MAKALAH

ELEKTROFORESIS DNA DAN PROTEIN

Oleh:
Anak Agung Ngurah Anom Indra Perdana Tanaya
203500002
A1

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK

SARJANA TERAPAN
SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN
WIRA MEDIKA BALI
DENPASAR
2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa karena berkat rahmat-Nya, makalah yang
berjudul “Elektroforesis DNA dan Protein” ini, dapat diselesaikan sesuai rencana. Makalah ini
disusun sebagai pemenuhan tugas mata kuliah Instrumentasi Laboratorium II
Penulis merasa masih banyak kekurangan pada makalah ini, baik pada teknis penulisan
maupun materi. Untuk itu, kritik dan saran yang membangun dari semua pihak, sangat penulis
hargai untuk perbaikan makalah ini. Semoga makalah ini bermanfaat, baik bagi penulis secara
pribadi maupun pembaca secara umum.

Denpasar, 2021

Penulis

i
 DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR...........................................................................................................i
DAFTAR ISI.........................................................................................................................ii
BAB I PENDAHULUAN.....................................................................................................1
1.1 Latar Belakang.............................................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah........................................................................................................1
1.3 Tujuan..........................................................................................................................1
BAB II PEMBAHASAN......................................................................................................3
2.1 Pengertian Elektroforesis.............................................................................................3
2.2 Fungsi Elektroforesis...................................................................................................3
2.3 Jenis-Jenis Elektroforesis............................................................................................4
2.4 Prinsip Kerja Elektroforesis.......................................................................................11
2.5 Elektroforesis DNA...................................................................................................12
2.6 Elektroforesis Protein................................................................................................15
2.7 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Elektroforesis...................................................18
2.8 Instrumen Elektroforesis............................................................................................19
2.9 Mekanisme Kerja Elektroforesis...............................................................................22
BAB III KESIMPULAN....................................................................................................28
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................................iii

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kemajuan zaman selalu diikuti dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi. Salah
satu diantaranya adalah perkembangan di bidang Biologi Molekuler yang dimulai akhir abad ke
19, setelah rnetode elektroforesis ditemukan dan digunakan menganalisa berbagai penelitian di
bidang Kimia dan Biologi (Genetika, Taksonomi, Bio-sistematik).
Penelitian dengan metode elektroforesis menunjukkan adanya efek listrik terhadap
partikel-partikel atau molekul-molekul yang bermuatan listrik, termasuk protein. Di bidang
biologi
molekuler, metode elektroforesis banyak digunakan untuk taksonomi, sistematik, dan genetik
hewan maupun tumbuhan. Metode elektroforesis baru benar-benar dipakai para peneliti genetik
pada tahun 1957, setelah Hunter dan Moller mempunyai ide penelitian menggunakan sifat-sifat
enzim sebagai katalisator untuk memperlihatkan keberadaannya secara Kimia Histologi.
Sulit dibayangkan, sebuah laboratorium biologi molekular dapat menghasilkan sesuatu
tanpa teknik elektroforesis. Tanpa elektroforesis, DNA/RNA yang sedang diteliti akan
bercampur dengan kontaminan yang tidak kita inginkan, sulit pula membayangkan cara
mengetahui ukuran DNA/RNA/protein yang lebih praktis selain dengan elektroforesis, bahkan
teknik DNA sequencing modern sekalipun sangat bergantung pada teknik elektroforesis ini.
Karena itu, sebagai tenaga medis, pengetahuan mengenai elektroforesis wajib dipelajari dan
dipahami.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan elektroforesis, elektroforesis DNA, dan elektroforesis
protein?
2. Apa fungsi elektroforesis, jenis – jenis elektroforesis, dan faktor – faktor yang
mempengaruhi elektroforesis?
3. Bagaimana prinsip kerja dan mekanisme kerja elektroforesis?
4. Apa saja instrumen elektroforesis?

1
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian dari elektroforesis.
2. Untuk mengetahui fungsi dan jenis – jenis elektroforesis, serta faktor – faktor yang
mempengaruhi elektroforesis.
3. Untuk memahami prinsip kerja dan mekanisme kerja elektroforesis.
4. Untuk mengetahui apa saja instrumen yang berkaitan dengan elektroforesis.
5. Untuk memenuhi tugas makalah Instrumentasi Laboratorium II.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Perbedaan tingkat migrasi
dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan, dan sifat kimia dari molekul. Semakin besar
muatan molekul maka semakin besar pula elektromobilitasnya. Nilai elektromobilitas berbanding
terbalik dengan besar ukuran molekul, sehingga molekul dengan ukuran lebih besar memiliki
elektromobilitas yang lebih kecil bila dibandingkan dengan molekul yang berukuran lebih kecil.
Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif
dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.
Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada muatan terhadap massanya serta tergantung
pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait
dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris lingkungan:

Di mana secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan

memurnikan fragmen DNA, RNA, dan protein. Selain itu, elektroforesis juga digunakan untuk
fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi masing – masing komponen dari
campurannya, mempelajari fitogenetika, kekerabatan, dan mempelajari penyakit yang diturunkan
(Baidowi, 2016; Elektroforesis, n.d.; Orchidea, 2014; Pratiwi, 2001; Ramli, 2011; Tamam, n.d.-
a).

2.2 Fungsi Elektroforesis

Fungsi elektroforesis di antaranya adalah sebagai berikut:

3
  Menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi, dan muatan protein dan asam
nukleat.
 Sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari
protein atau asam nukleat setiap individu.
 Pada bidang kepolisian teknik ini digunakan untuk pemeriksaan DNA, karakteristik
khusus, misalnya sidik jari sehingga membantu polisi dalam mengungkap sebuah kasus.
 Dalam biologi molekuler, elektroforesis merupakan salah satu cara untuk
memvisualisasikan keberadaan DNA, plasmid, dan produk PCR (Paramitha, 2014).

