Nama : Isni Meisani

NPM : 230110200066

UAS BIOTEKNOLOGI

1. Dalam riset bioteknologi, peranan bioinformatika sangat penting. Apa

yang dimaksud dengan bioinformatika, peran apa yang dipegang
program ini. Sejauh mana program tersebut diterapkan dalam bidang
perikanan, berikan contoh!

Jawab:

• Definisi dan Peran Bioinformatika

Bioinformatika berasal dari bahasa yaitu “bioinformatics” yang
artinya (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk
mengelola dan menganalisis informasi biologis. Tujuan dilaksanakan
bioinformatika yaitu untuk mengetahui urutan basa nitrogen pada DNA agar
mengetahui sifat-sifat dari gen tertentu beserta fungsinya pada suatu
individu. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika,
statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah- masalah biologis,
terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta
informasi yang berkaitan. Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang
lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler.
Pembahasan bidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan
biologi molekuler modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia
dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Teknologi informasi sangat mendukung kemampuan untuk
memahami dan memanipulasi kode genetik DNA melalui perangkat keras
dan perangkat lunak. Produsen perangkat lunak dan perangkat keras serta
pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Contoh penggunaan
bioinformatika dalam akuakultur adalah bioteknologi genetik pada ikan.
Bioteknologi adalah pemanfaatan sistem biologi atau organisme hidup
dalam proses produksi. Bioteknologi memiliki banyak manfaat bagi dunia
perikanan dan budidaya. Manfaat tersebut antara lain meningkatkan laju
pertumbuhan ikan budidaya, meningkatkan nilai gizi tepung ikan,
meningkatkan kesehatan ikan, memperbaiki dan melindungi lingkungan,
memperluas jangkauan spesies ikan, meningkatkan ketersediaan benih, dan
konservasi di alam. Ada beberapa bioteknologi sederhana yang sudah lama
digunakan, seperti pemupukan B. tambak untuk meningkatkan ketersediaan
pakan. Yang lainnya adalah teknologi canggih yang menggunakan biologi
molekuler dan informasi genetik, seperti rekayasa genetika dan diagnosis
penyakit menggunakan DNA. Tujuan utama penerapan bioteknologi
genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan laju pertumbuhan. Tapi itu
juga bisa digunakan untuk meningkatkan ketahanan terhadap penyakit dan
lingkungan. Beberapa teknik bioteknologi telah diterapkan pada ikan
budidaya.
Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan
pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment
Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data
sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat
maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal
ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa
organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk
memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja
BLAST adalah penyejajaran sekuens.
• Bioinformatika dalam Bidang Budidaya
Bioinformatika di bidang perikanan adalah segala bentuk informasi
dan segala bentuk teknologi yang mendukung kegiatan dalam bidang
perikanan: seperti perekayasaan genetika, penerapan teknologi tepat guna,
modifikasi pakan bagi kultivan yang dipelihara. Bioinformatika sangat
penting peranannya bagi dunia perikanan karena dengan adanya
bioinformatika akan menguntungkan para pelaku bisnis yang terjun dalam
bidang perikanan maupun kegiatan pendidikan yang mengkhususkan diri
dalam bidang perikanan.
 Bioinformatika sangat berperan penting dalam kemajuan dunia
perikanan di indonesia karena dengan bioinformatika, masyarakat bisa
langsung mendapatkan perkembangan informasi yang berkaitan dengan
dunia perikanan dan langsung bisa menerapkan teknologi tersebut di dunia
nyata. Contoh yang dapat kita ambil adalah rekayasa genetika pada berbagai
jenis ikan untuk menghasilkan suatu jenis ikan ataupun kultivan yang
memiliki sifat-sifat unggul, Penelitian berbagai sumber pakan alami yang
bermanfaat bagi pertumbuhan kultivan, Melakukan penelitian teknologi
tepat guna yang sesuai dengan kondisi agroklimat.
Pada prinsipnya pendekatan biologi molekuler dapat ditempuh
dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda. Pertama, studi pada tingkat
DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada
suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen
tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji
seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu
genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji
seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom.
Ketiganya bertujuan untuk meningkatkan kualitas dan jumlah produksi
budidaya perikanan.
2. Program bioinformatika apa yang diterapkan untuk menganalisis hasil
praktikum polymerase DNA ikan, mengapa program tersebut yang
dipilih. Uraikan hasil praktikum yang ada peroleh dan bandingkan
dengan riset lain yang sejenis.

