ISOLASI DNA

M YUSRIL RUSLI, 2021

Program Studi Biologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Makassar
Email :muhammadyusril53.my@gmail.com

Abstract
Geneticdiversity of fruit crops is one of the important activities to support plant breeding. Plant
differences can be detected through several markers, among others with DNA tape patterns, which are
often referred to as molecular markers. Molecular markers play an important role in the conservation
and management of plant genetic resources. Molecular techniques vary in the way of implementation
to obtain data, both the technique and the level of target data desired according to the ease of
implementation, availability of human resources, facilities, and funds. Extraction to obtain high-
quality DNA is one basic rule that must be met in molecular studies, especially in the capture of DNA
fingerprints. Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) is a common method used in the dna
extraction of plant genomes containing polysaccharides and polyphenols compounds

Keyword : DNA,Extraction,genetic,

I. PENDAHULUAN
Pesatnya perkembangan ilmu biolgi
yang didukung dengan teknologi saat ini
menjadikan abad 21 disebut sebagai abad
biologi. Hampir semua masalah-masalah
biologi yang telah, sedang, dan akan tersu
dijawab mengarah pada tingkat molekuler.
Salah satu cabang ilmu biologi, adalah
Bioteknologi.
Bioteknologi memiliki sejarah panjang
yang mencakup praktik-praktik terdahulu
seperti pembiakan selektif hewan ternak dan
penggunaan mikroorganisme untuk membuat
minuman anggur dan keju. Kini bioteknlogi
juga mencakup rekayasa genetik, manipulasi
gen demi tujuan praktis. Rekayasa genetik telah
melancarkan sebuah revolusi dalam
bioteknolgi, sehingga sangat mengembangkan
lingkup potensi aplikasi biteknologi.
Bioteknologi terbagi menjadi dua
berdasarkan teknik pemanfaatannya, yaitu
bioteknologi konvensional dan bioteknologi
modern. Bioteknologi konvensional atau
tradisional merupakan proses pemanfaatan
makhluk hidup (organisme atau
mikroorganisme) dengan memanfaatkan teknik
fermentasi. Berbagai produk dan jasa dapat
dihasilkan dari pemanfaatan bioteknologi ini.
Salah satu produk yang dapat kita
peroleh dengan memanfaatkan teknik
bioteknologi konvensional atau tradisional,
yaitu isolasi DNA secara sederhana dengan
metode kitchen. Isolasi DNA masih
digolongkan sebagai bioteknologi konvensional
dikarenakan metode yang digunakan masih
menggunakan metode sederhana dengan
bantuan alat-alat dapur dan sebagainya. Selain
hal itu, keterbatasan alat untuk melihat DNA
secara rinci adalah alasan yang tepat guna untuk
mempelajari cara ekstraksi DNA dengan
metode konvensional.
Berdasarkan hal di atas, maka perlu
dilakukan praktikum ini sebagai keterampilan
dasar dalam bioteknologi terutama yang
berhubungan DNA. Hal tersebut tentunya akan
mendukung proses belajar mengajar seseorang
dalam membahas tentang DNA terutama
seseorang yang berada dalam dunia pendidikan.
II. KAJIAN PUSTAKA
Bioteknologi tidak terlepas dari
mikroorganisme sebagai subyek (pelaku).
Mikroorganisme yang dimaksud adalah virus,
bakteri, cendawan, alga, dan protozoa. Menurut
Siregar (1996) dalam Ahyar A (2014),
mikroorganisme menjadi subyek pada proses
bioteknologi karena beberapa hal berikut ini:
1. Reproduksinya sangat cepat.
2. Mudah diperoleh dari lingkungan kita.
3. Memiliki sifat tetap, tidak berubah-ubah.
4. Melalui teknik rekayasa genetik dapat
dengan cepat memodifikasi/ mengubah sifat
mikroorganisme sehingga dapat
menghasilkan produk yang sesuai dengan
yang kita inginkan.
