LAPORAN AKHIR PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI PERIKANAN

Disusun oleh :

KELOMPOK 1 / PERIKANAN A

Adzhani Yusrina 230110170003

Gista Tanhira 230110170007
Moch Galuh 230110170008
Salsabiil Dhiyaa 230110170035
Iqbal Luthfidianto 230110170038
Aisyah Nuryanti 230110170056

UNIVERSITAS PADJADJARAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PROGRAM STUDI PERIKANAN
JATINANGOR
2019
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena atas nikmat dan karunianya-
Nya Laporan Akhir Praktikum Bioteknologi Perikanan dapat diselesaikan dengan tepat
waktu.
Laporan akhir praktikum Bioteknologi Perikanan bertujuan untuk mengetahui,
memahami dan menambah wawasan penyusun maupun pembaca. Akhir kata,
penyusun sampaikan terimakasih kepada semua pihak yang telah berperan serta dalam
penyusunan laporan akhir ini. Semoga Allah SWT selalui meridhai segala usaha yang
telah dilaksanakan.
Semoga laporan akhir praktikum Bioteknologi Perikanan yang telah disusun
ini bisa memberikan manfaat dan inspirasi bagi pembaca dan penulis. Kritik dan saran
yang membangun sangat diharapkan untuk perbaikan kemajuan tulisan ini di di masa
yang akan datang. Terimakasih.

Jatinangor, Mei 2019

Kelompok 1

i
 DAFTAR ISI

BAB Halaman
DAFTAR GAMBAR ..................................................................... iv
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................. v

I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang ..................................................................... 1
1.2 Tujuan .................................................................................. 2
1.2.1 Pengenalan Alat ................................................................... 2
1.2.2 Sterilisasi .............................................................................. 2
1.2.3 Isolasi DNA ......................................................................... 2
1.2.4 PCR ...................................................................................... 2
1.2.5 Elektroforesis ...................................................................... 2
1.2.6 Bioinformatika .................................................................... 3
1.3 Prinsip Kerja ........................................................................ 3
1.3.1 Pengenalan Alat ................................................................... 3
1.3.2 Sterilisasi .............................................................................. 3
1.3.3 Isolasi DNA ......................................................................... 3
1.3.4 PCR ...................................................................................... 3
1.3.5 Elektroforesis ...................................................................... 3
1.3.6 Bioinformatika .................................................................... 4
II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Ikan Uji ............................................................................... 5
2.1.1 Ikan Koi ............................................................................... 5
2.1.2 Ikan Komet .......................................................................... 6
2.1.3 Ikan Nila .............................................................................. 8
2.1.4 Ikan Barbir .......................................................................... 9
2.1.5 Ikan Mas ............................................................................. 10
2.1.6 Ikan Koki ............................................................................ 12
2.1.7 Ikan Nilem ........................................................................... 13
2.2 Materi Genetik ..................................................................... 14
2.3 Elektroforesis ....................................................................... 15
2.4 Polymerase Chain Reaction (PCR) ..................................... 17
2.4.1 Teknik PCR.......................................................................... 18
2.4.2 Prinsip Kerja PCR ................................................................ 19
2.5 Marka DNA ......................................................................... 20
2.6 Keragaman Genetik ............................................................. 21

ii
III METODOLOGI PRAKTIKUM
3.1 Waktu dan Tempat Praktikum ............................................. 23
3.2 Alat Dan Bahan Praktikum .................................................. 23
3.2.1 Alat Praktikum ..................................................................... 23
3.2.2 Bahan Praktikum.................................................................. 25
3.3 Prosedur Praktikum.............................................................. 33
3.3.1 Pengambilan Sampel............................................................ 27
3.3.2 Proses Isolasi/Ekstraksi DNA .............................................. 27
3.3.3 Amplifikasi DNA dengan Teknik RAPD-PCR ................... 28
3.4 Elektroforesis ....................................................................... 28
3.5 Analisis Data ........................................................................ 29

IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Isolasi/Ekstraksi DNA Genom ................................... 30
4.2 Amplifikasi DNA dan Deteksi Polimorfisme ...................... 31
4.3 Analisis Kekerabatan Genetik Ikan Uji ............................... 32

V KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan .......................................................................... 35
5.2 Saran .................................................................................... 35
DAFTAR PUSTAKA .................................................................... 36
LAMPIRAN ................................................................................... 40

iii
 DAFTAR GAMBAR

Nomor Judul Halaman

1 Ikan Koi ........................................................................................... 5

2 Ikan Komet ..................................................................................... 7
3 Ikan Nila .......................................................................................... 8
4 Ikan Barbir ....................................................................................... 10
5 Ikan Mas .......................................................................................... 11
6 Ikan Koki ........................................................................................ 12
7 Ikan Nilem ....................................................................................... 13
8 Hasil Isolasi DNA Genom............................................................... 30
9 Amplifikasi DNA ............................................................................ 31
10 Analisis Kekerabatan Genetik Ikan Uji ........................................... 32

iv
 DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Judul Halaman

1 Alat Praktikum ................................................................................ 41

2 Bahan Praktikum ............................................................................. 50
3 Prosedur Bagan Alir ........................................................................ 56
4 Dokumentasi Kegiatan .................................................................... 61

v
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioteknologi berasal dari kata latin yaitu bio (hidup), teknos (teknologi =
penerapan) dan logos (ilmu). Bioteknologi adalah suatu teknik modern untuk
mengubah bahan mentah melalui transformasi biologi sehingga menjadi produk yang
berguna. Menurut Bull et al. (1982), bioteknologi merupakan penerapan asas-asas sains
(ilmu pengetahuan alam) dan rekayasa (teknologi) untuk pengolahan suatu bahan
dengan melibatkan aktivitas jasad hidup untuk menghasilkan barang dan/atau jasa.
Menurut Wisnuwati (2018) Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang
ditekankan khusus pada bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang
perikanan sangat luas, mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen
hasil perikanan. Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas
media budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan.
Pada bidang Bioteknologi Perikanan ini ada empat yang di pelajari, yaitu
sterilisasi alat dan bahan, isolasi DNA, PCR dan Elektroforesis. Sterilisasi adalah
proses penghancuran segala bentuk-bentuk kehidupan (Pelczar 2008). Sterilisasi dan
pasteurisasi dapat di capai dengan cara pemanasan lembab, pemanasan kering, filtrasi,
penyinaran, atau bahan kimia. Semakin tinggi tingkat kontaminasi mikroorganisme
pada suatu alat ataupun bahan maka jumlah spora semakin banyak yang termos resisten
sehingga di perlukan waktu pemanasan yang lebih lama (Schlegel 1994). Isolasi
DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam rekayasa genetika
sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Isolasi DNA dilakukan untuk mempelajari
DNA lebih dalam.
Polymerase Chain Reaction adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi
DNA dengan cara in vitro. PCR adalah teknologi canggih yang dapat mendeteksi DNA
dengan cara amplifikasi DNA. Hasil pemeriksaan PCR dapat membantu untuk

1
 2

menegakkan diagnosa sepanjang pemeriksaan tersebut dikerjakan dengan cara yang

benar dan sesuai dengan standar internasional. Keunggulan PCR dikatakan sangat
tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi dan keakuratannya. Masalah yang
berkenaan dengan PCR yaitu biaya PCR yang masih tergolong tinggi (Yusuf 2010).
Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang memanfaatkan medan listrik
yang dihasilkan dari elektroda-elektroda untuk memisahkan senyawa-senyawa yang
memiliki muatan berupa kation ataupun anion.
1.2 Tujuan
Berikut ini merupakan tujuan dalam praktikum biteknologi perikanan.
1.2.1 Pengenalan Alat dan Bahan
Pengenalan alat dan bahan bertujuan untuk mengetahui nama alat dan bahan
yang digunakan di dalam laboratorium bioteknologi serta mengetahui fungsinya dan
mengetahui cara penggunaan beberapa alat-alat dalam laboratorium.
1.2.2 Sterilisasi
Sterilisasi bertujuan untuk menghindari segala bentuk kontaminasi bakteri
maupun mikroorganisme yang tidak diinginkan.
1.2.3 Isolasi DNA
Tujuan dari ekstraksi atau isolasi asam nukleat adalah membuang dan
memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya (protein, karbohidrat, lemak, dll)
sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis dan atau dimodifikasi lebih
lanjut.
1.2.4 PCR
Polymerase Chain Reaction (PCR) bertujuan untuk amplifikasi urutan
nukleotida, menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi,
bidang kedokteran forensik, melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan
“finger print”.
1.2.5 Elektroforesis
Elektroforesis bertujuan untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel
baik DNA, RNA dan protein.
 3

1.2.5 Bioinformatika
Bioinformatikan bertujuan untuk mengelola dan menganalisis informasi
biologis masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan asam amino
dan informasi-informasi yang terkait dengannya.
1.3 Prinsip Kerja
Berikut ini merupakan prinsip kerja dalam praktikum biteknologi perikanan.
1.3.1 Pengenalan Alat dan Bahan
Prinsip dari pengenalan alat dan bahan adalah memperkenalkan alat dan bahan
yang akan digunakan pada praktikum bioteknologi kepada praktikan meliputi nama,
fungsi dan cara penggunaan alat dan bahan laboratorium.
1.3.2 Sterilisasi
Prinsip dari sterilisari adalah mematikan semua organisme yang terdapat pada
atau didalam suatu benda.
1.3.3 Isolasi DNA
Prinsip dasar dari isolasi DNA yaitu dengan memecah dan mengekstraksi
jaringan suatu sampel sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri dari sel-sel
jaringan, DNA, dan RNA. Kemudia ekstrak sel dipurifikasi sehingga menghasilkan sel
yang mengandungang DNA/RNA total.
1.3.4 PCR
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan
(amplifikasi) potongan DNA dengan prinsip kerja secara in vitro pada daerah spesifik
yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai
pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya
komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi
DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.
1.3.5 Elektroforesis
Prinsip dari Elektroforesis adalah berdasarkan pergerakan partikel-partikel
bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA yang bergerak menuju kutub
negatif (anode) (Klug & Cummings 1994).
 4

1.3.6 Bioinformatika
Memanajemen data-data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi
genetika dan didukung oleh kesediaan internet.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Ikan Uji

Berikut ini merupakan ikan uji yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan.
2.1.1 Ikan Koi
Ikan koi (C. carpio L.) merupakan ikan hias ekonomis tinggi dimana masih
termasuk dalam kerabat ikan mas. Ikan koi memiliki warna tubuh yang berwarna –
warni dengan berbagai jenis dan pola (Suryani 2006). Menurut Agus (2002), kriteria
pemilihan ikan koi yang baik adalah bentuk tubuh ideal tidak melebar, tidak bengkok
tulang punggungnya, warna cemerlang dan kontras tanpa ada gradasi warna atau
bayangan, gerakan ikan tenang namun gesit serta tidak menyendiri dan sakit. Menurut
Susanto (2000), tubuh ikan koi berbentuk seperti torpedo dengan alat gerak berupa
sirip. Sirip-sirip yang melengkapi bentuk morfologi ikan koi adalah sirip punggung,
sepasang sirip dada, sepasang sirip perut, sirip anus, dan sirip ekor. Beberapa faktor
yang mempengaruhi kecerahan warna pada ikan koi adalah faktor genetik, lingkungan
dan nutrisi pakan.

