LAPORAN KERJA PRAKTIK

PENGGUNAAN TEKNIK SAMPLING DAN METODE

EKSTRAKSI DNA DARI SEDIMEN UNTUK
ENVIRONMENTAL DNA

Oleh :
Vera Fariska
24020121140145

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
NOVEMBER, 2023
 KATA PENGANTAR

Puji Syukur ke hadirat Allah SWT yang senantiasa melimpahkan rahmat dan

karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan laporan kerja praktik yang

berjudul “Penggunaan Teknik Sampling dan Metode Ekstraksi DNA dari Sedimen

untuk Environmental DNA”. Laporan kerja praktik ini disusun untuk memenuhi

syarat mata kuliah Kerja Praktik di Departemen Biologi, Fakultas Sains dan

Matematika, Universitas Diponegoro.

Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan dalam penulisan dan

penyusunan laporan kerja praktik ini. Penulis berharap adanya kritik dan saran yang

membangun agar menjadi lebih baik di masa mendatang. Semoga laporan kerja

praktik ini dapat bermanfaat dan digunakan sebagaimana mestinya.

Semarang, 22 November 2023

Penulis

iii
 ABSTRAK

Vera Fariska 24020121140145. Penggunaan Teknik Sampling dan

Metode Ekstraksi DNA dari Sedimen untuk Environmental DNA.
Laboratorium Ekologi dan Biosistematik Departemen Biologi, Fakultas Sains dan
Matematika, Universitas Diponegoro, di bawah bimbingan Ni Kadek Dita Cahyani.

DNA lingkungan adalah materi genetik yang ditinggalkan organisme di

lingkungannya. DNA lingkungan dapat diekstraksi dari banyak matriks lingkungan,
salah satunya sedimen. DNA dapat bertahan selama berbulan-bulan hingga ribuan
tahun di sedimen. Penelitian ini bertujuan untuk memahami dan melakukan proses
pengambilan sampel sedimen di lapangan untuk penelitian eDNA, menjelaskan dan
melakukan ekstraksi DNA serta menjelaskan hasil NanoDrop sampel eDNA.
Metode yang dilakukan yaitu teknik sampling sedimen, ekstraksi DNA
menggunakan kit, dan NanoDrop. Tahapan pertama yang dilakukan adalah teknik
sampling pengambilan sampel sedimen dengan perbandingan sedimen : etanol 96%
yaitu 1 : 3. Sampel dilakukan ekstraksi DNA menggunakan kit ekstraksi
ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. Pada ekstraksi dilakukan penambahan
DNA/RNA Shield, Genomic Lysis Buffer, DNA Pre-Wash, g-DNA Wash Buffer,
dan DNA Elution Buffer. Hasil ekstraksi DNA di kuantifikasi dengan NanoDrop.
Hasil kuantifikasi menunjukkan nilai yang kurang baik karena tidak memenuhi
rasio kemurnian yang telah ditentukan. Kesimpulannya yaitu Environmental DNA
dari sedimen didapatkan melalui tahapan teknik sampling yaitu pengambilan
sampel sedimen, ekstraksi DNA sesuai protokol kit, dan analisis hasil NanoDrop
yang menunjukkan pada 260/280 nm memiliki nilai kurang dari 1.7 - 2.0 dan pada
260/230 nm memiliki nilai kurang dari 1.5.

Kata kunci: Sedimen, Sampling, Ekstraksi, NanoDrop

.

iv
 ABSTRACT

Vera Fariska 24020121140145. Use of Sampling Techniques and DNA

Extraction Methods from Sediments for Environmental DNA. Ecology and
Biosystematics Laboratory, Department of Biology, Faculty of Science and
Mathematics, Diponegoro University, under the guidance of Ni Kadek Dita
Cahyani.

Environmental DNA is the genetic material that organisms leave in their

environment. Environmental DNA can be extracted from many environmental
matrices, one of which is sediment. DNA can survive for months to thousands of
years in sediment. This research aims to understand and carry out the process of
taking sediment samples in the field for eDNA research, explain and carry out DNA
extraction and explain the results of NanoDrop eDNA samples. The methods used
were sediment sampling techniques, DNA extraction using kits, and NanoDrop. The
first stage carried out was a sampling technique for taking sediment samples with
a ratio of sediment: 96% ethanol, namely 1: 3. DNA extraction was carried out
using the ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. During extraction, DNA/RNA
Shield, Genomic Lysis Buffer, DNA Pre-Wash, g-DNA Wash Buffer, and DNA
Elution Buffer were added. DNA extraction results were quantified with NanoDrop.
The quantification results showed an unfavorable value because it did not meet the
predetermined purity ratio. The conclusion is that Environmental DNA from
sediment was obtained through sampling technique stages, namely taking sediment
samples, DNA extraction according to the kit protocol, and analysis of NanoDrop
results which showed that at 260/280 nm it had a value of less than 1.7 - 2.0 and at
260/230 nm it had a value of less than 1.5.

Keywords: Sediment, Sampling, Extraction, NanoDrop

v
 DAFTAR ISI

HALAMAN PENGESAHAN ............................................................................ ii

KATA PENGANTAR ....................................................................................... iii
ABSTRAK......................................................................................................... iv
ABSTRACT ....................................................................................................... v
DAFTAR ISI ..................................................................................................... vi
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ vii
DAFTAR TABEL ........................................................................................... viii
DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... ix
I. PENDAHULUAN .......................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang....................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah.................................................................................. 2
1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................... 2
1.4 Manfaat Penelitian ................................................................................. 3
II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................... 4
2.1 Sedimen ................................................................................................. 4
2.2 Environmental DNA .............................................................................. 5
2.3 Teknik Sampling.................................................................................... 6
2.4 Ekstraksi DNA....................................................................................... 6
2.5 NanoDrop .............................................................................................. 7
2.6 PCR (Polymerase Chain Reaction) ........................................................ 8
2.7 Elektroforesis ......................................................................................... 9
III. METODE PENELITIAN ......................................................................... 10
3.1 Tempat dan Waktu ............................................................................... 10
3.2 Alat dan Bahan .................................................................................... 10
3.3 Cara Kerja ........................................................................................... 10
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN.................................................................. 12
4.1 Teknik Sampling.................................................................................. 12
4.2 Ekstraksi DNA..................................................................................... 16
4.3 NanoDrop ............................................................................................ 22
V. PENUTUP .................................................................................................. 27
5.1 Kesimpulan.......................................................................................... 27
5.2 Saran ................................................................................................... 27
DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................... 27
UCAPAN TERIMA KASIH ............................................................................ 32
LAMPIRAN ..................................................................................................... 32
DAFTAR RIWAYAT HIDUP ......................................................................... 35

vi
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 4.1.1 Penyiapan Alat dan Bahan ........................................................... 12