2.3 Jenis-Jenis Elektroforesis

Metode elektroforesis terbagi atas beberapa jenis berdasarkan media yang digunakan,
yaitu:

2.3.1 Elektroforesis Kertas

Teknik pemisahan DNA/RNA ini berawal dari sekelompok ilmuwan biokimia pada awal
tahun 1950-an yang meneliti mekanisme molekular DNA/RNA hidrolisis. Saat itu, pada tahun
1952, Markham dan Smith mempublikasikan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui mekanisme
pembentukan zat antara (intermediate) phosfat siklik yang kemudian menghasilkan nukleosida
2′-monoposfat dan 3′-monoposfat. Ternyata mereka menggunakan suatu peralatan yang dapat
memisahkan komponen campuran reaksi hidrolisis, salah satunya yaitu nukleotida ‘siklik’ yang
membawa kesimpulan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui pembentukan intermediate phosfat
siklik.
Peralatan itu dinamakan 'elektroforesis’ yang dibuat dari kertas saring Whatman nomor 3,
sebuah tangki kecil, dan berbagai larutan penyangga (buffer). Nukleotida yang sudah
terhidrolisis diletakkan di atas kertas saring, kemudian arus listrik dialirkan melalui kedua ujung
alat elektroforesis.
Arus listrik yang dialirkan ternyata dapat memisahkan campuran kompleks reaksi tadi
menjadi komponen-komponennyaakibat adanya perbedaan minor antara struktur molekul RNA
yang belum terhidrolisis, zat antara (intermediate), dan hasil reaksi (nukleosida 2′-monoposfat
dan nukleosida 3′-monoposfat) yang menyebabkan mobilitas pada kertas saring berbeda-beda

4
kecepatannya. Karena pada akhir proses elektroforesis komponen tersebut terpisah-pisah,
sehingga dapat mengisolasi dan mengidentifikasi setiap komponen tersebut.
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase diam
dan partikel yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi
akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas
tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan,
konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorbsivitas zat terlarut.

Gambar 1. Elektroforesis Kertas

Gambar 2. Elektroforesis Kertas

Elektroforesis kertas memiliki keunggulan dan kekurangan sebagai berikut:
 Keunggulan Elektroforesis Kertas:

5
 - Proses migrasi lebih cepat.
- Pemisahan spot menjadi lebih kecil.
- Mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri.
- Mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit.
 Kekurangan Elektroforesis Kertas:
Adanya gangguan yang disebabkan adanya gugus OH- pada selulosa yang dapat
berinteraksi dengan molekul polar, sehingga daya migrasi molekul terganggu dan
menjadi lebih rendah (Paramitha, 2014; Ramli, 2011).

2.3.2 Elektroforesis Gel

 Elektroforesis Gel Kanji
Teknik elektroforesis kemudian mengalami perkembangan untuk memisahkan
biomolekul yang lebih besar. Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan bahwa gel yang
terbuat dari larutan kanji dapat digunakan untuk memisahkan protein-protein serum
manusia. Caranya dengan menuangkan larutan kanji panas ke dalam cetakan plastik. Setelah
dibiarkan mendingin, kanji akan membentuk gel yang padat namun rapuh. Gel kanji
berperan sebagai fasa diam (stationary phase) menggantikan kertas saring Whatman pada
teknik terdahulu. Elektroforesis gel yang diperkenalkan Smithies, memicu para ilmuwan
untuk menemukan bahan kimia lain yang dapat digunakan sebagai bahan gel yang lebih
baik, seperti agarosa dan polimer akrilamida. Dan penemuan elektroforesis gel kanji di awal
karir Smithies membawanya menerima hadiah nobel bidang kedokteran tahun 2007.
 Elektroforesis Gel Agarosa
Elektroforesis gel adalah metode untuk pemisahan dan analisis makromolekul (DNA,
RNA dan protein) dan fragmennya, berdasarkan ukuran dan muatannya. Dalam kimia klinis,
elektroforesis gel digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan muatan atau ukuran
(agarosa IEF, pada dasarnya tidak tergantung ukuran). Sedangkan dalam biokimia dan
biologi molekuler, elektroforesis gel digunakan untuk:
- Memisahkan populasi campuran fragmen DNA dan RNA berdasarkan panjangnya.
- Untuk memperkirakan ukuran fragmen DNA dan RNA.
- Untuk memisahkan protein dengan muatan.

