GENETIKA
Genetika Mikroorganisme i
wawasan kepada kami mahasiswa
kepada :
Genetika Mikroorganisme ii
2. Ibu Apt. Rasmala Dewi,
Kuliah Mikrobiologi
masukan dalam
membantu dan
mensupport dalam
Genetika Mikroorganisme iv
gading yang tak retak, demikian
Kesehatan.
Jambi, 2023
Genetika Mikroorganisme v
TIM PENYUSUN
Pengarah
Ketua STIKES Harapan Ibu Jambi
H. Subakir, SKM., M.Kes
Koordinator
Kaprodi/Dosen Pengampu
Apt. Rasmala Dewi, M.Farm
Ketua
Indra Pinoza
Anggota
Miya ade febriyeni
Anna Salsabila
Aqilla fadia haya
Sherli Brilian
Khairunisa
Genetika Mikroorganisme vi
Buku Saku ini diterbitkan Oleh :
Mahasiswa JK Farmasi HI Jambi
2022/2023
Telp : 0822-8579-6407
WA : 0822-8579-6407
KATA PENGANTAR………………i
TIM PENYUSUN………...................iv
DAFTAR ISI………...........................viii
Genetika Mikroba............................................57
Rekayasa Genetik............................................71
Genetika Mikroorganisme............................83
Genetika..............................................................92
BAB VI KESIMPULAN.................111
DAFTAR PUSTAKA......................113
1 Genetika Mikroorganisme
stuktural dan fisiologis dari suatu
sel atau organisme, karakter
fenotipseperti warna mata pada
manusia atau resistensi terhadap
antibiotik pada bakteri,
padaumumnya di amati pada
tingkat organisme. Dasar kimia
untuk variasi daam fenotip, atau
perubahan urutan DNA dalam
suatu gen atau dalam organisasi
gen.(Jawets, 2001).
2 Genetika Mikroorganisme
Hasilnya antaralain terjadi
perubahan-perubahan pada
warna,bentuk, ukuran, dan siat-
sifat lain dari kacang polong
tersebut.penelitian inilah ia
mengembangkan hukum-hukum
dasar kebakaan. Hukumkebakaan
berlaku umum bagi semua bentuk
kehidupan. Hukum-hukum mendel
berlakumanusia dan juga
organisme percobaan dahulu amat
populer dalam genetika, yakni lalat
buah Drosophila. Namun sekarang,
percobaan-percobaan ilmu
kebakaan dengan menggunakan
bakteri Escherichia coli.Bakteri ini
di pilih karena paling mudah di
pelajari pada tarafmolekuler
sehingga merupakan organisme
3 Genetika Mikroorganisme
pilihan bagi banyak ahli genetika.
Hal inimembantu perkembangan
bidang genetika mikroba. Jasad
renik yang di pelajari dalam bidang
genetika mikroba meliputi bakteri,
khamir, kapang, dan virus
(Waluyo, 2005).
4 Genetika Mikroorganisme
genetika kecil yang mampu
melakukan replikasi diri pada
bakteri dan ragi.Pengenalan dari
sebuah fragmen potongan DNA
kedalam suatu plasmid
memungkinkanfragmen di
perbanyak (teramplifikasi).
Amplifikasi regio DNA spesifik
dapat di capai olehenzim bakteri
menggunakan polymerase chain
reaction (PCR) atau metode
amplifikasinukleotida berdasar
enzim yang lain (misalnya
amplifikasi berdasar transkripsi).
DNA yangdi masukkan kedalam
plasmid dapat di kontrol oleh
promoter ekspresi pada bakteri
yangmengamati protein, di
ekspresi pada tingkat tinggi.
5 Genetika Mikroorganisme
Genetika bakteri mendasari
perkembangan rekayasa genetika,
suatu teknologi yang bertanggung
jawab terhadap perkembangan di
bidang kedokteran.(Jewetz, 2001).
6 Genetika Mikroorganisme
menggunakanikatan hydrogen
pada pusat molekul. Sifat
komplementer dari basa
memungkinkan satu rantai(rantai
cetakan, template) menyediakan
informasi untuk salinan atau
ekpresi informasi pada suatu rantai
yang lain (rantai penyandi).
Pasangan-pasangan basa tersusun
dalam bagian pusat double helix
DNA dan menentukan informasi
genetiknya. Setiap empat basa
diikatkan pada phosphor-2-
deoxyribose membentuk suatu
nukleotida. Muatan negetif
phosphodiesterbackbone dari
DNA berhadapan dengan pelarut,
dan muatan ini tersusun sepanjang
strukturlinear dari molekul.
7 Genetika Mikroorganisme
Panjang molekul DNA pada
umumnya tersusun dalam ribuan
pasangDNA ribuan pasang basa,
atau kilobase pavis (kbp). Suatu
virus kecil dapat mengandung
satumolekul DNA tunggal yang
terdiri dari lima kbp, sedangkan
kromosom Eshericia coli
adalah4639 kbp. Setiap pasangan
basa dipisahkan dari urutan
sebelumnya sekitar 0,34 nm, atau
3,4X 10 -7 nm, sehingga panjang
keseluruhan kromosom E.coli
diperkirakan I nm. Oleh
karenakeseluruhan dimensi sel
bakteri diperkirakan 1000 kali
lebih kecil dari pada
panjangnyatersebut sehingga
terbentuk lipatan yang melipat lagi
8 Genetika Mikroorganisme
atau supercoiling, menyusun
strukturfisik dari molekul in vivo.
9 Genetika Mikroorganisme
Beberapa molekul RNA memiliki
fungsi enzim (ribozymes). Fungsi
utama RNA adalahkomunikasi dari
susunan gen DNA ke ribosom
dalam bentuk messenger RNA
(mRNA).Ribosom yang
mengandung ribosomal RNA
(rRNA) dan protein-protein,
menterjemahkan pesan ke dalam
struktur primer dari protein-protein
perantara aminoacyl transfer
RNA(tRNA). Molekul-molekul
RNA bervariasi dalam ukuran dari
tRNA yang kecil,
yangmengandung kurang dari 100
basa, sampai mRNA yang dapat
membawa pesan genetiksepanjang
ribuan basa. ribosom bakteri
mengandung 3 macam rRNA
10 Genetika Mikroorganisme
dengan ukuran 150,1540, dan 2900
basa, dengan sejumlah protein.
