Laporan praktikum bioteknologi laut

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN

ELEKTROFORESIS

Oleh :

Muhammad Ivandi Rafiqi

2011101010137

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
DARUSSALAM, BANDA ACEH
NOVEMBER, 2023
 LEMBAR PENGESAHAN

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN ELEKTROFORESIS

Oleh

Nama : Muhammad Ivandi Rafiqi

NIM : 2011101010137
Program Studi : Ilmu Kelautan

Disetujui:

Asisten Koordinator Asisten

Adinda Luthfiah Nanda Ulfa Khaira

1911101010126 1811101010040

i
 ABSTRAK

Telah dilakukan percobaan praktikum bioteknologi laut dengan judul “Polymerase Chain
Reaction (PCR) dan Elektroforesis”. PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa
tahap yang berulang (siklus) dan pada siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda.
Tujuan dilakukannya praktikum ini adalah agar mahasiswa dapat mengetahui prinsip kerja
PCR, memahami teknik dasar PCR, dapat mengoperasikan SensoQuest Lab cycler spin dan
mahasiswa dapat mengetahui gambaran DNA hasil elektroforesis pada gel agarose. Manfaat
yang didapatkan selelah melakukan praktikum ini ialah dapat memahami bagaimana proses
dari teknik PCR, dapat mengoperasikan alat-alat yang digunakan dalam teknik PCR dan
dapat mengetahui hasil DNA yang didapatkan setelah melakukan proses elektroforesis.
Metode yang digunakan dalam praktikum ini ialah metode amplifikasi DNA. Amplifikasi
DNA adalah proses peningkatan jumlah salinan DNA dalam sampel sehingga DNA yang ada
menjadi lebih banyak. Hasil yang didapat pada praktikum kali ini adalah dengan sampel ID
KT03-02 tidak ada band DNA, sampel KT05-01 ada band DNA, kontrol negative tidak ada
sampel terkontaminasi, pada ladder didapat hasi amplifikasi positif.

Kata Kunci : PCR, Elekroforesis, DNA, amplifikasi, siklus

ii
 KATA PENGANTAR

Dengan mengucapkan puji syukur kepada Allah SWT atas Rahmat dan Hidayah-Nya
penulis dapat menyelesaikan praktikum Bioteknologi Laut berikut penyusunan laporan
praktikum Bioteknologi Laut berjalan dengan lancar. Sholawat dan salam semoga tetap
tercurahkan kepada Nabi Muhammad SAW yang selalu berpesan kepada umatnya untuk
selalu menuntut ilmu dimana pun dan kapan pun.
Laporan ini disusun sebagai salah satu syarat yang harus dipenuhi oleh praktikan yang
telah melakukan praktikum. Tak luput saya mengucapkan terima kasih kepada kedua orang
tua saya yang selalu mendorong dan membimbing saya sehingga bisa menjalankan
perkuliahan dengan lacar. Dan terima kasih kepada dosen dan asisten laboraturium yang
tekah memberikan pemahaman dan penjelasan tentang praktikum yang berjudul
“Polymerase Chain Reaction (PCR) Dan Elektroforesis” . Serta terima kasih kepada rekan
rekan yang selalu memberikan saya dukungan.

Saya menyadari dalam penyusunan laporan ini masih banyak kekurangan. Oleh
karena itu saya mengharapkan banyak saran dan kritik yang membangun agar menjadi acuan
bagi saya dalam menyusun laporan berikutnya. Semoga amal baik Bapak/Ibu, kakak dan
teman mendapat balasan yang setimpal dari Allah SWT. Dan semoga laporan ini dapat
bermanfaat secara umum bagi para pembaca terkhusus saya sendiri. Aamiin.

