MAKALAH

JENIS-JENIS PRIMER PCR

Disusun guna memenuhi tugas mata kuliah

Biologi Molukuler II

Dosen Pengampu:
A A Ayu Eka Cahyani, S.Si.,M.Kes

Oleh :

Nama : Ni Wayan Kenik Lala

NIM : 223510001

Kelas : C

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

PROGRAM SARJANA TERAPAN
SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN WIRA MEDIKA BALI
TAHUN AKADEMIK
2022/2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, karena atas limpahan
rahmatnya penyusun dapat menyelesaikan makalah ini yang berjudul Jenis-Jenis Primer PCR
tepat waktu tanpa ada halangan yang berarti dan sesuai dengan harapan.
Ucapan terima kasih saya sampaikan kepada Ibu A A Ayu Eka Cahyani, S.Si.,M.Kes
sebagai dosen pengampu mata kuliah Biologi Molukuler II yang telah membantu memberikan
arahan dan pemahaman dalam penyusunan makalah ini.
Saya menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini masih banyak kekurangan
karena keterbatasan saya. Maka dari itu penyusun sangat mengharapkan kritik dan saran
untuk menyempurnakan makalah ini. Semoga apa yang ditulis dapat bermanfaat bagi semua
pihak yang membutuhkan.

Denpasar, 08 Oktober 2022

Penyusun

i
 DAFTAR ISI

Halaman
COVER .........................................................................................................................................
KATA PENGANTAR ................................................................................................................. i
DAFTAR ISI .............................................................................................................................. ii
BAB I ......................................................................................................................................... 1
PENDAHULUAN ..................................................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ............................................................................................................. 1
1.2 Rumusan Masalah ........................................................................................................ 2
1.3 Tujuan .......................................................................................................................... 2
BAB II ........................................................................................................................................ 3
PEMBAHASAN ........................................................................................................................ 3
2.1 Primer Random (Hexamer) .......................................................................................... 3
2.2 Oligo (dT) .................................................................................................................... 4
2.3 Primer Universal .......................................................................................................... 4
2.4 Primer Spesifik Gen (Gene-Specific Primers) ............................................................. 4
2.5 Primer Degenerate ....................................................................................................... 5
BAB III ...................................................................................................................................... 6
PENUTUP ................................................................................................................................. 6
3.1 Kesimpulan .................................................................................................................. 6
3.2 Saran ............................................................................................................................ 6
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................................. 7

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioinformatika adalah disiplin ilmu baru yang menggabungkan ilmu komputer, kimia
dan statistika untuk mengatur, menganalisis, dan mendistribusikan informasi biologis untuk
menjawab pertanyaan-pertanyaan kompleks di bidang biologi. Saat ini, banyak teknik analisis
molekuler yang digunakan di seluruh dunia diantaranya: PCR, flow cytometry, tissue
microarray, different blots, diagnosis genetic, dll. Dari beberapa teknik tersebut, PCR adalah
teknik yang paling diterima secara luas, umumnya digunakan untuk melakukan diagnosis
yang membutuhkan spesifisitas dan sensitivitas yang sangat tinggi. PCR umumnya digunakan
untuk berbagai tugas, seperti deteksi penyakit keturunan, identifikasi sidik jari genetik,
diagnosis penyakit menular, kloning gen, pengujian paternitas, dan komputasi DNA. Untuk
membuat sebuah alat PCR yang spesifik, efektif dan efisien bagi peneliti maupun klinisi,
aspek yang paling penting adalah melakukan desain pada primer (desain primer). Primer
adalah molekul oligonukleotida untai tunggal yang terdiri atas sekitar 30 basa. Desain primer
yang tepat adalah salah satu faktor yang paling penting dalam keberhasilan sekuensing DNA.
Penemuan awal dari teknik PCR didasarkan pada tiga waterbaths yang mempunyai
temperatur yang berbeda. Thermal-cycler pertama kali dipublikasikan pada tahun 1986, akan
tetapi DNA polymerase awal yang digunakan masih belum thermostable, dan harus
ditambahkan disetiap siklusnya. Kelemahan lain temperature 37°C yang digunakan bias dan
menyebabkan non-specific priming, sehingga menghasilkan produk yang tidak dikehendaki.
Taq DNA polymerase yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus (Taq) dikembangkan
pada tahun 1988. Ensim ini tahan sampai temperature mendidih 100°C, dan aktifitas
maksimal pada temperatur 92-95°C.
PCR telah berkembang secara cepat seirama dengan perkembangan biologi molekuler.
PCR digunakan untuk identifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit
seperti AIDS, Genetic profiling in forensic, legal and bio-diversity applications, biologi
evolusi, Site-directed mutagenesis of genes dan mRNA Quantitation di sel ataupun jaringan.
Seleksi primer dilakukan untuk mencari primer acak yang menghasilkan penanda pita,
baik dari jelasnya pita yang dihasilkan maupun jumlah lokus yang diperoleh. Seleksi primer
dengan cara membuat beberapa reaksi PCR terhadap beberapa primer yang berbeda pada

