PRAKATA................................................................................................................. i
DAFTAR TABEL ..................................................................................................... iii
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................. iv
I. PENDAHULUAN ................................................................................................. 1
A. Latar Belakang .............................................................................................. 1
B. Tujuan ............................................................................................................ 2
II. TINJAUAN PUSTAKA ...................................................................................... 3
III. METODE PRAKTIKUM ................................................................................... 5
A. Bahan dan Alat .............................................................................................. 5
B. Prosedur Kerja............................................................................................... 5
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................... 6
A. Hasil ............................................................................................................... 6
B. Pembahasan ................................................................................................... 8
V. KESIMPULAN DAN SARAN ........................................................................... 13
A. Kesimpulan.................................................................................................... 13
B. Saran .............................................................................................................. 13
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................... 14
LAMPIRAN .............................................................................................................. 16
ii
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1. Langkah-langkah Proses Elektroforesis DNA .............................................. 6
2. Hasil Elektroforesis DNA............................................................................... 7
iii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. ACC Praktikum Acara 4 ............................................................................... 16
2. Dokumentasi Praktikum ............................................................................... 18
3. Pustaka ........................................................................................................... 19
iv
I. PENDAHULUAN
Ilmu pengetahuan dan teknologi yang terus berkembang pesat dari masa ke
masa telah menghasilkan berbagai cabang ilmu pengetahuan yang baru dan inovasi
lainnya. Salah satu cabang ilmu baru akibat perkembangan zaman adalah biologi
molekuler. Biologi molekuler mengalami kemajuan setelah teknik elektroforesis
ditemukan. Elektroforesis merupakan metode yang biasa dimanfaatkan untuk
memisahkan campuran dalam bidang biologi molekuler. Elektroforesis adalah
teknik yang memisahkan molekul bermuatan kation dan anion berdasarkan tingkat
migrasi yang berbeda dalam sebuah arus listrik. Kecepatan gerakan molekul
bermuatan tersebut bergantung pada bentuk, muatan, dan ukuran (Holme & Hazel,
1998 dalam Artati & Lubis, 2017).
Elektroforesis digunakan untuk memisahkan makromolekul seperti protein
dan asam nukleat. Elektroforesis membutuhkan suatu medium penopang yang
berfungsi sebagai pencegah pembauran akibat panas dari aliran listrik. Metode
pemisahan makromolekul dalam suatu medium gel dengan bantuan aliran listrik
merupakan elektroforesis gel. Aliran listrik yang digunakan bersumber dari
elektroda-elektroda yang ada.
Pada bidang biologi molekuler, elektroforesis sering digunakan untuk
menganalisis fragmen DNA (Deoxyribonucleic acid) yang berasal dari hasil
amplifikasi DNA tertentu. Elektroforesis menghasilkan produk akhir berupa pita
DNA yang merupakan potongan DNA hasil dari amplifikasi dan menampilkan
jumlah potongan pasangan basanya. DNA ladder harus diketahui terlebih dahulu
untuk dapat membaca nilai jumlah potongan pasangan basa yang dihasilkan. Selain
itu, kualitas DNA dapat diketahui dengan mengamati hasil visualisasi DNA dan
kuantitas DNA dapat diketahui dengan perhitungan panjang gelombang. Oleh
karena itu dibutuhkan pengetahuan dan pemahaman mengenai elektroforesis DNA.
1
B. Tujuan
2
II. TINJAUAN PUSTAKA
3
poliakrilamida dan elektroforesis agarosa. Gel poliakrilamida biasanya
dimanfaatkan untuk memisahkan berbagai jenis protein dan membandingkan massa
molekul protein. Elektroforesis gel poliakrilamida atau SDS-PAGE merupakan
teknik yang digunakan untuk memisahkan rantai protein-polipeptida berdasarkan
kemampuan bermigrasi di dalam aliran arus listrik. Sodium Dodecyl Sulphate
(SDS) merupakan sejenis detergen yang memiliki sifat polar dan non polar sehingga
mampu mengikat protein. SDS berguna untuk mendenaturasi protein karena SDS
dapat memutus ikatan di dalam protein (Bintang, 2010 dalam Rais, 2017).
