Laporan Praktikum Bioteknologi Kelautan

POLYMERASE CHAIN REACTION DAN

ELEKTROFORESIS

DISUSUN OLEH:

Siddiq Husyaini Husal

2011101010056

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
DARUSSALAM, BANDA ACEH
NOVEMBER, 2023
 LEMBAR PENGESAHAN

POLYMERASE CHAIN REACTION DAN ELEKTROFORESIS

Oleh

Nama : Siddiq Husyaini Husal

Nim : 20111010109056

Program Studi : Ilmu Kelautan

Disetujui :

Asisten Koor Shift

Adinda Luthfia Nanda Ulfa Khaira

1911101010126 1811101010040

i
 ABSTRAK

Telah dilakukan praktikum dengan judul “ Polymerase Chain Reaction dan Elektroforesis ”
dimana Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik yang melibatkan
beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target
DNA untai ganda. Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asamnukleat berdasarkan perbedaan
ukuran. Tujuan dari praktikum ini adalah untuk dapat mengetahui prinsip kerja PCR,
memahami teknik dasar PCR dan dapat mengeoperasikan alat SensoQuest Lab Cycler Spin
dan dapat mengetahui gambaran DNA hasil elektroforesis pada gel agarose. Manfaat dari
praktikum ini adalah dapat mengetahui prinsip kerja PCR, dan teknik dasar PCR. Praktikum
ini dilaksanakan padahari Sabtu, 28 Oktober 2023 pukul 14.00 – 16.00 WIB di Laboratorium
Kimia Laut dan Bioteknologi Laut Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Syiah Kuala.
Metode yang digunakan dalam percobaan ini yaitu metode PCR. . Hasil dari praktikum ini
pada, KT-05_01 Amplification (+) Positif, Ada Band DNA, dan pada KT-03_02
Amplification (-) Negatif, Tidak ada Band DNA, dan Kontrol Negatif (-) Negatif, Tidak Ada
Band DNA.

ii
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya,
sehingga penulis dapat menyelesaikan laporan praktikum Bioteknologi Kelautan yang
berjudul “Polymerase Chain Reaction dan Elektroforesis” hingga selesai. Meskipun dalam
laporan ini saya mendapat banyak hambatan namun laporan ini dapat terselesaikan dalam
waktu yang ditentukan. Sholawat beriringan salam tidak lupa pulapenulis sanjungkan kepada
Nabi Muhammad SAW yang telah membawa umat manusia dari zaman yang tidak ada
mempunyai ilmu pengetahuan menuju ke zaman yang penuh dengan ilmu pengetahuan seperti
sekarang ini.
Penulis ucapkan terima kasih kepada dosen dan para asisten laboratorium matakuliah
Bioteknologi Laut serta semua pihak yang telah meberikan saran atas selesainyalaporan ini.
Didalam penulisan laporan ini saya menyadari bahwa masih ada kekurangan – kekurangan
dan mengingat keterbatasan pengetahuan dan pengalaman saya .
Semoga laporan ini dapat memberikan pengetahuan yang lebih luas kepada pembaca.
Walaupun laporan ini memiliki banyak kelebihan dan kekurangan ,oleh sebab itu sangat
diharapkan kritik dan saran dari semua pihak yang bersifat memmbangun untuk melengkapi
laporan ini dan berikutnya.

Darussalam, November 2023

Penulis

iii
 DAFTAR ISI
Halaman
LEMBAR PENGESAHAN ..........................................................................................i
ABSTRAK .................................................................................................................... ii
KATA PENGANTAR .................................................................................................iii
DAFTAR ISI ................................................................................................................iv
DAFTAR GAMBAR .................................................................................................... v
DAFTAR TABEL .........................................................................................................vi
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................... vii
BAB I PENDAHULUAN ............................................................................................. 1
1.1 Latar Belakang ............................................................................................. 1
1.2 Tujuan Penelitian ........................................................................................ 2
1.3 Manfaat Penelitian ....................................................................................... 2
BAB II TINJAUAN PUSTAKA.................................................................................. 3
BAB III METODE KERJA ........................................................................................ 6
3.1 Waktu dan Tempat ....................................................................................... 6
3.2 Alat dan Bahan ............................................................................................. 6
3.3 Cara Kerja .................................................................................................... 7
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ..................................................................... 9
4.1 Hasil Pengamatan ......................................................................................... 9
4.2 Pembahasan .................................................................................................. 9
BAB V PENUTUP ........................................................................................................ 12
5.1 Kesimpulan .................................................................................................. 12
5.2 Saran............................................................................................................. 12
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................... 13
LAMPIRAN .................................................................................................................. 15

iv
 DAFTAR TABEL

Halaman
Tabel 3.1 Alat ............................................................................................................. 6
Tabel 3.2 Bahan .......................................................................................................... 6

