ELEKTROFORESIS

DNA DAN PROTEIN

ANAK AGUNG NGURAH ANOM INDRA PERDANA TANAYA

203500002
Elektroforesis
Teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam sebuah medan listrik.

Prinsip kerja berdasarkan pergerakan

partikel-partikel bermuatan negatif (anion),
dalam hal tersebut DNA, yang bergerak
menuju kutub positif (anode), sedangkan
partikel-partikel bermuatan positif (kation)
akan bergerak menuju kutub negatif
(anode)
Kecepatan gerak molekul pada
elektroforesis tergantung pada muatan
terhadap massanya, serta bentuk
molekulnya.
Pergerakan molekul dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz :
 FUNGSI ELEKTROFORESIS
• Menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi,
dan muatan protein dan asam nukleat
• Sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan
untuk menentukan komponen dari protein atau asam
nukleat setiap individu
• Untuk pemeriksaan DNA, karakteristik khusus, seperti
sidik jari yang dapat membantu polisi mengungkap
kasus
• Untuk memvisualisasikan keberadaan DNA, plasmid,
dan produk PCR dalam biologi molekuler
Jenis-Jenis Elektroforesis Berdasarkan Media yang
Digunakan
Elektroforesis Kertas
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ion-ion
kompleks. Pemisahan terjadi akibat gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan.
Elektroforesis kertas diawali dari teknik pemisahan DNA / RNA oleh
sekelompok ilmuwan biokimia pada awal tahun 1950-an yang meneliti
mekanisme molekular DNA / RNA hidrolisis.
Tahun 1952 Markham dan Smith mempublikasikan hidrolisis RNA
menggunakan kertas saring whatman, tangki kecil, dan buffer.
Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada:
• Muatan atau valensi zat terlarut
• Luas penampang
• Tegangan yang digunakan
• Konsentrasi elektrolit
• Kekuatan ion, pH, viskositas, adsorbsivitas zat terlarut
Keunggulan dan Kekurangan
Elektroforesis Kertas
Keunggulan :
• Proses migrasi lebih cepat
• Pemisahan spot lebih kecil
• Mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri
• Mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit

Kekurangan :

Adanya gangguan yang disebabkan gugus OH- pada

selulosa yang dapat berinteraksi dengan molekul polar,
sehingga daya migrasi molekul terganggu dan menjadi
lebih rendah
Elektroforesis Kertas
Elektroforesis Gel
Elektroforesis gel adalah metode untuk pemisahan dan analisis
makromolekul (DNA, RNA dan protein) dan fragmennya, berdasarkan
ukuran dan muatannya.
Ada 3 jenis gel yang dapat digunakan dalam
elektroforesis DNA, yaitu:
• Gel poliakrilamida denaturasi
Untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan
menganalisis hasil ekstensi primer.
• Gel alkalin agarose
Memisahkan rantai DNA berukuran besar.
• Gel agarosa formaldehid denaturasi
Menyediakan sistem elektroforesis yang
digunakan untuk fraksi RNA ukuran standar.
 Beberapa Jenis Elektroforesis
Gel

