Laporan Praktikum Bioteknologi Aquaculture

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

IKAN KERAPU MERAH
(Cephalopholis miniata)

Disusun Oleh:

Nama : Istiqamatus Shafna

NIM : 2011102010004
Kelompok :6
Asisten : Asmaul Husna

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
BANDA ACEH, 2022
 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum Wr. Wb.

Puji dan syukur saya panjatkan kehadiran Allah SWT. yang telah melimpahkan
segala rahmat dan hidayah-Nya, sehingga saya dapat menyelesaikan laporan praktikum
yang berjudul “POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) IKAN KERAPU MERAH”,
tidak lupa juga saya panjatkan kepada Nabi besar Muhammad SAW. yang telah membawa
kita dari alam kegelapan kealam yang terang benderang.

Saya berterimakasih kepada asisten yang telah membantu dalam membuat laporan
praktikum ini. Laporan ini saya buat dalam keadaan sebenar-benarnya dan berdasarkan
data-data dari hasil praktikum yang telah dilakukan sebelumnya.

Demikian laporan ini saya buat dan saya menyadari atas ketidaksempurnaan
penyusunan laporan ini. Demi kemajuan penulis, penulis juga mengharapkan adanya
masukkan berupa kritik maupun saran yang membangun. Terima kasih.

Wassalamualaikum Wr. Wb.

Banda Aceh, Oktober 2022

Praktikan

1
 DAFTAR ISI

Halaman

KATA PENGANTAR .......................................................................................... i

DAFTAR ISI ....................................................................................................... ii

DAFTAR TABEL ................................................................................................ iii

DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ iv

BAB I PENDAHULUAN ..................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ......................................................................................... 1

1.2 Tujuan Praktikum ..................................................................................... 1
1.3 Manfaat praktikum ................................................................................... 2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 3

BAB III METODE PRAKTIKUM...................................................................... 4

3.1 Waktu Dan Tempat .................................................................................... 4

3.2 Alat Dan Bahan .......................................................................................... 4
3.3 Cara Kerja .................................................................................................. 6

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN............................................................... 7

4.1 Hasil Pengamatan ....................................................................................... 7

4.2 Pembahasan ............................................................................................... 7

BAB V PENUTUP ............................................................................................... 9

5.1 Kesimpulan ............................................................................................... 9

5.2 Saran ......................................................................................................... 9

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 10

LAMPIRAN ......................................................................................................... 11

i
 DAFTAR TABEL

Tabel Alat Praktikum ...................................................................................................... 4

Tabel Bahan Pratikum ..................................................................................................... 4
Tabel Hasil Pengamatan.................................................................................................. 7

ii
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Dokumentasi Pratikum ........................................................................... 11

iii
 BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus)
dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda
DNA templet (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan
kemudian didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu
pada primer menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA
(Newton and Graham, 1994). Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-
denaturasi DNA templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada
templat (annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (Final
extension).

Primer spesifik digunakan untuk mengamplifikasi target. DNA mengalami

denaturasi pada suhu yang tinggi yang menyebabkan DNA terpisah. Kemudian
primer menguatkan single strand DNA pada suhu yang rendah, dan mengikat pada
daerah yang spesifik untuk melengkapi menjadi DNA sekuens. Taq (Thermus
aquaticus) polymerase membuat perpanjangan primer dengan memperbanyak
template DNA. Proses ini terdiri dari denaturasi, annealing dan extension yang
dilakukan sebanyak siklus yang dibutuhkan. Protokol PCR diambil di Barcode of
Life Project yang dimodifikasi. Teknik Polymerase Cham Reaction (PCR)
menggunakan primer forward dan reverse dari gen Cytochrome Oxidase sub unit 1
(CO1) untuk amplifikasikasi sampel produk esktraksi.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan proses biokimia yang menyalin

dan amplifikasi template DNA dalam jumlah banyak menggunakan DNA polimerase
yang stabil. Salah satu PCR yang biasa digunakan di laboratorium diagnostik yaitu
Real-Time PCR.

1.2 Tujuan Praktikum

Agar mahasiswa dapat mengetahui prinsip kerja PCR, memahami teknik dasar
PCR dan dapat mengoperasikan alat SensoQuest Lab cycler Spin.

1
1.3 Manfaat Praktikum
1. Agar mahasiswa mngetahui bagaimana cara kerja PCR
2. Agar mahasiswa mnegtahui apa saja tehnik PCR
3. Agar mahasiswa mngetahu apa saja tahapan tahanap PCR

2
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

Aplikasi bioteknologi sesungguhnya telah berlangsung cukup lama, dalam

peradapan manusia; seperti upaya produksi antibiotik, fermentasi, alcohol, pangan
dan teknologi pengolahan limbah yang kesemuanya dapat dikelompokan ke dalam
biteknologi konvensional. Tetapi mengapa nampaknya biteknologi baru saja
berkembang pada kurun abad ke dua puluh ini. Karena secara implisit yang
dimaksud bioteknologi adalah biteknologi modern, yang intinya adalah rekayasa
genetik, dengan teknik gen kloning yang berkembang berdasar penemuan struktur
dan fungsi DNA oleh Watson dan Creck (Nurcahyo,2011).