Tabel 4.1 Hasil Pengamatan...................................................................................... 9

v
 DAFTAR GAMBAR

Halaman
Gambar 1. Hasil elektroforesis produk PCR pada gel agarose .......................... 9

vi
 DAFTAR LAMPIRAN

Halaman
Lampiran 1. Dokumentasi ....................................................................................... 15

vii
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah proses penggandaan DNA secara In vitro
dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA
target. PCR menggunakan suatu teknik atau metode perbanyak (replikasi) DNA secara
enzimatik tanpa menggunakan organisme. Reaksi PCR dibantuoleh enzim polymerase dan
oligonukleotida yang berperan sebagai primer dan terjadidalam thermocycler. Primer terbagi
dua yaitu primer forward (primer yang berada sebelum target) dan primer reverse (primer
yang berada setelah target). Antar primer terdapat puluhan hingga ribuan nukleotida yang
menandakan panjang target DNA. Selain enzim polymerase, dibutuhkan dNTPs yang terbagi
dATP (nukleotida berbasisAdenin), dCTP (nukleotida berbasis Sitosin), dGTP (nukleotida
berbasis Guanin) dandTTP (nukleotida berbasis Timin) (Muladno, 2015).
Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang meliputi denaturasi, annealing dan
ekstansi (pemanjangan) oleh enzim DNA polimerase. Taq DNA polymerase diisolasi dari
bakteri Thermus auqaticus (Taq). Enzi mini tahan sampai temperature mendidih 100˚C, dan
aktifitas maksimal pada temperature 70˚-72˚C. Sepasang primer oligonukleotida yang
spesifik digunakan untuk membuat hybrid dengan ujung-5’ menuju ujung-3’ untai DNA target
dan mengamplifikasi untuk urutanyang diinginkan (Fatchiyah et al., 2019).
Proses yang terjadi dalam mesin PCR meliputi tiga tahap utama yaitu denaturasi
(pemisahan untai ganda DNA), annealing (penempelan primer) dan ekstensi (pemanjangan
primer). Proses yang dimulai dari denaturasi, penempelan dan ekstensi disebut sebagai satu
siklus. Produk PCR dapat langsung divisualisasikan melalui proses elektroforesis dan
digunakan untuk analisis lebih lanjut (Weissensteineret al., 2018).
Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan
atas ukuran (berat molekuk) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang biasadigunakan antara
lain agarose. Elektroforesis gel agarose dapat dilakukan untuk memisahkan sampel DNA
dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (bp) (Hartati, 2018).
Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik. Pergerakan molekul dalam
medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul.
Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang
dikandung oleh makro-molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium

8
penyangga yang telah berisi protein plasma makankomponen-komponen protein tersebut akan
mulai bermigrasi (Ricardson, 2016).

1.2 Tujuan Praktikum

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk dapat mengetahui prinsip kerjaPCR,
memahami teknik dasar PCR dan dapat mengeoperasikan alat SensoQuest Lab Cycler Spin
dan dapat mengetahui gambaran DNA hasil elektroforesis pada gel agarose.

1.3 Manfaat Praktikum

Adapun manfaat praktikum ini yaitu :

1. Dapat mengetahui prinsip kerja PCR.
2. Dapat mengetahui teknik dasar PCR.
3. Dapat mengetahui gambar DNA hasil elektroforesis pada gel agarose .
4. Dapat mengoperasikan alat SensoQuest Lab cycler Spin.
5. Dapat membedakan PCR dan Elektroforesis.

9
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
PCR adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara invitro yang melibatkan
beberapa tahap yang berulang (siklus) serta terjadi duplikasi jumlah targetDNA untai ganda
pada setiap siklusnya. Komponen-komponen yang diperlukanpada proses PCR adalah
template DNA, sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan
nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA template, dNTPs
(Deocynucleotide trifosfat) buffer PCR, magnesiumklorida (MgCl2) dan enzim polymerase
DNA (Yustinadewi, 2018).