Gambar 4.1.2 Sampling Sedimen ....................................................................... 13
Gambar 4.1.3 Sampel Sedimen .......................................................................... 14
Gambar 4.2.1 Pengambilan 250 mg Sampel Sedimen ......................................... 17
Gambar 4.2.2 Penambahan DNA/RNA Shield ................................................... 17
Gambar 4.2.3 Pemindahan Supernatan ............................................................... 18
Gambar 4.2.4 Penambahan Genomic Lysis Buffer ............................................. 19
Gambar 4.2.5 Pemindahan Tube ........................................................................ 19
Gambar 4.2.6 Penambahan DNA Pre-Wash ....................................................... 20
Gambar 4.2.7 Penambahan g-DNA Wash Buffer ............................................... 21
Gambar 4.2.8 Penambahan DNA Elution Buffer ................................................ 22

vii
 DAFTAR TABEL

Tabel 4.3.1 Hasil Kuantifikasi NanoDrop........................................................... 23

viii
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Penyaringan Sampel Air ................................................................. 32

Lampiran 2. Ekstraksi DNA Metode Chelex ...................................................... 32
Lampiran 3. PCR ............................................................................................... 33
Lampiran 4. Elektroforesis ................................................................................. 33
Lampiran 5. NanoDrop ...................................................................................... 34

ix
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Frekuensi pengambilan sampel dalam ruang dan waktu sering kali

membatasi kemampuan kita untuk mengukur deteksi skala luas. Para ahli

ekologi berupaya menciptakan metode yang lebih efisien untuk

meningkatkan cakupan pengambilan sampel. DNA lingkungan (eDNA)

menjadi terobosan untuk mendeteksi makroorganisme dalam lingkungan

dengan teknik menjanjikan yang dapat memperluas skala studi ekologi dalam

mengukur distribusi makhluk hidup. eDNA saat ini telah banyak digunakan

karena lebih hemat biaya dibandingkan teknik lain. Hal ini dilakukan untuk

berkontribusi terhadap pertumbuhan pesat dalam penggunaan eDNA dalam

mendeteksi keberadaan dan memperkirakan kelimpahan relatif organisme

(Geraldi et al., 2019).

Kehidupan suatu organisme terutama hewan akan meninggalkan jejak

jejak seperti kotoran, kelupasan kulit, lender atau bagian tubuh yang terlepas.

Jejak jejak tersebut akan tertinggal di lingkungan sekitar dimana hewan

tersebut tinggal. eDNA dilakukan dengan mengambil sampel tanah, sedimen,

air atau udara untuk dilakukan deteksi material genetik (DNA). DNA yang

berada di lingkungan dapat dilindungi dari aktivitas degradasi terutama oleh

senyawa yang terkandung dalam sedimen. Diversitas organisme dapat

diketahui melalui metode ini yang nantinya dapat berguna untuk kajian

lingkungan (Azis dkk., 2020).

1
 2

Teknik eDNA memiliki batasan tersendiri dalam deteksi sehingga tidak

selalu mendapatkan hasil yang bagus. Pengerjaan memerlukan kehati-hatian

dan ketelitian yang tinggi. Hal ini karena eDNA rentan terhadap kontaminasi

yang berdampak pada hasil DNA spesies yang terdeteksi. Sehingga penelitian

ini dilakukan untuk mempelajari metode pengerjaan eDNA secara lebih detail

untuk menghindari kesalahan hasil.

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dari penelitian yang dilakukan yaitu sebagai

berikut :

1.2.1 Bagaimana proses pengambilan sampel sedimen di lapangan untuk

penelitian eDNA?

1.2.2 Bagaimana proses ekstraksi DNA dan interpretasi dari hasil

NanoDrop sampel eDNA di laboratorium?

1.3 Tujuan Penelitian

Berdasarkan rumusan masalah yang telah dipaparkan di atas, dapat diperoleh

tujuan penelitian sebagai berikut :

1.3.1 Mampu memahami dan melakukan proses pengambilan sampel

sedimen di lapangan untuk penelitian eDNA.

1.3.2 Mampu menjelaskan dan melakukan ekstraksi DNA serta

menjelaskan hasil NanoDrop sampel eDNA.

 3

1.4 Manfaat Penelitian

Beberapa manfaat yang diperoleh dari penelitian ini yaitu :

1.4.1 Hasil penelitian diharapkan dapat memberikan informasi yang

dibutuhkan oleh pembaca.

1.4.2 Hasil penelitian diharapkan dapat bermanfaat bagi peneliti lain yang

akan melakukan penelitian dengan topik yang sama.

 II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Sedimen

Sedimen berasal dari bahasa Latin yaitu sedere yang memiliki arti duduk

dan sedimentum dengan arti menetap atau tenggelam. Sedimen merupakan

suatu material mengendap hasil dari dekomposisi lapisan batuan oleh atmosfer.

Sedimen yang terjadi pada lapisan batuan diubah oleh atmosfer secara kimia

dan kemudian dibawa oleh udara, air, atau lainnya ke tempat lain. Sedimen

dapat mengalami pengendapan selama ribuan tahun, namun molekul-

molekulnya tetap saling berinteraksi satu sama lain dan lingkungannya. Para

pakar yang melakukan penelitian mengenai sedimentasi mengatakan bahwa

batuan sedimen menempati delapan puluh hingga sembilan puluh persen

permukaan bumi. Kandungan sedimen yaitu seluruh simpanan air tanah dan

bahan bakar fosil. Hal ini dapat dijadikan bukti sejarah bumi untuk membaca

masa lalu (Bremner, 2021).

DNA lingkungan adalah materi genetik yang ditinggalkan organisme di

lingkungannya. DNA lingkungan dapat diekstraksi dari banyak matriks

lingkungan, salah satunya sedimen. DNA dapat bertahan selama berbulan-

bulan hingga ribuan tahun di sedimen, sehingga mengekstraksi eDNA dari

sedimen berpotensi untuk mendeteksi organisme di ekosistem saat ini dan di

masa lalu. Namun, karakteristik sedimen kemungkinan besar mempengaruhi

adsorpsi DNA dan mempengaruhi ekstraksi eDNA. Dengan demikian,

karakteristik sedimen dapat mengubah hasil metabarcoding dan dapat

4
 5

membatasi kelayakan untuk membandingkan komunitas yang terdeteksi oleh

eDNA dari lingkungan yang berbeda (Geraldi et al., 2020).