Banda Aceh, November 2023

Penulis

iii
 DAFTAR ISI
Halaman

PENGESAHAN............................................................................................................i
ABSTRAK...................................................................................................................ii
KATA PENGANTAR...............................................................................................iii
DAFTAR ISI..............................................................................................................iv
DAFTAR TABEL.......................................................................................................v
DAFTAR LAMPIRAN..............................................................................................vi

BAB I PENDAHULUAN............................................................................................1
1.1 Latar Belakang..........................................................................................................1
1.2 Tujuan ......................................................................................................................2
1.3 Manfaat ....................................................................................................................2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA................................................................................3

2.1 PCR ..........................................................................................................................4
2.2 Elektroforesis............................................................................................................5

BAB III METODE PENELITIAN............................................................................6

3.1 Waktu dan Tempat ...................................................................................................6
3.2 Alat dan Bahan..........................................................................................................6
3.3 Cara Kerja.................................................................................................................7

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN....................................................................9

4.1 Hasil Pengamatan......................................................................................................9
4.2 Pembahasan ..............................................................................................................9

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN....................................................................12

5.1 Kesimpulan.............................................................................................................12
5.2 Saran........................................................................................................................12

DAFTAR PUSTAKA................................................................................................13

LAMPIRAN...............................................................................................................15

iv
 DAFTAR TABEL

Halaman
Tabel 3.1 Alat Praktikum..............................................................................................6
Tabel 3.2 Bahan Praktikum …......................................................................................7
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan …....................................................................................9

v
 DAFTAR LAMPIRAN

Halaman
Lampiran 1. Dokumentasi .........................................................................................15

vi
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dengan penemuan struktur DNA dan perkembangan ilmu pengetahuan tentang DNA,
muncul istilah bioteknologi modern. Bioteknologi modern adalah jenis bioteknologi yang
didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Dalam bioteknologi ini, gen-gen spesifik
dimodifikasi dan dipindahkan ke berbagai jenis organisme, seperti bakteri, hewan dan
tumbuhan. Salah satu teknik yang digunakan dalam bioteknologi ini adalah Polymerase
Chain Reaction (PCR), yang memungkinkan amplifikasi atau penggandaan segmen DNA
dalam jumlah besar hanya dalam beberapa jam. Proses PCR melibatkan beberapa komponen
utama seperti cetakan DNA, primer oligonukleotida, deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP),
enzim DNA polinerase, dan berbagai komponen pendukung seperti senyawa buffer (Yanti
dan Sister, 2019).
Pada proses PCR menggunakan alat Termosiklus. Alat ini memiliki kemampuan
untuk memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi serta mengatur temperature untuk
setiap tahapan reaksi. Terdapar tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu sebanyak
dalam 30-4 kali dalam proses PCR yang berlangsung dengan cepat yaitu denaturasi,
annelingdan pemanjangan untaian DNA. Hasil dari PCR dapat diidentifikasi berdasarkan
ukuran fragmen DNAnya dengan menggunakan elektroforesis pada gel agarose. Metode PCR
memiliki berbagai aplikasi, diantaranya proyek genom manusia, diagnosis penyakit genetik,
analisis filogenetik dan lain-lain (Sumarlin et. al, 2020).
Setiap tahap PCR yang terjadi adalah tahap denaturasi selama tahap
denaturasi campuran yang mengandung DNA template dan semua bahan inti lainnya
dipanaskan untuk 94-95 C.⁰ Suhu tinggi menyebabkan ikatan hidrogen antara basa di dua
untai DNA template akan putus dan terpisah menjadi dua helai. Hal ini menyebabkan dua
untai tunggal DNA,yang akan bertindak sebagai template untuk produksi untai baru DNA.
Penting bahwa suhu dipertahankan pada tahap ini cukup lama untuk memastikan bahwa
untai DNA telah dipisahkan sepenuhnya. Tahap ini biasanya membutuhkan waktu antara 15-
30 detik. Tahap kedua yaitu tahap annealing, selama tahap ini reaksi didinginkan sampai 50-
65 C. Hal ini memungkinkan primer untuk menempel ke lokasi tertentu pada DNA template
untai tunggaldengan cara ikatan hidrogen atau suhu yang tepat tergantung pada suhu leleh
primer (meltingpoint) yang digunakan. Primer adalah untaian tunggal DNA atau RNA