Nugraha et al. (2014) menyatakan bahwa medium gel yang dapat digunakan
selain gel poliakrilamida adalah gel agarosa. Elektroforesis gel agarosa dapat
dimanfaatkan untuk memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari seratus sampai
20.000 base pair (bp). Menurut Satiyarti et al. (2017) elektroforesis gel agarosa
dimanfaatkan untuk melepaskan fragmen DNA yang ukurannya lebih besar dari
100 bp dan dilakukan secara horizontal, sedangkan elektroforesis poliakrilamida
hanya mampu melepaskan 1 bp dan dilakukan secara vertikal.
Menurut Sundari & Priadi (2019) elektroforesis memiliki prinsip dasar yaitu
pergerakan molekul yang mempunyai muatan atau ion melewati media semi padat
di bawah pengaruh medan arus listrik. Metode elektroforesis dapat dimanfaatkan
untuk menentukan ukuran DNA menggunakan penanda DNA yang diketahui
ukurannya. Penanda DNA tersebut berguna sebagai acuan untuk mengetahui
perkiraan ukuran sampel DNA. Molekul yang mempunyai muatan negatif (DNA)
melewati gel agarosa dan arus listrik yang mengalir membawa molekul dari satu
kutub ke kutub yang berlawanan sehingga menyebabkan molekul bermigrasi dari
kutub negatif ke kutub positif dan menghasilkan pemisahan elektroforesis.
Setelah proses elektroforesis DNA selesai, DNA dapat divisualisasikan untuk
diamati keberadaan pita DNA yang muncul di atas UV-transilluminator. UV
transilluminator merupakan peralatan yang digunakan untuk visualisasi DNA yang
telah diwarnai dengan pewarna DNA. Prinsip kerja UV transilluminator adalah
dengan memancarkan sinar UV sehingga DNA dapat dilihat atau diamati
(Annisaqois et al., 2018).
4
III. METODE PRAKTIKUM
B. Tujuan
5
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
6
5. Sumur dicabut dengan perlahan
setelah agarosa mengeras,
kemudian gel beserta cetakannya
diletakkan pada chamber
elektroforesis.
6. Buffer TAE ditambahkan sampai
gel terendam, kemudian sampel
hasil elektroforesis DNA
dimasukkan ke dalam well/sumur.
7
2. A260
Hasil kuantitas DNA: =1.722
A280
B. Pembahasan
8
Tilawah et al. (2019) menyatakan bahwa hasil elektroforesis yang dapat
diamati bentuknya berupa pita. Pita tersebut merupakan fragmen DNA hasil
amplifikasi dan menandakan potongan jumlah dari pasang basa atau base pair.
Aspek-aspek yang memberikan pengaruh terhadap elektroforesis adalah volume
sampel hasil amplifikasi dan volume DNA ladder atau penanda. Menurut Aminah
(2019) prinsip kerja metode elektroforesis didasarkan pada pergerakan atau migrasi
molekul bermuatan di dalam lingkungan medan listrik yang dipisahkan oleh gel
elektroforesis. Molekul DNA dapat dimigrasikan karena seluruh molekul DNA
bermuatan negatif sehingga molekul DNA yang diletakkan di medan listrik akan
bergerak dengan perpindahan yang sama yaitu dari kutub negatif menuju kutub
positif (anoda).
Elektroforesis mempunyai beberapa macam metode yang diklasifikasikan
berdasarkan media yang digunakan, yaitu elektroforesis kertas, gel elektroforesis,
serta elektroforesis kapiler. Salah satu teknik elektroforesis yang biasanya paling
sering digunakan adalah elektroforesis gel. Elektroforesis gel berfungsi untuk
menentukan protein atau asam amino tertentu (McKee, 2012 dalam Yahya, 2016).