Ribosom eukariota memiliki
molekul rRNAyang lebih besar.
Kebutuhan fisiologik ini
ditunjukkan dalam perputaran
metabolic yangcepat dari
kebanyakan mRNA. Selain itu,
tRNA dan rRNA yang
dihubungkan dengan
fungsiumumnya pada sintesa
protein, cenderung stabil, dan
keduanya terhitung lebih dari 95 %
daritotal RNA dalam satu sel
bakteri.
11 Genetika Mikroorganisme
Genetika Bakteri
12 Genetika Mikroorganisme
gen saja. Gen bakteri biasanya
terdapat dalam molekul DNA
(asam deoksirinukleat) tunggal,
meskipun dikenal pula adanya
materi genetik di luar
kromosom(ekstrakromosomal)
,yang di sebut plasmid, yang
tersebar luas dalam populasi
bakteri. Meskipun bakteri bersifat
haploid, transimisi gen dari satu
generasi ke generasi berikutnya
berlangsungsecara linier, sehingga
pada setiap siklus pembelahan sel,
sel anaknya menerima satu set
genyang identik dengan sel
induknya.
13 Genetika Mikroorganisme
sel. Dengan mikroskop elektron,
DNA tampak sebagai benang-
benang fibrileryang menempati
sebgian besar dari volume sel.
Molekul DNA bila diekstraksi dari
sel bakteri biasanya mempunyai
bentuk yang sirkuler, dengan
panjang kira-kira 1 mm. DNA
inimempunyai berat molekul yang
tinggi karena terdiri dari
heteropolimer
darideoksiribonukleotida purin
yaitu Adenin dan Guanin dan
deoksiribonukleotida
pirimidinyaitu Sitosin dan Timin.
14 Genetika Mikroorganisme
dihubungkan satu sama lain oleh
ikatan hidrogen antara purin di
saturantai dengan pirimidin di
rantai lain, dalam keadaan
antiparalel, dan disebut sebagai
struktu double helix. Ikatan
hidrogen ini hanya dapat
menhubungkan Adenin (6
aminopurin) denganTimin (2,4
dioksi 5 metil pirimidin) dan antara
Guanin (2 amino 6 oksipurin)
dengan Sitosin(2 oksi 4 amino
pirimidin). Singkatnya pasangan
basa pada suatu sekuens DNA
adalah A-Tdan S-G. Karena
adanya sistem berpasangan
demikian, maka setiap rantai DNA
dapat dijadikan cetakan/template
untuk membangun rantai DNA
15 Genetika Mikroorganisme
yang komplementer.
Waktuterjadinya proses replikasi
DNA dalam pembelahan sel,
molekul DNA dari sel
anaknyaterdiri dari satu rantai
DNA yang komplememter tapi
dibuat baru, dengan kata lain,
pemindahan materi genetik dari
satu generasi ke generasi
berikutnya adalah dengan
carasemikonservatif.
16 Genetika Mikroorganisme
terjadi kesetabilangenetik dalam
suatu populasi mikroorganisme.
Satu benang kromosom biasanya
terdiri dari5 juta pasangan basa dan
terbagi atas segmen atau sekwens
asam amino tertentu. Dari
akanterbentuk stuktur protein.
Protein ini kemudian menjadi
enzim-enzim, komponen
membransel dan struktur sel yang
lain yang secara keseluruhan
menentukan karakter dari sel itu.
17 Genetika Mikroorganisme
1. Suatu enzim amino sel
bakteri yang disebut enzim
RNA polimerase
membentuk saturantai
oliribonukleotida
(=messesnger RNA =
mRNA) dari rantai DNA
yang ada. Proses inidiseut
transkripsi. Jadi pada
transkripsi DNA,
terbentuk satu rantai RNA
yang
komplementerdenagan
salah satu rantai double
helix dari DNA.
2. Secara enzimatik asam
amino akan teraktifasi dan
di transfer kepada transfer
kepadatransfer RNA (=
18 Genetika Mikroorganisme
tRNA yang mempunyai
daptor basa yang
komplementer dengan
basamRNA di satu
ujungnya dan mempunyai
asam amino spesifik di
ujung lainnya tiga buah
basa pada mRNA di sebut
triplet basa yang lazim
disebut sebagai kodon
untuk suatu asam amino.
3. mRNA dan tRNA
bersama-sama menuju
kepermukaan ribosom
kuman, dan disinilahrantai
polipeptida terbentuk
sampai seluruhkodon
selesai dibaca menjadi
menjadi suatusekwen
19 Genetika Mikroorganisme
asam amino yang
membentuk protein
tertentu. Proses ini disebut
translasi.
DNA Bakteri
20 Genetika Mikroorganisme
prosesnya, dua pita lama DNA
terpisah dan digunakan sebagai
model untuk mensistensiskan pita-
pita baru (replikasi
semikonservatif). Strukur dimana
dua pita terpisah dan sintesis
baruterjadi disebut sebagai
percabangan replikasi. Replikasi
kromosom bakteri sangat
terkontrol,dan kromosom tiap sel
yang tumbuh berkisar antara satu
dan empat. Beberapa plasmida
bakteri bias memiliki sampai 30
tiruan dalam satu sel bakteri, dan
mutas yang menyebabkancontrol
bebas dari relikasi plasmida
bahkan bias menghasilkan tirun
yang lebih banyak.Replikasi pita
DNA ganda sirkular dimuli pada
21 Genetika Mikroorganisme
locusori dan membuuhkan
interaksi dengan beberapa protein.
Dalam E coli, replikasi kromosom
berakhir pada suatu tempat yang
disebut “ter “. Dua kromosom anak
terpisah, atau terpecah sebelum
pembagian sel, sehingga tiap -
tiapketurunan memiliki satu DNA
anak. Hal ini dapat disempurnakan
dengan bantuantopoisomerase atau
melakukan pengkombinasian.
Proses serupa yang mengacu pada
replikasi DNA plasmida, kecuali
pada beberpa kasus, replikasinya
adalah tidak terarah.