PCR digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal, bagian gen, atau urutan non-kode
DNA. PCR akan membuat sekitar 40 milyar salinan dari DNA cetakan. Kebanyakan metode
PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA sampai 10 kilo pasang basa (kb), meskipun
beberapa teknik dapat mengamplifikasi fragmen berukuran sampai 40 kb (Lisdiyanti, 2019).

PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan
pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA
template (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan
hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal
primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP, dan
dTTP) dan buffer yang sesuai (Mahardika, 2020).

PCR dapat digunakan sebagai alternatif metode konvensional untuk mendeteksi

mikroba dalam pangan, air dan sampel lingkungan karena waktu pengujianyang cepat dengan
hasil yang lebih sensitive dan spesifik. Tahap pengujian PCR umumnya terdiri dari isolasi
DNA, denaturasi DNA menjadi untai tunggal, annealing primer sekuens spesifik dan
penyambungan siklus polymerase 25-40. Hasil PCR adalah produk berupa 50-10000 bp
bagian spesifik genome yang dapat dianalisis dengan elektroforesis gel atau sekuensing DNA
(Irmawati, 2020).

Pemilihan suhu pada proses PCR sangat penting karena suhu merupakan salah satu
faktor yang menentukan keberhasilan suatu PCR. Dalam hal ini suhu berkaitan dengan proses
denaturasi DNA templat, annealing dan ekstensi primer. Suhu denaturasi DNA templat
berkisar antara 91-95˚C, ini semua tergantung pada panjang DNA templat yang digunakan

10
dan juga pada panjang fragmen DNA target. Suhu denaturasi yang terlalu tinggi akan
menurunkan aktivitas polymerase DNA yang akan berdampak pada efisiensi PCR. Pada
umunya suhu denaturasi yang digunakan adalah94˚C (Suryo, 2020).

Elektroforesis adalah metode pemisahan atau analisis fisika berdasarkan migrasi

partikel bermuatan yang terlarut atau terdispersi dalam larutan elektrolit dengan bantuan
medan listrik, terdapat fase diam yaitu kertas dan fase gerak yaitu partikel bermuatan yang
terlarut di antaranya adalah ion kompleks 90Y dan 90Sr. Akibat diberi beda potensial, fase
gerak akan berpindah sepanjang medium yang kontinyu kea rah elektroda yang sesuai.
Pemisahan terjadi akibat ketidak homogenan atau gradasi konsentrasi sepanjang system
pemisahan (Seprianto, 2017).

Teknik elektroforesis digunakan untuk memisahkan dan mempurifikasi

makromolekul. Makromolekul yang dijadikan objek elektroforesis adalah protein danasam
nukleat yang memiliki perbedaan ukuran, kadar ion, dan molekul-molekul penyusunnya.
Molekul-molekul tersebut diletakkan di dalam medan listrik sehingga akan bermigrasi karena
adanya perbedaan muatan. Molekul protein dan asam nukleatyang bermuatan negative akan
bergerak dari kutub negative menuju kutub positif darigel elektroforesis (Binur, 2016).

Gel DNA elektroforesis adalah teknik biologis eskperimental penting dan sekuensing
DNA. Gel elektroforesis terdiri dari pemecahan molekul menjadi fragmen oleh aksi enzim
tertentu. Fragmen ini tersebar di media poliakrilamida atau gel agarosedimana medan listrik
diterapkan. Masing-masing fragmen memiliki muatan listrik yang berbeda dan berat molekul,
menyebabkan mereka harus bermigrasi pada tingkatyang berbeda melalui gel (Nasir, 2019).

Elektroforesis terdiri dari beberapa komponen utama dalam penggunaanya. Yang

pertama adalah larutan elektrolit yang berfungsi sebagai pembawa komponen Umumnya
berupa larutan buffer dengan pH tertentu sesuai dengan karakteristik senyawa yang akan
dipisahkan Berikutnya media pemisah merupakan tempat proses pemisahan terjadi. Media
pemisah ini berupa kertas (selulosa asetat, selulosa nitrat), gel kanji, gel poliakrilamid, busa
poliuretan atau agar-agar. Selanjutnya yang paling penting adalah elektroda yang berfungsi
sebagai penghubung arus listrik dengan mediapenisah dan baterai atau arus listrik sebagai
sumber energi (source) pada rangkaian alat. (Harahap, 2018).

