MAKALAH

Struktur halus genetik- regulasi gen

“disusun dalam rangka memenuhi salah satu tugas individu pada mata kuliah
dasar genetika dasar”

Disusun oleh:

Rizky diaz pambudi (1803015074)

JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PRTANIAN

UNIVERSITAS MULAWARMAN

2019
 Kata Pengantar

Puji syukur kehadirat Tuhan yang Maha Esa sebab atas segala rahmat,
karunia, serta taufik dan hidayah-Nya, makalah mengenai “regulasi gen ” ini dapat
diselesaikan tepat waktu. Meskipun kami menyadari masih banyak terdapat
kesalahan didalamnya.
Kami sangat berharap dengan adanya makalah ini dapat memberikan
manfaat dan edukasi mengenai gulma. Selain itu makalah ini juga nantinya
diharapkan dapat memberikan edukasi mengenai Struktur halus genetik- regulasi
gen . Namun, tidak dapat dipungkiri bahwa dalam pembuatan makalah ini masih
terdapat banyak kesalahan dan kekurangan. Oleh karena itu, kami mengharapkan
kritik dan saran dari pembaca untuk kemudian makalah kami ini dapat kami
perbaiki dan menjadi lebih baik lagi.
Demikian yang dapat kami sampaikan, semoga makalah ini dapat
bermanfaat. Kami juga yakin bahwa makalah kami jauh dari kata sempurna dan
masih membutuhkan kritik serta saran dari pembaca, untuk menjadikan makalah ini
lebih baik ke depannya.

Samarinda, 9 oktober 2019

 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Genetika Molekuler mulai berkembang sejak diketahui oleh para ahli bahwa
gen terletak dalam kromosom dan para ahli terus mengembangkan pengetahuan
genetika molekuler untuk mengetahui struktur fisik dan kimia dari gen yang
dianggap sangat penting dalam sistem informasi gen terutama yang terkait dengan
sistem pewarisan sifat. Sejak itu berkembang pula pengetahuan tentang bagaimana
mekanisme munculnya suatu sifat fenotip tertentu, kelainan atau perbedaan sifat
yang mula-mula hanya diterangkan melalui parameter jumlah, sifat morfologi atau
struktur lainnya, sifat kromosom (sitogenetika), yang sekarang dijelaskan pada
tingkat molekuler sehingga dapat dilakukan rekayasa terhadap sifat genetik dari
suatu organisme.

Dengan berkembangnya genetika molekuler maka perbaikan sifat tumbuhan atau

ternak sekarang memiliki cara alternatif yaitu jalur perkawinan konvensional atau
jalur rekayasa genetik.

Pada akhir abad ke-17 ahli berkebangsaan Belanda, Anton Van Leeuwenhoek,
membuat mikroskop yang pertama. Alat ini menunjukkan padanya adanya
partikelpartikel kecil yang tidak dapat dilihat dengan mata biasa. Pada waktu yang
hampir bersamaan, Robert Hooke mengamati unitunit mikroskopik yang menyusun
gabus, suatu jaringan mati. Ia menamakan unit-unit tersebut sel. Setelah mikroskop
yang modern, teknik-teknik pengawetan jaringan, serta alat-alat untuk membuat
irisan tipis telah ada pada awal abad ke-19 para penyelidik tidak hanya melihat
bahwa jaringan disusun oleh unit-unit sel, tetapi juga bahwa sel-sel dapat
membelah. Mulailah diketahui bahwa tiap sel menunjukkan kehidupan. Hingga
dapat dinyatakan bahwa ada satu prinsip universal 3 mengenai perkembangan untuk
bagian-bagian dasar pada organisme, walaupun berbeda, dan prinsip ini adalah
pembentukan sel-sel.
 Kemajuan ilmu pengetahuan dalam bidang bioteknologi, khususnya pada
biologi molekuler membuka peluang penggunaannya dalam memecahkan berbagai
permasalahan, Penggunaan biologi molekuler (genetika molekuler) pada tanaman
telah banyak berperan dalam membantu memecahkan berbagai masalah dalam
pemuliaan tanaman. Pemuliaan tanaman konvensional lebih banyak menggunakan
hasil observasi fenotipe dan tidak jarang didukung perhitungan statistika yang
rumit dalam melakukan seleksi individu unggul pada suatu populasi tanaman.
Tugas ini akan menjadi terkesan sulit karena kerumitan genetika pada sifat-sifat
agronomis yang sering pula terkait interaksi dengan faktor lingkungan. Oleh karena
itu pemuliaan tanaman di masa mendatang akan lebih mengarah kepada
penggunaan teknik dan metodologi pemuliaan molekuler dengan menggunakan
penanda genetik.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Ekspresi Gen. Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang
molekul tertentu yang membawa informasi genetik (Yuwono, 2010). Gen dapat
diwariskan dan diekspresikan. Ekspresi gen merupakan rangkaian proses
penerjemahan informasi genetik dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA
menjadi protein.

