Makalah Biologi Molekuler

Perbedaan PCR Konvensional dan Real Time PCR (qPCR)

Oleh :
LUSI OKTAVIANA
223510045

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN
WIRA MEDIKA BALI
2023
 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur kami panjatkan kepada Allah SWT yang telah
melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya sehingga saya bisa menyelesaikan makalah
ini. Shalawat serta salam semoga terlimpah curahkan bagi nabi kita Muhammad
SAW, keluarga dan para pengikutnya yang setia hingga akhir zaman.

Adapun tujuan dari penulisan makalah ini adalah sebagai bahan laporan
harian bagi mahasiswa dalam kegiatan PKL dimana untuk menambah wawasan
pengetahuan tentang Perbedaan PCR Konvensional dengan Real-time PCR, dengan
makalah ini saya mengharapkan bisa memberikan manfaat kepada pembaca. Saya
menyaadari sepenuhnya pada makalah ini masih jauh dari kata sempurna, masih
banyak kekurangan dalam pembahasan materi dan teknis penulisan, maka besar
harapan saya akan saran dan masukan untuk perbaikan kedepannya.

Tidak lupa saya ucapkan banyak terimakasih kepada dosen pembimbing yang
telah memberikan arahan untuk membuat makalah ini dan tidak lupa untuk rekan-
rekan saya ucapkan terimakasih semoga bermanfaat.

Penulis

ii
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL
KATA PENGANTAR ......................................................................................... ii
DAFTAR ISI ........................................................................................................ iii
ABSTRAK ............................................................................................................ iv

BAB I PENDAHULUAN .................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang .................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah................................................................................ 2
1.3 Tujuan.................................................................................................. 2

BAB II PEMBAHASAN ..................................................................................... 3

2.1 Polymerase Chain Reaction (PCR) .................................................. 3
2.2 Polymerase Chain Reaction (PCR) Konvensional ……………… 3
2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) Real- Time (qPCR) ………… 5
2.4 Verifikasi PCR Konvensional dan Real Time-PCR…………….... 7
2.5 Validasi PCR Konventional dan Real Time-PCR………………... 9

BAB II PENUTUP ............................................................................................... 11

Kesimpulan ............................................................................................... 11
Saran ......................................................................................................... 12

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 13

iii
 ABSTRAK

Penemuan teknologi PCR dimana semakin pesat perkembangannya berbagai teknik

molekuler untuk mendukung berbagai studi khususnya di bidang biologi molekuler
maupun lainnya. Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai
polimerase adalah metode enzimatis untuk melipatgandakan (amplification) secara
eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Dengan metode ini
dapat diperoleh pelipatgandaan suatu skuen DNA dalam genom virus yang mana
hanya dengan mencampurkan kulturnya di dalam tabung Polymerase Chain Reaction
(PCR). Selain PCR secara konvensional pada masa kini sudah terdapat PCR modern
yang bernama Real Time-PCR. Real Time-PCR adalah teknik metode yang digunakan
untuk monitor progress reaksi PCR pada waktu yang sama. RT-PCR juga dikenal
sebagai quantitative PCR (qPCR). Jumlah relatif sedikit, dapat dihiting secara
kuantitatif. Analisis mengguanakan Real Time-PCR memiliki sensitivitas tinggi dan
lebih spesifik oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui perbedaan
antara metode PCR Konvensional dengan Real Time untuk produk PCR tertentu. Real
Time-PCR juga meliputi Real Time- RT PCR dimana PCR dilakukan secara Real
Time menggunakan eenzim Reverse Transcriptase secara langsung pada waktu yang
bersamaan. Real Time-RT PCR memiliki tambahan siklus Reverse Transcription
yang mengacu perubagan molekul DNA dari molekul RNA. Real Time-RT PCR
diperlukan karena RNA kurnag stbil dibandingkan dengan DNA.