Gambar 1. Ikan Koi

Menurut Effendi (1993) Ikan koi berasal dari keturunan ikan karper hitam dan
menghasilkan keturunan yang berwarna-warni. Ikan koi memiliki klasifikasi yang
sama dengan ikan mas sebagai berikut ;

5
 6

Filum : Chordata
Sub filum : Vertebrata
Kelas : Osteichtyes
Ordo : Cypriniformei
Famili : Cyprinidae
Genus : Cyprinus
Spesies : Cyprinus carpio
Pada awalnya ikan koi hanya memiliki warna tunggal yaitu hitam (karasugoi
dan sumigoi), merah (benigoi, higoi, akagoi), putih (shiromuji), keemasan (kingoi), dan
putih keperakan (gingoi) dan disilangkan sehingga menghasilkan dua warna, tiga
warna, lima warna dan multi warna. Seiring dengan perkembangan teknik budidaya,
koi yang pada awalnya hanya memiliki satu warna saja saling disilangkan sehingga
menghasilkan ikan koi yang memiliki dua warna, tiga warna, bahkan lima warna. Ikan
ini dapat dipelihara hampir di semua tempat, gerak gerik ikan ini tampak simpatik,
bahkan ada anggapan ikan koi dapat membawa keuntungan bagi pemiliknya (Effendi
1993).

2.1.2 Ikan Komet

Ikan komet (Carassius auratus auratus) merupakan salah satu jenis ikan mas
hias, ciri yang membedakan dengan ikan mas hias lainnya adalah caudal fin atau sirip
ekornya lebih panjang dan percabangan di sirip ekornya sangat terlihat jelas, tidak
seperti ikan mas biasa yang percabangan di sirip ekornya tidak begitu terlihat jelas.
Selain itu, ikan komet mempunyai warna oranye yang mencolok sehingga sangat
menarik untuk menjadi ikan hias di dalam ruangan ataupun di luar ruangan.
Ikan komet memiliki badan yang memanjang dan ramping sehingga di dalam
akuarium ataupun di kolam, ikan ini selalu aktif berenang ke segala penjuru. Panjang
tubuh ikan komet bisa mencapai sekitar 35 cm dari ujung kepala sampai ujung ekor.
Ikan komet mulai bisa memijah pada umur 4 bulan dan bisa hidup sampai berumur 14
tahun tergantung pemeliharaan. Dari banyaknya varietas ikan mas hias yang dihasilkan
di dunia oleh Cina dan Jepang, ikan komet ini merupakan satu-satunya hasil seleksi
 7

dari ikan common goldfish pada abad 19 di Philadelpia Amerika Serikat oleh Hugo
Murket dan secara masal di terjunkan ke pasaran (Skomal 2007).

Gambar 2. Ikan Komet

Klasifikasi ikan komet berdasarkan ilmu taksonomi (Lingga dan Susanto 2003)
adalah sebagai berikut:
Filum : Chordata
Sub Filum : Vertebrata
Kelas : Pisces
Sub Kelas : Teleostei
Ordo : Otariphisysoidei
Sub Ordo : Cyprinoidae
Famili : Cyprinidae
Genus : Carassius
Spesies : Carassius auratus auratus
Pada upaya pembenihan, seleksi induk merupakan hal yang penting untuk
dilakukan agar hasil pemijahan ikan menghasilkan keturunan yang berkualitas. Adapun
ciri ikan komet jantan dan ikan komet betina adalah sebagai berikut:
- Ciri induk jantan yaitu terdapatnya bintik-bintik bulat menonjol pada sirip dada dan
jika diraba terasa kasar, pada induk yang telah matang gonad jika diurut perlahan dari
perut ke arah lubang genital akan keluar cairan berwarna putih.
- Ciri induk betina yaitu terdapat bintik-bintik pada sirip dada namun terasa halus jika
diraba, jika diurut perlahan dari perut ke arah lubang genital akan keluar cairan kuning
bening, dan pada induk yang telah matang perutnya terasa lembek juga lubang genital
berwarna kemerah-merahan (Derri 2010).
 8

2.1.3 Ikan Nila

Ikan nila merupakan ikan jenis air tawar. Pada mulanya, ikan Nila berasal dari
perairan tawar di Afrika. Di Asia penyebaran ikan nila pada mulanya berpusat di
beberapa negara seperti Filiphina dan Cina. Oreochromis niloticus termasuk family
Ciclidae, sama seperti ikan nila hitam dan mujair . Dalam oerkembangan selanjutnya,
ikan nila di budidayakan di beberapa negara antara lain, Taiwan, Thailand, Vietnam,

Gambar 3. Ikan Nila

Bangladesh dan Indonesia. Pengembangan ikan nila di perairan tawar di Indonesia

dimulai pda tahun 1969. Jenis atau strain ikan Nila yang pertama kali didatangkan ke
Indonesia adalah Ikan Nila hitam asal Taiwan (Affandi 1992).
Menurut Saanin (1984) ikan nila (Oreochromis niloticus) mempunyai
klasifikasi sebagai berikut :

Kingdom : Animalia
Filum : Chordata
Kelas : Osteichthyes
Ordo :Percomorphi
Family : Ciclidae
Genus : Oreochromis
Spesies : Oreochromis niloticus, L.
Ikan nila umumnya hidup di perairan tawar, seperti sungai, danau, waduk, rawa,
sawah dan saluran irigasi, tetapi toleransi yang luas terhadap salinitas sehingga ikan
nila dapat hidup dan berkembang biak pada perairan payau dengan salinitas yang
disukai antar 0-35%. Ikan nila air tawar dapat dipindahkan ke air payau dengan proses
 9

adaptasi yang bertahap. Pemindahan secara mendadak dapat menyebabkan ikan stress
bahkan mati (Kogera 1999).
Ikan nila merupakan ikan konsumsi yang umum hidup di perairan tawar,
terkadang ikan nila juga ditemukan hidup di perairan yang agak asin (payau). Ikan nila
dikenal sebagai ikan yang bersifat euryhaline (dapat hidup pada kisaran salinitas yang
lebar). Ikan nila mendiami berbagai habitat air tawar, termasuk saluran air yang
dangkal, kolam, sungai dan danau. Ikan nila dapat menjadi masalah sebagai spesies
invasif pada habitat perairan hangat, tetapi sebaliknya pada daerah beriklim sedang
karena ketidakmampuan ikan nila untuk bertahan hidup di perairan dingin, yang
umumnya bersuhu di bawah 21°C. Ikan nila mempunyai kemampuan tumbuh secara
normal pada kisaran suhu 14-38°C dengan suhu optimum bagi pertumbuhan dan
perkembangannya yaitu 25-30°C (Amri dan Khairuman 2003).
Ikan nila memiliki bentuk tubuh pipih memanjang ke samping, makin ke perut
makin terang. Mempunyai garis vertikal 9-11 buah berwarna hijau kebiruan. Pada sirip
ekor terdapat 6-12 garis melintang yang ujungnya berwarna kemerah- merahan,
sedangkan punggungnya terdapat garis-garis miring. Mata tampak menonjol agak
besar dengan bagian tepi berwarna hijau kebiru-biruan. Letak mulut ikan nila terminal,
posisi sirip perut terhadap sirip dada thorochis, garis susuk (linea lateralis) terputus
menjadi dua bagian. Jumlah sisik pada garis rusuk 34 buah dan tipe sisik stenoid
(ctenoid). Bentuk sirip ekor berpinggiran tegak (Kordi 1997).

2.1.4 Ikan Barbir

Ikan Barbir (Puntius conchonius) memiliki tubuh memanjang berbentuk pipih
ke samping. Sebagian besar tubuh termasuk perut berwarna keperakan dan mengkilat
dengan corak merah lembut. Selama masa kawin biasanya warna merah tersebut akan
sangat dominan (Lingga dan Susanto 2003).
Sirip-sirip berwarna kemerahan dan transparan, di bawah jari-jari sirip
punggung terakhir terdapat sebuah titik hitam berbentuk lingkaran. Sirip punggung dan
 10

sirip anal berwarna gelap pada ujungnya (Lingga dan Susanto 2003). Barbir (Puntius
conchonius) muda memiliki satu warna yakni keperakan dengan bintik hitam.

