Cover

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

“TEKNIK AMPLIFIKASI ASAM NUKLEAT”

DOSEN PENGAMPU :
Elfa Oprasmani, S.Pd., M.Pd

DISUSUN OLEH :
KELOMPOK 3

Cilsa Nabila Hilal Mandaliko : 190384205058

Idya Regina : 190384205016
Rismayuni : 160384205044
Santi Deswanti : 160384205001
Zakaria : 190384205057

UNIVERSITAS MARITIM RAJA ALI HAJI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

PENDIDIKAN BIOLOGI

TANJUNG PINANG

2022

1
Cover

KATA PENGANTAR
Segala puji bagi tuhan yang telah memberikan kami kemudahan sehingga
dapat menyelesaikan makalah ini. Tanpa pertolongan-Nya mungkin kami tidak
akan sanggup menyelesaikannya dengan baik. Makalah ini di susun oleh kami
dengan berbagai rintangan. Baik itu yangdatang dari diri penyusun maupun yang
datang dari luar. Namun dengan penuh kesabaran dan terutama pertolongan dari
tuhan akhirnya makalah ini dapat terselesaikan.

Semoga makalah ini dapat memberikan pengetahuan yang lebih luas

kepada pembaca. Walaupun makalah ini memiliki kelebihan dan kekurangan.
Kami membutuhkan kritik dan saran dari pembaca yang
membangun.Terimakasih.

Tanjungpinang, 31 Mei 2022

Penyusun

2
Cover

Daftar isi

KATA PENGANTAR......................................................................................................2
Daftar isi...........................................................................................................................3
BAB I.................................................................................................................................3
PENDAHULUAN.............................................................................................................3
1.1 Latar Belakang.................................................................................................3
1.2 Tujuan Penelitian.............................................................................................4
BAB II...............................................................................................................................4
PEMBAHASAN...............................................................................................................4
2.1 Konsep Polymerase Chain Reaction (PCR)....................................................4
2.2 Pengembangan Teknik PCR............................................................................6
2.3 Prosedur dan Aplikasi PCR dalam Diagnostik..............................................9
2.4 Variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR)................................................12
BAB III...........................................................................................................................14
SIMPULAN....................................................................................................................14
Simpulan.....................................................................................................................14
Saran...........................................................................................................................15
DAFTAR PUSTAKA.....................................................................................................15

3
Cover

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

PCR merupakan teknologi yan mampu melipat gandakan secuplik fragmen

DNA yang terdapat dalam komplek makromulekul genom dari berbagai sumber
(hewan, tumbuhan, bakteri, dan virus) menjadi 2 kali lpatnya secara enzimatis.
Teknolog ini juga dikenal dengan tingkat sensitifitas yang cukup tinggi karena
hanya membutuhkan secuplik sampel DNA saja untuk mendapatkan jutaan kopi
DNA baru. Sejak pertama kali ditemukan oleh Kary Banks Mullis 32 tahun silam,
teknologi PCR telah merevolusi semua aspek biologi molekular diseluruh dunia.
Bioteknologi modern dan capaiannya dalam tiga dekade ini tidak lepas dari peran
vital teknologi PCR. Penemuan protein-protein baru yang penting melalui
teknologi DNA rekombinan seperti insulin, hormon faktor perumbuhan dan
antibodi adalah contoh nyata bagaimana teknologi ini sangat signifikan perannya
dalam proses pencapaian luar biasa umat manusia.

Berkat teknologi PCR pula pengurutan basa-basa DNA manusia berhasil

dituntaskan dalam kurun waktu yang relatif signgkat yang membawa dampak
besar bagi dunia kedokteran yang membawa arah pengobatan berfokus pada
individu pasien atau yang disebut dengana personal medicine. Disisi lain, bidang
pertanian terutama kaitannya dengan kebutuhan pokok manusi seperti pangan,
teknologi ini pun telah mampu berkontribusi nyata. Perbaikan varietas-paadi
melalui teknologi rekayasa genetika telah mampu menciptakan padi dengan
kualitas unngul baik dari sisi nutrisi yang dikandungnya maupun daya adaptasi
yang lebi mumpuni dibandingkan padi sejenis hasil perkawinan alami.