Elektroforesis Gel Kanji

Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan gel dari
larutan kanji dapat digunakan memisahkan
protein-protein serum manusia.
Gel kanji berperan sebagai fasa diam
menggantikan kertas saring Whatman pada
teknik terdahulu.
Elektroforesis Gel Agarosa
Dalam kimia klinis, elektroforesis gel digunakan untuk
memisahkan protein berdasarkan muatan atau ukuran
(agarosa IEF, pada dasarnya tidak tergantung ukuran).
Dalam biokimia dan biologi molekuler, elektroforesis gel
digunakan untuk:
• Memisahkan populasi campuran fragmen DNA dan
RNA berdasarkan panjangnya.
• Untuk memperkirakan ukuran fragmen DNA dan RNA.
• Untuk memisahkan protein dengan muatan
Elektroforesis gel menggunakan gel sebagai media
antikonvektif atau media pengayak selama elektroforesis
dan pergerakan partikel bermuatan dalam arus listrik.
Pulsed Field Gel Electrophoresis
(PFGE)
PFGE adalah metode untuk memisahkan
DNA berukuran besar. Metode ini pertama
kali diperkenalkan tahun 1984 oleh
Schwartz dan Cantor.
Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)
Elektroforesis Kapiler
Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan
untuk memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat,dan
nukleotida dengan resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler
berisi buffer.
Elektroforesis Kapiler mulai digunakan secara luas akhir tahun 1940
untuk aplikasi bioteknologi, kimia lingkungan, dan analisis farmasi.
Elektroforesis kapiler menggunakan listrik bertegangan tinggi yang
menyebabkan semua komponen ion atau molekul netral bergerak ke
katoda.
Deteksi dilakukan denganteknik pendeteksian spektrometri/
elektrokimia.
Teknik pemisahan molekul dipengaruhi oleh:
- Tegangan listrik
- Koefisien difusi
- Panjang dan diameter pipa kapiler
- Konsentrasi sampel

Elektroforesis Kapiler memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik,

namun boros listrik karena menggunakan tegangan tinggi dan alat yang
mahal.
Elektroforesis Kapiler
Elektroforesis DNA
Elektroforesis DNA umumnya menggunakan
metode elektroforesis gel agarosa.
Fase stasioner berupa gel agarosa dan fase
gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE)
atau Tris-borat EDTA (TBE).
Molekul DNA yang bermuatan negatif karena
adanya gugus fosfat akan bergerak menuju
anode (elektrode bermuatan positif) saat
dipisahkan dengan elektroforesis.
Fragmen DNA dengan ukuran molekul sama
akan memiliki elektromobilitas yang sama dan
menempuh jarak migrasi yang sama.
DNA yang mengalami supercoil akan
bermigrasi lebih cepat karena strukturnya
sangat kompak.
DNA yang akan dielektroforesis umumnya
dicampur loading dye untuk memonitor
mobilitas elektroforesis. Loading dye
bermigrasi bersama molekul DNA selama
proses running elektroforesis.
Hasil elektroforesis dapat divisualisasi
menggunakan pewarna fluoresensi ethidium
bromide (EtBr).
Saat gel hasil elektroforesis disinari ultraviolet,
fragmen-fragmen DNA yang telah terpisah
tampak sebagai band-band berwarna oranye.
 Elektroforesis DNA

Mobilitas molekul DNA dalam Interkalasi Ethidium Bromide

gel saat running dalam molekul DNA
 Elektroforesis Protein
Gel elektroforesis protein adalah teknik pemisahan
molekul protein berdasarkan sifat fisikanya, seperti
muatan atau massanya dalam matriks gel
menggunakan arus listrik.
SDS-PAGE paling sering digunakan untuk memisahkan
protein, terutama berdasarkan massanya karena SDS
mendenaturasi dan mengikat protein untuk membuat
protein bermuatan negatif. Ketika arus listrik dialirkan
pada gel, semua protein yang berikatan dengan SDS di
dalam sampel akan bermigrasi melalui gel menuju
anoda.
Protein dengan massa rendah bergerak lebih cepat
melalui gel daripada protein dengan massa lebih besar
karena efek pengayakan ‘sieving effect’ dari matriks
gel.
Gel dengan persentasi acrylamide rendah untuk
memisahkan protein-protein besar. Sedangkan
gel dengan presentasi acrylamide tinggi untuk
memisahkan protein-protein kecil.
Metode SDS-PAGE digunakan memisahkan
protein untuk keperluan biokimia, genetika
forensik, dan biologi molekuler.
 Elektroforesis Protein

