primer

yang baik juga sangat penting untuk keberhasilan reaksi PCR. Sesuai

dengan hasil sekuens Bintang yang penuh secara online tersebut dari

11
primer, didapat Tm nya yaitu 60,25⁰C dan primer 2 kanan Tm nya yaitu

60,46⁰C. Hasil dari kandungan GC yang optimal itu sekitar 40-60%.

Sesuai hasil sekuens primer 1 kanan dan kiri telah baik karena

didapat primer yang kandungan GCnya 55,00% dan 55,00%. Jadi dapat

terlihat bahwa hasil kandungan GC dari primer tersebut baik.

12
 V.

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

• Dapat mengetahui apa itu PCR, cara mendesain dan cara kerja dari PCR

• Dapat mengetahui cara membuat suatu rangkaian DNA yang dibuat

sampel
• Dapat mengetahui cara untuk mendapatkan suatu DNA baru yang akan

diamati

• Dapat mengetahui lebih jelas tentang teknik dalam bioteknologi molekuler

5.2 Saran

Saran yang diajukan oleh kelompok kami dari hasil praktikum yang

telah dilakukan bahwa diperlukan adanya kemunikasi yang berlangsung lebih

baik lagi antara asisten laboratorium dan praktikan dimulai dari praktikum

dimulai samapai penjelasan mengenai pembuatan laporan agar praktikum

kedepannya dapat berjalan dengan lancar.

13
 DAFTAR PUSTAKA

Pahlevi, M. R. (2016). Desain Primer untuk Identifikasi Gen GmDREB2 pada

Kedelai. Jurnal Agrinis Vol.1 , 1-7.

Arumingtyas, E. L., A. Sugianto & M. R. Pahlevi. 2014. DNA polymorphism of

the drought tolerance gene GmDREB2 of Indonesian local varieties
soybean (Glycine max L. Merr). Research Journal of Pharmaceutical,
Biological and Chemical Sciences. 5(5):228-232

Aris M et al. 2013. Identifikasi Molekuler Bakteri Patogen dan Desain

PrimerPCR. Jurnal Budidaya Perairan. Vol 1(3) : 43-50.

14