5. Dapat menghasilkan berbagai produk yang
dibutuhkan oleh manusia dan tidak
tergantung musim/iklim.
Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah
biomakromolekul penyusun utama kromosom
dan mengandung semua informasi genetika.
Informasi genetika yang terdapat pada DNA
memiliki dua fungsi, yaitu (1) sebagai sumber
informasi pada sintesis molekul-molekul
protein sel atau organisme dan (2) sebagai
sumber informasi yang akan diturunkan kepada
sel anak. DNA sebagai sumber informasi yang
diturunkan kepada sel anak dapat dijadikan
dasar dalam menentukan kekerabatan suatu
organisme, misalnya teknik DNA fingerprinting
(Purwanti, 2013).
Isolasi DNA genom merupakan
langkah awal dan sangat menentukan dalam
studi genetika dan molekuler suatu spesies.
Proses tersebut membutuhkan preparasi sampel
untuk mendapatkan DNA dengan kualitas yang
baik karena akan digunakan untuk berbagai
analisis molekuler maupun manipulasi genetik.
Analisis genom dilakukan untuk berbagai
sampel dan untuk tiap sampel dibutuhkan
optimasi agar diperoleh DNA yang baik dalam
jumlah besar. Isolasi atau pengambilan DNA
dari makhluk hidup terbagi atas beberapa
tahapan yaitu penghancuran sel, penghilangan
RNA dan protein serta pemurnian dan
pengendapan DNA (Ferniah dan Sri, 2013).
Melalui proses tersebut DNA
dipisahkan dari komponen seluler lain seperti
protein, RNA (Riboksi nukleat acid), dan
lemak. Banyak metode yang digunakan untuk
mengisolasi DNA, tergantung spesimen yang
akan dideteksi. Metode tersebut pada dasarnya
memiliki prinsip yang sama, namun ada
beberapa hal tertentu yang biasanya digunakan
modifikasi untuk dapat menghancurkan
inhibitor yang ada di dalam masing-masing
sumber specimen (Langga, et al, 2012).
Pengenalan isolasi DNA sangatlah
penting, mengingat bioteknologi pada akhir-
akhir ini semakin maju. Terlebih untuk bidang
biologi molekuler. Namun, yang menjadi
kendala adalah terkadang dalam melakukan
isolasi DNA, ditemukan DNA yang memiliki
kualitas dan kuantitas yang rendah. Hal
tersebut dapat diketahui dari konsentrasi DNA-
nya (Mawardi dan Maria, 2016).
Isolasi DNA merupakan salah satu
tahap penting dalam kegiatan berbasis
molekuler. Dibutuhkan DNA dengan kualitas
yang baik untuk berbagai kegiatan seperti
pemanfaatan marka molekuler, pembuatan
pustaka genom, hingga sekuensing.
Permasalahan utama yang sering muncul
dalam proses isolasi DNA tanaman adalah
kehadiran senyawa kontaminan pada sampel
yang diisolasi seperti senyawa polisakarida,
polifenol, protein, RNA, dan senyawa
metabolit sekunder yang terdapat pada
tumbuhan obat. Menurut Ranjan et al. (2010)
dalam Nugroho et al (2015), kehadiran
senyawa kontaminan tersebut dapat
menghambat berbagai proses mulai dari
pemotongan DNA, amplifikasi, hingga
kloning.
Kualitas DNA yang baik yang
diperoleh dari hasil ekstraksi merupakan syarat
dasar yang harus dipenuhi dalam studi
molekuler, terutama dalam penandaan sidik
jari DNA. Cetyl Trimethyl Ammonium
Bromide (CTAB) merupakan metode yang
umum digunakan dalam ekstraksi DNA
tanaman yang banyak mengandung
polisakarida dan senyawa polifenol.
Perkembangan ilmu pengetahuan sangat pesat
dewasa ini, di antaranya ilmu biologi
molekuler yang memungkinkan diperolehnya
suatu marka gen yang mengendalikan karakter
target perbaikan dalam program pemuliaan
tanaman (Syafaruddin, et al 2012).