Materi genetik merupakan materi (bahan) yang bertanggung jawab terhadap sistem
informasi genetik (pewarisan sifat) atau mengandung informasi biologi yang
mempunyai fungsi genetik antara lain : Fungsi menyimpan informasi genetik
dalam sistem pewarisan sifat secara tepat (genotipe / replikasi) dan fungsi
mengendalikan organisme (fungsi fenotipe/ ekspresi gen).

Ekspresi gen adalah suatu rangkaian kompleks yang melibatkan banyak faktor.
Salah satu ciri penting pada sistem jasad hidup adalah keteraturan sistem. Oleh
karena itu dalam ekspresi gen proses pengendalian (regulasi) sistem menjadi bagian
mendasar dan penting. Secara umum dapat dikatakan bahwa proses ekspresi genetik
dimulai dan diatur sejak pra inisiasi transkripsi. Mekanisme pengaturan ekspresi
gen ini disebut dengan regulasi ekspresi gen.

Regulasi ekspresi gen merupakan aspek yang sangat penting bagi jasad hidup.
Tanpa sistem pengendali yang efisien, sel akan kehilangan banyak energi yang akan
merugikan jasad hidup. Dalam sistem molekuler ada banyak sistem pengendali
ekspresi gen yang menentukan kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan
diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi.

Mekanisme regulasi ekspresi gen paling banyak dipelajari pada bakteri. Jasad ini
juga memiliki operon yang nantinya berperan dalam regulasi ekspresi gen. Dalam
suatu organ disintesis suatu produk, sedangkan pada organ lain disintesis produk
yang lain. Jadi walaupun semua sel tersebut mempunyai kandungan genetik yang
sama, ternyata terdapat gengen yang diekspresikan hanya pada organ tertentu.
Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik, dalam
bentuk urutan basa pada DNA atau RNA, menjadi protein. Ekspresi genetik adalah
suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan banyak faktor. Salah satu ciri
penting pada jasad hidup adalah keteraturan sistem (Lehninger, 2004).

Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses yaitu transkripsi dan
translasi. Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA menjadi RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi
sifat-sifat genetik (Yuwono, 2010). Urutan nukleotida pada salah satu untaian
molekul DNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA.
Molekul RNA yang disintesis adalah mRNA, tRNA dan rRNA. Molekul mRNA
adalah RNA yang merupakan salinan kode-kode genetik pada DNA yang dalam
proses selanjutnya (pada proses translasi) akan diterjemahkan menjadi urutan asam-
asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. tRNA adalah
RNA yang berperan membawa asam-asam amino spesifik yang akan digabungkan
dalam sintesis protein (translasi). Molekul rRNA adalah RNA yang digunakan
untuk menyusun ribosom, yaitu partikel sel yang digunakan sebagai tempat untuk
sintesis protein.

Dalam transkripsi beberapa komponen utama yang terlibat adalah : (1) urutan DNA
yang akan ditranskripsi,(2) enzim RNA polimerase, (3) faktor-faktor yang
ditranskripsi dan (4) prekursor untuksintesis RNA. Urutan DNA yang ditranskripsi
adalah gen yang yang diekspresikan. Secara garis besar gen merupakan suatu urutan
DNA yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu polipeptida atau molekul
RNA tertentu. Secara umum gen prokatiotik tersusun atas tiga bagian utama yaitu ;
daerah pengendali yang disebut promoter, bagian strukturaldan terminator.