Jawab:

Program bioinformatika yang digunakan untuk menganalisis polymerase

DNA hasil praktikum adalah sekuensing DNA. Sekuensing DNA Metode/teknik
untuk menentukan urutan basa nukleotida pada suatu molekul DNA (A,T,G,C).
Urutan nukleotida (A, T, G, C) ➔ menyandi informasi paling mendasar suatu
gen/genome suatu organisme. Software yang digunakan untuk analisis sekuens
DNA pada praktikum, yaitu :
 1. Bioedit
2. Mega X
Hasil sekuensing dihasilkan dalam bentuk file dengan ekstensi .ab1 yang dihasilkan
dari mesin sekuensing. Selain itu juga diberikan file dengan ekstensi .fas (FASTA)
dan .pdf (grafik elektrograf).
Metode sekuensing yang digunakan yaitu metode Sanger (Sanger dideoxy
sequencing). Hal tersebut dikarenakan, pada metode ini, templat DNA dipotong
dengan enzim restriksi lalu fragmen DNA diklon pada vektor sekuensing dan
individu fragmen DNA setiap klon disekuen terpisah. Hasil sekuen lengkap dari
fragmen DNA yang panjang dapat diperoleh dengan menjajarkan (alignment) dan
menyambung (assembly) sekuen fragmen DNA berdasarkan bagian sekuen yang
berkomplemen (overlapping), yang memungkinkan pemetaan genom dapat
diselesaikan.