iv
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Identifikasi virus dapat dilakukan dengan berbagai teknik pengujian, baik
secara konvensional maupun teknik molekuler. Penggunaan mikroskop elektron,
kultur jaringan, isolasi virus pada telur ayam bertunas specific pathogen free (SPF)
dan serologi sering dilakukan. Namun, metode tersebut mempunyai keterbatasan
seperti kurang sensitif, pertumbuhan organisme lambat, intepretasi hasil sangat
kompleks dan tingginya terjadi reaksi silang. Bahkan virus tidak dapat ditumbuhkan
di laboratorium, tetapi hanya dapat dikarakterisasi dengan metode molekuler. Saat ini,
teknik-teknik molekuler sering digunakan untuk penelitian penyakit berbahaya. Salah
satunya adalah pendekatan menggunakan informasi sekuen agen patogen yang
diketahui untuk mengidentifikasi kekerabatannya dan mempelajari epidemiologinya.
Kemajuan teknologi molekuler yang lain adalah amplifikasi genom dengan
Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional atau Real-time PCR.
Teknologi PCR selalu mengalami inovasi mengikuti dan menjawab
kebutuhan-kebutuhan di bidang riset maupun diagnostik dan inovasi. Metodologi
PCR yang semula digunakan hanya untuk perbanyakaan DNA saja sekarang sudah
jauh mengalami perkembangan yang cukup memukau mengikuti kebutuhan akan
analisa berdasarkan kasus yang sedang terjadi. Setidaknya pada saat ini terdapat
empat jenis mesin PCR yang sudah dikembangkandan digunakan pada penelitian dan
diagnostik yaitu mesin PCR konvensional biasa, mesin PCR konvensional dengan
program gradient temperature, Real-Time PCR.

Tidak mengejutkan bahwa sistem deteksi yang banyak dipakai atau

ditawarkan pada suatu institusi kesehatan seperti rumah sakit pada umumnya
menggunakan metode yang mengacu pada prinsip-prinsip imunokimia, sebagai

1
contoh yang terkenal yaitu deteksi Human Papiloma Virus mengunakan tes Pap
Smear atau deteksi kelainan sel menggunakan metode imunohistokimia. Namun
terkadang, deteksi semacam itu rentan akan terjadinya kesalahan dalam penafsiran
hasil dikarenakan rendahnya sensitifitas metode yang mungkin terjadi karena
rusaknya antibodi yang digunakan (misalkan salah proses penyimpanan atau
kadaluarsa) atau rendahnya kualitas sampel jaringan akibat proses penyimpanan yang
terlalu lama.

Untuk mengkonfirmasi salah penafsiran data maka diperlukan suatu metode

mumpuni baik sifatnya sebagai metode tunggal deteksi atau komplemen untuk
mengatasi batasan tadi. Aplikasi PCR dalam diagnostik kesehatan telah banyak
dilakukan dengan tingkat sensitifitas dan spesifitas yang cukup tinggi, oleh sebab itu
teknologi ini cukup mumpuni dalam mendeteksi mikroorganisme berbahaya yang
titernya cukup kecil sekalipun dalam beragam sampel, mendeteksi suatu mutasi gen
tertentu pada pasien penderita kanker, dan mendeteksi kelainan gen-gen bawaan.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan uraian latar belakang di atas maka padat dirumuskan masalah
dalam naskah ini adalah perbedaan PCR konvensional dan Real-Time PCR?

1.3 Tujuan

Makalah ini bertujuan untuk memberikan informasi perbedaan antara PCR

konvensional dan Real-Time PCR.

2
 BAB II

Tinjauan Pustaka

2.1 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase Chain Reaction adalah teknik biologi molekuler untuk

mengamplifikasi sekuen DNA spesifik menjadi ribuan sampai jutaan kopi sekuen
DNA. Teknik ini menggunakan metode enzimatis yang diperantarai primer. Prinsip
dasar PCR adalah sekuen DNA spesifik diamplifikasi menjadi dua kopi selanjutnya
menjadi empat kopi dan seterusnya. Pelipat gandaan ini membutuhkan enzim spesifik
yang dikenal dengan polimerase. Polimerase adalah enzim yang mampu
menggabungkan DNA cetakan tunggal, membentuk untaian molekul DNA yang
panjang. Enzim ini membutuhkan primer serta DNA cetakan seperti nukleotida yang
terdiri dari empat basa yaitu Adenine (A), Thymine (T), Cytosine (C) dan Guanine
(G).

Reaksi amplifikasi ini dimulai dengan melakukan denaturasi DNA cetakan

yang berantai ganda menjadi rantai tunggal, kemudian suhu diturunkan sehingga
primer akan menempel (annealing) pada DNA cetakan yang berantai tunggal, setelah
proses annealing, suhu dinaikkan kembali sehingga enzim polimerase melakukan
proses polimerase rantai DNA yang baru. Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya
sebagai cetakan bagi reaksi polimerase berikutnya.