6
 Elektroforesis gel menggunakan gel sebagai media antikonvektif atau media pengayak
selama elektroforesis dan pergerakan partikel bermuatan dalam arus listrik. Di mana fungsi
gel dalam elektroforesis gel, yaitu:
- Menekan konveksi termal yang disebabkan oleh penerapan medan listrik.
- Sebagai media penyaringan.
- Memperlambat perjalanan molekul. -Mempertahankan pemisahan yang telah selesai,
sehingga pewarnaan pasca elektroforesis dapat diterapkan.
Elektroforesis DNA gel biasanya dilakukan untuk tujuan analitis, seringkali setelah
amplifikasi DNA melalui polymerase chain reaction (PCR), tetapi dapat digunakan sebagai
teknik preparatif sebelum menggunakan metode lain seperti spektrometri massa, RFLP,
PCR, cloning, Pengurutan DNA, atau southern blotting untuk karakterisasi lebih lanjut.
Teknik elektroforesis gel makin berkembang dan disempurnakan, hingga ditemukan gel
poliakrilamida (PAGE = Polyacrilamide Gel Electrophoresis) yang terbentuk melalui proses
polimerisasi akrilamida dan bis-akrilamida. PAGE dapat memisahkan campuran DNA/RNA
atau protein dengan ukuran lebih besar. Meskipun aplikasi elektroforesis makin berkembang
luas, namun teknik ini tidak dapat digunakan memisahkan DNA dengan ukuran super besar,
misalnya DNA kromosom. Campuran DNA kromosom tidak dapat dipisahkan meskipun
ukurannya berbeda-beda (Elektroforesis gel, n.d.; Ramli, 2011).
Ada 3 jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:
1. Gel poliakrilamida denaturasi
Berfungsi untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan menganalisis hasil
ekstensi primer.
2. Gel alkalin agarose
Berfungsi memisahkan rantai DNA berukuran besar.
3. Gel agarosa formaldehid denaturasi
Berfungsi menyediakan sistem elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada
ukuran standar. (Jumardin et al., 2015).

7
 Gambar 3. Alat Elektroforesis Gel

Gambar 4. Migrasi Fragmen DNA (kiri) dan Hubungan Non-Linear Fragmen DNA dengan Jarak Migrasi (kanan)

 Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)

8
 Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) adalah metode yang digunakan untuk
memisahkan DNA yang berukuran besar. Metode ini pertama kali diperkenalkan pada tahun
1984 oleh Schwartz dan Cantor.
Metode PFGE berbeda dengan elektroforesis agarosa konvensional karena orientasi dari
medan elektrik memiliki periode dengan teratur. Keberagaman medan listrik inilah yang
menyebabkan DNA yang berukuran besar dapat terpisah.
Prinsip dari PFGE adalah dengan adanya pergantian voltase di setiap elektrode, maka
DNA yang berukuran besar dapat terpisah. Dimana fragmen DNA yang berukuran kecil
akan berjalan terlebih dulu karena memiliki waktu orientasi yang lebih sedikit dibandingkan
dengan fragmen DNA berukuran besar yang membutuhkan waktu orientasi yang lebih lama.
Teknik PFGE ini dapat digunakan untuk menganalisis kekerabatan di antara galur bakteri
yang berbeda namun masih dalam satu spesies dan menjadi metode yang sangat efektif
dalam mengestimasi ukuran genom serta mengkonstruksi peta restriksi dari suatu spesies
(PFGE, n.d.).

Gambar 5. Ilmuwan Melakukan PGFE

9
 Gambar 6. Pulse-Field Gel Electrophoresis

2.3.3 Elektroforesis Kapiler

Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk memisahkan
asam amino, protein, lipid, karbohidrat,dan nukleotida dengan resolusi tinggi yang dilakukan
pada pipa kapiler berisi buffer.Metode ini mulai digunakan secara luas pada akhir tahun1940
untuk aplikasi dalam berbagai bidang seperti bioteknologi, kimia lingkungan, dan analisis
farmasi.
Elektroforesis kapiler menggunakan listrik bertegangan tinggi yang menyebabkan semua
komponen ion atau molekul netral bergerak ke katoda. Deteksi dapat dilakukan dengan
teknik pendeteksian spektrometri atau elektrokimia. Teknik pemisahan ini dipengaruhi oleh
tegangan listrik, koefisien difusi, panjang dan diameter pipa kapiler, serta konsentrasi sampel.
Metode ini memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik, namun boros listrik karena
menggunakan tegangan tinggi dan alat yang mahal.
Karakteristik elektroforesis kapiler yaitu:
- Menggunakan pipa kapiler pada pemisahan elektroforesis.
- Memanfaatkan medan listrik berkekuatan tinggi, lebih dari 5 V/cm.
- Menggunakan detektor berteknologi modern, seperti pada kromatogram.
- Efisiensinya kadang sama dengan kromatografi gas kapiler, namun juga bisa lebih besar.
- Membutuhkan waktu beberapa menit untuk mengamati sampel.
- Mudah diotomatiskan untuk menganalisis dalam segi kuantitatif dan mudah digunakan.
- Terbatas dalam mengkonsumsi (melibatkan) sejumlah reagent.

10
- Metode ini lebih aplikatif untuk menyeleksi dalam ukuran luas dibandingkan dengan teknik
separasi lainnya (Elektroforesis kapiler, n.d.; Maryadi et al., 2011).

Gambar 7. Alat Elektroforesis Kapiler

2.4 Prinsip Kerja Elektroforesis

Prinsip kerja berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam
hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif (anode), sedangkan partikel-partikel
bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (anode) (Jumardin et al., 2015).
Elektroforesis merupakan proses migrasi molekul bermuatan dalam medium yang dialiri
arus listrik. Prinsip dasar elektroforesis adalah molekul dan partikel bermuatan akan bergerak ke
arah elektrode yang memiliki muatan berlawanan di bawah pengaruh medan listrik. Laju migrasi
molekul bermuatan tersebut menuju elektrode yang bermuatan negatif disebut elektromobilitas.
Elektromobilitas suatu molekul dipengaruhi oleh beberapa faktor. Di mana semakin besar
muatan molekul, maka semakin besar pula elektromobilitasnya. Nilai elektromobilitas
berbanding terbalik dengan besar ukuran molekul, sehingga molekul dengan ukuran lebih besar
memiliki elektromobilitas yang lebih kecil bila dibandingkan dengan molekul yang berukuran
lebih kecil. Selain besar muatan dan ukuran molekul tersebut, topologi atau bentuk molekul turut