2.2 Environmental DNA

Environmental DNA/DNA lingkungan (eDNA) merupakan DNA

mitokondria atau inti yang dikeluarkan melalui tinja, urin, sel kulit, atau

jaringan lain oleh suatu organisme ke lingkungan. eDNA dimanfaatkan sebagai

suatu cara untuk melakukan identifikasi mengenai keberadaan suatu spesies

tanpa menangkap atau memantau hewan di habitat aslinya. Terdapat

kemungkinan dimana rangkaian eDNA terdapat di lingkungan dengan

konsentrasi tinggi. Molekul eDNA sangat rentan terhadap degradasi DNAse

yang disebabkan oleh bakteri dan jamur. eDNA dapat terlindung dari aktivitas

nuklease ketika berikatan dengan molekul organik bermuatan besar yang

terkandung dalam sedimen, seperti tanah liat. eDNA yang berada di lingkungan

perairan didistribusikan oleh arus air dan beberapa proses hidrologi lainnya.

eDNA ini dapat tetap stabil dengan mempertimbangkan kondisi perairan

dengan rentang waktu beberapa hari hingga bulan. eDNA mengalami

pengendapan atau degradasi akibat faktor fisik dan kimia, seperti arus, suhu,

keasaman (pH), dan paparan radiasi UV sehingga tidak terakumulasi di

wilayah bawah. Sampel eDNA biasanya berupa fragmen pendek dan dapat

bertahan lama dalam kondisi kering, dingin, basa, tanpa adanya cahaya (Aziz

et al., 2020).
 6

2.3 Teknik Sampling

Pengambilan sampel dalam eDNA sedimen menggunakan metodologi

bervariasi tergantung pada faktor-faktor seperti kedalaman air, karakteristik

dasar dan organisme target. Pengambilan sampel eDNA sedimen jauh lebih

sulit apabila dilakukan perbandingan dengan pengambilan sampel eDNA air.

Sampel sedimen dasar laut dalam yang diambil akan memerlukan waktu lama

sehingga jumlah sampel yang tersedia biasanya terbatas dibandingkan dengan

sampel air yang dapat diambil dengan cepat (Bellisario et al., 2021). Pada

sampling sedimen, jumlah ulangan dan ukuran sampel disesuaikan pada jenis

sedimen. Strategi yang diperlukan dalam sampling sampel harus disesuaikan

dengan target biologisnya. Peralatan yang digunakan dalam sampling untuk

memperoleh sampel dipilih berdasarkan faktor-faktor seperti kedalaman air

dan jenis substrat (Xie et al., 2017).

2.4 Ekstraksi DNA

Metode ekstraksi DNA yang berbeda-beda digunakan untuk

menargetkan keadaan DNA yang berbeda juga. Hal ini dikarenakan terdapat

sifat kimianya dimana DNA yang terikat partikel dilepaskan ke dalam larutan

(Pearman et al., 2020). Banyak penelitian yang telah dilakukan untuk

membandingkan berbagai metode ekstraksi eDNA sedimen dan dampaknya

terhadap keanekaragaman dan struktur komunitas. Hasil beberapa penelitian

tersebut menunjukkan bahwa pilihan metode ekstraksi mempunyai pengaruh

yang signifikan terhadap keanekaragaman yang diperoleh. Hal ini menegaskan

 7

bahwa konsistensi metodologis dalam penelitian penting dilakukan karena

hasilnya harus sebanding antara sampel. Perlakuan fisik seperti pemukulan

dibutuhkan untuk ekstraksi DNA yang efisien, terutama ketika

mikroorganisme menjadi sasaran. Hal ini dilakukan karena banyak

mikroorganisme dengan dinding sel yang tidak dapat dilisiskan secara kimiawi

(Teng dkk., 2018).

2.5 NanoDrop

Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA dapat diukur menggunakan

spektrofotometer Nanodrop. Alat tersebut pada prinsipnya adalah menghitung

perbedaan penyerapan cahaya UV dimana pita ganda DNA dapat menyerap

cahaya UV pada 260 nm karena DNA mengandung basa purin dan pirimidin

yang mampu menyerap sinar ultraviolet pada panjang gelombang 260 nm

(Dayanti dkk., 2019). Konsentrasi DNA rata-rata yang diuji dengan

Spektrofotometer Nanodrop sebesar 60,304 ng/µl. Rendahnya konsentrasi

yang diperoleh dari pengujian dengan Spektrofotometer Nanodrop dapat

disebabkan karena spesifisitas alat tersebut tidak terlalu tinggi. Hal ini

dikarenakan pada panjang gelombang 260 nm tidak hanya double strain DNA

(dsDNA) yang dapat menyerap panjang gelombang 260 nm namun juga jenis

asam nukleat lain seperti single strain DNA (ssDNA) dan RNA. Kemurnian

DNA dapat diukur dengan rasio absorbansi terhadap panjang gelombang 260

nm dan 280 nm, kemurnian DNA yang baik adalah 1,8 - 2,0. Terdapat beberapa

faktor yang mempengaruhi hasil Spektrofotometer Nanodrop diantaranya

 8

adalah proses pemipetan atau transfer sampel isolasi dari mini tube ke pcr tube

sebelum dilakukan pemeriksaan Spektrofotometer Nanodrop. Faktor

selanjutnya yaitu tingkat spesifisitas Spektrofotometer Nanodrop yang tidak

terlalu tinggi (Dewanata & Muslih, 2021).

2.6 PCR (Polymerase Chain Reaction)

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode enzimatis

secara in vitro untuk sintesis dan amplifikasi DNA dengan menghasilkan

fragmen DNA. Teknik PCR ini dapat mengamplifikasi segmen DNA dalam

beberapa jam dan menghasilkan segmen DNA dengan jumlah jutaan kali. PCR

harus melewati beberapa tahapan untuk analisis sampel dan reagen. Tahapan

pertama yaitu denaturasi template yang dijalankan pada kisaran suhu 94℃ -

95℃. Tahapan kedua yaitu annealing atau penempelan pasangan primer untai

ganda DNA target dengan suhu 50℃ - 60℃. Tahapan terakhir yaitu elongasi

atau pemanjangan yang berlangsung pada suhu 72℃. PCR memiliki sekitar 35

siklus. Hasil dan keberhasilan PCR dipengaruhi oleh beberapa faktor. Faktor

tersebut diantaranya konsentrasi dan kualitas DNA, temperatur annealing dari

kedua primer, konsentrasi MgCl2, enzim polimerase, konsentrasi dan kualitas

primer, jumlah siklus PCR, deoxynucleoside triphosphate (dNTP), dan larutan

buffer. Hasil dari PCR nantinya dapat dilakukan elektroforesis (Setyawati &

Zubaidah, 2021).
 9

2.7 Elektroforesis

Elektroforesis merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk

memisahkan molekul molekul selain DNA seperti asam amino. Molekul

molekul dipisahkan berdasarkan massa, muatan, dan ukurannya. Berdasarkan

massa dan ukuran, maka partikel yang kecil akan bergerak relatif lebih cepat

dibandingkan partikel yang besar. Terdapat elektroforesis gel agarose dan

elektroforesis gel poliakrilamid. Elektroforesis yang sering digunakan pada

deteksi DNA yaitu elektroforesis gel agarose. Namun, masih terdapat beberapa

kekurangan misalnya rasio resolusi makromolekul terbatas sehingga strip DNA

dengan gambaran jelas akan sulit didapatkan (Cai, 2020). Elektroforesis

memiliki prinsip terjadinya migrasi partikel bermuatan atau molekul dalam

medan listrik. Migrasi partikel bermuatan dapat terjadi ketika suatu zat

dimasukkan ke dalam larutan air. DNA memiliki muatan negatif sehingga akan

berjalan menuju kutub positif pada alat elektroforesis. Kecepatan migrasi

dipengaruhi oleh medan listrik yang diterapkan dan muatan molekul.