2.2 Polymerase Chain Reaction (PCR) Konvensional

Reaksi PCR konvensional biasanya menggunakan satu pasang primer

oligonukleotida untuk mengamplifikasi bagian tertentu dari genom agen infeksi serta
dilakukan pada suatu tabung. Primer PCR adalah oligodeoksiribonukleotida pendek,
atau oligomer yang dirancang untuk melengkapi urutan akhir sekuen dari amplikon

3
target PCR dan digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA. Panjang basa DNA
primer umumnya 15-25 nukleotida dan mempunyai 50-60% kandungan Guanine
ditambah Cytocine. Primer yang digunakan dalam PCR ada dua yaitu oligonukleotida
yang mempunyai sekuen yang identik dengan salah satu rantai DNA cetakan pada
ujung 5’-fosfat dan oligonukleotida yang kedua identik dengan sekuen pada ujung 3’-
OH rantai DNA cetakan yang lain. Masing-masing dari dua primer PCR melengkapi
untaian tunggal yang berbeda dari target untaian ganda. Untuk mendapatkan skrining
sekuen yang potensial dan homolog, rancangan primer ditetapkan dengan
menggunakan perangkat lunak seperti Oligo (National Biosciences, Plymouth, NC)
atau situs pencarian online seperti BLAST (NCBI, www.ncbi.nlm.nih.gov/BLA ST/).

Proses amplifikasi RNA didahului dengan siklus reverse transcriptase

(RT) yang berlangsung pada suhu 42-55oC. Proses PCR dibagi menjadi tiga tahap
yaitu:
1. Denaturasi
 Selama Proses Denaturasi cetakan DNA beruntai ganda akan
membuka menjadi DNA beruntai tunggal
 Suhu yang tinggi akan memutuskan ikatan hydrogen antara 2 basa
nitrogen yang komplemen.
 Tahap ini berlangsung 1-2 menit
 Denaturasi di lakukan pada suhu di atas 90oC - 98 oC
2. Penempelan (Annealing)

Primer oligonukleotida ke DNA cetakan beruntai tunggal biasanya pada suhu

50-60oC sehingga primer akan membentuk jembatan hidrogen dengan cetakan pada
daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen primer. Suhu dimana primer
annaeling biasanya diistilahkan dengan Tm.

3. Perpanjangan Fragmen (Elongation)

4
 Perpanjangan atau ekstensi fragmen DNA dengan enzim polimerase dan
primer untuk menghasilkan kopi DNA yang dapat berfungsi sebagai DNA cetakan
untuk siklus selanjutnya yang berlangsung pada suhu 70-78oC.

Kedua DNA cetakan asli dan target yang teramplifikasi selanjutnya berfungsi
sebagai substrat untuk proses denaturasi, penempelan primer dan perpanjangan
fragmen DNA. Berdasarkan teori, setiap siklus akan menggandakan jumlah kopi
target DNA sehingga terjadi amplifikasi geometri. Amplifikasi DNA target sebanyak
25 siklus akan menghasilkan 33 juta kopi. Setiap penambahan 10 siklus
menghasilkan 1024 lebih kopi. Rataan perubahan suhu atau tahapan lamanya inkubasi
di setiap suhu dan jumlah waktu setiap siklus yang diulang, dikontrol dengan suatu
program dari alat thermal cycler. Jumlah siklus amplifikasi PCR harus dioptimasi
tergantung pada konsentrasi awal DNA target. Minimal diperlukan 25 siklus untuk
dapat melipatgandakan satu kopi sekuenDNA target sehingga hasil PCR dapat dilihat
secara langsung dengan menggunakan agar elektroforesis.

Keberhasilan proses PCR ditentukan oleh jenis enzim DNA polimerase yang
digunakan. Enzim DNA polimerase yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi
sintesis rantai DNA. Enzim DNA polymerase idealnya harus tahan panas,
mempunyai laju polimerisasi dan prosesivitas yang tinggi. Prosesivitas adalah
kemampuan suatu enzim polimerase untuk menggabungkan nukleotida dengan suatu
primer secara terus menerus tanpa terdisosiasi dari kompleks primer- DNA cetakan.

2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) Real- Time (qPCR)

Selama beberapa tahun terakhir, pengujian PCR Real-Time yang berdasarkan

fluoresensi menjadi suatu metode pengujian yang sering digunakan untuk deteksi
RNA, DNA dan cDNA. Teknik ini sangat sensitif yang memungkinkan amplifikasi
terjadi secara bersama- sama serta kuantitas sekuens asam nukleat dapat diketahui.
Disamping memiliki sensitivitas lebih tinggi, kelebihan pengujian PCR real time jika
dibandingkan dengan PCR konvensional adalah lebih dinamis, risiko kontaminasi

5
silang lebih sedikit, kemampuan aplikasi penggunaannya untuk pengujian lebih
banyak. Polymerase Chain Reaction (PCR) real time tepat untuk berbagai aplikasi
seperti analisis ekspresi gen, penentuan jumlah virus, deteksi organisme yang
mengalami mutasi genetik, diskriminasi alel dan genotipe single nucleotide
polymorphisms (SNP).