Primer pasifik yang digunkan untuk mengamplifikasi target. DNA mengalami

denaturasi pada suhu yang tinggi menyebabkan DNA terpisah. Kemudian primer
menguatkan single strand DNA pada suhu rendah, dan mengikat pada daerah yang
spesifik untuk melengkapi menjadi DNA sekuens. Taq (Thermus aquatis)
polymerase membuat perpanjangan primer dengan memperbanyak template DNA.
Proses ini terdiri dari denaturasi, annealing dan extansion yang dilakukan sebanyak
siklus yang dibutuhkan. Protokol PCR diambil di Barcode of Life Project yang
dimodifikasi. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer
forward dan reverse dari gen Cythchrome Oxidase sub unit 1 (CO1) untuk
amplifikasi sampel produk ekstrasksi (Sachithanandam, 2012).

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan proses biokimia yang

menyalin dan amplifikasi template DNA dalam jumlah banyak menggunakan DNA
polimerase yang stabil. Salah satu PCR yang biasa digunakan di laboratorium
diagnostik yaitu Real-Time PCR (Lotfis, 2014).

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu

metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini pertama kali
dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas DNA pada PCR
dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers.
Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali
sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu

3
fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30
nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan
dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA
polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus
aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’ primer
ketika proses pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi polimerase
(Yusuf, Z.K).

Bioteknologi tradisional ini terus mengalami perkembangan hingga

ditemukannya struktur DNA yang diikuti dengan penemuan lainnya.Dengan
ditemukannya struktur DNA dan berkembangnya ilmu pengetahuan tentang DNA,
muncullah istilah bioteknologi modern. Bioteknologi modern merupakan
bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA (Yuyono, 2006).

4
 BAB III
METODE KERJA

1.1 Waktu Dan Tempat

Pratikum ini dilaksanakan pada tanggal 19 Oktobel 2022 pada pukul 16.00
WIB. Lokasi pratikum ini bertepatan di Laboratorium GEN BIO Fakultas
Kelautan Perikanan, Syiah Kuala Banda Aceh.

1.2 Alat Dan Bahan

1.2.1 Alat Pratikum

Adapun alat yang dugunakan pada pratikum kali ini adalah sebagai berikut :

Tabel 1 Alat Pratikum

No Nama Alat Jumlah Fungsi

1. Microcentrifugetubes 2 Unit Sebagai wadah untuk sample

2. Tube racks 1 Unit Sebagai wadah tabung

3. Alcohol wash bottle 1 Unit Sebagai wadah alkohol

4. Centrifusge 1 Unit Alat pemusin / pemisah larutan

5. Vortex 1 Unit Alat mencampur larutan

6. Pipettes and tips 1 Unit Sebagai alat memindahkan 1 cairan

ke wadah lain.

1.2.2 Bahan Pratikum

Adapun bahan yang digunakan pada pratikum ini adalah sebagai berikut :

Tabel 2 Bahan Pratikum

5
 No Nama Bahan Jumlah Fungsi
1. Ethanol 70 dan 96 % Secukupnya Sebagai bahan untuk
sterilisasi
2. Kerapu merah Secukupnya Sample pratikum
3. Nacl Secukupnya Sebagai larutan steril

3.3 Cara Kerja

Adapun cara kerja pada pratikum ini adalah sebagai berikut :

1. Gunakan Jas Laboratorium ketika melakukan kegiatan

2. Pastikan selalu menggunakan glove dan masker
3. Bersihkan meja kerja menggunakan ethanol teknis 70%
4. Isi Form pemakaian alat yang tertempel didekat alat PCR
5. Isi Form PCR yang telah tersedia
6. Isi log book penelitian sesuai dengan format penelitian
7. Keluarkan sampel hasil ekstraksi yang akan di analisis
8. Siapkan reagen berupa : Red Master Mix, Primer Reverse, Primer Forward,
DDH2O dengan takaran sesuai yang tertulis di form
9. Pastikan meletakkan tube reagen didalam Cooler rack agar suhu dingin tetap
terjaga
10. Beri label pada pada tube PCR sesuai dengan label ekstraksi
11. Setelah memasukkan semua komposisi, set program PCR sesuai dengan
sampel yang akan dianalisis
12. Running
13. Setelah selesai pengerjaan, pastikan meletakkan reagen kembali ke freezer
14. Letakkan kembali pippete dan rak tip kembali ke raknya
15. Standarisasi pippet dengan mengembalikan ke angka 0
16. Bersihkan meja kerja dengan ethanol teknis 70%