22 Genetika Mikroorganisme
Contoh Gambar
Transposon
23 Genetika Mikroorganisme
replika bakteri. Penyatuan ini
dibantu oleh
kemampuantransposon untuk
membentuk tiruannya sendiri,
yang mungkin disisipkan dalam
replika yangsama atau mungkin
disatukan pada replika lainnya.
Spesifisitas dari rangkaian pada
bagiansisipan biasanya rendah,
sehingga transposon kadang
cenderung menyisip dalam sistem
acak.Sebagian besar plasmida
ditransfer antar sel-sel bakteri, dan
penyisipan dari sebuahtransposon
ke dalam suatu plasmida bisa
menyebabkan penyebaran dalam
sebuah populasi.
24 Genetika Mikroorganisme
Fagus
25 Genetika Mikroorganisme
Pita DNA ganda dari banyak litik
adalah linear dan fase pertama dari
replikasinya merupakan
pembentukan DNA sirkular.
Proses ini tergantung pada ujung-
ujung kohesif, ekor pitatunggal
pelengkap DNA yang berhibridasi.
Ligasi, pembentukan sebuah ikatan
fosfodiesterantar ekornya,
meningkatkan DNA sitkular yang
terikat secara kovalen yang
mungkinmengalami replikasi
dengan cara yang serupa dengan
yang digunakan untuk replika
lainnya.Pembelahan dari lingkaran
sel menghasilkan DNA linear yang
terbungkus dalam lapisan protein
unuk membentuk fagus turunan.
26 Genetika Mikroorganisme
Pita tunggal DNA dari fagus
filamentus diubah menjadi sebuah
bentuk replikatif pita
gandasirkular. Sebuah pita bentuk
replikatif digunakan sebagai model
dalam suatu proses yangterus
menerus yang menghasilkan pita
DNA. Modelnya adalah lingkaran
berputar, dan pitatunggal DNA
yang dihasilkan terbelah dan
terbungkus protein untuk
pengelupasanekstraseluler.
27 Genetika Mikroorganisme
4000 nukleotida) tiga gen yang
bias berlaku seperti mRNA
yangmengikuti infeksi. Satu gen
mewakili protein pelindung dan
yang lain mewakili
polimeraseRNA yang
menghasilkan bentuk replikatif
adalah inti partikel infeksi baru.
Mekanisme perkembangbiakan
retrovirus, virus-virus RNA hewan
yang menggunakan RNA
sebagaimodel untuk sintesis DNA.
28 Genetika Mikroorganisme
penyisipannya dalam kromosom
induk. Tempat penyisipannya
mungkin cukup spesifik, seperti
yang dicontohkan oleh penyatuan
fagus E.coli pada lokus int. tunggal
pada kromosom bakteri.
Genetika Virus
29 Genetika Mikroorganisme
inang.Sering, bentuk parasitisme
genetik ini mengakibatkan
debilitas atau kematian sel inang.
Olehkarena itu, keberhasilan
perbanyakan virus memerlukan (1)
suatu bentuk stabil
yangmemungkinkan virus
bertahan hidup di luar inangnya,
(2) suatu mekanisme invasi pada
selinang, (3) informasi genetik
untuk replikasi komponen virus
dalam sel, dan (4) informasi
tambahan yang mungkin
diperlukan untuk packaging
(menyimpan) komponen virus dan
pengeluaran virus dari sel inang.
30 Genetika Mikroorganisme
(bacteriophage). Perhatian lebih
tepat pada sub grup virus, tetapi
jangandilupakan dictum Andre
Lwoff : Virus adalah virus. Banyak
konsep dasar dari
biologimolekuler, muncul dari
penemuan bacteriophage.
31 Genetika Mikroorganisme
nukleat faga. Banyak faga
memiliki struktur menyerupai alat
injeksi syringe khusus yang dapat
mengikat reseptor pada permukaan
sel dan menginjeksikan asam
nukleat kedalam sel inang.
32 Genetika Mikroorganisme
keadaan nonlitik, pada replikasi
asamnukleatnya dikaitkan dengan
replikasi DNA sel inang. Bakteri
yang membawa prophage disebut
lysogenic , karena suatu signal
fisiologik dapat menjadi trigger
suatu siklus litik
yangmengakibatkan kematian sel
inang dan mengeluarkan banyak
salinan phage . Karakterterbaik
temperate phages adalah E.coli
phage λ (lambda). Gen – gen
penentu litik ataurespons lysogenic
pada infeksi λ telah diidnetifikasi
dan interaksi yang kompleks
telahdiexsplorasi secara teliti.
Filamenthous phages, contoh yang
telah dipelajari dengan baik adalah
E.coli phage M13,filamennya
33 Genetika Mikroorganisme
mengandung DNA rantai tunggal
yang kompleks dengan protein dan
diperolehdari inangnya, dimana
inang mengalami debilitas
(keadaan memburuk) tetapi tidak
dimatikanoelh infeksi ini.
Rekayasa DNA ke dalam phage
M13 menyediakan rantai – rantai
tunggal yang sangat bernilai untuk
analisis dan manipulasi DNA.
34 Genetika Mikroorganisme
Contoh Gambar
Struktur Virus
Genetika Jamur
35 Genetika Mikroorganisme
genomeukariota dibawa pada satu
atau lebih kromosom linear
terpisah dari sitoplasma
didalammembran inti sel
(nukleus). Diploid sel eukariota
mengandung 2 homologeus
(salinanevolusioner) dari setiap
kromosom. Mutasi atau perubahan
genetik sering tidak dapatdideteksi
pada sel diploid karena susunan
satu salinan gen kompensasi untuk
perubahanfungsi homolognya.
Satu gen yang tidak dapat
mengekspresi fenotipitik pada
keberadaan homolognya.
Dinyatakan resesif, sedangkan satu
gen yang mengatasi efek homolog
nya dinyatakan dominan. Efek
mutasi dapat sangat tampak pada
36 Genetika Mikroorganisme
sel – sel haploid, yang
membawahanya satu salinan
tunggal dari kebanyakan gen. Sel –
sel yeast (suatu eukairota)
seringditeliti, Karena dapat
dipertahankan dan dianalisis pada
keadaan haploid.
37 Genetika Mikroorganisme
mampu berreplikasi secara
independen, mengandung 6,3 kbp
DNA. Semacam lingkaran kecil
DNA ini disebut plasmid, sering
ditmukan padagenetik eukariota.