Berdasarkan hasil sekuensing kelompok 4 analisis pohon filogeni

didapatkan bahwa sampel uji hasil BLAST adalah Xiphophorus helleri. Pendugaan
tersebut karena dilakukan Alignment urutan nucleotide melalui NCBI menunjukan
hasil spesies Xiphophorus helleri. Pada kelompok pertama yaitu Xiphophorus
helleri isolate XH mitochondrial cytochrome b gene, partial cds dan Xiphophorus
helleri cytochrome b gene, complete cds; mitochondrial memiliki tingkat
kekerabatan terbesar yaitu sebesar 34%. Lalu Xiphophorus helleri isolate XH
mitochondrial cytochrome b gene, partial cds dan Xiphophorus helleri cytochrome
b gene, complete cds; mitochondrial dengan Xiphophorus helleri isolate 1
mitochondrion cytochrome b gene, partial cds memiliki tingkat kekerabatan sebesar
28%. Lalu Xiphophorus helleri isolate XH mitochondrial cytochrome b gene,
partial cds, Xiphophorus helleri cytochrome b gene, complete cds; mitochondrial
dan Xiphophorus helleri isolate 1 mitochondrion cytochrome b gene, partial cds
dibandingkan dengan sampel kelompok 4 memiliki tingkat kekerabatan sebesar
34%.
Sedangkan pada riset lain yang berjudul “Morfologi dan Sekuensing DNA
Myxobolus koi yang Menginfeksi Ikan Koi (Cyprinus carpio) di Kabupaten Blitar”
menyatakan Hasil sekuensing DNA parasit Myxobolus koi yang menginfeksi ikan
koi (Cyprinus carpio) di Blitar memiliki kemiripan (percent identity) dari data
Genbank dengan beberapa organisme. Kemiripan atau tingkat homologi dari
sampel antara 95,99 – 99,37% dengan E-value 0.0, kemiripan tertinggi terjadi pada
kode sampel KT.240127.1 yaitu pada Myxobolus koi yang menginfeksi ikan
Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) di Barat Daya China, kemiripan dikatakan
tinggi apabila sekuen DNA memiliki nilai percent identity >70% dan Evalue <10-
4 (Claverie dan Notredame, 2003). Analisis filogenetik dengan menggunakan
program komputer ClustalW dengan bootstrap 1000 kali, terhadap susunan basa
nukleotida utamanya sekuen sampel Myxobolus koi bertujuan untuk
membandingkan hubungan kekerabatan antara sampel dengan isolat pembanding.
3. Pada gambar hal 3 tersaji bagan alir bioproses, jelaskan secara rinci
tiap tahapannya. Bila diterapkan di bidang perikanan produk apa yang
dihasilkan dari proses tersebut (dari jurnal hasil riset)
Jawab:
Penjelasan bagan alir :
Elemen yang penting dalam sebuah bioproses adalah tersedianya mikroba
sebagai biokatalis.
1. Tahap pertama yang harus dilakukan adalah mengisolasi mikroba
yang tersedia di alam, mikroba yang diambil lalu di inokulum
dengan baik dengan menyeleksi mikroba sehingga menghasilkan
inokulum yang sehat. Sel mikroba dapat dipandang sebagai berikut:
a. Model yang representative
b. Sistem kimia yang kompleks
c. Sistem enzim yang terpadu
d. Pabrik kimia, dapat di eksploitasi menghasilkan produk
unggul yang diinginkan
e. Agen biologis/biokatalis
2. Penyiapan inokulum
Sel mikroba di isolasi lalu di karakterisasi, seleksi, dan rekayasa
genetik. Setelak proses seleksi kemurnian dari mikroba inokulum,
sehingga dihasilkan mikroba yang termodifikasi.
3. bioreaktor/fermentor
Sebuah bioreaktor adalah suatu alat atau sistem yang mendukung
aktivitas agensia biologis. Namun, alat ini telah digunakan secara
luas untuk menghasilkan berbagai macam produk dari makhluk
hidup seperti antibiotik, berbagai jenis enzim, protein sel tunggal,
asam amino, dan senyawa metabolit sekunder lainnya.
4. Setelah diolah melalui bioreaktor selanjutnya adalah tahapan
recovery dan purifikasi menghasilkan produk.
Penerapan bioproses dalam dunia perikanan adalah
1. Perbanyakan enzim dalam proses teknologi pengolahan hasil
perikanan : fermentasi olahan perikanan, fermentasi pakan ikan
2. Perbanyakan antibiotik untuk mengatasi penyakit ikan: insulin
 4. Apa yang dimaksud dengan teknologi DNA rekombinan, tahapan apa
saja yang harus dilakukan untuk memperoleh DNA rekombinan.
Sejauh mana teknologi ini diterapkan di bidang perikanan, berikan
contoh!
Jawab:
A. Pengertian DNA rekombinan
Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan
DNA dari spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru
dengan sifat-sifat yang diinginkan. Pada pengembangan bioteknologi
kelautan dan perikanan, teknik DNA rekombinan ini dapat digunakan antara
lain untuk melakukan eksplorasi potensi dan biodiversitas organisme laut,
seperti mikroba laut. Mikroba laut yang sebelumnya hanya merupakan
kekayaan alam laut yang potensial dan belum memberikan nilai tambah,
maka dengan teknologi DNA rekombinan dapat ditingkatkan nilai
tambahnya untuk menghasilkan produk yang sangat prospektif. Secara garis
besar, teknologi DNA rekombinan (rekayasa genetika) melibatkan
penyisipan informasi genetik baru ke dalam organisme, biasanya bakteri,
untuk memberikan kemampuan baru. Metode ini tidak mengikuti rangkaian
