Laporan Praktikum Bioteknologi Laut

EKSTRAKSI DNA

Disusun Oleh :
Muhammad Ivandi Rafiqi
2011101010137

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
DARUSSALAM, BANDA ACEH
2023
 LEMBAR PENGESAHAN

Judul : Ektraksi DNA

Nama : Muhammad Ivandi Rafiqi
Nim : 2011101010137
Prodi : Ilmu Kelautan
Kelompok : 1 (Shift 1)

Menyetujui
Asisten:

Asisten Koor Shift

Adinda Luthfiah Nanda ulfa khaira

1911101010126 1811101010040

i
 ABSTRAK
Telah dilakukan percobaan dengan judul ‘Ekstraksi DNA’ yang dilakukan di Laboraturium
Kimia Laut dan Bioteknologi, Fakultas Kelautan dan Perikanan, Universitas Syiah Kuala.
Pada percobaan ini bertujuan untuk dapat mengisolasi DNA mitokondria dari ikan dengan
mutu yang paling baik berdasarkan ekstraksi metode CTAB. Manfaat dari penelitian ini yaitu
untuk mengetahui apa itu ekstraksi DNA, untuk mengetahui metode apa yang digunakan,
untuk mengetahui tahapan ekstraksi, untuk mengetahui reagen apa yang digunakan, untuk
mengetahui hasil ekstraksi DNA ikan hiu. Ekstraksi DNA merupakan proses isolasi atau
pengambilan DNA dari sel atau jaringan biologis, dengan tujuan untuk memisahkan dan
memurnikan DNA dari komponen lain dalam sampel biologis, seperti protein, lipid dan RNA,
sehingga DNA dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut, seperti PCR, elektroforesis gel,
sekuen DNA, atau studi genetik lainnya. Alat yang digunakan adalah Petridishes (sterile),
Microcentrifuge tubes (sterile), Tube racks, Scalpels and blades (sterile), Sterile Forceps,
Alcohol Wash Bottle, Bunsen burner, Lighter Waste bag and stand, Paper towel, Labels,
Marking pens, Centrifuge (high speed), Incubator shaker/dry block heater , Vortex, Pipettes
and tips (sterile). Bahan yang digunakan yaitu Ethanol (96%), Ethanol (70%), Proteinase K,
CIA (chloroform isoamyl alcohol) 96: 4, NaCl, Ddh2O (Steril), CYTAB Modifikasi, Ikan
Hiu. Percobaan ini dilaksanakan pada hari Rabu, 18 oktober 2023. Metode yang dilakukan
pada praktikum ini adalah metode CYTAB. Hasil yang didapat pada praktikum kali ini. Hasil
yang didapat pada praktikum kali ini adalah, pada sampel 1 ada pellet DNA dan pada sampel
2 tidak ada pellet DNA.

Kata kunci: DNA, CTAB, Ekstraksi, RNA, Ikan hiu, Mitokondria

ii
 KATA PENGANTAR

Dengan meyebut nama Allah yang maha pengasih lagi maha penyayang. Sholawat
besertakan salam tidak lupa kita sanjung sajikan kepada baginda Rasulullah Muhammad
SAW yang telah membawa kita dari jaman jahilliyah hingga ke zaman yang penuh dengan
ilmu pengetahuan. Puji dan syukur penulis panjatka atas karunia yang dilimpahkan-Nya
sehingga penulis dapat meyelesaikan laporan Bioteknologi Laut yang berjudul “Ekstraksi
DNA”. Laporan ini dibuat untuk memenuhi tugas praktikum dalam menyelesaikan mata
kuliah Bioteknologi Laut.
Penulis menyadari laporan ini tidak luput dari kekurangan atau kesalahan. Penulis
berharap laporan ini dapat menambah pengalaman dan pengetahuan pembaca. Oleh karena
itu, dengan segala kerendahan hati penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun
demi kesempurnaanya.
Laporan ini saya buat dengan maksimal serta mendapat bantuan dari berbagai pihak
sehingga dapat memperlancar penyelesaian laporan. Selanjutnya, penulis ucapkan terima
kasih kepada semua pihak baik rekan kelompok dan juga asisten yang telah memberikan ilmu
yang telah didapat sehingga laporan ini dapat terselesaikan