Penggunaan probe yang spesifik membantu peningkatan spesifisitas pada

pengujian PCR real time jika dibandingkan dengan pengujian PCR konvensional.
Namun demikian, PCR real time juga mempunyai kelemahan yaitu memerlukan
peralatan dan reagen yang mahal serta pemahaman teknik yang benar untuk hasil
yang akurat. Prinsip kerja PCR real time adalah mendeteksi dan mengkuantifikasi
reporter fluoresen. Sinyal fluoresen akan meningkat seiring dengan bertambahnya
amplifikasi DNA PCR dalam reaksi. Reaksi selama fase eksponensial dapat dipantau
dengan mencatat jumlah emisi fluoresen pada setiap siklus. Peningkatan hasil
amplifikasi PCR pada fase eksponensial berhubungan dengan jumlah inisiasi target
gen. Makin tinggi tingkat ekspresi target gen maka deteksi emisi fluoresen makin
cepat terjadi.

Jumlah siklus yang diperlukan untuk mencapai ambang batas disebut Ct.
Siklus Ct adalah prinsip dasar dari PCR real time dan sebagai bagian yang sangat
penting untuk memperoleh data yang akurat. Nilai Ct PCR real time sangat
berkorelasi dengan kuantitas urutan DNA target.

Tahapan Pemeriksaan Real Time PCR:

1. RNA diubah menjadi DNA oleh enzim Reverse Transcriptase yang

disebut KOmplemen DNA (cDNA)
2. Sintesis CDNA dari perpasangan antar gugus basa U dengan Basa A,
Serta G dan C
3. Dari cDNA dilipat gandakan dengan DNA yang mirip urutan basa
nukleotidanya dengan RNA, hanya U di gantikembali ke T

6
 4. Terjadi Proses Aneling unutk memasang primer untuk memperpanjang
segmen sDNA
5. Setelah terbentuk segmen cDNA bar kemudian pemeriksaan melalui
proses pemeriksaan seperti biasa.

2.4 Verifikasi Polymerase Chain Reaction Konvensional dan Real Time-PCR

Analisa pengukuran DNA Genom terhadap kualitas dan kuantitas DNA yang
telah diisolasi dapat diuji secara kualitatif dengan elektroforesis gel agarose dan
kuantitatif dengan spektrofotometer. Pengukuran jumlah DNA melalui
spektrofotometer didasarkan pada prinsip iradiasi sinar ultra violet (UV) yang diserap
oleh nukleotida dan protein dalam larutan.

Kemurnian DNA diperoleh dari perbandingan absorban A260/280. Molekul

DNA dikatakan murni jika rasio kedua nilai tersebut berkisar antara 1,8-2,0. DNA
dengan rasio pada kisaran angka tersebut telah memenuhi persyaratan kemurnian
yang dibutuhkan dalam analisis molekular. Kontaminasi protein dan bahan organik
lainnya ditandai dengan rendahnya nilar rasio A260/280 (<1,8), sebaliknya
kontaminasi fenol ditandai dengan tingginya nilai rasio tersebut (>2,0).

Hasil deteksi sampel dengan metode PCR Konvensional dimana dapat

dinyatakan valid jika tidak terdapat pita DNA amplifikasi pada kontrol negaitf dan
memiliki pita DNA sesuai dengan ukuran (pasang basa) target DNA pada kontrol
positif. Positif standar yang digunakan sebagai kontrol positif. DNA Ladder atau
marker merupakan DNA yang telah diketahui ukuran panjang basa dan digunakan
sebagai penanda. Hasil dinyatakan positif jika ukuran pita DNA sampel meliliki
panjang basa yang sama dengan kontrol positif. Hasil dinyatakan negatif jika tidak
terdapat pita DNA. Keberadaan sampel misal WSSV ditentukan oleh desain primer
yang digunakan karena ukuran DNA genom WSSV berukuran besar maka didesain
fragmen dengan ukuran tertentu untuk mendeteksi keberadaannya. Untuk
mengamlifikasi 1 pasang primer yang berbeda urutan nukleotidanya.

