MAKALAH

BIOLOGI MOLEKULER
DOSEN PENGAMPU : M.DIKI JULIANDI,M.BIOTEK

DISUSUN OLEH :
NAMA : APRILIA CELINA
NIM : 2110262099
KELAS : B’21
Note : Sebagai tugas biologi molekuler

PROGRAM STUDI D IV

TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK

FAKULTAS ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS PERINTIS INDONESIA

2
 TAHUN AJARAN 2021/2022

KATA PENGANTAR

Puji syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat dan hidayah-Nya
sehingga makalah ini dapat diselesaikan dengan baik. Kami berharap makalah ini
dapat menambah pengetahuan dan pengalaman bagi pembaca. Begitu pula atas
limpahan kesehatan dan kesempatan yang Allah SWT karuniai kepada kami
sehingga makalah ini dapat kami susun melalui beberapa sumber yakni melalui
kajian pustaka maupun melalui media internet.
Pada kesempatan ini, kami mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
yang telah memberikan kami semangat dan motivasi dalam pembuatan tugas
makalah ini. Terutama kepada dosen pembimbing yaitu bapak M.DIKI
JULIANDI,M.BIOTEK yang telah memberikan arahan dan juga kepada teman-
teman seperjuangan yang membantu kami dalam berbagai hal. Harapan kami,
informasi dan materi yang terdapat dalam makalah ini dapat bermanfaat bagi
pembaca.
Demikian makalah ini kami buat, apabila terdapat kesalahan dalam
penulisan, atau pun adanya ketidaksesuaian materi yang kami angkat pada
makalah ini, kami mohon maaf. Kami siap menerima kritik dan saran seluas-
luasnya dari pembaca agar bisa membuat karya makalah yang lebih baik pada
kesempatan berikutnya.

Padang, Selasa 19 Juli 2022

Penulis

3
 Daftar isi

KATA PENGANTAR.................................................................................................................................
Daftar isi......................................................................................................................................................
BAB I..........................................................................................................................................................
PENDAHULUAN.......................................................................................................................................
Latar Belakang.........................................................................................................................................
Rumusan Masalah...................................................................................................................................
Tujuan..........................................................................................................................
BAB II...............................................................................................................7
PEMBAHASAN......................................................................................................................................
Pengertian PCR........................................................................................................................................
Prinsip-prinsip dasar PCR.........................................................................................................................
Perkembangan teknologi PCR................................................................................................................
Peranan PCR dalam diagnostik kesehatan.............................................................................................
Bahan dan metode.....................................................................................................13
Cara kerja...................................................................................................................14
Jenis PCR...................................................................................................................18
Bab III......................................................................................................................................................
Penutup....................................................................................................................................................
Kesimpulan............................................................................................................................................
Daftar Pustaka...........................................................................................................................................

4
 BAB 1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR)

adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
PCR ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis.
Amplifikas DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer
oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens
oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR
memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA.
Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30
nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik.
Enzim DNA polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri
termofilik Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)
menempel pada ujung 3’ primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
menstimulasi aktivasi polimerase.
(Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis
untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. Pada proses PCR diperlukan
beberapa komponen utama, yaitu DNA cetakan, Oligonukleotida primer,
Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA Polimerase, dan
Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Pada proses PCR
menggunakan menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki
kemampuan untuk memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan
mengatur temperatur untuk tiap tahapan reaksi.

Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang
dalam 30-40 siklus dan berlangsung dengn cepat yaitu denaturasi, anneling,
dan pemanjangan untai DNA. Produk PCR dapat diidentifikasi melalui
5
ukurannya dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Teknik PCR dapat
dimodifikasi ke dalam beberapa jenis diantaranya : PCR- RFLP, PCR – RAPD,
nested- PCR,Quantitative- PCR, RT- PCR dan inverse – PCR. Keunggulan
PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi dan
keakuratannya.

 RUMUSAN MASALAH
1. Apa itu PCR?
2. Apa saja prinsip-prinsip dasar PCR?
3. Bagaimana perkembangan teknologi PCR?
4. Apa peranan PCR diagnostik kesehatan?
5. Apa saja bahan dan metode PCR?
6. Bagaimana cara kerja PCR?
7. Apa saja jenis-jenis PCR?