Wilson & John (1994) dalam Artati & Lubis (2017) menyatakan bahwa secara
umum, terdapat dua jenis gel elektroforesis yang banyak digunakan sebagai matriks
penyangga, yaitu gel agarosa dan poliakrilamida. Gel agarosa dapat dimanfaatkan
untuk memisahkan DNA yang ukurannya lebih besar dari 100 bp, sedangkan gel
poliakrilamida dimanfaatkan untuk memisahkan DNA yang ukurannya lebih
pendek. Keunggulan gel agarosa adalah gel agarosa lebih mudah disiapkan
dibandingkan gel poliakrilamida dan serta sifatnya tidak beracun, tetapi
kemampuan memisahkan DNA dengan gel agarosa tidak sebaik kemampuan
memisahkan DNA dengan gel poliakrilamida.
Terdapat dua fase di dalam metode elektroforesis, yaitu fase tetap atau
stasioner dan fase gerak. Fase tetap berupa gel agarosa, sedangkan fase gerak
berupa buffer TAE (Tris-acetate EDTA) atau buffer TBE (Tris-borat EDTA). Gel
agarosa merupakan sebuah bahan setengah padat berupa polisakarida yang
diperoleh dari ekstraksi rumput laut. Gel agarosa dibentuk dengan melarutkannya
ke dalam larutan buffer sambil dipanaskan menggunakan microwave. Sebelum
9
mengeras, pada ujung gel agarosa dibentuk beberapa lubang untuk memasukkan
sampel molekul DNA. Tris menjadi larutan dapar atau penyangga yang umumnya
sering digunakan sebagai buffer elektroforesis. Larutan buffer juga berfungsi
menjaga kestabilan pH pada saat molekul DNA bermigrasi (Yuwono, 2005 dalam
Maslan, 2020).
Pada praktikum ini dilakukan elektroforesis DNA hasil ekstraksi dengan
menggunakan gel agarosa. Menurut Widiyanti et al. (2014) elektroforesis gel
agarosa merupakan teknik elektroforesis gel yang sering dimanfaatkan dalam
biokimia, biologi molekuler, dan kimia klinis untuk memisahkan DNA campuran
atau protein dalam matriks agarosa. Elektroforesis gel agarosa dimanfaatkan untuk
menganalisis kualitas sampel DNA. Penanda DNA yang sesuai akan digunakan
untuk menilai integritas DNA dan mengukur kandungan beragam molekul DNA.
Penampilan pita DNA hasil elektroforesis dipengaruhi oleh konsentrasi atau kadar
gel agarosa yang digunakan untuk elektroforesis. Proses elektroforesis DNA
dengan menggunakan gel agarosa dilakukan dengan didukung alat dan bahan
berupa buffer TAE, cyber green, DNA hasil ekstraksi, timbangan analitik, cetakan
dan sendok agar, elektroforesis gel, microwave, botol sampel atau labu erlenmeyer,
mikropipet, tip, serta UV transilluminator.
Proses elektroforesis dengan gel agarosa mempunyai beberapa tahapan.
Tahapan pertama adalah tahap persiapan pembuatan gel agarosa. Tahap pembuatan
gel agarosa dimulai dengan menimbang agarosa sebanyak 0,5 gram. Agarosa yang
telah ditimbang dimasukkan ke dalam botol sampel atau labu erlenmeyer. Setelah
itu, buffer TAE sebanyak 50 ml ditambahkan dan larutan dipanaskan dengan
menggunakan microwave. Tutup botol sampel harus dilonggarkan dan dipastikan
tidak terlalu rapat sebelum botol sampel dimasukkan ke dalam microwave. Botol
sampel sesekali diaduk atau digoyangkan agar larutan larut sempurna.