11
berpengaruh pula terhadap elektromobilitas suatu molekul. Di mana elektroforesis DNA
umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarosa.
Metode elektroforesis tersebut pada prinsipnya melibatkan fase stasioner yang berupa gel
agarosa dan fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE) atau Tris-borat EDTA (TBE).
TBE (Tris-borat EDTA) 1X, Tris/Borat adalah buffer yang umum digunakan sebagai buffer
elektroforesis karena memiliki kapasitas buffering yang tinggi pada titik isoelektriknya. Borat
bertindak sebagai conducting ion, sehingga dapat mempertahankan kesetimbangan ion H+ dan
OH- yang dihasilkan oleh elektroda. Hal ini berhubungan dengan fungsi buffer dalam menjaga
kesetimbangan pH saat migrasi fragmen DNA berlangsung. Perubahan pH dapat mendenaturasi
struktur DNA sehingga mengubah elektromobilitas DNA (Tamam, n.d.-b)

Gambar 8. Prinsip Kerja Elektroforesis Gel

2.5 Elektroforesis DNA

Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarosa. Metode
elektroforesis tersebut pada prinsipnya melibatkan fase stasioner yang berupa gel agarosa dan
fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE) atau Tris-borat EDTA (TBE). Tris/Borat
adalah buffer yang umum digunakan sebagai buffer elektroforesis karena memiliki kapasitas
buffering yang tinggi pada titik isoelektriknya (Ausubel, et al.,2003). Borat bertindak sebagai
conducting ion sehingga dapat mempertahankan kesetimbangan ion H+ dan OH- yang dihasilkan
oleh elektroda. Hal ini berhubungan dengan fungsi buffer dalam menjaga kesetimbangan pH saat

12
migrasi fragmen DNA berlangsung. Perubahan pH dapat mendenaturasi struktur DNA, sehingga
mengubah elektromobilitas DNA (Martin, 1996).
Agarosa merupakan polisakarida turunan yang didapat dari alga merah. Gel agarose dapat
digunakan untuk memisahkan DNA berukuran lebih dari 100 bp, sedangkan untuk memisahkan
DNA dengan ukuran lebih pendek dapat digunakan gel poliakrilamid (Wilson dan John, 1994).
Gel agarose merupakan fase diam dalam pemisahan fragmen DNA, konsentrasi agarose yang
digunakan dalam pemisahan fragmen DNA sangat mempengaruhi mobilitas fragmen DNA.
Semakin besar konsentrasi agarose yang digunakan, maka semakin kecil pori-pori gel. Semakin
kecil konsentrasi agarose, maka semakin besar pori-pori gel (Martin, 1996).
Pemisahan fragmen DNA berdasarkan elektromobilitas berguna sebagai metode analitik
maupun preparatif. Molekul DNA yang bermuatan negatif karena adanya gugus fosfat akan
bergerak menuju anode (elektrode bermuatan positif) saat dipisahkan dengan elektroforesis
(Miesfeld, 1999). Fragmen DNA yang memiliki ukuran molekul yang sama akan memiliki
elektromobilitas yang sama dan menempuh jarak migrasi yang sama pula. Proses running
elektroforesis DNA sampel bersamaan dengan DNA yang telah diketahui ukurannya (standard)
dapat berguna dalam analisis besar ukuran DNA dalam sampel (Switzer, 1999).
Topologi DNA yang dipisahkan menentukan elektromobilitas DNA. DNA yang
mengalami supercoil akan bermigrasi lebih cepat karena strukturnya sangat kompak. DNA yang
akan dielektroforesis pada umumnya dicampur dengan loading dye yang berfungsi untuk
memonitor mobilitas elektroforesis. Loading dye bermigrasi bersama molekul DNA selama
proses running elektroforesis. Bromphenol blue dan xylenecyanol merupakan jenis loading dye
yang umum digunakan dalam elektroforesis DNA. Bromphenol blue dapat bermigrasi bersama
dengan molekul DNA berukuran 0,5 kb sedangkan xylenecyanol dapat bermigrasi bersama
molekul DNA berukuran 5 kb (Ausubel et al., 2003).
Hasil elektroforesis dapat divisualisasi dengan menggunakan pewarna fluoresensi
ethidium bromide (EtBr) (Gilbert, 2000). Secara teknis, setelah proses running, gel direndam
dalam larutan buffer TBE atau TAE yang mengandung ethidium bromide, selanjutnya ethidium
bromide akan berdifusi ke dalam gel dan berasosiasi dengan DNA. Ethidium bromide mampu
berinterkalasi diantara pasang basa nukleotida pada struktur double heliks. Pada saat gel hasil
elektroforesis disinari dengan ultraviolet, maka fragmen-fragmen DNA yang telah terpisah
tampak sebagai band-band berwarna oranye (Tamam, n.d.-a)

13
Gambar 9. Mobilitas Molekul DNA dalam Gel pada Saat Running

Gambar 10. Interkalasi Ethidium Bromide dalam Molekul DNA

14
 Gambar 11. Alat Elektroforesis

2.6 Elektroforesis Protein

Gel elektroforesis protein adalah teknik pemisahan molekul protein berdasarkan sifat
fisikanya, seperti muatan atau massanya dalam matriks gel menggunakan arus listrik. Protein
umumnya dipisahkan dengan cara ini menggunakan polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE)
untuk mengidentifikasi individual protein di dalam sampel kompleks atau untuk menguji protein
multi unit dalam suatu sampel protein.
SDS-PAGE paling sering digunakan untuk memisahkan protein, terutama berdasarkan
massanya karena detergent ionik sodium dodecyl sulfate (SDS) mendenaturasi dan mengikat
protein untuk membuat protein bermuatan negatif. Dengan demikian, ketika arus listrik dialirkan
pada gel, semua protein yang berikatan dengan SDS di dalam sampel akan bermigrasi melalui
gel menuju anoda (elektroda muatan positif). Protein dengan massa rendah bergerak lebih cepat
melalui gel dibandingkan protein dengan massa yang lebih besar karena efek pengayakan
‘sieving effect’ dari matriks gel.
Gel dengan persentasi rendah acrylamide, khusus digunakan untuk memisahkan protein-
protein besar. Sedangkan gel dengan presentasi acrylamide tinggi digunakan untuk memisahkan
protein-protein kecil (Ambarwati, 2020).