 TUJUAN
1) Mahasiswa dapat mengetahui Pengertian PCR
2) Mahasiswa dapat mengetahui Prinsip-prinsip dasar PCR
3) Mahasiswa dapat mengetahui Perkembangan teknologi PCR
4) Mahasiswa dapat mengetahui Peranan PCR dalam diagnostik
kesehatan
5) Mahasiswa dapat mengetahui Bahan dan metode
6) Mahasiswa dapat mengetahui Cara kerja PCR
7) Mahasiswa dapat mengetahui Jenis PCR

6
 BAB II

PEMBAHASAN

1. Pengertian PCR

PCR merupakan teknologi yang mampu melipat gandakan secuplik fragmen

DNA yang terdapat dalam komplek makromolekul genom dari berbagai sumber
(hewan, tumbuhan, bakteri, dan virus)menjadi 2n kali lipatnya secara enzimatis.

Teknologi ini juga dikenal dengan tingkat sensitifitas yang cukup tinggi
karena hanya membutuhkan secuplik sampel DNA saja untuk mendapatkan jutaan
kopi DNA baru. Sejak pertama kali ditemukan oleh Kary Banks Mullis 32 tahun
silam, teknologi PCR telah merevolusi semua aspek biologi molekular di seluruh
dunia.Para ilmuwan bersepakat bahwa penemuan teknologi PCR pantas
disejajarkan dengan penemuan utas DNA(Deoxyribonucleic acid) oleh James D.
watson and Francis Crick pada 1953. Teknologi PCR mampu memberidampak
cukup signifikan diawal dekade penemuannya terutamapada teknologi kloning
gen yang semula tidak mungkin dilakukan menjadi kenyataan yang membawa era
baru bioteknologi kearah yang lebih modern.

Bioteknologi modern dan capaiannya dalam tiga dekade ini tidak lepas dari
peran vital teknologi PCR. Penemuan protein- protein baru yang penting melalui
teknologi DNA rekombinan seperti insulin, hormon faktor perumbuhan dan
antibodi adalah contoh nyata bagaimana teknologi ini sangat signifikan perannya
dalam proses pencapaian luar biasa umat manusia[3-5].Berkat teknologi PCR pula
pengurutan basa-basa DNA manusia berhasil dituntaskan dalam kurun waktu
yang relatif singkat yang membawa dampak besar bagi dunia kedokteran yang
membawa arah pengobatan berfokus pada individu pasien atau yang disebut
dengan personal medicine.
Signifikansi teknologi ini telah menyentuh seluruh ranah penelitian hayati
(kesehatan, lingkungan, dan pertanian) yang kemudian berkat teknologi ini pula
pengurutan kode genetika manusia berhasil diselesaikan.
7
2. Prinsip-prinsip Dasar PCR

Ide cemerlang itu muncul secara spontan di dalam kepala Kary B. Mullis
ketika berkendara dari San Francisco menuju Mendocin. Dua pasang fragmen
oligonukleotida (primer) yang saling berlawanan dan berkomplemen terhadap
masing-masing utas DNAnya dengan mengulang siklus:

(1) denaturasi dimana dua untas DNA dipisahkan secara fisik menggunakan suhu
tinggi,

(2) annealingdimana suhu diturunkan untuk memfasilitasi penempelan DNA

polymerase secara spesifik pada untas tunggal DNA yang sudah berkomplementasi
dengan primer spesifiknya, dan

(3) polimerasidimana utas tunggal DNA dibaca oleh DNA polymerase dengan
menambahkan basa-basa DNA komplemennya maka fragmen DNA dapat
diperbanyak secara eksponensial[13].

Aplikasi dariprinsip dasar PCR ini terkendala ketika dicobakan

diloratorium dikarenakan beberapa hal berikut: (1) belum ditemukannya enzim
DNA polimerase yang tahan panas menyebabkan harus dilakukan penambahan
enzim baru setiap siklus polimerasi bertambah yang menyebabkan tidak efisiennya
proses pengerjaan untuk mendapatkan jumlah kopi DNA yang ideal dan
(2)penggunaan tiga water bath terpisah menyebabkan proses PCR secara teknis
cukup sulit dilakukan[14].