Isolasi DNA merupakan langkah awal
prosedur kerja dalam genetika molekuler.
Prosedur ekstraksi DNA dari jaringan tanaman,
pertama  diawali dengan penghancuran dinding
sel untuk mengeluarkan isi sel. Cara  yang bebek),NaCl 3 gr,Detergen 5 ml dan Etanol
lazim dilakukan untuk menghancurkan 95 % dingin
jaringan tanaman adalah dengan membuat sel- Prosedur Kerja
sel dalam keadaan dehidrasi atau dengan Memilih buah yang masak dan memotongnya
membekukan jaringan tanaman segar dengan pisau. Kemudian mengeluarkan isinya
menggunakan es kering atau nitrogen  cair. dengan garpu dan menumbuknya sampai halus
Jaringan yang sudah getasini kemudian digerus menggunakan mortal dan pistil, lalu
sampai menjadi serbuk. Selanjutnya DNA menyimpannya di dalam gelas beaker.
harus dipisahkan dari isi sel yang lainnya agar Menambahkan 3 gram NaCl, kemudian 10 ml
bercampur dengan buffer ekstraksi. Hal ini deterjen cair, sampai volume 100 ml dengan
umum dilakukan dengan menggunakan menambahkan air. Mencampurkan dan
deterjen, misalnya sodium dodecyl sulphate mengaduk dengan garpu sampai tercampur,
(SDS) atau cetyl trimethyl ammonium bromide kemudian menyaring dan menyimpan cairan
(CTAB). Tahap akhir, DNA harus dimurnikan yang telah disaring Membiarkan larutan
dari senyawa-senyawa non-DNA lainnya, beberapa menit kemudian mengisi sebanyak 6
seperti RNA, protein, polisakarida, metabolit ml cairan ke dalam tabung reaksi.
sekunder dan sebagainya (Hala dan Alimuddin, Menambahkan 9 ml etanol dingin pada bagian
2018). bawah tabung reaksi dan menunggu beberapa
Isolasi DNA biasanya dimulai dengan menit untuk presipitasi DNA sampai terdapat 2
lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses ini bagian yang terpisah oleh ethanol dan bagian
sangat penting untuk penghncuran struktur yang berwarna putih. Memindahkan bagian
protein dan memungkinkan untuk pelepasan yang putih ke tabung reaksi yang lain. Bagian
asam nukleat dari inti. Proses lisis dilakukan ini merupakan DNA hasil ekstraksi.
dalam larutan garam atau deterjen yang 4. HASIL DAN PEMBAHASAN
mengandung protein denaturasi atau protease
ini mengakibatkan kerusakan sel dan NO Nama Buah Bentuk Waktu
melarutkan membrane. Isolasi DNA adalah . DNA
sebuah proses sederhana yang diperlukan 1. Buah Alpukat Awan 38 detik
untuk analisis genetik yang digunakan untuk (Persea
Americana)
tujuan ilmiah dan media atau forensic. Setelah
2. Buah Lengkeng Cincin 27 detik
melalui aplikasi dari deterjen protein dan lipid (Dimocarpus
seluler terpisah jauh dari DNA dan sejumlah longan)
kit pemurniaan DNA menggunakan prinsip- 3. Buah Kiwi Awan 17 detik
prinsip komersial yang berbeda pada setiap (Actinidia
prinsip kerjanya (Hartati, 2018). deliciosa)
4. Buah Lemon Awan 23 detik
III. METODE (Citrus limon)
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum kali ini dilakukan pada hari Selasa,
03 April 2021, pukul 13.00-17:30 di Laboratorium
Zoologi Lantai III Jurusan Biologi Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Negeri Makassar.