15
 Cara kerja SDS-PAGE adalah dengan menghambat interaksi hidrofobik dan merusak
ikatan hidrogen. Metode SDS-PAGE digunakan untuk memisahkan protein demi keperluan
biokimia, genetika forensik, dan biologi molekuler.
Metode ini diawali dengan preparasi sampel untuk membuat sampel bermuatan sama
sehingga muatan tidak memengaruhi pergerakan komponen sampel dalam gel. Preparasi
dilakukan dengan cara mendenaturasi protein menggunakan SDS dan memutus ikatan disulfida
pada struktur protein menggunakan beta-merkaptoetanol, bila perlu denaturasi didukung dengan
memanaskan sampel. Selanjutnya gel poliakrilamida dibuat menggunakan cetakan gel
membentuk lembaran segiempat dengan ketebalan tertentu. Setelah sampel dimasukkan dalam
sumur gel, gel dialiri arus listrik sehingga komponen yang terdapat dalam sampel akan terpisah
melewati matriks gel berdasarkan berat molekulnya (SDS-PAGE, n.d.).
Sebagian besar pemisahan protein dilakukan dengan menggunakan sistem penyangga
"terputus-putus" (atau DISC) yang secara signifikan meningkatkan ketajaman pita di dalam gel.
Selama elektroforesis dalam sistem gel terputus-putus, gradien ion terbentuk pada tahap awal
elektroforesis yang menyebabkan semua protein terfokus menjadi satu pita tajam. Pembentukan
gradien ion dicapai dengan memilih nilai pH di mana ion-ion buffer hanya bermuatan sedang
dibandingkan dengan protein berlapis SDS. Kondisi ini menyediakan lingkungan di mana reaksi
Kohlrausch menentukan konduktivitas molar. Hasilnya, protein berlapis SDS terkonsentrasi
hingga beberapa kali lipat dalam zona tipis dengan urutan 19 μm dalam beberapa menit. Pada
tahap ini semua protein bermigrasi dengan kecepatan migrasi yang sama melalui
isotachophoresis . Ini terjadi di wilayah gel yang memiliki pori-pori lebih besar sehingga matriks
gel tidak menghambat migrasi selama acara pemfokusan atau "penumpukan". Pemisahan protein
berdasarkan ukuran dicapai di bagian gel yang lebih rendah dan "mengurai". Gel pemecahan
biasanya memiliki ukuran pori yang jauh lebih kecil, yang mengarah pada efek pengayakan yang
sekarang menentukan mobilitas elektroforetik protein. Pada saat yang sama, bagian pemisah gel
juga memiliki nilai pH di mana ion penyangga rata-rata membawa muatan yang lebih besar,
menyebabkan mereka "berlari lebih cepat" dari protein yang dilapisi SDS dan menghilangkan
gradien ion dan dengan demikian menimbulkan efek penumpukan (Elektroforesis gel protein,
n.d.).
Untuk melihat pita komponen yang terbentuk, gel perlu diwarnai dengan pewarna
khusus.Beberapa pewarna yang dapat digunakan dalam SDS-PAGE adalah Commasie Brilliat

16
Blue dan Silver Salt Staining. Commasie Brilliant Blue mengikat protein secara spesifik dengan
ikatan kovalen. Silver Salt Staining memiliki sifat lebih sensitif dan akurat namun membutuhkan
proses yang lebih lama (SDS-PAGE, n.d.).

Gambar 12. Protein Dipisahkan Oleh SDS-PAGE, Pewarnaan Coomassie Brilliant Blue

17
 Gambar 13. Posisi Pita Protein pada Gel SDS-PAGE

2.7 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Elektroforesis

Selain teknik pengerjaan dalam pengoperasian alat, ada beberapa faktor yang
mempengaruhi proses elektroforesis, yaitu:
1. Sampel
Sampel yang akan dipisahkan sangat memungkinkan memberi pengaruh laju perpindahan
ditinjau dari muatan, ukuran, dan bentuk molekul. Jumlah muatan total akan berbanding
lurus dengan laju perpindahan, konsentrasi muatan yang bermigrasi tergantung pada pH.
Untuk ukuran molekul bila yang diperoleh lebih besar, menyebabkan perpindahan
molekul menurun dan membutuhkan energi perpindahan yang cukup besar dibandingkan
dengan bentuk molekul yang berbeda dengan ukuran yang sama.
2. Larutan Buffer
Larutan buffer berfungsi mempertahankan pH dalam medium pemisah dan berfungsi
sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan aliran listrik.Larutan buffer
harus memiliki interkasi dengan molekul yang dipisahkan dan pH yang digunakan
menjadi perhatian, sehingga kumpulan molekul dapat dipisahkan, tetapi tidak mengalami
perubahan struktur. Larutan penyangga harus dipilih dengan cermat, keterkaitan ion
buffer dalam berinteraksi dengan senyawa yang diteliti, pH dipilih berdasarkan jenis
campuran yang akan dipisahkan. Umumnya pemisahan dapat dicapai pada titik isolistrik