Banda Aceh, Oktober, 2023

iii
 DAFTAR ISI

LEMBAR PENGESAHAN......................................................................................................i
ABSTRAK................................................................................................................................ii
KATA PENGANTAR..............................................................................................................iii
DAFTAR ISI............................................................................................................................iv
DAFTAR TABEL.....................................................................................................................v
DAFTAR LAMPIRAN...........................................................................................................vi
BAB I.........................................................................................................................................1
PENDAHULUAN.....................................................................................................................1
1.1 Latar Belakang..................................................................................................................1
1.2 Tujuan...............................................................................................................................1
1.3 Manfaat.............................................................................................................................1
BAB II TINJAUAN PUSTAKA..............................................................................................2
BAB III METODE PENELITIAN.........................................................................................3
3.1 Waktu dan Tempat............................................................................................................3
3.2 Alat dan Bahan.................................................................................................................3
3.2.1 Alat................................................................................................................................3
3.2.2 Bahan.............................................................................................................................3
3.3 Cara Kerja..........................................................................................................................4
3.3.1 Persiapan........................................................................................................................4
3.3.2 Prosedur pembedahan....................................................................................................4
BAB IV HASIL & PEMBAHASAN.......................................................................................5
4.1 Hasil Pengamatan.............................................................................................................5
4.2 Pembahasan......................................................................................................................5
BAB V PENUTUP....................................................................................................................7
5.1 Kesimpulan.......................................................................................................................7
5.2 Saran.................................................................................................................................7
DAFTAR PUSTAKA................................................................................................................8
LAMPIRAN..............................................................................................................................9

iv
 DAFTAR TABEL

Tabel 3.2.1 Alat…………………………………….………………………………………….3

Tabel 3.2.2 Bahan…………………………………………………...…………………………3
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan ………………………………………………..…………………5

v
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Dokumentasi…………………………………...………………………..9

vi
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Ekstraksi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen sel
lainnya. Ekstraksi merupakan tahap awal yang paling penting dalam penelitian molekuler.
Secara umum terdapat dua metode dalam ekstraksi DNA ekstraksi organik tradisional dan
metode ekstraksi adopsi non-organik. Metode ekstraksi organik tradisional digunakan oleh
banyak laboratorium untuk memperoleh panenan DNA dengan hasil yang tinggi. Namun,
dalam beberapa tahun terakhir telah menjadi kecenderungan untuk mengadopsi protokol
komersial non-organik, yang dikenal sebagai kit ekstraksi. Metode ini relatif lebih cepat,
hemat waktu dan menghindari toksisitas karena penggunaan fenol (Yanti Ariyanti & Sister
Sianturi, 2019 ).
Selama ini metode ekstraksi DNA yang dikembangkan umumnya menggunakan
nitrogen cair untuk menghancurkan dinding sel tanaman dan menonaktifkan komponen
kimiawi sel tertentu. Kelemahan penggunaan nitrogen cair akan muncul bila lokasi penelitian
jauh dari kota sehingga nitrogen cair sulit diperoleh .Selain itu menurut nitrogen cair
merupakan komponen yang tidak aman sehingga memerlukan penyimpanan khusus
(Kristianto Nugroho, 2017).
Populasi ikan hiu secara global menunjukkan penurunan yang signifikan sehubungan
dengan adanya penangkapan ikan hiu yang masif dan tak terkontrol. Penurunan populasi ini
makin diperparah dengan karakter biologi reproduksi ikan hiu yang lambat dalam mencapai
masa kawin serta rendahnya fekunditas dari organisme. Saat ini, hampir 90% spesies ikan hiu
telah dikategorikan sebagai spesies yang terancam punah, langka dan dilindungi. Menurut
data konsevasi yang dipublikasikan oleh International Union for Concervation of Nature
(IUCN) red list,Indonesia dihuni oleh sekitar 118 spesies dari 200 spesies ikan hiu yang ada,
dan dilaporkan sebagai negara kontributor terbesar sirip ikan hiu dunia dengan produksi
antara 60.000 – 100.000 ton/tahun (Andre Wehantouw, 2017).