Gambar 4. Ikan Barbir

Klasifikasi ilmiah ikan Barbir menurut F. Hamilton (1822) sebagai berikut:

Kingdom : Animalia
Filum : Chordata
Kelas : Actinopterygii
Ordo : Cypriniformes
Family : Cyprinidae
Genus : Puntius
Spesies : Puntius conchonius
Ikan Barbir (Puntius conchonius) hidup secara berkelompok pada perairan
tenang dan mengalir. Kualitas air optimal untuk Barbir (Puntius conchonius) pada suhu
20 – 25 oC, rentang pH 6,0 - 7,0, dan kesadahan 2 – 15 dH. Ikan ini merupakan salah
satu jenis ikan yang telurnya diserakkan. Ikan ini dapat tumbuh hingga ukuran 12,5 cm
Barbir (Puntius conchonius) juga dapat hidup di akuarium serta dapat hidup
berdampingan dengan ikan lain. Barbir (Puntius conchonius) dapat hidup dengan ikan-
ikan permukaan, seperti ikan beranak (Molly) karena ikan Barbir (Puntius conchonius)
termasuk jenis ikan yang hidup di dasar dan tengah perairan (Lingga dan Susanto
2003).

2.1.5 Ikan Mas

Tubuh ikan mas terbagi tiga bagian, yaitu kepala, badan, dan ekor. Memiliki
mulut kecil yang membelah bagian depan kepala, sepasang mata, sepasang lubang
hidung terletak di bagian kepala, dan tutup insang terletak di bagian belakang kepala.
 11

Seluruh bagian tubuh ikan mas ditutupi dengan sisik yang besar, dan berjenis cycloid
yaitu sisik halus yang berbentuk lingkaran. Ikan Mas memiliki lima buah sirip, yaitu
sirip punggung yang terletak di bagian punggung (dorsal fin), sirip dada yang terletak
di belakang tutup insang (pectoral fin), sirip perut yang terletak pada perut (pelvic fin),
sirip dubur yang terletak di belakang dubur (anal fin) dan sirip ekor yang terletak di
belakang tubuh dengan bentuk cagak (caudal fin) (Santoso 2011).
Taksonomi ikan Mas menurut Saanin (1984) adalah sebagai berikut :
Filum : Chordata
Subfilum : Vertebrata
Kelas : Ostheichthyes
Sub-kelas : Actinopterygii
Ordo : Cypriniformes
Subordo : Cyprinoidea
Famili : Cyprinidea
Genus : Cyprinus
Spesies : Cyprinus carpio

Gambar 5. Ikan Mas

Ikan mas menyukai tempat hidup (habitat) di perairan tawar yang airnya tidak
terlalu dalam dan alirannya tidak terlalu deras, seperti di pinggiran sungai atau danau.
Ikan mas dapat hidup baik di daerah dengan ketinggian 150–600 meter di atas
permukaan air laut (dpl) dan 8 pada suhu 25-30°C. Meskipun tergolong ikan air tawar,
ikan mas terkadang ditemukan di perairan payau atau muara sungai yang bersalinitas
(kadar garam) 25-30‰ (Suseno 2000). Menurut Khairuman et al (2008), ikan mas
dapat hidup baik di daerah dengan ketinggian 150-600 meter di atas permukaan air laut,
pada suhu 25-30° C DO >3, salinitas 0 dan pH air antara 7-8.
 12

2.1.6 Ikan Koki

Ikan mas koki dalam ilmu taksonomi hewan masih satu kerabat dengan ikan
mas (Cyprinis carpio). Menurut Bachtiar (2005), sistematika Ikan Mas Koki
berdasarkan ilmu taksonomi dijelaskan sebagai berikut:
Filum : Chordata
Subfilum : Craniata
Kelas : Ostheichthyes
Ordo : Teleoste
Subordo : Cyprinoidea
Family : Cyprinidae
Genus : Carassius
Spesies : Carassius auratus Linnaeus

Gambar 6. Ikan Koki

Menurut Bacthtiar (2005) Ikan Mas koki memiliki bentuk tubuh pendek dan
bulat, mata lebar dan besar, bersirip, dan disisi tubuhnya terdapat gurat sisi yang
mempunyai lembaran insang. Insang yang berfungsi sebagi alat pernafasan. Dari
insang ikan koki dapat memperoleh oksigen dengan cara menghisap melalui mulutnya
kemudian menyaringnya dengan lembaran insang. Oksigen yang masuk dalam tubuh
ikan akan bersama dengan air dan dibawa oleh aliran darah. Maka dari itu, apabila
kualitas air dalam pemeliharan ikan mas koki tercemar maka akan mempengaruhi
kandungan karbondioksida dan kotoran lainnya akan dibebaskan oleh bagian belakang
lembaran insang tersebut.
Ikan mas koki sangat mudah menyesuaikan diri dengan lingkungannya. Ikan
mas koki hidup pada perairan tropis dengan kisaran suhu 20-25⁰C dengan pH dan
 13

keseadahan normal. Kondisi lingkungan yang ideal menjadi faktor utama dalam
memaksimalkan pertumbuhan dan warna ikan mas koki (Agus 2001).

2.1.7 Ikan Nilem

Klasifikasi ikan nilem (Osteochilus hasselti) menurut Saanin (1984) adalah
sebagai berikut :
Phylum : Chordata
Sub phylum : Vertebrata
Kelas : Pisces
Sub kelas : Teleostei
Ordo : Ostariophysi
Sub Ordo : Cyprinoidae
Familia : Cyprinidae
Sub familia : Cyprininae
Genus : Ostechilus
Spesies : Osteochilus hasselti

Gambar 7. Ikan Nilem

Ikan nilem (Osteochilus hasselti) adalah salah satu hewan vertebrata atau ikan
yang hidup di air tawar dan bernafas dengan insang. Bentuk badan mirip ikan mas,
tetapi badannya lebih memanjang dan pipih dengan sirip punggung relatif lebih
panjang. Ikan nilem merupakan jenis ikan herbivora yang makanannya terdiri atas
lumut dan tumbuhan pelekat (Radiopoetro 1991).
Ikan nilem merupakan ikan endemik (asli) Indonesia yang hidup di sungai-
sungai dan rawa-rawa. Ikan nilem termasuk hewan omnivora, makanannya berupa
ganggang penempel yang disebut epifition dan perifition serta mempunyai ciri
morfologi antara lain bentuk tubuh hampir serupa dengan ikan mas. Bedanya, kepala
ikan nilem relatif lebih kecil. Sudut-sudut mulutnya terdapat dua pasang sungut peraba.
 14

Warna tubuhnya hijau abu-abu. Bentuk tubuh agak memanjang dan pipih, ujung mulut
runcing dengan moncong terlipat, serta bintik hitam besar pada bagian ekornya
merupakan ciri utama Ikan nilem (Sumantadinata 1981).
2.2 Materi Genetik
Genetika adalah ilmu yang mempelajari tentang gen, yaitu faktor yang
menentukn sifat-sifat suatu organisme. Proses kehidupan secara biologi merupakan
proses metabolisme yang berlangsung di dalam sel. Penentuan sifat organisme
dilakukan oleh gen melalui pengendalian reaksi-reaksi kimia yang menyusun suhu
lintasan metabolisme. Di dalam genetika dipelajari struktur, proses pembentukan dan
pewarisan gen serta mekanisme ekspresinya dalam pengendalian sifat organisme.
(Khalifah 2013).
Konsep Genetika berkembang dari ilmu yang membahas tentang bagaimana
sifat diturunkan menjadi lebih luas lagi yakni ilmu yang mempelajari tentang materi
genetik. Secara luas genetika menurut Corebima (2009).membahas:
1. Struktur materi genetik, meliputi: gen, kromosom, DNA, RNA, plasmid,
episom, dan elemen tranposabel.
2. Reproduksi materi genetik, meliputi: reproduksi sel, replikasi DNA, reverse
transcription, rolling circle replication, cytoplasmic inheritance, dan Mendelian
inheritance.
3. Kerja materi genetik, meliputi: ruang lingkup materi genetik, transkripsi,
modifikasi pasca transkripsi, kode genetik, translasi, konsep one gen one enzyme,
interaksi kerja gen, kontrol kerja gen pada prokariotik, kontrol kerja gen pada
eukariotik, kontrol genetik terhadap respon imun, kon trol genetik terhadap
pembelahan sel, ekspresi kelamin, perubahan materi genetik.
4. Perubahan materi genetik, meliputi: mutasi, dan rekombinasi.
5. Genetika dalam populasi.
6. Perekayasaan materi genetik.
Berkaitan dengan perkembangan genetika ke arah molekuler maka gen sebagai
materi genetik adalah gen di abad 20 dideskripsikan oleh Tudge (2000) sebagai
 15

perubahan persepsi gen dari wujud seperti manik-manik atau benang gen ke dalam
pengertian atau sebagai wujud kimia dalam proses kimia yang kompleks. Gen berada
dalam terminologi abstrak, ahli genetika akan mengacu ke biologi molekuler dan gen
didekati dari aspek kimiawi. Sehingga saat mendatang kajian genetika akan
mempelajari materi genetika yakni gen, DNA, kromosom, fungsi, ekspresinya serta
perubahannya secara molekuler (Venville 2002).
Pengertian genetika yang baru ini juga memperlihatkan kedudukan genetika di
antara cabang-cabang ilmu biologi yang lain. Jadi genetika bukan hanya membahas
tentang pewarisan sifat dari induk kepada keturunannya. Dalam hubungan ini
dinyatakan bahwa: genetics is the core biological science, nothing in biology makes
sense except in the light of genetics and evaluation (Ayala dan Kiger 1984).
2.3 Elektroforesis
Elektroforesis merupakan proses migrasi molekul bermuatan dalam medium
yang dialiri arus listrik (Holme dan Hazel 1998). Westermeier (2005) menjelaskan
bahwa prinsip dasar elektroforesis adalah molekul dan partikel bermuatan akan
bergerak ke arah elektrode yang memiliki muatan berlawanan di bawah pengaruh
medan listrik. Laju migrasi molekul bermuatan tersebut menuju elektrode yang
bermuatan negatif disebut elektromobilitas.
Elektromobilitas suatu molekul dipengaruhi oleh beberapa faktor, sebagaimana
yang dijabarkan oleh Switzer (1999) bahwa semakin besar muatan molekul maka
semakin besar pula elektromobilitasnya, nilai elektromobilitas berbanding terbalik
dengan besar ukuran molekul sehingga molekul dengan ukuran lebih besar memiliki
elektromobilitas yang lebih kecil bila dibandingkan dengan molekul yang berukuran
lebih kecil. Selain besar muatan dan ukuran molekul tersebut, topologi atau bentuk
molekul turut berpengaruh pula terhadap elektromobilitas suatu molekul.
Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarosa
(Karp, 2008). Metode elektroforesis tersebut pada prinsipnya melibatkan fase stasioner
yang berupa gel agarosa dan fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE) atau
Tris-borat EDTA (TBE) (Switzer 1999). TBE (Tris-borat EDTA) 1X, Tris/Borat
 16