Untunglah penemuan enzim DNA polimerase tahan panas dari mikroba

Thermophilus aquaticusmengatasi kendalapada pada proses penambahan enzim
sekaligus menurunkan biaya PCR yang sebelumnya cukup besar[15]. Tidak lama
setelah itu, revolusi mesin PCRdimana suhu tiap-tiap langkah PCR (denaturasi,
annealing, dan polimerasi) dikendalikan secara otomatis di dalam satu wadah
reaksitertutup juga berhasil diciptakan dengan nama “Thermal Cycler”[16].
Otomatisasi ini selain memudahkan proses PCR hal inijuga berdampak
padapemakaian tempat untuk mesin PCR menjadi lebih efisien.
8
 Secara teknis perbanyakan DNA dengan PCR memerlukan tujuh
komponen yaitu (1) template/cetakan DNA yang akan diperbanyak, (2) enzim
DNA polimerase tahan panas, (3) satu pasang primer, (4) dNTP, (5)kofaktor
MgCl2, (6) larutan penyangga dan (7) air. Ke-tujuh komponen tadi dicampurkan di
dalam tubung ukuran 200 µL dalam kondisi dingin sebelum dilakukan PCR di
dalam mesin thermal cycler. Metode konvensional perbanyakan DNA dengan
PCR terdiri dari tiga langkah/stepyang diulang untuk suatu siklus tertentu, yaitu :

(1) denaturasi cetakan/template DNA pada suhu 94-95oC

(2) annealing/penempelan primer- primer pada segmen tertentu DNA

menggunakan suhu spesifik (suhu spesifik ini didapatkan dari nilai - Tm primer
dikurangi 5oC) dimana fragmen DNA.

(3) polimerasi pada suhu 72oC yaitu suhu optimal enzim untuk memanjangkan
primer-primer yang sudah menempel tadi.

Adapun waktu yang dibutuhkan untuk berpindah dari satu langkah ke

langkah selanjutnya dalam satu kali siklus PCR adalah bergantung pada mesin
PCRtetapi secara umum durasi denaturasi biasanya paling lama 30 detik, durasi
annealing sangat bergantung pada spesifikasi dan panjang primer yang dibuat
tetapi untuk mudahnya durasi tidak kurang dari 15 detik dan tidak lebih lama dari
1 menit, sedangkan durasi polimerasi sangat ditentukan oleh panjang fragmen
DNA yang dihasilkan dan secara kasar ditetapkan untuk memperbanyak fragmen
DNA dengan ukuran 1 kb dibutuhkan durasi 1 menit tergantung pada jenis enzim
polimerase yang digunakan[17].

Dari tujuh komponen PCR, perancangan primer yang baik adalah kunci
keberhasilan dalam proses amplifikasi DNA dengan metode ini. Adapun pasangan
primer yang optimal yaitu bila primer tersebut hanya menempel spesifik pada gen
targetnya dan bila proses amplifikasi DNA selesai tidak terbentuk dimer primer[18].
Perancangan primer biasanya menggunakan software bioinformatika dan
untungnya saat ini sudah banyak software gratis yang bisa diakses secara online.
9
 Alat :

Gambar 1. Alat PCR (kiri) yang digunakan untuk Perbanyakan kopi

DNA pada awal sebelum ditemukan mesin Thermal-Cycler PCR (kanan).

10
 Gambar 2. Prinsip dasar perbanyakan fragmen DNA dengan teknologi PCR.

3. Perkembangan Teknologi PCR

Teknologi PCR selalu mengalami inovasi mengikuti dan menjawab

kebutuhan-kebutuhan di bidang riset maupun diagnostik dan inovasi tersebut
terjadi pada komponen “software” yaitu enzim dan komponen kimia
pendukungnya, komponen “technique” yaitu metodologi PCR dan komponen
“hardware” yaitu mesin PCR.isolasi, kloning gen dan modifikasi dari enzim
DNA polimerase.

Sampai tahun 2013 saja sudah diketahui ada 19 jenis DNA polimerase baik
type A maupun B dengan karakteristik unik hasil pengisolasian dari berbagai jenis
thermotolerant bakteri (genus Themus, Thermoccocus, dan Pyrococcus) sehingga
tidak heran dewasa ini persaingan untuk memunculkan DNA polimerase dengan
fungsi unggul sangat digencar dilakukan oleh berbagai peneliti di dunia.Pencarian
mikroorganisme-miroorganisme baru di ekosistem yang ekstrim serta modifikasi
DNA polimeraseyang sudah ada dengan teknik mutagenesis dan rekayasa genetika
merupakan bagian dari upaya untuk mendapatkan DNA polimerase terbarukan
yang diharapkan memiliki aktivitas, spesifitas dan stabilitas tinggi sehingga bisa
meningkatkan efisiensi PCR[19-21].