Promoter adalah bagian gen yang berperan dalam mengendalikan proses transkripsi
dan terletak pada ujung. Bagian struktural adalah bagian yang terletak pada hilirdari
promoter. Bagian inilah yang mengandung urutan DNA spesifik yang akan
ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari
bagian struktural yang berperan dalam pengakhiran proses transkripsi.

Ekspresi gen merupakan proses dimana informasi dari gen yang digunakan dalam
sintesis produk gen fungsional. Produk-produk ini seringkali protein, tetapi dalam
non-protein coding gen seperti gen rRNA atau gen tRNA, produk adalah RNA
fungsional. Proses ekspresi gen digunakan oleh semua kehidupan yang dikenal -
eukariota (termasuk organisme multisel), prokariota (bakteri dan archaea) dan virus
- untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk hidup. Ekspresi gen juga berarti
pengungkapan faktor genetik (gen) menjadi fenotipe atau penerjemahan urutan
nukleotida (basa-N) DNA menjadi urutan asam amino protein.

3.1. Proses Ekspresi Gen

Mekanisme ekspresi gen mengikuti aliran (transfer) yang dikenal dengan istilah
Dogma Sentral Biologi Molekuler yang merupakan suatu kerangka (pola) kerja
untuk memahami urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA,
protein) dengan cara yang paling umum dalam suatu organisme hidup. Secara garis
besar, dogma sentral maksudnya adalah semua informasi terdapat pada DNA yang
kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi,
dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan
protein melalui proses yang disebut translasi sehingga pada dasarnya ekspresi gen
mencakup 2 (dua) proses pokok yaitu : Transkripsi dan Translasi.

3.1.1. Transkripsi

Transkripsi merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya
proses tersebut akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai
fenotip. Untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang harus di ketahui
adalah bagaimana mekanisme sintesis protein sehingga dapat terekspresi sebagai
fenotip. Transkripsi juga merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA
sebagai pola cetakan. Proses ini terjadi pada inti sel / nukleus (pada organisme
eukariotik. sedangkan pada organisme prokariotik berada di sitoplasma karena
tidak memiliki inti sel) tepatnya pada kromosom.

Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai tunggal mRNA dengan
bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut menempel pada kodon permulaan,
umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin. Pertama-tama, ikatan
hidrogen di bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA berpisah.
Salah satu polinukleotida berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai
gen atau antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan
yang berfungsi sebagai gen memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A.
Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A.
Jadi, RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari DNA C-T-C-T-G-A (gen),
dan merupakan komplemen dari pencetak. (Prashar et al, 2012)

Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada organisme

eukariot, mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi dalam sintesis
polipeptida, sebab masih mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi yang
disebut intron. Sedangkan segmen-segmen yang berfungsi untuk sintesis protein
disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi pematangan/pemasakan mRNA yaitu
dengan jalan melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan segmen-
segmen ekson. Gabungan segmen-segmen ekson membentuk satu rantai/utas
mRNA yang mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai
mRNA ini dikenal sebagai sistron.

1. Prinsip Dasar Transkripsi

Fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah fungsi
fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan diferensiasi
individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fungsi ini
dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses
transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi
DNA, yaitu

1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan

sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang
tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi
digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah
adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan
uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu
di antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis
molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan
urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara
itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan
basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi
pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA.
Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara
kedua untai DNA.

3. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.

4. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat
pada nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan
membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan
reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA
polimerase, melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara
kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase untuk
melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.