prosedur yang pasti. Pemilihan metode bergantung kepada gen mana yang
akan dipindahkan dan jenis organisme mana yang akan menerima informasi
genetik baru. Pilihan tersebut bergantung pada sampai sejauh mana
keterlibatan pilihan pribadi ilmuwan yang bersangkutan.Dasar DNA
rekombinan merujuk pada merekombinasi fragmen DNA yang berbeda.
Kloning mengacu pada proses penyusunan beberapa salinan (copy) molekul
DNA.
B. Tahapan untuk memperoleh DNA rekombinan
1. Mempersiapkan gen yang akan dimasukkan ke dalam vektor (gen
insert)
2. Mempersiapkan vektor
3. Pemotongan DNA insert dan vektor dengan enzim restriksi
4. Penggabungan DNA insert dan vektor dengan enzim ligasi
 5. Memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel bakteri (transformasi)
6. Ekspresi gen rekombinan
C. Penerapan dan contoh
Penerapan DNA Rekombinan sudah banyak dilakukan dalam
bioteknologi salah satu contoh penerapannya adalah GMO (Genetically
Modified Organism) yang diterapkan pada ikan Lele Mutiara (Clarias sp.)
transgenik. Aplikasi teknologi transgenesis dewasa ini berguna untuk
mengatasi kendala pertumbuhan ikan yang lambat, oleh karena
memungkinkan untuk memasukkan gen-gen asing tunggal (single gen) ke
dalam genom sperma ikan yang dibudidayakan sehingga meningkatkan
perbaikan genetik ikan ke arah sifat yang lebih menguntungkan. Tujuan
utama transfer gen adalah memasukkan gen asing yang diharapkan akan
terintegrasi dengan genom ikan inang sehingga genom inang memiliki
tambahan gen asing yang memperbaiki ekspresi gen inang (over-ekspresi)
yang akan ditransmisikan kepada generasi keturunannya. Terdapat 2 teknik
transfer gen yang umum diaplikasikan pada genom ikan, yaitu metode
mikroinjeksi telur dan elektroporasi pada sperma ikan. Penggunaan metode
mikroinjeksi telur, umumnya memerlukan peralatan mahal, keterampilan
tinggi dan biaya yang relatif mahal. Sementara metode elektroporasi sperma
ikan relatif lebih simpel dan merupakan metode massal penyisipan gen
asing ke dalam DNA genom sperma yang selanjutnya dapat membuahi
sejumlah telur ikan yang dipandang lebih efisien dibanding mikroinjeksi.
spermatozoa pada ikan telah banyak diteliti peranannya dan dapat
bertindak sebagai vektor untuk transfer gen asing dalam teknologi ikan
transgenik yang dikenal sebagai transfer gen yang diperantarai sperma
(SMGT = Sperm Mediated Gene Transfer). Secara alami, hewan akuatik
memproduksi sejumlah besar sel-sel sperma yang sangat menguntungkan
bagi aplikasi teknik SMGT tersebut. Rekayasa genetika, khususnya
teknologi rekombinan DNA mulai banyak diaplikasikan di bidang
pembenihan ikan guna meningkatkan pertumbuhan melalui penyisipan gen
hormon pertumbuhan tersebut ke dalam DNA genom telur atau sperma ikan.
Hormon pertumbuhan (growth hormone/GH) merupakan polipeptida
penting yang dibutuhkan untuk pertumbuhan secara normal dan
perkembangan hewan termasuk ikan. Growth hormone adalah suatu
kelompok dalam famili hormon yang terdiri dari hormon pertumbuhan
(GH), prolaktin (PRL) dan somatolactin (SL). Hormon ini disintesis oleh sel
somatotrof kelenjar hipofisa untuk menstimulasi produksi faktor-faktor
pertumbuhan menyerupai insulin yang memperantarai kebanyakan
pengaruh-pengaruh pemacuan pertumbuhan.
Pemberian hormon pertumbuhan alami mamalia ke dalam pakan
ikan maupun dengan cara perendaman hormon tersebut ke dalam telur-telur
ikan dipandang tidak efisien, karena setiap akan memproduksi ikan unggul,
pekerjaan harus dilakukan berulang-ulang untuk maksud tersebut.
Sebaliknya dengan mengintegrasikan gen asing yang mengekspresikan
hormon pertumbuhan ke dalam inti sel ikan dan kemudian dibesarkan
sampai induk lebih efisien untuk mewariskan sifat pertumbuhannya pada
keturunannya. Teknologi DNA rekombinan pada ikan dan sekuen sekuen
regulatorik (sekuen promoter) telah dapat dikloning dan potensial
dimanfaatkan untuk pembuatan konstruksi vektor ekspresi yang
mengandung gen-gen ikan yang bernilai ekonomis. Pengujian sekuen-
sekuen regulatorik yang dikloning (termasuk sekuen promoter), secara in
vivo fungsional untuk mempermudah ekspresi transgen yang disisipkan
melalui sperma untuk produksi massal ikan transgenik. Produksi transgenik
secara stabil memerlukan waktu dari generasi ke generasi, mengingat tidak
100 % transformasi gen ikan melalui elektroporasi sperma berhasil
diwariskan ke telur ikan.
Hasil dari penelitian tersebut adalah Rekombinasi GH eksogen (GH
lele dumbo) dan GH endogen menyebabkan over ekspresi pertumbuhan
ikan lele mutiara transgenik. Hasil penelitian menunjukkan rata-rata
kelipatan tumbuh ikan lele mutiara transgenik hasil elektroporasi 125 V/cm-
pulsa 3, 125 V/cm-pulsa 5, 50 V/cm-pulsa 3 dan 50 V/cmpulsa 5 berturut-
 turut 3,53 kali; 3,05 kali; 2,75 kali dan 2,76 kali dari ukuran ikan non
transgenik.

