LAPORAN

ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Disusun Oleh :

Kelompok 5
Bima Santoso 24030115130128
Novan Ardista 24030115130110
Febri Daris F. 24030115130112
Debby Pinkan Sari 24030115130113
Sekar Kasih K. 24030115130115

DEPARTEMEN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG

2017
 ABSTRAK

Telah dilakukan percobaan yang berjudul Bio informatika (Konstruksi

Pohon Filogeni) bertujuan untuk Menentukan hubungan kekerabatan
antar organisme (bakteri) melalui konstruksi pohon filogeni. Fungsi
filogeni yaitu dapat menunjukkan hubungan evolusi antar organism
(hubungan kekerabatan) yang mana sampel memiliki sifat yang sama
dengan kerabat yang terdekat karena sejenis. Sampel DNA identik
dengan Uncultured organism clone ELU0026, uncultured organism
clone ELU0020 dan Enterocococcus Foecium gene. Program yang
digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, BLAST, seqbooth, exe,
DNAPARS dan consense.exe. Metode yang digunakan adalah
komputasi dan BLAST. Prinsipnya adalah search engine ( memberi
input berupa urutan nukleotida ) dan menerjemahkannya ke dalam
kode-kode genetic sehingga diketahui susunan asam amino dalam
skuensinya. Hasil yang diperoleh adalah sampel mempunyai
kekerabatan dekat dengan entero 76, entero 77 dan entero 78 yaitu
merupakan jenis gen 16 S rRNA sehingga dapat disimpulkan bahwa
sampel merupakan jenis bakteri yang mempunyai gen jenis 16 S rRNA.

Keywords : Bioinformatika, pohon filogeni, NCBI, BLAST

 PERCOBAAN VIII
BIO INFORMATIKA (Konstruksi Pohon Filogeni)

I. TUJUAN PRCOBAAN

Menentukan hubungan kekerabatan antar organisme (bakteri) melalui

konstruksi pohon filogeni.

II. DASAR TEORI

II.1. Bioinformatika

Bioinformatika adalah bidang ilmu yang lahir dan

diperlukannya kemampuan computer berdaya tinggi untuk
membantu mengorganisir, menganalisis dan menyimpan informasi
biologis.

Tipe-tipe informasi biologis primer yang terlibat dalam bio

informatika adalah data sekuens DNA dan protein. Setelah teknologi
sequencing DNA menjadi mudah dan otomatis, dihasilkan sekuens
gen dalam jumlah yang luar biasa banyaknya. Database public
diciptakan untuk menampung informasi dan mengizinkan semua
orang untuk menggunakannya. Data base yang tetap atau definitive
di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens gen disebut Gen Bank yang
ditangani oleh National Center yor Biotechnology Information
(NCBI).

Karena teknologi sequencing DNA telah mengalami kemajuan

dengan amat cepat, para peneliti tidak hanya melakukan sequencing
atas gen-gen tunggal namun juga genom keseluruhan organism,
berkisar dari bakteri dan virus sampai tumbuhan, serangga dan
manusia. Sebagian besar informasi itu juga dimasukkan ke dalam
database public untuk digunakan dan dianalisis oleh para saintis dari
 seluruh dunia. Sebagian informasi itu digunakan oleh perusahaan-
perusahaan bioteknologi dan farmasi untuk membantu mereka
mengembangkan obat-obatan dan penanganan penyakit lebih baik.

(Susan, 2002)

II.2. DNA

Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah

sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn
berat kering setiap organisme. DNA umumnya terdapat di dalam sel.
DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan suatu
proses alamiah denagn unsure-unsur material genetik (pecahan-
pecahan molekul DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA
yang lain. DNA produk dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan

(Fessenden, 1986).

DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari

ribuan deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan
yang bersifat khas bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya
berbentuk rantai ganda. Kromosom sel kariotik merupakan satu
molekul besar DNA yang berikatan erat menjadi suatu daerah inti
atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA.
Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh lebih besar
daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung
dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin
di dalam nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks.
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap
yang diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-
tiap spesies organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung
secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang
siklus hidupnya dan untuk menentukan kekhususan organisme
tertentu. Basa purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan
 guanin sedangkan basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah
sitosin dan timin. Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam
nukleat ini terikat dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat
membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin (A=T), sedangkan
Guanin dan sitosin dapat membentuk tiga ikatan hidrogen (G C).
Ikatan yang terbentuk antara basa-basa tersebut dapat dilihat dari
struktur berikut:
H3 C
N N Sitosin
T imin

O N OH HN N O

H H H H H

HN N O N N H
Adenin Guanin

N N
N N

N N

II.3. Filogeni

Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-

beda akibat adanya factor inkrinsik ( mekanisme perbaikan-
perbaikan ) dan faktor ekstrinsik ( mutagen dari lingkungan ).
Protein-protein yang sangat lestari (conversed) tampaknya hanya
mampu monoleransi sedikit perubahan kecil sedangkan sejumlah
protein lainnya mampu menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan
fusngsinya. Mutasi yang terjadi di luar daerah yang terlibat dalam
fungsi normal molekul dapat ditoleransi sebagai mutasi netral secara
selektif. Seiring berjalannya waktu geologis, mutas-mutasi netral
tersebut cenderung terakumulasi di dalam garis keturunan
geneologis. Jika kita asumsikan kalau mutasi-mutasi netral semacam
itu terakumulasi dengan laju konstan untuk protein yang sangat
lestari, maka kita bisa menentukan pola percabangan dari pohon
filogenetik (disebut juga kladogram atau pohon evolusi)

(William,2002)
II.4. Blast

Membandingkan data urutan nukleotida/protein dengan

database nukleotida/protein di seluruh dunia melalui situs dan
beberapa situs lainnya.

