ISOLASI DNA

LAPORAN

OLEH:
WILLIS ANGGARA SIMANJUNTAK
190301229
PEMULIAAN TANAMAN 2019

LABORATORIUM GENETIKA MOLEKULER

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2021
 ISOLASI DNA

LAPORAN

OLEH:
WILLIS ANGGARA SIMANJUNTAK
190301229
PEMULIAAN TANAMAN 2019

Laporan Sebagai Salah Satu Syarat untuk Dapat Memenuhi Komponen Penilaian
di Laboratorium Genetika Molekuler Program Studi Agroteknologi
Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara

LABORATORIUM GENETIKA MOLEKULER

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
2021
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis ucapkan atas kehadirat Tuhan yang Maha Esa

karena atas berkat dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan laporan ini tepat

pada waktunya.

Adapun judul laporan ini adalah “Isolasi DNA” yang merupakan salah satu

syarat untuk dapat mengikuti praktikum di Laboratorium Genetika Molekuler

Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.

Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Dr. Khairunnisa Lubis SP.,

MP., Dr. Diana Sofia Hanafiah SP., MP., dan Ir. Revandy Iskandar Muda Damanik

MSi., M.Sc., Ph.D selaku dosen pengajar mata kuliah Genetika Molekuler serta

abang dan kakak asisten Laboraturium yang telah membantu dalam menyelesaikan

laporan ini.

Penulis menyadari bahwa laporan ini jauh dari kata sempurna. Oleh karena

itu, penulis mengharapkan kritik dan saran yang dapat membangun dalam

kesempurnaan laporan ini. Akhir kata penulis ucapkan terima kasih, semoga

laporan ini dapat bermanfaat bagi pihak yang membutuhkan.

Tebing-Tinggi, Maret 2022

Penulis

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................... i

DAFTAR ISI ............................................................................................. ii

PENDAHULUAN
Latar Belakang ................................................................................ 1
Tujuan Praktikum ........................................................................... 2
Kegunaan Penulisan ........................................................................ 2

TINJAUAN PUSTAKA

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Praktikum ......................................................... 6
Alat dan Bahan ............................................................................... 6
Prosedur Praktikum......................................................................... 6

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil ............................................................................................... 6
Pembahasan .................................................................................. 11

KESIMPULAN

DAFTAR PUSTAKA

ii
 1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) merupakan asam nukleat pembawa pesan

genetik dalam kehidupan. Informasi genetik terletak di dalam inti sel dan tersusun

rapi membentuk kromosom. Pola DNA penyusun kromosom inilah yang

menentukan karakteristik sifat/jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus yang

berbeda antara satu individu dengan lainnya (Artati, 2013).

DNA pada tumbuhan terdapat di dalam inti sel dan beberapa organ lain di

dalam sel seperti mitokondria dan kloroplas. DNA genom inti berasal dari inti sel,

DNA genom mitokondria berasal dari mitokondria, DNA genom kloroplas berasal

dari kloroplas. Salah satu metode yang dilakukan untuk identifikasi molekuler

adalah dengan teknik isolasi DNA (Triani, 2020).

Banyak metode isolasi DNA yang bisa digunakan, tetapi pada dasarnya

tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan dan semua metode adalah sama, yakni

lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks nukleoprotein, dan

inaktivasi nuclease. Salah satu faktor yang mempengaruhi keberhasilan isolasi

adalah senyawa metabolit sekunder. Senyawa metabolit sekunder akan

mempengaruhi kualitas dan kuantitas DNA (Restu et.al, 2012).

Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolecular

yang harus dikuasai di laboratorium. Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan

DNA dari partikel-partikel lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat

lainnya. Isolasi DNA berguna untuk beberapa analisis molekuler dan rekayasa

genetika seperti genom editing, transformasi dan PCR (Sundari, 2017).