Komponen elektroforesis yaitu sisur (comb), tray, chamber, mikropipet dan sumber
arus litrik atau power supply Sisir berfungsi untuk membuat well (sumuran) pada gel agarosa.
Sumuran tersebut nantinya akan ditempat fragmen DNA. Troy berfungsi sebagai cetakan gel
11
agarosa supaaya memadat Chamber digunakan sebagai wadah tempat elektroforesis
Berikutnya mikropipet 2-20 µL memiliki fungsi untuk memasukan DNA sampel ke dalam
sumuran dan power supply untuk memasok arus listrik saat elektroforesis (Russel, 2016).

12
 BAB III
METODE KERJA
3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum Bioteknologi Laut dengan judul “Polymerse Chain Reaction dan

Elektroforesis” dilaksanakan pada hari Sabtu, 28 Oktober 2023, pukul 12.00 – 14.00 WIB yang
bertempat di Laboratorium Kimia Laut dan Bioteknologi Laut, Fakultas Kelautan dan
Perikanan, Universitas Syiah Kuala.

3.2 Alat dan Bahan

Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini yaitu :
Tabel 3.1 Alat
No Alat Jumlah Fungsi
1. PCR Tube 2 unit Untuk menyimpan sampel.
2. Mikropipet 1 unit Untuk pengambilan larutan.
3. Cool Rack 1 unit Untuk mendinginkan.
4. Tip Mikropipet 1 unit Untuk mengambil larutan ukuran
mikro.
5. Microtube 1.5 ml 2 unit Untuk menyimpan sampel.

6. SensoQuest Lab cycler 1 unit Untuk menghomogenkan sample.

Spin
7. Vortex 1 unit Untuk mencampurkan larutan.
8. Tisu 1 unit Untuk mengelap peralatan.
9. Spin 1 unit Untuk mengontrol penggunaan
daya.

Tabel 3.2 Bahan

No Bahan Jumlah Fungsi

1. Red Master Mix 37,5 μL Sebagai peningkat hasil.

Lanjutan Tabel 3.2 Bahan

2. Primer Forward 3 μL Sebagai pembatasan fragmen

DNA.

13
 3. Primer Reverse 3 μL Sebagai pembatas fragmen DNA.
4. Ddh2o (steril) 25,5 μL Sebagai menjaga DNA
penyimpan.
5. TAE Buffer 60 ml Untuk meneruskan arus listrik
oleh fragmen DNA yang berada
pada gel agarose.
6. Agarose 1,2 gr Untuk analisis molekul DNA,
RNA dan molekuk protein.

3.3 Cara Kerja

3.3.1 PCR (Polymerase Chain Reaction)

Dibersihkan meja kerja menggunakan etanol teknis 70%. Diisi form pemakaian alat
yang tertempel didekat alat PCR. Diisi form PCR yang telah tersedia.Dikeluarkan sampel
hasil ekstraksi yang akan di analisis. Disiapkan reagen berupa

Red Master Mix, Primer Reverse, Primer Forward, DDH20 dengan takaran sesuai yang
tertulis di form. Dipastikan meletakkan tube reagen didalam Cooler rack agar suhu dingin
tetap terjaga. Diberi label pada tube PCR sesuai dengan label ekstraksi. Setelah memasukkan
semua komposisi, set program PCR sesuai dengan sampel yang akan dianalisis. Di
Runningkan alat PCR. Setelah selesai pengerjaan, pastikan meletakkan reagen kembali ke
freezer. Diletakkan kembali pipet dan rak tip kembali ke raknya. Distandarisasi pipet dengan
mengembalikan ke angka 0. Dibersihkan mejakerja dengan etanol teknis 70%.

3.3.2 Elektroforesis

Dibersihkan meja kerja menggunakan ethanol teknis 70%. Disiapkan cetakkanagar dan
letakkan sisir agar untuk membuat sumur yang nantinya akan diletakkan hasil dari PCR.
Kemudian campurkan TBE 1X dengan agarose kedalam Erlenmeyer. Setelah dicampurkan,
masukkan Erlenmeyer kedalam microwave sampai agarose larut. Diangkat Erlenmeyer dari
microwave menggunakan glove karet dan masukan
Red Stain sebanyak 2 µL dan aduk hingga merata. Setelah diaduk, tuangkan secara
perlahan kedalam cetakan agar. Jika dibagian sisir terdapat gelembung, pinggirkan
gelombung tersebut. Tinggalkan selama kurang lebih 25 menit pada suhu ruangan. Dicabut
sisir dari agar yang sudah keras dan masukan agar tersebut kedalam tank elektroforesis. Pada