Selain sekedar menyimpan informasi biologis, database itu

bisa digunakan untuk menganalisis gen-gen, fungsi-fungsinya dan
evolusinya, Sebagai contoh, jika sebuah gen diklona dan di
sequencing, sekuens itu bisa digunakan untuk penelusuran yang
disebut BLAST, terhadap semua sekuens yang diketahui (yang
berjumlah 12 juta dan masih terus bertambah).

Hal tersebut dilakukan untuk menentukan apabila (I) gen

itu sudah penuh diklono dan (2) gen itu baru, kekerabatannya dengan
sekuens-sekuens lain bisa membantu kita untuk menentukan
kemungkinan fungsi biologisnya database protein juga bisa
ditelusuri.

( Susan,2002)

II.5. NCBI

Database publik diciptakan untuk menampung informasi

dan mengizinkan semua orang untuk menggunakannya. Database
yang tetap atau definitive di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens
gen disebut gen bank yang ditangani oleh National Center for

Biotechnology Information (NCBI) dan pada juni 2001, telah

memiliki 12.973.766 catatan sekuens dari ribuan spesies mikroba,
tumbuhan dan hewan berbeda. Database tersebut bisa ditemukan
dalam situs NCBI, http:// www.ncbi.nlm.nih.gonav/. Ada database-
database tambahan untuk sekuens DNA di Jepang pada data bank of
japan (DDBJ) dan di Eropa pada European Molecular Biology
 Laboratory (GMBL). Semua database itu merupakan sistem-sistem
yang bekerja sama.

( Susan, 2002)

Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI), telah

didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk
informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat
diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk
menganalisis data genom yang menyebabkan informasi biomedik
yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses
molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia.

2.6 Gen 16S RNA

Mekanisme translasi atau sintesis protein secara garis besar

terdiri dari 3 tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada
tahap inisiasi, sebuah molekul rRNA akan terikat pada permukaan
ribosom dan sub unitnya telah bergabung. Pengikatan ini terjadi pada
16S rRNA di bagian sub unitnya 303 pada ribosom prokariot. Karena
pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut
sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom bending site) atau
urutan Shine Dolyarna (5+ - AGUmGGU 3+). Ribosom ini
spesifik dikenali oleh IGSrRNA, atau dengan kata lain sekuens 16S
rRNA berfungsi sebagai sekuen anti shine dalyarna.

Sifat spesifik dari 16S rRNA yang bebas ini dimiliki oleh
setiap spesifik bakteri. Oleh karena itu, gen yang mengkode
pembentukan 16S rRNA bias dijadikan alat identifikasi bakteri
tertentu. Penggunaan analisis gen 16S rRNA sebagai acuan
identifikasi bakteri secara molekuler memiliki keunggulan, dimana
gen ini relatif konstan dan tidak berubah dalam jangka waktu yang
sangat lama atau dengan kata lain laju mutasinya sangat kecil.
 -8 +3

mRNA 5GGC
+ AAA ACC
GGC AAG GAG GUA AAA AUG AAA

16S 3+ A UUC CUC CAU AG....

1542 1537 1530

Gen gen yang mengkode pembentukan ribosomat (rRNA)

bervariasi dalam suatu operon yang sama, secara berurutan dari
ujung 5+ gen tersebut masing-masing adalah 16S rRNA , 235 rRNA
dan 5 rRNA. Jumlah men-operon bervariasi mulai dari satu sampai
15 operon per total genom bakteri (terminus) S 16S rRNA berada
pada ujung daerah dan mengkode pembentukan RNA ribosomat pada
sub unit kecil ribosom. Ketiga gen tersebut dipisahkan oleh daerah
spacer yang dinamakan ISR (Inter Spacer Region). Lestari
(conserved area) selanjutnya akan membentuk RNA konster (lRNA)
yang berperan pada proses sintesis protein.

5+ - Gen IGS - Spacer - Gen 235 - Gen 53

- Gen rRNA - 3+

1540 b 280 b 100 b

Gen 16S rRNA berurutan panjang antara 1500 1550 ph

dan kaya basa nitrogen guanin dan sitosin. Pada gen 16S rRNA
terdapat suatu daerah yang dinamakan daerah variabel dan daerah
lestari (conserved area) , sebagian atau seluruh urutan basa pada
daerah inilah yang akan menjadi urutan basa yang akan disebut oleh
primer gen 16S. Daerah Lestari (conserved area) pada gen 16S rRNA
umumnya memiliki ukuran sekitar 540 ph.