18
 (yaitu titik ketika pH suatu makromolekul bermuatan nol akibat bertambahnya atau
kehilangan muatan). Senyawa yang dipilih sebaiknya tidak mengakibatkan perubahan
kimia atau perubahan struktur molekul yang akan diteliti. Kisaran kekuatan ionik larutan
buffer pada 0,05-0,15 mol/L dan biasanya diambil nilai di antara kedua nilai ekstrem.
Pada kekuatan ionik yang rendah akan terjadi pergerakan molekul yang cepat dan
produksi panas yang rendah, akan tetapi terjadi difusi yang nyata. Pada kekuatan ionik
yang tinggi, diperoleh pita-pita yang tajam, namun akan terjadi produksi panas yang lebih
tinggi dan terjadi pergerakan molekul pada jarak yang pendek.
3. Medan listrik
Sumber listik yang stabil sangat diperlukan untuk menghasilkan aliran listrik dengan
tegangan yang konstan. Kekuatan ionik medan listrik pada kisaran 2-8 V/cm sesuai pada
suhu ruang. Kekuatan medan listrik yang dihasilkan jika lebih besar dari10 V/cm, dapat
memberikan efek pemanasan yang menyebabkan media penyangga kehilangan air akibat
penguapan. Hal ini mengakibatkan pergeseran hasil fragmen-fragmen. Pemanasan
merupakan salah satu faktor yang mengakibatkan senyawa-senyawa terdenaturasi.
Disamping kekurangan penggunakan tegangan tinggi, keuntungan elektroforesis pada
voltase tinggi mengakibatkan pemisahan yang sangat cepat, sehingga senyawa-senyawa
dengan berat molekul rendah akan mengalami proses difusi yang paling baik dipisahkan
dalam kondisi elektrolisis tegangan tinggi (Wardana, 2013).

2.8 Instrumen Elektroforesis

2.8.1 Instrumen Elektroforesis Kertas

Instrumen elektroforesis kertas terdiri dari:
1. Kertas saring
2. Larutan buffer
3. Piring pendingin
4. Sumbu
5. Kantong tiup
6. Penyangga
7. Elektroda

19
 8. Sumber listrik (Pengertian Elektroforesis, n.d.).

2.8.2 Instrumen Elektroforesis Gel

Instrumen elektrofiresis gel agarosa terdiri dari:
1. Buffer elektroforesis
Terdiri dari TAE yang memiliki daya ion dalam larutan sebagai penghantar listrik.
2. Loading dye
Sebagai pemberat agar tidak keluar dari sumuran.
3. Etidium bromida Sebagai pewarna DNA yang akan menyisip di sela-sela basa nukleotida.
4. UV transiluminator Untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel agarosa.
5. Aquades sebagai pelarut
6. Baki gel agarosa sebagai cetakan gel agarosa
7. Asam Asetat Glasial Sebagai elektrolit gram
8. EDTA (Etylen Diamine Tetra Asetic Acid) Sebagai pe-non aktif DNA
9. TAE: Trisbase sebagai buffer sesuai dengan pH.
10. Sisir elektroforesis untuk membuat sumuran pada gel agarosa
11. Tangki elektroforesis Untuk running DNA
12. Mikropipet untuk mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan loading dye
13. Kertas Parafilm
Tempat menghomogenkan sampel DNA dan loading dye
14. Sarung tangan
Untuk melindungi terkena DNA-se yang dapat merusak DNA
15. Sumber arus listrik (Azam, 2012).

20
 Gambar 14. Instrumen Elektroforesis Gel

Gambar 15. Instrumen Elektroforesis Gel

2.8.2 Instrumen Elektroforesis Kapiler

Instrumen elektroforesis kapiler terdiri dari:
1. Pipa Kapiler media pemisah kertas
Gel pada elektroforesis konvensional diganti dengan pipa kapiler yang terbuat dari gelas
dengan diameter dalam berkisar antara 25-100 µm dan panjang antara 50-100 cm.
Dimensi pipa kapiler, diameter dan panjang, ternyata mempengaruhi efisiensi (N)

21
 pemisahan elektroforesis kapiler. Semakin kecil ukuran diameter pipa kapiler maka
semakin besar harga N karena semakin besar diameter (> 100 m) mangakibatkan
pemisahan tidak efisien.
2. Buffer Pipa kapiler
Diisi dengan larutan buffer dan kedua ujung pipa kapiler tercelup dalam larutan buffer.
Larutan buffer selain berfungsi sebagai larutan elektrolit untuk menghantarkan arus listrik
juga berfungsi sebagai pengontrol muatan molekul. Karena suatu molekul dapat
bermuatan positif, negatif atau netral bergantung pada pH larutan dan sebagaimana fungsi
buffer dapat menahan pH. Dengan kata lain, pH buffer dapat mengontrol selektifitas
pemisahan elektroforesis.
3. Sumber Arus
Dalam elektroforesis konvensional dialirkan arus searah sekitar 100 Volt. Sedangkan
dalam elektroforesis kapiler, dialirkan arus searah bertegangan sangat tinggi yaitu
berkisar 10.000 sampai 30.000 Volt. Di mana kecepatan solute menuju katoda
berbanding lurus dengan tegangan listrik. Karena itu, eksperimen elektroforesis kapiler
dapat dilakukan dalam beberapa menit. Sedangkan eksperimen elektroforesis
konvensional dilakukan dalam sehari. Selain itu, tegangan listrik yang tinggi
mempengaruhi efisiensi pemisahan dalam elektroforesis kapiler.
4. Detektor
Semua solute, baik yang bermuatan maupun netral bergerak ke satu arah, yaitu ke katoda,
sehingga memudahkan pendeteksian. Dengan demikian detektor dapat diletakkan di salah
satu ujang pipa kapiler di dekat katoda (Utami et al., 2018).