Elektroforesis dilakukan menggunakan gel karena untuk meminimalkan

adanya difusi. Sehingga ukuran molekul juga berpengaruh terhadap kecepatan

migrasi pada saat proses elektroforesis. DNA hasil elektroforesis gel agarose

kemudian dapat dilakukan analisa berdasarkan letaknya setelah mengalami

migrasi. Analisis dapat dilakukan dengan membandingkan DNA hasil dengan

DNA marker atau DNA yang telah diketahui (Azmi, 2021).

 III. METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu

Penelitian dilakukan dengan mengambil sampel sedimen di Sungai

Jogging Track Universitas Diponegoro. Pengambilan sampel sedimen

dilakukan pada 3 stasiun yang berbeda. Pengambilan sampel dilakukan pada

hari Sabtu, 23 September 2023 pukul 14.00 WIB – selesai. Ekstraksi eDNA

dilakukan di Laboratorium Diponegoro Marine Biodiversity Project (DMBP),

Laboratorium Terpadu, Universitas Diponegoro. Pengamatan sampel

dilakukan pada bulan Agustus sampai dengan Oktober 2023.

3.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan untuk pengambilan sampel antara lain 2 ml

cryotube, coolbox, spatula steril, dan latex. Alat yang digunakan untuk

ekstraksi yaitu mikropipet, microtube, centrifuge, vortex, dan NanoDrop.

Bahan yang digunakan pada pengambilan sampel yaitu etanol 96% dan

sampel sedimen. Bahan yang digunakan untuk pengerjaan sampel yaitu dd𝐻2 O

dan kit ekstraksi ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit.

3.3 Cara Kerja

3.3.1 Pengambilan Sampel

10
 11

Pengambilan sampel sedimen dilakukan pada 3 titik di Sungai

Jogging Track Undip. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara

mengambil sedimen dengan menggunakan spatula steril. Sedimen

dimasukkan ke dalam cryotube berisi etanol 96%. Sampel disimpan

dalam cool box, kemudian dibawa ke Laboratorium Diponegoro

Marine Biodiversity Project (DMBP), Laboratorium Terpadu,

Universitas Diponegoro.

3.3.2 Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA dilakukan dengan mengikuti protocol pada kit

ekstraksi ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. Ekstraksi dengan kit

dirancang dengan tahap lysis, DNA binding, washing dan elution.

Setelah itu di kuantifikasi dengan NanoDrop.

 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Teknik Sampling

Pengambilan sampel dilakukan pada hari Sabtu, 23 September 2023

pukul 14.00 WIB – selesai. Sampel yang diambil berupa sedimen perairan

sungai. Sampel sedimen diambil karena teknik samplingnya terbilang cukup

mudan dan efisiensi waktu. Selain itu, pada sedimen memiliki kemungkinan

adanya eDNA karena sedimen mampu menyimpan komponen DNA selama

bertahun-tahun. Hal ini sesuai dengan pernyataan Geraldi et al. (2020) bahwa

DNA dapat bertahan selama berbulan-bulan hingga ribuan tahun di sedimen,

sehingga ekstraksi eDNA dari sedimen berpotensi menawarkan potensi untuk

mendeteksi organisme di ekosistem saat ini dan di masa lalu. Azis dkk. (2020)

menambahkan bahwa molekul eDNA yang telah terendapkan pada sedimen

dapat bertahan lebih lama dibandingkan molekul eDNA yang larut dalam air.

Sampel sedimen tidak terpengaruh langsung oleh arus air atau radiasi UV, dan

terikat pada tanah liat, sehingga membantu mengawetkan sampel DNA.

Gambar 4.1.1 Penyiapan Alat dan Bahan

12
 13

Alat dan bahan yang digunakan untuk pengambilan sampel antara lain 2

ml cryotube yang digunakan untuk tempat sedimen, cool box untuk menyimpan

sedimen yang telah diambil, spatula digunakan sebagai alat pengambilan

sedimen, latex untuk menjaga dari kontaminan, etanol 96% digunakan dalam

sterilisasi alat dan merendam sedimen, serta sampel sedimen yang akan

diambil. Sebelum pengambilan sampel, alat di sterilisasi menggunakan etanol

96%. Menurut Geraldi et al. (2020) sarung tangan dipakai selama

pengumpulan dan pemrosesan untuk mengurangi kontaminasi, dan semua

bahan pengambilan sampel disterilkan sebelum digunakan dengan

merendamnya dalam larutan pemutih 10% selama minimal 30 menit.

Gambar 4.1.2 Sampling Sedimen

Pengambilan sampel dilakukan dengan cara mengambil sedimen dengan

menggunakan spatula steril. Sedimen dimasukkan ke dalam cryotube 2 ml yang

berisi etanol 96%. Perbandingan sedimen : etanol 96% yaitu 1 : 3. Sampel

kemudian disimpan dalam cool box. Menurut Mejia et al. (2021) pengambilan

sampel sedimen dikumpulkan untuk sebagian besar lokasi dengan tiga ulangan
 14

biologis dalam cryotube 2,0 ml. Di lokasi tanpa air, sampel tanah diambil

menggunakan spatula. Penyimpanan sampel dilakukan di tempat dingin berisi

es kemudian ditempatkan di freezer bersuhu −20°C. Volume sampel yang

diambil menyesuaikan dengan volume sampel yang diekstraksi sesuai protokol

yang telah ditentukan akan digunakan sebelumnya.

Gambar 4.1.3 Sampel Sedimen

Sedimen didalamnya mengandung banyak mineral yang dapat berikatan

dengan DNA sehingga mampu membuat DNA dalam sedimen bertahan lama.

Pengambilan sampel dengan sedimen menjadi cara standar yang digunakan

untuk pendekatan eDNA. Sesuai dengan pernyataan Aziz dkk. (2020) bahwa

mineral lempung, seperti montmorillonit, dapat menyerap molekul DNA yang

lebih berat daripada ukurannya, karena permukaannya bermuatan negatif.

