MAKALAH MATA KULIAH ALAT KESEHATAN

Studi Kasus Alat Kesehatan COVID-19: RT-PCR

(Makalah ini dibuat untuk memenuhi tugas mata kuliah Alat Kesehatan)

Dosen Pengampu: Dr. Saeful Amin

Kelas: 2D Farmasi

Disusun Oleh:

Anindia Nuralifanisa (31119184)

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN BAKTI TUNAS HUSADA

TASIKMALAYA

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

TAHUN AJARAN 2020-2021

 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan
hidayah-Nya sehingga saya dapat menyelesaikan tugas makalah yang berjudul “Studi
Kasus Alat Kesehatan COVID-19: RT-PCR” ini tepat pada waktunya.

Adapun tujuan dari penulisan makalah ini adalah untuk memenuhi tugas Dosen
Dr. Saeful Amin pada mata kuliah Alat Kesehatan. Selain itu, makalah ini juga
bertujuan untuk menambah wawasan tentang alat kesehatan RT-PCR bagi para
pembaca dan juga bagi para penulis.

Saya mengucapkan terima kasih kepada Dr. Saeful Amin, selaku Dosen mata
kuliah Alat Kesehatan yang telah memberikan tugas ini sehingga dapat menambah
pengetahuan dan wawasan sesuai dengan bidang yang saya tekuni.

Saya juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membagi
sebagian pengetahuannya sehingga saya dapat menyelesaikan makalah ini.

Saya menyadari, makalah yang saya tulis ini masih jauh dari kata sempurna.
Oleh karena itu, kritik dan saran yang membangun akan kami nantikan demi
kesempurnaan makalah ini.

Depok, 27 Maret 2021

Penulis

i
 DAFTAR PUSTAKA

Sampul/Cover

Kata Pengantar ……………………………………………………………………………...

i

Daftar Pustaka ……………………………………………………………………………...

ii

BAB I—Pendahuluan

I. Latar Belakang ……………………………………………………………………….

1

II. Rumusan Masalah ……………………………………………………………………

1

III. Tujuan ………………………………………………………………………………..

2

BAB II—Pembahasan

I. Definisi ……………………………………………………………………………… 3

II. Mekanisme Kerja …………………………………………………………………….

3

III. Prinsip Alat …………………………………………………………………………..

4

IV. Kekuatan ……………………………………………………………………………..

4

V. Kelemahan …………………………………………………………………………...
4

VI. Faktor ………………………………………………………………………………...

ii
 5

VII. Kasus ………………………………………………………………………………... 5

BAB III—Penutup

I. Kesimpulan …………………………………………………………………………..
7

II. Saran ………………………………………………………………………………… 7

Daftar Pustaka ……………………………………………………………………………... 8

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

I. Latar Belakang
Sejumlah kasus pneumonia yang tidak diketahui etiologinya telah ditemukan di
Wuhan, Tiongkok sejak Desember 2019. Patogen yang dimiliki penyakit tersebut
merupakan virus korona baru (Novel Coronavirus). Hal ini membuat Organisasi
Kesehatan Dunia (World Health Organization, WHO) memberi penyakit ini nama
sementara, yaitu 2019-n-CoV oleh pada 12 Januari 2020. Pada 11 Februari 2020,
penyakit ini diberi nama resmi sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2 (severe
acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2) oleh Komite Internasional
Taksonomi Virus (International Committee on Taxonomy of Viruses). Saat ini
penyakit yang disebabkan oleh virus ini menjadi identik dengan virus itu sendiri, yaitu
COVID-19.
Jumlah kasus penyakit COVID-19 terus meningkat di banyak bagian dunia, dan
memiliki dampak menghancurkan secara global yang terlihat jelas pada semua aspek
kehidupan kita saat ini. Saat ini metode yang paling banyak digunakan untuk
mengonfirmasi kasus COVID19 adalah PCR waktu nyata (real-time polymerase chain
reaction, RT-PCR). Jumlah tes diagnostik molekuler positif, yang sebagian besar
didasarkan pada tes RT-PCR yang mendeteksi materi genetik dari agen penyebab
sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2 (severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2, SARS-CoV-2), masih menjadi dasar pelaporan pada kedua kasus
simptomatik dan asimtomatik di seluruh dunia.

II. Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dari pembahasan materi ini, diantaranya:
1. Apa yang dimaksud dengan RT-PCR?
2. Bagaimana mekanisme kerja RT-PCR?
3. Apa saja prinsip RT-PCR?
4. Apa saja kekuatan RT-PCR?
5. Apa saja kelemahan RT-PCR?
6. Apa saja faktor yang mempengaruhi hasil tes RT-PCR?