1
kondisi yang sama dan menggunakan sampel DNA yang sama, sehingga dapat diketahui
kondisi optimum serta tingkat variasi pita yang dihasilkan setiap primer.
Kesuksesan dalam melakukan desain primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR)
sangat dipengaruhi oleh karakteristik primer yang digunakan. Beberapa penelitian mengenai
desain primer telah dilakukan menggunakan berbagai macam algoritma dan karakter primer
yang berbeda-beda. Dengan mengetahui karakteristik primer yang digunakan pada penelitian-
penelitian sebelumnya, diharapkan penelitian selanjutnya dapat lebih memberikan hasil yang
lebih signifikan, khususnya dalam bidang sekuensing DNA.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas maka rumusan masalah dalam penyusunan makalah
ini adalah apa saja jenis-jenis primer PCR?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari penyusunan makalah ini adalah untuk mengetahui dan memahami
apa saja jenis-jenis dari primer dari PCR.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR),
merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro.
Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah
semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi
dua kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target.
Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada
urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target.
Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang meliputi denaturasi, annealing dan
ekstensi oleh enzim DNA polimerase. Sepasang primer oligonukleotida yang spesifik
digunakan untuk membuat hibrid dengan ujung-5’ menuju ujung-3’ untai DNA target dan
mengamplifikasi untuk urutan yang diinginkan. Dasar siklus PCR ada 30-35 siklus meliputi:
– denaturation (95°C), 30 detik
– annealing (55–60°C), 30 detik
– extension (72°C), waktu tergantung panjang pendeknya ukuran DNA yang
diinginkan sebagai produk amplifikasi.
Primer adalah Oligonukleotida sintetik pendek yang digunakan dalam berbagai teknik
molekuler yang dirancang memiliki urutan yang komplemen dengan area penempelan
(annealing) pada DNA templat atau DNA target. Molekul primer dapat berupa molekul
DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. Pada proses replikasi DNA, primer umumnya
berupa protein (enzim), sedangkan primer yang digunakan pada reaksi PCR umumnya
molekul DNA. Primer berfungsi untuk mengawali proses replikasi DNA atau sintesis DNA
dalam reaksi PCR, dan berperan sebagai pembatas area yang diamplifikasi.
Adapun jenis-jenis Primer pada PCR adalah sebagai berikut:

2.1 Primer Random (Hexamer)

Primer acak adalah campuran oligonukleotida yang mewakili semua kemungkinan
urutan heksamer. Urutan primer primer acak adalah 5´ - d (NNNNNN) –3´ N = G, A, T atau
C. Oleh karena itu, primer acak dapat digunakan untuk amplifikasi DNA atau RNA untai
tunggal oleh DNA polimerase atau reverse transcriptase, masing-masing. Selain itu, campuran

3
primer acak mampu memperkuat seluruh wilayah RNA untuk menghasilkan cDNA. Jadi, ia
menghasilkan berbagai panjang cDNA.
Yang terpenting, campuran primer acak tidak menunjukkan spesifisitas template. Itu
tidak mampu membedakan mRNA dan spesies RNA lainnya. Dan, itu anil dengan spesies
RNA apa pun dalam sampel. Namun, campuran primer acak cocok untuk transkripsi balik
RNA tanpa ekor poli (A), seperti rRNA, tRNA, RNA non-coding, RNA kecil, mRNA
prokariotik dll., RNA terdegradasi, dan RNA dengan struktur sekunder yang diketahui.’

2.2 Oligo (dT)

Primer Oligo dT adalah bentangan 12 - 18 deoxythymine (dT). Urutan primer dapat
direpresentasikan sebagai 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Ini digunakan untuk
produksi cDNA dari mRNA yang mengandung poli (A) ekor. Pada dasarnya, ia bertindak
sebagai primer untuk reaksi yang dikatalisis oleh transcriptase terbalik. Selama transkripsi
balik, primer oligo dT anil dengan ekor poli-adenilasi ditemukan pada ujung 3 dari
kebanyakan mRNA eukariotik dan memulai prosesnya.
Tidak seperti primer acak, primer oligo dT tidak cocok untuk RNA terdegradasi atau
RNA yang tidak memiliki ekor poli (A), termasuk RNA prokariotik dan microRNA.

2.3 Primer Universal

Primer Universal adalah primer dari spesies yang sama, manfaat dari primer ini adalah
dapat mencari primer yang sama diantara spesies yang sama dari berbagai jenis spesies.
Analisis urutan asam nukleat adalah metode yang diterapkan secara luas dalam studi
Genomics. Primer universal melengkapi urutan nukleotida yang sangat umum dalam satu set
molekul DNA dan vektor kloning tertentu. Dengan demikian, mereka mampu mengikat
berbagai macam templat DNA. Selama sekuensing, primer menempel pada cetakan DNA
yang terdenaturasi untuk menyediakan tempat inisiasi untuk pemanjangan molekul DNA
baru. Primer bisa spesifik untuk urutan nukleotida DNA tertentu atau bisa "Universal."