Selain itu, asam humat cenderung tahan terhadap degradasi dan mampu

berikatan dengan molekul eDNA di sedimen sehingga menyebabkan eDNA

bertahan lebih lama. Keuntungan utama dari pendekatan ini adalah tidak

invasif, memiliki efisiensi lebih tinggi dibandingkan metode tradisional

(seperti pemantauan visual), dan mudah distandarisasi pada seluruh personel

 15

pengambilan sampel. Metode eDNA ini dapat menjadi alat standar untuk

mensurvei komunitas dalam ekosistem yang beragam. Sehingga dapat

digunakan oleh para peneliti di Indonesia, negara yang kaya akan

keanekaragaman hayati namun kurang memiliki teknologi yang diperlukan

untuk mempelajari keanekaragaman tersebut.

Walaupun terbilang cukup efektif dan efisien, sampel sedimen memiliki

beberapa kekurangan. Karakteristik dan kandungan sedimen beraneka ragam,

sehingga memungkinkan terdapat zat-zat yang berpengaruh terhadap DNA dan

amplifikasinya. Hal ini diperjelas oleh Buxton dkk. (2017) yang menyatakan

bahwa karakteristik sedimen kemungkinan besar mempengaruhi adsorpsi

DNA. Larutan DNA yang diekstraksi juga dapat mengandung inhibitor PCR,

seperti zat humat yang terdapat dalam lumpur dan tanah liat, yang telah terbukti

menghambat amplifikasi DNA. Lapisan atas tanah, dengan kandungan organik

yang tinggi, mengurangi deteksi suatu spesies karena penghambatan PCR,

dibandingkan dengan pasir. Dengan demikian, karakteristik sedimen dapat

mengubah hasil metabarcoding dan dapat membatasi kelayakan untuk

membandingkan komunitas yang terdeteksi oleh eDNA dari lingkungan yang

berbeda. Lekang et al. (2015) menyatakan bahwa pada penelitian lain

menemukan jenis sedimen dan protokol ekstraksi dapat mempengaruhi hasil

eDNA. Misalnya, jumlah DNA yang diekstraksi konsisten antara protokol

ekstraksi pada pasir tetapi tidak pada tanah liat. Sehingga dapat disimpulkan

bahwa konsistensi sedimen yang dibutuhkan harus disesuaikan dengan

karakteristik sedimen dan protokol yang digunakan.

 16

4.2 Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA merupakan suatu proses yang dilakukan untuk

memisahkan DNA dari kontaminan dan komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA

dapat dilakukan secara tradisional, kit komersial, dan robotik. Sesuai dengan

pernyataan Ariyanti & Sianturi (2019) bahwa ekstraksi DNA merupakan

serangkaian proses untuk mendapatkan DNA murni dengan memisahkan DNA

dari komponen-komponen sel lainnya. Boesenberg-Smith et al. (2012)

menyatakan bahwa terdapat 3 metode ekstraksi DNA yaitu manual/tradisional,

kit manual komersial, dan automatisasi/robotik. Secara tradisional,

penghancuran sel dilakukan secara manual dan DNA diekstraksi menggunakan

reagen kimia. Secara kit komersial didasarkan pada presipitasi garam dan

protein serta pemisahan menggunakan kolom dan magnetic beads. Secara

robotik didasarkan pada prinsip adhesi asam nukleat pada membran silika dan

separasi magnetik menggunakan silica coated beads.

Ekstraksi DNA pada penelitian ini digunakan kit ekstraksi

ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. Ada beberapa tahapan dalam proses

ekstraksi menggunakan ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit yaitu lisis,

pengikatan DNA, pencucian dan elusi. Sesuai dengan pernyataan Rahmi et al.

(2023) bahwa ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit dari Zymo Research

merupakan kit komersial yang digunakan untuk ekstraksi DNA. Ada beberapa

tahapan dalam proses ekstraksi yaitu lysis, DNA binding, washing dan elution.

Menurut Roesma et al. (2021) yang menyatakan bahwa DNA diekstraksi

 17

menggunakan ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. Protokol yang

digunakan tersebut terdiri dari beberapa proses dengan menyediakan solusi

yang diberikan, antara lain Lysis Buffer, Binding Buffer, Wash Buffer 1, Wash

Buffer 2, and DNase/ RNase Nuclear Water (Elution Buffer).

Gambar 4.2.1 Pengambilan 250 mg Sampel Sedimen

Ekstraksi DNA dilakukan dengan sampel sedimen sebanyak 250 mg

dipindahkan ke dalam ZR Bashing Bead™ Lysis Tube. Jumlah pengambilan

sampel disesuaikan dengan protokol yang ada yaitu 250 mg sehingga alasan

pada saat pengambilan sampel sedimen diambil 10 gram karena pada saat

ekstraksi yang dibutuhkan hanya 250 mg.

Gambar 4.2.2 Penambahan DNA/RNA Shield

 18

Ditambahkan DNA/RNA Shield hingga mencapai 1 ml. Kemudian di

vortex sebentar hingga tercampur. Disentrifugasi dengan kecepatan 10.000

rpm selama 1 menit. Penambahan DNA/RNA Shield memiliki tujuan untuk

stabilisasi DNA/RNA selama penyimpanan sampel dan menonaktifkan agen

infeksi. Selaras dengan Kazantseva et al. (2021) yang menjelaskan bahwa

DNA/RNA Shield™ (Zymo Research) digunakan sebagai penstabil DNA dan

inaktivator mikroba sehingga dapat mengawetkan sampel selama

penyimpanan pada suhu ruang dalam waktu yang lama. Selain itu, DNA/RNA

Shield memiliki kompatibel yang baik dengan sebagian besar metode ekstraksi

DNA karena inhibitornya kecil.

Gambar 4.2.3 Pemindahan Supernatan

Sebanyak 400 mikroliter supernatan dipindahkan ke dalam Zymo-

Spin™ III-F Filter didalam collection tube yang sudah disediakan pada kit

protocol, lalu disentrifugasi lagi 8.000 rpm selama 1 menit.

 19

Gambar 4.2.4 Penambahan Genomic Lysis Buffer

Ditambahkan 1200 mikroliter Genomic Lysis Buffer ke dalam filtrat

collection tube dan dicampur. Penambahan Genomic Lysis Buffer berfungsi

untuk melisiskan sampel biologis, mendegradasi RNA, dan menyiapkan DNA

untuk pengikatan. Hal ini sesuai dengan pernyataan Uda et al. (2019) bahwa

Genomic Lysis Buffer digunakan untuk mengisolasi protein dari sel molekuler.

Genomic Lysis Buffer di mix dengan sampel untuk memecah jaringan ikat

yang menyatukan sel sehingga mempermudah dalam pelisisan/pemisahan zat-

zat biologis dari DNA sampel. Selain itu juga dapat digunakan untuk

menonaktifkan enzim-enzim yang akan mendegradasi dan menghambat PCR.