1
dengan panjang sekitar20 sampai 30 nukleotida. Primer dirancang untuk menjadi pelengkap
di urutan pendek DNA pada setiap akhir urutan yang akan disalin. Primer berfungsi sebagai
titik awal untuk sintesis DNA (Dian et. al, 2015).
Prinsip dasar elektroforesis adalah pergerakan molekul bermuatan atau ion melalui
medium semisolid di bawah pengaruh suatu medan listrik. Elektroforesis dapat digunakan
untuk mengetahui ukuran DNA dengan menggunakan DNA marker yang sudah diketahui
ukurannya. DNA marker ini berfungsi sebagai pembanding sehingga bisa diketahui perkiraan
ukuran DNA sampel. Jika molekul yang bermuatan negatif (DNA) dilewatkan melalui gel
agarosa, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya,
maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif, sehingga
elektroforesis dapat memisahkan DNA berdasarkan ukuran panjangnya (Mohini dan
Deshpande. 2019).
Proses elektroforesis menggunakan gel agarose 1%. Pembuatan gel dilakukan dengan
cara menimbang agaros sebanyak 0,3 g dimasukkan ke dalam erlenmeyer, kemudian
ditambahkan 30 mL Tris-Boric EDTA (TBE) 1x. Dipanaskan sampai larutan menjadi bening,
kemudian ditambahkan 3 µL nucleic acid gel stain, selanjutnya dicetak pada pencetak gel
menggunakan sisir pembentuk sumur gel. Elektroforesis dijalankan pada voltase 100 volt
selama ± 30 menit. Visualisasi pita DNA hasil elektroforesis dilakukan dengan geldoc (A C
Lo, S R Feldman, 2018).

1.2 Tujuan
Tujuan dari praktikum ini agar mahasiswa dapat mengetahui prinsip kerja PCR,
memahami teknik dasar PCR, dapat mengoperasikan alat SensoQuest lab cycler spin, dan
mahasiswa mengetahui gambaran DNA hasil ekektroforesis pada gel agarose.

1.3 Manfaat
Adapun manfaat yang didapatkan pada praktikum ini
1. Mahasiswa dapat mengetahui tahapan apa saja yang dilakukan dalam prinsip kerja
PCR.
2. Mahasiswa dapat mengetahui dan mengoperasikan alat yang digunakan dalam
praktikum ini.
3. Mahasiswa dapat mengetahui bagaimana cara pembuatan gel agarose.
4. Mahasiswa dapat mengetahui bagaimana cara dan kegunaan dari alat
elektroforesis

2
5. Mahasiswa dapat mengetahui hasil dari DNA yang di dapatkan setelah melakukan
tahapan praktikum.

3
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 PCR (Polymerase chain reaction)

PCR merupakan teknik perbanyakan DNA target secara in vitro. Komponen PCR
terdiri dari: DNA template, yaitu fragmen yang akan dilipatgandakan; Oligonukleotida
primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 nukleotida) yang digunakan untuk
mengawali sintesis rantai DNA; deoksiribinukleotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP,
dCTP, dGTP, dTTP; dan enzim DNA polymerase. Amplifikasi gen COI
(Cytochrome c Oxidase Subunit I) menggunakan primer forward FishF2_t1 dan primer
reverse FishR2_t1. Hasil PCR dan elektroforesis menunjukan adanya pita DNA pada
masing-masing lintasan sampel DNA Pari Hiu yang teramati pada posisi panjang
amplikon sekitar 600-700 bp dengan menggunakan ukuran 1 kb DNA laddersebagai
pembanding (Aisyah dan Artur, 2021).
Polymerase Chain Reaction, PCR adalah suatu metode enzimatis untuk
menggandakan amplifikasi DNA dalam laboratorium. PCR ini pertama kali dikembangkan
pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis pada tahun 1985. Dalam PCR, DNA dapat diperbanyak
menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens
oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan
dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan pada
PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA
polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus aquaticus.
Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’ primer ketika proses
pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi polymerase ( Zuhriana, 2017).
Pada proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum enzim Taq polimerase
ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan DNA
untai ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung sekitar 3 menit, untuk
meyakinkan bahwa molekul DNA terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang
tidak lengkap mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA untai ganda
lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses PCR. Adapun waktu denaturasi
yang terlalu lama dapat mengurangi aktifitas enzim Taq polymerase. Aktifitas enzim tersebut