Metodologi PCR yang semula digunakan hanya untuk perbanyakaan DNA

saja sekarang sudah jauh mengalami perkembangan yang cukup memukau
mengikuti kebutuhan akan analisa berdasarkan kasus yang sedang terjadi. Inovasi
terkait technique” PCR yang kini berkembang memiliki peranan cukup
signifikan pada hasil-hasil penelitian dewasa ini terutama pada bidang kedokteran
seperti prediksi suatu penyakti atau mengukur efektivitas suatu obat melalui
perhitungan jumlah kopi gen, analisa keragaman gen pembawa penyakit atau
analisa mutasi gen.

11
4. Peranan PCR dalam Diagnostik Kesehatan
Diagnostik klasik,sebelum PCR dipopulerkan sebagai metode deteksi
dalam klinis, menggunakan metode analisa protein sebagai sarana dalam
melakukan deteksi suatu penyakit. Tidak mengejutkan bahwa sistem deteksi yang
banyak dipakai atau ditawarkan pada suatu institusi kesehatan seperti rumah sakit
pada umumnya menggunakan metode yang mengacu pada prinsip-
prinsipimunokimia, sebagai contoh yang terkenal yaitu deteksi human papiloma
virus mengunakan tes Pap Smear atau deteksi kelainan sel menggunakan metode
imunohistokimia.

Namun terkadang, deteksi semacam itu riskan akan terjadinya kesalahan

dalam penafsiran hasil dikarenakan rendahnya sensitifitas metode yang mungkin
terjadi karenarusaknya antibodi yang digunakan (misalkan salah proses
penyimpanan atau kadaluarsa) atau rendahnya kualitas sampel jaringan akibat
proses penyimpanan yang terlalu lama[44].

Untuk mengkonfirmasi salah penafsiran data maka diperlukan suatu

metode mumpuni baik sifatnya sebagai metode tunggal deteksi atau komplemen
untuk mengatasi batasan tadi. Aplikasi PCR dalam diagnostik kesehatan telah
banyak dilakukan dewasa ini dengan tingkat sensitifitas dan spesifitas yang cukup
tinggi[45]. Oleh sebab ituwajar jika teknologi ini cukup mumpuni dalam mendeteksi
mikroorganism berbahaya yang titernya cukup kecil sekalipun dalam beragam
sampel, mendeteksi suatu mutasi gen tertentu pada pasien penderita kanker, dan
mendeteksi kelainan gen-gen bawaan.

12
5. Bahan dan Metode

Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama adalah :

a. DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan. DNA
cetakan yang digunakan sebaiknya berkisar antara 105 – 106 molekul. Dua
hal penting tentang cetakan adalah kemurnian dan kuantitas.
b. Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (18 –
28 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai
DNA. Dan mempunyai kandungan G + C sebesar 50 – 60%.
c. Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP, dCTP, dGTP,
dTTP. dNTP mengikat ion Mg2+ sehingga dapat mengubah konsentrasi
efektif ion. Ini yang diperlukan untuk reaksi polimerasi.
d. Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi
sintesis rantai DNA. Enzim ini diperoleh dari Eubacterium yang disebut
Thermus aquaticus, spesies ini diisolasi dari taman Yellowstone pada
tahun 1969. Enzim polimerase taq tahan terhadap pemanasan berulang-
ulang yang akan membantu melepaskan ikatan primer yang tidak tepat
dan meluruskan wilayah yang mempunyai struktur sekunder.
e. Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Larutan buffer PCR
umumnya mengandung 10 – 50mM Tris-HCl pH 8,3-8,8 (suhu 20o C); 50
mM KCl; 0,1% gelatin atau BSA (Bovine Serum Albumin); Tween 20
sebanyak 0,01% atau dapat diganti dengan Triton X-100 sebanyak 0,1%;
disamping itu perlu ditambahkan 1,5 mM MgCl2.

Pada proses PCR menggunakan menggunakan alat termosiklus.

