BIO INFORMATIKA
I. TUJUAN PRCOBAAN
II.1. Bioinformatika
(Susan, 2002)
II.2. DNA
(Fessenden, 1986).
O N OH HN N O
H H H H H
HN N O N N H
Adenin Guanin
N N
N N
N N
II.3. Filogeni
(William,2002)
II.4. Blast
( Susan,2002)
II.5. NCBI
( Susan, 2002)
Sifat spesifik dari 16S rRNA yang bebas ini dimiliki oleh
setiap spesifik bakteri. Oleh karena itu, gen yang mengkode
pembentukan 16S rRNA bias dijadikan alat identifikasi bakteri
tertentu. Penggunaan analisis gen 16S rRNA sebagai acuan
identifikasi bakteri secara molekuler memiliki keunggulan, dimana
gen ini relatif konstan dan tidak berubah dalam jangka waktu yang
sangat lama atau dengan kata lain laju mutasinya sangat kecil.
-8 +3
mRNA 5GGC
+ AAA ACC
GGC AAG GAG GUA AAA AUG AAA
(Witarto, 2003)
III. METODE PRAKTIKUM
Masuk NCBI
(www.ncbi.nlm.gov)
BLAST-n
BlastGb.txt
Phylip 3.68
Pilih Y to accept this letter or type the letter for the one change
Rename (Boot_BlastGb)
Ketik Enter
Muncul pertanyaan: Y to accept these or type this letter for the one change?
Muncul proses adding spesies and global rearrangement Enter (Untuk Keluar)
Outfile Outtree
Rename tree_blastGb
Muncul pertanyaan: Do you want to replace it, append to it, write a new file or quit?
Muncul pertanyaan : are these setting correct ? (Periksa apakah setting sudah sesuai
yang diinginkan? ) Ketik Y dan Enter
HASIL
V. HIPOTESIS
9. Exit
Setelah didapat format tersebut, lalu di copy dan
paste ke dalam program phylip.exe agar program tersebut dapat
mendeteki file yang akan di proses. Hasil data dengan format (.phy)
akan diproses melalui program offline phylps 3.68 untuk
mendapatkan konstruksi pohon fiogeni dari sampel dan data yang
memiliki kemiripan dengan sampel DNA yang ada. Program phylip
3,68 berfungsi sebagai data pada phylodendron. Berikut tahapan
proses dalam program phylip 3,68 untuk memperoleh outtree
filogeni:
5. Ketik Y, <enter>
8. Ketik Y, <enter>
10. Didapat file untuk pohon filogeni dengan nama outtree, yang
kemudian di rename menjadi tree_blast
6. Submit
(Campbell et al,2009)
Selanjutnya untuk mengetahui perbedaan urutan DNA sampel
dengan berikut kedua alignment terdekat dapat dilakukan dengan
langkah sebagai berikut:
4. Buka clustalw
5. Ketik 1 , enter
7. Ketik 2, enter
(Krane,2003)
7.1 Kesimpulan
7.2 Saran
NO PERLAKUAN HASIL
-Masuk ke Blast
Dari pohon
filogeni terlihat
ada 3 spesies
yang dekat
dengan sampel
data
3 Consense.exe
-Submit
DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 2011, Prinsip Genomik untuk Programming Bioinformatika,
dalam http://teknologi.kompasiana.com, diakses pada 19 November
2011
DISUSUN OLEH :
Suteja J2C008010
JURUSAN KIMIA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2012
LEMBAR PENGESAHAN
BIOINFORMATIKA (KONTRUKSI POHON FILOGENI)
Mengetahui,
ASISTEN
PRAKTIKAN