Ukuran kecil dari plasmid
memudahkan manipulasi genetik,
dansetelah perubahannya, dapat
dimasukkan ke dalam sel-sel. Oleh
karena itu, plasmiddigunakan pada
rekayasa genetika.
38 Genetika Mikroorganisme
gen.susunan pendek berulang
(short sequence,SSR) ini atau short
tandemly repeateds sequences
(STR) ada dalam beberapa salinan
atau sampai ribuan salinan yang
menyebar di seluruhgenom.
Adanya SSR pokariata telah di
dokumentasikan dengan baik dan
beberapamenunjukan
polymorfisme yang luas, variasi ini
di perkirakan karena kesalahan
pasanganrantai (slipped-strand
mispairing) dan hal ini di perlukan
untuk adatasi dan hal ini di
perlukanuntuk adaptasi dan variasi
bakteri. Banyak gen eukariota
disisipi intron, sisipan susunan
DNAyang akan hilang pada
mRNA yang di tranlasi. Intron
39 Genetika Mikroorganisme
telah diamati pada gen archze
tetapihanya sedikit perkecualian
yang tidak di temukan pada
eubakteria.
40 Genetika Mikroorganisme
Membrane tidak memisahkan gen
bakteri dari sitoplasmaseperti pada
eukariota dengan beberapa
perkecualian, gen bakteri adalah
haploid.
41 Genetika Mikroorganisme
bakteri secara luas.Akibat kejadian
genetik ini telah diamati pada
penyebaran plasmid pembawa
resistensi anti biotika setelah
penggunaan anti biotika yang
bebas di rumah sakit.
42 Genetika Mikroorganisme
mendorong transposisinya sendiri.
Hampir semua bakteri membawa
element IS, yang penting pada
pembentukan strain-strain dengan
high- frequency recombinant
(Hfr). Kompleks tranposon
membawa gen-gen untuk fungi-
fungsikhusus seperti resistensi
antibiotika dan diapit oleh IS.
Tidak seperti plasmid,
tranposomtidak mengandung
informasi genetik yang di perluken
untuk replikasinya. Seleksi
transposontergantung pada
replikasinya sebagai bagian dari
suatu replicon. Deteksi atau
ekploitasi gentransposon di capai
dengan cara seleksi dari informasi
genetik khusus (secara
43 Genetika Mikroorganisme
normal,resistensi terhadap
antibiotika) yang di bawanya.
DNA Eukariota
44 Genetika Mikroorganisme
akurat dari ujung
kromosom.Eukariota telah
mengembangkan alat – alat khusus
yang disebut kumparan, yang
melepaskromosom anak menjadi
nukleid terpisah yang baru
terbentuk oleh proses
mitosis.Pembagian nukleid yang
lebih ekstensif oleh meiosis
merupakan satu faktor penting
dalammempertahankan struktur
kromosom dalam satu spesies.
Terkadang sel – sel tunggal
tersebutmerupakan gamet.
Pembentukan gamet yang diikuti
oleh penyatuan mereka untuk
membentuzigot – zigot gandan
merupakan sumber utama untuk
45 Genetika Mikroorganisme
variabilitas genetika
melaluirekombinasi eukariota.
Gambar Contoh
Perkembangbiakan Jamur
46 Genetika Mikroorganisme
Kajian Religi
47 Genetika Mikroorganisme
berguna bagi manusia,dan apa
yang Allah turunkan dari langit
berupa air, lalu dengan air itu Dia
hidupkan bumisesudah mati
(kering)-nya dan Dia sebarkan di
bumi itu segala jenis hewan, dan
pengisaran angin dan awan yang
dikendalikan antara langit dan
bumi; sungguh (terdapat) tanda-
tanda(keesaan dan kebesaran
Allah) bagi kaum yang
memikirkan.
Q.S An Nur 45
48 Genetika Mikroorganisme
sebagian berjalan dengan dua kaki
sedang sebagian (yang lain)
berjalan dengan empat kaki. Allah
menciptakan apa yang
dikehendaki-Nya, sesungguhnya
Allah Maha Kuasa atas segala
sesuatu.
Q.S An Nahl 12
49 Genetika Mikroorganisme
dapat kita ketahui bahwa Allah
SWT telah menciptakan
makhlukhidup termasuk
mikroorganisme secara sempurna
atau secara mendetail tanpa ada hal
yangtertinggal atau kurang pada
diri makhluk hidup tersebut
termasuk mikroorganisme.
Sehingga kita sebagai makhluk
hidup harus bersukur dengan
pemberian Allah SWT, termasuk
penciptaan mikroorganisme yang
banyak member manfaat kepada
manusia.
50 Genetika Mikroorganisme
PROSES PERTUKARAN
MATERI GENETIK PADA
BAKTERI
51 Genetika Mikroorganisme
dilakukan lewat konjugasi,
transformasi, dan transduksi.
Sementara itu, reproduksi aseksual
dilakukan dengan pembelahan
biner.
52 Genetika Mikroorganisme
Transformasi
53 Genetika Mikroorganisme
penyakit pneumonia jika dibiakkan
pada medium yang terdapat
DNA Streptococcus pneumoniae.
Transduksi
54 Genetika Mikroorganisme
Bakteri yang disuntikkan DNA
virus tidak semuanya akan mati.
Jika virus melakukan reproduksi
secara lisogenik, materi genetik
virus hanya akan turut mengganda
seiring dengan pembelahan
bakteri.
Konjugasi
55 Genetika Mikroorganisme
tersebut sampai ke bakteri
penerima.Karena itu, konjugasi
juga sering disebut sebagai
perkawinan bakteri. Tapi, bakteri
hanya mengirimkan DNA kepada
bakteri lain. Begitu proses transfer
selesai, pilus yang terbuat dari
protein fleksibel akan hilang.
56 Genetika Mikroorganisme
GENETIKA MIKROBA
Genetika merupakan suatu
proses hereditas dan variasi,
merupakan titik awal dari semua
macam alur , fungsi dan struktur
selular.
Apa yang dipelajari dalam
genetika mikroba?
Kemampuan suatu
mikroorganisme untuk memelihara
viabilitas, beradaptasi,
bermultiplikasi, dan menyebabkan
penyakit.