Sebuah mesin yang memiliki kemampuan untuk memanaskan sekaligus
mendinginkan tabung reaksi dan mengatur temperatur untuk tiap tahapan
reaksi. 13
14
6. Cara Kerja
Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam
30- 40 siklus dan berlangsung dengan cepat :

1. Denaturasi
Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum enzim taq
polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi DNA merupakan
proses pembukaan DNA untai ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya
berlangsung sekitar 3 menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA
terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap
mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA untai ganda lagi)
secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses PCR. Adapun waktu
denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi aktifitas enzim Taq polymerase.
Aktifitas enzim tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5
menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 97,5oC.

2. Annealing (penempelan primer)

Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang baik
adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60
% G+C dan untuk kedua primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam
masing-masing primer itu sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen,
karena hal ini akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer
tersebut dan mengurangi efisiensi PCR.
Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik.
Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya. Kisaran
temperatur penempelan yang digunakan adalah antara 36oC sampai dengan
72oC, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60oC.

3. Pemanjangan Primer (Extention)

Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya memperpanjang
DNA primer dari ujung 3’. Kecepatan penyusunan nukleotida oleh enzim
tersebut pada suhu 72oC diperkirakan 35 – 100 nukleotida/detik, bergantung
pada buffer, pH, konsentrasi garam dan molekul DNA target. Dengan demikian
untuk produk PCR dengan panjang 2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah 15
lebih dari cukup untuk tahap perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir siklus
PCR waktu yang digunakan untuk tahap ini diperpanjang sampai 5 menit
sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk DNA untai ganda.

GAMBAR DIBAWAH ADALAH Siklus PCR

(1) Denaturasi pada suhu 90o – 95oC;
(2) Annealing pada suhu 37o – 65oC;
(3) Elongasi pada suhu 72oC ;
(4) Siklus pertama selesai

Reaksi-reaksi tersebut di bawah diulangi lagi dari 25 – 30 kali (siklus)

sehingga pada akhir siklus akan diperoleh molekul-molekul DNA rantai ganda
yang baru yang merupakan hasil polimerasi dalam jumlah yang jauh lebih
banyak dibandingkan dengan jumlah DNA cetakan yang digunakan. Banyaknya
siklus amplifikasi tergantung pada konsentrasi DNA target dalam campuran
reaksi.
Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan
menggunakan elektroforesis gel agarosa. Metode ini terdiri atas menginjeksi
DNA ke dalam gel agarosa dan menyatukan gel tersebut dengan listrik.
Hasilnya untai DNA kecil pindah dengan cepat dan untai yang besar diantara
gel menunjukkan hasil positif.

16
17
18
 Gambar 2 : Metode Elektroforesis

Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas

spesifitas, efisiensi dan keakuratannya. Spesifitas PCR terletak pada
kemampuannya mengamplifikasi sehingga menghasilkan produk melalui
sejumlah siklus. Keakuratan yang tinggi karena DNA polymerase mampu
menghindari kesalahan pada amplifikasi produk. Masalah yang berkenaan
dengan PCR yaitu biaya PCR yang masih tergolong tinggi.