4
Cover

1.2 Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian makalah ini adalah untuk mengetahui elemen-

elemen dalam sel yang termasuk dalam elemen ekstrakromosomal.

BAB II

PEMBAHASAN
2.1 Konsep Polymerase Chain Reaction (PCR)

Selama beberapa dekade terakhir, teknologi Polymerase Chain Reaction

(PCR) yang dikembangkan oleh Kary Mullis pada tahun 1985 telah memegang
peran yang sangat penting dalam menunjang kegiatan penelitian di bidang biologi
molekuler (Mullis 1986). Teknik ini memanfaatkan kehadiran enzim Polymerase
yang bersifat termostabil untuk mengamplifikasi molekul DNA secara in vitro.
Teknik ini mampu memperbanyak segmen DNA tertentu yang telah ditandai oleh
primer, dalam jumlah ribuan hingga jutaan copy dalam waktu beberapa jam saja
(Handoyo dan Rudiretna 2000). Kehadiran teknologi PCR telah memberikan
sumbangan besar bagi ilmu pengetahuan di berbagai bidang. Reaksi Polimerase
Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan
suatu proses sintesis enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida
tertentu secara in vitro. Metode ini dikembangkan pertama kali oleh Kary B.
Mulis pada tahun 1985. Metode ini sekarang telah banyak digunakan untuk
berbagai macam manipulasi dan analisis genetic.Pada awal perkembanganya
metode ini hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, tetapi
kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula untuk
melipatgandakan dan melakukan kuantitas molekul mRNA.Dengan menggunakan
metode PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali
dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang
diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada setiapsiklus PCR akan
diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama pengembangan PCR
adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target

5
Cover

dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target. Metode PCR dapat dilakukan

dengan menggunakan komponen dalam jumlah yang sangat sedikit, misalnya
DNA cetakan yang diperlukan hanya sekitar 5µg, oligonukliotida yang digunakan
hanya sekitar 1 mM dan reaksi ini biasa dilakukan dalam volume 50-100 µl. DNA
cetakan yang digunakan juga tidak perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga
metode PCR dapat digunakan untuk melipat gandakan suatu sekuens DNA dalam
genom bakteri.PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang
melibatkan enzim polimerase yang dilakukan secara berulang-ulang. Yang
diulang-ulang adalah proses pemisahan untai ganda DNA menjadi untai tunggal,
hibridisasi primer untuk mengawali replikasi DNA dilanjutkan dengan proses
penambahan basa pada cetakan DNA oleh enzim polimerase, untuk melakukan
kegiatan ini dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif dengan perubahan
suhu dan mesin thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikkan dan
menurunkan suhu dengan cepat, dan bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR.
PCR merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara
enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat
dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga
memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis
oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun
1994 berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang
biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan
jumlah sampel yang kecil. PCR (Polimerase Chain Reaction) atau reaksi berantai
polimerase adalah suatu metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis
sekuens tertentu DNA dengan menggunakan dua primer oligonukleotida yang
menghibridisasi pita yang berlawanan dan mengapit dua target DNA.
Kesederhanaan dan tingginya tingkat kesuksesan amplifikasi sekuens DNA yang
diperoleh menyebabkan teknik ini semakin luas penggunaannya. Konsep asli
teknologi PCR mensyaratkan bahwa bagian tertentu sekuen DNA yang akan
dilipatgandakan harus diketahui terlebih dahulu sebelum proses pelipatgandaan
tersebut dapat dilakukan. Sekuen yang diketahui tersebut penting untuk

6
Cover

menyediakan primer, yaitu suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi

mengawali sintesis rantai DNA dalam reaksi berantai polimerasi.

2.2 Pengembangan Teknik PCR

Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA templat,
penempelan (annealing) primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA.
Denaturasi merupakan proses pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas
tunggal DNA yang menjadi cetakan (templat) sebagai tempat penempelan primer
dan tempat kerja DNA polimerase, dengan pemanasan singkat pada suhu 90-95°C
selama beberapa menit. Penjelasan ringkas tentang setiap siklus reaksi PCR
adalah sebagai berikut:

 Denaturasi. 
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai
tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan
putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang komplemen. Pada tahap ini,
seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang
sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90 C – 95̊ C.
 Penempelan Primer.
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang
spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan
hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan komplemen pada templat.
Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50oC – 60oC. Selanjutnya, DNA
polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat
kuat dan tidak akan putus kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi
selanjutnya, misalnya pada 72oC. 
 Reaksi Polimerisasi (extension).
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu
72oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi
3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan templat oleh DNA
polimerase. 