2.9 Mekanisme Kerja Elektroforesis

2.9.1 Mekanisme Kerja Elektroforesis Kertas

1. Kertas saring dibasahi dengan larutan buffer.
2. Kertas saring direntangkan di antara dua elektroda.
3. Satu tetes campuran yang akan dianalisis ditempatkan pada satu ujung kertas dan listrik
dialirkan.

22
 4. Kertas dipindahkan, dikeringkan, dan diwarnai dengan pewarna yang substansinya untuk
dianalisa.
5. Setiap jenis molekul bermuatan pada campuran (mixture) akan berpindah pada jarak
tertentu, baik ke anoda maupun ke katoda, tergantung pada muatan dimensi dan Nampak
sebagai titik pada kertas dengan posisi yang baru.
6. Dibandingkan dengan suatu standar.

Gambar 16. Mekanisme Kerja Elektroforesis Kertas

Gambar 17. Mekanisme Kerja Elektroforesis Kertas

2.9.2 Mekanisme Kerja Elektroforesis Gel

23
1. Buat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan 5 ml TAE 50x ke dalam
245 ml akuades.
2. Buat gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan ke dalam
bufer TAE 1x hingga volume 20 ml. Larutan agarosa dididihkan hingga larut sempurna.
3. Siapkan baki gel agarosa. Lekatkan selotip di tiap ujung baki gel agarosa (pastikan bahwa
selotip melekat kuat dan tidak ada lubang pada masing-masing ujung baki).
4. Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosa dengan posisi hampir
menyentuh dasar baki
5. Periksalah suhu larutan agarosa dengan cara menempelkan erlenmeyer ke tangan. Jika
suhunya sudah turun hingga sekitar 50-60°C, tambahkan 1 µl etidium bromid
(PERINGATAN KERAS!!, gunakan sarung tangan karena bersifat karsinogenik).
6. Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian tuangkan larutan ke dalam baki gel
agarosa, biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.
7. Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung baki.
8. Masukkan baki yang telah berisi gel agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang telah
diisi dengan larutan bufer TAE 1x (pastikan bahwa gel terendam seluruhnya dalam
TAE).
9. Siapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki elektroforesis.
10. Masukkan 10 µl sampel DNA dan 2 µl loading dye 6x ke dalam sumuran gel agarosa
dengan cara mencampurkan kedua bahan tersebut terlebih dahulu secara merata pada
kertas parafilm menggunakan mikropipet.
11. Buatlah catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel DNA yang dimasukkan.
12. Hubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis (pastikan kabel yang
tersambung ke kutub negatif berada di dekat sumuran. Jika tidak demikian, ubahlah
posisi baki/gel ke arah sebaliknya).
13. Nyalakan sumber arus, aturlah volatase dan waktu running hingga diperoleh angka 70 V
dan 45 menit dengan cara menekan tombol yang sesuai pada sumber arus.
14. Jalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan tombol run pada sumber
arus.
15. Elektroforesis akan berhenti bila waktu yang ditetapkan habis, ditandai bunyi alarm.
15.Matikan sumber arus dan angkatlah baki dari tangki elektroforesis.

24
16. Keluarkan gel dan letakkan di atas UV transluminator (letakkan selubung kaca hitam di
atas UV transluminator).
17. Nyalakan UV transluminator, amati pita-pita DNA yang tervisualisasi (Ramli, 2011).

Gambar 18. Mekanisme Kerja Elektroforesis Gel

2.9.3 Mekanisme Kerja Elektroforesis Kapiler

1. Cuplikan berupa larutan yang akan dipisahkan, dimasukkan melalui ujung pipa kapiler
yang tercelup dalam anoda.
Teknik pemasukkan cuplikan ke dalam pipa kapiler dapat dilakukan dengan dua cara,
yaitu berdasarkan tekanan dan elektrokinetik. Bila ujung pipa kapiler dicelupkan ke
dalam cuplikan, maka dengan gaya kapilaritas, cuplikan akan terisap dengan sendirinya
karena adanya perbedaan tekanan di antara kedua ujung pipa kapiler. Kemudian ujung
pipa kapiler tersebut dicelupkan kembali ke dalam larutan buffer.
2. Tegangan listrik dialirkan beberapa saat ketika salah satu ujung pipa kapiler tercelup
dalam cuplikan. Dengan demikian sejumlah cuplikan akan masuk ke dalam pipa kapiler.
3. Analisis elektroforesis kapiler bergantung pada prinsip bahwa molekul memiliki muatan
listrik yang berbeda dan bobot yang berbeda. Dengan demikian, ketika molekul dalam
substrat terkena medan listrik, molekul yang berbeda akan bergerak ke arah yang berbeda
dan pada kecepatan yang berbeda dalam substrat. Ketika substrat terkena medan listrik