adalah buffer yang umum digunakan sebagai buffer elektroforesis karena memiliki
kapasitas buffering yang tinggi pada titik isoelektriknya (Ausubel, et al., 2003). Borat
bertindak sebagai conductingion sehingga dapat mempertahankan kesetimbangan ion
H+ dan OH- yang dihasilkan oleh elektroda, hal ini berhubungan dengan fungsi buffer
dalam menjaga kesetimbangan pH saat migrasi fragmen DNA berlangsung, perubahan
pH dapat mendenaturasi struktur DNA sehingga mengubah elektromobilitas DNA
(Martin 1996).
Agarosa merupakan polisakarida turunan yang didapat dari alga merah
(Miesfeld, 1999). Gel agarose dapat digunakan untuk memisahkan DNA berukuran
lebih dari 100 bp, sedangkan untuk memisahkan DNA dengan ukran lebih pendek
dapat digunakan gel poliakrilamid (Wilson dan John 1994). Gel agarose merupakan
fase diam dalam pemisahan fragmen DNA, konsentrasi agarose yang digunakan dalam
pemisahan fragmen DNA sangat mempengaruhi mobilitas fragmen DNA, semakin
besar konsentrasi agarose yang digunakan maka semakin kecil pori-pori gel, dan
semakin kecil konsentrasi agarose maka semakin besar pori-pori gel. Perangkat dalam
elektroforesis gel agarosa diantaranya terdiri dari power supply sebagai sumber arus
listrik; cetakan gel; sisir yang digunakan untuk membuat sumuran tempat peletakan
DNA yang akan dielektroforesis. Pembuatan sumuran ini dilakukan dengan
meletakkan sisir pada gel sebelum gel memadat; tangki elektroforesis; dan electrode
(Martin 1996).
Pemisahan fragmen DNA berdasarkan elektromobilitas berguna sebagai
metode analitik maupun preparatif, molekul DNA yang bermuatan negatif karena
adanya gugus fosfat akan bergerak menuju anode (elektrode bermuatan positif) saat
dipisahkan dengan elektroforesis (Miesfeld 1999). Fragmen DNA yang memiliki
ukuran molekul yang sama akan memiliki elektromobilitas yang sama dan menempuh
jarak migrasi yang sama pula (Gilbert 2000). Proses running elektroforesis DNA
sampel bersamaan dengan DNA yang telah diketahui ukurannya (standard) dapat
berguna dalam analisis besar ukuran DNA dalam sampel (Switzer 1999).
 17

2.4 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase Chain Reacton (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi
DNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry Mullis pada
tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA dalam
jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Penggandaan tersebut tidak terlepas dari
penggunaan enzim dan sepasang primer bersifat spesifik terhadap DNA target yang
akan dilipatgandakan. Sehingga nantinya dapat digunakan untuk keperluan lain yang
berkaitan dengan DNA (Erlich 1989).
Salah satu faktor penting yang mempengaruhi kualitas deteksi molekular
berbasis PCR yakni pemilihan primer yang tepat (Rychlik et al. 1990; Greisen et al.
1993). Primer PCR merupakan oligonukleotida yang berperan untuk mengawali proses
amplifikasi molekul DNA. Keberadaan primer PCR tersebut menyebabkan gen target
akan teramplifikasi sepanjang reaksi PCR berlangsung (Marchesi et al. 1998). PCR
adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada
setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA
templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian
didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer
menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA
digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs
(dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini
dilakukan antara 20 – 40 siklus. Target DNA yang diinginkan (short ”target” product)
akan meningkat secara eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long
product) akan meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newton and
Graham 1994).
2.4.1 Teknik PCR
Teknik PCR dapat dimodifikasi ke dalam beberapa jenis diantaranya (Yusuf
2010):
 18

1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP);

Metode ini digunakan untuk membedakan organisme berdasarkan analisis model
derifat dari perbedaan DNA.
2. Inverse-PCR
Metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen internal yang diketahui.
Template didigesti dengan enzim restriksi yang memotong bagian luar daerah yang
akan diamplifikasi, fragmen restriksi yang dihasilkan ditempelkan dengan ligasi dan
diamplifikasi dengan menggunakan sekuen primer yang memiliki titik ujung yang
memiliki jarak yang jauh satu sama lain dengan segmen eksternal yang telah tergabung.
Metode ini khusus digunakan untuk mengidentifikasi ”sekuen antara” dari beragam
gen.
3. Nested-PCR
Proses ini memungkinkan untuk mengurangi kontaminasi pada produk selama
amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak diperlukan. Dua set primer digunakan
untuk mendukung metode ini, set kedua mengamplifikasi target kedua selama proses
pertama berlangsung. Sekuens DNA target dari satu set primer yang disebut primer
inner disimpan di antara sekuens target set kedua dari primer yang disebut sebagai outer
primer. Pada prakteknya, reaksi pertama dari PCR menggunakan outer primer, lalu
reaksi PCR kedua dilakukan dengan inner primer atau nested primer menggunakan
hasil dari produk reaksi yang pertama sebagai target amplifikasi. Nested primer akan
menyatu dengan produk PCR yang pertama dan menghasilkan produk yang lebih
pendek daripada produk yang pertama.
4. Quantitative-PCR
Digunakan untuk pengukuran berulang dari hasil produk PCR. Metode ini secara
tidak langsung digunakan untuk mengukur kuantitas, dimulai dari jumlah DNA,
cDNA, atau RNA. Hasil dari metode ini juga menampilkan copy dari sampel.
5. Reverse Transcriptase (RT-PCR)
Metode ini digunakan untuk amplifikasi, isolasi atau identifikasi sekuen dari sel
atau jaringan RNA. Metode ini dibantu oleh reverse transcriptase (mengubah RNA
 19

menjadi cDNA), mencakup pemetaan, menggambarkan kapan dan dimana gen

diekspresikan.
6. Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD )
Bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme pada tingkat DNA. Metode ini
dikembangkan oleh Welsh and Mc Clelland (1990) dengan cara mengkombinasikan
teknik PCR menggunakan primer – primer dengan sequens acak untuk keperluan
amplifikasi lokus acak dari genom.
2.4.2 Prinsip Kerja PCR
Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20–30 kali
siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR
dalam satu siklus:
1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi
Pada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA
terputus (denaturasi) dan DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal
PCR tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua berkas
DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat
(“patokan”) bagi primer. Durasi tahap ini 1–2 menit.
2. Tahap penempelan atau annealing
Primer menempel pada bagian DNA templat yang komplementer urutan basanya.
Ini dilakukan pada suhu antara 45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang
tidak tepat menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di
sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan atau elongasi.
Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA polimerase yang dipakai.
Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap
ini biasanya 1 menit.
Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan
renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer lain.
Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang dipakai.
 20

Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secara

ksponensial.
Pada tahap denaturasi, pasangan untai DNA templat dipisahkan satu sama lain
sehingga menjadi untai tunggal. Pada tahap selanjutnya, masing-masing untai tunggal
akan ditempeli oleh primer. Jadi, ada dua buah primer yang masing-masing menempel
pada untai tunggal DNA templat. Biasanya, kedua primer tersebut dinamakan primer
maju (forward primer) dan primer mundur(reverse primer). Setelah menempel pada
untai DNA templat, primer mengalami polimerisasi mulai dari tempat penempelannya
hingga ujung 5’ DNA templat Dengan demikian, pada akhir putaran reaksi pertama
akan diperoleh dua pasang untai DNA jika DNA templat awalnya berupa sepasang
untai DNA.
Pasangan-pasangan untai DNA yang diperoleh pada suatu akhir putaran reaksi
akan menjadi templat pada putaran reaksi berikutnya. Begitu seterusnya hingga pada
putaran yang ke n diharapkan akan diperoleh fragmen DNA pendek sebanyak 2n – 2n.
Fragmen DNA pendek yang dimaksudkan adalah fragmen yang ukurannya sama
dengan jarak antara kedua tempat penempelan primer. Fragmen pendek inilah yang
merupakan urutan target yang memang dikehendaki untuk digandakan (diamplifikasi)
(David 2001).