Materi Genetik
Kromosom
57 Genetika Mikroorganisme
(mengandung sejumlah gen) yang
bergabung dengan protein
tertentu bukan histon yang disebut
juga dengan nukleoid. Nukleoid
digambarkan sebagai molekul
yang telanjang (tanpa protein dan
tidak memiliki morfologi yang
kompleks seperti pada materi
genetik eukariot) (Ohmido et al.,
2015)
kromosom tersusun dari molekul
DNA untai ganda yang tergabung
dengan protein tertentu bukan
histon seperti pada kelompok
eukariot serta RNA (Effendi,
2020). Berkenaan dengan E. coli,
sebelum 1976 memang ada dugaan
yang menyatakan kromosom E.
coli hanya Tersusun dari molekul
DNA telanjang, tetapi dewasa ini
58 Genetika Mikroorganisme
sudah diketahui bahwa kromosom
tersebut terdiri dari molekul
DNA yang bergabung dengan
beberapa macam protein tertentu
dan RNA. Protein dan RNA itulah
yang menyebabkan kromosom E.
coli berada dalam kondisi sangat
terkondensasi. Dua di antara
protein-protein kromosom E. coli
tersebut yaitu protein HU dan H
mirip dengan protein struktural
histon yang bergabung dengan
DNA eukariot (Klug & Cummings,
2019).
59 Genetika Mikroorganisme
Kromosom pada kelompok
aseluler berupa genom asam
nukleat telanjang atau asam
nukleat (DNA/RNA) murni,
karena tidak berasosiasi dengan
senyawa lain seperti protein
(Gambar 1), dsb. Struktur
kromosom pada virus (bukan
retrovirus) adalah kromosom
tersusun atas molekul DNA
telanjang tanpa bergabung dengan
senyawa lain seperti protein dsb,
pada sebagian kelompok virus
moleul DNA merupakan helix
ganda, pada kelompok virus
tertentu berupa untai tunggal
(Corebima, 2008)
60 Genetika Mikroorganisme
Asam Nukleat
61 Genetika Mikroorganisme
antara unit-unit mononukleotida
terdapat ikatan yang sama yaitu
melalui jembatan fosfodiester
antara posisi 3′ suatu
mononukleotida dan posisi 5′ pada
mononukleotida lainnya
(Nusantari, 2014).
A. Struktur DNA
Berdasarkan data kimia
Chargaff serta difraksi sinar X
Wilkins dan Franklin tersebut
Watson dan Crick mengusulkan
model struktur DNA yang
dikenal sebagai model tangga
berpilin/double helix. Menurut
model ini kedua untai
polinukleotida saling memilin di
sepanjang sumbu yang sama. Satu
62 Genetika Mikroorganisme
sama lain arahnya sejajar tetapi
berlawanan (antiparalel) yaitu
terdiri dari untai ujung 5’ ke ujung
3’ (5’→3’) dan untai ujung 3’ ke
ujung 5’ (3’→5) yang
berpasangan (Klug & Cummings,
2019).
Plasmid tidak diperlukan untuk
kelangsungan hidup sel tempat
mereka tinggal. Namun, dalam
kondisi lingkungan tertentu
seperti ketika terdapat antibiotik,
plasmid berfungsi penting jika
plasmid tersebut membawa gen
untuk resistensi terhadap antibiotik
(Liu et al., 2020). Dalam bakteri E.
coli ada tiga jenis plasmid utama
yaitu: (i) faktor F, (fertilitas) yang
bertanggung jawab terhadap proses
konjugasi; (ii) Plasmid R,
63 Genetika Mikroorganisme
(resistensi) mengandung gen
resistensi terhadap antibiotik atau
logam berat sehingga sel inang
resisten terhadap antibiotik dan
obat antibakteri lain; dan (iii)
plasmid Col, menyandi protein
yang membunuh sel-sel sensitif E.
Coli (Snustad & Simmons, 2012).
Plasmid mampu untuk
bereplikasi sendiri, dapat
berkombinasi dengan DNA lain
dan dapat membawa DNA dalam
pusat aktivitas sintetis sel,
sehingga biasanya digunakan
dalam teknologi DNA
rekombinan menggunakan E. coli
sebagai host untuk membawa gen-
gen tertentu yang diinginkan ke
dalam suatu sel inang. Gen-gen
tersebut selanjutnya akan
64 Genetika Mikroorganisme
mengekspresikan produk
komersial tertentu seperti insulin,
interferon, dan berbagai enzim
(Nusantari, 2014)
Episom
65 Genetika Mikroorganisme
bereplikasi secara terpadu ke
dalam kromosom DNA bakteri,
maka plasmid tersebut disebut
episom. Perilaku ini membedakan
episom dari plasmid, karena
plasmid tidak terpadu ke dalam
kromosom. Jadi faktor F E. coli
adalah suatu episom (Liu et al.,
2020). Episom tidak sama dengan
plasmid. Episom memiliki
kemampuan untuk memasukkan
diri ke dalam kromosom.
Kemampuan ini tergantung pada
keberadaan sekuens DNA pendek
yang disebut insertion sequences
(atau IS elemen). Insertion
sequences merupakan transposabel
yaitu elemen yang dapat berpindah
dari satu kromosom ke kromosom
yang berbeda. Selain itu, IS elemen
66 Genetika Mikroorganisme
memediasi rekombinasi antara
unsur-unsur genetik dinyatakan
nonhomolog. Dengan kata lain
episom merupakan penggalan
plasmid yang berintegrasi dengan
kromosom dan akhirnya
merupakan bagian dari
kromosom tersebut (Lewin, 2004).
Elemen transposable
67 Genetika Mikroorganisme
pasang nukleotida (Nusantari,
2014).
Mekanisme Pemindahan
Materi Genetik
68 Genetika Mikroorganisme
Mutasi
69 Genetika Mikroorganisme
genetika bakteri adalah dengan
mutasi gen. Mutasi gen dapat
dilakukan dengan beberapa cara
seperti iradiasi, kimia, dan
manipulasi genetik. Manipulasi
genetik dapat dilakukan dengan
melakukan point mutation,
overexpression atau gene knockout
(Hadiarto dkk., 2012).