4
 mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5 menit masing-masing pada
suhu 92,5; 95 dan 97,5°C (Yuwono dan Tribowo, 2016).
Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang baik adalah bahwa
primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk kedua
primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-masing primer itu sendiri juga
sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal ini akan mengakibatkan terbentuknya
struktur sekunder pada primer tersebut dan mengurangi efisiensi PCR. Waktu annealing yang
biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik. Semakin panjang ukuran primer, semakin
tinggi temperaturnya. Kisaran temperatur penempelan yang digunakan adalah antara 36°C
sampai dengan 72°C, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60°C (Nasir,
2022).
PCR memiliki keunggulan yang sangat tinggi karena spesifik, efisiensi dan akurat.
Keunggulan spesifikitas PCR terletak pada kemampuannya menggandakan DNA dalam
banyak siklus. Tingkat akurasi yang tinggi diperoleh karena DNA polymerase mampu
menghindari kesalahan saat menggandakan produk. Salah satu masalah yang terkait dengan
PCR yaitu biayanya yang masih tinggi. Namun, metode PCR memiliki kelebihan lain yaitu
mampu menggandakan fragmen DNA sebesar 200.000 kali setelah 20 siklus reaksi selama
220 menit. Reaksi ini menggunakan jumlah komponen yang sangat sedikit, seperti DNA
cetakan yang diperlukan hanya sekitar 5 mikrogram dan oligonukleotida sekitar 1 mM dari
reaksi ini biasa dilakukan dalam volume 50-100 ul. DNA cetakan yang digunakan juga tidak
perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR dapat digunakan untuk
melipatgandakan suatu sekuen DNA dalam genom bakteri hanya dengan mencampukan
kultur bakteri di dalam tabung PCR (Mahardika, 2015).
2.2 Elektroforesis

Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan
molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia
dari molekul. Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan
listrik yang dikandung oleh makro-molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu
medium penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen-komponen protein
tersebut akan mulai bermigrasi (Rianta, 2021).
Teknik elektroforesis dapat dibedakan menjadi dua cara, yaitu : elektroforesis larutan
(moving boundary electrophoresis) dan elektroforesis daerah (zone electrophoresis). Pada

5
teknik elektroforesis larutan, larutan penyangga yang mengandung makro-molekul
ditempatkan dalam suatu kamar tertutup dan dialiri arus listrik. Kecepatan migrasi dari
makromolekul diukur dengan jalan melihat terjadinya pemisahan dari molekul (terlihat
seperti pita) di dalam pelarut. Sedangkan teknik elektroforesis daerah adalah menggunakan
suatu bahan padat yang berfungsi sebagai media penunjang yang berisi (diberi) larutan
penyangga (Faith, 2019).
Media penunjang yang biasa dipakai adalah gel agarose, gel pati, gel poliakrilamida
dan kertas sellulose poliasetat. Elektroforesis daerah disebut sebagai elektroforesis gel
dengan dua buah model yaitu horizontal dan vertikal. Metode yang biasa digunakan adalah
model horizontal, karena mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang digunakan
sangat sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu dapat menghasilkan
pemisahan yang lebih baik (Diah, 2013).

6
 BAB III
METODE PENELITIAN

3.1 Waktu dan tempat

Praktikum ini dilakukan pada hari sabtu tanggal 28 oktober 2023 di Laboratorium
Kimia dan Bioteknologi Laut, Fakultas Kelautan dan Perikanan, Universitas Syiah Kuala
pada pukul 14.00 – 16.00 WIB. Sampel daging ikan di peroleh dari laboratorium Genbio
fakultas kelautan dan perikanan.