7
Cover

Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua
primer akan di amplifikasi secara eksponensial (disebut amplikon yang berupa
untai ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan
(2n)x. Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA.
Jadi, seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus,
akan menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan
menjadi 8 kopi dan seterusnya. Sehingga perubahan ini akan berlangsung secara
eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir
dari setiap siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3’
dari potongan DNA yang dihasilkan. Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di
kloning dengan menggunakan vektor yang ditambahkan nukleotida T pada ujung-
ujung 5’-nya. Proses PCR dilakukan menggunakan suatu alat yang disebut
thermocycler.

Gambar 01. Proses Amplikasi Secara Eksponensial.

Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR didahului dan diakhiri oleh
tahapan berikut:
 Pra-Denaturasi
Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan
denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif
kalau dipanaskan terlebih dahulu).
 Final Elongasi

8
Cover

Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit
untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang
secara sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir.

  Gambar 02. Siklus Polymerase Chain Reactions (PCR)

2.3 Prosedur dan Aplikasi PCR dalam Diagnostik

Diagnostik klasik, sebelum PCR dipopulerkan sebagai metode deteksi

dalam kliniks, menggunakan metode analisa protein sebagai sarana dalam
melakukan deteksi suatu penyakit. Tidak mengejutkan bahwa sistem deteksi yang
banyak dipakai atau ditawarkan pada suatu instusi kesehatan seperti rumah sakit
pada umunya menggunakan metode yang mengacu pada prinsip-prinsip
munokimia, sebagai contoh yang terkenal yaitu deteksi human papiloma virus
menggunakan tes pap smear atau deteksi kelainan sel menggunakan metode
imunohistokimia. Namun terkadang, deteksi semacam itu riskan akan terjadinya
kesalahan dalam penafsiran hasil dikarenakan rendahnya senditifitas metode yang
mungkin terjadi karena rusaknya antibodi yang digunakan 9misalkan salah proses

9
 Cover

penyimpanan atau kadaluwarsa) atau rendahnya kualitas sampel jaringan akibat

proses penyimpanan yang terlalu lama.

Untuk mengkonfirmasi salah penafsiran data maka diperlukan suatu

metode mumpuni baik sifatnya sebagai metode tunggal deteksi atau komplemen
untuk mengatasi batasan tadi. Aplikasi PCR dalam diagnostik kesehatan telah
banyak dilakukan dewasa ini dengan tingkat sensitifitas dan spesifitas yang cukup
tinggi. Oleh sebab itu wajar jika teknologi ini cukup mumpuni dalam mendeteksi
mikroorganisme berbahaya yang titernya cukup kecil sekalipun dalam beragam
sampel, mendeteksi suatu mutasu gen tertentu pada pasien penderita kanker.

Secara teknis, metode PCR dapat dipakai sebagai metode komplemen

terhadap metode baku yang sudah diakui sebagai gold standart dalam diagnostik
klinis seperti FISH (Flouresence In Situ Hybdridization) yang menggunakan
prinsip kerja yaitu pelabelan DNA target pada jaringan secara in situ
menggunakan probe berflourensensi yang menggunakan antibodi spesifik yang
sudah ditempelkan probe khusus maupun sanger sequensing yang menggunakan
prinsip kerja yaitu pengurutan basa-basa DNA oleh DNA polymerase dengan
memasangkan basa-basa DNA yang sudah dimodifikasi secara kimia hanya
dengan melibatkan penggunaan satu primer.

Dibawah ini adalah tabel kompilasi dari beberapa hasil penelitian beserta
aplikasi klinik PCR dalam diagnostik kesehatan terkait deteksi turunan dan
penyakit kanker.