Dampak Pemindahan
Materi Genetik
70 Genetika Mikroorganisme
dua kromosom yang berbeda, yang
mempunyai gen-gen serupa pada
sistem-sistem yang bersangkutan.
Bakteri mempunyai kemampuan
untuk memberi DNA (sebagai
donor DNA), dan sebagai
penerima DNA (resipien DNA).
GENETIC ENGINEERING
(REKAYASA GENETIK)
Rekayasa genetik atau rekombinan
DNA merupakan kumpulan
teknik-teknik eksperimental yang
memungkinkan peneliti untuk
mengisolasi, mengidentifikasi, dan
melipatgandakan suatu fragmen
dari materi genetika (DNA) dalam
bentuk murninya. Pemanfaatan
teknik genetika di dalam bidang
71 Genetika Mikroorganisme
pertanian maupun peternakan
diharapkan dapat memberikan
sumbangan, baik dalam membantu
memahami mekanisme-
mekanisme dasar proses
metabolisme maupun dalam
penerapan praktisnya seperti
misalnya untuk pengembangan
tanaman-tanaman pertanian
maupun hewan-hewan ternak
dengan sifat unggul. Untuk tujuan
ini dapat dilakukan melalui
pengklonan atau pemindahan gen-
gen penyandi sifat-sifat ekonomis
penting pada hewan maupun
tumbuhan, pemanfaatan klon-klon
DNA sebagai marker (penanda) di
dalam membantu meningkatkan
efisiensi seleksi dalam program
pemuliaan (Sutarno, 2002).
72 Genetika Mikroorganisme
Rekayasa genetika merupakan
dasar dari bioteknologi yang di
dalamnya meliputi manipulasi gen,
kloning gen, DNA rekombinan,
teknologi modifikasi genetik, dan
genetika modern dengan
menggunakan prosedur
identifikasi, replikasi, modifikasi
dan transfer materi genetik dari sel,
jaringan, maupun organ. Sebagian
besar teknik yang dilakukan adalah
memanipulasi langsung DNA
dengan orientasi pada ekspresi gen
tertentu. Dalam skala yang lebih
luas, rekayasa genetik melibatkan
penanda atau marker yang sering
disebut sebagai Marker-Assisted
Selection (MAS) yang bertujuan
meningkatkan efisiensi suatu
organisme berdasarkan informasi
73 Genetika Mikroorganisme
fenotipnya .Salah satu aplikasi dari
rekayasa genetik adalah berupa
manipulasi genom hewan. Hewan
yang sering digunakan menjadi uji
coba adalah mamalia. Mamalia
memiliki ukuran genom yang lebih
besar dan kompleks dibandingkan
dengan virus, bakteri, dan
tanaman. Sebagai konsekuensinya,
untuk memodifikasi genetik dari
hewan mamalia harus
menggunakan teknik genetika
molekular dan teknologi
rekombinan DNA.
Keunggulan rekayasa
genetik adalah mampu
memindahkan materi genetik dari
sumber yang sangat beragam
dengan ketepatan tinggi dan
terkontrol dalam waktu yang lebih
74 Genetika Mikroorganisme
singkat. Melalui proses rekayasa
genetika ini, telah berhasil
dikembangkan berbagai organisme
maupun produk yang
menguntungkan bagi kehidupan
manusia. Teknologi khusus yang
digunakan dalam rekayasa genetik
meliputi teknologi DNA
Rekombinan yaitu pembentukan
kombinasi materi genetik yang
baru dengan cara penyisipan
molekul DNA ke dalam suatu
vektor sehingga
memungkinkannya untuk
terintegrasi dan mengalami
perbanyakan di dalam suatu sel
organisme lain yang berperan
sebagai sel inang.
75 Genetika Mikroorganisme
Manfaat yang didapatkan dari
metode rekayasa genetik, antara
lain:
1. Mengurangi biaya dan
meningkatkan penyediaan
sejumlah besar bahan yang
sekarang di gunakan di dalam
pengobatan, pertanian dan industri.
2. Menggembangkan tanaman –
tanaman pertanian yang bersifat
unggul
3. Menukar gen dari satu
organisme kepada organisme
lainnya sesuai dengan keinginan
manusia, menginduksi sel untuk
membuat bahan-bahan yang
sebelumnya tidak pernah dibuat dll
76 Genetika Mikroorganisme
Dengan berkembangnya teknik-
teknik molekuler, telah
memungkinkan terjadinya
percepatan perkembangan dalam
bidang rekayasa genetik suatu
makhluk hidup. Penguasaan teknik
rekombinan DNA telah
memungkinkan berkembangnya
teknik rekayasa materi genetik
yang memungkinkan dibentuknya
hewan transgenic. Hewan
transgenik adalah hewan yang
telah mengalami rekayasa susunan
materi genetiknya sehingga
dihasilkan hewan atau tumbuhan
yang memiliki sifat-sifat yang
diinginkan manusia. Teknologi
transgenik pada hewan dapat
dilakukan mellui beberapa teknik,
misalnya dengan cara penyuntikan
77 Genetika Mikroorganisme
fragmen DNA secara mikro ke
dalam sel telur yang telah
mengalami pembuahan. Tujuan
dari teknologi ini adalah
meningkatkan produk dari hewan
ternak seperti daging, susu, dan
telur menjadi lebih tinggi.
Contoh dari hewan yang
mengalami teknologi ini adalah
domba transgenik. DNA domba ini
disisipi dengan gen manusia yang
disebut factor VIII ( merupakan
protein pembeku darah) dengan
harapan gen tersebut
diekspresikan. Domba transgenic
yang mengekspresikan gen yang
disisipkan tersebut akan
menghasilkan susu yang
mengandung factor VIII yang
78 Genetika Mikroorganisme
dapat dimurnikan untuk menolong
penderita hemophilia.
Rekayasa genetik juga dapat
melestarikan spesies langka.
Sebagai contoh, sel telur zebra
yang sudah dibuahi lalu ditanam
dalam rahim kuda yang merupakan
spesies lain sebagai surrogate
mother (ibu/ induk titipan). Teknik
pelestarian dengan rekaya genetik
ini sangat bermanfaat, dengan
alasan:
1. Induk dari spesies biasa dapat
melahirkan anak dari spesies
langka.