3.2 Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah:

Tabel 3.1 Alat praktikum

No Nama alat Jumlah Fungsi

1 Kray 1 unit Untuk mengetahui dna
2 Cool rack 1 unit Untuk meletakkan tube sampel
3 Mikrotube 1,5 ml Secukuupnya Untuk meletakkan sampel uji
4 PCR tube Secukupnya Untuk meletakkan sampel uji
5 Micropipette 1 unit Untuk mengambil larutan
dalam jumlah kecil
6 Tip mikropipet Secukupnya Untuk mengambil larutan
dengan jumlah sedikit
7 Vortex 1 unit Untuk menghomogenkan
larutan
8 sensoQuest lab 1 unit Untuk mengetahui DNA
cycler spin
9 Spin 1 unit Untuk menghomogenkan
larutan
10 Tissue Secukupnya Untuk membersihkan alat dan
bahan
11 Microwave 1 unit Untuk memanaskan larutan
12 Elektroforesis 1 unit Untuk mengidentifikasi DNA
13 Parafilm Secukupnya Untuk mengisi form
14 GelDoc UVITEC 1 unit Untuk mengetahui band

7
 15 Gelas ukur 1 unit Untuk mengambil larutan
16 Gloves Sepasang Untuk melindungi tangan dari
bahan yang berbahaya
17 Cetakan agarose 1 unit Untuk membuat sumur media
dan sisir

Adapun bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah:

Tabel 3.2 bahan praktikum

No Nama bahan jumlah Fungsi

1 Ethanol 96%
2 Ethanol 70%
3 Red master mix
4 Primer forward
5 Primer reverse
6 Ddh2o
7 Produk ekstraksi
8 Red stain
9 TAE buffer
10 Produk PCR
11 Agarose
12 Ladder
Secukupnya Untuk mengawetkan sampel
daging ikan
Secukupnya Untuk mensterilkan alat dan meja
37,5 µl Digunakan sebagai reagen
6 µl Digunakan sebagai reagen
6 µl Digunakan sebagai reagen
25,5 µl Digunakan sebagai reagen
Secukupnya Sampel yang akan di uji
Secukupnya Digunakan sebagai reagen
60 ml Digunakan sebagai reagen
Secukupnya Sampel yang akan di uji
1,2 gram Sebagai media sampel uni
Secukupnya Untuk mengetahui kadar positif
dan negative pada sampel

3.3 Cara Kerja

3.3.1 PCR (Polymerase chain reaction)
Disiapkan reagen Red Master Mix sebanyak 37,5 µl. Primer Forward (CO1 Fish F2 6
µl), Primer Reserve (CO1 Fish R2 6 µl), Ddh20 sebanyak 25,5 µl, yang sudah diencerkan.
Setelah itu disentifus selama 15 detik lalu divortex agar tercampur dan masukkan ke dalam
tube PCR. Untuk menentukan komposisi dalam satu tube PCR dimasukkan 25 µl semua
reagen. Setelah itu dimasukkan kedua µl sampel PCR. Untuk reagen kontrol negatif hanya
dimasukkan reagen. Di vortex selama 15 detik, di sentrifus selama 15 detik, lalu dimasukkan

8
ke mesin PCR. Dengan menekan settingan file, tekan edit lalu klik pilih kakaktua, tekan show
lalu klik edit, steps, pilih temperature dan grad. Atur penaturasi 2 menit, denaturasi 45 menit,
annealing 45 menit, extension 1 menit dan final extension 1 menit. Pada Annealing dengan
suhu 56 derajat celcius. Lalu ditutup penutup PCR tekan enter dan save, kemudian close.
Setelah ity dipastikan kembali settingan alat PCR sesuai dengan ketentuan. Tekan run dan
biasanya dengan waktu 1 jam 45 menit. Dalam satu kali PCR dilakukan 30 kali pengulangan.
Kemudian amati hasilnya di komputer.