 2

Pada saat ini teknologi DNA untuk kajian analisa molekuler telah

berkembang pesat. Tahap isolation DNA dengan merupakan tahap yang sangat

penting dan menentukan keberhasilan. Kualitas DNA genom yang diisolasi tinggi

merupakan hal yang dijadikan tolak ukur keberhasilan pekerjaan ditahap amlifikasi

dan analisis sekuen DNA penanda molekuler (Sundari, 2018).

Tujuan Praktikum

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui bagaimana cara

melakukan isolasi DNA.

Kegunaan Penulisan

Adapun kegunaan dari penulisan laporan ini adalah sebagai salah satu syarat

untuk dapat memenuhi komponen penilaian di Laboraturium Genetika Molekuler

Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara dan sebagai

bahan informasi bagi pihak yang membutuhkan.

 3

TINJAUAN PUSTAKA

Isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk

memisahkan DNA dari komponen-komponen sel seperti lipid, protein, dan RNA.

Prinsip kerja isolasi dan purifikasi DNAterdiri atas 5 tahap yaitu: pemecahan

membran sel, penghilangan protein, penghilangan RNA, presipitasi DNA,

pengukuran kemurnian dan kuantitas DNA ( Fachiyah et.al, 2018).

Prinsip dasar dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),

ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta

pemurnian DNA. Prinsip isolasi DNA pada berbagai jenis sel atau jaringan pada

berbagai organisme pada dasarnya sama namun memiliki modifikasi dalam hal

teknik dan bahan yang digunakan. Bahkan beberapa teknik menjadi lebih mudah

dengan menggunakan kit (Widiastuti, 2015).

Prinsip utama isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak

tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat. Isolasi

DNA genom dapat dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia. Secara

fisik sel dipecah dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead mill

homogenization dan resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara kimia

sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak integritas

barrier dinding sel, misalnya SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan CTAB

(Cetyltrimethylammonium bromide) (Liana, 2017).

Hasil sentrifugasi dalam proses isolasi DNA membentuk tiga lapisan, yaitu

lapisan paling atas yang berwarna kuning bening adalah supernatan yang

mengandung DNA, lapisan tengah yang berwarna hijau muda adalah komplek resin
 4

dan debris sel, dan lapisan paling bawah yang berwarna hijau tua adalah

kloroform (Retnaningati, 2020).

Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan RNAse dan kloroform dan

isoamilalkohol. Enzim RNAse digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga

DNA dapat diisolasi secara utuh. Kloroform dan isoamilalkohol ditambahkan untuk

membersihkan isolat dari komponen pengotor. Penambahan kloroform dan isoamil-

alkohol dimaksudkan untuk membersihkan DNA dari protein, dan senyawa

pewarna lainnya pada tumbuhan tersebut seperti klorofil dan pigmen warna

tumbuhan (Ritonga et.al, 2014).

 5

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Praktikum

Adapun praktikum ini dilakukan di Jalan Baja Lk.IV Tebing-Tinggi yang

dilaksanakan secara virtual dengan menggunakan Google Meet pada hari Selasa,

01 Maret pukul 12.40- 14.20 WIB

Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan pada saat praktikum adalah laptop yang

digunakan untuk mengerjakan laporan praktikum,, kuota kemendikbud yang

digunakan sebagai jaringan internet untuk mengakses aplikasi pembelajaran, buku

tulis yang digunakan untuk mencatat dan pulpen digunakan untuk menulis.

Adapun bahan yang digunakan pada saat praktikum adalah aplikasi google

classroom dan whatsApp sebagai media komunikasi dan google meet digunakan

sebagai wadah interaksi antara praktikan dengan kakak dan abang asisten

laboraturium, aplikasi microsoft office word untuk mengerjakan laporan.

Prosedur Praktikum

1. Dilaksanakan praktikum secara daring melalui aplikasi google meet.

2. Dilaksanakan kuis yang diberikan oleh abang dan kakak asisten laboraturium.

3. Dijelaskan materi tentang Isolasi DNA oleh abang dan kakak asisten.

4. Dicatat materi tentang Isolasi DNA

5. Dibuka sesi tanya jawab oleh abang dan kakak asisten bagi para praktikan

yang ingin bertanya mengenai materi yang telah disampaikan.