2. Telur hewan langka yang sudah
dibuahi dapat dibekukan, lalu
disimpan bertahuntahun meskipun
induknya sudah mati. Telur yang
79 Genetika Mikroorganisme
sudah disimpan beku ini kemudian
dapat ditransplantasi.
Contoh lain pemanfaatan rekayasa
genetic pada hewan misalnya
pemanfaatan Hormon bST (bovine
somatotrophine hormone). Dengan
rekayasa genetik dihasilkan
hormon pertumbuhan hewan yaitu
bST, melalui teknik:
1. Plasmid bakteri E.Coli dipotong
dengan enzim endonuklease.
2. Gen somatotropin sapi diisolasi
dari sel sapi
3. Gen somatotropin disisipkan ke
plasmid bakteri
4. Bakteri yang menghasilkan
bovine somatotrophine
80 Genetika Mikroorganisme
ditumbuhkan dalam tangki
fermentasi
5. Bovine somatotrophine diambil
dari bakteri dan dimurnikan.
Hormon ini dapat memicu
pertumbuhan dan meningkatkan
produksi susu. bST mengontrol
laktasi (pengeluaran susu) pada
sapi dengan meningkatkan jumlah
sel-sel kelenjar susu. Jika hormon
yang dibuat dengan rekayasa
genetika ini disuntuikkan pada
hewan, maka produksi susu akan
meningkat hingga 20%.
Pemakaian bST telah disetujui oleh
FDA (Food and Drug
Administration), lembaga
pengawasan obat dan makanan di
Amerika. Amerika berpendapat
81 Genetika Mikroorganisme
susu yang dihasilkan karena
hormon bST aman di konsumsi
tapi di Eropa hal ini dilarang
karena penyakit mastitis pada
hewan yang diberikan hormon ini
meningkat 70%. Selain
mempengaruhi produksi susu,
treatmen dengan hormon ini dapat
berpengaruh pada ukuran ternak
hingga 2 kali lipat ukuran normal.
Caranya dengan menyuntik sel
telur yang akan dibuahi dengan
hormon BST.
82 Genetika Mikroorganisme
GENETIKA
MIKROORGANISME
Secara sederhana mikrobiologi
adalah konsep tentang penyakit
dan infeksi yang berasal dari
mikroorganisme.
Mikroorganisme atau mikroba
adalah organisme hidup yang
berukuran sangat kecil dan hanya
bisa diamati dengan bantuan
mikroskop. Mikroorganisme ada
yang tersusun dari satu sel
(uniseluler) dan ada yang tersusun
atas beberapa sel (multiseluler).
Walaupun organisme uniseluler
hanya tersusun atas satu sel,
mikroorgnisme tersebut
menunjukkan semua karakteristik
organisme hidup, yaitu
bermetabolisme, bereproduksi,
83 Genetika Mikroorganisme
berdiferensiasi, melakukan
komunikasi, melakukan
pergerakan, dan berevolusi.
Mikroorganisme adalah makhluk
hidup berukuran kecil yang tak
kasatmata. Mikroorganisme sering
disebut dengan mikroba (jasad
renik), yaitu organisme-organisme
yang hanya dapat dilihat dengan
menggunakan
mikroskop. Mikroorganisme ada
yang tersusun dari satu sel
(uniseluler) dan ada yang tersusun
atas beberapa sel (multiseluler).
84 Genetika Mikroorganisme
virus. Bakteri, virus, dan archaea
termasuk ke dalam golongan
prokariot, sedangkan fungi,
protozoa, dan alga mikroskopis
termasuk ke dalam golongan
eukariot.
Setiap mikroorganisme akan
tumbuh dengan baik dalam
lingkungannya hanya selama
kondisinya menguntungkan bagi
pertumbuhan dan untuk
mempertahankan dirinya.
Mikroorganisme yang menghuni
suatu ekosistem memperlihatkan
berbagai macam tipe. Beberapa
mikroorganisme ada yang bersifat
netral, ada yang bersifat
menguntungkan atau positif, dan
ada juga yang bersifat merugikan
atau negatif. Adapun sumber
85 Genetika Mikroorganisme
mikroorganisme yang ada dalam
air berasal dari berbagai tempat,
seperti udara, tanah, sampah,
lumpur, tanaman, bangkai, kotoran
hewan dan manusia, bahan
organik, dan lainnya.
Flora mikroba di udara bersifat
sementara dan beragam. Jumlah
dan tipe mikroorganisme yang
mencemari udara ditentukan oleh
sumber pencemaran di dalam
lingkungan. Mikroorganisme yang
memasuki udara dapat terangkat
sejauh beberapa meter atau
beberapa kilometer. Sebagian ada
yang segera mati dalam beberapa
86 Genetika Mikroorganisme
detik, sedangkan yang lain ada
yang dapat bertahan hidup selama
berminggu-minggu, berbulan-
bulan, bahkan lebih lama lagi.
Nasib akhir mikroorganisme yang
hidup di lingkungan udara diatur
oleh keadaan di sekelilingnya,
termasuk keadaan atmosfer,
kelembaban, suhu, dan cahaya
matahari.
Berikut adalah ciri-ciri
mikroorganisme:
87 Genetika Mikroorganisme
3. Hidup di tempat yang kaya zat
organik.
4. Memerlukan oksigen bebas.
5. Tubuhnya tersusun atas sel
eukarotik.
1. Temperatur
Menjadi faktor kunci
yang mempengaruhi
pertumbuhan dan daya
hidup mikroorganisme
2. pH
3. Oksigen.
88 Genetika Mikroorganisme
4. Osmolarity : berkaitan dengan
konsentrasi zat yang terlarut
entah itu garam maupun gula
5. Kelembapan
6. Tekanan hidrostatik
7. Radiasi.
8. Faktor nutrisi
89 Genetika Mikroorganisme
di mikroorganisme endofit
berperan penting dalam bidang
kesehatan sebagai antibiotik,
antifungi, antikanker, antioksidan,
antivirus, antidiabetes, serta bahan
imunosupresif.