3.2 Alat dan Bahan
Tabung reaksi, Pisau, Pipet tetes,Gelas
beaker 250 ml, Mortal dan pistil, Kertas
saring, Bahan. Berbagai jenis buah dan
tanaman (alpukat, timun, tomat, pepaya, (A) (B) (C) (D)
bunga tasbih, Aloe vera, dan daun cocor Gambar 4.1 (A) Persea americana; (B) Dimocarpus
longan; (C) Actinidia deliciosa; (D) Citrus limon

Gambar 4.1. Hasil Pengamatan Yoghurt
Berdasarkan hasil praktikum, diketahui
bahwa 7 jenis sampel yang digunakan, dari
berbagai ekstrak buah dan bunga berhasil
diekstraksi kromosomnya. Hal ini nampak
terlihat dengan adanya benang-benang spindle
yang melingkar berbentuk cincin dipermukaan
sampel
Perlakuan pertama yang diberikan pada
buah yaitu mengupas serta memotongnya
menajadi ukuran yang lebih kecil, hal ini
dilakukan agar pada saat penghancuran atau
penngerusan dengn mortal dan pistil, sampel
mudah dihancurkan menjadi partikel – partikel
yang lebih kecil. Saat melakukan penggerusan,
usahakan agar tidak memberi tekanan yang
terlalu kuat untuk menghindari DNA menjadi
terpotong.
Tahap selanjutnya yaitu menambahkan
campuran detergen dengan air. Hal ini
bertujuan untuk merusak membran sel dari
berbagai jenis sampel tersebut. Perusakan
membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia
yang terbentuk antara detergen dengan zat-zat
yang ada pada sampel. Selain itu, detergen
dapat melarutkan lemak dalam membran sel,
sehingga sel bisa lisis
Setelah penambahan detergen tahap
selanjutnya yaitu penambahana garam dapur
sebanyak 3 gram ke masing-masing tabung
yang berisi campuran buah maupun daun
tanaman dan detergen. Tujuan dari penambahan
garam adalah untuk memudahkan pemisahan
benang-benang DNA dari campuran sehingga
benang-benang tersebut akan mudah diamati.
Hal ini terjadi karena Na+ dalam garam dapat
membentuk ikatan pada kutub negative dari
ikatan fosfat DNA.
            Tahap selanjutnya yaitu penambahan
ethanol dingin, yang bertujuan untuk
mempermudah terjadinya presipitasi pada
benang-benang DNA. Ethanol tersebut mampu
membawa asam nukleat yang terdapat dalam
campuran naik ke permukaan, untuk kemudian
diendapkan.
            Dari percobaan isolasi DNA diperoleh
hasil yaitu, perbedaan warna pada masing-
masing tabung reaksi yang berisi campuran
buah ataupun daun tanaman, detergen, garam,
dan ethanol. Perubahan warna yang terjadi
diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang
terdapat pada setiap buah. Selain itu perbedaan
yang mencolok dari ketujuh larutan tersebut
adalah terdapat banyak atau sedikit endapan
asam nukleat pada dasar tabung reaksi.
Hal ini terjadi akibat adanya perbedaan
kandungan air dari masing-masing sampe yang
tidak sama. Dari percobaan tidak diperoleh
DNA murni melainkan hanya DNA kasar atau
benang – benang halus (supernatant) dalam
jumlah yang sedikit serta endapan putih yang
terlihat. Dari semua jenis sampel, DNA kasar
yang paling terlihat ada pada daun kembang
tasbih, hal itu terjadi akibat kandungan air yang
lebih sedikit jika dibandingkan dengan jenis
sampel yang lain. sehingga ekstrak dan DNA
kasar yang dihasilkan oleh kembang lebih
banyak. Dapat dilihat bentuk DNA yang
dihasilkan berupa cincin ganda.