2.5 Marka DNA

Marka genetik terbagi menjadi tiga kelas besar yaitu : (i) marka yang berdasar
sifat yang secara visual dapat diduga (marka morfologi); (ii) marka yang berdasar pada
produk gen (marka biokimia) dan (iii) marka yang berdasar pada pengujian DNA
(marka molekuler) (Semagn et al. 2006). Marka morfologi dikarakterisasi visual secara
fenotipik seperti warna bunga, bentuk biji, tipe tumbuh atau pigmentasi. Marka isozym
adalah marka yang dapat membedakan enzim yang dideteksi melalui elektroforesis dan
merupakan penanda spesifik. Keterbatasan dari marka morfologi dan biokimia adalah
dalam jumlah dan keterlibatan pengaruh faktor lingkungan atau fase perkembangan
tanaman. Marka molekuler mempunyai keunggulan karena jumlahnya tidak terbatas
 21

dan tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan maupun fase perkembangan tanaman
(Tanksley dan McCouch 1997).
Teknik dasar marka molekuler dapat diklasifikasikan menjadi 2 katagori yaitu:
(i) teknik yang tidak berdasar pada PCR (non-PCR-based techniques) atau teknik
berdasar hibridisasi seperti RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) dan
(ii) teknik berdasar PCR (PCR-based techniques) seperti RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSRs (Simple
Sequence Repeats), SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), ISSR (Inter
Simple Sequence Repeat) (Semagn et al. 2006).
Prinsip teknik RAPD adalah membedakan hasil amplifikasi PCR dari DNA
genom. Polimorfisme dihasilkan oleh penyusunan kembali atau delesi pada atau di
antara sisi pengikatan (binding site) oligonukleotida primer dalam genom
menggunakan sekuen oligonukleotida acak pendek (sekitar 10 bp). Teknik ini tidak
memerlukan informasi awal tentang sekuen genom yang akan dianalisis sehingga dapat
dimanfaatkan lintas spesies menggunakan primer universal. Beberapa keunggulan
penggunaan metode RAPD adalah: kebutuhan DNA sangat sedikit, hemat biaya,
mudah diaplikasikan dan primer yang diperlukan sudah banyak dikomersialisasikan
sehingga mudah diperoleh. Selain mempunyai keunggulan, metode ini juga
mempunyai beberapa kelemahan utama yaitu di antaranya adalah sangat tergantung
dari kondisi reaksi sehingga hasilnya dapat bervarisai antar satu laboratorium dengan
laboratorium yang lain serta tidak dapat membedakan individu yang homosigot dengan
yang heterosigot (marka dominan) (Bardakci 2001).
2.6 Keragaman Genetik
Keragaman genetik merupakan salah satu faktor penting dalam
mempertahankan keberadaan suatu jenis. Suatu populasi dengan keragaman genetik
tinggi, mempunyai kemampuan untuk mempertahankan diri dari serangan penyakit dan
perubahan iklim ekstrim, sehingga mampu hidup dalam kondisi lestari pada beberapa
generasi. Tingkat keragaman genetik merupakan salah satu faktor penentu dalam
keberhasilan strategi pemuliaan maupun konservasi. Nilai keragaman genetik suatu
 22

populasi tergantung juga pada keberhasilan sistem reproduksi pada populasi tersebut.
Keragaman genetik dapat dipertahankan apabila tidak terjadi kawin sendiri (selfing)
atau kawin kerabat (inbreeding) (Tani et al. 2009). Laju sistem reproduksi bergantung
juga pada sinkronisasi fenologi pembungaan dan faktor lingkungan seperti kerapatan
dan tinggi pohon (Tani et al. 2009). Sinkronisasi pembungaan sering tidak terjadi pada
individu-individu pohon baik di hutan alam maupun hutan tanaman apabila tahun
tanamnya berbeda atau berasal dari provenan atau populasi yang berbeda.
 BAB III
METODOLOGI PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat Praktikum

Berikut merupakan waktu dan tempat pratikum bioteknologi perikanan.
3.1.1 Pengenalan Alat Bahan dan Sterilisasi
Praktikum bioteknologi perikanan mengenai pengenalan alat bahan dan
sterilisasi dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi gedung 3 Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran pada hari Rabu, 06 Maret 2019 pukul 07.30-
10.00 WIB.
3.1.2 Isolasi DNA
Praktikum biteknologi perikanan mengenai Isolasi DNA dilaksanakan di
Laboratorium Bioteknologi gedung 3 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Padjadjaran pada hari Rabu tanggal 27 Maret 2019 pukul 8.00- 10.00 WIB.
3.1.3 Elektroforesis
Praktikum Bioteknologi Perikanan mengenai Elektroforesis dilaksanakan di
Laboratorium Bioteknologi gedung 3 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Padjadjaran pada hari Rabu, 10 April 2019 pukul 07.30-10.00 WIB.
3.1.4 PCR
Praktikum biteknologi perikanan mengenai Polymerase Chain Reaction
dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi gedung 3 Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan Universitas Padjadjaran pada hari Rabu tanggal 27 Maret 2019 pukul 8.00
WIB.
3.2 Alat dan Bahan Praktikum
Berikut ini merupakan alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum
biteknologi perikanan.
3.2.1 Alat Praktikum
Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan.

23
 24

3.2.1.1 Pengenalan Alat Bahan dan Sterilisasi

Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Pengenalan Alat Bahan dan Sterilisasi.
1. Mortar, sebagai tempat untuk menghaluskan suatu bahan atau zat.
2. Gunting, untuk memotong sampel.
3. Pinset, untuk mengambil sampel.
4. Gelas ukur, untuk mengukur volume larutan yang digunakan.
5. Erlenmeyer, untuk mengukur volume larutan yang digunakan.
6. Sumpit, untuk mengambil sampel.
7. Microtube, untuk menyimpan ekstraksi DNA.
8. Microtips, untuk wadah komponen PCR.
3.2.1.2 Isolasi DNA
Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Isolasi DNA.
1. Mortar sebagai tempat untuk menghaluskan suatu bahan atau zat.
2. Gunting untuk memotong sampel.
3. Pinset untuk mengambil sampel.
4. Vortex untuk mencampur cairan dalam wadah kecil.
5. Microcentrifuge untuk memutar microtubes khusus pada kecepatan tinggi.
6. Water Bath untuk menciptakan suhu yang konstan.
7. Neraca analitik untuk mengukur massa kecil dalam rentang sub-miligram.
8. Mikropipet untuk mengambil larutan supernantant dan zat kimia lain dalam
ukuran yang kecil/sangat kecil.
9. Sumpit Plastik untuk mengambil sampel.
10. Microtips untuk wadah komponen PCR.
11. Mikrotube untuk menyimpan ekstraksi DNA.
3.2.1.3 Elektroforesis
Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai eletroforesis.
 25

1. Botol scott untuk mencampurkan bubuk agarose, TAE dan gel red
2. Cetakan agarose sebagai wadah untuk mencetak agarose
3. Gelas ukur untuk mengukur larutan dengan skala ml
4. Gunting untuk memotong parafilm dan plastic wrap
5. Microwave untuk memanaskan campuran agarose dan larutan TAE
6. Mikropipet untuk mengambil larutan dengan skala µl
7. Mikrotips untuk wadah larutan saat berada di mikropipet
8. Parafilm sebagai tempat menghomogenkan dna genom dengan loading dye
9. Plastik wrap untuk menutup bagian atas botol scott
10. Timbangan digital untuk menimbang bubuk agarose
11. UV transilluminator untuk memberikan sinar UV kepada gel agarose agar pita
dapat terlihat.
3.2.1.4 PCR
Berikut ini merupakan alat yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Polymerase Chain Reaction.
1. Mesin Thermal Cycler untuk amplifikasi (penggandaan) DNA.
2. Tabung Eppendorf sebagai wadah sampel yang akan di amplifikasi.
3. Mikro pipet untuk mengambil larutan supernantant dan zat kimia lain dalam
ukuran yang kecil/sangat kecil.
4. Sisir untuk mencetak sumuran gel pada agarose.
5. Kertas parafilm sebagai tempat menghomogenkan marker, loading dye dan
sampel.
6. Beaker glass sebagai tempat penampung sampel.
7. Tissue untuk sterilisasi.
8. Sentrifuse untuk memisahkan bagian yang padat dan yang cair.
3.2.2 Bahan Praktikum
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan.
 26

3.2.2.1 Pengenalan Alat Bahan dan Sterilisasi

Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai mengenai pengenalan alat bahan dan sterilisasi.
1. Akuades, sebagai reagent atau pencampur zat.
3.2.2.2 Isolasi DNA
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Isolasi DNA.
1. Sirip Induk Ikan sebagai sampel yang akan diuji.
2. Kit promega wizard genomic purification untuk isolasi DNA.
3. Ethanol sebagai pendegradasi protein.
3.2.2.3 Elektroforesis
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai elektroforesis.
1. Bubuk agarose sebagai bahan utama dalam pembuatan gel agarose.
2. DNA genom sebagai bahan yang akan di elektroforesis.
3. Gel red untuk visualisasi DNA di dalam gel agarose.
4. Larutan TAE sebagai penghantar listrik.
5. Loading dye sebagai pemberat supaya dna genom masuk kedalam sumur.
3.2.2.4 PCR
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Polymerase Chain Reaction.
4. Go Taq green master mix sebagai marker.
5. NFW untuk reaksi polimerasi
6. Primer RAPD – OPA 3 untuk mengawali proses sintesis rantai DNA
7. DNA template sebagai fragmen DNA yang akan di amplifikasi
3.3 Prosedur Praktikum
Berikut ini merupakan prosedur praktikum yang digunakan dalam praktikum
biteknologi perikanan.
 27

3.3.1 Pengambilan Sampel

Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai pengambilan sampel.
1. Sampel bagian sirip ikan yang akan diamati diambil , dipotong menggunakan
gunting bedah pada bagian sirip.
2. Sampel direndam pada larutan preservasi (alkohol : gliserol <4:1>)
3. Disimpan pada suhu terjaga.
3.3.2 Proses Isolasi/Ekstraksi DNA
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Isolasi DNA.
1. Diambil sampel berupa sirip ekor ikan mas sebanyak 10 mg dan dimasukkan ke
dalam tube 1,5 mL
2. Sampel digerus menggunakan sumpit hingga halus
3. Ditambahkan Nuclei Lysis Solution sebanyak 300 ul dan dihomogenkan
menggunakan vortex selama 10 detik kemudian diinkubasi/dipanaskan
menggunakan water bath dengan sushu 65ºC selama 30 menit
4. Ditambahkan sample dengan RNAse Solution sebanyak 1,5 ul dan dibolakbalik
sebanyak 2-5 kali dengan tujuan agar bercampur dengan baik, setelah itu kembali
diinkubasi pada water bath dengan suhu 37ºC selama 30 menit. Setelah
diinkubasi, sampel diinginkan pada suhu ruang terlebih dahulu selama 5 menit.
5. Ditambahkan Protein Precipitation Solution sebanyak 100 ul dan dihomogenkan
menggunakan vortex selama 10 detik, selanjtunys dalam es curai selama 5 menit
dan disentrifugasikan selama 4 menit dengan kecepatan centrifuge 13.000 rpm.
6. Supernaathan dipindahkan ke dalam tube baru yang tekah diisi dengan isopranol
sebanyak 300 ul, selanjutnya dihomogenkan dan disentrifugasi dengan kecepatan
13.000 selama 1 menit
7. Supernatant dibuang dan ditambahkan ethanol 7% sebanyak 300 ul dan
disentrifugasi kembali dengan kecepatan 13.000 rpm selama satu menit
 28

8. Ethanol dibuang dan pellet dikeringkan dengan cara diangin-anginkan selama 15

menit
9. Ditambahkan Rehydration Solution sebanyak 50 ul pada tube yang telah berisi
pellet dan kemudian diinkubasi didalam water bath pada suhu 65ºC selama 1 jam
10. Hasil larutan dari proses isolasi DNA ini adalah larutan yang berisi DNA sampel
yang siap digunakan sebagai DNA template pada proses selanjutnya tube yaitu
amplifikasi dan elektroforesis. Selanjutnya tube disimpan pada suhu -20ºC.