6. Dilakukan pengapsenan untuk melihat kehadiran setiap para praktikan.

 6

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil
Alat-alat Laboraturium Genetika Molekuler
NO. GAMBAR KETERANGAN
1. Disemprot alat dan bahan
menggunakan alcohol agar steril.

2. Dibuang tulang daun

3. Dipotong daun secara melintang

dandimasukkan pada mortal

4. Ditambahkan nitrogen cair pada

mortal yang berisi potongan daun

5. Digerus daun searah jarum jam

sampai halus
 7

6. Ditambahkan PVPP 0,1 gr

sebagai antioksidan

7. Dimasukkan CTAB 1 ml dan B

mercaptoethanol 10 ul kedalam tube
2ml dan di inkubasi pada waterbath
yang bersuhu 65°C selama 30 menit

8. Dimasukkan daun yang telah

digerus tadi kedalam tube yang
berisi CTAB dan B-
mercaptoethanol yang telah
diinkubasi

9. Dikocok hingga homogen

10. Dilakukan inkubasi selama 30

menit

11. Dilakukan pengocokkan saat

inkubasi setiap 10 menit
 8

12. Ditambahkan 1ml KIAA

13. Dihomogenkan menggunakan

vortex

14. Dimasukkan kedalam centrifuge

selama 10 menit

15. Didapatkan hasil centrifuge selama

10 menit

16. Dilakukan pemisahan supernatan

menggunakan mikropipet dan
dimasukkan ke dalam tube baru

17. Ditambahkan KIAA kedalam Tube

yang berisi supernatan hasil
centrifuge 10 menit

18. Dihomogenkan menggunakan

vortex
 9

19. Dimasukkan kedalam centrifuge

selama 10 menit

20. Setelah dikeluarkan dari centrifuge,

ditambahkan KIAA 1ml

21. Dihomogenkan menggunakan

vortex

22. Dimasukkan kedalam centrifuge

selama 10 menit dan setelah di
sentrifge di tambah isopropanol
dan dinkubasi selama 1 malam

23. Didapatkan hasil setelah diinkubasi

selama 1 malam

24. Disterilkan selama 7 menit

25. Dipisahkan supermatan (pelet yang

berwarna kuning ditinggalkan di
tube untuk tetap diamati)
 10

26. Dikering anginkan

27. Ditambah buffer TE 100 ul dan

etanol absolut 1 ml

28. Disentrifuge selama 5 menit

29. Dibuang larutan bening (buffer TE

dan etanol dan tetap ditinggalkan
pellet pada tube untuk diamati

30. Ditambah buffer TE 100 ul dan

etanol absolut 1 ml dan
disentrifus selama 10 menit

31. Dibuang larutan bening (buffer TE

dan etanol) dan tetap ditinggalkan

32. Ditambah buggrt te 100 up

 11

33. Di simpan di blender

Pembahasan

Isolasi DNA merupakan kegiatan yang dapat dilakukan melalui tahapan-

tahapan antara lain preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan

presipitasi DNA. Hal ini sesuai dengan literatur (Fachiyah et.al, 2018) yang

menyatakan bahwa isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan

untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel seperti lipid, protein, dan

RNA.

Prinsip utama isolasi DNA yaitu dengan memecah dan mengekstraksi

jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri DNA, RNA dan

substansi dasar lainnya. Hal ini sesuai dengan literatur (Liana, 2017) yang

menyatakan bahwa prinsip utama isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni

yang tidak tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat.

Prinsip dasar dalam mengisolasi DNA adalah melisis sel secara fisik dengan

cara penggerusan, pemecahahan dinding sel, pemecahan membrane sel dan

pemisahan DNA dari bahan lain. Hal ini sesuai dengan literatur (Widiastuti, 2015)

yang menyatakan bahwa prinsip dasar dalam isolasi DNA ada tiga yakni

penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti

selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.

