TUGAS BIOKIMIA

Polymerase Chain Reaction

Oleh

I Ketut Arya Yoga Krismantara

NIM 161300003

PROGRAM SARJANA (S1)

FISIOTERAPI
INSITUT ILMU KESEHATAN MEDIKA PERSADA BALI
DENPASAR
2017
 KATA PENGANTAR

Puja dan puji syukur penulis sembahkan kehadapan Tuhan Yang Maha kuasa
(Ida Sang Hyang Widhi Wasa) karena atas kehendak-Nya laporan dengan judul
“Polymerase Chain Reaction” dapat diselesaikan tepat waktu. Laporan ini disusun
dalam rangka memenuhi salah satu syarat dalam menempuh mata kuliah Biokimia
yang diampu oleh Ibu Ni Putu Widayanti, S.Si,.M.Si pada Semester Genap Tahun
Akademik 2016/2017.

Dalam penyusunan laporan ini penulis banyak mengalami hambatan dan

kesulitan, namun berkat adanya bantuan dari berbagai pihak, akhirnya laporan ini
dapat diselesaikan. Untuk itu, penulis mengucapkan terima kasih yang setulus-
tulusnya kepada Orang tua dan teman-teman yang telah mendukung dalam
penyusunan laporan ini. Semoga jasa-jasa mereka yang telah memberikan bantuannya
senantiasa memperoleh pahala yang setimpal dari Tuhan Yang Maha Esa.

Penulis menyadari bahwa laporan ini masih jauh dari yang sempurna, baik isi
maupun tata penulisannya. Hal ini semata-mata disebabkan keterbatasan pengetahuan
dan pengalaman yang penulis miliki. Oleh karena itu, penulis mohon saran dan kritik
yang bersifat membangun dari berbagai pihak demi sempurnanya laporan ini dan
laporan selanjutnya. Akhirnya, semoga tulisan kecil ini ada manfaatnya.

Denpasar, 14 Juni 2017

Penulis,

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR....................................................................................................I
BAB I PENDAHULUAN............................................................................................2
1.1 Latar Belakang................................................................................................2
1.2 Rumusan Masalah...........................................................................................3
1.3 Tujuan.............................................................................................................4
1.4 Manfaat...........................................................................................................4
BAB II...........................................................................................................................5
PEMBAHASAN............................................................................................................5
2.1.      Pengertian PCR (Polimerase Chain Reaction)..............................................5
2.2.      Komponen.....................................................................................................5
2.3.      Prinsip Kerja..................................................................................................6
2.4.      Perancangan Primer.......................................................................................8
2.5.      Aplikasi Teknik PCR...................................................................................10
BAB III PENUTUP.....................................................................................................14
3.1 Kesimpulan...................................................................................................14
DAFTAR PUSTAKA..................................................................................................15

2
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang   

Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dewasa ini
berkembang semakin pesat. Salah satu perkembangan ilmu pengetahuan dan
teknologi yang sering diterapkan adalah bioteknologi. Bioteknologi
merupakan pemanfaatan berbagai prinsip ilmiah dan rekayasa terhadap
organisme, sistem, atau proses biologis untuk menghasilkan atau
meningkatkan potensi organisme maupun menghasilkan produk dan jasa bagi
kepentingan hidup manusia. Secara umum bioteknologi dikelompokkan
menjadi dua, yaitu bioteknologi tradisional dan bioteknologi modern.
Bioteknologi tradisional merupakan bioteknologi yang memanfaatkan
mikroba, proses biokimia, dan proses genetik yang terjadi secara alami.
Produk dari bioteknologi tradisional tersebut antara lain: tempe, oncom,
yoghurt, dan keju. Bioteknologi tradisional ini terus mengalami
perkembangan hingga ditemukannya struktur DNA yang diikuti dengan
penemuan lainnya. Dengan ditemukannya struktur DNA dan berkembangnya
ilmu pengetahuan tentang DNA, muncullah istilah bioteknologi modern.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada
manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada
manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan
memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan
tumbuhan. Produk dari bioteknologi modern, misalnya insulin, kloning domba
Dolly, antibodi monoklonal.
Dalam aplikasinya, bioteknologi menerapkan berbagai macam disiplin ilmu.
Disiplin ilmu tersebut antara lain: mikrobiologi (tentang mikroba), biologi sel
(tentang sel), genetika (tentang pewarisan sifat makhluk hidup), dan biokimia