3.3.3 Amplifikasi DNA dengan Teknik RAPD-PCR

Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai Polymerase Chain Reaction.
1. Larutan MyTaq Master Mix dimasukan kedalam mikrotube sebanyak 12,5 ml.
2. Nuclease free water ditambahkan ke dalam mikrotube sebanyak 9,5 ml.
3. Primer ditambahkan ke dalam mikrotube sebanyak 1 ml.
4. DNA template ditambahkan ke dalam mikrotube.
5. Suhu dan waktu di atur pada mesin PCR/ Thermal Cycler.
6. Sampel yang sudah siap dimasukan ke dalam mesin Thermal Cycler.
7. Mesin PCR dijalankan dengan suhu dan waktu yang sudah di atur.

3.4 Elektroforesis
Berikut ini merupakan bahan yang digunakan dalam praktikum biteknologi
perikanan mengenai elektroforesis.
1. Bubuk agarose ditimbang sebanyak 1 gram.
2. TAE diukur sebanyak 100mL.
3. Agarose dicampurkan dengan TAE pada botol scott.
4. Bagian atas ditutup dengan plastic wrap dan dilubangi beberapa bagian.
5. Botol scott dimasukkan kedalam microwave selama 1 menit.
6. Botol scott dikeluarkan dari microwave dan dibuka tutupnya.
7. Botol scott dimasukkan gel red 10µl. lalu botol digoyangkan hingga larutan
homogen.
8. Bejana elfor diposisikan sebagai cetakan gel agarose.
 29

9. Sisir dipasangkan pada cetakan gel agarose.

10. Campuran agarose, TAE dan gel red dituangkan ke dalam cetakan agarose dan
dibiarkan hingga padat.
11. Gel agarose yang sudah padat dimasukkan ke dalam larutan running buffer TBE
secara sub marine.
12. Hasil amplifikasi DNA diisi pada setiap sumur gel agarose dengan komposisi 4µl
DNA hasil dan 2µl loading dye sebagai marker.
13. Tangki elektroforesis yang berisi gel agarose dan larutan TBE diberi aliran listrik
dimana pada sisi yang berisi hasil amplifikasi berarus negative. Proses
elektroforesis berlangsung selama 70 menit pada voltase 75.
14. Setelah proses running selesai, gel agarose diambil kemudian dimasukkan ke
dalam mesin UV transilluminator. Hasil elektroforesis didokumentasikan
menggunakan kamera digital untuk kemudian dianalisis.

3.5 Analisis Data

Data yang diperoleh disajikan dalam bentuk gambar dan dianalisis secara
deskriptif, yaitu dengan membandingkan hasil percobaan dengan literatur yang
berkaitan.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Isolasi/Ekstraksi DNA Genom

Gambar 8. Hasil Isolasi DNA

genom

Pada sumur 1 terlihat pita DNA yang terbentuk tipis dan mengumpul (tidak menyebar)
dll. Tingkat ketebalan DNA ditentukan dari kemurnian atau proses ekstraksi yang kurang tepat
pada sampel yang diamati, sehingga menyebabkan sampel tersebut tidak memiliki kualitas
bagus. Ketebalan pita yang paling bagus terdapat pada sampel 7, 8, 9. Sedangka pita yang
kurang bagus terdapat pada sampel 5. Kualitas DNA akan sangat berpengaruh terhadap analisis
karakter genetik selanjutnya.
Irmawati (2003) menyatakan bahwa pita DNA yang tebal dan mengumpul (tidak
menyebar) menuntukan konsentrasi yang tinggi dan DNA total yang diekstrak dlam kondisi
utuh. Sedangkan, pita DNA yang terlihat menyebar menunjukan adanya ikatan antar molekul
DNA yang terputus pada saat proses ekstraksi berlangsung sehingga genom DNA terpotong
menjadi bagian-bagian yang lebih kecil. Terputusnya ikatan antar molekul tersebut dapat
disebabkan oleh adanya gerakan fisik yang berlebihan yang dapat terjadi dalam proses
pamipetan, pada saat dibolak-balik dalam ependorf, disentrifus, atau bahkan karena
termperatur yang terlalu tinggi dan karena aktivitas bahan-bahan kimia tertentu.
Komalasari (2009) menyatakan bahwa konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi
oleh 2 faktor yaitu kecepatan ekstraksi pada waktu ekstraksi dan komposisi penambahan lisis
buffer. Faktor kecepatan ekstraksi merupakan faktor paling berpengaruh karena pada tahap
lisis sel dan presipitasi pengambilan supernatan harus dilakuan persampel, sehingga beberapa
sampel terjadi pengendapan DNA. Kualitas DNA yang terekstraksi juga ditunjukan oleh

30
 31

adanya smear pada pita DNA, semakin sedikit atau tidak adanya smear menunjukan semakin
baik kualitas DNA.
4.2 Amplifikasi DNA dan Deteksi Polimorfisme

Gambar 9. Amplifikasi DNA

Berdasarkan amplifikasi hasil elektroforesis pada Gambar 9 masih terdapat smear

(kontaminasi DNA hasil isolasi oleh sisa hasil ekstraksi DNA) pada sumur ke 1, 2, 7, 8 dan 9.
Keberadaan smear ini dapat menghambat proses amplifikasi (PCR) dikarenakan adanya
kontaminan sisa protein dan RNA yang ikut terisolasi ketika proses ekstraksi DNA (Fatchiyah
et al. 2011). Smear dapat berupa molekul-molekul dengan ukuran bervariasi yang dapat berasal
dari DNA yang terdegradasi ataupun materi ikutan lain yang tidak diketahui (Purwanto 2011).
Sampel yang terlihat memiliki smear yang relatif banyak yaitu pada sumur ke 2 dan 6.
Keberhasilan amplifikasi fragmen DNA template, primer, buffer PCR, MgCl, enzim
polymerase, suhu, waktu dan jumlah siklus (Sambrook dan Russell 2001). Optimalisai PCR
perlu dilakukan terlebih dahulu untuk mendapatkan kondisi PCR yang tepat sehingga
dihasilkan produk PCR yang spesifik.
Irmawati (2003) menjelaskan bahwa keberhasilan penggandaan DNA tergantung pada
konserntrasi dan kemurnian sampel DNA, Taq polymerase, ukuran panjang primer, komposisi
primer dan tingkat homologi primer dengan DNA target, sehingga faktor-faktor tersebut harus
dikontrol secara hati-hati. Fatchiyah et al. (2011) menambahkan bahwa kemurnian DNA target
sangat penting karena ketidak murnian suspensi DNA dapat mempengaruhi reaksi amplifikasi
dan dapat menghambat kerja enzim DNA polymerase. Meskipun demikian, pada kondisi
tertentu, amplifikasi PCR masih dapat bekerja dalam suspense kasar.
Irmawati (2003) menyatakan bahwa pita DNA yang tebal dan mengumpul (tidak
menyebar) menunjukan konsentrasi yang tinggi dan DNA total yang diekstrak dalam kondisi
 32

utuh. Sedangkan, pita DNA yang terlihat menyebar menunjukan adanya ikatan antar molekul
DNA yang terputus pada saat ekstraksi berlangsung sehingga genom DNA terpotong menjadi
bagian-bagian yang lebih kecil. Terputusnya ikatan antar molekul tersebut dapat disebabkan
oleh adanya gerakan fisik yang berlebihan yang dapat terjadi dalam proses pemipetan, pada
saat dibolak-balik dalam ependorf, disentrifus atau bahkan karena temperature yang terlalu
tinggi dank arena aktivitas bahan-bahan kimia tertentu. Kemurnian DNA dari hasil
elektroforesis dikonfirmasi dengan uji kuantitatif menggunakan spektrofotometer. Kemiripan
sifat antar varietas dapat diketahui dari banyaknya pita yang sama antar sampel.
Pita hasil amplifikasi dengan panjang basa yang sama menunjukkan lokus gen yang
sama. Namun, belum tentu memiliki sekuen basa DNA yang sama. Untuk mengetahui
perbedaan sekuen pita pada lokus yang sama perlu dilakuakn sekuensing DNA. Karakterisasi
sekuen berguna untuk mengetahui jenis gen yang teramplifikasi.
Terdapat beberapa faktor yang menyebabkan tidak berhasilnya amplifikasi PCR yaitu
komposisi PCR (kerusakan pada enzim Taq Polimerase), suhu annealing, primer yang tidak
sesuai dan kualitas DNA genom yang buruk. Kualitas genom yang kurang baik bisa jadi
penyebab ketidakberhasilan amplifikasi DNA (Liu et al. 2006).