14
bagian awal agar, masukan ladder sebanyak 2 µL. Kemudian aturtegangan 100 volt waktu
selama 30 menit. Kemudian tekan run dan tunggu. Setelah seleasai, agar tersebut dimasukan
kedalam Gel Doc dan tutup pintu box. Nyalakan lampu UV. Pengaturan dikendalikan oleh
Software UVITEC Fire Reader V10 yang sudah terinstal didalam komputer.

15
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pengamatan
Berikut adalah hasil pengamatan dari praktikum yang telah dilakukan:
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan
No Sampel ID Amplification Hasil

1. KT-05 01 + (Positif) Ada Bent DNA.

2. KT-03 02 - (Negatif) Tidak ada Bent DNA.
3. Kontrol Negatif - (Negatif) Tida Ada Band DNA

Gambar 1. Hasil Elektroforesis

4.2 Pembahasan
PCR merupakan singkatan dari Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik biologi
molekuler untuk memperbanyak salinan suatu daerah rantai DNA yang spesifik. teknik PCR
juga membutuhkan sebuah Enzim DNA polymerase yang bertugas untuk membuat kopian
strand DNA baru dengan menggunakan stand DNA yang sudah ada sebagai template. DNA
polimerase yang biasanya digunakan pada teknik proses PCR disebut dengan Taq
polymerase, yaitu enzim DNA polimerase stabil yang berhasil diisolasi dari bakteri
termofilik ekstrem Thermus aquaticus yang hidup pada dinding geyser vulkanik. Sifatnya
yang thermostabil membuat Taq polymerase ideal untuk digunakan pada tahap pemisahan
(denaturasi) template DNA.
Komponen-komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat DNA,sepasang

16
primer yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang
komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat. Proses PCR melibatkan beberapa
tahap yaitu pra-denaturasi DNA templat, denaturasi DNA templat, penempelan primer pada
templat (annealing), pemanjangan primer (extension) dan pemantapan (postextension).
Tahap denaturasi dan pemanjangan primer merupakan tahapan berulang (siklus), dimana
pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.
Elektroforesis adalah teknik laboratorium untuk memisahkan molekul bermuatan “Gel”
merujuk pada matriks yang digunakan untuk memisahkan molekulnya. Gel elektroforesis
digunakan dalam forensic, biologi molekuler, genetika, mikrobiologi dan biokimia.
Elektroforesis gel memisahkan asam deoksiribonukleat, asam ribonukleat, dan protein
melalui muatan listrik. Metode ini biasanya digunakan untuk tujuan analitik, tetapi dapat
digunakan sebagai teknik preparasi untuk memurnikan molekul sebelum menggunakan
metode lain untuk karakterisasi lanjut seperti spektrometri massa, PCR, kloning, pengurutan
DNA , dan imonubloting.
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan,
mengidentifikasi, mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNA/RNA. Elektroforesis
DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran (berat
molekul) dan struktur fisik molekulnya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam
medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anoda). Makin besar
ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya.Berat molekul suatu fragmen DNA dapat
diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasifragmen-fragmen
molekul DNA standar (DNA ladder) yang telah diketahui ukurannya. Visulisasi DNA
selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultra violet setelah terlebih dahulu direndam di
dalam larutan EtBr sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet.
Dalam satu tube reaksi PCR harus mengandung beberapa komponen, yaitu DNA
template (sampel hasil ekstraksi) dan komponen campuran, sehingga dalam satutube volume
total yang dibutuhkan adalah 25 μL. Komponen-komponen campuran tersebut antara lain
Red Master Mix 37,5 μL, Primer F 3 μL, Primer R 3 μL, dan Ddh2O 25,5 μL. Komponen
Ddh2O merupakan air steril atau air yang bebas molekul.
Dalam mengerjakan reaksi PCR, selain sampel juga dibutuhkan suatu DNA control
positif dan DNA control negatif. DNA control positif merupakan suatu DNA template yang
sebelumnya telah berhasil dikerjakan dalam reaksi PCR, sedangkan DNA control negatif
merupakan hasil ekstraksi yang tidak mengandung sampel yang digunakan untuk mengetahui
adanya kontaminan antar sampel.
17
 Pada praktikum kali ini digunakan sebanyak 2 primer yang didesain mengapit daerah
DNA yang akan diperbanyak. Setelah primer berikatan dengan DNA templat, untai tunggal
DNA akan diperpanjang oleh enzim DNA polimerase dan daerah yang diapit akan terkopi.
Larutan Tris-HCl berfungsi sebagai penjaga kestabilan pH dengankondisi pH yang optimum.
Pemurnian DNA dengan silika menjadi bahan alternatif dalam metode isolasi DNA yang
efisien dan efektif. Hasil dari praktikum ini pada, KT-05_01 Amplification (+) Positif,Ada
Band DNA, dan pada KT-03_02 Amplification (-) Negatif, Tidak ada Band DNA, dan
Kontrol Negatif (-) Negatif, Tidak Ada Band DNA.