Selain itu kelebihan lain metode PCR dapat diperoleh pelipatgandaan

suatu fragmen DNA (110 bp, 5x10-9 mol) sebasar 200.00 kali setelah dilakukan
20 siklus reaksi selama 220 menit. Reaksi ini dilakukan dengan menggunakan
komponen dalam jumlah sangat sedikit, DNA cetakan yang diperlukan hanya
sekitar 5 ug oligonukleotida yang diperlukan hanya sekitar 1 mM dari reaski ini
biasa dilakukan dalam volume 50-100 ul. DNA cetakan yang digunakan juga
tidak perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR dapat digunakan
untuk melipatgandakan suatu sekuen DNA dalam genom bakteri hanya dengan
mencampukan kultur bakteri di dalam tabung PCR .
19
7. Jenis pcr
Teknik PCR dapat dimodifikasi ke dalam beberapa jenis diantaranya:
1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP); metode ini digunakan
untuk membedakan organisme berdasarkan analisis model derifat dari
perbedaan DNA.
2. Inverse-PCR, metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen internal yang
diketahui. Template didigesti dengan enzim restriksi yang memotong bagian
luar daerah yang akan diamplifikasi, fragmen restriksi yang dihasilkan
ditempelkan dengan ligasi dan diamplifikasi dengan menggunakan sekuen
primer yang memiliki titik ujung yang memiliki jarak yang jauh satu sama
lain dengan segmen eksternal yang telah tergabung. Metode ini khusus
digunakan untuk mengidentifikasi ”sekuen antara” dari beragam gen.
3. Nested-PCR, proses ini memungkinkan untuk mengurangi kontaminasi pada
produk selama amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak diperlukan.
Dua set primer digunakan untuk mendukung metode ini, set kedua
mengamplifikasi target kedua selama proses pertama berlangsung. Sekuens
DNA target dari satu set primer yang disebut primer inner disimpan di
antara sekuens target set kedua dari primer yang disebut sebagai outer
primer. Pada prakteknya, reaksi pertama dari PCR menggunakan outer
primer, lalu reaksi PCR kedua dilakukan dengan inner primer atau nested
primer menggunakan hasil dari produk reaksi yang pertama sebagai target
amplifikasi. Nested primer akan menyatu dengan produk PCR yang pertama
dan menghasilkan produk yang lebih pendek daripada produk yang
pertama.
4. Quantitative-PCR; digunakan untuk pengukuran berulang dari hasil produk
PCR. Metode ini secara tidak langsung digunakan untuk mengukur
kuantitas, dimulai dari jumlah DNA, cDNA, atau RNA. Hasil dari metode
ini juga menampilkan copy dari sampel
5. Reverse Transcriptase (RT-PCR); metode ini digunakan untuk amplifikasi,
isolasi atau identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA. Metode ini
dibantu oleh reverse transcriptase (mengubah RNA menjadi cDNA),
20
mencakup pemetaan, menggambarkan kapan dan dimana gen
 diekspresikan.

6. Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) bertujuan untuk mendeteksi

polimorfisme pada tingkat DNA. Metode ini dikembangkan oleh Welsh and
Mc Clelland (1990) dengan cara mengkombinasikan teknik PCR
menggunakan primer – primer dengan sequens acak untuk keperluan
amplifikasi lokus acak dari genom.

21
 BAB III
PENUTUP

Kesimpulan

Teknologi PCR akan terus mengalami inovasi seiring dengan

perkembangan ilmu pengetahuan hayati yang dewasa ini begitu dinamis dan
kompleks. Inovasi teknologi PCR mencakup tiga komponen utama yaitu
‘software”, “hardware” dan “technique”. Penemuan-penemuan baru pada
ketiga komponen tersebut telah memperkuat PCR sebagai salah satu tools
bioteknologi yang mumpuni dalam menjawab tantangan penelitian maupun
diagnostik kedepan.

PCR adalah teknologi canggih yang dapat mendeteksi DNA dengan cara
amplifikasi DNA. Hasil pemeriksaan PCR dapat membantu untuk menegakkan
diagnosa sepanjang pemeriksaan tersebut dikerjakan dengan cara yang benar dan
sesuai dengan standar internasional. Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini
didasarkan atas spesifitas, efisiensi dan keakuratannya. Masalah yang berkenaan
dengan PCR yaitu biaya PCR yang masih tergolong tinggi.

22
 Daftar Pustaka

Bartlett, John MS, and David Stirling. "A short history of the polymerase chain
reaction." PCR protocols. Humana Press, 2003. 3-6.

Gibbs, Richard A. "DNA amplification by the polymerase chain reaction."

Analytical Chemistry 62.13(1990): 1202-1214.

Ladisch, Michael R., and Karen L. Kohlmann. "Recombinant human insulin."

Biotechnology progress 8.6 (1992): 469-478.

Robson, Martin C., Thomas A. Mustoe, and Thomas K. Hunt. "The future of
recombinant growth factors in wound healing." The American journal of
surgery 176.2 (1998): 80S-82S.
Campbell, N.A., B.R. Jane, G.M. Lawrence, 2000, Biologi Jilid 1 Edisi
Kelima,

Penerbit Erlangga, Jakarta

Habibah N, 2009. Beberapa tipe teknik PCR. http://google.co.id diakses 28
Oktober 2009

Mahardika, I.G. Ngurah K. 2005. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner

Vol.4 No. 1. Bali.

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha

Muda. Bogor.

Mordechai, E., 1999. Application of PCR The methodologies in Molecular

Diagnostic. Burlington Country, USA.

23
Yuwono dan Tribowo, 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction,
Panduan Eksperimen PCR untuk Memecahkan Masalah Biologi Terkini,
Penerbit Andi, Yogyakarta.

24
25
26