4.3 Analisis Kekerabatan Genetik Ikan Uji

Gambar 10. Analisis Kekerabatan Genetik Ikan Uji

 33

Pohon kekerabatan (fenogram) diperoleh berdasarkan pita-pita teramplifikasi

(polimorfik dan monomorfik) menggunakan primer OPA-03. Williams dan Ronald
(1990) mengemukakan bahwa pita polimorfik adalah gambaran pita DNA yang muncul
pada ukuran tertentu, tetapi pada ikan uji lain tidak ditemukan pita DNA pada ukuran
tersebut. Fragmen monomorfik adalah fragmen yang terdapat pada seluruh sampel ikan
uji pada ukuran yang sama. Pita monomorfik tersebut menunjukkan adanya
kekerabatan antara sampel ikan uji. Trijoko et al. (2013) mengatakan bahwa sekuens
nukleotida yang monomorfik ini kemungkinan mengekspresikan kemiripan fenotip
pada populasi tersebut, kemungkinan fenotip yang sama ini dapat diketahui dari segi
morfologis, anatomis, maupun fisiologis.
Keanekaragaman genetik merupakan variasi genetik dalam satu spesies baik di
antara populasi - populasi yang terpisah secara geografik maupun di antara individu-
individu dalam satu populasi. Individu dalam satu populasi memiliki perbedaan genetik
antara satu dengan lainnya. Variasi genetik timbul karena setiap individu mempunyai
bentuk-bentuk gen yang khas. Nilai jarak genetik dapat memberikan gambaran
mengenai bentuk kekerabatan antar populasi. Makin kecil nilai jarak genetik yang
diperoleh maka makin dekat pula keragaman kedua populasi tersebut, demikian juga
sebaliknya
Berdasarkan pohon kekerabatan (fenogram), hasil analisis kekerabatan genetik
dari praktikum yang telah dilakukan yaitu sampel yang memiliki hubungan
kekerabatan paling dekat adalah sampel 4 dan 5 dengan koefisien di angka 1.00 hal itu
dikarenakan karena sampel 4 dan 5 merupakan ikan dengan spesies yang sama yaitu
ikan nila (Oreochromis niloticus). Sampel 2 (ikan barbir), 8 (ikan koki berwarna), 9
(ikan nilem), 7 (ikan mas), dan 6 (ikan mas) membentuk suatu kelompok. Sampel 8
(ikan koki berwarna) dan 9 (ikan nilem) membentuk kelompok sendiri dan memiliki
kedekatan dengan koefisien 0,90 begitupun dengan sampel 6 (ikan mas) dan 7 (ikan
mas) memliki nilai koefisien yang sama sedang sampel 1 terpisah dari kedua kelompok
di atas, artinya sampel 1 memiliki hubungan kekerabatan paling jauh antara sampel 6
(ikan mas), 7 (ikan mas), 8 (ikan koki berwarna) dan 9 (ikan nilem). Analisis dengan
 34

metode ini menunjukkan adanya variasi genetik yang cukup tinggi pada sembilan
varietas yang diuji. Kemurnian DNA dan keutuhannya memiliki pengaruh yang sangat
penting terhadap keberhasilan proses amplifikasi PCR khususnya RAPD-PCR, apabila
kemurniannya rendah maka akan mempengaruhi penempelan primer pada situs yang
komplementer dari DNA genom (Triana et al. 2010).
 BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan
Konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi oleh 2 faktor yaitu kecepatan
ekstraksi pada waktu ekstraksi dan komposisi penambahan lisis buffer. Kualitas DNA
yang terekstraksi juga ditunjukan oleh adanya smear pada pita DNA, semakin sedikit
atau tidak adanya smear menunjukan semakin baik kualitas DNA. Pada hasil isolasi/
ekstraksi DNA genom, hasil yang paling terlihat jelas pitanya adalah sampel ke 7, 8, 9,
dan 10. Pada hasil amplifikasi DNA masih terdapat smear pada sumur ke 1, 2, 7, 8 dan
9. Pada analisis kekerabatan genetik ikan uji, ikan yang memiliki kekerabatan paling
dekat adalah sampel 4 dan 5 merupakan ikan dengan spesies yang sama yaitu ikan nila
(Oreochromis niloticus). Sampel 1 memiliki hubungan kekerabatan paling jauh antara
sampel 6 (ikan mas), 7 (ikan mas), 8 (ikan koki berwarna) dan 9 (ikan nilem).
5.2 Saran
Pada praktikum bioteknologi disarankan agar praktikan ketika praktikum
berlangsung dapat dengan tertib dan lebih teliti agar tidak terkontaminasinya DNA
hasil isolasi oleh sisa hasil ekstraksi DNA.

35
 DAFTAR PUSTAKA

Affandi R, Sjafei DS, Rahardjo MF dan Sulistiono. 1992. Fisiologi Ikan (Pencernaan).
Bogor : Institut Pertanian Bogor, Pusat Antar Universitas Ilmu Hayat.

Agus, G.T.K., Agus K.A., A. Dianawati, Dipo U.T., E.S. Irawan, K. Miharja, L.
Gusyadi, Luluk A.M., Maman N., P.S. Karno, P. Dachlan, Udin S., Ujang
J.M., T. Yana dan Y. Sastro. 2002. Koi. PT AgroMedia Pustaka.
Tangerang. Hal 23 – 46

Agus. 2001. Beberapa Metode Pembenihan Ikan Air Tawar. Yogyakarta: Kanisius.

Amri, K. dan Khairuman. 2003. Membuat pakan ikan konsumsi. Agromedia pustaka.
Tanggerang

Ayala, F.J and Kiger, J.A. 1984. Modern Genetics. Menlo Prk California: The
Benyamin/cumings Publishing Company, Inc.

Bachtiar, Y. 2005. Mencegah Mas Koki Mudah Mati. Jakarta: Agromedia Pustaka.

Bardakci, F. 2001. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. Turkish

Journal of Biology. 25:185-196.

Bull A.T., Holt, G., Lilly M.D. 1982. Biotecnology: International Trends and
Perspecive. OECD, Paris.

Corebima. 2009. Pengalaman Berupaya menjadi Guru Profesional. Pidato

Pengukuhan Guru Besar dalam Bidang Genetika pada Fakultas MIPA
Universitas Negeri Malang, 30 Juli 2009.

David, J. C, Jannet L.,Comparison. 2001. System for Identification of Select Biological

Warfare Agents, Armed Force Institute of Pathology, American Registry
of Pathology, Washington, DC.

Effendi, H. 1993. Mengenal Beberapa Jenis Koi. Kanisius. Yogyakarta.

Erlich, H.A. 1989. Polymerase Chain Reaction. Journal of Clinical Immunology 9:

437−447

Fatchiyah, Estri Laras A, Sri Widyarti dan Sri Rahayu. 2011. Biologi Molekular:
Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Erlangga.

36
 37

Hans G Schlegel. 1994. Mikrobiologi Umum. Yogyakarta: Gadjah Mada University

Press.

Irmawati. 2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi Pertama
Pada Stok Hatchery. Thesis. Bogor: IPB.

Khairuman. S. Dodi dan G. Bambang. 2008. Budidaya Ikan Mas Secara Intensif. Pt
Agromedia Pustaka. Jakarta. 358 Hal.

Khalifah Mustami, Muh. 2013. Genetika. Universitas Islam Negeri Alauddin.

Makassar

Kogera, C.S., Teha, S.J., and Hinton, D.E. 1999. Biology of Reproduction, 61: 1287-
1293. Society for the Study of Reproduction, Inc.

Komalasari, K. 2009. Pengaruh perbandingan volume darah dan lisis buffer serta
kecepatan sentrifugasi terhadap kualitas produk DNA pada sapi Frensian
Holstein (FH). Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Kordi, K. M. G. H. 1997. Budidaya Ikan Nila. Dahara Prize. Semarang.

Liu JJ, Ekramoddoullah AKM, Hunt R, Zainal A. 2006. Identification and

characterization of RAPD markers linked to a major gene (Cr2) for
resistant to Cronartium ribicola (Fish) in Pinus monticola (D.Don).
Phytopathology. Vol. 96:395-399.

Marchesi, J.R., T. Sato, A.J. Weightman, T.A. Martin, J.C. Fry, S.J. Hiom, & W.G.
Wade. 1998. Design and Evaluation of Useful Bacterium Specific PCR
Primer that Amplify Genes Coding for Bacterial 16S-rRNA. Applied and
Environmental Microbiology 64: 795–799.

Newton, C.R. and A. Graham. 1994. PCR. UK: Bios Scientific Publisher

Pelczar, Michael J dan Chan, E. C. S. 2008. Dasar-Dasar Mikrobiologi Jilid I. Jakarta:

UI Press.

Purwanto, A. 2011. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi Dini
Koi Herpes Virus (KHV) Pada Ikan Mas (Cyprinus carpio L.). Skripsi.
Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Padjadjaran. Jatinangor

Radiopoetro.1997. Zoologi. Jakarta:Erlangga.

 38

Saanin, 1984. Taksonomi dan Kunci Identifikasi Ikan Volume I dan II. Bina Rupa
Aksara. Jakarta.

Sambrook, J. dan Russel, D.W. 2001. Molecular Cloning : A Laboratory Manual 3 th

edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York. 78-125.

Santoso, R. H. 2011. Uji Coba Penggunaan Pelet yang Mengandung Imunoglobulin-Y

(Ig-Y) Anti Koi herpesvirus Sebagai Pencegah Penyakit pada Ikan Mas
(Cyprinus carpio). Skripsi. Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan
Kesehatan Masyarakat Veteriner. Fakultas Kedokteran Hewan. Institut
Pertanian Bogor. 51 Hal.

Semagn, K., Bjørnstad, A., and Ndjiondjop, M.N. , 2006. An overview of molecular
marker methods for plants. African Journal of Biotechnology 5 (25): 2540-
2568.

Sumantadinata, K. 1981. Pengembangan Ikan-Ikan Peliharaan Di Indonesia. Jakarta :

Sastra Hudaya. Universitas Gadjah Mada,209-215. Jakarta : Erlangga.