Setelah terlarut sempurna, botol sampel dikeluarkan dari microwave dan
ditunggu sampai suhunya hangat sekitar 60°C, kemudian cyber green sebanyak 5
𝜇l ditambahkan. Cyber green berfungsi sebagai bahan pewarna visualisasi DNA
dan pembeda panjang dari setiap molekul DNA. Setelah itu, larutan diaduk dengan
perlahan dan agarosa dituangkan pada tray. Langkah terakhir pada tahapan
10
pembuatan gel agarosa adalah pemasangan sumur untuk melubangi agarosa. Sumur
dicabut dengan perlahan setelah agarosa mengeras dan gel agarosa siap untuk
digunakan.
Tahapan kedua dalam elektroforesis gel agarosa adalah penyiapan larutan
DNA. Penyiapan larutan DNA diawali dengan meletakkan gel agarosa beserta
cetakannya pada wadah elektroforesis. Setelah itu, buffer TAE ditambahkan sampai
gel terendam, kemudian sampel hasil elektroforesis DNA yang telah dicampur
dengan pewarna dimasukkan ke dalam sumur gel agarosa. Chamber ditutup dan
mesin elektroforesis dinyalakan dengan menekan tombol power setelah seluruh
DNA dimasukkan ke dalam sumur gel, kemudian waktu dan voltase elektroforesis
diatur. Setelah waktu elektroforesis selesai, gel beserta cetakannya diangkat untuk
lanjut ke tahap berikutnya.
Tahap selanjutnya adalah visualisasi DNA dengan menggunakan UV
transilluminator. Proses visualisasi DNA yang terkandung dalam gel meliputi
pewarnaan DNA dan peletakan DNA yang sudah diwarnai di atas sinar UV. Faktor
penting dan penentu dari teknik elektroforesis gel adalah pewarnaan. Molekul DNA
yang telah dipisahkan dalam matriks gel harus divisualisasikan untuk mengetahui
posisi molekul DNA tersebut. Pewarnaan dilakukan dengan menggunakan reagen
yang sesuai atau berdasarkan sifat sampel. Untuk menghindari kerugian pada proses
pewarnaan, pewarnaan dilakukan lebih awal dengan zat warna yang dapat berikatan
secara kovalen dengan sampel yang akan dipisahkan sehingga dapat diamati pita-
pita yang terlepas (Reddy & Raju, 2012 dalam Yahya, 2016).
Pewarna yang paling umum dipakai adalah etidium bromida (EtBr). EtBr
mampu menangkap sinar ultraviolet sehingga cahaya dari sinar ultraviolet tersebut
dapat terlihat. Etidium bromid akan berikatan dengan molekul DNA yang
menyebabkan molekul DNA terlihat dan diamati di bawah sinar ultraviolet. Namun,
EB mempunyai kelemahan yaitu bersifat karsinogenik dan mutagenik sehingga
dapat berbahaya bagi manusia dan lingkungan (Artati, 2013),
Tahap visualisasi DNA hasil elektroforesis dimulai dengan meletakkan gel di
atas lampu UV-transilluminator. Setelah itu, UV-transilluminator dinyalakan dan
pita-pita DNA yang terlihat dengan jelas diamati. Dari praktikum elektroforesis
11
DNA dan visualisasi DNA diperoleh DNA pada sumur kedelapan pita DNA terlihat
warna hijau yang jelas dan tebal, serta tidak terdapat pengotor (smear) pada sumur
tersebut. Oleh karena itu, kualitas DNA pada sumur kedelapan sangat bagus. Selain
itu, hasil uji kuantitas DNA didapatkan nilai absorbansi sebesar 1,722. Nilai
absorbansi diperoleh dari pembagian panjang gelombang A260 dengan A280. Oleh
karena itu, DNA yang diuji memiliki kuantitas yang baik karena nilai absorbansi
sebesar 1,722 berada pada rentang 1.7-1.9. selain itu, diperoleh nilai konsentrasi
sebesar 93.0.