1
 7. Kasus apa yang terjadi berkaitan dengan RT-PCR?
III. Tujuan
Adapun tujuan dari pembahasan materi ini, diantaranya:
1. Mengetahui apa yang dimaksud dengan RT-PCR
2. Mengetahui mekanisme kerja RT-PCR
3. Mengetahui apa saja prinsip RT-PCR
4. Mengetahui apa saja kekuatan RT-PCR
5. Mengetahui apa saja kelemahan RT-PCR
6. Mengetahui apa saja faktor yang mempengaruhi hasil tes RT-PCR
7. Mengetahui kasus yang terjadi berkaitan dengan RT-PCR

2
 BAB II

ISI

I. Definisi
Teknik laboratorium biologi molekuler berdasarkan rantai reaksi polimerasi
pada waktu nyata disebut juga dengan reaksi berantai polimerase waktu nyata (real-
time polymerase chain reaction, RT-PCR), juga dikenal sebagai Reaksi Rantai
Polimerase kuantitatif (quantitative polymerase chain reaction, qPCR). Berbeda
dengan alat PCR konvensional, alat ini memonitor amplifikasi molekul DNA yang
ditargetkan selama PCR dalam waktu nyata, bukan pada waktu akhir. RT-PCR dapat
digunakan secara kuantitatif dan semi-kuantitatif. PCR waktu nyata (RT-PCR) atau
PCR kuantitatif (qPCR) adalah metode untuk mengukur asam nukleat yang diperkuat
yang ada dalam sampel secara waktu nyata menggunakan pewarna fluoresen atau
oligo berlabel fluoresen.

II. Mekanisme Kerja

Pada waktu tertentu, jumlah amplikon DNA transien dalam sampel akan
diukur berdasarkan siklus dan intensitas sinyal flouresen agar flouresensi dapat diukur.
Sinyal latar belakang mengakibatkan intensitas sinyal flouresen berada di bawah level
yang dapat dideteksi pada awal siklus. Intensitasnya akan sesuai secara proporsional
dengan jumlah awal molekul DNA dalam sampel setelah intensitas sinyal flouresen
meningkat di atas level. Ini adalah titik di mana kuantitas absolut DNA target dalam
sampel diukur berdasarkan kurva kalibrasi yang dibuat oleh sampel standar yang
diencerkan serial dengan konsentrasi yang diketahui. Titik ini dikenal sebagai siklus
kuantifikasi (Cq) atau ambang batas siklus (Ct).
Dalam tes SARS-CoV-2 diagnostik, RT-PCR didasarkan pada deteksi jumlah
fragmen genetik virus yang berbeda pada individu. Melalui nilai ambang siklus (Ct),
semi-kuantitatif jumlah fragmen ditentukan secara rutin. Untuk menghasilkan nilai
yang positif, jumlah siklus amplifikasi PCR dalam uji diagnostic harus sesuai. Nilai Ct
meningkat dengan penurunan viral load, dan nilai Ct yang rendah menunjukkan viral
load yang tinggi. Uji kuantitatif yang benar dapat diterapkan dalam kasus yang
ambigu.

3
III. Prinsip
Amplifikasi virus RNA menggunakan metode Real Time PCR memiliki
prinsip yang sama, dimana terdiri dari 4 tahapan yaitu:
1. Pre-denaturasi,
2. denaturasi,
3. anneling, dan
4. extension.

IV. Kekuatan
Kekuatan dari alat RT-PCR antara lain adalah:
1. Memainkan peran penting dalam mendeteksi dan mengukur patogen virus
karena sensitivitas dan spesifisitasnya yang sesuai, serta hasil yang cepat dan
tinggi dibandingkan dengan metode lain
2. Kontaminasi silang dapat dihindari karena alat ini tidak memerlukan
manipulasi sampel lebih lanjut setelah amplifikasi.
3. Mampu memperkuat beberapa target dalam satu reaksi membuat pengguna
dapat menyertakan kontrol amplifikasi internal dalam sekali jalan.
4. Opsi multiplexing sangatlah penting untuk deteksi dan kuantifikasi dalam uji
qPCR diagnostik yang mengandalkan penyertaan kontrol amplifikasi internal.
5. Dengan membandingkan ekspresi gen pada sampel, alat ini dapat mengukur
kuantitas target pada sampel dan tidak hanya mengukur keberadaan suatu gen
tertentu.

V. Kelemahan
Kelemahan dari alat RT-PCR antara lain adalah:
1. Adanya kemungkinan hasil negatif palsu atau positif palsu.
2. Meskipun RT-PCR telah menentukan viral load yang tinggi secara terus
menerus, virus tidak dapat dibiakkan dari sampel pernapasan setelah hari ke-8
namun hanya bisa selama minggu pertamanya saja.
3. Membutuhkan waktu 4-6 jam untuk dapat menyelesaikan tes.
4. Harga alat yang mahal.
5. Membutuhkan banyak reagen dan peralatan khusus.