7
 Hasil deteksi amplifikasi yang dijalankan dengan Real Time PCR dalam
Rotor Gene Q ditampilkan dalam bentuk grafik pada layar komputer dengan softwer
Rotor Gene Q Series. Grafik-grafik yang ditampilkan barupa grafik sampe kontrol
positif dan grafik amplifikasi sampel uji. Amplifikasi beberapa tingkat pengeceran
kontrol positif secara otomatis oleh software Roto Gene Q Series akan digambarkan
dalam bentuk kurva standar, selain grafik amplifikasi sampel uji. Tiga titik pada
kurva standar menunjukkan terdapat tiga tingakt pengenceran yang memiliki nilai
CT. Kurva ini akan memplotkan log dari konsentrasi tiga atau lebih sampel yang
telah diketahui nilai kosentrasinya, sehingga kurva standar dapat digunakan untuk
mengihutung konsentrasi sampel. Sebuah kurva standar dengan standar positif harus
memiliki kriteria nilai efisiensi >80%, nilai slope diantara -3.1 sampai -3.8, dan nilai
R2 >0.980. Hasil positif ditandai dengan adanya akumulasi pada signal fluoresen dan
melintasi base line thershold. sedangkan nilai negatif tidak melintasinya.

Amplifikasi DNA mengguanakan mesin real time PCR selain

mengamplifikasi sampel dan standar positif juga disertakan kontrol negatif atau NTC
(No Tempeate Control = tidak disertakan tamplate). Kontrol negatif berfungsi untuk
mengetahui apakah saat mencampur mix reagen ke dalam sampel terdapat
kontaminasi atau tidak. Kontrol negatif akan tetap negatif setelah pembacaan jika
tidak terdapat kontaminasi atau dalam arti lain bahwa pengerjaaan dari mixing reagen
berhasil dan hasil PCR dainggap layak dan dapat dipercaya. Hal tersebut berlaku
sebaliknya yakni jika kontrol negatif menjadi positif maka dapat diperkirakan telah
terjadi kontaminasi dan hasil dari pembacaan dianggap tidak dipercaya untuk
selanjutnya pemeriksaan akan dilakukan pengulangan.

8
2.5 Validasi Polymerase Chain Reaction Konvensional dan Real Time-PCR

Analisis terhadap sampel lapang sangat penting dilakukan untuk mendapatkan

kualitas data yang bagus. Penerapan sistem quality assurance (QA) dan quality
control (QC) sangat diperlukan seperti prosedur yang benar serta penggunaan sampel
kontrol untuk memastikan bahwa sistem bekerja dengan benar sehingga data yang
diperoleh reproduktivitas dan berkualitas. Jenis sampel pengujian sangat
mempengaruhi ketepatan metode PCR baik konvensional dan real time. Metode
ekstraksi DNA akan berbeda dengan ekstraksi RNA, karena RNA lebih mudah
terdegradasi. Beberapa metode ekstraksi DNA dan RNA yang tersedia secara
komersial seperti robotic, spin column dan kimia sebelumnya divalidasi terlebih
dahulu untuk menentukan efisiensinya termasuk dalam meminimalkan kontaminasi
silang antara sampel positifdan negatif yang diekstraksi secara bersama-sama.

Apabila metode ekstraksi ini mengalami perubahan, validasi harus diulang

lagi. Optimasi terhadap semua parameter dari metode dan reagen yaitu suhu dan
waktu inkubasi, pH, konsentrasi primer, serta larutan penyangga yang digunakan
dalam proses PCR yang merupakan bagian dari validasi harus dilakukan sebagai
kontrol terhadap parameter tersebut seperti kadaluarsa reagen. Reagen yang
mempunyai nomor batch baru maka repeatability perlu dilakukan kembali.

Repeatability pengujian PCR minimal memerlukan replikasi tiga kali di setiap

sampel pengujian setelah itu diekstraksi kemudian diamplifikasi dengan
menggunakan kontrol yang sama. Evaluasi repeatability ini juga diperlukan untuk
menjamin bahwa kontrol yang digunakan dalam pengujian PCR tidak mengandung
penghambat PCR. Setidaknya diperlukan tiga laboratorium yang berbeda untuk
melakukan reproducibility.