2.4 Primer Spesifik Gen (Gene-Specific Primers)

Primer adalah oligonukleotida yang signifikan dalam proses replikasi DNA. Replikasi
in-vitro menggunakan PCR membutuhkan primer yang dapat menghasilkan amplifikasi
spesifik dari target yang dituju. Proses perancangan primer spesifik target melibatkan banyak
faktor seperti spesifisitas antara primer dan target, kandungan G-C optimal pada primer,
panjang primer, dan orientasi primer.
4
 Penentuan urutan (sekuensing) basa Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) merupakan
informasi paling mendasar suatu gen, menggunakan metode PCR (Polymerase Chain
Reaction) sebagai tahapannya. Salah satu kunci keberhasilan PCR adalah pemilihan
rancangan primer PCR yang spesifik. Keberhasilan sekuensing DNA sangat bergantung dari
keberhasilan proses PCR. Asas PCR adalah melipatgandakan secara eksponensial sekuen
nukleotida tertentu secara in vitro. Agar dapat mengenali sekuen yang akan dilipatgandakan
diperlukan primer tertentu yang spesifik. Daerah yang dikenal primer inilah yang nanti akan
dilipatgandakan hingga ribuan bahkan jutaan kopi, sehingga setelah dielektroforesis akan
terlihat pita dari DNA yang diamplifikasi tersebut

2.5 Primer Degenerate

Primer yang mengalami degenerasi didefinisikan sebagai: “Campuran urutan
oligonukleotida, di mana beberapa posisi mengandung sejumlah kemungkinan basa,
memberikan populasi primer dengan urutan serupa yang mencakup semua kemungkinan
kombinasi nukleotida untuk urutan protein tertentu. Urutan primer PCR disebut degenerate
jika beberapa posisinya memiliki beberapa kemungkinan basa. Degenerasi primer adalah
jumlah kombinasi urutan unik yang dikandungnya.
Sebagai contoh: (ATCGTT[GC]AAGT[AGC]ATC, urutan yang diberikan mengacu
pada serangkaian primer di mana set nukleotida ketujuh dan kedua belas mengalami
degenerasi. Sekarang ada sesuatu yang sangat penting yang disebut degenerasi, Ini ditentukan
oleh jumlah kombinasi primer yang berbeda dalam campuran. Contoh yang digunakan
memiliki Contoh di atas memiliki nilai degenerasi enam.

5
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Dari pembahasan diatas maka dapat disimpulkan yaitu Reaksi Polimerase Berantai
atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis
enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Primer adalah Oligonukleotida
sintetik pendek yang digunakan dalam berbagai teknik molekuler yang dirancang memiliki
urutan yang komplemen dengan area penempelan (annealing) pada DNA templat atau DNA
target. Adapun jenis-jenis primer PCR adalah Primer Random (Hexamer), Oligo (dT), Primer
Universal, Primer Spesifik Gen (Gene-Specific Primers), Primer Degenerate.

3.2 Saran
Adapaun saran dari makalah ini adalah agar materi ini bisa dikembangluaskan lagi
sehingga mahasiswa lebih memahami apa saja jenis-jenis primer dalam PCR, lebih
memahami pengertiannya dan bisa menerapkan bagaimana cara mendesain primer dari PCR.

6
 DAFTAR PUSTAKA
Brown, C.2021. Perbedaan Antara Random Primer dan Oligo Dt. (Online). (Available from:
https://id.strephonsays.com/random-primers-and-oligo-dt-6930.,diakses 08 Oktober
2022, jam 13.50 WITA).

Fatchiyah.2005. Dasar Teknik Amplifikasi DNA dan Applikasinya. (Online). (Available from:
http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/teaching-responsibility/general/bbbb/.,diakses 08
Oktober 2022, jam 14.00 WITA).

Linhart, C. s. Ron. 2005. The Degenerate Primer Design Problem: Theory And Applications.
(Available from: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15882141/., diakses 08 Oktober
2022, jam 12.21 WITA).

Pertiwi, W.2021. Desain Primer Spesifik Untuk Identifikasi Ekson 5 Gen Penanda Kanker
Payudara (Palb2). (Online). (Available from:
https://ejournal.umbandung.ac.id/index.php/jste/article/view/8., diakses 08 Oktober
2022, jam 12.21 WITA).

Tamarin, R. H. 2002. Principles of Genetics. New York. Mc Graw Hill.

Triyani, Y.2018. Indonesian Journal Of Clinical Pathology And Medical Laboratory.

(Available from:
https://www.researchgate.net/publication/328280203_RANCANGAN_PRIMER_SP
ESIFIK_GEN_MACROPHAGE_MANNOSE_RECEPTOR_MMR_UNTUK_POLY
MERASE_CHAIN_REACTION_PCR_DAN_SEKUENSING_DEOXYRIBO_NUCLE
IC_ACID_DNA.,diakses 08 Oktober 2022, jam 12.02 WITA).