Terdapat tiga lapisan dalam proses isolasi DNA pada hasil sentrifugasi,

diantaranya adalah lapisan atas (supernatan), lapisan tengah (resin dan debrin sel)
 12

dan lapisan bawah (kloroform). Hal ini sesuai dengan literatur (Retnaningati, 2020)

yang menyatakan bahwa hasil sentrifugasi dalam proses isolasi DNA membentuk

tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas yang berwarna kuning bening adalah

supernatan yang mengandung DNA, lapisan tengah yang berwarna hijau muda

adalah komplek resin dan debris sel, dan lapisan paling bawah yang berwarna hijau

tua adalah kloroform.

Bahan yang digunakan pada saat melakukan isolasi DNA yaitu RNAse

berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA dan senyawa kloroform

isoamilalkohol dan asam asetat berfungsi mendenaturasi protein. Hal ini sesuai

dengan literatur (Ritonga et.al, 2014) yang menyatakan bahwa enzim RNAse

digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh.

Kloroform dan isoamilalkohol ditambahkan untuk membersihkan isolat dari

komponen pengotor.
 1
3

KESIMPULAN

1. Isolasi DNA merupakan serangkaian proses yang dilakukan untuk

memisahkan DNA dari komponen-komponen sel seperti lipid, protein,

dan RNA.

2. Prinsip utama isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak

tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat.

3. Prinsip dasar dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),

ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan

protein, serta pemurnian DNA.

4. Hasil sentrifugasi dalam proses isolasi DNA membentuk tiga lapisan,

yaitu lapisan paling atas yang berwarna kuning bening adalah

supernatan yang mengandung DNA, lapisan tengah yang berwarna hijau

muda adalah komplek resin dan debris sel, dan lapisan paling bawah

yang berwarna hijau tua adalah kloroform.

5. Enzim RNAse digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA

dapat diisolasi secara utuh. Kloroform dan isoamilalkohol ditambahkan

untuk membersihkan isolat dari komponen pengotor.

 1
4

DAFTAR PUSTAKA

Artati, D. 2013. Sensitivitas Gel Red sebagai Pewarna DNA pada Gel
Elektroforesis. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur Vol. 11 No. 1.

Fachiyah., Sri, W., dan Estri, L.A. 2018. Modul Praktikum Teknik Analisis Biologi
Molekuler. Universitas Brawijaya. Malang.

Liana, H. A. 2017. Isolasi DNA Chlorella sp. Dengan Metode CTAB dan
Identifikasi Sikuen 18S rDNA. Skripsi. Universitas Islam Negeri Maulana
Malik Ibrahim Malang. Malang.

Restu, M., Mukrimin., dan Gusmiaty. 2012. Tanaman Suren (Toona sureni Merr.)
untuk Analisis Keragaman Genetik berdasarkan Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Natur Indonesia. Vol 14(2): 138-142.

Retnaningati, D. 2020. Optimasi Metode Ekstraksi DNA pada Melon (Cucumis

melo L.). Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, Vol. 5 (2): 109-114.

Ritonga, S. W., Nurlaila, F. F., Atif, Y. R., dan Anastasia, M.P. 2014. DNA
Barcodes for Marine Biodiversity: Determinasi dan Identifikasi Alga Merah
(Rhodophyta) di Pantai Cipatujah, Tasikmalaya melalui Identifikasi
Molekuler DNA Barcoding. Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Sundari, 2017. Pengembangan Protokol Isolasi DNA Genom Tanaman Durian

dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Jurnal Ilmu Eksakta. Vol
6, No 2.

Sundari. 2018. Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Cengkeh dengan

Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Jurnal Biologi Edukasi Edisi 21.
Vol 10 (2): 21-26.

Triani, N. 2020. Isolasi DNA Tanaman Jeruk dengan Menggunakan metode CTAB
(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). Jurnal Teknologi Terapan. Vol. 3,
No. 2.

Widiastuti, A. 2015. Pengujian DNA, Prinsip Umum. Pengawasan Benih Tanaman

Balai Besar PPMB-TPH.