25
dengan cara mencelupkan satu elektroda pada salah satu ujung dan satu elektroda pada
ujung yang lain, maka molekul bermuatan positif akan bergerak menuju elektroda
negatif, dan molekul bermuatan negatif akan bergerak menuju elektroda positif. Namun,
dalam elektroforesis kapiler terdapat dua aliran yaitu aliran elektroosmotik dan aliran
elektroforetik. Kedua aliran tersebut bersaing dalam elektroforesis kapiler. Karena
cepatnya aliran elektroosmotik, maka aliran elektroosmotik akan lebih dominan
dibandingkan aliran elektroforetik. Dengan demikian secara keseluruhan aliran menuju
ke satu arah yaitu ke katoda. Jadi dalam kenyataannya, semua molekul baik yang
bermuatan maupun netral akan terbawa ke katoda. Di mana ion positif (kation) akan
bergerak menuju katoda paling cepat karena aliran elektroforetiknya searah dengan aliran
elektroosmotiknya. Molekul netral menempati urutan tercepat kedua dan ion negatif
(anion) paling lambat karena aliran elektroforetiknya berlawanan dengan aliran
elektroosmotik. Kecepatan relatif di mana molekul akan bergerak melalui substrat
ditentukan oleh karakteristik yang dikenal sebagai ukuran hidrodinamik molekul. Ukuran
hidrodinamik molekul tergantung pada dua faktor, massa, dan kekuatan muatan positif
atau negatif (Utami et al., 2018).

26
Gambar 19. Mekanisme Kerja Elektroforesis Kapiler

27
 BAB III
KESIMPULAN

1. Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan

perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik.
2. Jenis-jenis elektroforesis meliputi:
- Elektroforesis kertas
- Elektroforesis gel
- Elektroforesis kapiler
3. Pada teknik elektroforesis gel, Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) dapat digunakan
untuk memisahkan DNA dengan ukuran yang super besar.
4. Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk memisahkan
asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan resolusi tinggi yang
dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer.
5. Prinsip kerja elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif
(anion) yang bergerak menuju kutub positif (anode), sedangkan partikel-partikel
bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (anode).
6. Perbedaan tingkat migrasi dipengaruhi bentuk, ukuran, besar, dan sifat kimia molekul.
Semakin besar muatan molekul, semakin besar elektromobilitasnya. Sedangkan nilai
elektromobilitas berbanding terbalik dengan besar ukuran molekul, sehingga molekul
dengan ukuran lebih besar memiliki elektromobilitas yang lebih kecil dibandingkan
molekul yang berukuran lebih kecil.

28
 DAFTAR PUSTAKA

Ambarwati, P. (2020). Apa yang dimaksud dengan gel elektroforesis protein? Dictio.
https://www.dictio.id/t/apa-yang-dimaksud-dengan-gel-elektroforesis-protein/125182
Azam, A. D. (2012). ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA. Blogspot.
http://anadianaazam.blogspot.com/2012/06/elektroforesis-gel-agarosa.html?m=1
Baidowi, A. (2016). Alat Dan Bahan Elektroforesis. Scribd.
https://www.scribd.com/document/327820431/Alat-Dan-Bahan-Elektroforesis
Elektroforesis. (n.d.). Wikipedia. Diambil 12 Mei 2021, dari
https://id.m.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis
Elektroforesis gel. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Gel_electrophoresis
Elektroforesis gel protein. (n.d.). Wikipedia. Diambil 16 Mei 2021, dari
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Gel_electrophoresis_of_proteins
Elektroforesis kapiler. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari
https://id.m.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis_kapiler
Jumardin, Marsalina, S., Hasmawati, & Safyudin, A. (2015). Elektroforesis. Slideshare.
https://www.slideshare.net/hasmachem/kelompok-8-kimia-b-elektroforesis
Maryadi, N. M. D. D., Putra, M. M., Moeliono, A. P., Viviandari, I. D. A. A., & Dewi, N. P. P.
A. (2011). Elektroforesis. Scribd. https://id.scribd.com/doc/66932594/Done
Orchidea, I. (2014). Elektroforesis Gel. Slideshare.
https://www.slideshare.net/ImmanuelleOrchidea/elektroforesis-gel
Paramitha, N. (2014). Elektroforesis. Slideshare.
https://www.slideshare.net/NoormaParamitha/ppt-elektroforesis
Pengertian Elektroforesis. (n.d.). UNRI, MIP Fapetra. https://www.google.com/url?
sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiOw-
2J2s3wAhW-63MBHSbqAN4QFjACegQIDxAD&url=https%3A%2F
%2Fmip.faperta.unri.ac.id%2Ffile%2Fbahanajar%2F32713-elektroforesis-mip-
unri.pdf&usg=AOvVaw3Pxd1u9TVUUMzLJzcZTfAF
PFGE. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/PFGE
Pratiwi, R. (2001). Mengenal Metode Elektroforesis. 26, 25–31.

iii
 http://oseanografi.lipi.go.id/dokumen/oseana_xxvi(1)25-31.pdf
Ramli, K. (2011). Elektroforesis. Wordpress. https://kamriantiramli.wordpress.com/tag/jenis-
jenis-elektroforesis/
SDS-PAGE. (n.d.). Wikipedia. Diambil 16 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/SDS-
PAGE
Tamam, B. (n.d.-a). Pengertian dan Cara Kerja Elektroforesis. Generasi Biologi Indonesia.
Diambil 12 Mei 2021, dari https://generasibiologi.com/2012/08/elektroforesis.html
Tamam, B. (n.d.-b). Pengertian dan Cara Kerja Elektroforesis. Generasi Biologi. Diambil 16
Mei 2021, dari https://generasibiologi.com/2012/08/elektroforesis.html?amp=1
Utami, A. J., Lestari, D., Gita, R., & Simarmata, R. A. (2018). ELEKTROFORESIS KAPILER.
Pdfcoffee. https://pdfcoffee.com/elektroforesis-kapiler-6-pdf-free.html
Wardana, Y. (2013). Elektroforesis Kapiler. Slideshare.
https://www.slideshare.net/yowardhana/elektroforesis-kapiler

iv