3
 (tentang makhluk hidup dilihat dari aspek kimianya). Salah satu pokok
bahasan yang penting untuk di pahami yaitu mengenai Polymerase Chain
Reaction atau yang lebih dikenal dengan istilah PCR. PCR adalah suatu
metode in vitro untuk menghasilkan sejumlah fragmen DNA spesifik dengan
panjang dan jumlah skuens yang telah ditentukan dari jumlah kecil template
kompleks. PCR merupakan suatu teknik sangat kuat dan sangat sensitif dan
dapat diaplikasikan dalam berbagai bidang seperti biologi molekuler, genetika
populasi, dan analisis forensik. Teknik DNA rekombinan telah memberikan
perubahan secara signifikan dalam ilmu genetika karena memungkinkan
terjadinya isolasi dan karakteristik gen-gen, mempelajari secara rinci fungsi
dan ekspresi selama proses perkembangan terjadi, sebagai respon terhadap
lingkungan. Mengingat peningnya peranan teknik PCR ini terhadap
perkembangan ilmu pengetahuan kedepan, maka dalam makalah ini akan
dibahas tentang teknik PCR, prinsip-prinsip PCR, pertimbangan penggunaan
PCR, dan manfaat PCR.

1.2 Rumusan Masalah

Dari latar belakang tersebut, maka dapat dicari beberapa rumusan
masalah yang dapat dibahas, antara lain:
1. Apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)?
2. Apasaja tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR)?
3. Alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam Polymerase Chain
Reaction (PCR)?
4. Apakah komponen-komponen yang dibutuhkan dalam proses Polymerase
Chain Reaction (PCR)?
5. Apa saja variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR)?
6. Apa saja manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR)?

4
1.3 Tujuan
Dari rumusan masalah tersebut, maka beberapa tujuan yang ingin
dicapai anatara lain:

1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan pengendalian ekspresi genetik

2. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction
(PCR).
3. Untuk mengetahui apa saja tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction
(PCR).
4. Untuk mengetahui alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam Polymerase
Chain Reaction (PCR).
5. Untuk mengetahui apakah komponen-komponen yang dibutuhkan dalam
proses Polymerase Chain Reaction (PCR).
6. Untuk mengetahui apa saja variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR).
7. Untuk mengetahui apa saja manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR).

1.4 Manfaat
Manfaat yang diperoleh dari penulisan makalah ini adalah bagi penulis
dan pembaca dapat memperoleh pengetahuan tentang proses Polymerase
Chain Reaction (PCR) serta manfaat dari PCR bagi manusia.

5
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1.      Pengertian PCR (Polimerase Chain Reaction)

Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR
(polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode
perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan
organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar
dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang
menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan
ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun 1994 berkat temuannya tersebut.
Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular
karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. PCR
(Polimerase Chain Reaction) atau reaksi berantai polimerase adalah suatu
metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis sekuens tertentu DNA
dengan menggunakan dua primer oligonukleotida yang menghibridisasi pita
yang berlawanan dan mengapit dua target DNA. Kesederhanaan dan tingginya
tingkat kesuksesan amplifikasi sekuens DNA yang diperoleh menyebabkan
teknik ini semakin luas penggunaannya.
2.2.      Komponen
Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA
polymerase, komponen lain yang dibutuhkan adalah:
A. Primer
Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida
pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai
atau polimerisasi DNA. Jadi jangan membayangkan kalau PCR mampu
menggandakan seluruh DNA bakteri E. coli yang panjangnya kira-kira 3 juta
bp itu. PCR hanya mampu menggandakan DNA pada daerah tertentu

6
 sepanjang maksimum 10000 bp saja, dan dengan teknik tertentu bisa sampai
40000 bp. Primer dirancang untuk memiliki sekuen yang komplemen dengan
DNA template, jadi dirancang agar menempel mengapit daerah tertentu yang
kita inginkan.
B. dNTP (deoxynucleoside triphosphate)
dNTP alias building blocks sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru.
dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun DNA, yaitu dATP,
dCTP, dGTP dan dTTP.
C. Buffer
Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk
mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA
polymerase.
D. Ion Logam
Ion logam bivalen, umumnya Mg++, fungsinya sebagai kofaktor bagi
enzim DNA polymerase. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak dapat
bekerja.
Ion logam monovalen, kalsium (K+).

2.3.      Prinsip Kerja

Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20–
30 kali siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap
bekerjanya PCR dalam satu siklus:
1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung
pada suhu tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi)
dan DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR
tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan
semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak
stabil dan siap menjadi templat (“patokan”) bagi primer. Durasi tahap ini
1–2 menit.