4
 6. Dapat kehilangan sensitivitas setelah lima hari sejak timbulnya gejala.
7. Rentan terhadap kesalahan pengumpulan spesimen (specimen collection
error).

VI. Faktor
Faktor yang mempengaruhi hasil tes RT-PCR antara lain adalah:
1. Primer
RT-PCR dapat dipengaruhi oleh varian urutan RNA virus, yang menyebabkan
perbedaan hasil
2. Standar Praktik Laboratorium dan Keterampilan Personel
RT-PCR merupakan metode yang membutuhkan keterampilan dalam prosedur
teknis terkait. Selain itu, prosedur keselamatan harus diterapkan dalam
menjalankan metode ini di setidaknya laboratorium tingkat 2 biosafety.
3. Prosedur Pengambilan Sampel
a. Sampel harus diambil dari bagian atas (usap nasofaring dan
orofaringeal) dan/atau saluran pernapasan bagian bawah (sputum
dan/atau aspirasi endotrakeal atau lavage bronchoalveolar).
b. Waktu pengumpulan harus ditentukan dengan hati-hati karena
perbedaan kinetika viral load SARS-CoV-2 pada pasien yang berbeda,
yang mengarah pada hasil yang berbeda.
c. Dacron atau polyester flocked swab harus digunakan untuk
mengumpulkan sampel.
d. Sampel harus dipindahkan ke laboratorium pada suhu 2-8°C sesegera
mungkin setelah pengumpulan untuk mencegah gangguan oleh
inhibitor dalam sampel.

VII. Kasus
Seorang pria 34 tahun datang ke rumah sakit komunitas dengan riwayat dingin
dan demam selama 1 hari (38,7℃) yang tidak diketahui penyebabnya. Lima hari lalu,
dia baru saja melewati stasiun kereta berkecepatan tinggi Wuhan di China dengan
kereta api. Suara nafas kasar dari kedua paru terdengar saat auskultasi. Studi
laboratorium menunjukkan jumlah sel darah putih 5.660.000/mL, jumlah sel limfosit
1.150.000/mL, jumlah perbedaan sel darah putih menunjukkan 70,6% neutrofil
(kisaran normal 40-75%), eosinofil 0,0% (kisaran normal 0,4-8%), dan 8,5% monosit

5
(kisaran normal 3-10%). Ada peningkatan kadar darah untuk hipersensitivitas protein
C-reaktif (23,6 mg/L; kisaran normal 0–5 mg/L), waktu protrombin (13,5 detik;
kisaran normal 9,0-16,0 detik), Waktu tromboplastin parsial teraktivasi (40,3 detik;
normal) kisaran 27.0–45.0 dtk).
Foto toraks saat onset penyakit menunjukkan kekeruhan yang tidak merata di
bidang paru tengah kiri. Setelah itu, ia segera dipindahkan ke rumah sakit superior,
dan CT dada menunjukkan opasitas kaca-tanah (ground-glass opacity) yang tidak
merata di lobus atas paru-paru kiri saat masuk, dan dengan cepat berkembang menjadi
konsolidasi campuran segmental dan kekeruhan kaca tanah dengan air-bronkogram 3
hari setelahnya. masuk, dan itu diselesaikan di lobus kiri atas dan juga menunjukkan
kekeruhan kaca tanah (ground-glass opacity) multifokal 7 hari setelah masuk, dan
sembuh dalam 2 minggu. Untungnya, pasien ini didiagnosis sebagai “dugaan kasus”
berdasarkan temuan CT awal, pasien segera diisolasi untuk pemantauan klinis agar
tidak menyebabkan penyebaran regional. Tes RT-PCR kelima positif pada hari kelima
setelah masuk; pasien ini akhirnya dinyatakan sebagai COVID-19.