Tabel 1. Aplikasi metode PCR dalam deteksi berbagai macam penyakit

Aplikasi Deteksi Gen/ Metode Metode Keampuha Refe

PCR kromoso pembanding n metode rens
m PCR i

Sens spesi
itifit fisit
as as

10
 Cover

Diagnostik Salmonella sp. Lokus Real-Time Metode *** *** [49]

penyebab Pada pangan ttrRSBCA PCR kultur bakter
penyakit
berbahaya Mycobacterium IS6110 Nested- - *** *** [50]
tuberculosis pada PCR
darah dan urin

Plasmodium sp. 18s RNA Multiplex Blood Smear *** *** [51]
Pada darah Real-Time menggunaka
PCR n Microskopi

Diagnostik Down’s syndrome Dyplikasi Quanitaive Analisa *** *** [52]

penyakit gen TTC3 real-time karyoyipe
turunan pada PCR kromosom
kromosom
21 dan
KDM2A
pada
kromosom
11

48,XXYY Kromoso Quantitati Analisa *** *** [53]

syndrome m sex ve karyotipe
flourescen kromosom
ce PCR

Ret syndrome MEPC2 Quantitati DPLC,DGGE *** *** [54]

ve real , dan SSCP
time PCR

Diagnostik Otak EGFR,TP Droplet Sequencing *** *** [55]

kanker 53,KRAS digital
dan PCR
Neurofibr
omin 2
dan NF2p.
R57

Hati P16 Metilasi- Deteksi *** *** [56]

PCR stabilitas
mikrosatelite
DNA atau
deteksi
mutasi P53

payudara Her-2 Real-time IHC *** *** [57]

11
Cover

PCR (Immunohys
to Chemistry)

Kebutuhan diagnostik kesehatan ini kaitannya dengan metode molekular yaitu

tersediannya metode molekular yang memenuhi kriteria (1) akurat, (2) cepat, (3)
murah. Kakurasi metode PCR sangat ditentukan oleh kemampuan kita dalam hal
(1) merancang pasangan primer spesifik dari gen yang akan diperbanya, (2)
pemilihan gennya, (3) beserta pemilihan metode PCR yang akan dipakai.
Pemilihan gen untuk diagnostik menggunakan PCR akan ditentukan oleh
kebutuhan dari jenis deteksi. Untuk deteksi bakteri biasanya menggunakan
16Srna, deteksi jamur menggunakan 18Srna atau ITS, deteksi kanker
menggunakan onkogen spesifik kanker. Pemilihan metode PCR mana yang
dipakai tergantung seberapa besar tingkat deteksi yang diingikan. Deteksi jenis
mikroa pada suatu jaringan misalkan, cukup digunakan metode PCR biasa yang
digabungkan analisa post-PCR dengan sanger seqeuncing.
Deteksi mutasi gen pada jaringan kanker yang memerlukan tingkat akurasi
tinggi maka biasanya digunakan metode PCR yang telah dimodifikasi seperti telah
dipaparkan sebelumnya pada tabel 1. Beberapa hasil penelitian membuktikan
metode-metode tersebut memiliki akurasi bervariasi namun secara umum tingkat
deteksi mutasi meningkat sebesar 10-100 kalinya jika dibandingkan dengan detksi
mutasi dengan metode sanger sequensing dimnana produk PCRnya hasil dari
perbanyak metode konvensional PCR.

2.4 Variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR)

Ada banyak variasi dari PCR yang umum di kenal, akan tetapi yang kami
paparkan hanya sebagaian kecil seperti berikut:
 Alel-spesifik PCR : atau kloning teknik diagnostik yang didasarkan pada -
nukleotida polimorfisme tunggal (SNP) Hal ini membutuhkan pengetahuan
sebelumnya dari urutan DNA, termasuk perbedaan antara alel , dan
menggunakan primer yang 3 'berakhir meliputi SNP. amplifikasi PCR dalam