5. Apa yang dimaksud dengan bioremediasi, masalah-masalah perikanan

seperti apa yang dapat diatasi dengan bioremediasi, berikan contoh
Jawab:

A. Definisi Bioremediasi

Bioremediasi didefinisikan sebagai proses penguraian limbah

organik/anorganik polutan secara biologi dalam kondisi terkendali.
Penguraian senyawa kontaminan ini umumnya melibatkan mikroorganisme
(khamir, fungi, dan bakteri). Pendekatan umum yang dilakukan untuk
meningkatkan biodegradasi adalah dengan cara: (i) menggunakan mikroba
indigenous (bioremediasi intrinsik), (ii) memodifikasi lingkungan dengan
penambahan nutrisi dan aerasi (biostimulasi), (iii) penambahan
mikroorganisme (bioaugmentasi). Bioremediasi merupakan penggunaan
mikroorganisme yang telah dipilih untuk ditumbuhkan pada polutan tertentu
sebagai upaya untuk menurunkan kadar polutan tersebut. Pada saat proses
bioremediasi berlangsung, enzim-enzim yang diproduksi oleh
mikroorganisme memodifikasi struktur polutan beracun menjadi tidak
kompleks sehingga menjadi metabolit yang tidak beracun dan berbahaya.

Bioremediasi adalah pemanfaatan organisme untuk membersihkan

senyawa pencemar di lingkungan. Pada proses ini terjadi biotransformasi
dan detoksifikasi senyawa toksik menjadi senyawa yang kurang toksik atau
tidak toksik. Proses utama pada bioremediasi adalah biodegradasi,
biotransformasi dan biokatalis. Didefinisikan sebagai proses penggunaan
organisme hidup, terutama mikroorganisme, untuk mendegradasi bahan
pencemar (toksikan) lingkungan yang merugikan ke tingkat atau bentuk
yang lebih aman dalam hal memperbaiki / mengembalikan kondisi suatu
lingkungan yang telah mengalami penurunan kualitas menjadi seperti
 semula sesuai dengan fungsinya masing-masing.Bioremediasi dapat
memanfaatkan aktivitas metabolisme konsorsium bakteri agen bioremediasi
yang terdiri dari bakteri nitrifikasi, denitrifikasi dan fotosintetik
anoksigenik.