Gambar 4.2.5 Pemindahan Tube

 20

800 mikroliter sampel yang sudah dicampur pada step sebelumnya

dipindahkan ke dalam Zymo-Spin™ IICR Column di dalam collection tube

dan disentrifugasi 10.000 rpm selama 1 menit. Collection tube dibuang dan

step sebelumnya diulangi. Pengulangan step dilakukan karena terdapat

kemungkinan masih ada sampel biologis yang masih tersisa dan belum lisis

sempurna sehingga dapat menghambat proses selanjutnya. Pengulangan

dilakukan untuk mendapatkan sampel yang bersih dari kontaminan.

Gambar 4.2.6 Penambahan DNA Pre-Wash

Ditambahkan 200 mikroliter DNA Pre-Wash ke dalam Zymo-Spin™

IICR Column ke dalam collection tube yang baru dan disentrifugasi 10.000

rpm selama 1 menit. Penambahan DNA Pre-Wash dilakukan untuk pencucian

yaitu menghilangkan kontaminan terutama protein. Selaras dengan pendapat

Utami et al. (2013) yang menyatakan bahwa Pre-Wash dilakukan untuk

mencuci DNA dari pengotor atau kontaminan yang ada.

 21

Gambar 4.2.7 Penambahan g-DNA Wash Buffer

Ditambahkan 500 mikroliter g-DNA Wash Buffer ke dalam Zymo-

Spin™ IICR Column dan disentrifugasi 10.000 selama 1 menit. Zymo-Spin™

IICR Column. Penambahan g-DNA Wash Buffer yaitu untuk menghilangkan

garam dan kontaminan lainnya sebelum elusi DNA. Penambahan ini dilakukan

untuk mendapatkan kemurnian DNA yang tinggi. Sesuai dengan pernyataan

Sjafaraenan dkk. (2018) bahwa Wash Buffer dilakukan untuk menghilangkan

kontaminan protein dan garam-garam lain yang masih terikat pada DNA. Wash

Buffer akan menghilangkan kontaminan sedangkan DNA tetap terikat pada

matriks. Menurut Triani (2020) bahwa etanol/isopropanol harus ditambahkan

ke konsentrat sebelum digunakan. Pemberian isopropanol dan etanol dilakukan

agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi presipitasi. Etanol berfungsi agar

DNA terpisah dari zat lainnya namun tidak akan menghancurkan DNA

sehingga hasil DNA total yang diperoleh utuh.

 22

Gambar 4.2.8 Penambahan DNA Elution Buffer

Sampel dipindahkan ke dalam microcentrifuge tube dan ditambahkan

100 mikroliter DNA Elution Buffer lalu disentrifugasi 10.000 rpm selama 30

detik. Penambahan DNA Elution Buffer berfungsi untuk mengikat DNA dan

memisahkannya dari pengotor. Sependapat dengan Uda et al. (2020) yang

menjelaskan bahwa Elution Buffer bertindak sebagai agen pengikat untuk

memastikan bahwa DNA terikat bersama. Elution Buffer dapat mengikat

pengotor yang ada pada sampel DNA sehingga DNA terpisah sempurna dari

pengotor.

4.3 NanoDrop

NanoDrop merupakan suatu alat yang digunakan untuk pengukuran

konsentrasi dan kemurnian DNA. Selaras dengan Garcia-Alegria et al. (2020)

yang menyatakan bahwa cara paling mudah untuk menentukan konsentrasi dan

kemurnian DNA yaitu melalui pengukuran serapan panjang gelombang

menggunakan spektrofotometer NanoDrop. Rasio serapan yang digunakan

untuk menentukan kemurnian DNA dan ada tidaknya kontaminan yaitu dengan
 23

panjang gelombang 260/280 dan 260/280. Ahlberg et al. (2021) menyatakan

bahwa pengukuran kemurnian DNA Nanodrop dievaluasi dengan rasio serapan

pada spektrum 260/230 nm dan 260/280 nm. Hal ini karena nukleotida, yaitu

RNA dan DNA, akan menyerap pada 260 nm dan kontaminan umum akan

muncul pada panjang gelombang lainnya.

Tabel 4.3.1 Hasil Kuantifikasi NanoDrop

Sample Nucleic Unit A260 A280 260/280 260/230 Sample Factor

ID Acid Conc. Type

2037.1 1.9 ng/µl 0.039 0.042 0.93 0.1 DNA 50

2037.2 1.3 ng/µl 0.025 0.021 1.18 0.13 DNA 50

2044.1 2.6 ng/µl 0.052 0.037 1.42 0.12 DNA 50

2044.2 1.3 ng/µl 0.027 0.025 1.06 0.14 DNA 50

Berdasarkan tabel tersebut, pada rasio 260/280 nm sampel dengan ID

2037.1, 2037.2, 2044.1, dan 2044.2 berturut-turut menunjukkan angka 0.93,

1.18, 1.42, dan 1.06 yang artinya menunjukkan nilai kurang dari 1.7 - 2.0. Hal

ini menunjukkan bahwa kemurnian sampel DNA masih bernilai rendah dan

memiliki kemungkinan masih terdapat kontaminasi. Menurut Minhas-Khan et

al. (2021) untuk pengukuran pada panjang gelombang 260/280 nm, DNA murni

memiliki rasio 1.8. Nilai rasio 1.7 – 2.0 untuk kemurnian DNA masih dapat

diterima. Apabila nilai yang ditunjukkan lebih rendah dapat disebabkan oleh
 24

kontaminasi protein atau fenol. Apabila rasio yang ditunjukkan lebih tinggi,

kemungkinan masih terdapat RNA (atau ssDNA) dalam sampel. Selaras juga

dengan Ahlberg et al. (2021) pada A260/280, nilai rasio kurang dari 1,8 ng/µl

menunjukkan adanya kontaminasi dari protein dan fenol, sedangkan nilai yang

melebihi 2,0 ng/µl menunjukkan adanya kontaminasi dari RNA.

Sedangkan pada rasio 260/230 nm sampel dengan ID 2037.1, 2037.2,

2044.1, dan 2044.2 berturut-turut menunjukkan angka 0.1, 0.13, 0.12, dan 0.14

yang artinya menunjukkan nilai kurang dari 1.5. Hal ini menunjukkan sampel

masih memiliki kontaminasi. Menurut Minhas-Khan et al. (2021) untuk rasio

260/230 nm, nilai lebih dari 1.5 menunjukkan sampel DNA berkualitas baik.