1. Streptococcus pyogenes.
Streptococcus pyogenes
merupakan bagian dari
kelompok bakteri gram
positif
2. Staphylococcus aureus
90 Genetika Mikroorganisme
3. Corynebacterium
diphtheriae
4. Clostridium tetani
5. Vibrio cholerae
6. Escherichia coli
7. Haemophilus influenzae
8. Salmonella typhii
91 Genetika Mikroorganisme
GENETIKA
Genetika (kata serapan dari bahasa
Latin dan Belanda: genetica;
dari bahasa Yunani: γέννω, genno,
yang berarti "melahirkan") adalah
cabang biologi yang mempelajari
pewarisan sifat gen
pada organisme maupun
suborganisme. [1] Secara singkat
dapat juga dikatakan bahwa
genetika adalah ilmu
tentang gen dan segala aspeknya.
Istilah "genetika" diperkenalkan
oleh William Bateson pada suatu
surat pribadi kepada Adam
Chadwick dan ia menggunakannya
pada Konferensi Internasional
tentang Genetika ke-3 pada tahun
1906.
Dalam kaitannya dengan
genetika, DNA memiliki peran
92 Genetika Mikroorganisme
yang amat penting. DNA adalah
bahan genetik mendasar yang
mengontrol sifat-sifat makhluk
hidup, tereskpresikan dalam
bentuk polipeptida, meskipun tidak
seluruhnya adalah protein (dapat
diekspresikan sebagai RNA yang
memiliki reaksi katalitik, seperti
SNRPs).
Francis Crick menjelaskan aliran
informasi yang dibawa oleh DNA
dalam rangkaian The Central
Dogma, yang berbunyi Aliran
informasi DNA dapat diterukan ke
sel-sel maupun individu lainnya
dengan replikasi, dapat
diekspresikan menjadi suatu sinyal
perantara dalam bentuk RNA,
yang kemudian dapat
ditranslasikan menjadi
polipeptida, unit pembangun suatu
fenotipe dari organisme yang ada.
93 Genetika Mikroorganisme
Konsep dasar genetika
Peletakan dasar ilmiah melalui
percobaan sistematik baru
dilakukan pada paruh akhir abad
ke-19 oleh Gregor Johann Mendel.
Ia adalah seorang biarawan
dari Brno (Brünn dalam bahasa
Jerman), Kekaisaran Austro-
Hungaria (sekarang bagian dari
Republik Ceko). Mendel
disepakati umum sebagai 'pendiri
genetika' setelah karyanya
94 Genetika Mikroorganisme
"Versuche über Pflanzenhybriden"
atau Percobaan mengenai
Persilangan Tanaman (dipublikasi
cetak pada tahun 1866) ditemukan
kembali secara terpisah oleh Hugo
de Vries, Carl Correns, dan Erich
von Tschermak pada tahun 1900.
Dalam karyanya itu, Mendel
pertama kali menemukan bahwa
pewarisan sifat pada tanaman (ia
menggunakan tujuh sifat pada
tanaman kapri, Pisum sativum)
mengikuti sejumlah
nisbah matematika yang
sederhana. Yang lebih penting, ia
dapat menjelaskan bagaimana
nisbah-nisbah ini terjadi, melalui
apa yang dikenal sebagai 'Hukum
Pewarisan Mendel'.
95 Genetika Mikroorganisme
Dari karya ini, orang mulai
mengenal konsep gen (Mendel
menyebutnya 'faktor'). Gen adalah
pembawa sifat. Alel adalah
ekspresi alternatif dari gen dalam
kaitan dengan suatu sifat.
Setiap individu disomik selalu
memiliki sepasang alel, yang
berkaitan dengan suatu sifat yang
khas, masing-masing berasal dari
tetuanya. Status dari pasangan alel
ini dinamakan genotipe. Apabila
suatu individu memiliki pasangan
alel sama, genotipe individu itu
bergenotipe homozigot, apabila
pasangannya berbeda, genotipe
96 Genetika Mikroorganisme
individu yang bersangkutan dalam
keadaan heterozigot. Genotipe
terkait dengan sifat yang teramati.
Sifat yang terkait dengan suatu
genotipe disebut fenotipe.
Perkembangan Genetika
Setelah penemuan ulang
karya Mendel, genetika
berkembang sangat pesat.
Perkembangan genetika sering kali
menjadi contoh klasik mengenai
penggunaan metode
ilmiah dalam ilmu
pengetahuan atau sains.
Berikut adalah tahapan-tahapan
perkembangan genetika:
1859 Charles
Darwin menerbitkan The
97 Genetika Mikroorganisme
Origin of Species, sebagai
dasar variasi genetik.;
1865 Gregor
Mendel menyerahkan
naskah Percobaan mengenai
Persilangan Tanaman;
1878 E.
Strassburger memberikan
penjelasan
mengenai pembuahan
berganda;
1900 Penemuan kembali hasil
karya Mendel secara terpisah
oleh Hugo de
Vries (Belgia), Carl
Correns (Jerman), dan Erich
von Tschermak (Austro-
Hungaria) ==> awal genetika
klasik;
1903 Kromosom diketahui
menjadi unit pewarisan
genetik;
98 Genetika Mikroorganisme
1905 Pakar biologi
Inggris William
Bateson mengkoinekan istilah
'genetika';
1908 dan 1909 Peletakan
dasar teori genetika populasi
oleh Weinberg (dokter dari
Jerman) dan secara terpisah
oleh James W. Hardy (ahli
matematika Inggris) ==>
awal genetika populasi;
1910 Thomas Hunt
Morgan menunjukkan bahwa
gen-gen berada pada
kromosom,
menggunakan lalat
buah (Drosophila
melanogaster) ==>
awal sitogenetika;
1913 Alfred
Sturtevant membuat peta
99 Genetika Mikroorganisme
genetik pertama dari suatu
kromosom;
1918 Ronald
Fisher (ahli biostatistika dari
Inggris) menerbitkan On the
correlation between relatives
on the supposition of
Mendelian inheritance (secara
bebas berarti "Keterkaitan
antarkerabat berdasarkan
pewarisan Mendel"), yang
mengakhiri perseteruan antara
teori biometri (Pearson dkk.)
dan teori Mendel sekaligus
mengawali sintesis keduanya
==> awal genetika kuantitatif;
1927 Perubahan fisik pada gen
disebut mutasi;
1928 Frederick
Griffith menemukan suatu
molekul pembawa sifat yang