B. Masalah Perikanan yang dapat diatasi dengan bioremediasi dan contohnya

Dalam penerapannya dalam bidang perikanan, bioremediasi

memegang peranan penting dalam penguraian limbah organik dan
anorganik. Selain digunakan dalam penguraian limbah, bioremediasi juga
dapat digunakan dalam remediasi sedimen tambak ikan Pada teknologi
bioremediasi ini bakteri nitrifikasi akan mendegradasi amonia menjadi
nitrit, dan nitrat, bakteri denitrifikasi akan mendegradasi nitrat atau nitrit
menjadi gas nitrogen, sedangkan bakteri fotosintetik anoksigenik akan
mendegradasi senyawa hidrogen sulfida menjadi unsur sulfur Salah satu
yang sering digunakan adalah bakteri. Bakteri Digunakan dalam banyak
sistem bioremediasi karena sifatnya yang fagositosis, ukuran kecil,tidak
berbentuk hifa. Dalam aplikasi remediasi sedimen tambak digunakan jenis
bakteri. Berbagai jenis bakteri yang dapat digunakan adalah bakteri
nitrifikasi dan denitrifikasi (Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrosospira,
Nitrosovibrio, dan Nitrosolobus, Pseudomonas, Rhodospirillum rubrum,
Rhizobium leguminosarum), bakteri heterotrofik(Clostridium) bakteri
fermentative ( Lactobacillus bulgaricus,Streptococcus
thermophilus,Streptococcus lactis, Lactobacillus sp., Lactobacillus sp.,
Pediococcus cerevisiae,) maupun bakteri fotosintetik anoksigenik (
Rhodobacter , bakteri Bacillus).

Selama ini dalam budidaya tambak, pengendalian penyakit masih

mengandalkan antibiotik dan disinfektan. Penggunaan antibiotik semacam
ini termasuk kurang baik, Karena selain dapat menyebabkan resistensi pada
bakteri yang merugikan, juga pada umumnya antibiotik menimbulkan
residu yang nantinya akan mencemari tambak itu sendiri. Hal ini disebabkan
karena penggunaan dalam dosis tinggi, jenis yang sangat beragam,
penggunaan dalam jangka waktu lama dan penggunaan jenis yang tidak
dapat diurai secara biologis (non biodegradable).Sekarang telah ditemukan
probiotik untuk pengendalian penyakit pada aquaculture.Sebenarnya
Probiotik sudah ada sejak tahun 1950-an, namun belum dikenal dengan
sebutan probiotik. Definisi probiotik yaitu makanan tambahan (suplemen)
berupa sel-sel mikroorganisme hidup, yang memiliki pengaruh
menguntungkan bagi hewan inang yang mengkonsumsinya Probiotik untuk
akuakultur dapat diberikan melalui pakan, air maupun melalui perantaraan
pakan hidup seperti rotifera atau artemia. Pada akuakultur mikroorganisme
probiotik yang digunakan lebih beragam, diantaranya kelompok bakteri
asam laktat, Vibrio alginolyticus, Aeromonas sobria, Pseudomonas
fluorescens, Bacillus Toyoi, Enterococcus faecium; dan yeast seperti
Saccharomyces cerevisiae. Usaha Meningkatkan derajat tetas (hatching
rate) telur dan survivalitas larvae telah dilakukan melalui manipulasi status
mikrobiologi telur maupun lingkungannya dengan memasukkan kultur
probiotik ke dalam bak inkubator atau hatching tank.

Mikroba probiotik sendiri terdiri dari campuran bakteri fotosintetik,

bakteri fiksasi, bakteri laktat dan ragi. Aplikasi pada media tanah atau air
atau pada limbah organic akanmenghasilkan proses regenerasi terus –
menerus dan meningkatkan proses oksidasi serta mampu mengintensifkan
berbagai bentuk energi yang diperlukan untuk pertumbuhan. Peran
probiotik bisa bersifat imunologik, penghambatan kolonisasi patogen
melalui produksi senyawa-senyawa antimikroorganisme dan peningkatan
nilai nutrisi seperti produksi vitamin-vitamin dan asam-asam amino,
detoksifikasi bahan pakan, serta melalui aktivitas enzim pencernaan.