6
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Adapun hasil pengamatan pada pratikum ini adalah :

Tabel 3 Hasil Pengamatan

PCR FORM (EXAMPLE)

Date : !9-10-2022 Primer : FISH F1/R1

Purpose : PCR Method : PCR Kit Master Mix

Tabel 4.1 From PCR

No Sample ID Amplification Comment
1 BNA_CM_01 + Konsentrasi DNA rendah, ulangi
PCR
2 (-) -
-

No. Reagent X 1 rxn (μl) X 3 (μl)

1 Red Master Mix 12,5 37,5
2 Primer F 1 3
3 Primer R 1 3
4 Ddh2O 8.5 25.5
Total 23 69

Tabel 4.2 PCR Program

Cycle 35 x
Denaturation 94 ⁰C/ 30 sec
Annealing 50 ⁰C/ 30 sec
Extention 72 ⁰C/ 30 sec

4.2 Pembahasan

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu

metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini pertama kali
dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas DNA pada PCR

7
dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers.
Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali
sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu
fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30
nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan
dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA
polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus
aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’ primer
ketika proses pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi polimerase.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan proses biokimia yang

menyalin dan amplifikasi template DNA dalam jumlah banyak menggunakan DNA
polimerase yang stabil. Salah satu PCR yang biasa digunakan di laboratorium
diagnostik yaitu Real-Time PCR.

Sejarah PCR atau Polymerase Chain Reaction pertama kali ditemukan oleh Kary
Banks Mullis. Dalam 37 tahun sejak penemuan, PCR telah menjadi teknik standar dalam
biologi laboratorium yang terus dikembangkan oleh para ilmuwan untuk menemukan
aplikasi yang merupakan terobosan baru dan inovatif dalam menunjang kehidupan
manusia. Sejarah PCR berawal dari PCR amplifikasi enzimatis dari fragmen DNA
spesifik yang merupakan ditargetkan oleh dua primer oligonukleotida adalah konsep yang
sangat sederhana namun merupakan teknologi dasar yang kuat dan diterapkan secara luas.
Dimulai dengan template DNA atau RNA, siklus berulang dari denaturasi, penempelan
primer, dan pemanjangan primer oleh mediasi enzim polimerase menghasilkan akumulasi
eksponensial dari fragmen target spesifik yang dapat dianalisis dengan berbagai metode.
Saat ini sulit rasanya untuk memahami studi berbasis asam nukleat yang tidak
memasukkan Mesin PCR di dalam tahapan protokol eksperimennya.

Pada proses pemanjangan dibantu oleh enzim polimerase yaiyu enzim ligase,
siklusnya 35x akan tetapi setiap siklusnya selalu diulangi. Pada saat pemutusan rantai
DNA dengan bantuan enzim restriksi polimerase berfungsi dalam denaturasi. Pada setaip
seiklus pada tahapan ini selalu diulangi lama pengulangannya sebanyak 35x.

8
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Adapun Kesimpulan dari praktikum ini adalah

1. Aplikasi bioteknologi sesungguhnya telah berlangsung cukup lama, dalam

peradapan manusia; seperti upaya produksi antibiotik, fermentasi, alcohol,
pangan dan teknologi pengolahan limbah yang kesemuanya dapat
dikelompokan ke dalam biteknologi konvensional.
2. Primer spesifik digunakan untuk mengamplifikasi target. DNA mengalami
denaturasi pada suhu yang tinggi yang menyebabkan DNA terpisah.
Kemudian primer menguatkan single strand DNA pada suhu yang rendah,
dan mengikat pada daerah yang spesifik untuk melengkapi menjadi DNA
sekuens.
3. Taq (Thermus aquaticus) polymerase membuat perpanjangan primer dengan
memperbanyak template DNA.
4. Setelah proses PCR telah selesai akan dilakukan proses elektrofiresis
5. Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu
metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.

5.2 Saran

Tidak ada saran pada pratikum kali ini karna sudah berjalan lancar.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Lotfis, 2014. Polymerase chain reaction (PCR). Yogyakarta

Nurcahyo, Heru. 2011. Diktat Mikrobiologi. jurusan Pendidikan Biologi

FMIPAUNY. Yogyakarta.

Sachithanandam, 2012. Primer Pesifik DNA pada proses PCR. Jakarta

Yusuf, Z.K. (2010). Polymerase chain reaction (PCR). Saintek 5(6): 1–6.

Yuwono, T., 2006, Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction, Penerbit
Andi, Yogyakarta, p. 1-3; 18-21

10
 LAMPIRAN

Gambar 1. Sentrifus Gambar 2. Alat PCR

Gambar 3. Vortex Gambar 4. Alat PCR

11