12
V. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
B. Saran
13
DAFTAR PUSTAKA
Aminah, Ramadini, R., & Naid, T. 2019. Analisis cemaran DNA tikus pada bakso
daging sapi yang beredar di Makassar dengan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR). Jurnal Farmasi Galenika (Galenika Journal of
Pharmacy), 5(1): 93–100.
Annisaqois, M., Gerung, G. S., Wullur, S., Sumilat, D. A., Wagey, B. T., &
Mandagi, S. V. 2018. Analisis molekuler DNA alga merah (Rhodophyta)
Kappaphycus sp. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 1(1): 107–112.
Artati, D. 2013. Sensitivitas gel red sebagai pewarna DNA pada gel elektroforesis.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 11(1): 11–14.
Artati, D., & Lubis, D. S. 2017. Optimasi performa DNA marker pada
elektroforesis gel. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 15(2): 47–50.
Fuad, A. R. M., Ulfin, I., & Kurniawan, F. 2016. Penggunaan agar-agar komersial
sebagai media gel elektroforesis pada zat warna remazol: pengaruh
komposisi buffer, ph buffer dan konsentrasi media. Jurnal Sains dan Seni
ITS, 5(2): 130–133.
Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia
genetika. Circuit: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1): 21–26.
Maslan, M. 2020. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Pengakumulasi Logam Berat
Sebagai Agen Bioremediasi dari Pesisir Kawasan Industri di Desa Fatufia,
Kecamatan Bahodopi, Kabupaten Morowali, Provinsi Sulawesi Tengah.
Thesis. Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Maulana
Malik Ibrahim, Malang.
Nugraha, F., Roslim, D. I., Ardilla, Y. P., & Herman. 2014. Analysis of partial gene
sequence ferritin2 on rice plants (Oryza sativa l.) Indragiri Hilir, Riau.
Journal of Biology & Biology Education, 6(2): 94–103.
Rais, A. F. 2017. Analysis Protein Profile of Nila Fish (Oreochromis Niloticus)
Sds-Page Method Based on Variations of Long Marination and Vinegar
Concentration. Thesis. Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan,
Universitas Muhammadiyah Semarang, Semarang.
Santoso, P. H., Kurniawan, Y., Pamungkas, H. N., & Suparno. 2021. Karakterisasi
muatan nanopartikel silika (SiO2) dengan Metode Elektroforesis.
Indonesian Journal of Applied Physics, 11(1): 1–10.
Satiyarti, R. B., Nurmilah, & Rosahdi, T. D. 2017. Identifikasi fragmen DNA
mitokondria pada satu garis keturunan ibu dari sel epitel rongga mulut dan
sel folikel akar rambut. BIOSFER: Jurnal Tadris Pendidikan Biologi, 8(1):
13–27.
14
Sundari, S., & Priadi, B. 2019. Teknik isolasi dan elektroforesis DNA ikan tapah.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17(2): 87–90.
Tilawah, S., Sari, R., & Apridamayanti, P. 2019. Optimasi volume dna marker dan
volume dna hasil amplifikasi gen tetl resistensi antibiotik tetrasiklin dari
bakteri Bacillus cereus pada pasien ulkus diabetik. Jurnal Mahasiswa
Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1).
Widiyanti, N. L. P. M., Maryan, S., Parwata, I. P., & Mulyadiharja, S. 2014.
Perbandingan Tampilan Pita Penanda DNA (Deoxyribonucleic Acid)
Standar dan Penentuan Panjang DNA Kromosom Y yang Diisolasi dari
Darah Manusia pada Pemisahan dengan Menggunakan Media Berbeda.
Seminar Nasional FMIPA UNDIKSHA IV. P. 306–310.
Yahya, L. A. 2016. Pemanfaatan Nata De Coco Sebagai Media Gel Elektroforesis
pada Zat Warna Remazol. Thesis. Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Surabaya.
15
LAMPIRAN
16
17
Lampiran 2. Dokumentasi Praktikum
18
Lampiran 3. Pustaka
19
20
21
22