Berbeda dengan probiotik, biofilter juga dapat diterapkan dalam

aquaculture dalam upaya meningkatkan kualitas air tambak. Salah satu
contoh penerapan teknologi ini telah diterapkan pada tambak ikan di daerah
Pati , yang mana menggunakan enceng gondok, rumput laut dan kerang
darah sebagai biofilter pada tambak bandeng. Enceng gondok sendiri
berfungsi untuk menyaring logam berat pada permukaan perairan,
sedangkan rumput laut berfungsi untuk memfilter pada kolom air dan
kerang darah pada dasar perairan terbukti mampu memperbaiki kualitas
lingkungan tambak tersebut.

Beberapa keuntungan dengan menggunakan teknologi ini adalah :

Pertama. Mampu Memperbaiki kondisi kualitas air. Secara spesifik
parameter kualitas air yang dapat dikendalikan dengan menggunakan
teknologi bioremediasi ini adalah senyawa ammonia,nitrit, nitrat dan
hidrogen sulfida Kedua. Menjaga udang menjadi lebih sehat. Dengan
Rendahnya senyawa toksik di air tambak membuat kondisi udang menjadi
lebih sehat selama periode pemeliharaan Ketiga. Meningkatkan nafsu
makan udang. Udang yang sehat dan kondisi kualitas air yang baik akan
meningkatkan nafsu makan udang sehingga udang dapat tumbuh dengan
baik Keempat. Mampu menjaga keseimbangan populasi
plankton.Keseimbangan populasi plankton dengan diaplikasikannya bakteri
bioremediasi dapat dikontrol dengan kecerahan antara 15-40 cm (secchi
disk) Kelima. Mampu menjagakeseimbangan populasi bakteri heterotrofik.
Bakteri bioremediasi akan menekan laju pertumbuhan bakteri heterotrofik
yang dapat menyebabkan penyakit bakterial pada udang,sehingga udang
dapat terbebas dari serangan bakteri patogen Keenam. Mudah memproduksi
dan mengaplikasikannya. Konsorsium bakteri bioremediasi dikultur dalam
media cair sehingga aplikasikannya dengan menebarkan bakteri di
permukaan air tambak atau di sedimen (tanah) apabila tambak masih dalam
tahap persiapan. Untuk memproduksi bakteri agen bioremediasi
memerlukan waktu inkubasi selama 4 hari dengan menggunakan galon-
galon air mineral steril atau menggunakan bioreaktor (dilaboratorium).

Keberadaan bakteri pengurai sangat berpengaruh terhadap

persediaan oksigen yang secara alami terlarut dalam air tambak, sehingga
penambahan mikroba pengurai dalam kolam tentu akan mengakibatkan
fluktuasi konsentrasi oksigen terlarut di setiap kolam.Bakteri autotrof yang
berperan dalam proses nitrifikasi dalam media yang sama sangat lambat
pertumbuhannya dibanding dengan pertumbuhan bakteri heterotrof. Hal
tersebut disebabkan karena kepekaannya terhadap perubahan temperatur
serta perubahan pH. Oleh karena itu mempertahankan keberadaan mikroba
tersebut pada proses nitrifikasi selama mungkin menjadi penting artinya.
Kecepatan pertumbuhan bakteri akan sangat menentukan bagi proses
nitrifikasi. Seperti pada gambar sebelumnya yang memperlihatkan
kecepatan pengubahan amonia yang besar diberikan perlakuan penambahan
mikroba, maka kecepatan perkembangan bakteri pun mendukung hal itu.
Keberadaan bakteri pengurai yang semakin stabil dalam sistem dapat
terlihat dari pola-pola puncak parameter nitrifikasi yang terbentuk.