12
Cover

kondisi ketat jauh kurang efisien dalam adanya ketidaksesuaian antara

template dan primer, amplifikasi sukses jadi dengan kehadiran sinyal primer
spesifik-SNP dari SNP spesifik secara berurutan.
 Polymerase Cycling Assembly (PCA): sintesis buatan urutan DNA yang
panjang dengan melakukan PCR di kolam oligonukleotida panjang dengan
segmen tumpang tindih pendek. The oligonukleotida bergantian antara rasa
dan arah antisense, dan segmen tumpang tindih menentukan urutan fragmen
PCR, sehingga selektif menghasilkan produk DNA panjang akhir.
 Asymmetric PCR : Menguatkan satu untai DNA dalam template DNA
beruntai ganda. Hal ini digunakan dalam sequencing dan hibridisasi probing
amplifikasi hanya satu dari dua untai komplementer diperlukan. PCR
dilakukan seperti biasa, tetapi dengan kelebihan besar primer untuk untai yang
ditargetkan untuk amplifikasi. Karena (lambat aritmatika amplifikasi)
kemudian dalam reaksi setelah membatasi primer telah digunakan Facebook,
siklus PCR tambahan yang diperlukan.
 Amplifikasi tergantung helikase : mirip dengan PCR tradisional, tetapi
menggunakan suhu konstan daripada bersepeda melalui denaturasi dan
annealing / siklus ekstensi. DNA helikase , sebuah enzim yang unwinds DNA,
digunakan di tempat denaturasi termal.
 Hot Start PCR : teknik yang mengurangi amplifikasi non-spesifik selama
proses set up awal tahapan PCR. Ini dapat dilakukan secara manual dengan
memanaskan komponen reaksi terhadap temperatur leleh (misalnya, 95°C)
sebelum menambahkan polimerase. Khusus sistem enzim telah dikembangkan
yang menghambat polimerase, aktivitas pada suhu sekitar, baik oleh mengikat
dari antibodi atau oleh kehadiran inhibitor yang terikat kovalen yang
terdisosiasi hanya setelah suhu aktivasi langkah-tinggi. Hot-start/cold-finish
PCR dicapai dengan polimerase hibrida baru yang tidak aktif pada suhu kamar
dan akan segera diaktifkan pada suhu perpanjangan.
 PCR spesifik Intersequence (ISSR): metode PCR untuk sidik jari DNA yang
memperkuat daerah antara mengulangi urutan sederhana untuk menghasilkan
sidik jari yang unik dengan panjang fragmen diperkuat.

13
Cover

 Inverse PCR : umumnya digunakan untuk mengidentifikasi urutan mengapit

sekitar genom sisipan. Ini melibatkan serangkaian digestions DNA dan ligasi
diri, sehingga diketahui pada urutan kedua ujung urutan tidak diketahui.
 Mediated PCR Ligasi : menggunakan linker DNA kecil diligasikan dengan
DNA kepentingan dan beberapa primer anil ke linker DNA, tetapi telah
digunakan untuk sekuensing DNA , berjalan genom , dan DNA footprinting.

14
Cover

BAB III

SIMPULAN

Simpulan
Teknologi PCR akan terus mengalami inovasi seiring dengan
perkembangan ilmu pengetahuan hayati yang dewasa ini begitu dinamis dan
kompleks. Inovasi teknologi PCR mencakup tiga komponen utama yaitu
‘software”, “hardware” dan “technique”. Penemuan-penemuan baru pada ketiga
komponen tersebut telah memperkuat PCR sebagai salah satu tools bioteknologi
yang mumpuni dalam menjawab tantangan penelitian maupun diagnostik
kedepan.

Saran
Penulis berharap pembaca dapat memahami materi tentang Teknik Amplifikasi
Asam Nukleat untuk menambah wawasan pembaca kami saran kan agar pembaca
dapat referansi lain supaya dapat melengkapi pengetahuan pembaca.

15
Cover

DAFTAR PUSTAKA

Bartlett, Jhon MS, and David Stirlng. “A short history of the polymerase chain
reaction”. PCR protocols. Humana Press, 2003. 3-6.

Wilson, Brenda J., and Stuart G. Nicholls. “The Human Genome Project, and
recent advances in personalized genomics. “Risk managemen and
healthcare policy 8 (2015):9.

Garibyan, Lilit, and Nidhi Avashia. Research Techniques Made Simple:

Polymerasw Cahin Reaction (PCR). “The Juornal Of Inestigative
dermatology 133,3, (2013):e6.

Anonim, 2011. PCR (Polimerase Chain Reaction). Diperoleh dari:

www.http://www.medicinenet.com. Diakses pada 5 April 2011.

Campbell dan Farrell. 2008. Biochemistry Sixt Edition. Brooks/cole. Kanada.

Elrod,S., dan William S. 2011. Genetika edisi 4. Penerbit Erlangga. Jakarta.

16