1.2 Tujuan
Tujuan dari Percobaan ini adalah Mahasiswa dapat mendapatkan mengisolasi DNA
mitokondria dari ikan dengan mutu yang paling baik berdasarkan ekstraksi metode CYTAB.
1.3 Manfaat
Adapun manfaat dilakukannya percobaan ini yaitu:
1. Mahasiswa dapat mengetahui apa itu ekstraksi DNA.
2. Mahasiswa dapat mengetahui tahapan dari ekstraksi DNA.
3. Mahasiswa dapat mengetahui reagen apa yang digunakan dalam mengisolasi DNA
mitokondria dari sampel daging ikan hiu.
4. Mahasiswa dapat mengetahui metode kerja dari ekstraksi DNA.
5. Mahasiswa dapat mengetahui alat yang digunakan dalam mengekstraksi DNA

vii
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Prinsip utama dalam isolasi DNA yakni penghancuran (lisis) membran sel, ekstraksi
atau pemisahan DNA, dan presipitasi DNA [5]. Tahapan utama ekstraksi DNA menggunakan
kit terdiri atas lisis sel, pengikatan DNA (binding), pencucian DNA (wash), dan elusi dengan
menggunakan reagen-reagen/buffer yang telah disediakan oleh produsen Extraction Kit.
Proses pengikatan (binding) DNA terjadi oleh adanya membran silika yang terdapat dalam
minispin column tube. Penggerusan atau grinder dilakukan untuk membantu mempercepat
proses lisis membran sel (Yanti Ariyanti & Sister Sianturi, 2019).
Salah satu manfaat DNA Barcoding adalah pengawasan kegiatan penangkapan dan
perdagangan spesies yang menjadi komoditas perikanan dengan kaitannya pada usaha
konservasi spesies yang dilindungi.Contohnya adalah ikan hiu, data rujukan sebagai dasar
manajemen konservasi spesies ikan hiu sulit didapatkan karena umumnya ikan hiu
diperdagangkan dalam bentuk sirip sehingga proses identifikasi yang dilakukan
menggunakan metode berbasis morfologis sangat sulit dilakukan (Agustian Peloa, 2015)
Ikan hiu sebagai salah satu jenis ikan bertulang rawan (Elasmobranchii), telah
menjadi salah satu isu yang sedang hangat dibicarakan di dunia internasional. Kelompok ikan
ini merupakan makhluk hidup yang unik, karena termasuk dalam salah satu jenis hewan
purba yang masih hidup dan juga memiliki karakteristik yang berbeda dengan ikan-ikan
bertulang sejatiUsaha perikanan hiu yang menjanjikan di negara Indonesia ini menjadikan
nilai produksi hiu terus meningkat dari tahun ke tahun. Menurut catatan FAO, Indonesia
berada diposisi teratas yang banyak memproduksi hiu setiap tahunnya. Tingginya aktivitas
penangkapan hiu berpengaruh besar terhadap populasi secara lokal maupun nasional, yang
memengaruhi keseimbangan ekosistem laut (Siti Aisyah, 2021).
Identifikasi konvensional umumnya sulit dilakukan pada sampel sirip ikan hiu karena
tidak dapat diamati secara utuh pada morfologinya, sehingga metode identifikasi molekuler
dapat membantu proses identifikasi karena hanya membutuhkan sedikit jaringan tubuh dari
ikan hiu tersebut. Gen pengkode protein yang digunakan untuk identifikasi spesies adalah gen
Cytochrome c oxidase subunit I (COI). COI merupakan sekuen gen pendek yang dipilih
diantara banyaknya gen yang digunakan sebagai gen standar identifikasi khusus untuk spesies
hewan berbasis DNA barcode (Siti Aisyah, 2021).
Populasi ikan hiu secara global menunjukkan penurunan yang signifikan sehubungan
dengan adanya penangkapan ikan hiu yang masif dan tak terkontrol. Penurunan populasi ini
makin diperparah dengan karakter biologi reproduksi ikan hiu yang lambat dalam mencapai
masa kawin serta rendahnya fekunditas dari organisme. Saat ini, hampir 90% spesies ikan hiu
telah dikategorikan sebagai spesies yang terancam punah, langka dan dilindungi. Menurut
data konsevasi yang dipublikasikan oleh International Union for Concervation of Nature
(IUCN) red list,Indonesia dihuni oleh sekitar 118 spesies dari 200 spesies ikan hiu yang ada,
dan dilaporkan sebagai negara kontributor terbesar sirip ikan hiu dunia dengan produksi
antara 60.000 – 100.000 ton/tahun (Andre Wehantouw, 2017)