3.3.2 Elektroforesis
Disterilkan sumur, sisir dan pencetak agarose menggunakan TAE Buffer yang
diencerkan. Ditimbang dengan kertas bubuk agarose sebnayak 1,2 gr lalu diambil bubuk yang
sudah ditimbang dan masukkan ke gelas kimia serta ditambahkan 60 ml TAE Buffer dengan
gelaas ukur, lalu di campurkan ke dalam gelas kimia dan dihomogenkan. Setelah itu
dimasukkan ke dalam oven dengan suhu 100 derajar celcius selama 3 menit. Dikeluarkan
dengan memakai sarung tangan dan masukkan Red Stain sebanyak 2 µl menggunakan
mikropipet sambil diputar dan sampai larut. Dimasukkan agar kedalam sumur jangan sampai
ada gelembung dan dipasang sisir pada agar harus dengan posisi rata, kemudian didiamkan
selama 40 menit, masukkan TAE Buffer sebanyak 1.200 ml ke dalam alat elektroforesis.
Kemudian masukkan agar yang sudah mengeras kedalam alat elektroforesis. Dimasukkan 2
µl menggunakan mikropipet ke sumur agarose. Dilubang pertama dimasukkan Ladder, lalu
selang satu lubang. Dilubang ketiga dimasukkan sampel, lalu selang satu lubang. Lubang
selanjutnya dimasukkan kontrol negatif.

3.4 Analisis data

Tidak ada analisa data pada praktikum kali ini.

9
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Adapun hasil yang didapatkan pada praktikum ini adalah:
Tabel 4.1 hasil pengamatan
No Sampel ID Amplification Comment
1 KT03-02 + Tidak ada band DNA
2 KT05-01 + Ada band DNA
3 Kontrol negative Tidak ada band DNA
4 ladder + ada

4.2 Pembahasan
Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode
enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini pertama kali dikembangkan
pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas DNA pada PCR dapat dicapai bila
menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens
oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan
dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA. Elektroforesis adalah suatu cara analisis
kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam
medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh
bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Pemisahan dilakukan berdasarkan
perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung oleh makro-molekul
tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium penyangga yang telah berisi protein
plasma maka komponen-komponen protein tersebut akan mulai bermigrasi.
Dalam proses elektroforesis, pemilihan buffer (cairan elektroforesis) dengan pH dan
salinitas yang tepat sangat penting untuk memastikan hasil yang akurat dan konsisten. Buffer
elektroforesis digunakan sebagai medium konduktif yang membantu menghantarkan arus
listrik melalui gel agarose atau poliakrilamida dan melibatkan migrasi sampel berdasarkan
muatan listriknya. Salah satu buffer elektroforesis yang umum digunakan adalah Tris-
Borate-EDTA (TBE) dan Tris-Acetate-EDTA (TAE). Kedua jenis buffer ini memiliki pH dan
konsentrasi ion yang cocok untuk banyak aplikasi elektroforesis. Namun, base fair yang tepat
untuk elektroforesis dapat bervariasi tergantung pada jenis sampel yang Anda gunakan