6
 BAB III

PENUTUP

I. Kesimpulan
Berikut di bawah ini merupakan kesimpulan dari hal-hal telah dibahas sebelumnya:
1. PCR waktu nyata (RT-PCR) atau PCR kuantitatif (qPCR) adalah metode untuk
mengukur asam nukleat yang diperkuat yang ada dalam sampel secara waktu
nyata menggunakan pewarna fluoresen atau oligo berlabel fluoresen.
2. Dalam tes SARS-CoV-2 diagnostik, RT-PCR didasarkan pada deteksi jumlah
fragmen genetik virus yang berbeda pada individu.
3. Jumlah siklus amplifikasi PCR harus sesuai dengan Ct agar dapat dinyatakan
positif.
5. Prinsip RT-PCR terdiri atas 4 prinsip yaitu Pre-denaturasi, denaturasi,
anneling, dan extension.
6. RT-PCR memiliki kekuatan yaitu lebih cepat dalam mendeteksi sampel,
memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang lebih sesuai, tidak terjadi kontaminsi
silang, mengontol amplifikasi internal, serta dapat mengukur kuantitas suatu
sampel.
7. RT-PCR memiliki kelemahan yaitu ada kemungkinan hasil yang tidak sesuai,
virus tidak dapat dibiakkan setelah hari ke-8, waktu proses yang lama, harga
alat yang mahal, membutuhkan spesifikasi khusus, dapat kehilangan
sensitifitas, dan rentan terhadap error.
8. Faktor yang dapat memperngaruhi hasil tes RT-PCR adalah primer, standar
praktik laboratorium dan keterampilan personel, serta prosedur pengambilan
sampel.
9. Ada suatu kasus di mana terdapat kemungkinan RT-PCR dapat gagal dalam
mendeteksi coronavirus sehingga terjadi hasil tes negatif palsu.

II. Saran
Ada baiknya bahwa dalam melakukan tes kesehatan tidak hanya menggunakan
satu alat saja, melainkan dengan menggunskan beberapa alat lainnya sehingga dapat
diketahui kepastian hasil tes tersebut.

7
 DAFTAR PUSTAKA

Feng, H., Yujian Liu, Minli Lv, dkk. 2020. A case report of COVID- 19 with false negative
RT- PCR test: necessity of chest CT. Japanese Journal of Radiology. 2020(38): 409-410.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7136155/pdf/11604_2020_Article_967.pdf
(Diakses pada 27 Maret 2020)

Gómez, Herminia Lozano, Ana Pascual Bielsa, dan Maria José Arche Banzo. 2020. Strengths
and weaknesses of the diagnostic tests for SARS-CoV-2 infection (Virtudes y dificultades en
los test diagnósticos de la infección por el SARS-CoV-2). Medicina Clínica (English Edition).
155(10): 463–469. https://doi.org/10.1016/j.medcle.2020.07.012 (Diakses pada 28 Maret
2021)

Hartanti, Monica Dwi. 2020. Reaksi berantai polimerase real-time untuk mendeteksi SARS-
COV-2 di Indonesia: Apakah hasilnya dapat diandalkan?. Universa Medicina. 38(3): 71-73.
http://dx.doi.org/10.18051/UnivMed.2020.v39.71-73 (Diakses pada 27 Maret 2021)

Kurniawati, Made Devi, Sumaryam, dan Nurul Hayati. 2019. APLIKASI POLYMERASE
CHAIN REACTION (PCR) KONVENSIONAL DAN REAL TIME- PCR UNTUK DETEKSI
VIRUS VNN (Viral Nervous Necrosis) PADA IKAN KERAPU MACAN (Epinephelus
fuscoguttatus). Jurnal Techno-Fish. 3(1): 19-30.
http://repository.unitomo.ac.id/2130/1/3.%20Aplikasi%20PCR_Sumaryam.pdf (Diakses pada
27 Maret 2021)

Leiker, Brenna dan Katherine Wise. 2020. COVID - 19 case study in emergency medicine
preparedness and response: from personal protective equipment to delivery of care. Disease-
a-month: DM. 66(9). https://doi.org/10.1016/j.disamonth.2020.101060. (Diakses pada 27
Maret 2021)

Suchaya, Purwa Kurnia. 2020. Barriers to Covid-19 RT-PCR Testing in Indonesia: A Health
Policy Perspective. JOURNAL OF INDONESIAN HEALTH POLICY AND
ADMINISTRATION. 5(2): 36-42. https://journal.fkm.ui.ac.id/ihpa/article/view/3888/1000
(Diakses pada 27 Maret 2021)

Rajeevan, Mangalathu, S., Daya G. Ranamukhaarachchi, Suzanne D. Vernon, dkk. 2001. Use
of Real-Time Quantitative PCR to Validate the Results of cDNA Array and Differential
Display PCR Technologies. Methods. 2001(25): 443-451. https://www.gene-
quantification.de/rajeevan-2001-2.pdf (Diakses pada 28 Maret 2021)

8
Velavan, Thirumalaisamy P. dan Christian G. Meyer. 2021. COVID-19: A PCR-defined
pandemic. International Journal of Infectious Diseases. 2021(103): 278-279.
https://www.ijidonline.com/action/showPdf?pii=S1201-9712%2820%2932504-2 (Diakses
pada 27 Maret 2021)