Sedangkan menurut Ahlberg et al. (2021) rasio 260/230 untuk asam nukleat

'murni' umumnya berada pada kisaran 2.0 - 2.2. Jika rasio yang ditunjukkan

lebih rendah, hal ini mungkin menunjukkan adanya kontaminan yang diserap

oleh panjang gelombang 230 nm. Aditif atau residu yang umum digunakan

dengan serapan mendekati spektrum 230 nm adalah karbohidrat, EDTA, dan

fenol. Pada spektrum 260/230 nm, nilai rasio kurang dari 2.0 ng/µl

menunjukkan adanya kontaminasi dari garam, sedangkan nilai yang melebihi

2.2 ng/µl menunjukkan adanya kontaminasi dari fenol.

Kontaminasi yang terjadi memiliki kemungkinan disebabkan oleh kurang

teliti dan kurang steril ketika melakukan ekstraksi DNA. Sehingga, hal ini dapat

berakibat pada konsentrasi dan kemurnian DNA ketika dilakukan NanoDrop.

Minhas-Khan et al. (2021) menyatakan bahwa saat melakukan ekstraksi DNA

selalu ada risiko kontak langsung antara ujung pipet dan substrat, yang dapat
 25

meningkatkan resiko kontaminasi. Selain itu, sampel yang bersentuhan

langsung dengan udara juga meningkatkan resiko kontaminasi. Sehingga, untuk

mengurangi resiko kontaminasi yang terjadi, semua langkah persiapan sampel

dipastikan dilakukan dengan baik dan steril. Kemudian, media dipastikan tidak

bersentuhan langsung dengan debu atau kontaminan lainnya.

 V. PENUTUP

5.1 Kesimpulan

5.1.1 Proses pengambilan sampel sedimen di lapangan untuk penelitian

eDNA dilakukan dengan mengambil sedimen menggunakan spatula

steril. Sedimen dimasukkan ke dalam cryotube 2 ml berisi etanol 96%.

Perbandingan sedimen : etanol 96% yaitu 1 : 3.

5.1.2 Ekstraksi DNA dilakukan dengan mengikuti protokol pada

ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit. Hasil NanoDrop sampel

eDNA menunjukkan adanya kontaminan karena pada 260/280 nm

memiliki nilai kurang dari 1.7 - 2.0 dan pada 260/230 nm memiliki

nilai kurang dari 1.5.

5.2 Saran

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, hasil kuantifikasi

menggunakan NanoDrop menunjukkan nilai yang kurang bagus. Sehingga

perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mengetahui kesalahan yang

dilakukan sehingga hasilnya kurang bagus. Kemungkinan ada pada ekstraksi

DNA yang kurang steril atau dibutuhkan penjernihan lagi pada saat ekstraksi

untuk mendapatkan kemurnian DNA yang lebih tinggi.

26
 DAFTAR PUSTAKA

Ahlberg, E., Jenmalm, M. C. & Tingö, L. 2021. Evaluation of Five Column-Based

Isolation Kits and Their Ability to Extract miRNA from Human Milk.
Journal of Cellular and Molecular Medicine 25(16): 7973–7979.

Ariyanti, Y. & Sianturi, S. 2019. Ekstraksi DNA Total dari Sumber Jaringan Hewan
(Ikan Kerapu) Menggunakan Metode Kit for Animal Tissue. Journal of
Science and Applicative Technology 3(1): 40-45.

Azis, M., Andayani, N. & Maryanto, A. E. 2020. Using Environmental DNA from
Sediment Samples to Detect Invasive Alligator Gar (Atractosteus
spatula) in An Artificial Pond. In IOP Conference Series: Earth and
Environmental Science 481(1): 1-5.

Azmi, I. 2021. Analisis Hasil Elektroforesis DNA dengan Image Processing

Menggunakan Metode Gaussian Filter. Indonesian Journal of
Electronics and Instrumentation Systems (IJEIS) 11(1): 37 – 48.

Bellisario, B., Fais, M., Duarte, S., Vieira, P.E., Canchaya, C. & Costa, F.O. 2021.
The Network Structure of Intertidal Meiofaunal Communities from
Environmental DNA Metabarcoding Surveys in Northwest Iberia. Aquat.
Sci. 83(71): 1-14.

Boesenberg-Smith, K. A., Pessarakli, M. M. & Wolk, D. M. 2012. Assessment of

DNA Yield and Purity: An Overlooked Detail of PCR Troubleshooting.
Clinical Microbiology Newsletter 34(1): 1-6.

Bremner, L. 2021. Sedimentary Ways. GeoHumanities 7(1): 24-43.

Buxton, A. S., Groombridge, J. J. & Griffiths, R. A. 2017. Is The Detection of

Aquatic Environmental DNA Influenced by Substrate Type?. PLoS One
12(8): e0183371.

Cai, Y. 2020. Analysis on Gel Electrophoresis in Biology. In E3S Web of

Conferences 145: 1-4. EDP Sciences.

Dayanti, F. G., Djuminar, A., Dermawan, A. & Tantan, A. 2019. Perbandingan

Nilai Pengukuran Kuantitatif Hasil Ekstraksi DNA Salmonella typhi

27
 28

menggunakan Metode Boiling, Naoh, Kit Komersial. Jurnal Riset

Kesehatan Poltekkes Depkes Bandung 11(1), 350-357.

Dewanata, P. A. & Mushlih, M. 2021. Differences in DNA Purity Test Using UV-
Vis Spectrophotometer and Nanodrop Spectrophotometer in Type 2
Diabetes mellitus Patients. Indonesian Journal of Innovation Studies 15:
10-21070.

Geraldi, N. R., Díaz‐Rúa, R., Shea, L. A. & Duarte, C. M. 2020. Performance of

Extraction Methods for Extracellular DNA from Sediments Across
Marine Habitats. Environmental DNA 2(1): 91-98.

García-Alegría, A. M., Anduro-Corona, I., Pérez-Martínez, C. J., Guadalupe

Corella-Madueño, M. A., Rascón-Durán, M. L. & Astiazaran-Garcia, H.
2020. Quantification of DNA Through the NanoDrop
Spectrophotometer: Methodological Validation Using Standard
Reference Material and Sprague Dawley Rat and Human DNA.
International Journal of Analytical Chemistry (1): 1-9.

Kazantseva, J., Malv, E., Kaleda, A., Kallastu, A. & Meikas, A. 2021. Optimisation
of Sample Storage and DNA Extraction for Human Gut Microbiota
Studies. BMC Microbiology 21(1): 1-13.

Lekang, K., Thompson, E. M. & Troedsson, C. 2015. A Comparison of DNA

Extraction Methods for Biodiversity Studies of Eukaryotes in Marine
Sediments. Aquatic Microbial Ecology 75(1): 15–25.

Mejia, P. M., Curd, E., Edalati, K., Renshaw, M. A., Dunn, R., Potter, D., ... &
Parker, S. S. 2021. The Utility of Environmental DNA from Sediment
and Water Samples for Recovery of Observed Plant and Animal Species
from Four Mojave Desert Springs. Environmental DNA 3(1): 214-230.