Teknik identifikasi bakteri menggunakan analisis sekuen gen 16S

rRNA sudah dimulai sejak tahun 1580-an, sehingga database
nukleotida gen 16S pada bakteri sudah cukup tersedia untuk menjadi
acuan identifikasi isolasi bakteri dan studi filogenik.

(Witarto, 2003)
 III. METODE PRAKTIKUM

Masuk NCBI
(www.ncbi.nlm.gov)

BLAST-n

Pilih menu nukleotida

File (Blast_Gb.txt) dimasukkan Muncul blast kosong
Klik Blast
Muncul 1.3.3 Copy subject
Data pembanding Paste dan simpan dalam format txt

BlastGb.txt

Masukkan file BlastGb.txt Masuk program clustal-W

BlastGb.aln BlastGb.dnd BlastGb.phy

Phylip 3.68

Tulis nama file ( BlastGb.phy ) Pilih program

seqboot.exe

Pilih Y to accept this letter or type the letter for the one change

Pilih Ydan Enter

Muncul pertanyaan:Random number seed? ketik 111,lalu enter (untuk keluar)

 Muncul proses complete replicates Outfile

Rename (Boot_BlastGb)

Pilih program DNApars.exe

Ketik Enter

Muncul pertanyaan: Y to accept these or type this letter for the one change?

Ketik Y dan Enter

Muncul proses adding spesies and global rearrangement Enter (Untuk Keluar)

Outfile Outtree

Rename tree_blastGb

Pilih program consense.txt

Muncul pertanyaan: Do you want to replace it, append to it, write a new file or quit?

Ketik F dan Enter

Tulis Nama Baru (con_blastGb)Enter

Muncul pertanyaan : are these setting correct ? (Periksa apakah setting sudah sesuai
yang diinginkan? ) Ketik Y dan Enter

Con_blastGb Out tree

(tree_blastGb untuk file konstruksi pohon filogeni)Rename

Masuk website www.google.com Ketik Phylodendron

Muncul beberapa pilihan

pilih filogenetik tree printer

HASIL
IV. HIPOTESIS

Percobaan ini berjudul Bioinformatika (Kostruksi Pohon

Filogeni) bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu
dapat menunjukkan hubungan evolusi antar organisme (hubungan
kekerabatan), dimana sampel memiliki sifat yang mirip dengan
kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari percobaan ini adalah
memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan penerjemahan
kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan asam-
asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode
Blast (Basic Local Aligment), yaitu salah satu metode aligment yang
sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens, dimana
metode blast ini digunakan untuk mengidentifikasi spesies
berdasarkan urutan pencarian homolog. Kemungkinan yang akan
didapat terdaapat beberapa kemiripan terhadap kekerabatan masing-
masing bakteri/organisme, karena dalam pohon filogeni yang telah
dibuat pasti terdapat satu atau dua perabangan yang memiliki sifat
yang mirip.
V. DATA PENGAMATAN

NO PERLAKUAN HASIL

1 NCBI dan BLAST

-Pemasukan data pada NCBI

-Masuk ke Blast

-Pada saat muncul ke data pembanding maka

delete query dan sisakan subjek lalu copy
subjek, di simpan dalam format txt

-Masuk dalam program clustalw

-terdapat 3 data nama blast.aln, blast.dnd,

blast.phy

2 Phylips 3.68

-Pilih program seqboot.exe

-mengikuti pertanyaan sampai ke outfile

-pilih program DNA pars

-Terdapat 2 data outfile dan infile

3 Consense.exe

-Pilih program consense.exe

-Mengikuti alur kerja

-Masuk website www.google.com

-Ketik philodendron free printer

-Masukkan file tree name blast

 -Sesuaikan format (pdf)

-Submit

4 Notepad

-Copy soal praktikum dan 2 spesies yang

sama

-simpan file dengan namablast.txt

-Membuka clustawl

-Ketik 1,namablast.txt, 2, 9,4,enter

-nama blast.aln,blast.dnd,blast.phy

DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 2011, Prinsip Genomik untuk Programming Bioinformatika,
dalam http://teknologi.kompasiana.com, diakses pada 19
November 2011

Aprijossi,D.Adan Elpaizi,M.A, 2004, Bioinformatika : Perkembangan

Disiplin Ilmu dan Perkembangannya di Indonesia

Nusantara, 2009, Internet untuk Biologi Molekuler, Waria Biotek

Vol.14 No.2 Juni

Razia, M, 2011, 16-S rDNA Based Phylogeny of Non-Symbiotit

Bacteria of Entomopanthogenic Nematodes from Infected Insect
Cadavers, Genomic Proteomic & Bioinformatics 9(3) : 104-112

Utama,A,2003, Peran Bionformatika dalam Dunia Kedokteran, Artikel

Populer Ilmu Komputer di akses melalui
hhtp://www.ilmukomputer.com pada 19 november 2012