7
 2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA
templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu
antara 45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat
menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di
sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari
jenis DNA polimerase yang dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini
biasanya dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.
Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan
renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer
lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer
yang dipakai. Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan
terjadi secara ksponensial
Pada tahap denaturasi, pasangan untai DNA templat dipisahkan satu sama lain
sehingga menjadi untai tunggal. Pada tahap selanjutnya, masing-masing untai
tunggal akan ditempeli oleh primer. Jadi, ada dua buah primer yang masing-
masing menempel pada untai tunggal DNA templat. Biasanya, kedua primer
tersebut dinamakan primer maju (forward primer) dan primer mundur(reverse
primer). Setelah menempel pada untai DNA templat, primer mengalami
polimerisasi mulai dari tempat penempelannya hingga ujung 5’ DNA
templat (ingat polimerisasi DNA selalu berjalan dari ujung 5’ ke 3’ atau
berarti dari ujung 3’ ke 5’ untai templatnya). Dengan demikian, pada akhir
putaran reaksi pertama akan diperoleh dua pasang untai DNA jika DNA
templat awalnya berupa sepasang untai DNA.
Pasangan-pasangan untai DNA yang diperoleh pada suatu akhir putaran reaksi
akan menjadi templat pada putaran reaksi berikutnya. Begitu seterusnya
hingga pada putaran yang ke n diharapkan akan diperoleh fragmen DNA
pendek sebanyak 2n – 2n. Fragmen DNA pendek yang dimaksudkan adalah
fragmen yang ukurannya sama dengan jarak antara kedua tempat penempelan

8
 primer. Fragmen pendek inilah yang merupakan urutan target yang memang
dikehendaki untuk digandakan (diamplifikasi).
Bisa kita bayangkan seandainya PCR dilakukan dalam 20 putaran saja, maka
pada akhir reaksi akan diperoleh fragmen urutan target sebanyak 220 – 2.20 =
1.048576 – 40 = 1.048536 ! Jumlah ini masih dengan asumsi bahwa DNA
templat awalnya hanya satu untai ganda. Padahal kenyataannya, hampir tidak
mungkin DNA templat awal hanya berupa satu untai ganda. Jika DNA
templat awal terdiri atas 20 untai ganda saja, maka jumlah tadi tinggal
dikalikan 20 menjadi 20.970.720, suatu jumlah yang sangat cukup bila akan
digunakan sebagai fragmen pelacak.

2.4.      Perancangan Primer

Tahapan PCR yang paling menentukan adalah penempelan primer.
Sepasang primer oligonukleotida (primer maju dan primer mundur) yang akan
dipolimerisasi masing-masing harus menempel pada sekuens target, tepatnya
pada kedua ujung fragmen yang akan diamplifikasi. Untuk itu urutan basanya
harus komplementer atau setidak-tidaknya memiliki homologi cukup tinggi
dengan urutan basa kedua daerah ujung fragmen yang akan diamplifikasi itu.
Padahal, kita belum mengetahui dengan pasti urutan basa sekuens target. Oleh
karena itu, diperlukan cara tertentu untuk merancang urutan basa kedua
primer yang akan digunakan.
Dasar yang digunakan adalah urutan basa yang diduga mempunyai kemiripan
dengan urutan basa sekuens target. Urutan ini adalah urutan serupa dari
sejumlah spesies/strain organisme lainnya yang telah
diketahui/dipublikasikan. Sebagai contoh, untuk merancang sepasang primer
yang diharapkan dapat mengamplifikasi sebagian gen lipase pada
isolat Bacillus termofilik tertentu dapat digunakan informasi urutan basa gen
lipase dari strain-strain Pseudomonas fluorescens, P. mendocina , dan
sebagainya, yang sebelumnya telah diketahui.

9
 Urutan-urutan basa fragmen tertentu dari berbagai strain tersebut kemudian
dijajarkan dan dicari satu daerah atau lebih yang memperlihatkan homologi
tinggi antara satu strain dan lainnya. Daerah ini dinamakan daerah
lestari (conserved area). Sebagian/seluruh urutan basa pada daerah lestari
inilah yang akan menjadi urutan basa primer.
Sebenarnya, daerah lestari juga dapat ditentukan melalui penjajaran urutan
asam amino pada tingkat protein. Urutan asam amino ini kemudian diturunkan
ke urutan basa DNA. Dari satu urutan asam amino sangat mungkin akan
diperoleh lebih dari satu urutan basa DNA karena setiap asam amino dapat
disandi oleh lebih dari satu triplet kodon. Dengan demikian, urutan basa
primer yang disusun dapat merupakan kombinasi beberapa kemungkinan.
Primer dengan urutan basa semacam ini dinamakan primer degenerate. Selain
itu, primer yang disusun melalui penjajaran urutan basa DNA pun dapat
merupakan primer degenerate karena urutan basa pada daerah lestari di
tingkat DNA pun tidak selamanya memperlihatkan homologi sempurna
(100%).
Urutan basa pasangan primer yang telah disusun kemudian dianalisis
menggunakan program komputer untuk mengetahui kemungkinan
terjadinya primer-dimer akibat homologi sendiri(self-homology) atau
homologi silang (cross-homology). Selain itu, juga perlu dilihat kemungkinan
terjadinya salah tempel(mispriming), yaitu penempelan primer di luar sekuens
target. Analisis juga dilakukan untuk mengetahui titik leleh (Tm) masing-
masing primer dan kandungan GC-nya. Sepasang primer yang baik harus
mempunyai Tm yang relatif sama dengan kandungan GC yang cukup tinggi.
 