10
(seperti DNA atau protein), ukuran fragmen DNA yang ingin dipisahkan, dan tujuan analisis .
Oleh karena itu, sangat penting untuk mengacu pada protokol eksperimental atau literatur
yang relevan untuk memilih buffer elektroforesis yang paling sesuai dengan kebutuhan
spesifik eksperimen dalam praktikum.
Dalam konteks elektroforesis DNA, istilah "band DNA positif" dan "band DNA
negatif" tidak biasa digunakan. Seringkali, yang dimaksudkan adalah "pita DNA positif" dan
"pita DNA negatif". Namun, jika Anda merujuk pada situasi di mana hasil elektroforesis
menunjukkan pola band yang diberi label positif dan negatif, maka mungkin ada beberapa
penyebab untuk perbedaan ini: Muatan Listrik DNA: Pita DNA Positif: Migrasi DNA pada
gel elektroforesis tergantung pada muatan listriknya. DNA adalah molekul bermuatan negatif
karena gugus fosfat pada strukturnya. Ketika ditempatkan dalam medan listrik, DNA akan
bergerak menuju elektroda positif (anoda). Oleh karena itu, pita DNA yang bergerak ke arah
anoda disebut "pita DNA positif". Pita DNA Negatif: Sebaliknya, DNA yang bergerak ke
arah elektroda negatif (katoda) disebut "pita DNA negatif". Ukuran dan Isyarat DNA: Pita
DNA dapat memiliki ukuran yang berbeda tergantung pada seberapa besar fragmen DNA
yang dipisahkan. Pita DNA positif dan negatif mungkin merujuk pada pita-pita dengan
berbagai ukuran yang dapat diamati pada hasil elektroforesis. Hasil ini dapat memberikan
informasi tentang berbagai ukuran fragmen DNA dalam sampel. Labeling dan Interpretasi
Hasil: Dalam konteks eksperimen tertentu, peneliti dapat memberi label hasil elektroforesis
sebagai "positif" jika ada target atau produk yang diinginkan yang muncul pada lokasi
tertentu pada gel. Sebaliknya, hasil yang tidak menghasilkan produk yang diharapkan dapat
disebut "negatif". Label ini tergantung pada tujuan eksperimen dan konteks spesifiknya.
Ketika hasil elektroforesis menunjukkan adanya band DNA pada jalur kontrol negatif,
ini mengindikasikan adanya kontaminasi atau kesalahan dalam eksperimen. Kontrol negatif
pada dasarnya adalah sampel yang seharusnya tidak mengandung DNA target yang sedang
dipisahkan dalam elektroforesis. Akibatnya, jika band DNA muncul pada jalur kontrol
negatif, beberapa kemungkinan konsekuensi yang dapat diambil meliputi: Kontaminasi
Sampel atau Reagen: Kontaminasi sampel atau reagen adalah penyebab paling umum dari
band DNA pada jalur kontrol negatif. Kontaminasi dapat terjadi selama pengambilan sampel,
persiapan sampel, atau pengolahan reagen. Ini bisa terjadi melalui kontak dengan alat yang
tidak steril, peralatan yang terkontaminasi, atau kesalahan teknis lainnya. Kontaminasi
Silang: Kontaminasi silang dapat terjadi jika sampel DNA lainnya atau produk PCR
(Polymerase Chain Reaction) masuk ke dalam reaksi elektroforesis. Ini mungkin terjadi jika
peralatan, pipet, atau area kerja tidak steril. Kontaminasi Gel atau Buffer: Gel elektroforesis
11
atau buffer elektroforesis yang digunakan dalam eksperimen dapat terkontaminasi,
menyebabkan band DNA pada jalur kontrol negatif. Kesalahan Identifikasi Sampel:
Terkadang, kesalahan dalam identifikasi sampel atau penanda dapat menyebabkan kesalahan
dalam pengisian jalur elektroforesis, yang pada gilirannya dapat menyebabkan band DNA
muncul pada jalur kontrol negatif. Kerusakan atau Pembusukan Bahan Kimia: Kadang-
kadang, bahan kimia yang digunakan dalam eksperimen elektroforesis, seperti buffer
elektroforesis, dapat rusak atau terkontaminasi karena penyimpanan yang tidak tepat, yang
dapat menghasilkan band DNA pada jalur kontrol negatif. Kesalahan Pengolahan Data: Band
DNA pada jalur kontrol negatif mungkin juga hasil dari kesalahan dalam pengolahan data
atau interpretasi hasil elektroforesis. Penting untuk mengidentifikasi penyebab kontaminasi
dan mengambil langkah-langkah pencegahan yang sesuai untuk mencegahnya di masa depan.
Ini termasuk memastikan kebersihan peralatan, menggunakan teknik kerja yang steril,
memeriksa kualitas bahan kimia, dan mengikuti prosedur eksperimental dengan cermat. Pada
praktikum kali ini hasilnya sampel ID KT03-01 tidak ada band DNA, sampel KT05-02 ada
band DNA, kontrol negative tidak ada sampel terkontaminasi, pada ladder didapat hasi
amplifikasi positif.

12
 BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan yang didapatkan pada pratikum ekstraksi DNA adalah:

1. Proses PCR terdiri dari 3 tahapan besar yaitu Denaturasi, Annealing, Polimerisasi.
2. Taq (Thermus aquaticus) polymerase membuat perpanjangan primer dengan
memperbanyak template DNA.
3. Electroforesis gel memisahkan asam deoksiri bonukleat, asam ribonukleat, dan
protein melalui muatan listrik.
4. Elektroforesis dapat memisahkan senyawa yang bermuatan kation atau anion
dengan memanfaatkan medan listrik yang dihasilkan oleh elektroda.
5. Hasil yang didapatkan pada pratikum ini adalah KT 05-01 yang diamplifikasi
menunjukkan hasil positif memiliki konsentrasi yang baik, Sementara itu, sampel
KT 03-02 yang diamplifikasi menunjukkan hasil negatif karena pita atau rantai
DNA yang terlihat sangat samar.
6. Hasil pada kontrol negatif didapatkan hasil negatif yang diketahui bahwa PCR
yang dilakukan tidak terkontaminasi dan hasilnya sesuai dengan DNA yang
diujikan dan Ladder menunjukkan hasil positif dimana terdapat bentuk pita spair.