18
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu pra-denaturasi DNA templat,

denaturasi DNA templat, penempelan primer pada templat (annealing),
pemanjangan primer (extension) dan pemantapan (postextension).
2. Elektroforesis gel memisahkan asam deoksiribonukleat, asam ribonukleat, dan
protein melalui muatan listrik.
3. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer forward dan
reverse dari gen Cytochrome Oxidase sub unit 1 (CO1) untuk amplifikasi
sampel produk ekstraksi.
4. Komponen Ddh2O merupakan air steril atau air yang bebas molekul.
5. .Hasil dari praktikum ini pada, KT-05_01 Amplification (+) Positif, Ada Band
DNA, dan pada KT-03_02 Amplification (-) Negatif, Tidak ada Band DNA, dan
Kontrol Negatif (-) Negatif, Tidak Ada Band DNA.

5.2 Saran

Semoga praktikum kedepannya berjalan dengan lancar sampai praktikum selesai dan
mendapatkan nilai yang bagus.

19
 DAFTAR PUSTAKA

Binur, Robi. 2016. Panduan Praktikum Biologi Molekuler. Jurusan Biologi FMIPA
UNIPA. Manokwari.

Fatchiyah, E.L., Arumingtyas S., Widyarti, & Rahayu, S. 2019. Biologi molekuler
prinsip dasar analisis. Jakarta: Penerbit Erlangga.

Harahap, Muhammad Ridwan. 2018. Elektroforesis. Analisis Elektronika Terhadap

BiokimiaGenetika CIRCUIT. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, Vol.2,
No.1. hal 21-26.
Hartati. 2018. Penuntun Praktikum Genetika. Jurusan Biologi FMIPA UNM.
Makassar.

Irmawati. 2020. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi Pertama
Pada Stok Hatchery. Thesis. Bogor: IPB.

Lisdiyanti. 2019. Polymerase Chain Reaction. Warta Biotek. Bogor.

Mahardika, I. G. Ngurah K. 2020. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction.

Penerbit Andi. Yogyakarta.

Muladno. 2015. Teknologi Rekayasa Genetika. IPB Press. Bogor.

Nasir, M. 2019. Bioteknologi Potensi dan Keberhasilannya Dalam Bidang Pertanian.

PT. Raja Grafindo Persada. Jakarta.

Ricardson. 2016. Gel Electrophoresis. Principles and Basics. Croatia InTech

Publisher. Rijeka.

Russell, PJ.2016. Fundamentals of genetics. Harper Collins College Publishers. New

York.
Seprianti, Naroeni. 2017. Penuntun Praktikum Instrumentasi Bioteknologi. Jember
University Press. Jember.

Suryo. 2020. Genetika untuk Strata 1. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta.

Weissensteiner T, Griffin HG, Griffin A. 2018. PCR Technology Current Innovations.

Ed ke-2. Boca Raton, Florida: CRC Press LLC.

20
Yustinadewi. 2018. Diagnostik Molekular. Teknologi Laboratorium Kesehatan
(TLK). Fakultas Farmasi Universitas Hasanuddin. Makassar.

21
 LAMPIRAN

Lampiran 1. Dokumentasi

Gambar 1. Red Master Mix Gambar 2. Ddh2O (Steril)

Gambar 3. Inkubatorr Gambar 4. Sampel Fish R2

Gambar 5. Sampel Fish F2 Gambar 6.Hasil Akhir PCR DNA

22