Protein dipisahkan oleh SDS-PAGE, pewarnaan Coomassie

Brilliant Blue
 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi
Elektroforesis
 Sampel
Sampel yang akan dipisahkan memberi pengaruh laju perpindahan
ditinjau dari muatan, ukuran, dan bentuk molekul.
 Larutan Buffer
Larutan buffer berfungsi mempertahankan pH dalam medium pemisah
dan berfungsi sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan
aliran listrik. Umumnya pemisahan dapat dicapai pada titik isolistrik
(yaitu titik ketika pH suatu makromolekul bermuatan nol akibat
bertambahnya atau kehilangan muatan).
 Medan Listrik
Sumber listik yang stabil sangat diperlukan untuk menghasilkan aliran
listrik dengan tegangan yang konstan.
 Instrumen dan Mekanisme Kerja Elektroforesis
Instrumen Elektroforesis Kertas
- Kertas saring
- Larutan buffer
- Piring pendingin
- Sumbu
- Kantong tiup
- Penyangga
- Elektroda
- Sumber listrik
Mekanisme Elektroforesis Kertas
1. Kertas saring dibasahi dengan larutan buffer.
2. Kertas saring direntangkan di antara dua elektroda.
3. Satu tetes campuran yang akan dianalisis ditempatkan pada satu ujung
kertas dan listrik dialirkan.
4. Kertas dipindahkan, dikeringkan, dan diwarnai dengan pewarna yang
substansinya untuk dianalisa.
5. Setiap jenis molekul bermuatan pada campuran akan berpindah pada
jarak tertentu, baik ke anoda maupun ke katoda, tergantung pada muatan
dimensi dan nampak sebagai titik pada kertas dengan posisi yang baru.
6. Dibandingkan dengan suatu standar.
Mekanisme Elektroforesis Kertas
Instrumen Elektroforesis Gel
- Buffer - TAE
- Loading dye - EDTA
- Etidium bromida - Sisir elektroforesis
- UV transiluminator - Tangki elektroforesis
- Aquades - Mikropipet
- Baki gel agarosa - Kertas Parafin
- Asam Asetat Glasial - Sarung Tangan
- Sumber Listrik
Mekanisme Elektroforesis Gel
Pembuatan Gel Agarose
1. 0,4 gram bubuk agarose dilarutkan pada 50 ml Buffer TAE dengan
dipanaskan.
2. Didiamkan pada suhu ± 50°C.
3. Gel Comb dipasang pada tangki elektroforesis.
4. Larutan agarose dituangkan pada tangki elektroforesis dan didinginkan
hingga mengeras.
5. Setelah gel mengeras, gel comb diambil dan gel agarose siap digunakan.
Elektroforesis
1. Gel agarose direndam dengan Buffer TAE.
2. 1µl loading dye dicampur dengan 3µl produk DNA pada parafilm yang
telah tersedia dengan bantuan mikropipet.
3. Campuran dituang ke sumur pada gel agarose.
4. 3µl DNA marker 1kb dituangkan pada sumur tepi atas dan bawah.
5. Tangki elektroforesis ditutup dan dihubungkan ke power supply.
6. Power Supply ( 400mA, 90V) dinyalakan selama 30 menit..
Dokumentasi
1. Gel agarose hasil elektroforesis direndam pada larutan EtBr ± 15 menit.
2. Direndam dalam akuades ± 15 menit.
3. Divisualisasi dengan Gel Doc dan diambil gambarnya.
Mekanisme Elektroforesis Gel
Instrumen Elektroforesis Kapiler
- Pipa Kapiler media pemisah kertas
- Buffer
- 3Sumber listrik
- Detektor
Mekanisme Elektroforesis Kapiler
1. Cuplikan berupa larutan dimasukkan melalui ujung pipa kapiler yang
tercelup anoda.Bila ujung pipa kapiler dicelupkan ke dalam cuplikan, maka
dengan gaya kapilaritas, cuplikan akan terisap dengan sendirinya karena
adanya perbedaan tekanan di antara kedua ujung pipa kapiler. Kemudian
ujung pipa kapiler dicelupkan kembali ke dalam larutan buffer.
2. Tegangan listrik dialirkan beberapa saat ketika salah satu ujung pipa
kapiler tercelup dalam cuplikan, sehingga sejumlah cuplikan akan masuk
ke dalam pipa kapiler.
3. Analisis elektroforesis kapiler bergantung pada prinsip bahwa molekul
memiliki muatan listrik yang berbeda dan bobot yang berbeda.
Mekanisme Elektroforesis Kapiler
TERIMA KASIH
 DAFTAR PUSTAKA
Ambarwati, P. (2020). Apa yang dimaksud dengan gel elektroforesis protein? Dictio. https://www.dictio.id/t/apa-yang-dimaksud-dengan-gel-
elektroforesis-protein/125182