viii
 BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Waktu dan Tempat
Percobaan ini dilakukan di laboratorium kimia laut , Fakultas Kelautan Dan
Perikanan, Universitas Syiah Kuala Pada tanggal 18 oktober 2023 pukul 08.00 – 10.00 WIB.
3.2 Alat dan Bahan
3.2.1 Alat
Adapun alat yang digunakan dalam percobaan ini adalah
Tabel 3.2.1 Alat
No. Nama Alat Jumlah Fungsi
1. Inkubator 1 Untuk menginkubasi dan perkembangan suatu
mikroorganisme
2. Gunting 2 Untuk mencacah sampel
3. Pinset 2 Untuk mengambil Sampel
4. Tube 2 Untuk alat bantu melakukan percobaan
5. Tips Secukupnya Sebagai wadah pemindahan larutan
6. Mikropipet 2 Sebagai memindahkan larutan atau cairan ke tempat
yang lain
7. Label name 2 Untuk menandakan Sampel
8. Freezer 1 Untuk Pembekuan Sampel
9. Es balok 1 Untuk menjaga Suhu larutan
10. Centrifuge 1 Untuk memisahkan residu dengan supernatant
11. Spidol 1 Untuk menandakan supernatant
12. Masker 1 Untuk melindungi hidung dan mulut
13. Sarung Tangan Sepasang Untuk melindungi tangan
14. Tisu Secukupnya Untuk mengeringkan alat
16. Botol Spray 1 Sebagai wadah alcohol dalam mensterilkan alat
3.2.2 Bahan
Adapun bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah
Tabel 3.2.2 Bahan
No. Nama Bahan Jumlah Fungsi
1. Daging Ikan Pari 2 – 3 mm Sebagai Sampel yang akan

ix
 di ekstraksi
2. C-TAB Modifikasi 700 µL Sebagai larutan
3. Proteinase K 3 - 5 µL Sebagai larutan
4. EtOH Absolute 600 µL Sebagai larutan
5. NaCl 25 µL Sebagai larutan
6. EtOH 500 µL Sebagai larutan
7. Alkohol 70 % Secukupnya Untuk mensterilisasi alat
8. Alkohol 96 % Secukupnya Untuk mengawetkan
sampel
9. Chloroform Isoamyl 700 µL Sebagai larutan
Alcohol
8 Sirip Ikan hiu

3.3 Cara Kerja

3.3.1 Persiapan
Bersihkan meja kerja dengan mengguakan ethanil 96% dan 10% dengan bleach. Gunakan jas
laboratorium dan glove untuk menghindari iritasi dan kontaminasi preheat inkubator sebelum
digunakan pada suhu 60˚C . Siapkan mikrotube 1,5 ml dan beri nama. Tulis semua informasi kedalam
form.