Sampel dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah
(kaya serat). Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin
sedikit, sehingga DNA yang terpresipitasi juga
akan sedikit. Suatu sumber menyatakan bahwa
dalam proses pembuatan sumber DNA untuk
isolasi DNA hendaknya jangan terlalu encer
karena semakin encer sumber DNA, DNA yang
terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel
yang lisis di dalam air tentunya lebih sedikit
jika dibandingkan dengan sumber DNA yang
lebih kental. Namun, masalah pengaruh
keenceran terhadap hasil isolasi DNA dapat
diatasi dengan pengurangan jumlah Akuades
yang digunakan sehingga walaupun sumber
DNA yang digunakan adalah buah dengan
kadar air tinggi, tetap dapat diperoleh ekstrak
yang cukup kental.
3. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah
dilakukan, dapat disimpulkan bahwa, cara
pengisolasian DNA dilakukan dengan cara
mekanik dan kimiawi. Cara mekanik dengan
menggunakan mortal dan pistil untuk
menghancurkan membran sel. Sedangkan
secara kimiawi dengan penambahan-
penambahan reagen, yaitu detergent, NaCl, dan
alkohol dingin. Tahap-tahap dalam isolasi DNA
ada tiga. tahap pertama adalah penghancuran
dinding sel dengan cara menggerus bahan,
tahap kedua adalah melisiskan sel dengan
menambahkan detergent dan garam ke dalam
campuran, tahap ketiga adalah pemurnian DNA
dengan manambahkan alkohol dingin. Pula
semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut
di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga
DNA yang terpresipitasi juga akan sedikit.
VI. REFERENSI
Ardiana Dwi Haryuni. 2009. Teknik Isolasi
Dna Genom Tanaman Pepaya dan Jeruk
dengan Menggunakan Modifikasi Bufer
VI. REFERENSI
Ardiana Dwi Haryuni. 2009. Teknik Isolasi
Dna Genom Tanaman Pepaya dan Jeruk
dengan Menggunakan Modifikasi Bufer
CTAB. Jurnal Teknik Pertanian. Vol. 14
No. 1: 12-16.
Hala Yusminah dan Alimuddin Ali, 2018.
Penuntun Pengantar Bioteknologi.
Makassar: Jurusan Biologi FMIPA UNM.
Langga Indah Fajarwati, dkk. 2012.
Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi
dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti
(Vitex Cofassus Reinw)Serta Analisis
CTAB. Jurnal Teknik Pertanian. Vol. 14
No. 1: 12-16.
Hala Yusminah dan Alimuddin Ali, 2018.
Penuntun Pengantar Bioteknologi.
Makassar: Jurusan Biologi FMIPA UNM.
Langga Indah Fajarwati, dkk. 2012.
Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi
dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti
(Vitex Cofassus Reinw)Serta Analisis
Keragaman Genetik dengan Teknik
RAPD-PCR. Jurnal Sains dan Teknologi.
Vol. 12 No.2:265-276.
Gusrina. 2018. Genetika dan Reproduksi Ikan.
Sleman. Deepublish
Mayangsari, Retno., Agus Hery Susanto dan
Alice Yuniaty. 2017. Profil RAPD
Tanaman Kantung Semar beberapa
Koleksi Kebun Raya Baturaden. Biosfera.
Vol 34 (2). 89-97.
Nugroho, Endik Deni dan Dwi Anggorowati
Rahayu. 2017. Pengantar Bioteknologi ( Teori
dan Aplikasi). Sleman. Deepublish
Keragaman Genetik dengan Teknik
RAPD-PCR. Jurnal Sains dan Teknologi.
Vol. 12 No.2:265-276.
Gusrina. 2018. Genetika dan Reproduksi Ikan.
Sleman. Deepublish
Mayangsari, Retno., Agus Hery Susanto dan
Alice Yuniaty. 2017. Profil RAPD
Tanaman Kantung Semar beberapa
Koleksi Kebun Raya Baturaden. Biosfera.
Vol 34 (2). 89-97.
Nugroho, Endik Deni dan Dwi Anggorowati
Rahayu. 2017. Pengantar Bioteknologi (
Teori dan Aplikasi). Sleman. Deepublish