Azam, A. D. (2012). ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA. Blogspot. http://anadianaazam.blogspot.com/2012/06/elektroforesis-gel-

agarosa.html?m=1

Baidowi, A. (2016). Alat Dan Bahan Elektroforesis. Scribd. https://www.scribd.com/document/327820431/Alat-Dan-Bahan-Elektroforesis

Elektroforesis. (n.d.). Wikipedia. Diambil 12 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis

Elektroforesis gel. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari https://en.m.wikipedia.org/wiki/Gel_electrophoresis

Elektroforesis gel protein. (n.d.). Wikipedia. Diambil 16 Mei 2021, dari https://en.m.wikipedia.org/wiki/Gel_electrophoresis_of_proteins

Elektroforesis kapiler. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis_kapiler

Jumardin, Marsalina, S., Hasmawati, & Safyudin, A. (2015). Elektroforesis. Slideshare. https://www.slideshare.net/hasmachem/kelompok-8-
kimia-b-elektroforesis
Maryadi, N. M. D. D., Putra, M. M., Moeliono, A. P., Viviandari, I. D. A. A., & Dewi, N. P. P. A. (2011). Elektroforesis. Scribd.
https://id.scribd.com/doc/66932594/Done

Orchidea, I. (2014). Elektroforesis Gel. Slideshare. https://www.slideshare.net/ImmanuelleOrchidea/elektroforesis-gel

Paramitha, N. (2014). Elektroforesis. Slideshare. https://www.slideshare.net/NoormaParamitha/ppt-elektroforesis

Pengertian Elektroforesis. (n.d.). UNRI, MIP Fapetra. https://www.google.com/url?

sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiOw-2J2s3wAhW-
63MBHSbqAN4QFjACegQIDxAD&url=https%3A%2F%2Fmip.faperta.unri.ac.id%2Ffile%2Fbahanajar%2F32713-elektroforesis-mip-
unri.pdf&usg=AOvVaw3Pxd1u9TVUUMzLJzcZTfAF

PFGE. (n.d.). Wikipedia. Diambil 15 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/PFGE

Pratiwi, R. (2001). Mengenal Metode Elektroforesis. 26, 25–31. http://oseanografi.lipi.go.id/dokumen/oseana_xxvi(1)25-31.pdf

Ramli, K. (2011). Elektroforesis. Wordpress. https://kamriantiramli.wordpress.com/tag/jenis-jenis-elektroforesis/

SDS-PAGE. (n.d.). Wikipedia. Diambil 16 Mei 2021, dari https://id.m.wikipedia.org/wiki/SDS-PAGE

Tamam, B. (n.d.-a). Pengertian dan Cara Kerja Elektroforesis. Generasi Biologi Indonesia. Diambil 12 Mei 2021, dari
https://generasibiologi.com/2012/08/elektroforesis.html
Tamam, B. (n.d.-b). Pengertian dan Cara Kerja Elektroforesis. Generasi Biologi. Diambil 16 Mei 2021, dari
https://generasibiologi.com/2012/08/elektroforesis.html?amp=1

Utami, A. J., Lestari, D., Gita, R., & Simarmata, R. A. (2018). ELEKTROFORESIS KAPILER. Pdfcoffee. https://pdfcoffee.com/elektroforesis-
kapiler-6-pdf-free.html

Wardana, Y. (2013). Elektroforesis Kapiler. Slideshare. https://www.slideshare.net/yowardhana/elektroforesis-kapiler