Suryani. 2006. Budidaya Ikan Hias. PT. Intan Sejati. Klaten. hal 22 – 26.

Susanto, H. 2000. Budidaya Ikan Koi. Penebar Swadaya. Jakarta

Tanksley SD, McCouch SR. 1997. Seed banks and molecular maps: Unlocking genetic
potential from the wild. Science 277: 1063 - 1066.

Triana, S.H., M.S. Gani., A.C. Malina dan Hamka. 2010. Analisis Keragaman Genetik
dalam Seleksi Mendapatkan Induk Kerapu Macan (Ephinephelus
fuscoguttatus) yang Tahan Bakteri Vibrio parahaemolitycus dan Toleran
Salinitas Rendah serta Salinitas Tinggi. Lembaga Penelitian dan
Pengembangan Sumberdaya, Universitas Muslim Indonesia, Makassar.

Trijoko, N.S.N., Handayani, dan A. Feranisa. 2013. Karakterisasi Morfologi dan

Diversitas Genetik Hasil Persilangan Macrobrachium rosebergii (De
Man, 1879) Populasi Samas, Bone dan Sintesis. Fakultas Biologi
Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.

Venville & Treagust, 2002. Teaching about the Gene in the Genetic Information Age.
Australian Science Teachers Journal.

Williams, J.G and Ronald, I.A. 1990. DNA Polumorphisms Amplified by Arbitary
Primers Are Useful as Genet ics Markers. Nuclei Acids Res 18, 6531- 6535
 39

Wisnuwati. 2018. Modul Pengembangan Keprofesian Berkelanjutan Mata Pelajaran

Biologi Bidang Perikanan Dan Kelautan Sekolah Menengah Kejuruan
(Smk). Direktorat Jenderal Guru dan Tenaga, Kependidikan Kementerian
Pendidikan dan Kebudayaan. Jakarta.

Yusuf Z. K., 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR).Saintek. Universitas Negeri

Gorontalo.
LAMPIRAN
 41

Lampiran 1. Alat yang digunakan pada Praktikum

Pengenalan Alat

Mikrotips Gunting

Alumunium Foil Kain Kasa

Mikrotips Mikrotube

Waterbath Timbangan Digital

Mikrowave Timbangan Analitik

 42

Tangki Elektroforesis Power Supply

Thermal Cycler PCR Certrifuge

Spektrofotometer
PCR kit

Freezer
Refrigerator

Mikropipet Lemari UV
 43

Tabung Eppendorf Sisir Elektroforesis

Petri Dish Vortex

 44

Alat Praktikum Sterilisasi

Autoclave Gunting

Pinset Sumpit

Alumunium Foil Microtips 10mikron

Mikrotips 100mikron Mikrotips 1000mikron

 45

Botol Scott Cawan Petri

 46

Alat Praktikum Isolasi DNA

Sentrifuge
Timbangan Analitik

Alumumium Foil
Waterbath

Mikrotube
Mikropipet

Mikrotips Sumpit Plastik (Penggerus)

 47

Inkubator
 48

Alat Praktikum Elektroforesis

Timbangan Digital Gelas Ukur

Botol Scott Plastik Wrap

Gunting Microwave

Cetakan Agarose Sisir

 49

Alat Praktikum PCR

Mikropipet Mikrotips

Mikrotube PCR Kit

 50

Lampiran 2. Bahan Praktikum

Pengenalan Bahan

Alkohol Aquades

Bubuk Agarose Larutan Tris Acetate EDTA

Larutan EtBr Loading Dye

 51

Isopropanol Nuclease Free Water

 52

Bahan Praktikum Sterilisasi

Akuades
 53

Bahan Praktikum Elektroforesis

TAE
Gel Red

Gel Agarose
 54

Bahan Praktikum Isolasi DNA

Sampel Elution Buffer

Washing Buffer Inhibitor Removal Buffer

Binding Buffer Tissue-lysis Buffer

Isopropanol Proteinase K
 55

Bahan Praktikum PCR

Template DNA Nuclease Free Water

MyTaq Master Mix Primer

 56

Lampiran 3. Prosedur Kerja

Prosedur Kerja Praktikum Sterilisasi

Bungkus rapi alat dan bahan yang akan disterilisasi dengan menggunakan
plastik tahan panas

Buka tutup autoclave

Masukan akuades kedalam Autoclave hingga penanda batas air

Tempatkan alat dan bahan yang akan disterilisasi

Nyalakan Autoclave dan tunggu hingga suhu mencapai 1210C dan tekanan
sebesar 1 atm/15 Ib (kondisi sterilisasi, jangan lupa menutup katup
Autoclave

Tunggu hingga tekanan turun hingga 0 atm (suhu agak dingin

Buka secara hati-hati penutup Autoclave lalu keluarkan alat dan bahan dari
dalam Autoclave
 57

Prosedur Kerja Praktikum Isolasi DNA

1. Persiapan Sampel

Sampel bagian sirip ikan yang akan diamati diambil , dipotong

menggunakan gunting bedah pada bagian sirip

Sampel direndam pada larutan preservasi (alkohol : gliserol <4:1>)

Disimpan pada suhu terjaga

 58

2. Isolasi DNA
Sampel ditimbang 0.025 g dengan dialaskan aluminium foil

Elution Buffer dipanaskan menggunakan waterbath pada suhu 70ºC dan

50ºC pada tahap kedua

Sampel dimasukan kedalam mikrotube 1.5ml, ditambahkan 200µl

tissue-lysis buffer lalu digerus dengan menggunakan penggerus. Setelah
itu ditambahkan 40µl proteinase K lalu digoyangkan

Diinkubasi selama 1 jam pada suhu 55ºC

Ditambahkan 200µ binding buffer lalu diinkubasi selama 10 menit pada

suhu 70ºC

Ditambahkan 100µl isopropanol dan dicampurkan

High pure filter dimasukan kedalam 1 buah collection tube, dipindahkan

cairan sampel ke atas filter tube

Disentrifugasi 1 menit 8000xg

Ditambahkan 500µl inhibator removal buffer, Disentrifugasi 1 menit

8000xg, Cairan yang terdapat dibawah dibuang (diulang sebanyak 3x)

Dipindahkan pada mikritube 1,5ml yang baru , tambahkan 200µl elution

buffer yang sudah disimpan di waterbath 70ºC

Disentrifugasi 10 detik 13000xg

Template DNA sudah siap

 59

Prosedur Praktikum Elektroforesis

Ditimbang bubuk agarose 1 gram.

Diukur TAE sebanyak 100 mL

Diicampurkan agarose dan TAE pada botol scott tutup bagian atas dengan plastik
wrap dan lubang beberapa bagian

Dimasukkan kedalam microwave selama 1 menit (3x)

Dikeluarkan dari microwave dan dibuka tutupnya.

Dimasukkan gel red 10µL. Lalu digoyangkan hingga homogen.

Posisikan bejana elfor sebegai ceakan gel agarose.

Dipasangkan sisir.

Tuangkan campuran agarose, TEA dan gel red tadi biarkan hingga padat.
 60

Prosedur Kerja Praktikum PCR

Ditambahkan larutan MyTaq Master Mix

sebanyak 12,5 ml

Ditambahkan Nuclease free water sebanyak 9,5

ml

Ditambahkan primer sebanyak 1 ml

Kemudian ditambahkan DNA template

Dilakukan amplifikasi
 61

Lampiran 4. Dokumentasi Kegiatan Praktikum

Dokumentasi Kegiatan Praktikum Sterilisasi

Microtips dibungkus Microtips dibungkus

Alat dibungkus rapi menggunakan Gunting yang telah dibungkus

Alumunium foil

Sumpit yang telah dibungkus Pinset yang telah dibungkus

 62

Akuades dimasukkan kedalam botol Botol scott ditutup

scott

Botol scott dibungkus plastik tahan Alat dan bahan lalu dimasukkan
panas kedalam Autoclave
 63

Dokumentasi Kegiatan Praktikum Isolasi DNA

Sampel ditimbang 0.025 g dengan Sampel dimasukan kedalam mikrotube

dialaskan aluminium foil 1.5ml, ditambahkan 200µl tissue-lysis
buffer

Diinkubasi selama 1 jam pada suhu

Digerus dengan menggunakan
55ºC, Ditambahkan 100µl isopropanol
penggerus. Setelah itu ditambahkan
dan dicampurkan
40µl proteinase K lalu digoyangkan

High pure filter dimasukan kedalam 1 Disentrifugasi 1 menit 8000xg

buah collection tube, dipindahkan cairan
sampel ke atas filter tube
 64

Ditambahkan 500µl inhibator removal Dipindahkan pada mikritube 1,5ml yang

buffer, Disentrifugasi 1 menit 8000xg, baru , tambahkan 200µl elution buffer
Cairan yang terdapat dibawah dibuang yang sudah disimpan di waterbath 70ºC
(diulang sebanyak 3x)

Template DNA sudah siap

 65

Dokumentasi Kegiatan Elektroforesis

Ditimbang bubuk agarose 1 gram. Diukur TAE sebanyak 100 mL

Diicampurkan agarose pada

dan TAE

botol scott tutup bagian atas dengan

Dimasukkan kedalam microwave
plastik wrap dan lubang beberapa
selama 1 menit (3x)
bagian
 66

Dimasukkan gel red 10µL. Lalu Posisikan bejana elfor sebegai ceakan
digoyangkan hingga homogen gel agarose, dan Dipasangkan sisir

Tuangkan campuran agarose, TEA dan

gel red tadi biarkan hingga padat TEA dan gel red siap diamati
 67

Dokumentasi Kegiatan Praktikum PCR

Ditambahkan larutan MyTaq Master Ditambahkan Nuclease free water sebanyak 9,5
Mix sebanyak 12,5 ml ml

Ditambahkan primer sebanyak 1 ml Kemudian ditambahkan DNA template, lalu

dilakukan amplifikasi