Kurva standar adalah suatu metode yang umum digunakan untuk

mengkalibrasi reaksi PCR real time terhadap konsentrasi asam nukleat yang
diketahui. Bahan acuan seperti amplikon, plasmid, oligonukleotida, atau sintesis

9
RNA mempunyai pengaruh terhadap terbentuknya kurva standar. Penggunaan bahan
acuan tergantung pada identifikasi efisiensi amplifikasi bahan acuan dan sampel
cDNA. Sampel cDNA biasanya mengandung penghambat PCR yang diperoleh dari
sisa proses ekstraksi RNA, penggunaan DNase, tahap reverse transcriptase, atau
semua hal yang secara tidak langsung berpengaruh terhadap efisiensi PCR.

Efisiensi amplifikasi merupakan faktor yang sangat penting terhadap akurasi

PCR real timesehingga diperlukan suatu cara yang tepat untuk dapat memonitoring
efisiensi amplifikasi semua sampel. Penggunaan data mentah merupakan cara yang
tepat untuk menentukan efisiensi amplifikasi PCR di setiap reaksi.

10
 BAB III

Penutup

3.1 Kesimpulan

Metode PCR dibedakan menjadi dua yaitu PCR konvensional dan real time.
Analisis hasil amplifikasi fragmen DNA pada PCR konvensional dilakukan dengan
visualisasi di agar elektroforesis. Sedangkan PCR real time, jumlah DNA yang
diamplifikasi dapat dideteksi dan diukur di setiap siklus proses PCR.

11
 PCR Konvensional
 Memerlukan waktu yang
lebih lama
 Bersifat kualitatif
 Sensitivitas rendah
 Presisi rendah
 Kurang sensitif
 Ada tahapan setelah PCR
 Deteksi keberadaan DNA
dilakukan pada akhir
reaksi
 Pengamatan keberadaan
DNA hasil amplifikasi
dilakukan di gel agarosa
setelah dilakukan
elektroforesis
 Biaya relatif lebih murah
Real-time PCR (qPCR)
 Memerlukan waktu yang
lebih cepat dari PCR
Konvensional
 Bersifat kuantitatif
 Sensitivitas tinggi
 Presisi tinggi
 Akurat
 Tidak ada tahapan setelah
PCR
 Pengamatan dapat
dilakukan saat reaksi
berlangsung
 Keberadaan DNA hasil
amplifikasi dapat diamati
pada grafik yang muncul
sebagai hasil akumulasi
flouresensi dari probe
(penanda)
 Biaya relatif lebih mahal

3.2 Saran
Pemeriksaan PCR harus dikerjakan baik dan benar, pengunaan ruangan di
usahakan tidak terdapat kontaminasi dari virus atau bakteri lain yang akan
mengganggu. Pada setiap melakuakan PCR harus dilakukan juga kontrol positif,
ini diperlukan untuk memudahkan pemecahan masalah apabila terjadi hal yang
tidak diinginkan. Selain itu juga dilakukan terhadap kontrol negatif untuk
menghindari kesalahan positif semu.

12
 DAFTAR PUSTAKA

Bugi Ratno Budiarto. 2015. Polymerase Chain Reaction (PCR). Perkembangan dan
Perannya Dalam Diagnostic Kesehatan.Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI

Dyah Ayu Hewajuli dan Dharmayanti NLPI. 2014. Perkembangan Teknologi Reverse
Transcriptase-Polymerase Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom.
Avian Influenza dan Newcastle Diseases. Balai Besar Penelitian Veteriner.

Hayden, R. T. Z Gu. J. Ingersoll et.all. 2012. Comparison of Droplet Digital PCR to

Real-time PCR for Quantitative Detection of Cytomegalovirus. Departments
of Pathology and Biostatistics. Journals ASM.org

Joni, K., & Arumingtyas, E. A. 2020. Polymerase Chain Reaction (PCR). Teknik dan
Fungsi. Malang. UB Press.

Made, D. K, Sumaryam, & Nurul, H. 2019. Aplikasi Polymerase Chain Reaction

(PCR) Konvensional dan Real Time-PCR untuk Deteksi Virus VNN (Viral
Nervous Necrosis) pada Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fusvoguttatus).
Fakiltas Pertanian Universitas Dr. Soetomo.Surabaya.

Pranawaty, R. N., Buwono, I. D. & Liviawaty, E. 2012. Aplikasi Ploymerase Chain

Reaction (PCR) Konvensional dan Real Time PCR untuk Deteksi White Spot
Syndrome Virus Pada Kepiting. Jurnal Perikanan dan Kelautan.

Waller, Joseph, Parveer, K., & Tucker, A. 2020. Diagnostic Tool for Coronavirus
Disease (COVID-19). Comparing CT and RT-PCR Viral Nucleic Acid
Testing. University Collage of Medicine

13