10
2.5.      Aplikasi teknik PCR
Kary B Mullis yang telah menemukan dan mengaplikasikan PCR pada
tahun 1984. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam
kebutuhan, diantaranya:
1. Isolasi Gen
Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat
besar, DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa, dan di dalamnya
mengandung ribuan gen. Sebagaimana kita tahu bahwa fungsi utama DNA
adalah sebagai sandi genetik, yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi
protein, DNA ditranskrip menghasilkan RNA, RNA kemudian diterjemahkan
untuk menghasilkan rantai asam amino alias protein. Dari sekian panjang
DNA genome, bagian yang menyandikan protein inilah yang disebut gen,
sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’, DNA ‘sampah’
yang fungsinya belum diketahui dengan baik. Kembali ke pembahasan isolasi
gen, para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai
contoh, dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pankreas sapi atau
babi, kemudian menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu saja
mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak
benar-benar sama dengan insulin manusia. Berkat teknologi rekayasa genetik,
kini mereka dapat mengisolasi gen penghasil insulin dari DNA genome
manusia, lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. coli) agar
bakteri dapat memproduksi insulin juga. Hasilnya insulin yang sama persis
dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia, dan sekarang insulin tinggal
diekstrak dari bakteri, lebih cepat, mudah, dan tentunya lebih murah
ketimbang cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi.
Untuk mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama
‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita
inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang
sesuai dengan gen tersebut.

11
2. DNA Sequencing
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA
Sequencing, metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger
(chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-
dideoxy terminator, dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan
pereaksi yang agak berbeda, yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR
biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang
dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda, maka
urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan.
3. Forensik
Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun
korban), atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Jika
identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan, maka
pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. DNA dapat diambil dari bagian
tubuh manapun, kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi
bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari,
yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Hasilnya dibandingkan dengan
DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah, misalnya ibu atau
bapak kandung. Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa
dipastikan identitas orang yang dimaksud. Konon banyak kalangan tertentu
yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’
dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.
4. Diagnosa Penyakit
Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi
sedang mewabah saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit
berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. PCR
merupakan teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan
diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR

12
mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus
Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

13
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
1. Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode in vitro yang digunakan
untuk mensintesis sekuens tertentu DNA dengan menggunakan dua primer
oligonukleotida yang menghibridisasi pita yang berlawanan dan mengapit
dua target DNA.
2. Tahapan-Tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR), denaturasi DNA
templat, penempelan (annealing) primer, dan polimerisasi (extension)
rantai DNA.
3. Komponen-Komponen Polymerase Chain Reaction (PCR), Enzim DNA
Polymerase: enzim Taq DNA polymerase yang memiliki keaktifan pada
suhu tinggi; Primer merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal
yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA templat yang akan
diperbanyak. Panjang primer berkisar antara 20-30 basa; Reagen lainnya
berupa dNTP untuk reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung
MgCl2.
4. Variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR) seperti: Alel-spesifik PCR,
Polymerase Cycling Assembly, Asymmetric PCR, Hot Start PCR, PCR
spesifik Intersequence, Inverse PCR, Mediated PCR Ligasi, dll.
5. Manfaat Polymerase Chain Reaction (pcr), yaitu: amplifikasi urutan
nukleotida, menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang
mengalami mutasi, bidang kedokteran forensik, melacak asal-usul
sesorang dengan membandingkan DNA “finger print”.

14
 DAFTAR PUSTAKA

1. Anonim, 2011. PCR (Polimerase Chain Reaction). Diperoleh dari: www.

http://www.medicinenet.com. Diakses pada 14 juni 2017

2. Mahmuddin, 2010. Polimerase Chain Reaction (PCR). Diperoleh dari : www.

http://mahmuddin.wordpress.com/. Diakses pada 14 juni 2017

3. Nasir, M. 2013. Bioteknologi Molekuler. Citra Aditya Bakti.

4. Wayan Adiartayasa, 2013. Aplikasi Teknik Polymerase Chain Reaction(PCR)

Diperoleh dari:http://www.imok.ufl.edu/hlb/database/pdf/13_putra_13.pdf.

Diakses pada 14 juni 2017

15