3.3.2 Prosedur pembedahan

Cincang 1-2 mm kubik jaringan ke dalam tabung micro-centrifuge 15 mL dan tambahkan 700
ul. Buffer C-TAB dan 3-5 L Proteinase K (tergantung jumlah sampel jaringan) kemudian dunkubası
dalam incubator pada suhu 60° selama 2-3 jam atau sampai jaringan larut. Tambahkan 700 ul.
Chloroform Isoamyl Alcohol (96:4) dan kocok kuat-kuat selama 15 detik dengan tangan. Sentrifugası
pada 1100 rpm selama 15 menit. BVL. Pindahkan 550-600 ul air bagian atas ke dalam 15 mL baru.
Sentrifugası mikro, kemudian tambahkan 1 volume EtOH absolut. Aduk rata dengan membalık
beberapa kalı. Inkubası sampel pada suhu -20° selama 20 hingga 30 menit. (Dapat langsung
melanjutkan ke langkah berikutnya tanpa inkubasi pada suhu -20° atau simpan pada suhu -20° selama
semalaman dan lanjutkan ke langkah berikutnya keesokan harinya) f Sentrifugası dengan kecepatan
13000 rpm selama 15 menit dan buang supernatannya dan biarkan peletnya g Tambahkan 600 ul 70%
EtOH dan 25 uL 3M NaCl dan balıkkan larutan beberapa kalı. Sentrifugası pada 13000 rpm selama 15
menit. Opsional Tambahkan 500 uL 70% EtOH, balikkan larutan beberapa kalı kemudian sentrifuge
pada 13000 rpm selama 15 menit. Buang EtOH dan keringkan pellet. Larutkan kembalı pellet dengan
20-100 uL. (tergantung ukuran pellet DNA) DDH2O (Clarke, 2009).

BAB IV

x
 HASIL & PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pengamatan
Adapun hasil pengamatan dari percobaan ini adalah
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan

No Sample ID Sample details Hasil

1 LPI-01 Daging ikan hiu Ada pellet DNA

2 LPI-02 Daging ikan hiu Tidak pellet DNA

4.2 Pembahasan
Ekstraksi DNA adalah proses penting dalam biologi molekuler yang bertujuan untuk
mengisolasi DNA dari sampel biologis seperti sel, jaringan, darah, atau bahkan
mikroorganisme. Ekstraksi DNA diperlukan untuk banyak aplikasi termasuk analisis
genetika, diagnosis medis, penelitian ilmiah, dan forensik.
Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel(lisis),
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.Melalui
proses tersebut DNA dipisahkan dari komponen seluler lain seperti protein, RNA ( Riboksi
nukleat acid ), dan lemak. Banyak metode yangdigunakan untuk mengisolasi DNA,
tergantung specimen yang akan dideteksi.Metode tersebut pada dasarnya memiliki prinsip
yang sama, namun ada beberapahal tertentu yang biasanya digunakan modifikasi untuk dapat
menghancurkaninhibitor yang ada di dalam masing-masing sumber specimen.
Ektraksi DNA adalah menghancurkan membran danerupakan suatu teknik untuk
memisahkan DNA dari molekul atau organel lain yang tidak diperlukan. Proses ini sangat
menentukan kualitas DNA yang akan dihasilkan. Prinsip dasar Ektraksi DNA adalah
menghancurkan membran dan dinding sel kemudian mengekuarkan DNA yang terdapat
didalam nukleus dan mitokondria tanpa menyebabkan kerukasan DNA. Ekstraksi DNA
secara umum memiliki tahapan-tahapan yang meliputi isolasi dari jaringan, pelisisan dinding
dan membran sel,ekstraksi dalam larutan, purifikasi serta presipitasi atau pemadatan Dalam
prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk lisis,
larutan buffer untuk digesti, dan protein kinase K. Proses penghancuran sel (lisis) secara
kimia dilakukan dengan mamanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Etil Ediamin Tetra
Asetat) dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat). EDTA merusak atau menghancurkan sel dengan
cara mengikat ion magnesium. Ion magnesium berfungsi dalam mempertahankan integritas
sel dan mengingkatkan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. SDS yang
merupakan sejenis deterjen digunakan untuk merusak membran sel.
Setelah sampel diinkubasi, sampel diambil dan dimasukkan larutan CIAsebanyak 700
µL dan di sentrifugasi selama 5 menit. Selanjutnya, dapat dilihatlayer antara supranatan
(bagian atas) dan limbah (bagian bawah). Lalu, diambilsebanyak 550 µL supranatan
dipindahkan kedalam tube baru. Ditambahkan EtOHabsolut sebanyak supranatan yang