Minhas-Khan, A., Ghafar-Zadeh, M., Shaffaf, T., Forouhi, S., Scime, A.,
Magierowski, S. & Ghafar-Zadeh, E. 2021. UV-Vis Spectrophotometric
Analysis of DNA Retrieval for DNA Storage Applications. In Actuators
10(10): p. 246. MDPI.

Pearman, J.K., Keeley, N.B., Wood, S.A., Laroche, O., Zaiko, A., Thomson-Laing,
G., Biessy, L., Atalah, J. & Pochon, X. 2020. Comparing Sediment DNA
Extraction Methods for Assessing Organic Enrichment Associated with
Marine Aquaculture. PeerJ 8: e10231.
 29

Rahmi, K. A., Adharini, R. I., Sari, D. W. K. & Satriyo, T. B. 2023. Detection of

The Presence and Distribution of Invasive Fish in The Progo River,
Yogyakarta, Indonesia Using the Environmental DNA Method.
Biodiversitas Journal of Biological Diversity 24(1).

Roesma, D. I., Tjong, D. H., Janra, M. N. & Aidil, D. R. 2021. Fish Diversity
Monitoring in Maninjau Lake, West Sumatra Using The eDNA with The
Next Generation Sequencing (NGS) Technique. In IOP Conference
Series: Earth and Environmental Science 819(1): p. 012045. IOP
Publishing.

Setyawati, R. & Zubaidah, S. 2021. Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu

Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole
(PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian
Journal of Laboratory 4(1): 36-40.

Sjafaraenan, S., Lolodatu, H., Johannes, E., Agus, R. & Sabran, A. 2018. Profil
DNA Gen Follicle Stimulating Hormone Reseptor (FSHR) pada Wanita
Akne dengan Teknik PCR dan Sekuensing DNA. BIOMA: Jurnal Biologi
Makassar 3(1): 1-11.

Teng, F., Darveekaran Nair, S.S., Zhu, P., Li, S., Huang, S., Li, X., Xu, J. & Yang,
F. 2018. Impact of DNA Extraction Method and Targeted 16S-rRNA
Hypervariable Region on Oral Microbiota Profiling. Sci. Rep. 8(1):
16321.

Triani, N. 2020. Isolasi DNA Tanaman Jeruk dengan Menggunakan Metode CTAB
(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). G-Tech: Jurnal Teknologi
Terapan 3(2): 221-226.

Utami, S. T., Kusharyati, D.F. & Pramono, H. 2013. Pemeriksaan Bakteri

Leptospira pada Sampel Darah Manusia Suspect Leptospirosis
Menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Balaba 9(2):
74-81.

Uda, M. A., Parmin, N. A., Jambek, A. B., Hashim, U., Uda, M. N. A. &
Shaharuddin, S. N. A. 2020. Evaluation and Optimization of Genomic
DNA Extraction from Food Sample for Microfluidic Purpose. In IOP
Conference Series: Materials Science and Engineering 743(1): 1-7. IOP
Publishing.
 30

Xie, Y., Wang, J., Yang, J., Giesy, J.P., Yu, H. & Zhang, X. 2017. Environmental
DNA Metabarcoding Reveals Primary Chemical Contaminants in
Freshwater Sediments from Different Land-Use Types. Chemosphere
172: 201–209.
 UCAPAN TERIMA KASIH

Puji syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, atas rahmat dan

karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penyusunan Laporan Kerja

Praktik yang berjudul “Penggunaan Teknik Sampling dan Metode Ekstraksi DNA

dari Sedimen untuk Environmental DNA”. Selama pelaksanaan kerja praktik ini

penulis mendapatkan bantuan dan dukungan dari berbagai pihak. Oleh karena itu,

penulis menyampaikan ucapan terima kasih kepada :

1. Ni Kadek Dita Cahyani, S.Si, M.Si, Ph.D. selaku Dosen Pembimbing Kerja

Praktik.

2. Mbak Nining, Mbak Nenik, dan Kak Melvie selaku Asisten Pembimbing

Kerja Praktik di Laboratorium Terpadu, Universitas Diponegoro.

3. Orang tua dan keluarga di rumah yang selalu memberi semangat untuk

menyelesaikan kerja praktik.

4. Teman-teman seperjuangan Kerja Praktik di Laboratorium Marine

Biodiversity, Laboratorium Terpadu, Universitas Diponegoro.

5. Serta pihak lainnya yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.

Penulis merasa masih banyak kekurangan dalam penyusunan laporan Kerja

Praktik ini, sehingga terbuka dengan kritik dan saran yang membangun. Akhir kata,

semoga penulisan ini dapat bermanfaat sebagai pustaka penelitian baik bagi penulis,

pembaca, dan pihak-pihak terkait.

31
 LAMPIRAN

Lampiran 1. Penyaringan Sampel Air

Lampiran 2. Ekstraksi DNA Metode Chelex

32
 33

Lampiran 3. PCR

Lampiran 4. Elektroforesis
 34

Lampiran 5. NanoDrop
 DAFTAR RIWAYAT HIDUP

Nama Lengkap : Vera Fariska

NIM : 24020121140145

Tempat/Tanggal Lahir : Boyolali, 21 Januari 2023

Agama : Islam

Alamat : Karanganyar 10/02, Mliwis, Cepogo, Boyolali

Telp/HP : 085878362517

Email : verafrsk2101@gmail.com

Nama Orang Tua : Sukirno

Sri Lestari

Alamat Orang Tua : Karanganyar 10/02, Mliwis, Cepogo, Boyolali

Telp/HP : 081548339904

RIWAYAT PENDIDIKAN

35
 36

NAMA SEKOLAH TAHUN LULUS

SMAN 1 Boyolali 2021

SMPN 4 Boyolali 2018

SDN 1 Paras 2015

PENGALAMAN ORGANISASI

NAMA ORGANISASI JABATAN TAHUN

Kadiv Media Kemus 2023

INSANI
Staff Muda Media Kemus 2022

Staff Ahli HRD 2023

FOSTIBI
Staff Muda HRD 2022

OSIS SMA Bendahara 2018 – 2020

PENGAMALAN ASISTEN PRAKTIKUM

PRAKTIKUM TAHUN

Biodiversitas Tumbuhan 2023

PENGALAMAN KERJA PRAKTIK

JUDUL TEMPAT TAHUN

Penggunaan Teknik Sampling Lab. Diponegoro Marine 2023

dan Metode Ekstraksi DNA dari Biodiversity Project

Sedimen untuk Environmental (DMBP), Lab. Terpadu,

DNA Universitas Diponegoro

 37

Semarang, 22 November 2023

Vera Fariska