2. Proses Transkripsi

Schelf (1993) menjelaskan bahawa secara garis besar proses transkripsi meliputi 3
(tiga) tahapan utama yaitu : Inisiasi, elongasi dan terminasi.

a. Transkripsi Prokariotik

Pada tipe prokariotik proses transkripsi juga terdapat 3 tahapan yang sama yaitu
inisiasi, elongasi dan terminasi.

a.1. Tahapan inisiasi pada prokariotik meliputi proses-proses (tahapan) sebagai

berikut :

1. Pembentukan kompleks promoter tertutup, yaitu RNA polymerase

holoenzim menempel pada DNA bagian promoter suatu gen. Dalam hal ini subunit
s yang menempel pada RNA Polimerase berperanan dalam menemukan bagian
promoter suatu gen. Pada awal penempelan, RNA polymerase masih belum terikat
secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter
complex).

2. Pembentukan kompleks promoter terbuka, RNA polymerase terikat secara

kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka
membentuk struktur terbuka(open promoter complex). Struktur khas promoter
biasanya berupa suatu kelompok ikatan hydrogen antara kedua untaian DNA pada
posisi -35 dan -10. Sedangkan bagian DNA yang terbuka setelah RNA polymerase
menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 dan +3 sehingga menjadi struktur
untai tunggal.

3. Penggabungan beberapa nukleotida awal (10 nukleotida). Bagian DNA

yang berikatan dengan RNA polymerase membentuk suatu struktur gelembung
transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Setelah
struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polymerase
melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan
sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotida RNA digabungkan
sehingga membentuk transkrip RNA. Nukleotida pertama yang digabungkan
hampir selalu berupa molekul purin.

4. Perubahan konformasi RNA polymerase karena subunit s dilepaskan dari

kompleks holoenzim. Setelah RNA polymerase menempel pada promoter, subunit
s melepaskan diri dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit s biasanya terjadi
setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8 – 9 nukleotida. RNA polymerase inti
yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga
tidak lepas. Selanjutnya subunit s dapat bergabung dengan RNA polymerase yang
lain untuk melakukan proses inisiasi transkripsi selanjutnya.
 BAB
III

KESIMPULAN

Proses kehidupan dari suatu jazad hidup pada dasarnya sangat ditentukan oleh
bahan (materi) genetik yang bertanggung jawab dalam sistem informasi genetik
(pewarisan sifat). Dimana bahan genetik ini berfungsi untuk menyimpan informasi
genetik dalam pewarisan sifat (fungsi genotipe/replikasi) dan mengendalikan
organisme (fungsi fenotipe/ekspresi gen). Secara umum bahan genetik dari
organisme hidup adalah DNA terkecuali pada beberapa Virus. DNA (asam nukleat)
merupakan polimer yang terdiri dari 3 komponen utama yaitu : Gugus fosfat, gugus
deoksiribosa dan basa nitrogen. Sebagian besar struktur DNA terdiri dari 2 untai
yang dikenal dengan double helix.

Replikasi DNA yang merupakan fungsi genotipe merupakan proses penggandaan

ganda DNA yang terdiri dari 3 model replikasi yaitu : Model konservatif,
semikonservatif, dan dispersif. Dimana pada akhirnya model semi konservatif
merupakan model yang dianggap paling sesuai dengan kondisi replikasi DNA.
Sedang dalam fungsi fenotipe (ekspresi gen) merupakan proses dimana informasi
dari gen digunakan untuk sintesis produk gen fungsional. Mekanisme ekspresi gen
ini mengikuti aliran (transfer) yang dikenal dengan Dogma Sentra Biologi
Molekuler, pada dasarnya ekspresi gen terdiri dari 2 proses pokok yaitu :
Transkripsi dan Translasi. Dalam proses transkripsi dan translasi mempunyai
tahapan yang relatif mempunyai kesamaan yaitu : Inisiasi, Elongasi dan Terminasi,
baik pada sel prokariotik ataupun eukariotik.
 DAFTAR PUSTAKA

Irawan, B. 2008. Genetika Molekuler. Pusat Penerbitan dan Percetakan UNAIR.

Surabaya

Sudarmi, 2013. Peranan Biologi Molekuler pada Pemuliaan Tanaman. Jakarta

Yuwono, T. 2010. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.