xi
diambil. Pada kali ini diambil sebanyak 550µL. lalu di inkubasi pada suhu -20°C di dalam
freezer selama 1 jam.
Selanjutnya, sampel yang telah diinkubasi di senntrifugasi selama 5 menit.Lalu, di
buang supranatan dan tinggalkan pelet yang ada. Setelah itu, masukkanEtOH 70% sebanyak
600 µL dan 25 µL 3M NaCl. Sampel di sentrifugasi selama5 menit. Buang lagi
supranatan dan tinggalkan pelet. Lalu, keringkan sampelhingga kering. Masukkan
DDH2O 40 µL. Sampel ekstraksi siap di PCR.

xii
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
5.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat diambil pada praktikum kali ini yaitu:
1. Ekstrasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memisahkan DNA dari
molekul atau organel lain yang tidak diperlukan.
2. Ekstraksi DNA terdiri dari 3 tahap utama yaitu perusakan dinding sel (lisis),
pemisahan DNA dari komponen lainnya, daan pemurnian DNA.
3. Larutan buffer berguna untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan
purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan RNA serta
mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA
4. DNA murni diperoleh melalui proses yang pertama kali yaitu ekstraksi DNA.
5. Hasil ekstraksi DNA dari sampel daging ikan hiu LPI-01 ada pellet DNA, sedangkan
LPI-02 tidak ada.
5.2 Saran

Berharap semoga asisten dapat menjelaskan materi dengan lengkap agar ketika penulisan

laporan dapat terlaksana dengan baik. Nilai baguss amin semester akhir😊

xiii
 DAFTAR PUSTAKA

Andre Wehantouw, 2017, Identifikasi Sirip Ikan Hiu Yang Didapat Dari Pengumpul di
Minahasa Tenggara Menggunakan DNA, Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Sam Ratulangi, Manado.
Agustian Peloa, 2015, Metode Ekstraksi DNA Cabai (Capsium Annuum L.) Menggunakan
Modifikasi Bufer CTAB (Cethyl trimethyl Ammonium Bromide) Tanpa Nitrogen Cair,
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik
Pertanian - Badan Litbang Pertanian.
Yanti Ariyanti & Sister Sianturi, 2019, Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan
(Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal tissue, Program Studi Biologi,
Jurusan Sains, Institut Teknologi Sumatera, Lampung Selatan 35365, Indonesia.
Siti Aisyah, 2021, Identifikasi Molekuler Sirip Ikan Hiu Menggunakan Gen Mitkondria
Cytochrome C Oxydase Subunit I (COI) Yang Di Daratkan DI Pesisir Bangka Selatan
, Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Pertanian Perikanan dan
Biologi, Universitas Bangka Belitung.

xiv
 LAMPIRAN
Lampiran 2. Dokumentasi

Lampiran 1. Sampel Lampiran 2. Mikropipet Lampiran 3. Pemotongan sampel

Lampiran 4. Gunting dan pinset Lampiran 5. proses pemanasan Lampiran 6. C-TAB

Lampiran 7. Pemasukan cairan Lampiran 8. Sentrifugasi Lampiran 9. H20

xv
xvi