5.2 Saran

Saran untuk asleb lebih kondusif dan tenang saat menjelaskan materinya, karena
materi pcr dan eletroforesis susah banget kak jadi banyak yg ketinggal kak. Semoga
kedepannya kakak tetap sabar menghadapi kami dan dilancarkan segala urusan kakak
Aamiin. Makasih banyak untuk kak din sudah mempermudah lab terutama kelompok kami
semoga kak din sukses.

13
 DAFTAR PUSTAKA

A C Lo, S R Feldman. 2018. Polymerase Chain Reaction: Basic Concepts and

Clinicalapplications in Dermatology. Journal of the American Academy of
Dermatology. 30 : 250-60.

Aisyah, S. dan Arthur, M. F. 2021. Identifikasi Molekuler Dan Status Konservasi Ikan Pari
Hiu (Rhinidae) Yang Didaratkan Di Pulau Bangka. Journal of Fisheries and Marine
Research Vol.5 (1): 61-69
Diah Artati. 2013. Sensifitas Gel Red Sebagai Pewarna DNA Pada Gel Elektroforesis.
Oseana-LIPI. JAKARTA
Dian, P., Mahardika dan Wartiasih. 2015. Optimalisasi Amplifikasi DNA Menggunakan
Metode PCR (polymerase chain reaction) Pada Ikan Karang Anggota Familli
Pseudochormidae (dottyback) Untuk Identifikasi Secara Mokular. Jurnal biologi
vol.19 (2) : 1-5
Fatih, M. 2019. Isolasi dan digesti DNA kromosom. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi,
10(1): 61-67.

Joshi Mohini, Deshpande. 2019. Polymerase Chain Reaction: Methods, Principles and
Application. International Journal of Biomedical Research Vol. 2 No. 81 97.

Mahardika, I.G. Ngurah K. 2015. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner Vol.4 No. 1.
Bali.
Nasir, M., 2022. Bioteknologi Potensi Dan Keberhasilannya Dalam Bidang Pertanian. PT.
Raja Grafindo Persada. Jakarta.
Rianta pratiwi. 2021. Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana-LIPI, Jakarta.

Sumarlin, C. Y. Moq, Syamsidar G., Muhammad G. H. 2020. Amplifikasi Gen mtDNA CO1
MURAENESOCIDAE Dari Perairan Kota Tarakan Dengan Teknik PCR. Jurnal
Harpodon Borneo Vol. 13. No. 2

Yanti, A dan Sister, S. 2019. Estraksi DNA Total Dari Sumber Jaringan Hewan (Ikan
Kerapu) Menggunakan Metode Kit Animal Tissue. Journal of Science and Applicative
Technology. Vol 3 (1) : 40-45
Yuwono dan Tribowo, 2016. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction, Panduan
Eksperimen PCR untuk Memecahkan Masalah Biologi Terkini. Penerbit Andi,
Yogyakarta.

Zuhriana, K. Y. 2017. Polymerase Chain Reaction (PCR). SAINTEK. Gorontalo

14
 LAMPIRAN

1. Lampiran Dokumentasi

Gambar 2. Mesin PCR Gambar 3. Alat Elektroforesis

Gambar 4. Sumur agarose Gambar 5. Menghomogenkan bubuk

agarose

Gambar 6. Sisir agarose Gambar 7. Reagen Ladder

15
Gambar 8. Petunjuk Ladder Gambar 9. Hasil Gambaran
Elektroforesis

Gambar 10. TAE Buffer Gambar 11. Red Stain

16